Məlumat

De novo ardıcıllıqla montajı həyata keçirmək nə qədər asandır?

De novo ardıcıllıqla montajı həyata keçirmək nə qədər asandır?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bu gün bir həmkarım aşağıdakı sualı verdi:

"Fərz etsək ki, mən 0-dan, bir balığın xromosomunu, qısa oxunuşlarla, lakin başqa heç bir istinad olmadan qurmalıyam. [de novo məclis]:

  • bu nə qədər işdir?
  • İstifadə edə biləcəyiniz bir iskeledə oxunuşları uyğunlaşdıracaq ümumi proqram (SAMtools kimi) varmı?
  • Əsasən, proqram təminatı baxımından kifayət qədər aydın bir boru xəttini nəzərə alsaq, hələ də qan təri və göz yaşı var, yoxsa sadəcə bir çoxluqda əldə etmək məsələsidir?"

Hər hansı təklif, məlumat mənbəyi, proqram təminatı və s. üçün çox minnətdaram.


Yalnız ardıcıllıq texnikalarından istifadə etmək istəyirsinizsə, probleminiz var.

Nə cür nəticələrin gözlənildiyini hiss etmək üçün bu yaxınlarda Nature Genetics-də dərc olunmuş məqaləni nəzərdən keçirin. Onlar balina genomunu de novo yığmağa çalışdılar. Onların 170bp ilə 20kb arasında dəyişən müxtəlif daxiletmə uzunluqlarına malik 7 (!) cütləşdirilmiş kitabxanası var idi. Oxuma uzunluğu əsasən 100bp, bəzi hallarda isə 49bp idi. Orta genom əhatə dairəsi 91x idi.

Bu geniş məlumatları birləşdirərək, montaj tamamlandıqda 100.000-dən çox kontig ilə nəticələnirlər.

Beləliklə, standart üsullardan istifadə edərək yalnız qısa oxunan ardıcıllıq məlumatlarından yığılmış yüksək keyfiyyətli kompleks (yəni böyük) genom əldə edə bilməzsiniz.

Bununla belə, daha uzun oxunma uzunluğuna malik kitabxanalar (burada) və ya Hi-C məlumatlarının istifadəsi (burada və burada) kimi son yanaşmalar yalnız ardıcıllıq məlumatlarından istifadə edərək yüksək keyfiyyətli kompleks genom birləşmələri əldə etməyin bir yolunu təklif edir.


Siz biostars.org saytına baxa bilərsiniz, bu stackexchange kimidir, lakin bioinformatika üçün.

Velvet de novo assembler nümunələrindən biridir.

Ancaq 30 bp həqiqətən qısadır və heyvanların böyük genomları var (bir çox bitki və göbələklər qədər sərt deyil, lakin yenə də sərt)

Alacağınız şey bir bazilyon qısa kontigsdir. Gözəl olmazdı.


Mən dahiyanə proqram dəstini çox bəyənirəm. O, çox iş parçacığı ola bilər və kompüterinizin performansından həqiqətən istifadə edə bilər. Hətta De Novo montajı kimi mürəkkəb şeylər çox intuitivdir.


Videoya baxın: kasa montaj animasyon11 (Avqust 2022).