Məlumat

NCBI-də seçdiyim ictimaiyyətə açıq ardıcıllıqlardan (WGS) filogenetik ağac yaratmaq

NCBI-də seçdiyim ictimaiyyətə açıq ardıcıllıqlardan (WGS) filogenetik ağac yaratmaq



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Hazırda bir qrup bakteriya üçün virulentlik genlərinin müqayisəsi haqqında məqalə yazıram. Məlumatlarımı NCBI-də ictimaiyyətə açıq olan bütün genom ardıcıllığından aldım. İndi mən bu növlər üçün filogenetik ağac yaratmaq istəyirəm, lakin evdən işlədiyim üçün köhnə noutbukumdan istifadə edirəm ki, bu da məlumatları emal etməyimi çətinləşdirir. Asanlıqla filogenetik ağac yaratmaq üçün istifadə edə biləcəyim proqram/sayt/dərslik/kağız tövsiyə edə bilərsinizmi? Bu həm də ilk dəfədir ki, filogenetik ağac yaradacağam və indiki laptopumun öhdəsindən gələ bilməyəcəyi həddən artıq məlumat yükləmədən və emal etmədən necə davam edəcəyimi bilmirəm.

Çox sağ ol!


Bakterial təcridlərin və Evergreen Online platformasının geniş miqyaslı avtomatlaşdırılmış filogenomik analizi

İctimai səhiyyə orqanları mikrob diaqnostikası və patogen bakteriyaların monitorinqi üçün hər ay minlərlə izolatı bütün genom ardıcıllığı ilə tərtib edir. Hesablama üsulları məlumat axınına və real vaxt nəticələrinə olan ehtiyaca uyğun gəlmir. Buna görə də, biz genişmiqyaslı müşahidə üçün uyğun olan bakteriya nümunələrinin sürətli alt tipləşdirilməsi və davamlı filogenomik analizi üçün bioinformatika boru xətti yaratdıq. Verilənlər istinad genomlarına uyğunlaşdırılmaqla dəstlərə bölünür, sonra konsensus ardıcıllığı yaradılır. Nukleotid əsaslı genetik məsafə hər bir dəstdəki ardıcıllıqlar arasında hesablanır və izolatlar 10 təknukleotidli polimorfizmdə birlikdə qruplaşdırılır. Artıq olmayan ardıcıllıqlardan filogenetik ağaclar çıxarılır və qruplaşdırılmış təcridlər geri əlavə edilir. Metod, alovlanma ştammlarını birlikdə qruplaşdırmaqda dəqiqdir, eyni zamanda onları qeyri-epidemiya ştammlarından ayırır. Boru kəməri Evergreen Online-da tətbiq olunur, o, gündəlik olaraq qida ilə yoluxan bakterial patogenlərdən əldə edilən ardıcıllıq məlumatlarını emal edir, filogenetik ağacları lazım olduqda yeniləyir.


Giriş

Qlobal miqyasda insan brusellyozu ən çox yayılmış bakterial zoonoz xəstəliklərdən biridir [1]. Bununla belə, onun meydana gəlməsi bütün dünyada coğrafi ərazilər arasında çox fərqlidir. Xəstəlik Aralıq dənizi hövzəsi ölkələrində, Yaxın Şərqdə, Mərkəzi və Cənubi Amerikanın bəzi hissələrində, Afrika və Asiyada ən yüksək yayılma və yayılma nisbətinə malikdir [2]. Əhalinin milyon nəfərinə düşən insan brusellyozunun illik ən yüksək göstəriciləri Suriya və Monqolustanda müşahidə olunur [3]. Bundan fərqli olaraq, Şimali və Qərbi Avropa ölkələri insanların avtoxton brusellyozundan azad sayılırlar. Bununla belə, Almaniyada hər il nisbətən az sayda hal qeydə alınır, onların əksəriyyətinin Aralıq dənizi hövzəsi kimi endemik bölgələrə səyahət və ya immiqrasiya tarixi var. Ümumilikdə, son onillikdə (2005-2015) Berlindəki Robert Koch İnstitutunun milli müşahidə sisteminə ([email protected] 2.0, https://) ildə orta sayı 24 olan insan brusellyozunun 267 hadisəsi bildirilmişdir. survstat.rki.de, 09/05/2016 tarixinə olan məlumatlar). Qeyd edək ki, son iki ildə yoluxmalarda artım müşahidə olunub. 2014 və 2015-ci illərdə illik hadisələrin sayı təxminən iki dəfə artaraq müvafiq olaraq 47 və 44-ə çatıb.

Ən mühüm ötürülmə yolu çirklənmiş çiy südün və digər pasterizə olunmamış süd məhsullarının qəbuludur, lakin xəstəlik həm də yoluxmuş heyvanlardan, heyvanların axıdılmasından və ya patogenin kulturalarından istifadə etməklə əldə edilə bilər [4]. İnsandan insana yoluxma nadir hadisələrdir. Brusellyozun kliniki təzahürləri çox yönlüdür və xroniki yoluxmuş xəstələrdə kardinal simptom kimi dalğalı qızdırma, həmçinin lokallaşdırılmış iltihabi proseslər və lokalizasiyaya xas təzahürlərlə müşayiət olunan kəskin sistemik infeksiyaları əhatə edir. Almaniyada patogenin məhv edilməsi üçün adətən rifampin və doksisiklindən ibarət 6 həftəlik rejim tətbiq edilir [5]. Fəsadları olan xəstələr çox vaxt daha uzun müalicəyə və aminoqlikozidlər kimi əlavə antimikrobiyal maddələrə ehtiyac duyurlar [6].

İnsan brusellyozuna müxtəlif səbəblər səbəb ola bilər Brusella növlər. Bu cins hal-hazırda bir-biri ilə genetik cəhətdən yüksək dərəcədə əlaqəli olan 12 etibarlı şəkildə nəşr edilmiş növdən ibarətdir [7,8]. Brucella melitensis insan infeksiyasının ən çox müşahidə edilən törədicisidir. >80% DNT-DNT homologiyalarını aşkar edən DNT-DNT hibridizasiya tədqiqatlarına əsaslanaraq, bütün klassik növlər bir neçə biovarlı tək növə aid edilə bilər [9]. Bununla belə, tarixi səbəblərə görə, müəyyən heyvan sahibləri üçün növə xas üstünlüklər, biokimyəvi xüsusiyyətlər və s. Brusella 2003-cü ildə altı növ konsepsiyası ilə 1986-cı ildən əvvəlki taksonomik rəyə qayıtmaq barədə razılığa gəldilər (B. abort, B. canis, B. melitensis, B. neotomalar, B. ovis, B. suis) [10].

Çox Lokus Dəyişən Nömrə Tandem-Təkrar (VNTR) Analizi (MLVA) bir neçə patogen bakteriya növlərini xarakterizə etmək üçün əsas molekulyar tipləşdirmə metoduna çevrilmişdir. Brusella MLVA-16 sxeminin yüksək ayrı-seçkilik gücü ilə epidemioloji izləmə tədqiqatlarında dəyərli bir vasitə olduğu bir sıra tədqiqatlarda sübut edilmişdir [11-17]. Bu yaxınlarda tam genom SNP-əsaslı filogenetik analiz nəşr olundu və bu, növlərarası ayrı-seçkilik üçün başqa bir güclü alət təmin edə bilər. Brusella [18].

2014 və 2015-ci illərdə Almaniyada brusellyoz hallarının sayının artması bizi Almaniyada təcrid olunmuş suşların coğrafi mənşəyini araşdırmağa vadar etdi. Milli Məsləhətçi Laboratoriyasının klinik izolatlar kolleksiyasından istifadə etməklə B. melitensis 2014-cü ildən Almaniyada brusellyoz xəstəliyi diaqnozu qoyulmuş 57 xəstədən əldə edilən tədqiqatımız (i) ştammları coğrafi mənşəyinə qədər izləmək (ii) WGS-əsaslı SNP-tipləşdirmənin həllini standart MLVA-16 genotipləməsi ilə müqayisə etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. (iii) növbəti nəsil ardıcıllıq texnologiyasından istifadə edərək molekulyar diaqnostika və ya tipləmə analizlərinə təsir göstərə bilən ştamların genomları daxilində genetik dəyişkənliyi müəyyən etmək.


Məlumatın mövcudluğu

Estoniya WGS məlumatları tələb olunduqda Estoniya Biobankı vasitəsilə əldə edilə bilər: https://www.geenivaramu.ee/en/biobank.ee/data-access. Gene kommersiya genetik test şirkəti tərəfindən Gene müştəriləri tərəfindən imzalanmış razılıq formasına uyğun olaraq, bu tədqiqata daxil edilən ardıcıllıq məlumatları yalnız elmi araşdırma məqsədi üçün istifadə olunur və burada filogenetik ağaclar şəklində ümumi səviyyədə məlumat verilir. Həm Estoniya Biobankı, həm də Gen tərəfindən Gen nümunələri üçün, dəyişən mövqelər və onların kohort populyasiyasındakı tezliyi daxil olmaqla, xülasə səviyyəli məlumatlar NCBI BioProject verilənlər bazasında (https://www. ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/). SweGen Layihəsindən İsveç məlumatları layihənin orijinal müəlliflərinin tələbi ilə əldə edilə bilər [23].


Müzakirə

Bu hesabatda biz Yaponiyada aşkar edilən TPA ştammlarının genomik və filogenetik xüsusiyyətlərini digər ölkələrdə, xüsusən də Çində aşkar edilən TPA ştammları ilə müqayisədə təsvir etdik. Bu tədqiqatın əhəmiyyətli bir xüsusiyyəti, təhlilimizə TPA ştammlarının aşkar edildiyi sifilis xəstələrinin cinsi və cinsi oriyentasiyası haqqında məlumatların daxil olması idi.

Bu işdə qlobal TPA ştammlarının genomlarının maksimum ehtimal olunan filogenetik analizi və Bayesian temporal təhlili nəsillər və alt nəsillər baxımından əvvəlki hesabatlara oxşar nəticələr tapdı. Həmin hesabatlarda Amerika və Avropa ölkələrində SS14-nəsil suşlarının əksəriyyəti SS14Ω-A 10,11 nəsillərində təsnif edilmişdir.

Yaponiyada bu tədqiqatda təhlil edilən TPA ştammlarının əksəriyyəti (20-dən 16-sı) SS14-nəslində təsnif edilmiş və əvvəlki tədqiqatda 11-də sub-nəql 1B (SS14Ω-B soyunda) təyin edilmiş EAC təşkil etmişdir. Çin. Bu ştammlara əlavə olaraq, ABŞ və Avropa ölkələrində 11 ştammları ehtiva edən 3 Nichols-nəsil ştammı və əvvəllər Sub-Nəsil 8 olaraq təyin edilmiş başqa SS14 alt-nəsilinə aid bir ştam var idi. WGS, bir sıra Amerika və Avropa ölkələrində də müşahidə edildiyi kimi, Yaponiyada Nichols- və SS14-lineage suşlarının davam edən paralel dövriyyəsini göstərdi 10,11 . Bu yaxınlarda, 2014 və 2018 16 arasında Yaponiyadan dörd TPE ştammının olduğu bildirildi. Bununla belə, həmin suşların alt növlərinin tərifləri ardıcıllığa əsaslanırdı tp0548tp0856 genlər, lakin WGS analizlərinə əsaslanmadı 16 . Yuxarıda və “Metodlar”da təsvir olunan meyarlarımızı keçən ştamlar arasında heç bir TPE ştammını aşkarlaya bilməsək də, Yaponiyada TPE ştammlarının yaranması və yayılmasına nəzarəti davam etdirməliyik.

EAC Çin və Yaponiyada SS14-nəsil TPA ştammlarından ibarət idi, Yaponiyada əksər TPA ştammları (16/17) 14d/f alt növüdür ki, bu da Yaponiyada həm heteroseksual, həm də MSM halları arasında dominant alt tipdir 17 . Əvvəlki molekulyar tipləşdirmə tədqiqatlarımızda MSM-dən olan 14d/f alt tip suşları ilə heteroseksual hallar arasındakı fərqi qiymətləndirə bilmədik 17,18. Bu hesabatda WGS tədqiqatı eyni alt tipə aid olan MSM və heteroseksualların ştammlarının ayrı-ayrı filogeniyasını aydınlaşdırdı (Cədvəl 1 və Şəkil 2b).

Bu nəticələr, MSM və heteroseksualların müvafiq icmalarında ştammların sirkulyasiyasının təfərrüatlı aspektini dərk etmək üçün TPA-nın WGS tədqiqatlarını təhlil edərkən gender və cinsi oriyentasiya haqqında məlumatın olmasının vacibliyini vurğuladı.

Coğrafi nöqteyi-nəzərdən, Tokio və Osaka prefekturalarında toplanmış heteroseksual halların ştammları üçün eksperimental nəticələr qarışıq idi və bu, Yaponiyada ən çox populyasiyaya malik olan bu iki prefekturada heteroseksuallar arasında genetik oxşar ştammların dolaşdığını göstərdi.

2011-ci ildən 2018-ci ilə qədər toplanmış ştamlarla filogenetik analizlərə əsasən (Cədvəl S1, Çin və Yaponiyadakı suşlar), Çində EAC ştammlarının və ştammlarının MRCA-sı 2006-cı ildə ortaya çıxdı (Şəkil 2b-də III node), sonra 2007-ci ildə Yaponiyada suşların MRCA tərəfindən (Şəkil 2b-də V node). Buna görə də, EAC 2000-ci illərin ortalarından etibarən Çin və Yapon qruplarına ayrıldı. Bu araşdırmada müəyyən edilən Çin klasterinin MRCA-nın təxmini ortaya çıxma vaxtı son hesabatda 11-ə bənzəyirdi. Çin və Yaponiyadakı TPA suşlarının genomları daha sonra müvafiq olaraq 2000-ci illərin sonu və 2010-cu illərin ortalarından sonra öz genetik müxtəlifliyini genişləndirdi ki, bu da təxminən hər bir ölkədə artan sayda ilkin və ikincili sifilis hallarının olduğu vaxta uyğun gəlirdi (Şəkil 3). Bu yazışma TPA-nın məcburi insan patogeni olması və SNP yerlərinin yığılmasının zamanla artması faktı ilə uyğun ola bilər. Bununla belə, Çində TPA ştammlarının genomları üçün uyğunsuzluq var idi ki, onların genetik müxtəlifliyində 1990-cı illərin ortalarından 2000-ci illərin əvvəllərinə qədər (Şəkil 2b), sayının artmasının başlanğıcı olsa da, artım müşahidə olunmur. halların sayı 1990-cı illərin sonlarında olmuşdur (Şəkil 3). Bu fakt, bu tədqiqata daxil edilmiş məhdud sayda nümunələr səbəbindən aşkarlama meylinə aid edilə bilər. Ən sadə izahat ondan ibarətdir ki, Çində sifilis epidemiyasının ilkin mərhələsində TPA genomları kifayət qədər sistematik şəkildə toplanmamış və təhlil edilməmişdir.

Yoluxucu patogenlər sərhədləri keçə bildiyindən, EAC Yaponiya və Çin arasında TPA ştammlarının transsərhəd yayılmasına nümunə ola bilər. Yaponiyada indiki böyük sifilis epidemiyasının səbəbi qeyri-müəyyən olsa da, Çindən Yaponiyaya səyahət edənlərin sayında artım qeyd olunub. Yaponiya Milli Turizm Təşkilatı (https://www.jnto.go.jp/jpn/statistics/visitor_trends/index.html) 2014-cü ildən bəri Yaponiyaya Çinli səyahət edənlərin sayının sürətlə artdığını və bu, Yaponiyada əsasən heteroseksuallar arasında son sifilis epidemiyası (Şəkil 3). Bununla belə, bizim nəticələrimiz göstərdi ki, Yaponiyada heteroseksualların ştammlarının yaratdığı alt çoxluqdakı TPA suşlarının MRCA-nın 2013-cü ildə mövcud olacağı ehtimalı var (Şəkil 2b-də VIII node). Bundan əlavə, onların filogeniyasına əsaslanaraq, 15A011MM TPA ştammının MRCA-sı və Yaponiyada heteroseksualların ştammları 2007-ci ildə mövcud ola bilər (Şəkil 2b-də V düyün). Buna görə də, Çin turistləri ilə Yaponiyada sifilis epidemiyası arasında əlaqə hipotezini mübahisəli hesab edirik, baxmayaraq ki, şərhimiz məhdud sayda nümunələrə və geniş (6-7 il) 95% HPD ilə dəyərlərə əsaslanır (Şəkil 2b). ).

Bu tədqiqatın nəticələri bəzi TPA genlərinin genetik variantları ilə bağlı bir neçə xüsusiyyəti göstərdi. Birincisi, TPA-da makrolid müqavimət mutasiyaları geri çevrilə bilər, baxmayaraq ki, vəhşi tipli allele dönüşü göstərən heç bir məlumat yoxdur. Şəkil 2b-də Yaponiyadakı bütün ştamlar V düyünün filogenetik budaqları olduğuna görə, Şəkil 2b-dəki ştammların əksəriyyətinin makrolid müqavimətinə müstəqil mutasiyaya uğramasından daha çox, V düyünün əmələ gəldiyi zaman makrolid müqavimətinin mövcud olması ehtimalı daha yüksək görünür. V node meydana gəldikdən sonra nisbətən qısa müddət. Makrolid müqavimət mutasiyaları əvvəllər güclü sabitliyə malik olduğu qeyd edilmişdir 11,19, lakin Yaponiyada 2 makrolid həssas TPA ştammının mövcudluğu (Şəkil 2b) bu ​​mutasiyaların daşınması ilə bağlı fitnes xərclərinə görə əks mutasiya ola biləcəyini nəzərdə tuturdu. . Bununla belə, fitnes xərcləri hipotezi Şəkil 2b-də təsvir edilən Yaponiyadakı ştammların əksəriyyətinin hələ də müqavimət mutasiyalarını saxlaması faktı ilə ziddiyyət təşkil edir. Beləliklə, digər ümumi SNP-lər kimi, şaxələndirmələr zamanı ehtimal olunan uyğunluq dəyərindən asılı olmayaraq aşkar "əks mutasiyaların" baş verməsi ehtimalını istisna edə bilmədik və dərmanın olmaması altında saxlanıldı. Bu ssenari dünyanın əksər ölkələrində azitromisinin artıq sifilis müalicəsi üçün tövsiyə edilməməsi faktına cavab verə bilər.

İkincisi, bu tədqiqatda Yaponiyadakı bütün makrolidlərə davamlı suşlar 23S rRNA genində A2058G mutasiyasını daşıyıb, lakin A2059G mutasiyasını daşımayıb. Bu, Yaponiyada 17,18 100-dən çox suşlar üzərində apardığımız əvvəlki tədqiqatın nəticələri ilə razılaşdı.

Üçüncüsü, bu araşdırmada mrcA Çin 9,11 ştammları üçün unikal hesab edilən A506V mutasiyası Yaponiyada EAC ştammlarında da müşahidə edilmişdir. Bununla belə, bəzi mutasiyalar pbp2 geni (TPANIC_0760) Yaponiyadakı ştamların heç birində müəyyən edilməmişdir, Çindəki ştamların əksəriyyətində (11-dən 9-u) bu gendə ən azı 1 mutasiya var idi. TPANIC_0760 genindəki 3 SNP-dən (yəni, A366T, I415F və I415M) yalnız I415F-nin zülalın struktur elastikliyinə və ya substratın sabitliyi üçün bağlanma sabitinə zərərli təsir göstərməsi təklif edilmişdir 9 . Bununla belə, bu SNP-lərin mümkün penisilinə müqavimətin yaranmasına təsiri hazırda məlum deyil, çünki penisilin 70-dən çox müddət ərzində sifilisin müalicəsində geniş şəkildə istifadə olunsa da, bu günə qədər penisillinə davamlı TPA ştammının heç bir sənədi yoxdur. illər.

Bundan əlavə, bu tədqiqatda, filogenetik analizlərlə göstərilən Çin və Yaponiyada TPA ştammlarının çoxluqları arasında ayrılıq, 2 müstəsna ştamın olmasına baxmayaraq, əksər suşlar üçün TPANIC_0760 geninin SNP analizlərində aşkar edilmişdir. Çində bu gendə mutasiya olmayan (SMUTp_04 və X-4, Şəkil 2b). Bu kontekstdə nəzərə çarpır ki, X-4 ştammı Çində bu 2 müstəsna ştamdan biri idi və filogenetik olaraq Çindəki digər suşlardan ayrılmışdır (Şəkil 2b). Bu gərginlik, daha doğrusu, VI nodedən budaq olan kiçik bir alt çoxluq təşkil edən 15A011MM Yapon ştammı ilə çox yaxından əlaqəli idi (Şəkil 2b). Bu məlumat sətirləri göstərirdi ki, bu kiçik alt qrup TPA-nın Çin və Yaponiya arasında “Yapon tipli” ştam(lar) tərəfindən birbaşa beynəlxalq yayılmasının məhdud hallarını (TPANIC_0705 A506V mutasiyası ilə və TPANIC_0760-da heç bir mutasiya olmadan) əks etdirə bilər. gen) son ildə.

Nəhayət, bu tədqiqat Nichols nəslini daşıyan suşunu təsdiqlədi pbp1 P564L mutasiyası. Bu SNP adətən SS-14 suşlarının 9,11 genomlarında müşahidə edilir və onlarla məhdudlaşır. Burada bildirilən araşdırma, hər hansı bir nəsildəki TPA ştammlarının mutasiyaları daşıya biləcəyini güclü şəkildə irəli sürdü pbp1.

Nəticə olaraq, bu tədqiqatda Yaponiyadakı TPA ştammlarının əksəriyyəti Çindəki TPA ştammları ilə sıx əlaqədə idi və EAC-ni meydana gətirdi. EAC-nin MRCA-sı çox güman ki, təxminən 2006-cı ildə mövcud olmuşdur. Çin və Yaponiyadakı TPA ştammları sonradan təxminən 2007-ci ildə hər bir ölkədə ayrıca klaster təşkil etmişdir. Hər bir ölkədəki TPA ştammlarının genomları zaman ərzində filogenetik müxtəlifliyini genişləndirmişdir. bu ölkədə sifilis hallarının sayı artıb. Bundan əlavə, filogenetik təhlillər göstərdi ki, Yaponiyada MSM hallarından olan TPA ştammları heteroseksual hallardan olan suşlardan ayrıca qruplaşdırılıb. Bu tapıntılar, sifilisin son qlobal dirçəlişi kontekstində, həm yerli, həm də qlobal sifilisin filogenetik xüsusiyyətlərini və ötürülmə şəbəkələrini daha yaxşı başa düşməyi təmin edir.


5. Nəticə

Bu tədqiqat məkan-zaman paylanmasını vurğuladı, R0, və Banqladeşdə COVID-19-un gələcək epidemiya ölçüsünü proqnozlaşdırdı. Bundan əlavə, biz Banqladeşdə yayılan SARS-CoV-2-nin genomik epidemiologiyasını da qiymətləndirdik. Bu məlumatlar Banqladeş də daxil olmaqla istənilən ölkədə və ya ərazilərdə pandemiya vəziyyətini nəzarətdə saxlamaq və yumşaltmaq üçün çox vacibdir. Bu tədqiqat səhiyyə siyasətçilərini ötürmə zəncirini qırmaq və epidemiyaya nəzarət etmək üçün müvafiq profilaktik tədbirləri və müdaxilələri uğurla həyata keçirmək üçün məlumatlandıra bilər. Virusun filodinamikası və təbəqəsi və nəsil müxtəlifliyi haqqında məlumat Banqladeş konteksti üçün potensial peyvəndin hazırlanmasına kömək edəcəkdir. Nəhayət, biz ştammların müxtəlifliyini anlamaq və cari pandemiyanın düzgün idarə edilməsi üçün SARS-CoV-2-nin yeni variantlarını aşkar etmək və qlobal miqyasda effektiv peyvənd hazırlamaq üçün davamlı genomik nəzarəti şiddətlə tövsiyə edirik.


Müzakirə

Yarasaların təkamül tarixini anlamaq təkcə Chiropteran zoologiyasının öyrənilməsi üçün deyil, həm də yarasaların ölümcül insan viruslarının anbarı kimi öyrənilməsi üçün vacibdir. Dəqiq bir filogeniya haqqında bilik yarasa genomlarında müsbət seçimin təhlilini yaxşılaşdırır, çünki dN/dS analizi həm gen uyğunlaşmalarını, həm də təhlil edilən ortoloqların filogenetik əlaqəsini tələb edir. Həmçinin, gen ortoloqlarının etibarlı identifikasiyası molekulyar bioloqlara bu genlərdəki fərqləri bir növdən digərinə funksional olaraq test etməyə imkan verəcək (62). Bu kimi funksional tədqiqatlar bəzi yarasaların insanlar üçün təhlükəli virusları saxlamağa imkan verən immunitetlərinin unikal xüsusiyyətlərinə malik olub-olmadığını anlamağa imkan verəcək (63). Burada minlərlə yarasa geninin çoxsaylı ardıcıl düzülmələrini seçdik. Həm genomik, həm də transkriptomik məlumatlardan istifadə edərək 11,677 ortoloji gen ailəsini tapa bildik. Bu uyğunlaşmaları artırmaq üçün bu yarasalardan ikisi üçün transkriptome məlumat verdik, H. monstrosusR. aegyptiacus, biz müvafiq olaraq 7,858 və 9,682 geni şərh etdik. Bundan əlavə, biz təsadüfi olmayan struktur xətaları olan ekzonların süzülməsi üçün ümumi məlumatların təmizlənməsi metodunu işləyib hazırladıq, bu halda genomik və transkriptomik məlumatlar nəticəsində müşahidə olunur. Bu üsul üçün biz alternativ konsensusla işləyən artefaktları birbaşa aşkarlayan və aradan qaldıran MIXR proqram paketini hazırladıq və http://github.com/hawkjo/mixr ünvanında mövcuddur. Yarasa genləri üçün həm ekson filtrindən əvvəl, həm də sonra yaratdığımız çoxsaylı ardıcıl düzülmələr daha geniş yarasa və virusologiya icmaları tərəfindən istifadə edilə bilər (http://numerical.recipes/chiroptera/). Bu düzülmələrdən istifadə edərək, 18 növ yarasada həm növləşmənin, həm də müsbət seleksiyanın tarixini araşdırdıq. Bu araşdırma, ümid edirəm ki, toxunulmazlığa və ondan kənara aid yarasa genlərinin təkamülü və funksional diferensiallaşmasının davamlı və daha dərindən öyrənilməsi üçün zəmin yaradır.

Bu ortoloji gen ailələrindən istifadə edərək, bir çox üsuldan istifadə edərək Chiroptera sırasının filogeniyasını yenidən qura bildik. Məlumatların şəffaf miqyasına görə, topologiya analiz metodundan asılı olaraq bir qədər fərqlənsə də, ağacdakı hər bir düyünü 100% bildirilmiş posterior ehtimalla həll etdik. Nəticələrimiz Chiroptera'nın Meqachiroptera və Microchiroptera'ya ənənəvi bölünmə ilə razılaşmayan iki alt sıraya Yinpterochiroptera və Yangochiroptera bölünməsini dəstəkləyir. Bununla belə, biz etiraf edirik ki, qədim təbəqələrin köklənməsi çətin filogenetik problem olaraq qalır və əlavə məlumatlar bu məsələyə daha çox işıq sala bilər. Bundan əlavə, yerləşdirilməsi üçün sübut təqdim edirik M. Schreibersii, biz Hufer və Busşe ilə razılaşaraq onların Miniopteridae-nin öz ailəsinə ayrılması təklifini dəstəkləyirik (53). Biz həmçinin təklif olunan Phyllostominae alt ailəsinin pozulmasına dair sübutlar təqdim edirik D. rotundus. Ən maraqlısı isə biz gördük M. leucogaster -də yerləşdirilmişdir Myotis əlavə araşdırma tələb edən cins.

Nəhayət, genom miqyasında yarasaların spesifikasiyası zamanı müsbət gen seçimini təhlil etdik. Əvvəllər yarasalarda adaptiv təkamülü təsvir etməyə yönəlmiş iş, ilk növbədə, onların unikal xüsusiyyətlərinə diqqət yetirirdi, seleksiya üçün öyrənmək üçün gen ailələrini seçirdi. Bu tədqiqatlar geniş şəkildə iki kateqoriyaya bölünə bilər: ekolokasiya və ya frugivory ilə əlaqəli metabolizm kimi spesifik həyat xüsusiyyətləri ilə məşğul olanlar (24, 64 ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ –73) və patogenlər və ya toxunulmazlıq (74 ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ –80). Daha böyük verilənlər toplusundan istifadə edən üç tədqiqat var, onlardan ikisi bütün genom məlumatlarından istifadə edib (13, 23, 24). Tədqiqatımızdan fərqli olaraq, Tsagkogeorga et al. (13) hansı genlərin onların məlumatları ilə dəstəklənən alternativ subordinal topologiyaları izah edə biləcəyini soruşmaq üçün geniş genom məlumatlarından istifadə etdi. Eynilə, Shen et al. (24) tədqiqat xüsusilə enerji sərfiyyatlı hərəkət və uçuş rejiminə görə yarasalarda enerji mübadiləsi ilə maraqlanırdı. Nəhayət, Zhang et al. (23) bir sıra məməlilərin ortoloqları ilə birlikdə iki uzaqdan əlaqəli yarasadan əldə edilən bütün genom məlumatlarından istifadə etdi və anadangəlmə immun yolda və DNT zədələnmə yoxlama nöqtəsində uyğunlaşma təkamülündən nəticə çıxardı. Müqayisə üçün işimiz daha çox Chiropteran növlərini və yarasa genomunda seleksiyanın vahid təhlilini əhatə edir. Daha çox növün əlavə edilməsi və bu növlər üçün yüksək inamlı ağacın yaradılması bizə xüsusi olaraq Chiroptera daxilində adaptiv təkamülü aşkar etmək üçün daha yaxşı həll imkanı verir (81).

Yarasalarda müsbət seçilmiş genlərin toxunulmazlıqla əlaqəli genlərin üstünlük təşkil etdiyini görürük. Bunun yarasaların daşıdığı güman edilən yüksək patogen yükü ilə əlaqəsi ola bilər (3), lakin digər tərəfdən, bu tapıntı qeyri-adi deyil. Yarasalar indi bir çox digər növ qruplarına qoşulurlar ki, immun prosesləri onları formalaşdıran müsbət təbii seçimin gücü ilə seçilir. Eyni şey primatlar (82, 83), balıqlar (84) və həşəratlar (85) daxil olmaqla bir çox müxtəlif növ qruplarında aşkar edilmişdir. Qeyd edilmişdir ki, yarasaların immun sistemlərinin bəzi adi aspektləri var (86 ⇓ –88), bu, immunitetdə iştirak edən bir çox gendə müşahidə etdiyimiz sürətli ardıcıl təkamülün təkamül əlamətlərinə uyğun ola bilər.

Kollagen formalaşmasında iştirak edən bir çox genin müsbət seçim altında olmasının səbəbi bizə daha az aydındır. Kollagenlər, tendonlar, bağlar və dəri də daxil olmaqla bədəndə birləşdirici toxuma əmələ gətirən struktur zülallar ailəsidir (89). Damarların, arteriyaların və kapilyarların divarları da kollagen ehtiva edir (90). Kollagenin müxtəlif formaları məməlilərin orqanizmlərində ən bol proteini təşkil edir (89). Yarasa qanadları kollagen şəbəkəsindən ibarətdir (91) və yarasaların tez-tez qanadlarında tez sağalması lazım olan zədələr olur (92). Bu yaxınlarda, Pseudogymnoascus destructans, 6 milyondan çox yarasanın ölümünə səbəb olan bir göbələk patogeninin kollagenə zərər verdiyi bildirildi (93). Keçmişdə bir çox növdə patogenlərin kollagen əmələ gəlməsi yollarına necə təzyiq göstərdiyi daha az aydındır. Alternativ olaraq, mümkün görünür ki, əzələ ilə işləyən uçuşa xas olan tələbkar fiziki və fizioloji məhdudiyyətlər yarasaları təkamül yolu ilə əldə edilə bilənlərin kənarına qoyur. Bu vəziyyətdə, spesifikasiya hadisələrindən sonra qanad və uçuşla əlaqəli genlərdə digər uyğunlaşmalarda iştirak edən genlərlə müqayisədə daha müsbət seçim, kollagenin əvvəlki dəstinin göstəricisi olacağını gözləmək olar.

Xülasə, biz etibarlı çoxsaylı ardıcıl düzülmələr yaratmaq üçün genomik və transkriptomik məlumatları birləşdirməyin bir yolunu təqdim etdik. Yarasa genləri üçün çoxlu ardıcıl düzülmələr yaratdıq və onları ictimaiyyətə təqdim etdik. Biz bunlardan filogeniya yaratmaq və yarasa genlərində müsbət seçimi qiymətləndirmək üçün istifadə etdik. Bu tərəqqiyə baxmayaraq, yarasalar yüksək səviyyəli ardıcıllıq fərqinə görə genomikanın və filogenetikanın hüdudlarını itələyən problemlər təqdim etməyə davam edəcəklər.


NCBI-də seçdiyim ictimaiyyətə açıq ardıcıllıqlardan (WGS) filogenetik ağac yaratmaq - Biologiya

NCBI C++ alətlər dəsti üzrə hərtərəfli təlimat, o cümlədən onun dizayn və inkişaf çərçivəsi, C++ kitabxanasına istinad, proqram nümunələri və demolar, Tez-tez verilən suallar və buraxılış qeydləri. Təlimat onlayn olaraq axtarıla bilər və onu bir sıra PDF sənədləri kimi yükləmək olar.

Yükləmələr

Yerli istifadə üçün BLAST icra sənədləri Solaris, LINUX, Windows və MacOSX sistemləri üçün təmin edilmişdir. Əlavə məlumat üçün ftp qovluğunda README faylına baxın. BLAST nukleotid, zülal və tərcümə edilmiş axtarışlar üçün əvvəlcədən formatlaşdırılmış verilənlər bazaları da db alt kataloqu altında yükləmək üçün mövcuddur.

Müstəqil BLAST proqramları ilə istifadə etmək üçün verilənlər bazalarını sıralayın. Bu kataloqdakı fayllar BLAST ilə istifadəyə hazır olan əvvəlcədən formatlaşdırılmış verilənlər bazalarıdır.

Bu sayt CDD üçün tam məlumat qeydlərini, fərdi Mövqe Xüsusi Qiymətləndirmə Matrisləri (PSSMs), mFASTA ardıcıllıqları və qorunan hər bir domen üçün annotasiya məlumatları ilə birlikdə təmin edir. Tam təfərrüatlar üçün README faylına baxın.

Bu sayt XML-də tam məlumat çıxarılmasını və VCF formatında xülasə məlumatları təqdim edir. O, ClinVar, MedGen və GTR-də istifadə olunan standart şərtlər haqqında məlumatı ehtiva edən fayllardan ibarətdir.

Müstəqil BLAST proqramları ilə istifadə üçün FASTA formatında verilənlər bazalarını sıralayın. Bu verilənlər bazaları BLAST ilə istifadə edilməzdən əvvəl formatdb istifadə edərək formatlaşdırılmalıdır.

Bu saytda standart düz fayl formatında GenBank-da bütün ardıcıllıq qeydləri üçün fayllar var. Fayllar GenBank bölməsi tərəfindən təşkil edilir və tam məzmun README.genbank faylında təsvir olunur.

GenBank-da kodlaşdırma ardıcıllığının (CDS) tərcümələrinə uyğun zülal ardıcıllıqları hər GenBank buraxılışı üçün toplanır.. Əlavə məlumat üçün kataloqda README faylına baxın.

Bu saytda üç kataloq var: DATA, GeneRIF və alətlər. DATA kataloqu Gen qeydləri üçün ASN.1 məlumatını ehtiva edən alt kataloqlarla yanaşı, GeneID-lərlə əlaqəli bütün məlumatları siyahıya alan faylları ehtiva edir. GeneRIF (Funksiyaya Gen İstinadları) kataloqu tək bir genin funksiyasını və ya iki genin məhsulları arasında qarşılıqlı əlaqəni təsvir edən məqalələr üçün PubMed identifikatorlarını ehtiva edir. Gen məlumatlarını manipulyasiya etmək üçün nümunə proqramlar alətlər kataloqunda təqdim olunur. Təfərrüatlar üçün README faylına baxın.

Bu sayt iki formatda GEO məlumatlarını ehtiva edir: SOFT (Mətn Formatında Sadə Omnibus) və MINiML (İşarələmə Dilində MIAME Notasiyası). Xülasə mətn faylları və əlavə məlumatlar da mövcuddur. Əlavə məlumat üçün README.TXT faylına baxın.

Bu sayt Entrez Genomunda olan orqanizmlər üçün genom ardıcıllığı və xəritəçəkmə məlumatlarını ehtiva edir. Məlumatlar tək növlər və ya növlər qrupları üçün kataloqlarda təşkil edilir. Xəritəçəkmə məlumatları MapView kataloqunda toplanır və növlərə görə təşkil edilir. Ətraflı məlumat üçün kök kataloqdakı README faylına və növ alt kataloqlarındakı README fayllarına baxın.

Bu genomun cari və əvvəlki quruluşları üçün mövcud xəritələşdirmə məlumatlarını ehtiva edən hər bir genom üçün kataloqları ehtiva edir.

Bu saytda nukleotid və zülal ardıcıllığı qeydlərini onların taksonomiya identifikatorları ilə əlaqələndirən fayllarla birlikdə tam taksonomiya verilənlər bazası var. Ətraflı məlumat üçün taxdump_readme.txt və gi_taxid.readme fayllarına baxın.

Bu sayt ftp vasitəsilə yükləmək üçün PubChem Substance, Compound və Bioassay verilənlər bazalarından məlumatları təqdim edir. Verilənlər bazalarının tam yükləmələri Substance və Compound üçün gündəlik, həftəlik və aylıq yeniləmələrlə birlikdə mövcuddur. Maddə və Mürəkkəb məlumatlar ASN.1, SDF və XML formatlarında təqdim olunur. Əlavə məlumat üçün README fayllarına baxın.

Bu sayt Referans Sequence (RefSeq) kolleksiyasındakı bütün nukleotid və zülal ardıcıllığı qeydlərini ehtiva edir. Seçilmiş orqanizmlər (insan, siçan və siçovul kimi) üçün məlumatlar ayrı-ayrı kataloqlarda olduğu halda, ""release"" kataloqu tam kolleksiyanın ən son buraxılışını ehtiva edir. Məlumatlar FASTA və düz fayl formatlarında mövcuddur. Ətraflı məlumat üçün README faylına baxın.

Bu sayt ASN.1, XML və EasySKYCGH formatlarında SKY-CGH məlumatlarını ehtiva edir. Əlavə məlumat üçün skycghreadme.txt faylına baxın.

SNP üçün endirilə bilən məlumatlar.

Bu sayt təqdim edilmiş ardıcıllıq layihəsi tərəfindən təşkil edilmiş növbəti nəsil ardıcıllıq məlumatlarını ehtiva edir.

NCBI verilənlər bazası, alətlər və kommunal proqramlar üçün FTP yükləmə saytı.

Bu sayt VAST uyğunlaşdırma məlumatları və lazımsız PDB (nr-PDB) məlumat dəstləri ilə birlikdə MMDB-dəki bütün qeydlər üçün ASN.1 datasını ehtiva edir. Əlavə məlumat üçün README faylına baxın.

Bu sayt növlər üzrə təşkil edilmiş iz xromatoqramma məlumatlarını ehtiva edir. Məlumatlara xromatoqramma, keyfiyyət balları, avtomatik əsas zənglərdən FASTA ardıcıllıqları və nişanla ayrılmış mətndə, eləcə də XML formatlarında digər köməkçi məlumatlar daxildir. Ətraflı məlumat üçün README faylına baxın.

Bu saytda FASTA formatında UniVec və UniVec_Core verilənlər bazası var. Ətraflı məlumat üçün README.uv faylına baxın.

Bu sayt 4 rəqəmli layihə kodu ilə təşkil edilmiş bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı məlumatlarını ehtiva edir. Məlumatlara GenBank və GenPept düz faylları, keyfiyyət balları və ümumi statistika daxildir. Əlavə məlumat üçün README.genbank.wgs faylına baxın.

Açıq giriş məlumatlarına ümumiyyətlə genotip/fenotip assosiasiyası tədqiqatlarının xülasəsi, ölçülən dəyişənlərin təsvirləri və protokol və sorğu vərəqləri kimi tədqiqat sənədləri daxildir. Fərdi səviyyəli məlumatlara, o cümlədən fenotipik məlumat cədvəllərinə və genotiplərə giriş müxtəlif səviyyələrdə icazə tələb edir.

ASN.1 və ya DTD formatında NCBI məlumatları üçün spesifikasiyalar data_specs İndeksi səhifəsində mövcuddur. "NCBI_data_conversion.html" çevrilmə alətinə keçid verir.

Jurnal məqalələrinin müəllifi və arxivləşdirilməsi, habelə jurnal məqalələrinin nəşriyyatlardan arxivlərə və arxivlər arasında ötürülməsi üçün etiket dəstləri dəsti. Dörd teq dəsti var: Arxivləşdirmə və Mübadilə Teqləri Seti - Arxivin mövcud çap edilmiş və etiketlənmiş jurnal materialının struktur və semantik komponentlərini mümkün qədər rahat şəkildə ələ keçirmək üçün yaradılmışdır. və onların məzmununa nəzarət edin, hər hansı xüsusi naşir tərəfindən onlara təqdim olunan ardıcıllığı və nizamı qəbul etməmək üçün Məqalə Müəllifi Etiket Seti - Yeni jurnal məqalələrinin müəllifi üçün nəzərdə tutulub.

Bu xidmət istifadəçilərə əl ilə və ya mətn faylı vasitəsilə təmin edilə bilən PubChem identifikatorları dəstinə uyğun olan birləşmə və ya maddə qeydlərini endirməyə imkan verir. SDF, XML və SMILES daxil olmaqla çoxsaylı yükləmə formatları mövcuddur.

NCBI resursları haqqında yeniliklər üçün Veb/RSS lentlərinə abunə olun.

Təqdimatlar

Tədqiqatçılar, konsorsiumlar və təşkilatlar üçün BioLayihələrini qeydiyyatdan keçirmələri üçün interfeys təqdim edən onlayn forma. Bu, tədqiqat üçün genomik və genetik məlumatların təqdim edilməsi üçün başlanğıc nöqtəsi kimi xidmət edir. BioProject qeydiyyatı zamanı məlumatların təqdim edilməsinə ehtiyac yoxdur.

GenBank verilənlər bazasına bir və ya bir neçə təqdimetmə üçün veb-əsaslı ardıcıllıqla təqdimetmə vasitəsi, təqdimetmə prosesini tez və asan etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur.

Növlərin identifikasiyasında istifadə üçün standart genetik lokusdan Barkod qısa nukleotid ardıcıllığının GenBank məlumat bazasına təqdim edilməsi üçün alət.

İctimai ardıcıllıq verilənlər bazalarına (GenBank, EMBL və ya DDBJ) daxiletmələrin təqdim edilməsi və yenilənməsi üçün NCBI tərəfindən hazırlanmış müstəqil proqram aləti. O, tək qısa mRNT ardıcıllığını, uzun ardıcıllıqları, çoxlu annotasiyaları, seqmentlərə bölünmüş DNT dəstlərini, həmçinin filogenetik və populyasiya tədqiqatlarının ardıcıllıqlarını düzülmə ilə ehtiva edən sadə təqdimatları idarə etməyə qadirdir. Sadə təqdim etmək üçün əvəzinə onlayn təqdimetmə aləti BankIt istifadə edin.

Sequin ilə eyni funksiyalardan istifadə edərək GenBank-a təqdim etmək üçün ardıcıllıq qeydlərinin yaradılmasını avtomatlaşdıran komanda xətti proqramı. O, ilk növbədə tam genomların və ardıcıllığın böyük partiyalarının təqdim edilməsi üçün istifadə olunur.

NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) verilənlər bazasına mikroarray, SAGE və ya kütləvi spektrometriya verilənlər bazası kimi ifadə məlumatlarını təqdim edin.

Bu sayt istifadəçilərə kimyəvi strukturlar, eksperimental bioloji fəaliyyət nəticələri, annotasiyalar, siRNA məlumatları və s. daxil olmaqla PubChem Substance və BioAssay verilənlər bazalarına məlumat təqdim etməyə imkan verir. Bundan əvvəl təqdim edilmiş qeydləri yeniləmək üçün də istifadə edilə bilər.

SNP verilənlər bazası alətləri səhifəsi ümumi təqdimetmə qaydalarına və təqdimetmə dəstəyi sorğusuna keçidlər təqdim edir. Səhifədə həmçinin İnsan Genomu Variasiya Cəmiyyətinin nomenklaturasından istifadə edərək insan variasiyası məlumatlarının tək və ya toplu təqdim edilməsi üçün iki xüsusi keçid var.

Təqdimatçılar üçün NCBI-da bütün məlumat təqdimetmə prosesləri ilə əlaqə yaratmaq və məlumat tapmaq üçün vahid giriş nöqtəsi. Hazırda bu, BioProjects və BioSamples-ın qeydiyyatı və WGS və GTR üçün məlumatların təqdim edilməsi üçün interfeys kimi xidmət edir. Bu sayta gələcək əlavələr planlaşdırılır.

Bu keçid iz məlumatlarını təqdim edənlərin öz məlumatları üçün təhlükəsiz NCBI FTP saytını necə əldə edə biləcəyini təsvir edir, həmçinin icazə verilən məlumat formatlarını və kataloq strukturlarını təsvir edir.

Alətlər

Seçilmiş tam eukaryotik və prokaryotik genomlardan oxşar ardıcıllıqlar üçün BLAST axtarışını həyata keçirir.

RefSeqGene/LRG dəstindəki genomik ardıcıllıqların BLAST axtarışını həyata keçirir. Standart displey Qrafik displeydə düzülmələri nəzərdən keçirmək üçün hazır naviqasiya təmin edir.

Bioloji ardıcıllıqlar arasında yerli oxşarlıq bölgələrini tapır. Proqram nukleotid və ya zülal ardıcıllığını ardıcıl verilənlər bazası ilə müqayisə edir və uyğunluqların statistik əhəmiyyətini hesablayır. BLAST ardıcıllıqlar arasında funksional və təkamül əlaqələri haqqında nəticə çıxarmaq, həmçinin gen ailələrinin üzvlərini müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər.

Nukleotid və ya Zülal verilənlər bazalarından GI və ya qoşulma nömrələri faylını və ya digər Entrez verilənlər bazalarından unikal identifikatorlar faylını yükləməklə bir çox Entrez verilənlər bazasından qeydləri əldə etməyə imkan verir. Axtarış nəticələri müxtəlif formatlarda birbaşa kompüterinizdə yerli faylda saxlanıla bilər.

Zülal ardıcıllıqlarını təsnif etmək və onların təkamül əlaqələrini araşdırmaq üçün müstəqil proqram. CDTree mövcud Conserved Domain (CDD) qeydlərini və iyerarxiyalarını idxal edə, təhlil edə və yeniləyə bilər, həmçinin istifadəçilərə özlərini yaratmağa imkan verir. CDTree, Entrez CDD və Cn3D ilə sıx inteqrasiya olunub və istifadəçilərə zülal domenlərinin düzülmələrini yaratmağa və yeniləməyə imkan verir.

COBALT RPS-BLAST, BLASTP və PHI-BLAST istifadə edərək qorunmuş domen verilənlər bazasından, zülal motivləri verilənlər bazasından və ardıcıllıq oxşarlığından əldə edilən ikili məhdudiyyətlər toplusunu tapan çoxlu zülal ardıcıllığının uyğunlaşdırılması vasitəsidir.

NCBI-nin Entrez axtarış xidmətindən 3 ölçülü strukturlara baxmaq üçün müstəqil proqram. Cn3D Windows, Macintosh və UNIX sistemlərində işləyir və ən məşhur veb-brauzerlərdən məlumat almaq üçün konfiqurasiya edilə bilər. Cn3D eyni vaxtda strukturu, ardıcıllığı və düzülməni göstərir və güclü annotasiya və hizalama redaktə xüsusiyyətlərinə malikdir.

Zülal ardıcıllığında mövcud olan qorunan domenləri müəyyən edir. CD-Axtarış, Sorğu ardıcıllığını Qorunan Domen Verilənlər Bazasında (CDD) mövcud olan qorunmuş domen düzülmələrindən hazırlanmış mövqe-xüsusi hesab matrisləri ilə müqayisə etmək üçün RPS-BLAST (Tərs Mövqe-Xüsusi BLAST) istifadə edir.

Adi veb sorğu interfeysindən kənarda NCBI-nin Entrez sistemi daxilində məlumatlara çıxışı təmin edən alətlər. Onlar proqram təminatı daxilində Entrez tapşırıqlarının avtomatlaşdırılması metodunu təmin edirlər. Hər bir yardım proqramı xüsusi axtarış tapşırığını yerinə yetirir və sadəcə olaraq xüsusi formatlaşdırılmış URL yazmaqla istifadə edilə bilər.

Sorğu ardıcıllığını (nukleotid və ya protein) GEO verilənlər bazasında mikroarray və ya SAGE platformalarına daxil edilmiş GenBank ardıcıllığına uyğunlaşdırmaq üçün alət.

Bu alət nukleotid və ya zülal ardıcıllığını genomik ardıcıllıq verilənlər bazası ilə müqayisə edir və Əsas Yerli Alignment Axtarış Aləti (BLAST) alqoritmindən istifadə edərək uyğunluqların statistik əhəmiyyətini hesablayır.

NCBI-nin Remap aləti istifadəçilərə annotasiya məlumatlarını layihələndirməyə və xüsusiyyətlərin yerlərini bir genomik məclisdən digərinə və ya baza analizi vasitəsilə baza vasitəsilə RefSeqGene ardıcıllığına çevirməyə imkan verir. Remappingin sərtliyini tənzimləmək üçün seçimlər təmin edilir və xülasə nəticələri veb-səhifədə göstərilir. Tam nəticələr NCBI-nin Genome Workbench qrafik görüntüləyicisində baxmaq üçün endirilə bilər və yenidən qurulmuş funksiyalar üçün annotasiya məlumatları, habelə xülasə məlumatları da yükləmək üçün mövcuddur.

Ardıcıllıq məlumatlarına baxmaq və təhlil etmək üçün inteqrasiya olunmuş proqram. Genome Workbench ilə siz NCBI-də ictimaiyyətə açıq olan ardıcıllıq verilənlər bazalarında məlumatlara baxa və bu məlumatları öz məlumatlarınızla qarışdıra bilərsiniz.

İstifadəçilərə verilənlər bazası axtarış nəticələri və ya digər proqram proqramları tərəfindən yaradılmış çoxsaylı düzülmələri vizuallaşdırmağa imkan verən interaktiv veb tətbiqi. MSA Viewer istifadəçilərə düzülmə yükləməyə və əsas ardıcıllığı təyin etməyə və böyütmə və rəngin dəyişdirilməsi kimi funksiyalardan istifadə edərək məlumatları araşdırmaq imkanı verir.

Molekulyar biologiya üçün portativ, modul proqram təminatı istehsal etmək üçün NCBI tərəfindən istifadə olunan proqram təminatı və məlumat mübadiləsi spesifikasiyaları toplusu. Alətlər qutusundakı proqram təminatı ilk növbədə Beynəlxalq Standartlar Təşkilatının (ISO) məlumat təqdimat formatı olan Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1) formatında qeydləri oxumaq üçün nəzərdə tutulmuşdur.

Laboratoriya üçün xüsusi protokollar əsasında multipleks qısa tandem təkrar (STR) DNT profillərinin qiymətləndirilməsini asanlaşdıran ictimai domen keyfiyyət təminatı proqram paketi. OSIRIS müstəqil əldə edilmiş riyazi əsaslı ölçü alqoritmindən istifadə edərək xam elektroforez məlumatlarını qiymətləndirir. O, iki yeni yüksək keyfiyyət ölçüləri təklif edir - uyğunluq səviyyəsi və ölçü qalığı. O, fon səs-küyü parametrləri, fərdiləşdirilmiş adlandırma konvensiyaları və əlavə daxili laboratoriya nəzarətləri kimi laboratoriyaya xas imzaları yerləşdirmək üçün fərdiləşdirilə bilər.

İstifadəçi ardıcıllığında və ya verilənlər bazasında olan ardıcıllıqla bütün açıq oxu çərçivələrini tapan qrafik analiz aləti. On altı müxtəlif genetik koddan istifadə edilə bilər. Çıxarılan amin turşusu ardıcıllığı müxtəlif formatlarda saxlanıla və BLAST istifadə edərək zülal verilənlər bazasında axtarıla bilər.

Primer-BLAST aləti PCR primerlərini ardıcıllıq şablonuna dizayn etmək üçün Primer3-dən istifadə edir. Potensial məhsullar daha sonra nəzərdə tutulan hədəfin spesifikliyini yoxlamaq üçün istifadəçi tərəfindən müəyyən edilmiş verilənlər bazalarına qarşı BLAST axtarışı ilə avtomatik təhlil edilir.

Zülalların genomik nukleotid ardıcıllığına uyğunlaşdırılmasının hesablanması üçün bir yardım proqramı. O, Needleman Wunsch qlobal hizalama alqoritminin dəyişikliyinə əsaslanır və xüsusilə intronlar və birləşmə siqnalları üçün hesablanır. Bu alqoritm sayəsində ProSplign birləşmə yerlərinin müəyyən edilməsində dəqiqdir və ardıcıllıq xətalarına dözümlüdür.

PUG proqram interfeysi vasitəsilə PubChem xidmətlərinə çıxışı təmin edir. PUG istifadəçilərə məlumatları endirməyə, kimyəvi struktur axtarışlarına başlamağa, kimyəvi strukturları standartlaşdırmağa və E-utilities ilə qarşılıqlı əlaqə yaratmağa imkan verir. PUG-ə ya standart URL-lərdən istifadə etməklə, ya da SOAP vasitəsilə daxil olmaq olar.

Standartlaşdırma, PubChem terminologiyasında, töhfə verənlərin orijinal strukturlarından PubChem Compound qeydlərini yaratmaq üçün istifadə edilən eyni üsulla kimyəvi strukturların emalıdır. Bu xidmət istifadəçilərə PubChem-in təqdim etmək istədikləri istənilən strukturu necə idarə edəcəyini görməyə imkan verir.

PubChem Struktur Axtarışı PubChem Mürəkkəb Verilənlər Bazasını kimyəvi quruluşa və ya kimyəvi quruluş nümunəsinə görə sorğulamağa imkan verir. PubChem Sketcher sorğunun əl ilə çəkilməsinə imkan verir. İstifadəçilər həmçinin PubChem Mürəkkəb İdentifikatoru (CID), SMILES, SMARTS, InChI, Molekulyar Formula və ya dəstəklənən struktur fayl formatını yükləmək yolu ilə struktur sorğu daxiletməsini təyin edə bilərlər.

SNP verilənlər bazasında axtarış aparmaq üçün BLAST istifadə edərək genotip, metod, populyasiya, təqdim edən, markerlər və ardıcıllıq oxşarlığı üzrə axtarışa imkan verən müxtəlif alətlər mövcuddur. Bunlar dbSNP əsas səhifəsinin sol tərəfindəki ""Axtarış"" altında əlaqələndirilir.

Nukleotid və ya zülal ardıcıllığının konfiqurasiya edilə bilən qrafik görüntüsünü və həmin ardıcıllıqla şərh edilmiş xüsusiyyətləri təmin edir. NCBI ardıcıllığı verilənlər bazası səhifələrində istifadə etməklə yanaşı, bu görüntüləyici daxil edilə bilən veb səhifə komponenti kimi mövcuddur. Təfərrüatlı sənədlər, o cümlədən API İstinad bələdçisi, izləyicini öz səhifələrində yerləşdirmək istəyən tərtibatçılar üçün mövcuddur.

cDNA-to-Genomik ardıcıllığın uyğunlaşdırılmasını hesablamaq üçün bir yardım proqramı. O, Needleman-Wunsch qlobal hizalama alqoritminin dəyişikliyinə əsaslanır və xüsusi olaraq intronlar və birləşmə siqnalları üçün hesablanır. Bu alqoritm sayəsində Splign birləşmə yerlərini təyin etməkdə dəqiqdir və ardıcıllıq səhvlərinə dözümlüdür.

Filogenetik ağac məlumatlarını yaratmaq və göstərmək üçün alət. Tree Viewer öz ardıcıllıq məlumatlarınızı təhlil etməyə imkan verir, PDF kimi çap edilə bilən vektor şəkilləri istehsal edir və veb səhifəyə daxil edilə bilər.

Vektor mənşəli ola bilən nuklein turşusu ardıcıllığının seqmentlərini tez müəyyən etmək üçün sistem. VecScreen ixtisaslaşdırılmış qeyri-ehtiyatsız vektor verilənlər bazasında (UniVec) istənilən ardıcıllıqla uyğun gələn seqmentlər üçün sorğu ardıcıllığını axtarır.

Oxşar zülal 3 ölçülü strukturları müəyyən edən kompüter alqoritmi. MMDB-dəki hər bir struktur üçün struktur qonşuları əvvəlcədən hesablanır və MMDB Struktur Xülasə səhifələrindəki keçidlər vasitəsilə əldə edilə bilər. Bu qonşular yalnız ardıcıllıq müqayisəsi ilə tanınmayan uzaq homologları müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər.


Sürünənlərdə bütün genom ov tüfəngi məlumatlarından Genomik V ekzonları

Sürünənlər və məməlilər 300 milyon il əvvəl ayrılaraq yerüstü onurğalılar arasında iki paralel təkamül xətti yaratdılar. Sürünənlərdə iki əsas təkamül xətti meydana gəldi: biri Squamata, digəri isə Testudines, Crocodylia və Aves'i meydana gətirdi. Bu işdə, üç əsas immunoqlobulin (IG) lokusuna və dörd əsas T hüceyrə reseptoru (TR) lokusuna uyğun gələn sürünənlərdə bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı (WGS) məlumatlarından genomik dəyişən (V) eksonlarını təyin etdik. Biz göstəririk ki, Squamata TRG və TRD genlərinə, ilanlarda isə IGKV genlərinə malik deyil. Testudines və Crocodylia'nın nümayəndə növlərində yeddi əsas IG və TR lokusları saxlanılır. Məməlilərdə olduğu kimi, IG lokusunun genləri çox növlü filogenetik analiz vasitəsilə yaxşı müəyyən edilmiş IMGT klanlarına qruplaşdırıla bilər. Biz göstəririk ki, sürünən IGHV və IGLV genləri qurulmuş məməlilər klanları arasında paylanır, onların IGKV genləri isə məməlilər ardıcıllığından demək olar ki, müstəsna olmaqla, tək bir qəbilə daxilində olur. Sürünən və məməli TRAV genləri altı ümumi təkamül kladasına toplanır (çünki IMGT klanları TR üçün müəyyən edilməmişdir). Bunun əksinə olaraq, sürünən TRBV genləri bir neçə məməli üzvü olan üç qrupa toplanır. Bu lokusda məməlilərin V ekzon ardıcıllığı, bu paylaşılan sürünən klanlarından kənarda baş verən müxtəlif təkamül şaxələndirmə proseslərinə məruz qalmış kimi görünür. Bu ardıcıllıqları sərbəst mövcud olan ictimai repozitoriyada (http://vgenerepertoire.org) əldə etmək olar.

Bu, abunə məzmununun, qurumunuz vasitəsilə girişin önizləməsidir.


Bitki-faydalı psevdomonadalarda həşərat patogenliyi: filogenetik paylanma və müqayisəli genomika.

Pseudomonas cinsinin bakteriyaları müxtəlif mühitləri tutur. Pseudomonas fluorescens qrupu, patogenin yatırılması da daxil olmaqla, bitki üçün faydalı xüsusiyyətləri ilə xüsusilə məşhurdur. Bu qrupun bəzi suşlarının həşərat sürfələrində də ölümcül infeksiyalara səbəb olması ilə bağlı son müşahidələr, lakin bu bakteriyaların daha çox yönlü ekologiyasına işarə edir. Biz göstəririk ki, üç qitədən təcrid olunmuş və üç filogenetik cəhətdən fərqlənən üç alt təbəqəni əhatə edən 26 P. fluorescens qrup ştammları, ölümcüldən avirulentə qədər, lepidopteran sürfələrinə qarşı müxtəlif fəaliyyətlər nümayiş etdirdilər. Pseudomonas chlororaphis və Pseudomonas protegenlərini əhatə edən 1-ci alt sinifin bütün ştammları, mənşəyindən (heyvanlar, bitkilər) asılı olmayaraq yüksək insektisid xüsusiyyətinə malikdir. Müqayisəli genomika bu alt sinifdəki suşların bitki və həşəratla əlaqəli həyat tərzləri arasında keçid etməyə imkan verən spesifik əlamətlərə malik olduğunu ortaya qoydu. Biz bütün yüksək insektisid ştammlara xas olan 90 gen (1-ci alt sinif) və 1-ci alt sinifin bütün ştammları üçün ümumi olan və 3-cü alt sinifin bəzi orta dərəcədə insektisid suşlarında mövcud olan 117 gen müəyyən etdik. Seçilmiş genlərin mutasiya analizi, həşərat patogenliyində xitinaz C və fosfolipaz C. Tədqiqat bitki üçün faydalı psevdomonadalarda insektisid fəaliyyətini təyin edən əlamətlərin genetik əsasları və filogenetik paylanması haqqında məlumat verir. Bitki patogenlərinə və ot yeyən həşəratlara qarşı güclü ikili aktivliyə malik ştammlar məhsullar üçün inteqrasiya olunmuş zərərvericilərlə mübarizədə istifadə üçün böyük potensiala malikdir.

Rəqəmlər

Filogenez P. fluorescens…

Filogenez P. fluorescens əsas genom əsasında qrup. Genomlar ardıcıllıqla...

İnsektisid fəaliyyəti, patogenlər haqqında ümumi məlumat...

İnsektisid fəaliyyətinə, patogenin yatırılmasına və əlaqəli gen qruplarının mövcudluğuna ümumi baxış…

26 suşda insektisid aktivliyə, patogenin yatırılmasına və əlaqəli gen qruplarının mövcudluğuna ümumi baxış. P. fluorescens qrup. Rəngli qutular bu tədqiqat çərçivəsində qiymətləndirilən həşəratlara və bitki patogenlərinə qarşı fəaliyyəti təmsil edir: yüksək aktivlik, orta aktivlik, fəaliyyət yoxdur. İnsektisid aktivliyi inyeksiya testlərində qiymətləndirilmişdir G. mellonella sürfələrə və qidalanma testlərinə qarşı P. xylostellaS. littoralis sürfələr və təsvir edilən fəaliyyətlər Şəkil 3, Cədvəl 2, Əlavə Şəkil S2 və Əlavə Cədvəl S4-də təqdim olunan nəticələrə əsaslanır. Xəstəliyin yatırılması bir xiyarda qiymətləndirildiPythium ultimum analiz və fəaliyyətlər Əlavə Cədvəl S5-də təsvir edilmiş məlumatlara əsaslanır. Ulduz işarəsi ilə göstərilən suşların əvvəlki tədqiqatlarda bitki xəstəliklərinə qarşı bionəzarət fəaliyyətinə malik olduğu bildirilmişdir (Cədvəl 1). In vitro qarşı iki mühitdə miseliya artımının ləngiməsi qiymətləndirilmişdir P. sonFusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici və fəaliyyətlər Əlavə Şəkil S3-də göstərilən nəticələrə əsaslanır. Boz qutular insektisid suşlarla (bu tədqiqat) əlaqəli olduğu aşkar edilmiş və ya göstərilən antifungal metabolitlərin istehsalı üçün tələb olunan seçilmiş genlərin/gen qruplarının mövcudluğunu təmsil edir. indiki, qismən mövcuddur, yox. Mövcudluğu/yoxluğu yoxlanılan dəqiq lokuslar Əlavə Cədvəl S1-də göstərilmişdir. Orada əlavə genlər, eləcə də bütün əlavə suşlar təqdim olunur. a İnsektisid fəaliyyəti göstərən ştamlar üçün spesifik olması üçün müqayisəli genomika ilə müəyyən edilmiş seçilmiş genlər. Tam siyahı Əlavə Cədvəl S6-da təqdim olunur. P. fluorescens insektisid toksin çoxluğu (uyğun), xitinaz C (chiC), fosfolipaz C (plcN), metallopptidaza AprX (aprX), rebB-klaster (rebB), psl-klaster (psl). b Bu tədqiqatda insektisid fəaliyyətinə töhfə verdiyi göstərilən genlər (chiCplcN) və ya başqa yerdə (uyğun) (Péchy-Tarr və b., 2008 Ruffner və b., 2013). c Göstərilən antifungal metabolitlərin istehsalı üçün tələb olunan gen qruplarının mövcudluğu/yoxluğu. DAPG, 2,4-diasetilfloroglisinol Phz, fenazin HCN, hidrogen siyanid Prn, pirrolnitrin Plt, pyoluteorin HPR, 2-heksil-5-propil-alkilresorsinol.

Ağızdan və sistemli insektisid fəaliyyəti...

Ağızdan və sistemli insektisid fəaliyyəti xüsusi filogenetik alt qrupların ştammları ilə məhdudlaşır...

törəməsi P. protegenləri…

törəməsi P. protegenləri Xüsusi bir xitinaz üçün CHA0 çatışmazlığı azalır ...