Məlumat

16S rRNA və 5S rRNA məlumat dəstləri

16S rRNA və 5S rRNA məlumat dəstləri


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mənə 16S rRNA və 5S rRNA (Gammaproteobacteria - E.coli) ct formatında ikinci dərəcəli struktur faylları lazımdır.

Onları müxtəlif RNT verilənlər bazalarında axtarmağa çalışdım, tapa bilmədim. Kimsə mənə belə məlumat dəstlərini haradan tapacağımı deyə bilərmi?

Əvvəlcədən təşəkkürlər.


RNA STRAND v2.0 - RNT-nin ikincil strukturu və statistik ANAliz verilənlər bazası http://www.rnasoft.ca/strand/

16S rRNA: ct formatında ikinci dərəcəli struktur faylı

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00111&check_out_the=Molekulun+RNT+ardıcıllığına+və+ikinci+strukturuna+baxın CRW_00111

5S rRNA: ct formatında ikinci dərəcəli struktur faylı

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00573&check_out_the=Molekulun+RNT+ardıcıllığına+və+ikinci+strukturuna+baxın CRW_00573


RNT növləri (ribonuklein turşusu): 4 növ

3-4 növü olan ən bol RNT-dir (ümumi sayının 70-80%-i). Onun bəzi növləri (23S, 28S) bütün RNT-lərin ən uzunudur. Adından da göründüyü kimi, rRNT ribosomların tərkib hissəsidir.

Burada zülal molekulları arasında və üzərində qıvrılmış vəziyyətdədir. Sedimentasiya əmsalından asılı olaraq, eukariotların RNT-ləri dörd növdür - 28S, 18S, 5.8S və 5S.

Prokaryotik ribosomlarda üç növ RNT var - 23S, 16S və 5S. 28S, 5.8S və 5S (prokaryotlarda 23S və 5S) ribosomun daha böyük alt bölməsində, 18S (prokaryotlarda 16 S) isə ribosomun daha kiçik alt bölməsində olur. rRNT eukariotlarda 45S və prokaryotlarda 30S daha uzun zəncir şəklində transkripsiya edilir.

Eukaryotik transkriptdə 5′ → 3′ istiqamətində düzülmə 18S — 5.8S — 28S-dir. Spacer RNT-nin çıxarılmasından əvvəl bir neçə metilasiya baş verir. Spacer RNT-nin çıxarılması transkripti 2-3 hissəyə bölür. 5S tez-tez ayrıca transkripsiya edilir.

(i) rRNA-lar zülal molekullarını bağlayır və ribosomları əmələ gətirir,

(ii) 18S rRNT-nin ucu (prokaryotlarda 16S) mRNT-nin qapaq bölgəsinin nukleotidlərini tamamlayır.

(iii) 5S rRNT və ətrafdakı zülal kompleksi tRNT üçün bağlanma yerini təmin edir.

rRNA-lar ribosom alt bölmələri yaratmaq üçün xüsusi zülallarla əlaqələndirilir. Prokaryotik ribosomun 50S alt bölməsində 23S rRNT, 5S rRNT və təxminən 32 protein molekulu var. Prokaryotik ribosomun 30S alt bölməsində 16S rRNT və təxminən 21 protein molekulu var.

Eukaryotik ribosomun 60S alt bölməsində 28S rRNA, 5S rRNA, 5.8S rRNT və 50-yə yaxın protein molekulu var. Eukaryotik ribosomun 40S alt bölməsi 18S rRNT və təxminən 33 protein molekulundan ibarətdir.

Növ # 2. Transfer RNT (tRNT):

O, həmçinin həll olunan və ya sRNT adlanır. 100-dən çox tRNT növü var. Transfer RNT ümumi RNT-nin təxminən 15%-ni təşkil edir. tRNT 70-85 nukleotid və çöküntü əmsalı 4S olan ən kiçik RNT-dir. Onun bir neçə nukleotidinin azot əsasları dəyişdirilir, məsələn, psevduridin (ψ), dihidrouridin (DHU), inozin (I).

Bu, başqa cür tək zəncirli tRNT-nin L-şəkilli (üçölçülü, Klug, 1974) və ya yoncaya bənzər formada (iki ölçülü, Holley, 1965) qıvrılmasına səbəb olur. Nukleotidlərin təxminən yarısı qoşalaşmış gövdələr yaratmaq üçün əsas qoşalaşmışdır. Beş bölgə qoşalaşmamış və ya tək zəncirlidir— AA bağlama yeri, T ψ С döngəsi, DHU döngəsi, əlavə qol və antikodon halqası.

(i) Antikodon:

mRNT-nin kodonunu tanımaq və ona qoşulmaq üçün üç azot bazasından ibarətdir.

(ii) AA Məcburi Sayt:

O, antikodonun qarşısındakı 3'ün sonunda yerləşir və CCA-OH qrupuna malikdir. Bu CCA qrupu transkripsiyadan sonra əlavə edilir (5′ sonunda G işarəsi daşıyır). Amin turşusu və ya AA bağlayan yer və antikodon tRNT-nin iki tanınma yeridir.

(iii) T ψ C Döngəsi:

Tərkibində psevduridin var. Döngə ribosomlara bağlanma yeridir,

(iv) DHU Döngəsi:

Döngə dihidroridin ehtiva edir. Aminoasil sintetaza fermenti üçün bağlanma yeridir,

(v) Əlavə Qol:

Bu, T ψ C döngəsi və antikodon arasında yerləşən dəyişən sahə qolu və ya ilmədir. Əlavə qolun dəqiq rolu məlum deyil.

(i) tRNA, polipeptidlərin sintezi üçün amin turşularını ribosomlara köçürmək üçün nəzərdə tutulmuş adapter molekuldur. Fərqli amin turşuları üçün müxtəlif tRNA-lar var. Bəzi amin turşuları 2-6 tRNT tərəfindən götürülə bilər. tRNA-lar mRNT-nin sidonlarına görə polipeptid sintezi zamanı müəyyən nöqtələrdə xüsusi amin turşuları daşıyır.

Kodonlar tRNA-ların antikodonları tərəfindən tanınır. Xüsusi amin turşuları xüsusi aktivləşdirici və ya aminoasil sintetaza fermentləri tərəfindən tanınır,

(ii) mRNA-lar üzərində peptidil zəncirlərini saxlayırlar.

Növ # 3. Messenger RNT (mRNT):

Ümumi RNT tərkibinin 2-5%-ni təşkil edən uzun bir RNT-dir. O, xüsusi növ polipep və şitidin əmələ gəlməsi üçün DNT-dən göstərişlər gətirir. Təlimatlar onun nukleotidlərinin əsas ardıcıllığında mövcuddur. Ii genetik kod adlanır. Üç bitişik azot əsası müəyyən bir amin turşusunu təyin edir.

Polipep və şitidin əmələ gəlməsi ribosom üzərində baş verir. mRNT ribosoma bağlanır. tRNA-lar mRNT üzərində mövcud olan kodonların ardıcıllığına uyğun olaraq müəyyən bir ardıcıllıqla amin turşularını gətirmək üçün induksiya edilir. mRNT 5-ci terminalda metilləşmiş bölgəyə malikdir.

Ribosomla birləşmə üçün qapaq rolunu oynayır. Qapağın ardınca ya dərhal, ya da kiçik kodlaşdırılmayan bölgədən sonra başlanğıc kodonu (AUG) gəlir. Sonra kodlaşdırma bölgəsi və ardınca xitam kodonu (UAA, UAG və ya UGA) var. Daha sonra 3' terminalda kiçik kodlaşdırılmayan bölgə və poli A sahəsi var (Şəkil 9.24). Bir mRNT yalnız bir polipeptidi və ya onların sayını təyin edə bilər.

Birincisi monosistronik, ikincisi isə polikistronik adlanır. Polikistronik mRNT prokaryotlarda daha çox rast gəlinir. Eukaryotik mRNT adətən monosistronikdir.

mRNT-nin həyat müddəti də dəyişkəndir. Bəzi aşağı formalarda bir neçə dəqiqədən bir neçə saata qədər olur. Digər tərəfdən, daha yüksək formaların mRNA-larının uzun ömürlü olduğu görünür. Nüvə pozulmuş olsa belə, hemoglobin əmələ gətirməyə davam edən gənc qırmızı qan cisimcikləri halında bir neçə gündür.

(i) mRNT polipeptid forma və şitasiyaya çevrilmək üçün kodlaşdırılmış məlumat daşıyır.

(ii) Əks transkripsiya vasitəsilə gen mühəndisliyində istifadə olunan kompakt genlər yarada bilər. Bu fenomen təbiətdə də baş verir və genomlara müəyyən genlər əlavə etdi,


Nüvə (18S, 5.8S, 28S və 5S) və mitoxondrial (12S və 16S) rRNT genlərinin xüsusiyyətləri Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera): quruluş, təşkilat və retrotransposable elementlər

Bu məqalənin təkrar istifadəsinə Creative Commons Deed, Attribution 2·5 uyğun olaraq icazə verilir və bu, kommersiya istismarına icazə vermir.

Mücərrəd

Bal arısı genomunun buraxılmasına müşayiət olunan əlyazma olaraq, biz nüvə (18S, 5.8S, 28S və 5S) və mitoxondrial (12S və 16S) ribosomal RNT (rRNA) kodlayan gen ardıcıllıqlarının (rDNA) bütün ardıcıllığını bildiririk. və əlaqəli daxili və xarici transkripsiya edilmiş spacer bölgələri Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera: Apocrita). Əlavə olaraq, biz digər artropod taksonları ilə müqayisəli ardıcıllıq analizlərinə və ribosomun son nəşr olunmuş kristal strukturlarına istinad əsasında yetkin rRNT molekulları üçün ikinci dərəcəli strukturları proqnozlaşdırırıq. Ümumiyyətlə, bal arısı rRNA-larının strukturları rRNT-nin əsas bölgələrində digər artropodların əvvəlcədən proqnozlaşdırılan rRNT modelləri ilə uyğundur, konservləşdirilməmiş bölgələrdə isə əlavə genişlənmə azdır. Bizim çoxsaylı ardıcıl düzülmələrimiz bir neçə ictimai verilənlər bazasında mövcuddur və həşəratların bütün rRNA-larının qlobal struktur modelinin ilkin yaradılmasını təmin edir. Əlavə olaraq, biz bir neçə təkrarlanan motivlər də daxil olmaqla, xaricdən transkripsiya edilmiş spacer bölgələrini (ETS) və intergenic spacer regionun (IGS) bir hissəsini təşkil edən rDNT sistronlarını əhatə edən ardıcıllığın qorunmuş uzantılarını təqdim edirik. Nəhayət, R2 elementləri digər artropodlarda tapılan adi yerləşdirmə nöqtələrində olduğu üçün nüvənin böyük subunit rDNT-də retrotranspozisiya baş verməsi haqqında məlumat veririk. Maraqlıdır ki, adətən həşəratların genomlarında olan funksional R1 elementləri bal arısının rRNT genlərində aşkar edilməmişdir. R2 elementlərinin əks transkriptaza məhsulları onların ehtimal olunan açıq oxu çərçivələrindən çıxarılır və struktur olaraq başqa bir hymenopteran həşərat, zərgərlik arısı ilə uyğunlaşdırılır. Nasonia (Pteromalidae). Konservləşdirilmiş amin turşuları arasında paylaşılan uzantılar ApisNasonia təsvir edilmişdir və primer dizaynı üçün potensial yerlər kimi xidmət edir, çünki bu R2 elementləri daxilində hədəf amplikonlar Hymenoptera üçün yeni filogenetik markerlər kimi xidmət edə bilər. Ardıcıllığın gözlənilən tamamlanmasını nəzərə alaraq Nasonia genom, biz hesabatımızın nəhayət daha yüksək həşəratlarda hymenopteran genomunun təkamülünə, xüsusən də qorunan rDNT genlərinin, əlaqəli dəyişən boşluq bölgələrinin və retrotranspozisiya olunan elementlərin nisbi saxlanmasına işıq salacağını gözləyirik.


MüxtəliflikSeq

Motivasiya: Gələcək nəsil ardıcıllığı və xüsusilə 16S ribosomal RNT (16S rRNA) gen ardıcıllığı, kollektiv şəkildə insan mikrobiotası kimi tanınan insan rezident mikrobların identifikasiyası və kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün güclü bir texnikadır. Bakteriya bolluğu 16S rRNA gen ardıcıllığı vasitəsilə profilləşdirildikdən və hesablama məlumat dəstində ümumiləşdirildikdən sonra müxtəliflik indeksləri insan mikrobiotasının tərkibini araşdırmaq üçün qiymətli riyazi alətlər təqdim edir. Qısacası, alfa müxtəlifliyi bir nümunənin taksonomik mürəkkəbliyini təsvir etmək üçün istifadə edilə bilər, beta müxtəlifliyi isə nümunələr arasındakı fərqləri müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər.

Nəticələr: DiversitySeq paketi vahid çərçivədə (Finotello et al., 2016) nəzərdən keçirilən müxtəliflik indekslərinin bütün panelini həyata keçirir və bu, say məlumat dəstlərindən müxtəlifliyin qiymətləndirilməsinə imkan verir. DiversitySeq həmçinin 16S rRNA gen ardıcıllığından sintetik hesablama məlumat dəstlərinin yaradılması üçün simulyator həyata keçirir. 16S rRNA gen ardıcıllığı məlumatlarından əlavə, bu paket 5S rRNA gen ardıcıllığı, ətraf mühitin metagenomikası və ya daha çox üst-üstə düşməyən müxtəlif siniflər üçün hesablanan hər hansı növ matrisin sayları kimi oxşar xüsusiyyətlərə malik digər məlumat dəstləri ilə istifadə edilə bilər.

Sitat

Tədqiqatınız üçün proqram təminatından istifadə edirsinizsə, lütfən, aşağıdakı sitatla orijinal DiversitySeq sənədinə müraciət edin.

Finotello F, Mastrorilli E, Di Camillo B. Məqsədli növbəti nəsil ardıcıllığı ilə insan mikrobiotasının müxtəlifliyinin ölçülməsi. Bioinformatika üzrə brifinqlər. 2018 iyul 19(4):679-692.


Eksperimental prosedurlar

RRNT ikincil strukturunun proqnozu

Yığılmış bal arısı rDNT ardıcıllıqları Müqayisəli RNT saytında (CRW Siter) proqnozlaşdırılan və tərtib edilən buğumayaqlı rRNA modellərinə (nl 18S, 5.8S, 28S, 5S rRNAs mt 12S və 16S rRNAs) inteqrasiya edilib. .icmb.utexas.edu) və jRNA vebsaytı (http://hymenoptera.tamu.edu/rna). Spiral nömrələmə aşağıdakıları izləyir E. coli sistemi CRW saytında mövcuddur. Kovariasiya analizi, termodinamik alqoritmlər və qeyri-müəyyən uyğunlaşdırılmış bölgələr daxil olmaqla, ikinci dərəcəli struktur modellərindən istifadə edərək RNT ardıcıllığının uyğunlaşdırılması ilə bağlı məlumatlar hər iki veb-saytda mövcuddur. İkinci dərəcəli struktur model diaqramları XRNA proqramı ilə yaradılmışdır (B. Weiser və H. Noller, Santa Cruz Universiteti, Kaliforniya). Əsas cüt tezlik cədvəlləri və struktur diaqramları CRW Saytında mövcuddur. Əvvəlki artropod rRNT strukturlarımızla burada təqdim olunanlar arasındakı fərqlər jRNA saytında təsvir edilmişdir.

IGS ardıcıllığının müqayisəsi

Blast üçün 28S rRNA-nın 3′-terminal ucunu və 18S rRNA-nın 5′-terminal ucunu əhatə edən qorunmuş rDNT ardıcıllıqlarından istifadə edilmişdir (Altschul). və b., 1990) Bal Arısı Genom Məlumat Bazasında axtarışlar (http://racerx00.tamu.edu/bee_resources.html). 3-cü montajda bütün variantlar, o cümlədən təyin olunmamış qruplar (zibil 0) araşdırıldı, lakin demək olar ki, istisnasız olaraq, bütün Partlayış nəticələri montaj 3-ün təkrar oxunuşlarında idi. Defolt Partlayış parametrləri istifadə edildi, lakin biz aşağı mürəkkəblik üçün filtrləmədik. Nəticələr şəxsiyyətləri olan master-slave kimi baxıldı və 500 təsvir və düzülmə ilə nümayiş olundu. Ardıcıllığı genişləndirmək üçün sonrakı Blast axtarışlarında istifadə edilən oxunuşları müəyyən etmək üçün master-slave istifadə etdik. Yalnız dörd və ya daha çox dəfə təkrarlanan ardıcıllıq fərqləri bildirildi. Unikal və nadir SNP fərqləri bildirilməyib. Ardıcıllıqlar daha sonra SeAl v2.0a11-də əl ilə düzüldü (Rambaut, 1996). IGS-nin 5′-ucu üçün yalnız bir hizalanma, IGS və ETS bölgələrinin 3′-ucu üçün üç hizalanma edildi. Düzəlişlər jRNA saytında mövcuddur.

Buğumayaqlılarda R1 və R2 elementləri üçün qorunan daxiletmə yerlərini əhatə edən R1 və R2 elementlərinin proqnozlaşdırılması rDNT ardıcıllığı yuxarıda müzakirə olunan Partlayış strategiyasından istifadə etməklə tərtib edilmişdir. rDNT daxiletmə sahəsinin 5′- və ya 3′ ucuna daxil edilmiş qeyri-rDNT ardıcıllıqlarını ehtiva edən nəticələr əl ilə düzülmə üçün SeAl-a ixrac edildi. Əlavə Blast axtarışları, 5′- və 3′-uclarından R elementləri arasında “gəzməyə” imkan verən düzülmüş ardıcıllığın qorunmuş bölgələrindən istifadə etməklə həyata keçirildi. R2 elementlərini tamamladıqdan sonra RT zülalının ORF-ni təyin etmək üçün konsensus ardıcıllığını altı çərçivəyə çevirdik. Bu, ehtimal olunan başlanğıc və dayanma kodonlarını müəyyən etməyə imkan verdi. Bal arısının R2 elementinin nukleotid və amin turşusu ardıcıllığı zərgərlik arısının R2-B elementi ilə uyğunlaşdırılmışdır, Nasonia sp. (GenBank qoşulma nömrəsi AF090145). Düzəliş, artropodlardan olan RT zülallarının nəşr edilmiş strukturuna istinad edərək əl ilə həyata keçirildi (Burke və b., 1999 ).


Mücərrəd

Bakteriyalarda və arxeyalarda 16S rRNA kimi tanınan kiçik subunit ribosomal RNT geninin ictimaiyyətə açıq ardıcıllıq verilənlər bazaları sürətlə böyüyür və daxil olanların sayı hazırda 4 milyonu keçir. Bununla belə, bütün bakteriyalar və arxeya üçün vahid təsnifat və nomenklatura çərçivəsi hələ mövcud deyil. Bu Təhlil məqaləsində biz 16S rRNA gen ardıcıllığı identifikasiyası əsasında bakteriya və arxelərin yüksək taksonları üçün rasional taksonomik sərhədlər təklif edirik və mədəni bakteriya və arxelərin taksonomiyası ilə uyğun gələn mədəniyyətsiz taksonların məhdudlaşdırılması üçün əsaslandırma təklif edirik. Təhlillərimiz göstərir ki, yalnız demək olar ki, tam 16S rRNA ardıcıllığı taksonomik müxtəlifliyin dəqiq ölçülərini verir. Bundan əlavə, təhlillərimiz göstərir ki, yüksək taksonların 16S rRNT ardıcıllığının əksəriyyəti cari onilliyin sonuna qədər ekoloji tədqiqatlar zamanı aşkar ediləcək.


Metodlar

Bakterial suşlar və böyümə şəraiti

Yoluxucu, aşağı keçid B. burgdorferi N40 Dr. L. Bockenstedt (Yale Universiteti, New Haven, CT) tərəfindən təmin edilmişdir. Yoluxucu olmayan yüksək keçid B. burgdorferi B31 Dr. J. Radolf (University of Connecticut Health Center, Farmington, CT) tərəfindən təmin edilmişdir. B. burgdorferi 297 (klon BbAH130) Dr. M. Norgard (Texas Cənub-Qərb Tibb Mərkəzi Universiteti, Dallas, TX) tərəfindən təmin edilmişdir. Bu yoluxucu vəhşi tipli ştamm Δ üçün valideyn ştammı idi.relBbu B. burgdorferi [19]. B. burgdorferi ştammlar 6% dovşan serumu (Sigma) (tam BSK-H) ilə əlavə edilmiş BSK-H (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) içərisində 34ºC-də saxlanılıb, əgər başqa cür göstərilməyibsə. Hüceyrə nömrələri əvvəllər təsvir edildiyi kimi qaranlıq sahə mikroskopiyası ilə müəyyən edilmişdir [17].

DNT izolyasiyası və PCR

dən DNT B. burgdorferi Yüksək Təmiz PCR Şablon Hazırlama Kitindən (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, IN) istifadə edərək təcrid edilmişdir. PCR gücləndirilməsi istifadə edərək həyata keçirildi Taq DNT polimeraza (Sibgene, Derwood, MD). PCR üçün istifadə olunan primerlər Cədvəl ​ Cədvəl 1-də verilmişdir. 1 . PCR, Idaho Technology RapidCycler (Idaho Technology Inc., Salt Lake City, UT) istifadə edərək, 10 cl son həcmdə həyata keçirildi. Gücləndirmə proqramı 15 saniyə ərzində 94°C-də denatürasiyadan və ardınca 10 saniyə ərzində 94°C-lik 37 dövr-10 saniyə üçün 53°C-50 saniyə ərzində 72°C (tRNA-Ala2 və ya tRNA-Ila2 üçün) dövrü əhatə edirdi. dəq (tRNA Ile -23S rRNA bölgəsi üçün) və 72ºC-də 30 saniyə ərzində son uzadılması.

RNT izolyasiyası və RT-PCR

-dən RNT B. burgdorferi istehsalçının tövsiyələrinə uyğun olaraq TRIzol Reagenti (Invitrogen Life texnologiyası, Carlsbad, CA.) ilə təcrid olunmuş və DNT çirklənməsini aradan qaldırmaq üçün RQ1 RNase-siz DNase (Promega Corporation, Madison, WI) ilə müalicə edilmişdir. RT-PCR üçün istifadə olunan primerlər Cədvəl ​ Cədvəl 1 1-də və onların yerləri Şəkil ​ Şəkil1-də göstərilmişdir. 1 . RT-PCR aşağıdakı şərtlərdən istifadə etməklə RapidCycler-də Access RT-PCR sistemindən (Promega) istifadə edərək həyata keçirildi: 48°C-də 45 dəqiqə ərzində əks transkripsiya, 2 dəqiqə ərzində 94°C-də denaturasiya və ardınca 94°C-nin 35 dövrü. 10 sec-52ଌ (5S rRNA, tRNA Ile , tRNA Ala , tRNA Ala - tRNA Ile , tRNA Ile - 23S rRNA, 23S rRNA - 5S rRNA və 5S rRNA -NARNA 5S rRNA -NARNA-lararası sr və ya rRNA - rRNA-lararası ǀ, tRNA Ala - tRNA Ile ) 23S rRNA və 16S rRNA-tRNA Ala intergenic region) 10 san-68ºC 50 s (tRNA Ile -23S rRNA və 23S rRNARr2 intergenic region istisna olmaqla, bütün rRNA və tRNA genləri və onların intergenik bölgələri) (tRNA Ile -23S rRNA və 23S rRNA-5S rRNA intergenic bölgələri) və 68ºC-də 5 dəqiqə ərzində yekun uzadılması.

Ümumi DNT və ümumi RNT-nin təcrid edilməsi və ölçülməsi

B. burgdorferi B31 34°C-də 6% dovşan serumu ilə və ya onsuz BSK-H-də 3°C-də 104 hüceyrə/ml və ya 23°C-də 6% dovşan serumu ilə BSK-H-də yetişdirilmişdir. B. burgdorferi 50-70 ml kulturalardan sentrifuqalama yolu ilə toplanmış, iki dəfə PBS, pH 7.5 ilə yuyulmuş, 900 ºPBS-də yenidən suspenziya edilmiş və 0ºC-də 100 º 50% trixloroasetik turşu ilə qarışdırılmışdır. 0°C temperaturda ən azı 15 dəqiqədən sonra hüceyrələr bağlayıcılar olmadan (Millipore, İrlandiya, 25 mm diametrli, 2,7 ½ milyard sm hissəcik nüfuzu) şüşə lifli filtrlərdə toplandı və 20 ml 5% trixloroasetik turşu ilə yuyuldu. Tutulmuş hüceyrələrin olduğu filtrlər qatlanmış, sınaq borusunun dibinə (13 x000d7 100 mm) qoyulmuş və 2 ml 5% trixloroasetik turşu ilə örtülmüşdür. Boruların qapaqları bağlandı və 20 dəqiqə ərzində 90°-95°C su banyosuna qoyuldu. Soyuduqdan sonra şüşə süzgəclər sentrifuqalama yolu ilə çökdürüldü və DNT və RNT konsentrasiyaları difenilamin (DNT üçün) və ya orsinol (RNT üçün) analizləri ilə supernatant mayenin alikvotlarında kolorimetrik olaraq təyin olundu [22,23]. Hər bir təcrübə iki texniki təkrarla iki dəfə təkrarlandı. Məlumatlar ± SE vasitələri kimi təqdim olunur.

Ümumi zülalın ölçülməsi

B. burgdorferi B31 yuxarıdakı kimi yetişdirildi. B. burgdorferi 1,5 ml kulturadan alınan hüceyrələr sentrifuqalama yolu ilə toplanmış, mədəniyyət mühitindən əldə edilən hər hansı yapışqan zülalları çıxarmaq üçün iki dəfə PBS, pH 7,5 ilə yuyulmuş, tərkibində 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 0,15 MC olan 50 ml lizis tamponunda yenidən suspenziya edilmişdir. 1 mM EDTA 0,1% Triton X-100 və 10 dəqiqə buz üzərində inkubasiya edilib. Ümumi zülal Bredford metodu [47] (Bio-Rad Protein Assay, Bio-Rad Laboratories) ilə iribuynuzlu heyvan serum albumin standartı ilə ölçüldü. Hər bir təcrübə iki texniki təkrarla iki dəfə təkrarlandı. Məlumatlar ± SE vasitələri kimi təqdim olunur.

(p)ppGpp-nin aşkarlanması

(p)ppGpp [32 P]-etiketlidən çıxarılmışdır B. burgdorferi və əvvəllər təsvir edildiyi kimi selüloz PEI-TLC plitələrində (Selecto Scientific, Suwanee, GA) xromatoqrafiyadan keçirilmişdir [17]. Plitələr havada qurudulmuş, 12-24 saat ərzində fosfor ekranına (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) məruz qalmış və Storm 860 PhosphorImager (Molecular Dynamics) istifadə edərək skan edilmişdir.

Əks transkripsiya və Real vaxtda PCR

cDNT sintezi cəmi 1 μg ilə həyata keçirilmişdir B. burgdorferi Təsadüfi primerlərdən istifadə edən RNT p(dN)6 (Roche) və quş miyeloblastozu virusunun əks transkriptazı (Promega) istehsalçının tövsiyələrinə uyğun olaraq. Kəmiyyətləndirmək üçün flaB mRNA və 16S və 23S rRNA, nəticədə cDNA-lar gücləndirildi və LightCycler Master SYBR Green I Mixture (Roche) istifadə edərək LightCycler Real-time PCR alətində (Roche) təhlil edildi. PCR əvvəllər təsvir olunduğu kimi şüşə kapilyarlarda 20 ºCl son həcmdə aparıldı [18]. Gücləndirmə proqramı 2 dəqiqə ərzində 95°C-də denaturasiyadan və ardınca 1s-55°C üçün 35 dövr 95°C-dən ibarət idi.flaB və 23S rRNA) və ya 57ºC (16S rRNA) 5 s-72ºC üçün 10 s. Hər bir RNT izolatı üçün ən azı iki dəfə PCR reaksiyaları aparılmışdır. Ən azı iki müstəqil mədəniyyətdən təcrid olunmuş RNT temperatur dəyişikliyi ilə təcrübələr üçün istifadə edilmişdir. Təcrübələrdə hər bir RNT izolatı üçün PCR reaksiyaları 4 dəfə aparılmışdır relBbumutant və RNT 2, 4 və 5-ci günlər üçün bir mədəniyyətdən və 3 və 6-cı günlər üçün iki müstəqil mədəniyyətdən təcrid edilmişdir. 16S rRNA-nın kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün iki fərqli primer dəstindən istifadə edilən nəticələr (Cədvəl 1, 1, Şəkil & #x200B Şəkil1) 1 ) oxşar idi və buna görə də birləşdirildi. Müvafiq 10 3 -10 6 hüceyrədən genomik DNT B. burgdorferi hər Real-vaxt PCR-də tədqiq edilən genlər üçün cDNT miqdarını qiymətləndirmək üçün standart olaraq ştammdan istifadə edilmişdir. Nümunələr konstitutiv olaraq ifadə edilən cDNT miqdarına normallaşdırıldı flaB. Nisbi rRNT ifadə səviyyələri (nüsxə rRNA/nüsxə flaB) hər bir fərdi rRNT növü (16S və ya 23S rRNA) üçün hesablanmışdır. Çünki flaB mRNT ifadəsi konstitutivdir [48,49] və flaB replikasiyanın mənşəyindən distal olan xromosomda yerləşir [50] bu, xromosomun yalnız bir nüsxəsinin olmasını təmin edir. flaB/borrelial hüceyrə, ilə normallaşma flaB adekvatdır. Müxtəlif temperaturlu RT RT-PCR təcrübələrində bu ifadə səviyyələri 23ºC və 10 6 hüceyrə/ml-də BSK-H-də böyümə zamanı ifadəyə daha da normallaşdırıldı. Δ ilə təcrübələrdərelBbu, ifadə səviyyələri ikinci gündə - 16S və 23S rRNA üçün ayrı-ayrılıqda RNT-nin toplandığı ilk gündə vəhşi tipin ifadəsinə normallaşdırıldı. Hər bir rRNT növünün nisbi rRNT ifadəsi orta ± SE kimi təqdim olunur.

Statistik üsullar

rRNT transkripsiyasının orta səviyyələrindəki fərqlər, hüceyrə nömrələri və ümumi DNT, RNT və zülal miqdarında fərqlər Tukey-Kramer çoxlu müqayisəli post-testi ilə birtərəfli dispersiya təhlilindən istifadə etməklə statistik təhlil edilmişdir. P 0,05 olduqda fərqlər əhəmiyyətli hesab edilir.


Ribosomal RNT

Redaktorlarımız təqdim etdiyinizi nəzərdən keçirəcək və məqaləyə yenidən baxılıb-bağlanmayacağını müəyyənləşdirəcək.

Ribosomal RNT (rRNT), ribosom kimi tanınan zülal sintez edən orqanoidin bir hissəsini təşkil edən və messenger RNT (mRNT)-dəki məlumatın zülala çevrilməsinə kömək etmək üçün sitoplazmaya ixrac edilən hüceyrələrdəki molekul. Hüceyrələrdə baş verən üç əsas RNT növü rRNT, mRNT və transfer RNT (tRNA)dır.

rRNT molekulları nüvənin içərisində sıx bir sahə kimi görünən və rRNT-ni kodlayan genləri ehtiva edən nüvəcik adlanan hüceyrə nüvəsinin xüsusi bölgəsində sintez olunur. Şifrələnmiş rRNA-lar böyük və ya kiçik olaraq fərqlənərək ölçülərinə görə fərqlənirlər. Hər ribosomda ən azı bir böyük rRNT və ən azı bir kiçik rRNT var. Nükleolda böyük və kiçik rRNT-lər ribosom zülalları ilə birləşərək ribosomun böyük və kiçik alt bölmələrini (məsələn, bakteriyalarda müvafiq olaraq 50S və 30S) əmələ gətirir. (Bu alt bölmələr ümumiyyətlə mərkəzdənqaçma sahəsində Svedberq vahidləri [S] ilə ölçülən çökmə sürətinə görə adlandırılır.) Ribosomal zülallar sitoplazmada sintez olunur və nüvədə alt birləşmə üçün nüvəyə daşınır. Daha sonra alt hissələr son montaj üçün sitoplazmaya qaytarılır.

rRNA-lar geniş ikinci dərəcəli strukturlar əmələ gətirir və mRNA və tRNA-nın qorunan hissələrinin tanınmasında fəal rol oynayır. Eukariotlarda (aydın müəyyən edilmiş nüvəyə malik olan orqanizmlər) bir hüceyrədə 50-dən 5000-ə qədər rRNT gen dəsti və 10 milyona qədər ribosom ola bilər. Bunun əksinə olaraq, prokaryotlarda (nüvəsi olmayan orqanizmlər) ümumiyyətlə hər hüceyrədə daha az rRNT gen və ribosom dəstləri olur. Məsələn, bakteriyada Escherichia coli, rRNT genlərinin yeddi nüsxəsi hüceyrə başına təxminən 15.000 ribosom sintez edir.

Arxeya və Bakteriya sahələrində prokaryotlar arasında köklü fərqlər var. Bu fərqlər lipidlərin tərkibində, hüceyrə divarlarında və müxtəlif metabolik yolların istifadəsində aşkar olmaqla yanaşı, rRNT ardıcıllığında da əks olunur. Bakteriyaların və arxeylərin rRNT-ləri eukaryotik rRNT-dən olduğu kimi bir-birindən fərqlidir. Bu məlumat bu orqanizmlərin təkamül mənşəyini başa düşmək üçün vacibdir, çünki o, eukaryotik hüceyrələr inkişaf etməmişdən bir qədər əvvəl bakterial və arxeal xətlərin ümumi bir xəbərçidən ayrıldığını göstərir.

Bakteriyalarda təkamül əlaqəsini araşdırmaq üçün ən çox məlumat verən gendir 16S rRNT, bakterial ribosomun kiçik alt bölməsinin RNT komponentini kodlayan DNT ardıcıllığı. The 16S rRNT gen bütün bakteriyalarda mövcuddur və əlaqəli forma eukariotlar da daxil olmaqla bütün hüceyrələrdə olur. -nin təhlili 16S rRNT bir çox orqanizmlərin ardıcıllığı molekulun bəzi hissələrinin sürətli genetik dəyişikliklərə məruz qaldığını və bununla da eyni cinsdəki müxtəlif növlər arasında fərq qoyduğunu ortaya qoydu. Digər mövqelər çox yavaş dəyişir, daha geniş taksonomik səviyyələri fərqləndirməyə imkan verir.

rRNT-nin digər təkamül təsirləri onun protein sintezi zamanı peptidil transferaza reaksiyasını kataliz etmək qabiliyyətindən irəli gəlir. Katalizatorlar özlərini təşviq edirlər - özləri istehlak edilmədən reaksiyaları asanlaşdırırlar. Beləliklə, rRNT həm nuklein turşularının anbarı, həm də katalizator kimi xidmət edərək, Yerdəki həyatın ilkin təkamülündə əsas rol oynadığından şübhələnir.

Britannica Ensiklopediyasının Redaktorları Bu məqalə ən son olaraq baş redaktor Kara Rocers tərəfindən yenidən işlənmiş və yenilənmişdir.


BİOKİMYA, BİOMİTİCİN & amp Əczaçılıq

1) Genetik kod mRNT-də zülalın amin turşusu ardıcıllığını təyin edən üçlü nukleotid ardıcıllığıdır. Amin turşusunun xüsusiyyətləri istisna olmaqla, aşağıdakılardır:
a) Spesifiklik
b) Universal
c) lazımsız
d) Üst-üstə düşmə

2) Aminoasil t-RNT sintetaza artan polipeptid zəncirinə amin turşularının əlavə edilməsini kataliz edir və bunun üçün dörd yüksək enerjili fosfat lazımdır. Onlar
a) 4 ATP
b) 4 GTP
c) 2 ATP, 2 GTP
d) 1 ATP, 3 GTP

3) Ribosomun tRNT molekulları üçün üç bağlanma yeri (A, P, E) var. Aşağıdakılardan hansı bu saytlarla bağlı düzgün ifadə deyil?
a) A sahəsi daxil olan aminoasil-tRNT-yə bağlanır
b) P sahəsinin kodonunu peptidil-tRNA (tRNT ehtiva edən bir amin turşusu) tutur.
c) E sahəsi ribosomdan çıxarkən boş t-RNT ilə məşğul olur.
d) Yuxarıdakıların heç biri

4) Parıldayan Dalqarno ardıcıllığı mRNT-nin başlanğıc kodonundan altı-on əsas yuxarıda yerləşir. ibarətdir
a) Purinlə zəngin nukleotid ardıcıllığı
b) Pirimidinlə zəngin nukleotid ardıcıllığı
c) Urasil tərkibli nukleotidlərin ardıcıllığı
d) Yuxarıdakıların heç biri

5) Aşağıdakılardan hansı başlanğıc kodonudur?
a) UGA
b) AVG
c) CUA
d) GAA

6) Prokaryotlarda zülal sintezinin başlanmasında başlanğıc faktorları (İF-1, İF-2 və İF-3) iştirak edir. Aşağıdakı amillərdən hansı başlanğıc kodonunu asanlaşdırır?
a) IF-1
b) İF-2
c) İF-3
d) Yuxarıda göstərilənlərin hamısı

7) EF-Tu və EF-T-lər boş yerlərdə kodona uyğun tRNT-yə bağlanır. Bu amillər də iştirak edir. tərcümədən.
a) Təşəbbüs
b) Uzatma
c) Xitam
d) Kəsmə

8) Xloramfenikol zülal sintezini inhibə edərək inhibə edən antibiotiklər sinfidir
a) Aminoasil transferaza
b) Peptidil transferaza
c) Təşəbbüs faktoru 1
d) Uzatma əmsalı

9) Puromisin, tRNT-nin struktur analoqu, zülal sintezini maneə törədən antibiotiklər sinfidir.
a) aminaçiltransferazanı inhibə edir
b) peptidil transferazanı inhibə edir
c) peptid zəncirinin erkən dayandırılması
d) Yuxarıdakıların heç biri

10) Tetrasiklin zülal sintezini bloklayaraq inhibə edən antibiotiklər sinfidir
a) başlanğıc amillərinin bağlanması
b) uzanma faktorlarının tRNT-yə bağlanması
c) aminoasil tRNT-nin mRNT-ribosom kompleksinə bağlanması
d) Yuxarıdakıların heç biri

11) Aşağıdakılardan hansı genetik kodla bağlı doğru deyil?
a) Degenerativdir
b) Birmənalı deyil
c) Demək olar ki, universaldır
d) Üst-üstə düşür
12) Aşağıdakılardan hansı prokariotlarda olan ribosom RNT-nin tərkib hissəsi deyil?
a) 23S rRNT
b) 18S rRNT
c) 16S rRNT
d) 5S rRNT


13) Aşağıdakılardan hansı eukariotlarda mövcud olan ribosom RNT-nin tərkib hissəsi deyil?
a) 28S rRNT
b) 18S rRNT
c) 16S rRNT
d) 5S rRNT

14) Aşağıdakılardan hansı tRNT molekulunda amin turşusunun bağlanma yeridir?
a) 5' sonu
b) 3' sonu
c) antikodon halqası
d) Yuxarıdakıların heç biri

15) Laktoza Operon koordinasiyalı şəkildə ifadə olunan və tənzimlənən laktoza metabolizə edən gen toplusudur. Aşağıdakılar laktoza operonunun geni deyil:
a) LacX
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

16) Aşağıdakılardan hansı Lac operonunun müsbət tənzimləyicisi deyil
a) Allolaktoza
b) qlükoza
c) laktoza
d) cAMP

17) Aşağıdakılardan hansı laktoza operonunun YANLIŞ ifadəsidir
a) Lac Operon qlükoza olmadıqda aktivləşir
b) Laktoza olduqda Lac Operon aktivləşir
c) Lac Operon qlükoza olmadıqda və laktoza olduqda aktivləşir
d) Lac Operon qlükoza və laktoza olmadıqda aktivləşir

18) Aşağıdakı genlərdən hansı lak operonun repressor zülalını kodlayır
a) LacI
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

19) LacZ bir zülal üçün kodlaşdırır
a) nüfuz etmək
b) beta-qalaktosidaza
c) transasetilaz
d) repressor protein

20) Adenilil siklaza olmadığı halda aktiv olan fermentdir
a) Allolaktoza
b) qlükoza
c) laktoza
d) cAMP

21) Peptidil transferaza fermenti var
a) Xəbərçi RNT
b) Transfer RNT
c) Ribosomal RNT
d) Kiçik Nüvə RNT



Suallar

Bu bölmədəki materialı öyrənin və sonra bu sualların cavablarını yazın. Sadəcə cavabların üzərinə klikləməyin və onları yazmayın. Bu, bu təlimatı başa düşmənizi sınaymayacaq.

  1. Bakterial ribosomları təsvir edin. (ans)
  2. Ribosomların funksiyasını qeyd edin. (ans)
  3. Tərcüməni müəyyənləşdirin. (ans)
  4. Ümumi mənada neomisin, tetrasiklin, doksisiklin, eritromisin və azitromisin kimi antibiotiklərin bakteriya artımına necə təsir etdiyini bildirin. (ans)
  5. Tetrasiklinlər (tetrasiklin, doksisiklin) bakterial ribosomların 30S alt bölməsinə bağlanan antibiotiklərdir. Makrolidlər (eritromisin, azitromisin, klaritromisin) bakterial ribosomların 50S alt bölməsinə bağlanan antibiotiklərdir. Niyə bu antibiotiklər göbələk, protozoal və ya viral infeksiyalar üçün təsirli olmayacaq? (ans)
  6. Çoxlu seçim(ans)


Videoya baxın: Bioinformatics analysis of 16S rRNA sequencing data (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Malrajas

    Diqqətəlayiq, çox dəyərli bir ifadə

  2. Daibar

    You were visited by simply magnificent thought

  3. Leksi

    Müqayisə edilməyən söz)

  4. Etienne

    Üzr istəyirəm, mənə yaxınlaşmır. Başqa variantlar var?

  5. Alim

    Məncə, səhv edirsən. Mən mövqeyimizi müdafiə edə bilərəm.



Mesaj yazmaq