Məlumat

ChIPpeakAnno R paketi ilə ChiP-Seq zamanı pik annotasiyalarda heç bir gen ID-si yoxdur

ChIPpeakAnno R paketi ilə ChiP-Seq zamanı pik annotasiyalarda heç bir gen ID-si yoxdur


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mən bu söhbətdə çox təsvir olunan Chip-Seq Analizini yerinə yetirməyə çalışıram: Chip Seq-ə giriş. Sözügedən sualın müəllifi kimi mən də Tətbiqi Riyaziyyatın tələbəsiyəm və bioinformatika sahələrinə daxil olmaq üçün əlimdən gələni edirəm.

Mən, əsasən, gen identifikatorları ilə zirvələri qeyd etmək istədiyim andayam. Bunu etmək üçün mən ChIPpeakAnno istifadə edirəmRBioconductor-dan paket. Oxuduqlarımı şərh etmək üçün aşağıdakı koddan istifadə etdim (çıxışlarMACS) genlərin şəxsiyyət vəsiqəsi ilə

> kitabxana(ChIPpeakAnno) > # data(paket = "ChIPpeakAnno")$nəticələr[,3] > macsOutput <- toGRanges(data="example_peaks.bed", + format = "MACS") > data(TSS.human.GRCh37 ) > macs.anno <- annotatePeakInBatch(macsOutput, + AnnotationData=TSS.human.GRCh37, + output="üst-üstə düşür", maxgap=5000L) > kitabxana(org.Hs.eg.db) > macs.anno <- addGeneIDs( annotatedPeak=macs.anno, + orgAnn="org.Hs.eg.db", + IDs2Add="symbol") > > # bəzi genlər üçün annotasiya yoxdur > as.character(head(as.data.frame(macs.anno)) )$simvol)) [1] "PTCHD2" "PTCHD2" "PTGER3" NA "HFM1" NA

lakin elə olur ki, bəzi zirvələr üçün heç bir gen annotasiyası yoxdur. Bunun niyə baş verə biləcəyini kimsə deyə bilərmi? Və bunun qarşısını necə almaq olar? Bu aiddirmaksimum boşluq = 5000Lparametr? -dən çıxış yaratarkənMACSUzunluq üçün 10 000 parametr təyin etdim.


Məndə də eyni problem var idi. Bunu necə həll etdim, həlli burada bir yerdə tapdım, harada olduğunu xatırlamıram və bu mənim üçün işlədi.

macs.anno <- annotatePeakInBatch(gr_broadPeak, AnnotationData=TSS.human.GRCh38, output="hər ikisi", maxgap=5000L) macs.annoL=addGeneIDs(macs.anno,"org.Hs.eg.db",c(" simvol", "genadı","entrez_id")) macs.annoDF=as.data.frame(macs.annoL) nəticə=macs.annoDF[hansı(macs.annoDF$simvol!="NA"),]


Videoya baxın: Workshop: Quantitative ChiP seq (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Elvio

    Interesting article, respect to the author

  2. Aegyptus

    Sadəcə misilsiz bir mövzudur :)

  3. Calvino

    Görünür səhvdir

  4. Nevan

    yaxşı məlumat

  5. Muhammad

    Çox maraqlı və gülməli !!!



Mesaj yazmaq