We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
20 x 15 uzunluğunda bir çəki matrisim var (amin turşuları x ardıcıllıq mövqeləri). Mənim çəki matrisinin hər bir elementi nisbi ehtimaldır
Ardıcıllığım varsa, "AAPGTGASMHSGLLW" desəm, onu matrisa qarşı necə hesablayacam? Mən matrisə uyğun gələn ehtimalların hasilini götürməyə çalışdım, amma nəticədə həqiqətən kiçik bir rəqəm əldə etdim
Hər hansı bir fikir?
Redaktə edin:
Sadə matrisi nəzərdən keçirin:
1 2 3 4 A 0,3 0,90 0,5 0,0001 B 0,2 0,05 0,4 0,2 C 0,5 0,05 0,1 0,8Ən yaxşı matç aşağıdakı hesabladır:
CAAC = 0,5 * 0,9 * 0,5 * 0,8 = 0,18İlk hərfi C yerinə B hərfinə dəyişsəniz
siz hesabla bir matç alırsınız:
BAAC = 0,2 * 0,9 * 0,5 * 0,8 = 0,072Bu, belə kiçik bir dəyişiklik üçün böyük fərqdir... Bu, mənim daha böyük matrisimlə daha pisdir, çünki hesaba kiçik ehtimallar asanlıqla təsir edir.
Ehtimallar doğrudur. Siz məhsulu götürməlisiniz (kütləvi boşluqda bu məbləğə bərabərdir). Ehtimalın kiçik görünməsinin səbəbi odur ki, siz hesabın 1-ə yaxın olması lazım olduğunu düşünürsünüz. Lakin bu belə deyil. 1 xal əldə etmək üçün PWM-nin bütün mövqelərdə 1/0/0/0 olması və mükəmməl uyğunlaşması lazımdır.
Beləliklə, nə ilə müqayisə etməlisiniz? İnsanlar adətən bunu fon paylanması ilə müqayisə edirlər, ən asanı vahiddir, buna görə də PWM hər yerdə 0,25-dir. Məsələn, bu halda xal 0,25^4 = ~0,004 olacaq və bu, təsadüfi olaraq gözləməli olduğunuz şeydir.
Buna görə insanlar adətən fon modeli üçün hesaba nisbətən PWM xalının nisbətinə baxırlar (və adətən bunun log2-ni götürürlər), sizin vəziyyətinizdə 0,18/0,004 = ~46 olacaq, beləliklə əldə etdiyiniz ardıcıllıq təsadüfi gözlədiyinizdən 46 dəfə çoxdur! İkinci misalınız üçün isə 0,072/0,004 = gözləniləndən ~18 dəfə çox, yəni hələ də yüksəkdir.
Daha konseptual olaraq, etdiyiniz iş iki ehtimal modeli, PWM və arxa plan PWM-ni müqayisə edir və onların hər birinə görə müşahidə olunan ardıcıllığı əldə etmək ehtimalını müqayisə edir. Bu, daha mürəkkəb olsa belə, ehtimal modellərinin müqayisəsi üçün ümumi yanaşmadır.
[Bu səhifəyə][1] görə, siz məhsulu deyil, cəmini götürməlisiniz:
Profil funksional olaraq əlaqəli saytlar toplusundan əldə edildikdən sonra, Profil potensial saytların mövcudluğu üçün sorğu ardıcıllığını skan etmək üçün istifadə edilə bilər. Adətən siz ardıcıllıq boyunca matrisin uzunluğunda bir pəncərə işlədirsiniz və pəncərə ardıcıllığının hər mövqeyində hər bir nukleotidə uyğun gələn matrisdən əmsalları cəmləyirsiniz. Formal olaraq, uzunluğu l olan (s = s1,… , sl və sk {A, C, G, T}-dən biri olan) sayt üçün M matrisinin balı belə hesablanır.
$m_s=sumlimits_{j=1}^lM_{s_{lj}}$
Səhifənin qalan hissəsini oxumağınızı çox tövsiyə edirəm, müəllif Roderic Guigó, bu mövzuda səlahiyyətlidir.
nə mücərrəd mentalitetdir
Today I specially registered on the forum to participate in the discussion of this issue.
Bu mövzuda bir çox məqalə olan veb saytı ziyarət etməyinizi tövsiyə edə bilərəm.
Bravo, nə lazımlı ifadə..., əla fikirdir
Əlbəttə. Bu mənimlə idi. Bu sualı müzakirə edəcəyik.
Okay, intrigued ...
Tez belə bir uyğunsuz cavabla gəldiniz?