Məlumat

Niyə DNT-nin 5' ucu monofosfatdır?

Niyə DNT-nin 5' ucu monofosfatdır?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Dərsliyimə görə:

DNT zəncirinin 5' ucu adətən monofosfat olsa da, RNT molekulunun 5' ucu adətən trifosfatdır.

Mənbə: Biologiya: Həyat necə işləyir, 3-cü nəşr

DNT-nin 5' ucunun monofosfat olduğunu necə bilirik? Mən başa düşürəm ki…

  • DNT və RNT sintezi şəkər-fosfat onurğasını yaratmaq üçün nukleozid trifosfatları nukleozid monofosfatlara parçalayır.
  • Zəruri olaraq, birinci nukleotiddə üç fosfat toxunulmaz olacaqdır.

Başa düşmədiyim şey, DNT-nin niyə RNT kimi 5' ucunda trifosfat olmamasıdır. Bu necə olur?


Baza cütü

A baza cütü "DNT nərdivanının pilləsini" təşkil edən iki əsasa aiddir. DNT nukleotid şəkər molekulundan, fosfor turşusu molekulundan və əsas adlanan molekuldan ibarətdir. Əsaslar genetik kodu ifadə edən "hərflər"dir. DNT-də kod hərfləri müvafiq olaraq adenin, timin, guanin və sitozin kimyəvi maddələrini ifadə edən A, T, G və C-dir. In baza cütləşməsi, adenin həmişə timinlə, guanin isə həmişə sitozinlə cütləşir.

Daha çox: İngilis dilində hərf və sözlərin soldan sağa oxunduğu kimi, DNT müəyyən bir istiqamətdə “oxunur”. DNT molekulunun hər bir ucunun bir nömrəsi var. Bir ucu kimi istinad edilir 5' (beş əsas) digər ucu isə adlanır 3' (üç əsas). 5' və 3' işarələri bir fosfat qrupunun bağlandığı deoksiriboza şəkər molekulunda karbon atomunun sayına aiddir.

Bu slayd hansı ucların 5', hansının 3' olduğunu müəyyən etməyə kömək etmək üçün şəkərlərdəki karbonların necə nömrələndiyini göstərir. Bir ipin hansı istiqamətdə oxunduğunu müəyyən etdikdən sonra, avtomatik olaraq digər ipin hansı istiqamətdə oxunacağını bilirsiniz. Bunun səbəbi iki ipin də olmasıdır antiparalel əvvəlki slaydda qeyd edildiyi kimi (əks istiqamətlərdə qaçırlar).


DNT Replikasiyası: DNT Replikasiyasının Mexanizmləri

Eukaryotlarda DNT replikasiyası prokaryotlarda yarımkonservativ, iki istiqamətli və davamlı olduğu ilə müqayisədə yarıkonservativ, yarı fasiləli və iki istiqamətlidir.

Şəkil nəzakəti: dbriers.com/tutorials/wp-content/uploads/2012/12/DNA_replication_split.png

DNT replikasiyası hüceyrə dövrünün S fazasında baş verir. Bu, bir çox ferment və protein faktoru tələb edən çoxmərhələli kompleks prosesdir. Replikasiya və ya ori mənşəyi adlanan xüsusi bir nöqtədən başlayır. Bakterial və viral DNT tək replikasiya mənşəlidir. Tək təkrarlayıcı vahid və ya replikon kimi fəaliyyət göstərir.

Eukaryotik DNT-də çoxalmanın bir sıra mənşəyi var. Onun bir neçə təkrarlanan seqmenti və ya replikonu var, yəni multireplikon. Ori olmadıqda replikasiya baş verməyəcək. Rekombinant DNT texnologiyası üçün vektorun tələbi replikasiya mənşəyini əldə etməkdir.

DNT-nin təkrarlanması enerji baxımından çox bahalıdır. DNT replikasiyasının əsas fermenti DNT-dən asılı DNT polimerazadır. DNT replikasiyası olduqca sürətlidir. E. coli-nin DNT-sinin 4,6 x 10 6 bp ilə təkrarlanması 19 dəqiqə tələb edir.

Əsasların polimerləşmə sürəti orta hesabla hər istiqamətdə saniyədə 2000 bp təşkil edir. Replikasiya dezoksiribonukleotidlərin trifosfatlarının parçalanması nəticəsində yaranan bol enerji tələb edir.

Replikasiya aşağıdakı kimi baş verir:

1. Deoksiribonukleotidlərin aktivləşdirilməsi:

Dezoksiribonukleotidlər və ya deoksiribonukleozid monofosfatlar nukleoplazmada sərbəst şəkildə əmələ gəlir. Onlar dörd növdür: deAMP (deoksiadenozin monofosfat), deGMP (deoksiguanozin monofosfat), deCMP (deoksitidin monofosfat) və deTMP (deoksitimidin monofosfat). Onlar əvvəlcə fosforlaşdırılır və bir əvəzinə üç fosfat qalığı olan aktiv formalara çevrilirlər. Enerji ilə birlikdə fosforilaz fermentləri tələb olunur.

Fosforlanmış nukleotidlər deATP (deoksiadenozin trifosfat), deGTP (deoksiguanozin trifosfat), deCTP (deoksisitidin trifosfat) və deTTP (deoksitimidin trifosfat)dır. Əsasların bu trifosfatları ikili məqsədə xidmət edir. Onlar substrat rolunu oynayır və nukleotidlərin polimerləşməsi üçün enerji verirlər.

2. DNT zəncirlərinin ifşası:

Helikaz fermenti (unwindase) Ori sahəsi üzərində hərəkət edir və hidrogen bağlarını məhv edərək DNT-nin iki zəncirini açır (açır). Ayrılmış zəncirlər tək zəncirli bağlayıcı zülallar (SS BPs) və ya spiral stabilləşdirici zülallar vasitəsilə sabitləşir. Açılış daha çox superboillər meydana gətirərək açılmamış hissədə gərginlik yaradır. Gərginlik topoizomeraz fermentləri tərəfindən sərbəst buraxılır.

Onlar DNT zəncirinin bağlanmasına və yenidən bağlanmasına səbəb olur. Bakteriyalar topoizomerazla yanaşı, mənfi supercoilləri təqdim edə bilən DNT giraz adlı başqa bir fermentə malikdirlər (yaşlı işçilər girazanın həm helikaz, həm də topoizomeraz üçün işlədiyinə inanırdılar).

Müxtəlif fermentlərin köməyi ilə DNT-nin hər iki zəncirinin təkrarlanması üçün açıq olur. Bununla belə, çox yüksək enerji tələbatı səbəbindən bütün DNT bir uzanmada açılmır. Ayırma nöqtəsi yavaş-yavaş hər iki istiqamətə doğru irəliləyir. Hər bir istiqamətdə replikasiya çəngəl adlanan Y formalı strukturun görünüşünü verir (şək. 6.13 və 6.14).

3. RNT Primer:

Yeni DNT zəncirlərinin başlaması üçün vacibdir. RNT primeri yeni DNT zəncirinin 5-ci ucunda primaz adlı DNT-yə məxsus RNT polimeraza fermentinin köməyi ilə sintez edilən kiçik bir RNT zənciridir. RNT primeri bir zəncirinin sərbəst ucunda və digər zəncirinin çəngəl ucunda əmələ gəlir. RNT primerinin formalaşması DNT sintezinin başlanğıc mərhələsini təşkil edir, çünki RNT primerinin iştirakı olmadan DNT polimerazaları nukleotidlər əlavə edə bilməz.

Primo adlanan daha mürəkkəb ferment f x 174 və bəzi digər prokaryotik sistemlərdə tələb olunur. Eukariotlarda primazanın funksiyası DNT polimeraza α fermenti tərəfindən həyata keçirilir. Bu qurur

10 əsas RNT və 20-30 əsas DNT (Lewin, 2004). Nukleotid zəncirinin başlamasından sonra RNT primeri çıxarılır və boşluq prokaryotlarda DNT polimeraza I və eukariotlarda DNT polimeraza β ilə doldurulur.

4. DNT Polimerazlar:

Prokariotlarda DNT polimerazaları III, II və I adlanan üç əsas DNT sintezi fermenti var. Onların hamısı ana zəncirinin 3-> 5-də 5->3-istiqamətində nukleotidlər əlavə edir. Onlar həmçinin 3’->5′ ekzo-nükleaz aktivliyinə malikdirlər. DNT polimeraza III əsasən DNT replikasiyasında (yeni əsasların əlavə edilməsi və polimerləşməsi) iştirak etdiyi halda, polimeraza I əsas təmir fermentidir. Polimeraza II kiçik təmir fermentidir.

DNT polimeraza I də 5->3 ekzonükleaza aktivliyinə malikdir. Eukariotlarda beş növ DNT polimeraza rast gəlinir - α, β, γ, δ və ε, lakin əsas üçü α, δ və e. Polimeraz 8 aparıcı ipin təkrarlanmasında iştirak edir. Polimeraza digər rollarla birlikdə geridə qalan ipin sintezində kömək edə bilər. Polimeraza α DNT replikasiyasının ən böyük və əsas fermentidir. Bütün DNT polimerazaları bir tərəfdən baş barmaq, digər tərəfdən barmaqlar və şablon və əsas cütləri birləşdirmək üçün xurma kimi konkav katalitik sahə ilə tutuşan əl konfiqurasiyasına malikdir.

5. Əsas cütləşmə:

Replikasiya çəngəlindəki iki ayrılmış DNT zəncirləri şablon kimi fəaliyyət göstərir. Deoksiribonukleozid trifosfatlar məruz qalmış DNT şablonlarının azot əsasları ilə qarşı-qarşıya gəlir - deTTP A-nın əksinə, deCTP-nin əksinə, deATP-nin əksinə T və deGTP-nin əksinə.

Nukleofilik hücum pirofosfatı (PPi) trifosfatdan ayırır. Fosfodiester əlaqələri qurulur. Pirofosfatın pirofosfataz fermenti ilə hidrolizi enerjini buraxır. Deoksiribounkleozid trifosfat → Deoksiribounkleozid monofosfat + PPi

Enerji şablonların sərbəst nukleotidləri və azot əsasları arasında hidrogen bağlarının qurulmasında istifadə olunur.

6. Zəncirin əmələ gəlməsi:

Prokaryotlarda DNT polimeraza III (Kornberg, 1956), eukariotlarda isə δ /ε polimeraza tələb olunur. DNT polimeraza III yeddi alt bölməyə (a, β, ƍ, ƴ, €, θ, τ) malik mürəkkəb fermentdir. Mg 2+, ATP (GTP), TPP və DNT polimeraza III varlığında, hər bir şablon DNT zəncirinin azot əsaslarına bağlı aşkar edilmiş bitişik nukleotidlər fosfodiester bağları qurur və təkrarlanan DNT zəncirini yaratmaq üçün bağlanır.

Replikasiya davam etdikcə, ana DNT dupleksinin yeni sahələri açılır və ayrılır ki, replikasiya mənşə yerindən digər uca doğru sürətlə gedir. RNT primeri çıxarılır və boşluq DNT polimeraza I vasitəsi ilə tamamlayıcı nukleotidlərlə doldurulur. DNT cüt zəncirinin ardıcıl açılması və onun iki zəncir əmələ gətirmək üçün təkrarlanması səbəbindən DNT replikasiyası da fermuar duplikasiyası adlanır.

Bununla belə, DNT-polimeraza nukleotidləri yalnız 5’→ 3′ istiqamətində 3′ —> 5′ zəncirində polimerləşdirə bilər, çünki onları 3′ sonunda əlavə edir. DNT-nin iki zənciri antiparalel istiqamətlərdə işlədiyinə görə, iki şablon replikasiya üçün müxtəlif ucları təmin edir. Beləliklə, iki şablon üzərində təkrarlama əks istiqamətlərdə davam edir. U —> 5′ qütblü bir tel davamlı olaraq tamamlayıcı telini əmələ gətirir, çünki sonuncunun 3’ucu həmişə uzanma üçün açıqdır.

Buna aparıcı strand deyilir. Replikasiya 5′ → 3 polariteli digər şablonda fasiləsizdir, çünki bir anda şablonun kiçik bir uzantısına məruz qalması səbəbindən DNT zəncirinin yalnız qısa bir seqmenti 5′ → 3 istiqamətdə qurula bilər. Təkrarlanan DNT-nin qısa seqmentləri Okazaki fraqmentləri adlanır (= Okasaki seqmentləri Reiji Okazaki, 1968). Onların hər birində prokaryotlarda 1000-2000 bp, eukariotlarda 100-200 bp var.

Hər dəfə yeni Okazaki fraqmentinin qurulması üçün RNT primeri də tələb olunur. RNT primerini deoksiribonukleotidlərlə əvəz etdikdən və onların polimerləşməsindən sonra Okazaki fraqmentləri DNT liqaz fermenti vasitəsilə birləşir (Khorana, 1967). Okazaki fraqmentlərindən ibarət DNT zəncirinə geridə qalan zəncir deyilir.

Bir zəncir davamlı olaraq böyüyərkən digər zəncir fasiləsiz əmələ gəldiyi üçün DNT replikasiyası yarı fasiləsiz olur. Replikasiya replikasiyanın və ya orinin mənşəyindən iki istiqamətli olaraq getdiyindən, bir ana zəncir bir tərəfdə aparıcı, digər tərəfdə isə geridə qalan zəncir təşkil edəcəkdir. Əks tərəfin ana tellərində baş verir. Bu, bütün replikonda eyni vaxtda replikasiyanı tamamlamağa kömək edir.

7. Proof-oxu və DNT təmiri:

Replikasiya zamanı bəzən yanlış baza təqdim olunur. Tezlik on mində birdir. DNT polimeraza III eyni şeyi hiss edə bilir. Geri qayıdır, yanlış bazanı çıxarır, düzgün baza əlavə etməyə imkan verir və sonra irəli gedir. Bununla belə, hətta DNT polimeraza III də urasili timindən ayıra bilmir ki, o, tez-tez timin yerinə daxil olur. Belə uyğunsuzluq bir sıra fermentlər vasitəsilə düzəldilir.

DNT-yə mutasiya, ultrabənövşəyi şüalara məruz qalma və ya uyğunsuzluq nəticəsində dəyən hər hansı zədə üçün ayrıca təmir mexanizmi mövcuddur ki, bu da sübut oxuma mexanizmindən qaçır. Nick və ya qırılma təmir bölgəsinə yaxın bir endonükleazdan qaynaqlanır. DNT polimeraza I (Komberq, 1969) uyğun olmayan və ya səhv nukleotidlər varsa, onları çıxarır və bütöv zəncirdən şablon kimi istifadə edərək düzgün əvəzi sintez edir. Yeni yaranan seqment DNT liqazası ilə bağlanır.


Fosfat qrupu funksiyası

Hüceyrə Enerjisində

Hüceyrələrdə fosfat qrupunun əsas funksiyalarından biri enerji saxlama molekuludur. Bir fosfat qrupu adenozin molekuluna əlavə edildikdə, olur adenozin monofosfat, və ya AMP. Bu molekul bir sıra biokimyəvi reaksiyalarda istifadə olunur və həm enerjinin saxlanmasında, həm də ikinci elçi mobil siqnalizasiyada.

Başqa bir fosfat qrupu əlavə etdikdə, alırsınız adenozin difosfat (ADP). Bu molekul birinciyə bağlı əlavə bir fosfat qrupuna malikdir və enerjini bu bağda saxlayır. Bu ADP molekulu başqa bir fosfat qrupunu qəbul edə bilər və ola bilər adenozin trifosfat. Adətən ATP adlanan bu molekul üçüncü fosfat qrupunu bir sıra fermentlərə ötürə, onları aktivləşdirə və ya hansısa prosesə enerji verə bilər. Aşağıdakı diaqramda ADP və ATP arasında fosfat qruplarının təkrar emalını görə bilərsiniz.

Fosfat qrupları ən vacib hüceyrə komponentlərindən biridir. Təəssüf ki, orqanizmlər üçün o, ilk növbədə fosfor atomlarının mənbəyinə əsaslanır. Bu, fosforun adətən məhdudlaşdırıcı bir qida maddəsi olmasının səbəbidir. O, adətən kənd təsərrüfatı bitkiləri üçün gübrənin tərkib hissəsidir ki, bu da həm bitkilərin, həm də torpaqdakı mikroorqanizmlərin inkişaf etməsinə imkan verir.

DNT daxilində

Fosfat qrupu da həyatın özünün əsas komponentidir. -in tərkib hissəsidir deoksiribonuklein turşusu bir sıra fərdi fosfatlardır. DNT fərdi vahidlərdən ibarətdir, adlanır nukleotidlər. Hər bir sərbəst nukleotidin iki əlavə fosfat qrupu vardır ki, bu da onu DNT zəncirinə bağlayan reaksiyada istifadə olunacaq. Prosesi aşağıdakı diaqramda görmək olar.

Hər bir nukleotid a ehtiva edir nukleotid bazası (A, T, C və ya G), şəkər (dezoksiriboza) və fosfat qrupu. DNT zənciri bir molekulun fosfat qrupu ilə digərinin şəkər molekulu arasındakı bağlarla əmələ gəlir. Bu fosfodiester bağları seriyası olur şəkər-fosfat onurğası molekulunun. Bu RNT üçün də doğrudur, lakin şəkər fərqlidir (riboza).

Dövrlü AMP

Bioloji sistemlərdə fosfat qrupunun digər əsas funksiyası hüceyrə xəbərçisinin bir hissəsidir. siklik adenozin monofosfat. Siklik AMP və ya sadəcə cAMP olaraq da bilinən bu molekul bir sıra istifadə olunur siqnal ötürülməsi yollar. Siqnal ötürülməsi kimyəvi bir siqnalın hüceyrə membranı vasitəsilə ötürülməsi prosesidir. Bu, bir sıra zülalları və tez-tez bir və ya iki fosfor qrupunu əhatə edir.

Tipik olaraq, bir siqnal ötürülməsi yolu an nöqtəsinə gələn kimyəvi maddə ilə başlayır inteqral membran zülalı. Bu zülallar hüceyrə membranından keçir. Zülal kimyəvi maddə ilə aktivləşdirildikdə, formasını bir qədər dəyişir və hüceyrə membranının içərisində başqa bir fermenti aktivləşdirir. Bu ferment, adenilat siklaza, bir cAMP istehsal etmək üçün bir ATP molekulunun iki fosfat qrupunun enerjisini istifadə edir. Bu siqnal molekulu daha sonra bir sıra digər zülallara, kanallara və fermentlərə təsir edərək ümumi hüceyrə reaksiyasına səbəb olur. Bir fosfat qrupunun (və ya bir çoxunun) bu istifadəsi bir çox mobil rabitə kanallarında görülür.

Fosfat Qrupunun Digər İstifadələri

Bir fosfat qrupu da bir komponentdir lipid ikiqatlı hüceyrə membranlarını yaradan. Hər biri fosfolipid ikiqatlı molekulun başında molekulun fosfat qrupu var. Fosfat qrupudur hidrofilik, molekulun başını suya doğru çəkir. The hidrofobik quyruqlar birlikdə toplanır və hüceyrənin tərkibini xaricdən ayıran yarı keçirici bir membran meydana gətirir.

Sitoplazmada sərbəst fosfat qrupu da rol oynaya bilər bufer, güclü turşulara və ya əsaslara bağlanır və bütövlükdə ətraf mühitə təsirini azaldır. Bu, hüceyrələrə nizamlı və ardıcıl pH saxlamağa kömək edir və hüceyrə proseslərini inkişaf etdirməyə imkan verir.


Gen Probları: Konsepsiya, Etiketləmə və Tərcümə

Gen zondu yaratmaq üçün lazım olan məlumatlar bir çox mənbədən gələ bilər, lakin genetik məlumat bazasının inkişafı və təkmilləşməsi ilə bu biliklərin əldə edilməsi adətən ilk mərhələlərdən biridir.

Bəzi hallarda ən faydalı DNT ardıcıllığı haqqında məlumat əldə etmək üçün eyni gen ailəsindən əlaqəli zülallardan istifadə etmək mümkündür.

Oxşar, lakin fərqli növlərdən olan zülal və ya DNT ardıcıllığı həm də heteroloji gen zondu adlandırılan bir başlanğıc nöqtəsi ola bilər.

Həmçinin verilənlər bazasının köməyi ilə tək zəncirli oliqonukleotid zondu kimyəvi yolla sintez edilə bilər. Bu, istənilən ardıcıllıq əsasında dNTP-ləri birləşdirən kompüter tərəfindən idarə olunan gen sintezatorları tərəfindən həyata keçirilir. Zond əldə etmək üçün hansı üsuldan istifadə olunsa da, əmin olmaq lazımdır ki, zond unikaldır və nə öz-özünə təravətləndirə bilir, nə də özünü tamamlayır.

Bir gen zondunu hazırlamaq üçün az DNT məlumatı olduqda, bəzi hallarda zülalın təhlili şəklində əldə edilən biliklərdən istifadə etmək mümkündür, çünki genetik koddan zülal üçün kodlaşdıra bilən müxtəlif DNT ardıcıllıqlarını proqnozlaşdırmaq mümkündür və beləliklə, sintez edə bilər. kimyəvi olaraq oliqonukleotidlərin ardıcıllığı.

Bununla belə, genetik kodun degenerasiyası səbəbindən müəyyən bir polipeptid üçün birdən çox oliqonukleotid ola bilər. İdeal olaraq, müəyyən bir gen üçün spesifik olan və mümkün qədər çox triptofan və metionin ehtiva edən 20 əsasdan çox olmayan ardıcıllıq kifayətdir, çünki onların unikal kodonları var və buna görə də zülalın həmin hissəsini kodlaya bilən daha az mümkün baza ardıcıllığı var.

Gen zondlarının etiketlənməsi:

Gen zondunun əsas xüsusiyyəti onun bəzi vasitələrlə görüntülənə bilməsidir. Buna görə də, zondun etiketlənməsi şərtdir və ənənəvi olaraq radioaktiv etiketlərdən istifadə etməklə və radioaktiv olmayan etiketlərdən istifadə etməklə iki üsulla həyata keçirilir. Ən çox istifadə edilən radioaktiv etiketlər avtoradioqrafiya zamanı aşkar edilən fosfor 32 (32 P), kükürd 35 (35 S) və tritium (3 H) dir.

Qeyri-radioaktiv zondlar, radioaktiv zondlardan daha az həssas olsa da, istifadəsi təhlükəsizdir. Etiketləmə sistemləri birbaşa və ya dolayı adlanır. Birbaşa etiketləmə, qələvi fosfataz kimi bir ferment müxbirinin birbaşa DNT ilə birləşməsinə imkan verir. Daha populyar olan dolayı etiketləmə üsulu, məsələn, Biotin, fluorescein və digoxigenin kimi etiketi olan nukleotidin bağlanmasını nəzərdə tutur.

Bu molekullar nukleotidlərlə kovalent bağlıdır. Xüsusi bağlayıcı zülallar daha sonra nukleotid və ferment kimi reportyor zülal arasında körpü kimi istifadə edilə bilər. Məsələn, DNT molekuluna daxil edilən biotin Streptavidin tərəfindən çox yüksək yaxınlıq ilə tanınır. Bu, öz növbəsində, rəngsiz birləşmə p-nitrofenol fosfatı (PNPP) sarı rəngli p-nitro-fenol (PNP) birləşməsinə çevirə bilən qələvi fosfataza fermenti ilə birləşə bilər və həmçinin siqnalın gücləndirilməsi vasitəsi təklif edir.

Beləliklə, radioetiketlər üçün zəruri olan avtoradioqrafiyaya əsaslanan aşkarlama sistemindən daha çox rəng, işıq və ya kimilüminesensiya ilə nəticələnən bir sıra reaksiyalar daha yaxşıdır, çünki avtoradioqrafiya 1-3 gün çəkə bilər, burada rəng və kimilüminessensiya reaksiyası bir az vaxt tələb edir. neçə dəqiqə.

DNT Molekullarının Son Etiketlənməsi:

Etiketləmənin ən sadə forması 5′- və ya 3′-sonlu etiketləmədir. 5-sonlu etiketləmə fosfat transferi və ya mübadilə reaksiyasını əhatə edir, burada istifadə ediləcək DNT-nin 5-fosfatı 32 P ilə əvəz olunur. Bu, iki ferment tərəfindən həyata keçirilir: birinci, qələvi fosfatazı xaric edən fosfat qrupu, sonra isə poli. nukleotid kinaz fosfat qrupunun (32 P) DNT-nin 5 ucuna transferini kataliz edir. Daha sonra yeni etiketlənmiş zond, birləşdirilmiş olmayan radioetiketləri çıxarmaq üçün adətən sephadeks sütunu vasitəsilə xromatoqrafiya ilə təmizlənir.

DNT molekulunun digər ucundan istifadə edərək, 3'ün ucu bir az daha az mürəkkəbdir. Burada yeni, etiketli dNTP ([a 32 -P]ATP və ya biotinlə işarələnmiş dNTP) ferment terminal transferazı ilə DNT-nin 3' ucuna əlavə edilir. Bu daha sadə reaksiya olsa da, mövcud ardıcıllığa yeni bir nukleotid əlavə edildiyi və beləliklə, DNT-nin tam ardıcıllığı dəyişdirildiyi üçün potensial problem mövcuddur ki, bu da onun hədəf ardıcıllığına hibridləşməsinə təsir göstərə bilər. Son etiketləmə üsulları, həmçinin DNT-yə yalnız bir etiket əlavə edilməsindən əziyyət çəkir, buna görə də bu cür üsullar DNT ardıcıllığının bütün uzunluğu boyunca etiketi özündə birləşdirən digərləri ilə müqayisədə aşağı aktivliyə malikdir.

Təsadüfi Primer Etiketləmə:

Etiketlənəcək DNT əvvəlcə denaturasiya edilir və sonra heksamerlərin və ya heksanukleotidin təsadüfi ardıcıllığının iştirakı ilə yenidən təbiətə çevrilməsinə icazə verilir. Bu heksamerlər tamamlayıcı ardıcıllıqla rastlaşdıqları hər yerdə təsadüfən DNT nümunəsinə bağlanacaqlar və beləliklə, DNT ona heksanukleotid bağlanmasını əldə edəcək.

Heksamerlərin hər biri sərbəst 3-hidroksil qrupuna malik olduğu üçün DNT polimeraza tərəfindən katalizləşdirilmiş təzə DNT zəncirinin sintezi üçün primer rolunu oynaya bilər. DNT polimerazanın Klenow fraqmenti təsadüfi primerlərin etiketlənməsi üçün istifadə olunur, çünki o, 5'8242 → 3' ekzonükleaza aktivliyinə malik deyil, lakin yenə də 5' → 3' polimeraza kimi fəaliyyət göstərir.

Nik Tərcümə:

Bu, DNT-nin etiketlənməsinin ənənəvi üsuludur. DNaz I-in aşağı konsentrasiyaları təsadüfi tək zəncirli nick yaratmaq üçün istifadə olunur, bu da daha sonra müvafiq dNTP istifadə edərək DNT polimeraza tərəfindən doldurulur və eyni zamanda əvvəlkinin 3-cü tərəfində yeni nik yaradır. Əgər etiketli dNTP-lər istifadə edilərsə, DNT çox yüksək spesifik fəaliyyətlə etiketlənə bilər.


2: Kimya və Bioloji Əhəmiyyətli Molekullar

A. Kimyəvi bağlar/cəzbedici qüvvələr: atomlar arasında cəlbedici qüvvələr. Ən xarici enerji səviyyəsində/qabıqdakı elektronların sayı atomun kimyəvi xassələrini müəyyən edir. Xarici (=valentlik) qabıq elektronlarla doludursa, atom digər atomlarla reaksiya verməyə meylli deyil. Valentlik qabığı dolu deyilsə, atom valent elektron qabığını doldurmaq üçün digər atomlarla reaksiya verməyə meyllidir.

Üç növ bağlar/cəlbedici qüvvələr: Yaranan bağ növü elektron konfiqurasiyasından və iştirak edən atomların elektronmənfiliyindən asılıdır:

1. ion bağları: natrium və xlorid ionları. Natrium atomu (11 p+, 11e-) 1 elektron itirir və müsbət yüklü kation olur. Xlorid atomu (17 p+, 17 e-) 1 elektron alır və mənfi yüklü anion olur.

Qarşı yüklü natrium və xlorid ionları bir-birinə cəlb olunur. İki əks yüklü ion arasındakı elektrik cazibəsi ion bağıdır.

2. kovalent bağlar: atomlar valent qabığını doldurmaq üçün elektron cütlərini paylaşdıqda əmələ gəlir. Yaranan kovalent bağların sayı valent elektronlardan asılıdır. tək, ikiqat, üçlü kovalent bağlar. məs. H2O. Möhkəm xətt &ldquo-&ldquo ilə göstərilir

a. elektronmənfilik: - atomların elektronları cəlb etmək qabiliyyəti. aşağı= H, C yüksək=O

b. qütb kovalent bağ: 2 atom elektronları qeyri-bərabər paylayır, bir üzv cüzi müsbət yük daşıyır, bir üzv yüngül mənfi yük daşıyır. məsələn su

qismən şarj=&delta

c. qeyri-qütblü kovalent bağ: 2 atom elektronları bərabər şəkildə paylaşır. Şarj bərabər paylanmışdır. məsələn, karbohidrogenlər

Elektromənfilik fərqi təqribən olarsa >0,5, əmələ gələn kovalent bağ qütblü olacaq

3. Hydrogen "bonds" (&ldquo. &rdquo): Həqiqi bağlar deyil, cəlbedici qüvvə. HQütb kovalent rabitədə iştirak edən ydrogen qismən və delta müsbət yük daşıyır. Hidrogen həmçinin qismən &delta mənfi yük daşıyan digər molekullara cəlb olunaraq hidrogen bağı yarada bilər.

Bio 440 Kimyəvi bağlar/cəlbedici qüvvələr konsepsiya xəritəsi : mühazirədə paylayın

B. Sulu məhlullarda bağlanma gücü: ən güclü kovalent> ion> H rabitəsi ən zəif

1. Zəif olsa da, çoxsaylı hidrogen bağları bir çox bioloji molekulların üçölçülü formasının sabitləşdirilməsində vacibdir. (Forma funksiyanı təyin edir &ldquofunksional uyğunluq&rdquo)

2. Kovalent bağlar adətən çox sabitdir

-hüceyrələrdən istifadə edir fermentlər adlanan protein katalizatorları kovalent istiqrazlara &ldquobreak&rdquo məsələn. hidroliz

3. Suda ion birləşmələri &ldquoayrışır&rdquo. su ionlarında keçmiş NaCl kristalları qütb su molekullarına cəlb olunur

IV. Suyun Xüsusi Xüsusiyyətləri

Əksər mikroorqanizmlər təqribən ehtiva edir. 70% su. Kimyəvi reaksiyaların əksəriyyəti sulu mühitlərdə baş verir

Suyun unikal xüsusiyyətlərinin açarı: su molekulunun polaritesi və digər su molekulları ilə hidrogen bağının yaranması

2. maye ilə müqayisədə bərk (buz) kimi daha az sıxdır, buna görə də buz üzür-> okeanlar/göllər soyuq iqlimlərdə yaşaya bilər

3. Yüksək xüsusi istilik/su, kifayət qədər H bağları pozulmazdan əvvəl çoxlu enerji udur t su molekullarının kinetik enerjisini/sürətini artırır ki, bu da temperaturun artmasına səbəb olur. Su orta temperatur dəyişikliklərinə kömək edir.

4. yüksək buxarlanma istiliyi/suyun buxarlanması, enerjini/istiliyi aradan qaldırır-> soyutma effekti

5. əla həlledici=qütb molekulu

hidrofilik maddələr=su &ldquloving&rdquo, qütb/ion maddələri su molekulları cəlb olunur, hidrofilik maddələrlə əlaqə yaradır

hidrofobik maddələr=su &ldquohating&rdquo yüksüz, qeyri-qütblü, suda həll olunmur/qarışmır, çünki bu maddələrin yükləri yoxdur, su molekulları onlara cəlb olunmur, məsələn, karbohidrogenlər, lipidlər.

6. su ionlaşır: H2O <-> H + + OH -

7. Su və turşu-əsas balansı. pH (həmçinin laboratoriya təlimatında 4-cü bənd)

pH= -log [H + ] (laboratoriyada daha çox)

turşular : əncir ___-turşular ionlaşır, sərbəst H + buraxır, sulu məhlulun H + konsentrasiyasını artırır

əsaslar : aşağı H + sulu məhlulun konsentrasiyası (güclü əsaslar hidroksil ionlarını ionlaşdıraraq OH- məsələn, NaOH-> Na + + OH - zəif əsaslar sərbəst hidrogen ionlarını/protonlarını H + məsələn ammonyak NH ilə bağlayır.3 + H+-> NH4 +

V. Funksional Qruplar və Karbon skeletləri

A. Üzvi kimya: karbon tərkibli birləşmələrin öyrənilməsi (qeyri-üzvi CO2)

1. karbon/karbon skeletləri: 4 kovalent bağ yaratmaq bacarığı/sonsuz müxtəlif karbon skeletləri

-karbon sayının dəyişməsi, budaqlanma, qoşa rabitə, halqa əmələ gəlməsi

-nümunələr karbohidrogenlər, = H və C yalnız qeyri-polyar: metan, etan

2. Karbon skeletlərinə funksional qrupların əlavə edilməsi molekulun xarakterini dəyişir, əksər hallarda kimyəvi reaksiyalar funksional qrupları əhatə edir.

B. Funksional qruplar: (R=&rdquorest&rdquo molekul/karbon skeleti)

metil: qeyri-polar, hidrofobik R-CH3

hidroksil: polar, hidrofilik R-OH

karbonil C=O: qütb, hidrofilik

terminal karbonil: aldehidlər: R-CH=O

daxili karbonil keton: R1-CO-R2

karboksil: qütblü, hidrofilik, asidik/ionlaşaraq məhlulda sərbəst H +-nı artırır

amin: polar, hidrofilik, əsas, H + bağlayır, məhlulda sərbəst H + -nı azaldır

fosfor turşusu qalığı (çox asidik)->ionizə edir->fosfat: qütb, hidrofilik,

VI. Bioloji cəhətdən vacib molekullar: zülallar, nuklein turşuları, karbohidratlar, lipidlər

(kimya. ev tapşırığı vərəqinə baxın)

A. Makromolekullar= &ldquoböyük molekullar&rdquo

1. əksəriyyəti təkrarlanan alt vahidlərin polimerləridir (monomerlər)

-H + OH = suyun çıxarılması ilə birləşdirilir : &ldquodehidrasiya sintezi&rdquo və ya &ldquokondensasiya reaksiyaları&rdquo (əks=hidroliz)

A-H + OH-B-> -dehidrasiya sintezi--> A-B+ H2O

a. zülallar/amin turşuları

b. nuklein turşuları/nukleotidlər

c. karbohidratlar: polisaxaridlər/monosaxaridlər &ldquşəkərlər&rdquo

3. Lipidlər=hidrofobik

B. Zülallar: amin turşularının polimerləri

1. Amin turşuları:

20 müxtəlif növ/hamısı əsas strukturu paylaşır:

-4 &ldquogroups&rdquo əlavə edilmiş H, karboksil qrupu, amin qrupu və R yan qrupu ilə mərkəzi karbon.

20 müxtəlif R tərəf qrupu

-R qrupları amin turşusunun &ldquopersonality&rdquo/kimyəvi reaktivliyini təyin edir.

-Amfoterik: həm turşu, həm də əsas xüsusiyyətlərə malikdir

- Proteinlərdə yalnız L izomerləri var

.( Bakterial hüceyrə divarları/bəzi antibiotiklərdə D amin turşuları var, bunlar zülal DEYİL).

- Bakteriyalarda 21-ci amin turşusu şəklində formil-metionin f-met var

2. Amin turşularının polimerləri: aa1-aa2-aa3-aa4-aa5-aa6---- ilə əlaqələndirilir. peptid bağları

3. Hüceyrələrin ən bol tərkib hissəsi (suyun yanında) 50% quru çəki=protein

4. Funksiyalar:

a. fermentlər= protein katalizatorları/kimyəvi reaksiyaları &ldquoused olmadan sürətləndirir&rdquo -hüceyrələrin biokimyəvi &ldquotoolları&rdquo aktiv sahə=substrat xüsusi

c. nəqliyyat zülalları d. reseptorlar, antikorlar, kimyəvi xəbərçilər və s.

5. Protein quruluşu: ibtidai, orta, üçüncü, dördüncü.

Protein strukturunun səviyyələri

İlkin quruluş : polipeptid zəncirindəki amin turşularının xüsusi ardıcıllığı

-strukturun bütün digər yüksək səviyyələrini müəyyən edir, beləliklə, &ldquofunksional uyğunluğu&rdquo müəyyən edir

-zülalın amin turşusu ardıcıllığı onun geninin DNT nukleotid əsas ardıcıllığı ilə müəyyən edilir.

İkinci dərəcəli quruluş polipeptid zəncirinin alfa & alfa spiral / & beta qatlı təbəqələr kimi xüsusi nümunələrə bükülməsi/qatlanması

-peptid &ldquobackbone&rdquo üzvləri arasında hidrogen bağları (R qrupları iştirak etmir)

Üçüncü quruluş : polipeptidin kompleks 3-D formasına əlavə qatlanması- bir çox zülallar üçün funksional uyğunluq. R qrupu qarşılıqlı təsirləri (H bağları, ion, kovalent bağlar, hidrofobik qarşılıqlı təsirlər, London Dispersiya Qüvvələri/van der Waals qüvvələri sistein qalıqları arasında disulfid körpüləri)

Dördüncü quruluş : funksional zülal meydana gətirmək üçün 2 və ya daha çox polipeptid alt bölməsinin birləşməsi. keçmiş hemoglobin, immunoqlobulin. Üçüncü quruluş üçün R qrupunun qarşılıqlı təsiri

6. Zülalların denaturasiyası: polipeptidlərin açılması. Forma/struktur itkisi=funksiya itkisi

-yüksək temperatur, həddindən artıq pH, ağır metallar, spirtlər.

-tətbiqlər: zülal denatürasiyası patogen mikrobları inaktivləşdirmək/öldürmək üçün istifadə olunur.

- avtoklav, qaynama, spirtlər, ağır metallar, fiziki "ause"

-Adətən denatürasiya geri dönməz olur.

-İstisnalar: termofillər, şaperon zülalları.

7. &ldquoZülalların səhv qatlanması xəstəlikləri&rdquo: anormal qatlanmış prion zülalları TSE, Transmissible Spongiform Encephalopathies səbəb olur. Xəstəliyə səbəb olan prionları denatürasiya etmək, bişirmə, normal avtoklavlama, əksər kimyəvi maddələrlə denatürasiyaya müqavimət göstərmək olduqca çətindir. Ən davamlı bioloji strukturlar məlumdur. Əlavə protein səhv qatlanan xəstəlik: Alzheimer, Parkinson, daha çox (Alzhemimer, Parkinson xəstəlikləri TSE kimi ötürülə bilərmi? Yanlış qatlanmış zülallar denatürasiyaya davamlı ola bilərmi, beləliklə, tibbi alətlər, diş alətləri ilə köçürülə bilər. ).

8. Bakterial protein sintezini maneə törədən antibiotiklər: . misal olaraq tetrasiklin, aminoqlikozidlər, xloramfenikol, makrolidlər (məsələn, eritromisin) linkosamid, streptoqraminlər daxildir.

9. Antiviral dərmanlar: virusların təkrarlanmasının qarşısını almaq üçün istifadə edilən bəzi dərmanlar zülal sintezinə/emalına mane olur, məsələn, antisens nuklein turşuları, proteaz inhibitorları

C. Nuklein turşuları

1. Nukleotidlərin polimerləri

a. DNT= Hüceyrənin dezoksiribonuklein turşusu genetik məlumatı

b. RNT= ribonuklein turşusu: messenger, (mRNA), ribosomal (rRNA) və transfer (tRNA). DNT əsas ardıcıllığının zülalların amin turşusu ardıcıllığına transkripsiyasında və tərcüməsində funksiyalar

2. Nukleotidlər: 3 komponent

a. 5 C şəkər + fosfat qrupu + azotlu əsas (purin və ya pirimidin)

b. tamamlayıcı baza cütləşməsi A::T A::U C::G

c. DNT-ni RNT ilə müqayisə etmək üçün cədvəl yaradın

azotlu əsaslar adenin A adenin A

Tamamlayıcı baza cütləşməsi

#tellər ikiqat telli=ds tək telli=ss

3. DNT, RNT: fosfodiester bağları ilə birləşmiş nukleotidlərin polimerləri. Tamamlayıcı əsaslar arasındakı hidrogen bağları 2 tamamlayıcı bacı DNT zəncirini bir yerdə saxlayır (molekullararası H bağları) və RNT-nin mürəkkəb 3-D formalarını (molekuldaxili H bağları) sabitləşdirir.

4. a. Hüceyrələr həm DNT, həm də RNT daşıyır. Bunun əksinə olaraq, viruslar hər ikisini deyil, ya DNT, ya da RNT daşıyır (bəzi istisnalar). Bəzi ssDNA virusları (parvovirus) və bəzi ds RNT virusları (reoviruslar), həmçinin ds DNT virusları və ssRNA virusları var.

b. Əksər prokaryotlar dairəvi ds DNT-nin xromosomlarını daşıyırlar. Əksər eukariotlar ds DNT-dən ibarət çoxsaylı xətti xromosomları daşıyırlar.

c. DNT RNT ilə tamamlayıcı H bağları yarada bilər. Bu proses transkripsiyada çox vacibdir (daha sonra)

d. 5 karbonlu şəkərin tərkibindəki karbonları nukleotiddəki azotlu əsas karbonlardan ayırmaq üçün onları azotlu əsas karbonlardan ayırmaq üçün şəkər karbonlarına &ldquo&rsquo&rdquo əlavə edilir. Beləliklə, karbon 3&rsquo və ya 5&rsquo şəkərdəki karbonlara, karbon 3 və ya karbon 5 isə azotlu əsasdakı karbonlara aiddir.

e. 5 karbonlu şəkər və azotlu əsasın birləşməsinə a deyilir nukleozid. 1,2 və ya 3 fosfat qrupu 5&rsquo karbon yaratmağa əlavə edilir. nukleozid-mon-, di- və ya trifosfatlar

f. Fosfatlar qruplara əlavə olunur 5&rsquo karbon bir nukleotiddəki şəkərin. Nuklein turşusunun böyüyən zəncirinə daxil olan nukleotidlər yalnız ipin 3&rsquo OH ucunda əlavə oluna bilər. Beləliklə, bir ip deyilir 5&rsquo-dan 3&rsquo istiqamətində uzadın (5&rdquo->3&rsquo)

g. Əgər kəsilirsə, DNT və ya RNT zəncirinin sərbəst 5-fosfat ucu olur (5&rsquoP) və pulsuz 3&rsquoOH son. ds DNT-də tamamlayıcı &ldquoster&rdquo zəncirləri &ldquo-durantiparalel&rdquo bir ipin 5&rsquo P ucu tamamlayıcı bacı telinin 3&rsquoOH ucuna bitişikdir

h. Energized precursors required for synthesis of DNA/RNA are nucleoside triphosphates in RNA/DNA strands, nucleoside monophosphate residues are present (more later)

i. some antifungal drugs interfere with RNA function e.g. flurocytosine. Some antiprotozoan drugs inhibit nucleic acid synthesis/function: eflornithine, nitroimadazoles, pentamidine. Some antihelminthic drugs inhibit nucleic acid synthesis: niridazole, olitpraz, oxamniquine, all for Schistosoma infeksiyalar

i. Nucleoside triphosphates as energy sources: ATP: ATP is the &ldquoprinciple short-term, recyclable energy source for cells. Energy is stored in high energy bonds between phosphate groups 1

tilde indicates bind which releases large amounts of energy when hydrolyzed . More later in metabolism. Adenosine triphosphates is also a building block for RNA

D. Carbohydrates : carbon + water/ generalized formula (CH2O)n. Energy storage, structural. C skeleton, carbonyl group, hydroxyl groups. Suffix &ldquo-ose&rdquo (see chem. homework sheet)

a. monosaxaridlər (=monomers) ex glucose, fructose, galactose, ribose, deoxyribose- structure of glucose & fructose . In aqueous solutions, glucose alternates between linear and ring forms. 2 ring forms depending on orientation of &ndashOH on carbon 1, alpha and beta.

-glucose is used as a source of energy and carbon

b. disaccharides: ex sucrose (glucose + fructose), lactose (glucose + galactose)

-glycosidic bonds join monosaccharide residues

c. polysaccharides: polymers of monosaccharides covalent bonds=glycosidic bonds. məs. glycogen, starch (amylose + amylopectin)=polymers of alpha glucose helical,some branched, cellulose = polymers of beta glucose straight chains (know)

2. Modified sugars e.g. modified glucose

-NAG: addition of amino residue and acetyl group to carbon 2 of glucose forms

N-acetylglucosamine (NAG)

-chitin: polymer of beta-NAG found in cell walls of fungi and exoskeleton of arthropods. Function similar to cellulose in plant cell walls

-NAM : further modification of NAG to form N-acetylmuramic acid, NAM (lactic acid residue covalently linked to carbon3).. Only members of Domain Bacteria have enzymes to synthesize NAM, thus NAM is called a &ldquosignature&rdquo molecule&rdquo for Doman Bacteria

-peptidoglycan: Unique to members of Domain Bacteria, found in bacterial cell walls, functions to strengthen cell walls and prevent osmotic lysis (similar to chitin and cellulose). Polymers of alternating NAG and NAM (&ldquoglycan&rdquo sugars) linked by beta glycosidic bonds crosslinked by peptide chains (&ldquopeptido&rdquo). Peptidoglycan/pg synthesis is the target of many antibiotics e.g. beta lactam antibiotics penicillin, ampicillin etc and vancomycin, cycloserine, bacitracin

3. Hydrolysis of carbohydrates: an organism&rsquos ability to use a carbohydrate as a carbon and energy source depends on its ability to synthesize hydrolytic enzymes specific for a carbohydrate

Mammalian &ldquolactase&rdquo/bacterial &ldquobeta-galactosidase&rdquo

Maltose (breakdown product of starch)

4. Hydrolysis of glucose polymers by mammals: Mammals have enzymes to hydrolyze alpha glycosidic bonds between alpha glucose subunits found in starch and glycogen (e.g. salivary amylase). However mammals lack cellulase to hydrolyze beta glycosidic bonds found in cellulose, consequently mammals cannot digest plant cellulose (&ldquofiber&rdquo).

-Some herbivores (animals who eat plants) can digest cellulose-how?

One group, the ruminants, have a 4 compartment &ldquostomach&rdquo or digestive chamber which includes a rumen and reticulum. The rumen-reticulum are microbial fermentation vats filled with bacteria and protozoa. These microbes synthesize sellülazhydrolyze cellulose the ruminants eat, releasing glucose subunits which can then be fermented. As a result of glucose fermentation, the microbes produce large amounts of carbon dioxide and methane (&ldquogreenhouse gases&rdquo released by &ldquoeructation&rdquo) and short chain fatty acids (C/energy source) and ammonium (absorbed across rumen wall into bloodstream). Rumen fluid then flows into the true stomach, the abomasum, for further digestion (note: the microbes themselves can act as nutrients). Thus the symbiotic relationship between ruminant and rumen microbe is mutualistic, both partners benefit.

-Although horses and rabbits are not ruminants, their large ceca -(singular=cecum) contain cellulose digesting microbes and serve a similar function as the rumen-reticulum.

-Of interest, rabbits are coprophagic, they eat their feces, thus benefiting from digestion of the cecal microbes passed in the feces.

-recombinant cellulase made by E.coli:

E. Lipids: primarily nonpolar, hydrophobic molecules

1. Functions: important part of cell membranes, energy reserves, messenger molecules

2. Two categories: fatty acid containing and fatty acid lacking

a. fatty acid containing lipids

i.simple lipids= fats (aka triglycerides, triacylglycerol) fats=solid at room temperature oils= liquids at room temp. Energy reserves.

- fats/oils= glycerol + 3 fatty acids

- fatty acid= carboxyl group + hydrocarbon tail (nonpolar, hydrophobic tail)

-: fatty acids vary in #C&rsquos in tail and presence of C=C double bonds

(unsaturated fatty acids) or lack of C=C bonds (saturated fatty acids)

ii. Complex lipids=phospholipids: glycerol + 2 fatty acids + phosphate + &lsquoR&rdquo

- polar, hydrophilic &ldquohead&rdquo + nonpolar, hydrophobic &ldquotail&rdquo

- amphipathic/amphiphilic: contains both hydrophilic and hydrophobic regions

- in aqueous solutions, phospholipids can spontaneously form phospholipid bilayers

-important component of cell membranes

iii. waxes fatty acids + alcohols. Acid-fast bacteria &lsquoAFB&rsquos&rdquo such kimi Mycobacterium tuberculosisMycobacterium leprae (Hansen&rsquos Disease/leprosy ) synthesize &ldquowaxy&rdquo cell walls (arabinogalactan-mycolic acid) which protect them against drying and chemicals such as disinfectants and antibiotics. As the hydrophobic waxy layer inhibits passage of antibiotics, people treated for TB/leprosy must take antibiotics for many months/years. AFB grow slowly in the lab and are hard to stain (require special &ldquoacid-fast&rdquo stain -more in lab). Isoniazid and ethambutol inhibit formation of the waxy cell wall layer.

b. fatty acid -lacking lipids

i. steroidlər=lipids composed of 4 HC rings + functional groups

-. məs. cholesterol component of animal/protozoa cell membranes, precursor of hormones in animals (estrogen, testosterone, vitamin D

-***not found in most bacteria (***exceptions ex Mycoplasma)

- e.g. fungal sterols of cell membrane ex erqosterol.

-target of polyene antifungal agents ex Nistatin. Amfoterisin B

-azole antifungal agents such as miconazole, fluconazole target fungal sterol synthesis

Create summary charts (partially completed example below) . Be able to identify molecules: amino aids, polypeptide, glucose, a glucose polymer, DNA, RNA, fat/oil, phospholipid, sterol. The only molecules you will be asked to draw from memory will be reaction between 2 amino acids forming dipeptide. Do chem. homework sheet posted on D2L


Why are nucleotides added to 3' end?

The DNA is only copied in the 5' to 3' direction because eukaryotic chromosomes have many origins for each chromosome in keeping with their much larger size. If some were copied in the other direction, mistakes will happen. It keeps every cell division on the same page, so to speak.

Because DNA synthesis can only occur in the 5' to 3' direction, a second DNA polymerase molecule is used to bind to the other template strand as the double helix opens. This molecule synthesizes discontinuous segments of polynucleotides, called Okazaki fragments. Another enzyme, called DNA ligase, is responsible for stitching these fragments together into what is called the lagging strand.

The mechanism of DNA ligase is to form two covalent phosphodiester bonds between 3' hydroxyl ends of one nucleotide, ("acceptor") with the 5' phosphate end of another ("donor"). The two "sticky ends" have to be in opposite directions for replication of the entire DNA molecule to be complete.

The average human chromosome contains an enormous number of nucleotide pairs that are copied at about 50 base pairs per second. Yet, the entire replication process takes only about an hour. This is because there are many replication origin sites on a eukaryotic chromosome. Therefore, replication can begin at some origins earlier than at others. As replication nears completion, "bubbles" of newly replicated DNA meet and fuse, forming two new molecules.


Explain what 5' and 3' ends mean in regards to DNA structure?

5' and 3' ends describes the directionality of the DNA molecule. Essentially, the strand of a DNA molecule can have a 5' end and a 3' end. To understand what a 5' or 3' end is, we need to look at the molecular structure of DNA. DNA is a polymer of nucleotides, where each nucleotide is made up of a sugar (deoxyribose), a nitrogenous base, and a phosphate group. The deoxyribose sugar is a 5 carbon structure, where each carbon can be numbered 1-5. The base is always connected to Carbon 1 of the sugar and the phosphate group is connected to Carbon 5 of the sugar. The nucleotides are then connected to one another to form the polymer whereby the phosphate group of one nucleotide (on Carbon 5) connects to the next nucleotide sugar via Carbon 3. Therefore when the strand is built, the top nucleotide will have a free phosphate group on the Carbon 5 of the sugar, hence the 5' end, and the last nucleotide of the strand will have a free OH on the Carbon 3 of the sugar. Since DNA is made up of two antiparallel strands, each strand can have its own directionality. As they are antiparallel, they will run in opposite directions.


Videoya baxın: Nuklein turşuları. DNT və RNT (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Chapin

    IMHO mənası tam inkişaf etdi, yazıçı bacardığı hər şeyi sıxdı, bunun üçün ona baş əyirəm!

  2. Cynewulf

    It amazed me.

  3. Baylen

    müqayisə olunmaz cavab)

  4. Bond

    İndi müzakirədə iştirak edə bilmərəm - boş vaxtım yoxdur. Osvobozhus - bu məsələ ilə bağlı fikrinizi əmin olun.

  5. Juramar

    İçində bir şey var. İndi hər şey aydındır, izahat üçün təşəkkür edirik.

  6. Geoffrey

    Lakin hələ də! Lakin hələ də! Bir fikir verəcəm. Yoxsa sabah ev tapşırığını edəcəm... Beşdən biri, səkkizincisi gəlməyəcək

  7. Shakanos

    Məncə, siz səhv edirsiniz. Mən bunu sübut edə bilərəm. Mənə PM-ə yazın, danışarıq.

  8. Mansfield

    Olduqca doğru! İdeya əladır, dəstəkləyirəm.



Mesaj yazmaq