Məlumat

Spektroskopiya məlumatlarından açılan zülalın fraksiyasının hesablanması

Spektroskopiya məlumatlarından açılan zülalın fraksiyasının hesablanması


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bu, keçən ilin ev tapşırığından verilən sualdır. Bizə müxtəlif temperaturlarda həm yabanı tip, həm də mutant zülalın 222 nm-də udma qabiliyyəti verilir. Daha sonra bu məlumatlardan müxtəlif termodinamik kəmiyyətləri hesablamağımız xahiş olunur. İstədiyi ilk şey həm wt, həm də mutantın Tm-sidir. Tm-i əldə etmək üçün mənə zülalın açılmış hissəsi lazımdır, çünki Tm fraksiyanın açıldığı temperaturun 0,5 olduğu kimi müəyyən edilir. Bununla belə, açılmış fraksiyanı necə hesablamaqla bağlı çaşmışam. Cavab açarında professor heç bir izahat vermədən f=2*(A222-0,5) tənliyindən istifadə etdi. Bu tənliyin haradan gəldiyini kimsə mənə izah edə bilərmi?

Redaktə: Bağışlayın, sizə deməyi unutmuşam ki, f açılmış fraksiya deməkdir.

Çox sağ olun Zeyuan


Cavab vermək asanlığı üçün məlumatları tərtib etdim, baxmayaraq ki, məlumatlarda nə axtarmaq lazım olduğunu bilirsinizsə, lazım deyil.

Gözlənildiyi kimi, ərimə əyriləri təxminən 0,5 və 1-də üfüqi asimptotlar ilə siqmoidaldır. Siz bunu xam məlumatlarda da görə bilməlisiniz: absorbanslar sürətlə yüksəlməzdən əvvəl 0,5 ətrafında fırlanır və sonra 1-ə yaxın düzlənir.

Siz udma funksiyası kimi açılmış zülalın fraksiyasını istəyirsiniz, ona görə də bu məlumatları [0,1] diapazonuna normallaşdırmalısınız. Sualınızın şərtlərinə uyğun olaraq bunun üçün sadə bir düstur var:

$f = frac{A_{222} - min(A_{222})}{max(A_{222}) - min(A_{222})}$

$f = frac{A_{222} - 0,5}{1 - 0,5}$

$f = frac{A_{222} - 0,5}{0,5} = 2(A_{222} - 0,5)$

İntuitiv olaraq, bu barədə aşağıdakı kimi düşünə bilərsiniz: aşağı temperaturda, zülal qatlandıqda, absorbans 0,5-dir. Bunu heç bir zülal açılmadıqda məhlulun udulmasını təmin edən boş və ya əsas ölçü hesab edin. Yalnız açılmış zülaldan gələn siqnalla maraqlandığınız üçün bu dəyəri (0,5) qalan məlumatlardan çıxara bilərsiniz.


Pseudoazurinin ikinci koordinasiya sferasında π-π qarşılıqlı təsiri ilə protein strukturunun sabitləşməsi

Yazışma: Takamitsu Kohzuma, Kvant Şüa Elmləri İnstitutu, İbaraki Universiteti, 2-1-1 Bunkyo, Mito, İbaraki 310-8512, Yaponiya. E-poçt: [email protected] Bu müəllifin daha çox məqaləsini axtarın

Elm və Mühəndislik üzrə Ali Məktəb, Kvant Şüa Elmləri İnstitutu, İbaraki Universiteti, Mito, İbaraki, 310-8512 Yaponiya

Elm və Mühəndislik üzrə Ali Məktəb, Kvant Şüa Elmləri İnstitutu, İbaraki Universiteti, Mito, İbaraki, 310-8512 Yaponiya

Biologiya şöbəsi, Qərbi Ontario Universiteti, London, Ontario, Kanada

Kimya Departamenti, Qərbi Ontario Universiteti, London, Ontario, Kanada

Biologiya şöbəsi, Qərbi Ontario Universiteti, London, Ontario, Kanada

Kimya şöbəsi, Qərbi Ontario Universiteti, London, Ontario, Kanada

Elm və Mühəndislik üzrə Ali Məktəb, Kvant Şüa Elmləri İnstitutu, İbaraki Universiteti, Mito, İbaraki, 310-8512 Yaponiya

Yazışma: Takamitsu Kohzuma, Kvant Şüa Elmləri İnstitutu, İbaraki Universiteti, 2-1-1 Bunkyo, Mito, İbaraki 310-8512, Yaponiya. E-poçt: [email protected] Bu müəllifin daha çox məqaləsini axtarın


MƏLUMAT BANKINA GİRİŞLƏR

Hər bir girişdə hərflərdən (L) və rəqəmlərdən (N) ibarət unikal qoşulma ID-si var: LLNNNLLNN formatında. Bunlar təsadüfi olaraq təyin edilir və istifadəçi xüsusi ID kodu tələb edə bilməz. Bununla belə, istifadəçi eyni zülal və ya əlaqəli zülallar üzərində bir sıra spektrlər yerləşdirirsə, onlar eyni (təyin edilmiş) ilk yeddi simvolu olan giriş adlarının ardıcıl siyahısını (100-ə qədər) əvvəlcədən rezerv edə bilərlər.

Hər bir girişdə zülalın adı (və uyğun olduqda alternativ adlar), zülalın mənbəyi (və yabanı tipli ardıcıllığın hər hansı dəyişiklikləri), onun konsentrasiyası və saflığı, tampon və əsas məzmunlar daxil olmaqla nümunənin xüsusiyyətləri haqqında məlumat daxildir. o cümlədən, əgər varsa, liqandlar və komplekslər üçün onların makromolekulyar bağlama partnyorları). Buraya CD spektral məlumatları və HT (yüksək gərginlik və ya yüksək gərginlik və ya psevdoabsorbsiya) spektri və temperatur, hüceyrə yolu və növü, istifadə olunan alət, minimum və maksimum dalğa uzunluğu kimi spektral parametrlər kimi eksperimental şərtlər haqqında məlumat daxildir. dalğa uzunluğu intervalları və təkrar taramaların və ya yığılmaların sayı.

Girişlərə həm nümunə, həm də əsas xətt üçün xam spektral məlumatlar, həmçinin məlumatların işlənməsi və dərc edilmiş son işlənmiş spektral məlumatlar haqqında məlumatlar daxildir. Alət kalibrləmə standartları və onların spektrləri haqqında isteğe bağlı (lakin çox tövsiyə olunan) məlumat da var.

Hər bir giriş normal olaraq yalnız müvafiq UniProt faylına hiperlink deyil ( 4 ), həm də zülal üçün ardıcıllığı (bir hərfli kodda) ehtiva edir ki, UniProt girişindən fərqləri müəyyən etmək mümkün olsun.

Zülal üçün kristal quruluş mövcud olduqda, PDB kodu ID (3) daxil edilir, eyni zamanda bütün üç arxiv saytlarında - RCSB ( 5 ), PDBj ( 6 ) və PDBe ( 7 ) vebsaytlarında həmin girişə hiperlinklər. Hər üç keçidin səbəbi odur ki, PDB saytlarının hər biri unikal və tamamlayıcı məlumatlara və məlumatları göstərmək və sorğulamaq vasitələrinə malikdir və biz onların hamısına asan girişin PCDDB istifadəçilərinə fayda verəcəyinə inanırıq. Bundan əlavə, DSSP alqoritmi ( 8 ) ilə müəyyən edilən kristal quruluşdan əldə edilən ikinci dərəcəli strukturlar da daxil edilir.

Ferment Komissiyasının (EC) nömrəsi ( 9 ) və əlaqəli vebsayta hiperlink təyin edilmiş EC nömrələri olan fermentlər üçün onların funksional xassələrinə bələdçi kimi daxil edilmişdir. Bundan əlavə, mümkün olduqda, CATH domen təsnifatının ( 10 ) veb-saytındakı girişə keçid də daxil edilir.

Hər bir qeydə əmanətçinin adı, əmanətçinin adı və laboratoriyası, müvafiq ədəbiyyatdan sitat və onun Medline girişinə keçid daxildir. Bütün yükləmə formatlarına ədəbiyyat arayışı daxildir, beləliklə, məlumat istifadəçiləri məlumat istehsalçılarını aydın şəkildə müəyyən edə və istinad edə bilərlər.

Bu məzmunlar bütün kommersiya CD alətlərinin istehsalçılarını və dünya üzrə bütün SRCD şüa xətlərindən olan alimləri təmsil edən PCDDB Texniki Məsləhət Şurasının üzvlərinin geniş ictimai məsləhətləşmələri və təklifləri nəticəsində istifadəçi icmasının üzvləri ilə müzakirələrdən sonra hazırlanmış və dəqiqləşdirilmişdir ( siyahı üçün Təşəkkürlərə baxın).

Girişlərin ilk dəsti hazırda DichroWeb (12) onlayn analiz serveri ilə istifadə üçün mövcud olan SP175 istinad məlumat dəstini (11) təşkil edən 71 həll olunan zülal idi. Bunları CRYST175 istinad bazasında doqquz zülal izlədi (13). Bundan sonra, istifadəçi tərəfindən təqdim edilən əlavə zülal spektrləri yerləşdirildi (14), lakin onların buraxılması 2011-ci ilin əvvəlində tam çökmə versiyasının buraxılışına qədər embarqo edilir.


Dəstəkləyici məlumat

ΔΔ-nın müqayisəsiGunf və Δ<Tm> Δ-dan asılılıq<Tm> (= <Tm>Variant 2 – <Tm>Variant 1) intervariant R 2 -hər bir variant cütü üçün qiymətlər PropKa və PDB-dən quruluşdan istifadə edərək WT-GCSF üçün xalis yükün və pI-nin hesablanması formulalarının seçilməsində GCSF variantları üçün 37 °C-də açılan fraksiyadan monomer itkisinin ilkin dərəcələrindən asılı olaraq iki reaksiya modelinin uyğunlaşdırılması : 2D9Q (PDF)


C:Proqram Faylları (x86)Microsoft OfficeMEDIAOFFICE14BulletsBD21300_.gif

Naməlum zülalın konsentrasiyasını təyin etmək üçün istifadə edilən üsul Pivə qanunundan istifadə edir: A= Ɛ x c x l (burada I = 1)

Ɛ xəttin qradiyentidir və metodla müəyyən edilə bilər

İstifadə olunan 2 məlumat nöqtəsi bunlardır: (00) və (0.50 0.60)

Beləliklə, xəttin qradiyenti (Ɛ) = (0,60 – 0) / (0,50 – 0)

Beləliklə, 0,35 = 1,2 x c (c = konsentrasiya)

Zülalın naməlum konsentrasiyasını təyin etməyin başqa bir yolu naməlum zülalın uduculuğunu qrafikdən xüsusi protein konsentrasiyasına qədər oxumaqdır.

Bu, naməlum zülalın konsentrasiyasını 0,29 mM təşkil edir.


Mücərrəd

Düyünlü və sürüşkən zülallar topoloji cəhətdən mürəkkəbdir. Onların bükülmə və açılma mexanizmini başa düşmək böyük marağa səbəb olmuşdur. Burada biz zülal mühəndisliyi, tək molekullu optik cımbızlar və idarə olunan molekulyar dinamika (SMD) simulyasiyalarını birləşdirdik və sürüşkən düyünlü zülal piruvoildən asılı arginin dekarboksilazanın (PADC) mexaniki açılmasını və qatlanmasını araşdırdıq. Slipknotted strukturunda PADC uzun yivli ilgəyi (85 qalıq) ehtiva edir ki, bu da düyün döngəsindən demək olar ki, iki dəfə böyükdür. N- və C-terminallarından uzandıqda, PADC-nin əksəriyyəti iki vəziyyətli şəkildə asanlıqla açıla bilər və slipknotted strukturu açıldı. PADC-nin kiçik bir faizi, açılan aralıq vəziyyətin formalaşmasını əhatə edən üç ştatlı bir yoldan sonra ortaya çıxdı. Bu açılan ara vəziyyətlər kontur uzunluğu artımlarının geniş paylanmasını göstərdi ki, bu da onların dəqiq müəyyən edilmiş spesifik struktura malik olmadığını göstərirdi. SMD simulyasiyaları PADC-nin açılması üçün əsas sərbəst enerji maneəsini aşkar etdi və açılan aralıq vəziyyətlərin yivli döngənin düyün döngəsindən çıxarılması prosesi zamanı sürüşən polipeptid zəncirinin sürtünməsindən yarana biləcəyini təklif etdi. Rahatlaşdıqdan sonra açılmamış və bağlanmamış PADC polipeptid zəncirinin kiçik bir hissəsi yenidən öz doğma sürüşkən düyünlü konformasiyasına qayıda bilər, lakin böyük bir hissəsi yalnız səhv qatlanmış vəziyyətə çata bilər. Nəticələrimiz uzun yivli döngə ilə slipknotted zülalın mexaniki açılması və yenidən qatlanmasının mürəkkəbliyini ortaya qoydu.


Spektroskopiya məlumatlarından açılan zülalın hesablanması - Biologiya

ZÜLAL KİMYASI

MƏLUMAT: Siz Robert Rasselin Struktur Proqnozlaşdırma Bələdçisi ilə məsləhətləşmək istəyə bilərsiniz. Amin turşularının biokimyəvi xassələri üçün PROWL, Amin turşusunun hidrofobikliyi və amin turşularının qrafiki və istinad cədvəlinə (GenScript) baxın. Xüsusilə antikorlarla maraqlanırsınızsa, "The Antikor Resurs Səhifəsini" ziyarət etməyinizi tövsiyə edərdim.

Amin turşusu tərkibi və kütləsi &ndash ProtParam (ExPASy, İsveçrə)
İzoelektrik nöqtə - pI/Mw hesablama aləti (ExPASy, İsveçrə). Şarj və pH arasındakı əlaqənin planını istəyirsinizsə, ProteinChemist istifadə edin (ProteinChemist.com) və ya JVirGel Proteomik Alətləri (PRODORIC Net, Almaniya).
Kütləsi, pI, tərkibi və mol% asidik, əsas, aromatik, polar və s. amin turşuları - PEPSTATS (RƏHMƏT). Biokimya-onlayn (Vitalonik, Rusiya) bir% tərkibi, molekulyar çəkisi, pI və istənilən istənilən pH-da yük verir.

Peptid Molekulyar Çəki Kalkulyatoru (GenScript) - onlayn kalkulyator maraqlandığınız peptidinizin kimyəvi formulu və molekulyar çəkisini müəyyən edir. Daha dəqiq nəticələr əldə etmək üçün N- və C- terminal modifikasiyaları və disulfid körpülərinin yerləşdirilməsi kimi post-tərcümə modifikasiyalarını da təyin edə bilərsiniz.

İzoelektrik Nöqtə Kalkulyatoru 2.0 (IPC 2.0) - a izoelektrik nöqtələrin proqnozlaşdırılması üçün server və sKa dərin öyrənmə və dəstək vektor reqressiya modellərinin qarışığından istifadə edərək dəyərlər. Zülallar və peptidlər üçün IPC 2.0-ın proqnozlaşdırma dəqiqliyi (RMSD) əvvəlki alqoritmləri üstələyir. (İstinad: Kozlowski LP (2021) Nucl. Acids Res. Web Server məsələsi).

Tərkibinin/Molekulyar Çəkinin Hesablanması (Georgetown Universiteti Tibb Mərkəzi, ABŞ) - bu saytla bağlı yeganə problem odur ki, toplu rejimdə işləyərkən ardıcıllığı adla müəyyən etmir, sadəcə ardıcıl nömrə

Protein kalkulyatoru (C. Putnam, The Scripps Research Institute, ABŞ) - verilmiş pH-da kütlə, pI, yükü hesablayır, amin turşusu qalıqlarını hesablayır və s.

Tm Predictor (P.C. Lyu Laboratoriyası, Milli Tsing-Hua Universiteti, Tayvan) - zülalların nəzəri ərimə temperaturunu hesablayır.

Antigenlik və allergenlik: Başlamaq üçün yaxşı yer İmmun Epitop Database (IEDB) olardı.

Abie Pro Peptid Antikor Dizaynı (Chang Bioscience)

Allergenlik serverləri: AllerTOP ( İstinad : Dimitrov, I. et al. 2013. BMC Bioinformatics 14(Əlavə 6): S4), AlgPred - allergen zülalların proqnozlaşdırılması və IgE epitoplarının xəritələşdirilməsi (İstinad: Saha, S. və Raghava, G.P.S. 2006. Nuklein turşularının tədqiqatı 34: W202-W209.), və SDAP - Allergen Zülalların Struktur Məlumat Bazası (İstinad: Ivanciuc, O. et al. 2003. Nucleic Acids Res. 31: 359-362).

EpiToolKit - vaksin dizaynına diqqət yetirməklə immunoloji suallar üçün virtual iş dəzgahıdır. O, MHC genotiplənməsini, epitop və neo-epitop proqnozunu, peyvəndin dizaynı üçün epitop seçimini və epitop yığımını əhatə edən bir sıra immunoinformatika vasitələri təklif edir. Bu yaxınlarda yenidən həyata keçirilən 2.0 versiyasında EpiToolKit bir sıra yeni funksionallıq təmin edir və ilk dəfə olaraq alətləri mürəkkəb iş axınlarında birləşdirməyə imkan verir. Təcrübəsiz istifadəçilər üçün o, mürəkkəb immunoloji məlumat dəstlərinin təhlili vasitəsilə istifadəçilərə rəhbərlik etmək üçün sadələşdirilmiş interfeyslər təklif edir. (İstinad: Schubert S et al. (2015) Bioinformatika 31(13): 2211&ndash2213).

skripka - Vacsin Itəhqiqat və OnLine Iməlumat Network - müxtəlif insan patogenləri arasında peyvəndlə əlaqəli tədqiqat məlumatlarının asan kurasiyasına, müqayisəsinə və təhlilinə imkan verir VIOLIN peyvənd haqqında məlumatın mərkəzləşdirilmiş mənbəyinə çevrilməsi və fundamental və klinik elmlər üzrə tədqiqatçıları peyvəndin tədqiqatı və inkişafı üçün seçilmiş məlumatlar və bioinformatika vasitələri ilə təmin etməsi gözlənilir. . VBLAST: Peyvənd Tədqiqatı üçün Xüsusi BLAST Axtarışı 34 patogenin 77 genomuna qarşı müxtəlif axtarış strategiyalarına imkan verir. (İstinad: He, Y. et al. 2014. Nucleic Acids Res. 42 (Məlumat bazası məsələsi): D1124-32).

SVMTriP - IEDB verilənlər bazasından ən son ardıcıllıqla daxil olan antigen epitopu proqnozlaşdırmaq üçün yeni bir üsuldur. Bizim metodumuzda daha yaxşı proqnozlaşdırma performansına nail olmaq üçün Tri-peptid oxşarlığı və Meyil skorlarını (SVMTriP) birləşdirərək Dəstək Vektor Maşınından (SVM) istifadə edilmişdir. Bundan əlavə, SVMTriP insan zülal ardıcıllığı fonundan viral peptidləri tanımağa qadirdir. (İstinad: Yao B et al. (2012) PLoS One 7(9): e45152).

Həllolma və kristallaşma qabiliyyəti:

EnzymeMiner - müxtəlif strukturlara, katalitik xüsusiyyətlərə və stabilliyə malik həll olunan fermentlərin avtomatlaşdırılmış şəkildə çıxarılmasını təklif edir. Çözünürlük proqnozu maşın öyrənməsi ilə hazırlanmış daxili SoluProt proqnozlaşdırıcısından istifadə edir.( İstinad: Hon J et al. 2020. Nucl Acids Res. 48 (W1): W104&ndashW109).

ESPRESSO (EStimasiyası PRotein ExpreSsion və BELƏ Kİlubility) - üç müxtəlif zülal ifadə sistemi üçün zülal ifadəsini və həllolma qabiliyyətini qiymətləndirmək üçün ardıcıllığa əsaslanan proqnozlaşdırıcıdır: in vivo Escherichia coli, Brevibacillus, və buğda rüşeym hüceyrəsi yoxdur. (İstinad: Hirose S, & Noguchi T. 2013. Proteomika. 13:1444-1456).

SABLE - Naməlum strukturun zülalları üçün nisbi Solvent AccessiBiLitiEs, ikinci dərəcəli strukturlar və transmembran domenlərinin ardıcıllıqla dəqiq proqnozlaşdırılması. (İstinad: Adamczak R et al. 2004. Proteinlər 56:753-767).

SPred (Soluble Protein proqnozu) (Bioinformatika Mərkəzi, Mikrob Texnologiyaları İnstitutu, Çandiqarh, Hindistan) - zülalın həddindən artıq ifadədə həllolma qabiliyyətini proqnozlaşdırmaq üçün veb-serverdir E.coli. Proqnoz 'nr' zülal verilənlər bazası və parçalanmış amin turşusu tərkibinin PSI-BLAST axtarışı ilə yaradılan PSSM profili üzrə öyrədilmiş SVM modelinin hibridinə əsaslanır.

Protein&ndashSol - zülalın həllolma qabiliyyətini proqnozlaşdırmaq üçün veb serverdir. Hüceyrəsiz ifadə sistemində Escherichia coli zülalının həlli üçün mövcud məlumatlardan istifadə edərək, 35 ardıcıl əsaslı xüsusiyyət hesablanır. Xüsusiyyət çəkiləri aşağı və yüksək həlledici alt qrupların ayrılması ilə müəyyən edilir. Model proqnozlaşdırılan həllolma qabiliyyətini və orta dəyərlərdən ən çox kənara çıxan xüsusiyyətlərin göstəricisini qaytarır. (İstinad: Hebditch M et al. 2017. Bioinformatika 33(19): 3098&ndash3100).

CamSol - gücləndirilmiş həll qabiliyyəti olan protein variantlarının rasional dizaynı üçün. Metod, doğma vəziyyətini və bioloji aktivliyini qoruyarkən hədəf zülalın həll qabiliyyətinə ən çox təsir edənləri müəyyən etmək üçün on minlərlə mutasiyaların sürətli hesablama skrininqini həyata keçirməklə işləyir. (İstinad: Sormanni P və digərləri (2015) J Molec Biol 427(2): 478-490). N.B. Qeydiyyat tələb edir.

Süz Entropiya Rtəhsil səh rediction (SERp) - bu kəşfiyyat vasitəsi Səth Entropiyasının Azaldılması yanaşması ilə kristallaşma qabiliyyətini artırmaq üçün nəzərdə tutulmuş mutasiya üçün ən uyğun olan sahələrin müəyyənləşdirilməsinə kömək etmək məqsədi daşıyır. (İstinad: Goldschmidt L. et al. 2007. Protein Science. 16:1569-1576)

CRYSTALP2 - üçün silisium içində zülalın kristallaşma meylinin proqnozlaşdırılması. (İstinad: Kurqan L, et al. 2009. BMC Structural Biology 9: 50) və, PPCpred - difraksiya keyfiyyətli kristalların istehsalına, kristalların istehsalına, protein materialının təmizlənməsinə və istehsalına meylin ardıcıllıqla proqnozlaşdırılması.( İstinad: M.J. Mizianty & L. Kurqan. 2011. Bioinformatika 27: i24-i33).

Antimikrobiyal peptidlər, vaksinlər və toksinlər:

APD (Amikrob əleyhinə Pepidid Database) (İstinad: Wang, Z. and Wang, G 2004. Nucl. Acids Res.32: D590-D592)

Tip III ifrazat sistemi (T3SS) infeksiya prosesində host-patogen qarşılıqlı əlaqə üçün vacib mexanizmdir. Bir çox qram-mənfi bakteriyaların T3SSmachinery vasitəsilə ifraz olunan zülallar T3SS effektorları (T3SEs) kimi tanınır. Bunlar ya hostda hüceyrəaltı lokallaşdırıla bilər, ya da digər effektorları hədəf hüceyrəyə gətirmək üçün birbaşa ana membranla qarşılıqlı əlaqədə olan T3SS-nin iynə ucunun bir hissəsi ola bilər. T3SEdb, bütün eksperimental olaraq müəyyən edilmiş və ehtimal edilən T3SE-lərin hərtərəfli məlumat bazasını veb-saytda toplamaq üçün belə bir səyi təmsil edir. BLAST axtarışı mövcuddur. (İstinad: Tay DM et al. 2010. BMC Bioinformatika. 11 Əlavə 7:S4).

Effektiv (Vyana Universiteti, Avstriya və Münhen Texniki Universiteti, Almaniya) - Bakterial zülal ifrazı simbiotik və patogen bakteriyaların əsas virulent mexanizmidir. Beləliklə, effektor zülallar bakteriya sitozolundan hüceyrədənkənar mühitə və ya birbaşa eukaryotik ev sahibi hüceyrəyə daşınır. Effektiv portal bütün ictimaiyyətə açıq olan patogen və simbiontik genomlarda bakterial effektorlar üzrə əvvəlcədən hesablanmış proqnozlar, habelə istifadəçinin öz protein ardıcıllığı məlumatlarında effektorları proqnozlaşdırmaq imkanını təmin edir.

Vaxign, əks vaksinologiya strategiyasından istifadə edərək, genom ardıcıllığına əsaslanan vaksin hədəflərini proqnozlaşdıran ilk veb-əsaslı vaksin dizayn sistemidir. Vaxign boru kəmərində proqnozlaşdırılan xüsusiyyətlərə zülalın hüceyrəaltı yerləşməsi, transmembran spiralları, adezin ehtimalı, insan və/və ya siçan zülallarına qorunma, patogen olmayan ştam(lar)ın genom(lar)ından ardıcıl olaraq xaric edilməsi və epitopun MHC sinif I və sinif II ilə bağlanması daxildir. . Əvvəlcədən hesablanmış Vaxign verilənlər bazası >350 genomları üçün vaksin hədəflərinin proqnozunu ehtiva edir. (İstinad: He Y et al. 2010. J Biomed Biotechnol. 2010: 297505). Vaxign 2 Beta-nın daha yeni versiyası burada mövcuddur.

VacTarBac bir neçə patogen bakteriyalara qarşı peyvənd namizədlərini saxlayan bir platformadır. Peyvənd epitop kimi fəaliyyət göstərmə ehtimalı əsasında hazırlanmışdır, beləliklə, immunitet sisteminin bir neçə qolundan hər hansı birini induksiya etmək potensialına malikdir. Bu epitoplar 14 bakteriya növünün virulentlik faktoruna və essentail genlərinə qarşı proqnozlaşdırılıb. (İstinad: Nagpal G et al. (2018) Front Immunol. 9: 2280).

Abpred - bir Fv üçün bir amin turşusu ardıcıllığı götürəcək və proqnozlaşdırılan performansı hesablayacaq 12 biofiziki platformalar ( İstinad: Hebditch M & J Warwicker (2019) PeerJ. 7: e8199).

T3SE - Tip III sekresiya sisteminin effektor proqnozu (İstinad: Löwer M, & Schneider G. 2009. PLoS One. 4:e5917. Səhv: PLoS One. 20094(7).

SIEVE Server III növ ifraz olunan effektorların proqnozlaşdırılması üçün ictimai veb alətdir. SIEVE Server məlum ifraz olunan zülallardan öyrənilmiş modeldən istifadə edərək III tip sekresiya sistemləri ilə bakterial patogenlərin genomlarından potensial ifraz olunmuş effektorları qiymətləndirir. SIEVE Server yalnız zülalların zülal ardıcıllığının yoxlanılmasını tələb edir və hər bir giriş zülalının III tip ifraz olunmuş effektor olması ilə bağlı konservativ ehtimalı qaytarır. (İstinad: McDermott JE et al. 2011. Infect Immun. 79:23-32).

Dairəvi dikroizm:

Dairəvi dikroizm (Birkbeck Kolleci, Kristaloqrafiya Məktəbi, İngiltərə) DICHROWEB, Dairəvi Dikroizm spektroskopiyası təcrübələrindən verilənlərin dekonvolyutsiyasına imkan verən interaktiv veb saytdır. O, bir sıra dekonvolyutsiya alqoritmləri (CONTINLL, SELCON3, CDSSTR, VARSLC, K2D) üçün interfeys təklif edir.

K2D2: CD spektrlərindən zülalın ikincil strukturunun faizlərinin proqnozlaşdırılması - 200 nm-dən 240 nm-ə qədər dəyişən 41 CD spektr məlumat nöqtəsini və ya 190-240 nm diapazonu üçün 51 məlumat nöqtəsini təhlil etməyə imkan verir (İstinad: Perez-Iratxeta C & Andrade- Navarro MA. 2008. BMC Struktur Biologiya 2008, 8:25)

K2D3 zülalın dairəvi dikroizm spektrindən spiral və ß zəncirinin tərkibini qiymətləndirmək üçün veb serverdir. K2D3 Dichrocalc ilə əldə edilmiş nəzəri spektrlərin verilənlər bazasından istifadə edir (İstinad: Louis-Jeune C et al. 2012. Proteinlər: Structure, Function, & Bioinformatika 80: 374&ndash381)

Sistein qalıqları:

DiANNA - sisteinin oksidləşmə vəziyyətini (76% dəqiqlik), sistein cütlərini (81% dəqiqlik) və disulfid bağının əlaqəsini (86% dəqiqlik) proqnozlaşdıracaq. (İstinad: Nucl. Acids Res. 33: W230-W232).

CYSREDOX (Rokfeller Universiteti, ABŞ) və KISPRED (CIRB Biocomputing Group, Bolonya Universiteti, İtaliya) zülallarda sistein qalıqlarının redoks vəziyyətini hesablayın.

Hidrofobiklik Plotter ( Yenilikçi ) - və Protein Hidroplotter - Alətlər altında seçin (ProteinLounge, San Dieqo, CA ).

Proteoliz və Kütləvi Spektrometriya:

Proteoliz - peptid kəsici (ExPASy, İsveçrə) bu da fermentlərin və kimyəvi maddələrin parçalanma yerlərini proqnozlaşdırır. Alternativ proteoliz sahəsi Mobility_plot 4.1-dir (Advanced Proteolytic Fingerprinting, IGH, Fransa).
Kütləvi spektroskopiyanı əhatə edən daha mürəkkəb zülal analizi üçün ExPasy peptidlərdə potensial zülal post-translational modifikasiyalarını proqnozlaşdırmaq üçün FindMod və eksperimental olaraq müəyyən edilmiş kütlələrdən zülallarda baş verə biləcək mümkün oliqosakkarid strukturlarını proqnozlaşdıra bilən GlycoMod-u təqdim etdi.

ProFound - peptid xəritələrinin kütləvi spektrlərindən məlumatlardan istifadə edərək zülal ardıcıllığı verilənlər bazasını axtarmaq üçün bir vasitədir. Verilənlər bazasındakı zülal ardıcıllıqlarını peptid xəritəsini yaratmaq ehtimalına görə sıralamaq üçün Bayes alqoritmi istifadə olunur. Sadələşdirilmiş versiyaya buradan daxil olmaq olar (Rokfeller Universiteti, Nyu-York, ABŞ) . İnsan öz protein bazasından istifadə edə bilməz.

Protein Prospektoru (Kaliforniya Universiteti) - zülal kütlə spektroskopisti üçün geniş çeşiddə alətlər təklif edir (məsələn, MS-Fit, MS-Tag, MS-Seq, MS-Pattern, MS-Homology).

Zülal ardıcıllığında təkrarlar Radardan istifadə etməklə aşkar edilə bilər ( R apid A avtomatik D eteksiya və A nin ligmenti R təkrar edir, Avropa Bioinformatika İnstitutu) və ya REPRO (İstinad: George RA. & Heringa J. 2000. Trends Biochem. Sci. 25: 515-517).

REPPER (REPyeyir və onların PERyodicities) - zülallarda qısa boşluqsuz təkrarlanan bölgələri aşkar edir və təhlil edir. Fourier Transform (FTwin) və daxili oxşarlıq təhlili (REPwin) ilə dövrilikləri tapır. FTwin müəyyən xassələri, məsələn, hidrofobikliyi əks etdirən amin turşularına ədədi dəyərlər təyin edir və müvafiq dövriliklər haqqında məlumat verir. REPwin özünü uyğunlaşdırmalardan istifadə edir və əhəmiyyətli daxili oxşarlıqları aşkar edən təkrarları göstərir. Onlar serveri lifli zülallar üçün faydalı analitik alət halına gətirən PSIPRED və qıvrımlı rulonların proqnozlaşdırılması (COILS) ilə tamamlanır. (İstinad: M. Gruber et al. 2005. Nucl. Acids Res. 33: W239-W243).

İki ölçülü gellər:

JVirGel virtual ikiölçülü protein gellərinin hesablanması - eukariotların və prokaryotların (və ya fərdi zülalın) böyük siyahısından virtual 2D proteomlar yaradır. İki versiya: html (məhdud) və Java tətbiqetməsi (inanılmaz, lakin Java Runtime Environment-i quraşdırmalısınız. ( İstinad: K. Hiller et al. 2003. Nucl. Acids Res. 31: 3862-3865).

Virtual İki Ölçülü Protein Gelləri çəkin (PRODORIC Net, Almaniya) - öz protein ardıcıllığı məlumatlarınızdan və ya müxtəlif orqanizmlər üçün istifadə edərək.

Scratch Protein Predictor - (Genomika və Bioinformatika İnstitutu, Kaliforniya Universiteti, İrvine) - proqramlara daxildir: ACCpro: zülal qalıqlarının nisbi həlledici əlçatanlığı CMAPpro: Amin turşusu ilə əlaqə xəritələrinin proqnozlaşdırılması COBEpro: Davamlı B-hüceyrə epitoplarının proqnozlaşdırılması CONpro: zülaldakı hər bir qalığın kontaktlarının sayının orta səviyyədən yuxarı və ya aşağı olmasını proqnozlaşdırır həmin qalıq üçün DIpro: Disulfid körpülərinin proqnozu DISpro: Narahat bölgələrin proqnozu DOMpro: Domenlərin proqnozu SSpro: Zülalın ikincil strukturunun proqnozu SVMcon: Dəstək Vektor Maşınlarından istifadə edərək amin turşusu ilə əlaqə xəritələrinin proqnozlaşdırılması və, 3Dpro: Protein üçüncü strukturunun proqnozu (Ab) başlanğıc).

Mutagenez:

Gen mutagenez dizayneri (GenScript) gen mutasiyasını asanlaşdırmaq üçün nöqtə DNT mutagenez dizaynınızı sadə etmək üçün hazırlanmışdır. Vəhşi növdən DNT mutagenezini həyata keçirmək üçün sadəcə olaraq aşağıdakı sahəyə vəhşi tipli genin başlanğıc ardıcıllığını daxil edin və sonra maraq doğuran amin turşularını seçmək üçün &ldquofrom seçim&rdquo düyməsini klikləyin. Nəticə etibarilə, mutasiyaya uğramış zülalı kodlayan yeni gen ardıcıllığı &ldquosubmit&rdquo klikindən sonra yaradılacaq. Siz bir sıra ifadə sistemlərini seçə bilərsiniz.

I-Mutant2.0: mutasiya zamanı zülal sabitliyinin dəyişməsinin proqnozlaşdırıcısı - ya PDB istinad nömrəsini seçin, ya da öz zülalınızı yapışdırın. Cavab (e-poçt vasitəsilə) zülalın daha çox və ya daha az dayanıqlı olub-olmadığını göstərir, bu, "daha yaxşı" zülalların dizaynında istifadə oluna bilər. (İstinad: E. Capriotti və başqaları. 2005. Nucl. Acids Res. 33: W306-W310).

SIFT - The Sorting Idözümsüz fROM Tolerant (SIFT) alqoritmi kodlaşdırma variantlarının zülal funksiyasına təsirini proqnozlaşdırır, yəni amin turşularının əvəzlənməsinin ardıcıllıq homologiyasına və amin turşularının fiziki xassələrinə əsaslanaraq zülal funksiyasına təsir edib-etmədiyini proqnozlaşdırır. SIFT təbii olaraq baş verən qeyri-sinonim polimorfizmlərə və laboratoriya səbəbli səhv mutasiyalara tətbiq edilə bilər. (İstinad: N-L Sim et al. 2012. Nucleic Acids Research 40(1): W452&ndashW457).

mCSM-membran - mutasiyaların transmembran zülallarına təsirini proqnozlaşdırır. (İstinad: Pires DEV et al. 2020. Nucl Acids Res 48 (W1): W147&ndashW153).


Spektroskopiya məlumatlarından açılan zülalın hesablanması - Biologiya

Zülal çöküntülərinin əmanətçiləri onları yükləməzdən əvvəl NMR eksperimental məlumatlarını və struktur fayllarını yoxlamaq üçün aşağıda sadalanan müxtəlif doğrulama proqramlarından istifadə etməyə təşviq edilir.

Doğrulama hesabatları

Doğrulama hesabatları: nəşr edilmiş BMRB girişləri üçün AVS, LACS və SPARTA tərəfindən yaradılan faylların kolleksiyaları

wwPDB ValidationService strukturu wwPDB-yə təqdim etməzdən əvvəl modelinizi və eksperimental fayllarınızı yoxlayacaq.

Protein Structure Validation Suite (PSVS) NMR və rentgen üsulları ilə yaradılan zülal strukturlarının qiymətləndirilməsi üçün faydalı vasitədir. PSVS struktur biologiyası layihələrində struktur keyfiyyətinin qiymətləndirilməsi üçün geniş şəkildə tətbiq olunur.

CheckShift - Tətbiqi Molekulyar Mühəndislik Mərkəzində, Salzburq Universiteti, Avstriyada Kimyəvi Köçürmə İstinad Yoxlanışı. NMR-STAR 2.1, SHIFTX və ya TALOS fayllarında işləyir.

[bu direktivi emal edərkən xəta baş verdi]

Yüklənə bilən məlumatların yoxlanılması proqramı

LACS 64-bit linux binar (Matlab iş vaxtı tələb olunur), Matlab mənbə kodu və python sarğıları. (İstinad: PubMed.)

Wattos bütün dünyada müəlliflər tərəfindən PDB-də saxlanılan eksperimental NMR məlumatlarını təhlil etmək, şərh etmək, təhlil etmək, arxivləşdirmək və yaymaq üçün proqramlardan ibarət proqram paketidir.


Müəlliflər bildirirlər ki, tədqiqat potensial maraqların toqquşması kimi təfsir oluna biləcək hər hansı kommersiya və ya maliyyə münasibətləri olmadan aparılıb.

Bu iş Çin Milli Təbiət Elmləri Fondu (NSFC 62075177) Şaansi Əyalətinin Təbiət Elmləri Fondu (2020JM-193, 2020JQ-324) Çin Postdoktoral Elm Fondu (2017M610623) Çin Milli Təbiət Elmləri Fondu (91750106) tərəfindən dəstəklənib. və Keçid Optika və Fotonikanın Dövlət Əsas Laboratoriyasının Tədqiqat Fondu.


Biomolekulyar Ölçmə Şöbəsinin (BMD) Qrupu olan NIST Kütləvi Spektrometriya Məlumat Mərkəzi qiymətləndirilmiş kütləvi spektral kitabxanalar hazırlayır və müvafiq proqram alətləri təqdim edir. Bu məhsullar GC/MS (elektron ionlaşması ilə) və LC-MS/MS (tandem kütlə spektrometriyası ilə) üçün istinad kütlə spektrləri, eləcə də GC üçün qaz fazı saxlama indeksləri təmin etməklə birləşmənin identifikasiyasına kömək etmək üçün nəzərdə tutulub. Mərkəz Gaithersburg, MD-də NIST-in əsas kampusunda yerləşir.

Biz kütləvi spektrometrlər üçün yüksək keyfiyyətli istinad məlumatları və proqram məhsulları ilə daha yaxşı təmin etmək məqsədilə bir çox kommersiya, hökumət və akademik qurumlarla əməkdaşlıq edirik.

Bu sayt NIST-dən kütləvi spektral məlumat məhsulları və yeniləmələri təsvir edir və onlara girişi təmin edir. EI və tandem MS kitabxanaları (kiçik molekullar və peptidlər), GC saxlama indeksi kolleksiyası, həmçinin sərbəst şəkildə əldə edilə bilən, ixtisaslaşmış spektral kitabxanalar daxil olmaqla müxtəlif məlumat məhsulları mövcuddur. Sərbəst mövcud olan məlumatların təhlili alətlərinə AMDIS (GC/MS üçün Avtomatlaşdırılmış Kütləvi Spektral Dekonvolyutsiya və İdentifikasiya Sistemi), MS Interpreter (parçalanma analizi üçün) və Gliko Kütləvi Kalkulyator (qlikoformların təhlili üçün) daxildir.

NIST NIST/EPA/NIH Kütləvi Spektral Kitabxanasının genişləndirilməsi kimi peptid kütlə spektral kitabxanasını inkişaf etdirir. Kitabxananın məqsədi protein analizi üçün kütləvi spektrometriyaya əsaslanan proteomik metodlardan istifadə edən laboratoriyalar üçün peptid arayış məlumatlarını təmin etməkdir. Kütləvi spektral kitabxanalar bu birləşmələri alternativ üsullardan daha həssas və möhkəm şəkildə müəyyən edir. Bu verilənlər bazaları yeni proqramların sınaqdan keçirilməsi və inkişafı üçün sərbəst mövcuddur.


Zülal Qarşılıqlı Akış Sitometrik FRET Təhlili

Son onilliklərdə canlı və ya bütöv hüceyrələrdə zülal-zülal qarşılıqlı təsirlərinin in situ tədqiqi getdikcə əhəmiyyət kəsb edir, çünki toplu biokimya və molekulyar modelləşdirmə təcrübələrindən təklif olunan struktur/funksiya əlaqələri hüceyrə səviyyəsində təsdiq tələb edirdi. Förster (flüoresan) rezonans enerjisinin ötürülməsi (FRET) əsaslı üsullar hüceyrə səthində və ya hüceyrə daxilində biomolekulların yaxınlığını və supramolekulyar təşkilini təyin etmək üçün əla vasitədir. Bu, FRET-in artan populyarlığı üçün əsas ola bilər. Əslində, FRET-dən istifadə edən nəşrlərin sayı minilliyin əvvəlindən bəri artmışdır. Maraqlıdır ki, tətbiqlərin əksəriyyəti mikroskop əsaslıdır və yalnız bir hissəsi axın sitometriyasından istifadə edir, baxmayaraq ki, sonuncu potensial olaraq çox sayda fərdi ölçülən hüceyrələrə borclu olan böyük statistik güc təklif edir. Bununla belə, çox lazerli axın sitometrlərinin mövcudluğunun artması ilə mütləq FRET effektivliyini əldə etmək üçün strategiyalar indi nisbətən asan şəkildə həyata keçirilə bilər. Bu fəsildə biz axın sitometriyasında FRET-in ölçülməsi üçün ümumiyyətlə istifadə edilə bilən protokolları təqdim etmək niyyətindəyik. Qısa nəzəri girişdən sonra uğurlu etiketləmə üsulları və ölçmə yanaşmaları üçün reseptlər verilir. Sadə, söndürmə əsaslı populyasiya səviyyəsinin ölçülməsi, hüceyrə-hüceyrə faktiki FRET effektivliyini təmin edən klassik ratsional, intensivliyə əsaslanan texnika və hüceyrə-hüceyrə avtoflüoresansının korreksiyasına imkan verən sonuncunun daha təkmil versiyası təsvir edilmişdir. An Excel macro pre-loaded with spectral data of the most commonly used fluorophores is also provided for easy calculation of average FRET efficiencies. Finally, points of caution are given to help design proper experiments and critically interpret the results.

Açar sözlər: FCET Flow cytometry Fluorescence resonance energy transfer Förster resonance energy transfer Molecular proximity Protein interactions.



Şərhlər:

  1. Mikataxe

    Verilən, əla bir mesaj

  2. Zolorr

    I think this is the brilliant phrase

  3. Moogulmaran

    Mənim tərəfindən bu, ən yaxşı variant deyil

  4. Hudson

    Təbrik edirəm, əla fikir və vaxtında

  5. Coulter

    Sadəcə bir dahissən, hekayənizlə məni sevindirdin, əsas xarakterdən nümunə götürəcəyəm.

  6. Bramuro

    Əla mövzu

  7. Rawiella

    And why is this the only way? I think why not clarify this review.



Mesaj yazmaq