Məlumat

44: Biokimyəvi Test Cədvəli - Biologiya

44: Biokimyəvi Test Cədvəli - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

44: Biokimyəvi Test Cədvəli

Proteus mirabilis-in biokimyəvi testi və identifikasiyası

Proteus vulgarisin biokimyəvi testi və identifikasiyası hansılardır?

ilk növbədə urease testi, PPA ilə proteus spp üçün testin ən çox identifikasiyası
İkinci biokimyəvi test indol p-yə uyğundur. P vulgarisdən olan Mirabilis. Əgər indole pozitiv_ P.vllulgaris mənfi olarsa – P.mirabilis

koaqulaz testinin nəticəsini bilmək olar?

Corynebacterium difteriyanın ən yaxşı identifikasiyası nədir

Loefler’s serum maili və ya Tindales agar qarğıdalı üçün selektiv mühitdir. Cornye Tinsdale agarda xüsusi bir görünüşə malikdir. Sonra siz adi qram ləkələrini (Qram-müsbət basillər, bəzən çubuq formalı), katalaza (müsbət), ureaza testi (mənfi), böyümə MacConkey agarda dəstəklənmir. Yaşıl quyruğu və qırmızımtıl metaxromatik qranulları göstərmək üçün təsdiq üçün Albert ləkəsi. Karbohidrat fermentasiya testi: Maltoza-mənfi, dekstroza-müsbət, nişasta-müsbət, saxaroza-mənfi. Nişasta üçün müsbət nəticələr və saxaroza üçün mənfi nəticələr Corynebacterium diphtheriae (gravis) növünün mövcudluğunu göstərir.

artan Proteus mirabilis media seçimi nədir

Qidalı agar həmişə təhlükəsiz seçimdir. MacConkey adətən kifayət qədər layiqli olur, xüsusən də laktoza fermentasiyasını sınamaq istəyirsinizsə. Nəhayət, qan agar həmişə p üçün həqiqətən sərindir. mirabilis, çünki orqanizmin agar üzərində sürünməyə meyli var (yüksək hərəkət qabiliyyətinə görə), belə ki, görmək sərindir.


Mikroblar

Biliyin Paylaşılması Biliyi təkmilləşdirir. Bilik mümkün qədər az xərclə əldə edilməlidir.

  • Link əldə edin
  • Facebook
  • Twitter
  • Pinterest
  • E-poçt
  • Digər Proqramlar

Laboratoriya seriyası № 15: Bakterial izolatların identifikasiyası üçün biokimyəvi testlər

Əvvəlki günlərdə əksər testlər, adətən, görünən nəticə əldə etmək üçün daha çox vaxt tələb edən 5 ml-dən çox mühitdən istifadə etməklə böyük həcmdə aparılırdı. Laktoza istifadəsi ilə bağlı bir nümunə götürək. Əgər mən E coli-ni 5 ml laktoza tərkibli mühitə yerləşdirsəm, izolatın laktoza parçalanması və 0,1 ml-də eyni şeyi etməklə müqayisədə oxumaq üçün kifayət qədər pH dəyişməsi daha çox vaxt aparacaq. orta. Nəticələrin daha sürətli oxunmasına imkan verən ən avtomatlaşdırılmış sistemdə əsas anlayışlardan biri olan ümumi reaksiya həcmini azaltmaq üçün onu oxumağa sərf olunan vaxtı minimuma endirməyin ən sadə yolu. Şəkil 1, müxtəlif şərtlərdə müsbət nəticə vermək üçün tələb olunan vaxtı göstərən hipotetik qrafikdir (Dəqiq detallar testdən və digər şərtlərdən asılı olaraq dəyişəcək).

Cədvəl 1: Hemoliz nümunələri olan
qanlı ağarda görünür.
Tipik bir ssenaridə, Hemoliz biokimyəvi bir test kimi qəbul edilmir və bir çox mikrobioloqlar bunu belə adlandırmağa müqavimət göstərərlər. Əksər hallarda qanlı agarda hemoliz nümunəsi identifikasiyanı əhəmiyyətli dərəcədə daraldır. Qanlı agarda görülə bilən 4 növ hemoliz nümunəsi var.

Qeyd etmək lazımdır ki, hemoliz iştirak edən fermentdən asılıdır və şərtlərdən asılı olaraq eyni növlər üçün dəyişikliklər müşahidə olunur. tərəfindən bir araşdırma Vancanneyt və başqaları çoxlu suşlarını sınaqdan keçirmişdir E faecium aşağıdakıları tapdı. beta-hemoliz həm qoyun, həm də insan qanında cəmi 1 ştam üçün müşahidə olunub, 4 ştam insan qanında beta-hemoliz göstərib, qoyun qanında isə yox, tədqiq olunan ştamların qalanlarında isə hər iki mühitdə hemoliz olmayıb. Əlbəttə ki, beta hemoliz Enterococcus qrupu üçün ümumi bir xüsusiyyət deyil.

Şəkil 1: Qan agar Plitəsi. Mənbə
Qanlı agarın hazırlanması üçün tövsiyə olunan reagent qoyun qanıdır. Ən çox yayılmış qoyun qanı defibrinləşdirilir (steril şüşə muncuqlardan istifadə etməklə) və qanlı agar əldə etmək üçün bazal mühitə əlavə edilir. Təcrübəmə görə, qan nümunəsinin normal şoran məhlulu ilə yuyulması və sonra yuyulmuş qoyun RBC-nin istifadəsi bir qədər yaxşı nəticələr verir. Bəzi laboratoriyalar da nəticədə əhəmiyyətli sapmalar olmadan at/buynuz qanından istifadə edirlər.
Şəkil 1: SOD və katalaza fəaliyyəti.
Prescott Dərslikdən 5-ci Nəşr
Faydalı olacağına görə bir az kənara çıxmaq istəyirəm. Ümumiyyətlə, obliqat aeroblar və fakultativ anaeroblar adətən müvafiq olaraq superoksid radikallarının və hidrogen peroksidin məhv edilməsini kataliz edən superoksid dismutaza (SOD) və katalaza fermentlərini ehtiva edir. Əksər ciddi anaeroblarda hər iki ferment yoxdur və ya çox aşağı konsentrasiyalarda olur və buna görə də O. 2 Bu qaydalara bir çox istisnalar var. Peroksidazlar hidrogen peroksidi məhv etmək üçün də istifadə edilə bilər. Şəkil 2, oksigenə müxtəlif reaksiyalara malik bakteriyaların böyüməsini, onların katalaza və SOD xassələrini əks etdirir.
  • Keyfiyyətli katalaza
  • SQ (Yarı Kəmiyyət) katalaza testi
  • 68 C (İstilik stabil) katalaza testi
Şəkil 2: Katalaz testi. Mənbə
Keyfiyyətli katalaza sınağı üçün istifadə olunan reagent 3% Hidrogen peroksiddir, lakin 6%-ə qədər məqbuldur. Test bir koloniyanı bir neçə damcı H ilə qarışdırmaqla edilə bilər 2 O 2 slaydda (Slayd üsulu), H 2 O 2 (Boru üsulu) və ya H 2 O 2 mədəniyyət plitəsinə/ maili birbaşa (Birbaşa üsul) və 10 saniyə ərzində qabarcıqların əmələ gəlməsini axtarın. Diqqət edilməlidir ki, koloniyanın istifadə olunduğu mədəniyyət mühitində qırmızı qan hüceyrələri yoxdur və koloniyaları reagentlə qarışdırmaq üçün inert materiallardan (məsələn, plastik aplikator çubuğu, nikrom məftil və s.) istifadə edilməlidir.
Şəkil 3: Oksidaz testi. Mənbə
Test sitoxrom c oksidaz və ya indofenol oksidazın mövcudluğunu müəyyən edir. Test Redoks (Reduksiya-oksidləşmə) reaksiyası prinsipinə əsaslanır. Redoks reaksiyaları sadə dillə desək, elektronların ötürülməsini əhatə edən reaksiyalar toplusudur. Bu, elektron itkisi olan oksidləşməni və elektronların artması olan reduksiyanı əhatə edən iki komponentli reaksiyadır. Oksidaza testi tez-tez süni elektron donor kimi reagent, tetra-metil-p-fenilendiamin dihidroxloriddən istifadə edir. Reagent oksidləşdikdə rəngsizdən tünd göy və ya bənövşəyi birləşməyə, indofenol mavisinə çevrilir.

Klassik olaraq, 1% tetra-metil-p-fenilendiamin dihidroxlorid hər gün təzə hazırlanır və filtr kağızına hopdurulur və qurudulur. Koloniyalar kağıza sürtülür və 10 saniyə ərzində rəng dəyişikliyinə baxın. N, N-dimetil-p-fenilendiamin oksalat, askorbin turşusu və α-naftol ehtiva edən kommersiya baxımından mövcud disklər mövcuddur, bu birləşmə daha sabitdir, beləliklə gündəlik hazırlıq tələbindən qaçır.

Modifikasiya edilmiş oksidaz testi yalnız qram-müsbət, katalaza-müsbət koklar üçün istifadə edilən xüsusi testdir. Buna adətən Microdase testi deyilir. Mikrokok oksidaz fermenti reaksiya üçün əlçatan deyil. Bu problem hüceyrəni keçiriciləşdirən və reagentlərin oksidaz fermentinə daxil olmasına imkan verən DMSO-nun istifadəsi ilə aradan qaldırılır.


Ureaz Testinin İstifadəsi

  1. Bu test orqanizmləri ureaza fermenti ilə karbamid hidroliz etmək qabiliyyətinə görə fərqləndirmək üçün istifadə olunur.
  2. Bu test Enterobacteriaceae-nin bir neçə cins və növlərinin identifikasiyasının bir hissəsi kimi istifadə edilə bilər. Proteus, Klebsiella, və bəziləri YersiniaCitrobacter növləri, eləcə də bəziləri Corynebacterium növlər.
  3. müəyyən etmək də faydalıdır Kriptokokk spp., Brusella, Helicobacter pylori, və ureaza fermentini istehsal edən bir çox başqa bakteriyalar.
  4. Birbaşa, bu test varlığını aşkar etmək üçün mədə biopsiyası nümunələri üzərində aparılır H. pylori.

Metamidofosun torpaq mikrob icmalarının biokimyəvi, katabolik və genetik xüsusiyyətlərinə təsiri

Methamidophos yüksək toksikliyə malik orqanofosfat pestisiddir və torpaq mikroblarına əhəmiyyətli dərəcədə təsir göstərə bilər. Ancaq bu təsirin miqyası aydın deyil. Metamidofosun aşağı və yüksək girişlərinin torpaq mikrob icmasının strukturuna təsirini, mikrob biokütləsinin, fosfolipid yağ turşularının (PLFA), icma səviyyəsindəki polifaz yanaşmalarından istifadə edərək bakterial cəmiyyətin katabolik fəaliyyəti və genetik müxtəlifliyini araşdırdıq. katabolik profillər (CLCPs) və gücləndirilmiş ribosomal DNT məhdudlaşdırma analizi (ARDRA) nümunələri. Nəticələrimiz göstərdi ki, yüksək metamidofos girişləri ümumi mikrobial biokütlə karbonunu (C) əhəmiyyətli dərəcədə azaldır.mikrofon) və göbələk biokütləsi, lakin Qram-müsbət bakteriyalara əhəmiyyətli təsiri olmayan qram-mənfi bakteriyaların artması. Maraqlıdır ki, CLCP nümunələri yüksək metamidofos girişlərinin də qram-mənfi bakteriyaların katabolik fəaliyyətini əhəmiyyətli dərəcədə yaxşılaşdırdığını göstərdi. ARDRA nümunəsi kimyəvi stres altında bakterial cəmiyyətin genetik müxtəlifliyinin azaldığını göstərdi. Bundan əlavə, tədqiq edilən mikrob parametrlərindəki dəyişikliklər, metamidofosun yüksək daxilolmalarına nisbətən aşağı daxilolmalarda daha az əhəmiyyətli olmuşdur ki, bu da metamidofosun mikrob icmasına doza təsirini göstərir. Nəticələrimiz, metamidofosun göbələk artımını maneə törətməklə, lakin qram-mənfi bakteriyaların biokütləsini və katabolik fəaliyyətini artırmaqla torpaq mikrob icmasının komponentlərinə diferensial şəkildə təsir etdiyinə dair ilk sübutları təqdim edir.


Saxaroza ilə saxaroza hidrolizi

Bu laboratoriyada siz fermentin istehsalını nümayiş etdirəcəksiniz saxaroza (invertaz) maya ilə. Saxaroza fermenti kataliz edir hidroliz disaxarid saxarozadan invert şəkərə çevrilir. İnvert şəkər qarışığıdır qlükoza və fruktoza, hər ikisi monosaxaridlər. Maya saxaroza birbaşa metabolizə (fermentasiya) edə bilməz. Mayanın saxarozadan enerji mənbəyi kimi istifadə etməsi üçün əvvəlcə onu fermentləşdirilə bilən monosaxaridlər olan qlükoza və fruktoza çevirməlidir.
Benedictin həlli sadə reduksiya edən şəkərlərlə müsbət reaksiya verən sınaq reagentidir. Bütün monosaxaridlər və əksər disakaridlər var şəkərin azaldılması, sərbəst karbonil qrupuna malik (=C=O). Saxaroza, azaldıcı şəkər olmadığı üçün istisnadır. Qəhvəyi-qırmızı misk oksidi çöküntüsünün formalaşması kimi müsbət Benedict's testi müşahidə olunur. Daha zəif müsbət test sarıdan narıncıya qədər olacaq. Həm qlükoza, həm də fruktoza Benedict's məhlulu ilə müsbət test etdi, saxaroza yox.

*Maya filtrat məhlulu
80 ml distillə edilmiş suya bir 7 qramlıq aktiv quru maya
Halqa dayağı və huni saxlamaq üçün üzük
Filtrləmə hunisi
Filtr kağızı (sürətli sürət)
**5% saxaroza məhlulu
95 ml distillə edilmiş suya 5 qram saxaroza
***5% qlükoza (dekstroz) məhlulu
95 ml distillə edilmiş suya 5 qram dekstroz
Benedictin keyfiyyətli həlli
Distillə edilmiş su
Beş 10 ml ölçülü silindr (hər məhlul üçün bir)
7 sınaq borusu 18 x 150 mm
Test borusu tutacağı
Test borusu rafı
2 400 ml stəkanlar
İsti boşqab

* Maya filtrat məhlulu hazırlamaq üçün bir paket aktiv quru maya ilə qarışdırın 80 ml distillə edilmiş su. üçün dursun 20 dəqiqə, arabir qarışdırılır. Yaranan süspansiyonu süzün və filtrat məhlulunu saxlayın. Bu sizin invertaz ekstraktınızdır. Ekstrakt bir gecədə saxlanılırsa, soyudun. Təxminən 8 laboratoriya üçün kifayətdir.

**5% saxaroza məhlulu hazırlamaq üçün həll edin 5 qram tərkibində saxaroza var 95 ml distillə edilmiş su. Bu istifadədən qısa müddət əvvəl hazırlanmalıdır. Təxminən 4 laboratoriya üçün kifayətdir.

***5% qlükoza məhlulu hazırlamaq üçün həll edin 5 qram dekstroz (quru olduqda istifadə edilən addır). 95 ml distillə edilmiş su. Bu istifadədən qısa müddət əvvəl hazırlanmalıdır. Təxminən 9 laboratoriya üçün kifayətdir.

1. 3 sınaq borularını etiketləyin A1, A2,A3, və sınaq borusu rəfinə qoyun. Test borularına aşağıdakı kimi qoyun:

Boruya A2, yer 10 ml 5% saxaroza məhlulu və 4 ml invertaz ekstraktı.

Boruya A3, yer 10 ml distillə edilmiş su və 4 ml invertaz ekstraktı.

2. Təxminən qoyun 250 ml 400 ml-lik stəkana 30-35 oC su tökün. Üç borunu bu isti su banyosunda inkubasiya edin 35 dəqiqə.

3. 4 sınaq borusunu etiketləyin B1, B2, B3B4, və sınaq borusu rəfinə qoyun. yer 5 ml hər boruya Benedict’s keyfiyyətli həlli. İndi köçürün B borular aşağıdakı kimidir:

Boruya B2, borunun içindəkiləri köçürün A2.

Boruya B3, borunun içindəkiləri köçürün A3.

Boruya B4, yer 10 ml 5% qlükoza məhlulu.

4. Boruları yerləşdirin B1, B2, B3,B4 qaynar su banyosuna. DİQQƏT: hamamın bərk qaynamasına icazə verməyin. Yalnız qaynama nöqtəsində saxlayın. 3 və ya 4 dəqiqədən sonra boruları çıxarın və hər hansı dəyişikliyin harada olduğunu qeyd edin.


Bakterial artımın müəyyən edilməsi: 3 Orta

1. Qidalı agar boşqabında və ya boruda koloniya və piqment istehsalının morfologiyasını müşahidə edin və qeyd edin. Bir bakteriyanı yalnız müstəmləkə morfo və şilologiyasına görə müəyyən etmək kifayət olmaya bilər. Beləliklə, digər müvafiq testlərin bir batareyası həyata keçirilməlidir.

Bununla belə, əgər varsa, piqment istehsalı bəzi ipucu verə bilər. Ümumiyyətlə, qidalı agarda yaşıl piqmentli bakteriya artımı təmin edilir. Piqmentli Pseudomonas (Şəkil 7.2) zamanı piqment mühitdə diffuziya olunur, Stafilokokal donuz və utancaqlıq isə bakteriya koloniyası daxilində lokallaşdırılmış olaraq qalır (Şəkil 7.1), məs. qızılı-sarı piqment Staph, aureus və ağ piqment Staph, epidermidis.

Peptonlu su kimi maye mühitdə yaşılımtıl piqment də səth pellikül əmələ gəlməsi ilə mövcud ola bilər. Səth qabığı (məsələn, vibrio və Bacillus hallarında) bakteriyaların güclü aerob təbiətini göstərir, çünki səthə yaxın daha çox oksigen mövcuddur.

2. Gram’s ləkələnmiş yaxması və asma damcı hazırlığını yoxlayın.

(b) Çoxluqlarda qram-müsbət kokklar (Stafilokoklar)

(c) sporlu və ya sporsuz qram-müsbət çubuqlar

Tapıntılar qeydə alınır və şəxsiyyəti müəyyən etmək üçün Cədvəl 7.3, B, C, G və H-ə əməl olunur.

Hər hansı digər xüsusi (seçici/inhibitor/göstərici) mühitdə artım:

Xüsusi seçici/indikator/torpaqlayıcı mühitdə hər hansı böyümə aşağıdakı addımları yerinə yetirməklə müəyyən edilməlidir:

1. Ortanı müəyyənləşdirin və onun üzərində böyüyən bakteriyaları düşünün.

2. Hər hansı bir xüsusi cins üçün koloniya xarakterini və böyümənin istənilən göstəricisini qeyd edin, məsələn, T.C.B.S.-də saxaroza qıcqıran yastı sarı koloniya. agar vibrionun böyüməsini göstərir.

3. Gram boyası və ya hər hansı xüsusi ləkə ilə morfoloji tədqiqat aparın (məsələn, kapsul boyanması, spora boyanması, Y. pestis üçün Wayson's boyanması və s.).

6. Biyokimyəvi testlərə gedin.

7. Ferment və toksin istehsalı üçün testlər.

8. Spesifik yüksək titrə malik seradan (HTS) istifadə edərək slayd aglütinasiyası və ya kapsulun şişməsi ilə antigenin aşkarlanması.

A. Pseudomonas Aeruginosa:

Orqanizmlər mavi irin əmələ gətirir və pyocyanea sözün əsl mənasında “mavi irin” deməkdir. Ps. aeruginosa xəstəxana infeksiyasının əsas səbəbidir. Əksər infeksiyalar yanıqlar və bədxassəli şişlər kimi ciddi əsas xəstəlikləri olan xəstələrdə və ya terapevtik prosedurlar (kateterizasiya, sistoskopiya) nəticəsində baş verir. Antimikroblarla əvvəl müalicə psevdo və şimonas infeksiyasına üstünlük verir.

1. Xüsusilə yara, təzyiq yaraları və yanıqlarda dəri infeksiyaları.

2. Sidik yollarının infeksiyası, adətən kateterizasiyadan sonra və ya xroniki infeksiyalarda.

3. Tənəffüs yoluxucu xəstəliklər, xüsusən də immunosupressiya və kistik fibroz zamanı.

4. Qulaq infeksiyaları, məs. xroniki otit mediası və xarici otit.

5. Göz infeksiyaları, adətən xəstəxanada əldə edilir.

6. Yenidoğulmuşlarda və yaşlı zəifləmiş insanlarda, xüsusən də sitotoksik dərman və ya şüalanma qəbul edən xəstələrdə septisemiya inkişaf edə bilər.

7. Dərinin (ektimaqqrenoza) və daxili orqanların (qaraciyər və böyrək) hemorragik infarktı ilə nəticələnən kəskin nekrotizan vaskulit.

Laboratoriya diaqnozu:

İrin, yara çubuqları, sidik, CSF, bəlğəm və ya qanın orta axını spesifikasiyası.

MacConkey's agarda onlar yayılan sərhədi olan solğun, düz koloniyalar göstərirlər. Qidalı agarda və ya Mueller-Hinton agarda diffuz mavi, yaşılımtıl və ya qırmızımtıl qəhvəyi piqmentlər, üzüm və utancaq və ya meyvə kimi qoxu var. Setrimid agar kimi selektiv mühit orqanizmi nəcisdən və ya qarışıq flora ilə çirklənmiş digər nümunələrdən təcrid etmək üçün faydalıdır.

İdentifikasiya aşağıdakılara əsasən aparılır:

1. Xarakterik koloniya morfologiyası və qram-plyonka görünüşü.

2. Koloniyanın üzüm və ya meyvə kimi qoxusu.

3. Mukoid koloniya variantları tənəffüs yollarının nümunələrində xüsusilə pre­valentdir.

4. Biokimyəvi olaraq P. aeruginosa aşağıdakı xüsusiyyətlərə əsasən inamla müəyyən edilir:

(a) Müsbət oksidaz testi (Cədvəl 7.10).

(b) Dəyişiklik olmadan qələvi üçqat şəkərli dəmir (TSI) agar reaksiyası.

(c) Mueller-Hinton və ya digər boyasız agarlarda (məsələn, N. agar) parlaq yaşıl diffuziya olunan piqmentlər.

P. aeruginosa-nın təsadüfi ştammları yalnız pyoverdin istehsal edir ki, bu da onları P. fluorescens və ya P. putidadan fərqləndirmir. Bu sonuncu növlər 42°C-də inkişaf edə bilmir, P. aeruginosa isə 42°C-də böyüyür.

B. Stafilokok (S.aureus):

S. aureus mühüm pyogenik orqanizmdir və Qutu 1 eyni tərəfindən əmələ gələn mühüm xəstəlikləri göstərir.

Laboratoriya diaqnozu:

Bunlar lezyonun xarakterindən, irinli lezyonlardan irindən, meningitdən CSF-dən, septikemiyadan qandan, tənəffüs yoluxucu infeksiyalardan bəlğəmdən və qida zəhərlənməsindən şübhələnən qida, qusma və ya nəcisdən asılı olaraq toplanmalıdır.

İrin və digər nümunələrin Qram ilə boyanmış yaxmasının tədqiqi bəzi tək və qoşa kokklarla çoxluq halında Qram-müsbət kokları göstərir.

(a) Nümunələr stafilokoklardan başqa əksər orqan və şizmlərin böyüməsini maneə törədən 7% natrium xlorid ilə qanlı ağar və ya selektiv agar mühitinə aşılanır.

(b) Mannitol duzlu agar stafilokoklar üçün seçici və diferensial mühitdir. Mannitol S. aureus tərəfindən fermentləşdirilir, lakin digər stafilokokların əksəriyyəti deyil.

(a) Koaqulaz testi: S. aureus koaqulaz müsbətdir.

(b) Stafilokok infeksiyalarının mənbəyini izləmək üçün epidemioloji tədqiqat üçün orqanizmin növdaxili identifikasiyası və şifahi olaraq antibiotiklərə qarşı həssaslıq testləri, biokimyəvi profillər (biotipləşdirmə), fag tipləşdirmə, nuklein turşusu analizi aparıla bilər.

C. Bacillus:

Bacillus cinsinin üzvləri zəncirvarı düzülmüş aerob, spora malik, qram-müsbət basillardır. Sporlar geri çəkilə bilən, oval və mərkəzi mövqedədir və diametri bakteriyaların eni ilə eynidir.

Bacillus anthracis:

(a) B. anthracis — qarayara xəstəliyinin törədicisi.

(b) B. cereus — qida zəhərlənməsinə səbəb olur.

II. Qeyri-patogen (saprofitlər):

(1) Böyük hüceyrəlilər: B. megaterium, B. cereus

(2) Kiçik hüceyrəlilər: B. subtilis, B. stearothermophilus

Qarayara zoonozdur, insanlar bəzən xəstə heyvan və ya heyvan məhsullarından ikincili yoluxurlar.

Qarayara xəstəliyinin 4 klinik növü var:

Sporlar dəriyə ən çox aşınmış dəri, qabıqlar və ya saç follikulları vasitəsilə daxil olur və adətən ‘bədxassəli püstül’ adlanan tək ağrısız blister əmələ gətirir.

Çirklənmiş ətin qəbulu qastroenteritin ağır və tez-tez ölümcül forması ilə nəticələnir ki, bu da dəri formasından daha az yaygındır.

O, tez-tez ‘yun-sorter’s xəstəliyi’ adlandırılır və çox sayda sporun inhalyasiyası nəticəsində yaranır və adətən ölümcül olur. Bu, inkişaf etməkdə olan ölkələrdə qarayara xəstəliyinin nadir formasıdır.

(4) Septisemiya qarışqası:

Dərinin bağırsaq və ağciyər qarışqası, vaxtında müalicə olunmazsa, septisemiyə keçir və ağır infeksiya nəticəsində ölüm baş verir.

Nümunələr: İrin, maye, bəlğəm və ya qan lezyonun növündən asılıdır. Nümunə “Yüksək Risk” etiketlənməlidir.

B. anthracis kapsullu, hərəkətsiz, iri (5-8/1,5 μm), qram-müsbət ucları kvadratdır. Spora formaları heç vaxt toxumalarda əmələ gəlmir, ancaq orqanizm töküldükdən sonra və ya süni və utancaq mühitlərdə yetişdirildikdə inkişaf edir. Sporlar dəyişdirilmiş Ziehl-Neelsen üsulu ilə rənglənə bilər. Kapsullar toxumalarda əmələ gəlir, lakin ümumiyyətlə mədəniyyətdə yoxdur.

Heyvanların qanında B. anthracis istiliklə sabitlənmiş plyonkada 10-20 saniyə ərzində polixrom metilen mavisi ilə boyandıqda, çöplərin ətrafında parçalanmış kapsul material amorf və bənövşəyi görünür.

B. anthracis aerob və fakultativ anaerobdur, adi mühitlərdə geniş temperatur diapazonunda (25°-30°C), optimal 35°C-də asanlıqla böyüyür. Koloniyalar 2-5 mm diametrdə, sıx, boz-ağ rəngdədirlər, onlar koloniyanın dalğavari kənarını əmələ gətirən paralel hüceyrə zəncirlərindən ibarətdir, sözdə "Medusa baş" və ya "qıvrılmış saç kilidi" adlanır.

Koloniyalar hemolitik deyil və ya bir qədər hemolitikdir (saprofit Bacilli növləri nəzərəçarpacaq dərəcədə hemolitikdir).

Böyümə adətən bulanıq deyil, səthdə qalın bir pelikül əmələ gətirir.

3. Jelatin bıçaq kulturası:

Böyümə yan sünbülləri olan peyvənd məftilinin traktında baş verir, səthə yaxın ən geniş yer - “ters çevrilmiş küknar ağacı” görünür və utancaq, lakin mayeləşmə gecdir.

Ağ siçan və ya qvineya donuzu peritondaxili az miqdarda ekssudat və ya kultura ilə aşılandıqda, heyvan 36-48 saat ərzində ölür. Ürək qanı və bəlğəm B. anthracis göstərir.

Bacillus subtilis:

O, patogen olmayan saprofitdir və nümunə və laboratoriya mühitinin ümumi çirkləndiricisi kimi görünür.

Qidalı agarda quru, 2-3 mm-lik boz və utancaq ağ qeyri-şəffaf koloniyalar görünür. Qidalı bulyonda vahid bulanıqlıq var.

Subterminal sporlu qram-müsbət basillər.

Laboratoriya heyvanları üçün patogen deyil. Onlar həmçinin B. anthracis-dən stafilokoklar tərəfindən istehsal ediləndən fərqli və hərəkətli olan β-laktamaz istehsalında fərqlənirlər.

Medium № 2. Blood Agar:

A. Streptokokk:

Streptococcus zəncirvari şəkildə düzülmüş qram-müsbət kokdur.

A. Hemolitik təsnifat:

Streptokokların ilkin təsnifatı qanlı agar lövhələrində əmələ gələn hemoliz növünə görə aparılır.

(i) β-hemolitik streptokoklar:

Onlar koloniyanın ətrafında geniş (2-4 mm enində) şəffaf tam hemoliz zonası yaradır (Şəkil 7.8).

(ii) α-hemolitik streptokoklar:

Onlar yaşılımtıl rəngə boyanmış qismən (1-2 mm enində) hemoliz əmələ gətirirlər. Bəzi hemolitik olmayan qırmızı qan hüceyrələri hemolitik zonada aşkar edilir. Alfa hemoliz pnevmokoklarda və viridans streptokoklarında müşahidə olunur.

(iii) γ-hemolitik streptokoklar:

Onlar hemoliz vermir və Streptococcus faecalis tipik bir üzvdür.

B. Seroloji təsnifat (Lancefield və Griffith təsnifatı):

β-hemolitik strepto və şikokklar Lancefield (1933) tərəfindən seroloji olaraq hüceyrə divarının qrupa xas polisaxarid antigeni əsasında bir sıra geniş qruplara təsnif edilir. Bu günə qədər müvafiq sera ilə çökmə reaksiyası ilə A-V (I və J olmadan) nömrələnmiş 20 Lancefield qrupu müəyyən edilmişdir. İnsan patogenlərinin əksəriyyəti Streptococcus pyogenes adlanan A qrupuna aiddir.

A qrupunun streptokoklarının ştammları daha sonra tip spesifik antiserumlara görə səth zülallarına (M, T və R) görə 80 Qriffit serotipinə (tip 1, tip 2 və s.) bölünür. M zülalı, hər biri S. pyogenes-in fərqli serotipində mövcud olan təxminən 80 antigenik formada mövcud olan ən vacib tip spesifik antigendir.

Streptococcus pyogenes:

Haşiyə 2 müxtəlif növ streptokoklar tərəfindən əmələ gələn mühüm lezyonları göstərir.

Laboratoriya diaqnozu:

A. Kəskin irinli infeksiyalar:

Nümunə infeksiyanın təbiətindən asılı olaraq tampon, irin və ya qan kimi lezyon yerindən, məsələn, xəstələrin boğazından, vajinasından və ya irinli lezyonundan və şübhəli daşıyıcıların boğaz və burnundan götürülən tamponlar kimi toplanır.

İrin hüceyrələri ilə birlikdə zəncir və ya cüt şəklində qram-müsbət sferik və ya oval kokkları göstərən irin yaxmasının mikroskopiyası streptokokların mövcudluğunu göstərir (Şəkil 7.7). Həyat qabiliyyəti olmayan orqanizmlər qram dəyişkəndir.

Nümunə dərhal peyvənd edilməli və ya Pike'nin daşıyıcı mühitində laboratoriyaya göndərilməlidir (tərkibində 1.000.000 kristal bənövşəyi və 16.000 natrium aziddən 1-i olan qan agarı). Nümunə qanlı ağar mühitində aşılanır və gecə ərzində 37°C-də inkubasiya edilir. Hemoliz anaerob şəraitdə və ya 5-10% karbon qazı altında daha yaxşı inkişaf edir.

Qoyun qanlı agara üstünlük verilir, çünki insan qanında inhibitorlar ola bilər. Bakterial koloniyalar kiçik, adətən tutqun və ya qurudur və β-hemolizlə əhatə olunmuşdur. Haemophilus haemolyticus β-hemolitik streptokokklara bənzəyən koloniyalar əmələ gətirir, lakin onların hemolizinə qoyun qanı mane olur. Buna görə ilkin izolyasiya qoyun qanlı agarda aparılmalıdır.

Lance-field qrupunun və hemolitik streptokokların Griffith tipinin təyini üçün seroloji testlər dəqiq təsnifat və epidemioloji tədqiqat üçün lazım olduqda aparılır.

S. pyogenes (A qrupu) aşkarlanması üçün sadə texnika, bacitracin ilə hopdurulmuş kağız disklərdən istifadə edərək, agar boşqab testi ilə həyata keçirilir. S. pyogenes digər streptokoklara nisbətən bacitrasinə daha həssasdır. Kristal bənövşəyi qanlı ağar kimi selektiv mühitlər boğaz kommensallarını maneə törədir və boğaz çubuqlarında az sayda S. pyogenesin aşkarlanmasını asanlaşdıra bilər, lakin adi mədəniyyətdə nadir hallarda istifadə olunur.

3. Antigen aşkarlama testləri:

ELISA-nın kommersiya test dəstləri və aglütinasiya testləri 75-80% həssas olan boğaz tamponlarından A qrupu streptokok antigenini nümayiş etdirmək üçün artıq mövcuddur.

Boğaz tamponlarında A qrupu streptokokklarının birbaşa aşkarlanması üçün nuklein turşusu zond əsaslı testin kommersiya test dəsti mövcuddur.

A qrupu streptokoklarının əksər toksinlərinə və fermentlərinə qarşı antikorlar istehsal olunsa da, bu antikorlar gec görünür, buna görə də antikorların yoxlanılması kəskin infeksiyanın diaqnozunda kömək etmir. Onlar daha çox irinli olmayan ağırlaşmaların diaqnozu üçün istifadə olunur.

B. İrinləşdirici olmayan ağırlaşma:

Boğazda və ya impetiqoda S. pyogenes-in mövcudluğunu yoxlamaq üçün faydalı olan boğaz tamponu və ya dəri lezyonlarından irin kulturası. Seroloji testlər son zamanlarda streptokok infeksiyasının sübutunu təmin edir. A qrupunun streptokok antigenlərinə qarşı antikorların artan titri adətən aşkar edilir. ASO titrinin 200 vahid və ya daha çox olması revmatik qızdırmada əhəmiyyətlidir.

ASO titri adətən tənəffüs xəstəlikləri və revmatik qızdırmada yüksək səviyyədə olur, lakin streptokokk dəri infeksiyalarında və kəskin qlomerulonefritdə ASO titri aşağı olur və DNaz-B testi daha etibarlıdır. Kəskin post-streptokok qlomerulonu və şifrit zamanı serumda komplementin (C3) səviyyəsi də azalır.

B. Proteus, Morganella, Providencia:

İnsan və heyvan bağırsaqları. Bəzi növlər saprofitlərdir və torpaqda, kanalizasiya və suda olur.

P. mirabilis ən əhəmiyyətlidir, digər növlərə bəzən insan lezyonlarında rast gəlinir.

1. Xüsusilə kateterizasiya və ya sistoskopiyadan sonra sidik yollarının infeksiyası.

2. Sepsis: Qarın, yara və orta qulaq infeksiyaları. Orqanizmlər ümumiyyətlə aşağı dərəcəli patogenlərdir və çox vaxt xoraların, təzyiq yaralarının, yanıqların və zədələnmiş toxumaların ikincil işğalçısı olurlar.

Laboratoriya diaqnozu:

Sidik, irin, qan daxil olan infeksiya yerindən asılı olaraq.

Bunlar aktiv hərəkətli, kapsulsuz, qram-mənfi pleomorf basillərdir.

Proteus növləri adi mühitlərdə (qidalı ağar, qanlı ağar) böyümə növü ilə yaxşı böyüyür. Bu, qarışıq mədəniyyətlərdə digər bakteriyaların təcrid olunmasını çətinləşdirir, çünki Proteusun bir koloniyasından qaynaqlanma bütün boşqab mədəniyyətini əhatə edə bilər.

Bununla belə, öd duzları, çirkab suları olan mühitlərdə qaynaşma maneə törədilir. MacConkey agar, DCA və XLD agar. Aqar konsentrasiyasını (2%), xloral hidratı (1:500) və bor turşusunu (1:1000) mediaya daxil etməklə artıraraq qaynaşma da maneə törədir.

Mac­Conkey agarda rəngsiz, laktozasız fermentasiya. Proteus mədəniyyətlərinin fərqli bir qoxusu var (balıq/seminal).

Qarışıq mədəniyyətdə patogen MacConkey agarda subkulturasiya yolu ilə Proteus ilə çirklənmiş lövhədən ayrıla bilər. Swarming Morganella və Providencia tərəfindən nümayiş etdirilmir.

Cədvəl 7.9-da üç nəslin fərqli biokimyəvi xa&shirakterləri göstərilir.

1. Laktoza üç cinsdən heç biri tərəfindən fermentləşdirilmir, buna görə də MacConkey və ya DCA-da koloniyalar solğun olur.

2. P. mirabilis istisna olmaqla, hamısı indol əmələ gətirir və yalnız iki üzv (P. mirabilis və P. vulgaris) H əmələ gətirir.2S.

3. Bütün üzvlər fenilalanin deaminaza istehsal edir və fenilalanini fenilpiruvik turşuya (PPA) dezaminləşdirir.

4. Ureazın əmələ gəlməsi və karbamidin hidrolizi ureaza-mənfi olan P. stuartii istisna olmaqla, qrupun bütün üzvlərinin başqa bir xüsusiyyətidir.

Tərkibində laktoza olan mühitlərdə təcrid olunmuş patogenlərin ümumi solğun koloniyalarından diferensiasiya ureaz aktivliyinin yoxlanılması ilə həyata keçirilir. Şigella və Salmonella ureaza istehsal etmir.

Proteus ştammlarının (0 x 19, 0 x K və 0 x 2) müəyyən antigenləri (qələvi-sabit fraksiya O) Rickettsial prowazekii üçün ümumidir və rikketsial xəstəliyi olan xəstələrin serumları ilə aglütinləşir. Bu antigen mübadiləsi Weil-Feliks reaksiyasının (heterofil aglütinasiya testi) əsasını təşkil edir.

Citrobacter, Enterobacter, Serratia:

Citrobacter, Enterobacter və Serratia növləri qram-mənfi hərəkətli çubuqlar və fürsətçi pato&şigenlərdir.

Onlar insan və heyvanların bağırsaqlarında, torpaqda, çirkab sularında və suda olur.

Bu üzvlər MacConkey agar, qanlı agar və qidalı agar kimi gündəlik mühitlərdə yaxşı böyüyür.

Sitrobakterlər gec və ya qeyri-laktoza fermentatorları, enterobakterlər isə laktoza fermentatorlarıdır. Serratia laktoza fermentləşdirməyən bir orqanizmdir. Serratiyanın bəzi suşları qırmızı piqment istehsal edir.

Tibbi əhəmiyyətli növlərə C. freundii, E. aerogenes, E. cloacae və S. marcescens daxildir.

1. Sidik yollarının infeksiyası.

2. Xəstəxanaya yerləşdirilən xəstələrdə yaralar, dəri zədələri və respirator infeksiyalar.

3. Septisemiya: Bəziləri uşaq bağçasında, reanimasiya şöbəsində və yanıq bölmələrində infeksiyanın yayılmasına cavabdehdirlər. Çox vaxt çoxlu dərmanlara davamlıdırlar.

Medium # 3. MacConKey's Agar:

I. Laktoza fermentləşdiriciləri:

a. Enterobacteriaceae:

Enterobacteriaceae-nin təsnifatı mürəkkəb və mübahisəlidir. DNT homologiyası tədqiqatları ilə taksonomiya nomenklaturasında ardıcıl dəyişikliklər olmuşdur. 30-dan çox cins və 120 növ və ya qrup müəyyən edilmişdir, tibbi əhəmiyyətli təcridlərin təxminən 96%-i 14 cinsə aiddir və 38 növü təşkil edir.

Bağırsaq çöplərinin təsnifatının ən qədim üsulu laktoza fermentasiyasına əsaslanır və laktoza fermentləşdirən üzvlər laktoza fermentatorları və ya koliformalar adlanır.

b. Escherichia Coli:

Əsas tibbi əhəmiyyətə malik növ Esche­richia coli qram-mənfi hərəkətli basillərdir.

E. coli insan və heyvanların bağırsaq traktının normal sakinidir.

UTI, yara infeksiyası, peritonit, öd yollarının infeksiyası, septisemiya, neonatal meningit.

Körpə qastroenteriti (EPEC), səyahətçi diareyası (ETEC), hemorragik diareya (VTEC) (hemorajik kolit, hemolitik üremik sindrom).

E. coli sepsisin mühüm səbəbidir:

(a) Sistit, pielit və pielonefrit daxil olmaqla sidik yollarının infeksiyası.

(b) Yara infeksiyaları, appendisit, peritonit, öd yollarının infeksiyası.

II. İshal:

Normal bağırsaq florası olmasına baxmayaraq, diareyə səbəb olan E. coli-nin dörd patogen qrupu tanınır.

(a) Enterotoksigen E. coli (ETEC):

E. coli ya bir və ya iki plazmid vasitəçiliyi olan enterotoksin, istiliyə davamlı enterotoksin (LT) və istiliyə davamlı enterotoksin (ST) istehsal edir.

LT nazik bağırsağın selikli qişasında adenil siklazı stimullaşdırır, bu da öz növbəsində bağırsaq lümeninə maye və elektrolitlərin həddindən artıq ifrazına səbəb olan və sulu ishal əmələ gətirən siklik adenozin monofosfatı (cAMP) aktivləşdirir. Bunun əksinə olaraq, ST guanilat siklazı aktivləşdirir və ishala səbəb olur.

(b) Enteroinvaziv E. coli (EIEC):

EIEC ETEC-dən daha az patogendir və kolon selikli qişasını işğal edir və bütün yaş qruplarında şigella dizenteriyası kimi dizenteriyaya səbəb olur. Onlar hərəkətsizdirlər və biokimyəvi reaksiyalarında (NLF) şigella suşlarına bənzəyirlər. Əhəmiyyətli seroqruplar O 124 və O 164-dür.

(c) Enteropatogen E. coli (EPEC):

EPEC inkişaf etmiş ölkələrdə infantil qastro&şiyenteritin yayılmasının mühüm səbəbidir.

(d) Verositotoksigen E. coli (VTEC):

VTEC, toksinlərinin vero-meymun böyrək hüceyrələrinə sitopatik təsir göstərdiyinə görə belə adlandırılmışdır. İki antigenik olaraq fərqli verositotoksin var - VT-1 və VT-2. Commonest VTEC uşaqlarda hemorragik kolit və hemolitik üremik sindroma səbəb olan O 157 seroqrupudur.

Laboratoriya diaqnozu:

İnfeksiya yerindən asılı olaraq sidik, irin, qan və nəcisdən ibarət nümunələr toplanır. İshal xəstəlikləri zamanı toksinlərin aşkarlanması üçün nəcis müayinə oluna bilər.

E. coli qram-mənfi hərəkətli çubuqdur. Bəzi suşlar hərəkətsizdir (əvvəllər Alkalescens dispar qrupu adlanırdı). Bəzi E. coli ştammları kapsullaşdırılmışdır.

Nümunə MacConkey agar və qanlı aqar plitələrinə aşılanır və 37°C-də gecə boyu inkubasiya edilir.

Koloniyalar 1-4 mm diametrdə, çəhrayı, dairəvi, qabarıq, hamar və adətən MacConkey agarda özlü deyil (şək. 7.8).

Koloniyalar hemolitik ola bilər.

Digər mediada artım:

Əksər suşlar ksiloz-lizin-deoksixolat (XLD), DCA və SS agarda böyümür və ya nəzərəçarpacaq dərəcədə inhibə olunur.

Esch ilə IMViC reaksiyaları. coli bunlardır: İndol müsbət metil qırmızı müsbət, VP mənfi və Simmon's sitrat mənfi (IMViC ++- – ).

Təcrid olunmuş orqanizm əvvəlcə polivalent, sonra isə fərdi spesifik O antiserumları ilə aggluti­nation testi ilə təsdiqlənir. 164-dən çox E. coli seroqrupu müəyyən edilmişdir. Bu seroqrupların çoxunun H və K antigenləri müəyyən edilmişdir.

Bakteriuriyada bakteriya sayı:

Sidik yollarının infeksiyası zamanı bükülməmiş orta və aşağı axın sidiyin nümunəsi MacConkey's agar və qanlı agarda aşılanır və gecə ərzində 37°C-də inkubasiya edilir. Bir ml bükülməmiş sidik nümunəsinə düşən orqanizmlərin sayının təxmin edilməsi əmələ gələn koloniyaların sayını hesablamaqla aparılır.

Peyvənd telinin ilgəsi elə qurulmuşdur ki, nümunənin ilgək miqdarı 0,01 ml həcmə bərabər olsun. Hər bir bakteriya koloniyası tək bir bakteriyanın nəslini təmsil etdiyinə görə, boşqabdakı koloniya sayı 100-ə vurulduqda hər ml nümunə üçün bakteriya sayını verir. Müalicə olunmamış İYE hallarında bakteriya sayı 1 ml sidikdə 10 5 (100.000) və ya daha çox olduqda, bu, əhəmiyyətli bakteriuriya adlanır.

Bakteriyaların sayı hər ml-də 10.000 ilə 100.000 arasında olduqda, kultura təkrarlana bilər. Hər ml-də 10.000 və ya daha az saylar boşalma zamanı çirklənmə ilə əlaqədardır və əhəmiyyətsizdir. Bununla belə, UTI-də bakteriya sayı hər ml başına 100.000-dən aşağı ola bilər. müəyyən şərtlərdə, məsələn. xəstə antibiotik terapiyasında olduqda və kokkal infeksiyalarda (S. aureus, S. faecalis).

Hərəkətsiz, kapsullaşdırılmış qram-mənfi çubuqdur və bərk mühitdə mukoid koloniya əmələ gətirir.

Təbiətdə həm insan və heyvanların ağzında, yuxarı tənəffüs yollarında və bağırsaqlarda, həm də saprofitlər kimi torpaqda, suda və bitki örtüyündə rast gəlinən geniş yayılmışdır.

Biokimyəvi və antigenik olaraq Klebsiella aşağıdakı kimi təsnif edilir:

1. K. pneumoniae — K. aero genləri də deyilir.

(a) K. pneumoniae:

1. Sidik yollarının infeksiyası, xüsusən də xəstəxanada olanlar.

2. Tənəffüs yolu infeksiyası: Bəzən pnevmoniyaya səbəb olur.

4. Menenjit (xüsusilə yenidoğulmuşlarda).

5. Nadir hallarda abses, endokardit, peritonit və digər zədələnmələr.

Bu, burun və farenksin xroniki qranulomatoz böyüməsi olan rinoskleromaya səbəb olur.

Burun selikli qişasında ozenanın əmələ gəlməsinə səbəb olur, bu xəstəlik, selikli qişanın və şibranaların mütərəqqi atrofiyası ilə pis qoxulu burun axıntısı və axıntı ilə xarakterizə olunur.

Lezyon yerindən asılı olaraq sidik, bəlğəm, irin və yoluxmuş toxuma.

Qram-mənfi, hərəkətsiz, kapsullu çubuqlar.

MacConkey agarda və qanlı agarda böyük və adətən selikli koloniyalar (hüceyrədənkənar selik istehsalına görə). Ləkələrin əksəriyyəti laktoza fermentasiyası səbəbindən çəhrayı koloniyalar və MacConkey's mühitini əmələ gətirir.

Laktoza fermentatoru, indol mənfi və sitrat müsbət (bax Escherichia coli). IMViC reaksiyaları IMViC – – + + . Klebsiella ştammlarının əksəriyyəti ureaz istehsalçısıdır, lakin bu baxımdan Proteus ştammlarına nisbətən daha yavaş və daha az intensivdir.

80-dən çox kapsul tip müəyyən edilmişdir. Quelling reaksiyası ilə identifikasiya tövsiyə olunur.

Sidik yollarının infeksiyası:

3. Proteus spp, xüsusilə P. mirabilis.

5. Bəzən Enterobacter, Citrobacter, Ps. aeruginosa və Serratia.

Əhəmiyyətli bakteriuriya:

Müalicə olunmamış İYE hallarında bakteriya sayı 10 5 (100 000) və ya daha çox 1 ml sidik nümunəsində olduqda, bu, əhəmiyyətli bakteriuriya adlanır.

1/300 ml sidiyi saxlaya bilən 3 mm daxili diametrli standart kalibrlənmiş ilgək, MacConkey aqarına və qanlı agara aşılamaq üçün seyreltilməmiş sidik nümunəsini köçürmək üçün istifadə olunur və sonra lövhələr bir gecədə inkubasiya edilir.

II. Laktoza olmayan fermentləşdiricilər:

Salmonellaların əksəriyyəti heyvanların, xüsusən də donuzların, inəklərin, keçilərin, qoyunların, gəmiricilərin, toyuqların, ördəklərin və digər quşların bağırsaqlarında olur. Onlar sahibləri üçün patogendirlər və insanlarda da xəstəliyə səbəb olurlar. S. typhi və S. paratyphi digər salmonellalardan fərqlənir ki, insan yeganə təbii ev sahibidir.

Salmonellalar 3 əsas növ lezyon əmələ gətirir, lakin qarışıq formalar çox yayılmışdır.

2. Paratif qızdırma — S. paratyphi A, B və C.

(b) Qida zəhərlənməsi (qastroenterit):

2. S. enteritidis faza növü 4.

(c) yerli irinli lezyonla və ya olmayan septisemiya:

S.typhi çirklənmiş qida və su ilə qəbul edilir. Daha sonra orqanizmlər mezenterik limfa düyünləri və döş kanalı vasitəsilə nazik bağırsaqdan qana keçir (keçici bakte&şiremiya). Qan axını qaraciyərdə, dalaqda və öd kisəsində mono və şinükleer faqositik sistem tərəfindən sürətlə təmizlənir.

Öd kisəsindən orqanizmlər Peyer's bağırsağın yamaqlarını işğal edərək iltihab və xoralara səbəb olur. Daha sonra basillər qana keçərək bakteriemiyaya və ümumiləşdirilmiş infeksiyaya səbəb olur. Orqanizmlər üçüncü və dördüncü həftədə nəcis və sidiklə xaric olur.

Klinik olaraq, xəstəlik daha qısa müddətə və inkubasiyaya malik tif qızdırmasından daha yüngül keçir. S. paratyphi A və C infeksiyalarına tropik ölkələrdə daha çox rast gəlinir.

S. paratyphi C: Əsasən septisemiyaya səbəb olur və orqanizm tərəfindən törədilən mühüm lezyonlara absesin əmələ gəlməsi, artrit və öd kisəsinin iltihabı daxildir.

3. Qida zəhərlənməsi (enterokolit):

Salmonella qida zəhərlənməsi S. typhimurium və S. enteritidis ilə çirklənmiş ət, yumurta və süd kimi qidaların qəbulu nəticəsində baş verir. Semptomlar 10-30 saat ərzində baş verir. Qida zəhərlənməsi ştammları həmçinin septisemiya, öd kisəsinin iltihabı və osteitə səbəb ola bilər. Septisemiyaya səbəb olan salmonellalar bəzən osteomiya və şilit, meningit və dərin abses kimi lokallaşdırılmış piogen lezyonlara səbəb olur.

Laboratoriya diaqnozu:

Diaqnozu təsdiqləmək üçün salmonellaların mədəniyyəti və təcrid edilməsi vacibdir. İzolyatın identifikasiyası biokimyəvi xüsusiyyətlərə və serologiyaya əsaslanır. Mədəniyyət üçün optimal nümunə təqdimat və şitasiya ilə dəyişir.

(a) Salmonella qastroenteritinin klassik halında nəcis nümunəsi ən yaxşısıdır. Xəstələrin qusması və şübhəli və utancaq qidalar da faydalıdır.

(b) Bağırsaq qızdırması şübhəsi halında, qan kulturasının və ya sümük iliyinin aspiratının müsbət nəticələr verməsi ehtimalı yüksəkdir. Daha sonra bağırsaq və böyrəklərin tutulması ilə nəcis və sidik mədəniyyəti göstərilir.

Bağırsaq qızdırmasının müxtəlif mərhələlərində sınaqdan keçirilməli olan nümunələr və pozitivlik faizi Şəkil 7.9 və Cədvəl 7.11-də göstərilmişdir. Bağırsaq qızdırması zamanı ümumi qan şəkli nisbi lenfositozla birlikdə leykopeniya (leykositlərin sayı, 2000-2500 cumm) göstərə bilər.

Orqanizmin izolyasiyası:

Müalicəyə başlamazdan əvvəl bağırsaq qızdırması nəcisindəki qan və ya sümük iliyi nümunələri, qusma və ya qastroenteritdə şübhəli qidalar toplanmalıdır. Keçici bakteriemiya olduğu üçün qanda az sayda orqanizm var. Daha böyük həcmdə (5-10 ml) qanla təkrar kultura lazımdır. Xəstələrin 80-90%-də ilk həftə və qızdırma 10 günə qədər qan kulturası müsbətdir.

Xəstəliyin müddətinin artması ilə müsbət mədəniyyətin şansı tədricən azalır (Şəkil 7.9). Residivlər zamanı qan mədəniyyəti də müsbət nəticə verir. Sümük iliyinin material kulturası qan kulturası kimi etibarlıdır və xloramfenikol terapiyasının başlanmasından 1-2 gün sonra müsbət nəticə verir.

Venpunktur yolu ilə aseptik olaraq toplanmış 5-10 ml qan həcmi birbaşa 50-100 ml 0,5% qlükoza bulyonu və ya 0,5% öd bulyonu olan qan kulturasına köçürülür. Öd bulyonunda qan kulturası (salmonellalar üçün selektiv mühit) salmonellalar üçün ən ideal olsa da, praktikada əksər laboratoriyalar qan kulturası üçün qlükoza bulyonundan istifadə edirlər, çünki mühitdə salmonellalar da daxil olmaqla bütün mikroorqanizmlər inkişaf edir.

Daha böyük həcmli media qanda mövcud olan antibakterial maddələrin seyreltilməsinə kömək edir. Qanın bakterisid təsirinə qarşı çıxan mühitə maye (natrium polianetol sulfonat) əlavə oluna bilər.

Alternativ olaraq, aseptik qaydada toplanmış 5 ml venoz qanın steril qapaqlı universal qabda laxtalanmasına icazə verilir. Serum çıxarıldıqdan sonra aseptik olaraq hər şüşəyə 15 ml öd duzu streptokinaz bulyon streptokinaz, ml başına 100 vahid) əlavə edilir.

Streptokinaz laxtanın parçalanmasına səbəb olan laxtanı həzm edir və bununla da bakteriyalar laxtadan ayrılır. Ayrılmış serum Widal testi üçün istifadə olunur. Pıhtı mədəniyyəti qan mədəniyyətindən daha yüksək təcrid dərəcəsi təklif edir, çünki texnikada serumun bakterisid aktivliyi aradan qaldırılır.

Gecə ərzində 37°C temperaturda inkubasiya edildikdən sonra MacConkey agarda və ya DCA-da subkulturasiya aparılır. Subkulturasiya iqtisadi cəhətdən 8,5 sm-lik Petri qabının dörddə biri olan bərk mühit sektoruna bir ilgək bulyon yaymaqla və 24-48 saat inkubasiya etməklə həyata keçirilir. Rəngsiz koloniyalar (NLF) görünür. Mədəniyyətlər 10 gündən sonra neqativ olaraq silinə bilər.

Böyümə gecikə biləcəyi üçün və təkrarlanan subkulturalar zamanı çirklənmə riskini aradan qaldırmaq üçün Castaneda'nın qan kulturası üsulu qəbul edilə bilər ki, bu da həm maye (qaraciyər infuziyası bulyonu), həm də bərk mühiti (3% qidalı agar yamacı) bir yerdə təmin edir. şüşə. Bu difaz mühitdir, bulyonun bir tərəfində ağar meyli var.

2. Nəcis və sidik mədəniyyəti:

Bağırsaq qızdırmasının 3-cü və 4-cü həftələrində nəcis və sidiyin kulturası həmişə müsbətdir. Müsbət nəticə üçün təkrar mədəniyyət tələb olunur. Nəcis kulturası əsasən daşıyıcıları aşkar etmək üçün aparılır.

3. Duodenal şirəsi və ya öd kulturası:

Öd, öd yollarında orqanizmlərin mövcud olduğu xroniki daşıyıcıları aşkar etmək üçün becərilir.

MacConkey's agar və ya DCA-da salmonellalar qeyri-laktoza fermentatorları kimi böyüyürlər və onlar daha sonra Gram boyama, hərəkətlilik hazırlığı və müxtəlif şəkər mühitlərində biokimyəvi reaksiyalar ilə öyrənilir. Koloniyalardan alınan subkultura aglütinasiya testi üçün istifadə edilmək üçün qidalı agarda hazırlanır.

Slayd aglütinasiya testi:

Aqardakı koloniyadan təcrid olunmuş orqa&şinizmin (naməlum mədəniyyət) ilgəyi damcı yaymadan mikroskopik slaydda şoran məhlul damcısında emulsiya edilir. Emulsiya tamamilə hamar və orta qeyri-şəffaf olmalıdır. Bir kiçik ilmə dolusu xüsusi antiserum əlavə edilir və sonra slaydı əyərək qarışdırılır.

Eyni şəkildə, normal şoran məhlulda bakterial suspenziyaya nəzarət başqa bir slaydda hazırlanır və ona heç bir xüsusi serum əlavə edilir. Antigen-antikor reaksiyası spesifik olarsa, test slaydında bakteriyaların yığılması bir neçə dəqiqə ərzində baş verir. Bakteriyaların nəzarət şoran emulsiyası heç bir dəyişiklik göstərmir.

Biokimyəvi müsbət ştammlar (Qutu 3) əvvəlcə A-G qruplarında salmonella ştammları ilə reaksiyaya girən polivalent O zərdabı ilə sınaqdan keçirilir, bu şərtlə ki, aqlütinasiya Vi antigeni tərəfindən bloklanmasın və bu, S. typhi Vi serumundan istifadə etməklə bütün mənfi ştammların yoxlanılması ilə yoxlanıla bilər. . Polivalent O serumu ilə müsbət nəticələr Salmonella ştammını göstərir.

Növbəti mərhələdə ştamm ayrı-ayrı salmonella qruplarının O antigenlərinə qarşı hazırlanmış sera ilə sınaqdan keçirilir. Aşağıda faktor 2, A qrupu 4 və 5, B qrupu 6 və 7, C1 qrupu 8, C2 qrupu 9, D qrupu və 3, 10, 15 və 19 qrupu ilə reaksiya verən ən faydalı serumlar verilmişdir. E.

Ştamm fərdi salmo­nella O zərdabında müsbət olduqda və biokimyəvi olaraq adətən S. typhi olduqda, ştam S. typhi O zərdabına, amil 9-a qarşı sınaqdan keçirilir. Tez aqlütinasiya mikroorqanizmin Salmonella D qrupuna aid olduğunu göstərir. Onun şəxsiyyəti müəyyən edilir. kimi S. typhi salmonella H ilə aglütinasiya yolu ilə flagellar antigeni ilə reaksiyaya girən spesifik serum d.

Tifo olmayan salmonellada ştam A, B və C qrupları üçün O və H seraları ilə aqlütinasiya üçün yoxlanılır. Qeyri-adi serotiplərə rast gəlindikdə, eynilə Milli Salmonella Referans Mərkəzinə (Mərkəzi Elmi-Tədqiqat İnstitutu, Kasauli, insan ştammı üçün və Hindistan Baytarlıq Tədqiqat İnstitutu, İzatnaqar, heyvan mənşəli salmo və şynella üçün).

Alt tipləşdirmə üsulları tez-tez ümumi serotiplər (S. typhi, S. typhimurium və S. enteritidis) üçün istifadə olunur, bunlara fag tipləşdirmə, bio-tipləşdirmə və daha yaxınlarda tətbiq olunan genotipləşdirmə üsulları (plazmid barmaq çapı) daxildir. Bu üsullar CDC-də Salmonella serotipləri daxilində subtipləşdirmə üçün istifadə olunur.

Tifo və paratif qızdırması olan xəstələrin zərdabında serum aqqlütininlərinin (H və O) varlığını aşkar edən aglütinasiya testidir. Salmonella antikoru ilk həftənin sonunda serumda görünməyə başlayır və bağırsaq qızdırmasının 3-cü həftəsində kəskin şəkildə yüksəlir.

Artan antikor titrini nümayiş etdirmək üçün 7-10 gün ara ilə iki zərdab nümunəsinin sınaqdan keçirilməsinə üstünlük verilir. Salmonella qastroenterit hallarından sağalmış sera tez-tez retrospektiv diaqnozda kömək edən səbəbli serotipin süspansiyonunu aglütinləşdirir.

Widal testində əvvəlcə iki növ boru istifadə edilmişdir: (i) H aglütinasiyası üçün Dreyer borusu (konik dibi olan dar boru) və (ii) O aggluti­nation üçün Feliks borusu (qısa dəyirmi dibli boru). Hal-hazırda hər iki növ aglütinasiya üçün 3 x 0,5 ml Kahn boruları istifadə olunur.

Xəstənin serumunun normal şoran məhlulda (1: 20, 1: 40 və s. 1280 və ya daha çox) ikiqat ardıcıl seyreltilməsi serum seyreltmələri üçün hər seriya 7 üçün 8 kiçik (3 x 0,5 ml) sınaq borularında hazırlanır. və qeyri-zərdab nəzarəti üçün 8-ci.

Seyreltilmiş zərdab və nəzarət şoranına bərabər həcmdə (0,4 cc) antigen suspenziyaları (TH, TO, AH və BH) əlavə edilir və rəf silkələməklə yaxşıca qarışdırılır və sonra qarışıqlar 37°C-də 4 saat inkubasiya edilir və sonra oxunur. gecə soyuducuda 4°C-də. Bəzi işçilər bir gecədə 37°C temperaturda su banyosunda inkubasiya etməyi məsləhət görürlər.

H-aqqlütinasiyasında boş və pambıq yunlu yığınlar, borunun dibində isə O-aglütinasiyasında diskəbənzər dənəvər çöküntü əmələ gəlir. Nəzarət borusu yığcam çöküntü göstərir. Aqqlütinasiyanın baş verdiyi serumun Maxi­mum seyreltilməsi antikorların titrini göstərir.

Müntəzəm olaraq istifadə edilən antigenlər S. typhi-nin H və O, S. paratifi A və B-dir. Paratif O antigeni 12-ci amilin ortaq olması səbəbindən tif O antigeni ilə çarpaz reaksiyaya girdiyinə görə, paratif O antigenləri istifadə edilmir.

Widal antigeninin hazırlanması:

Bakteriyaların H suspenziyası 24 saatlıq bulyon kulturasına və ya agar kulturasının şoran süspansiyonuna 0,1% formalin əlavə etməklə hazırlanır. Bakteriyaların O suspenziyasını hazırlamaq üçün orqanizmlər fenol agarda (1:800) becərilir. Bu məqsədlə orqanizmin standart hamar ştammlarından S. typhi 901, O və H ştammlarından istifadə edilir.

Widal testinin şərhi:

1. Aqlütinin zərdabda 1-ci həftənin sonunda 2-ci və 3-cü həftələrdə kəskin yüksəlişlə görünməyə başlayır və titri 4-cü həftəyə qədər sabit qalır, sonra isə azalır.

4-7 gün aralığında həm H, həm də O aqqlütininlərinin dörd və ya daha çox artması titrinin nümayişi ən mühüm diaqnostik meyardır.

3. Tək bir testdə 100 O və ya daha çox titrə və 200 H aqqlütinin titri aktiv infeksiyanın mövcudluğunu göstərir, lakin bu, aşağıdakı amillər nəzərə alınmaqla şərh edilməlidir:

Endemik ərazidə salmonellyozun subklinik yoluxması ilə əlaqədar olaraq normal insanların zərdabında aqlu&şitininlərin aşağı titri olur ki, bu da müsbət reaksiyaya səbəb ola bilər. Bu yerli titrə kimi tanınır. Yerli titrə Kolkatada 80-ə, Siliquridə isə 60-a qədərdir.

TAB peyvəndi ilə immunizasiya zamanı peyvənd edilmiş şəxslər salmonellaların hər birinə yüksək antikor titrləri (H antikor titri 160 və ya daha çox) göstərə bilər.

(iii) Anamnestik reaksiya:

Əvvəllər bağırsaq infeksiyası keçirmiş və ya peyvənd olunmuş şəxslərdə malyariya, qrip və s. kimi keçici qızdırma inkişaf edə bilər.

(iv) Qeyri-spesifik antigenlər (məsələn, fimbrial antigen) yanlış müsbət nəticə verə bilər.

(v) Antibiotik müalicəsi:

Xloramfenikol ilə müalicəyə aqqlütininlər əmələ gəlməzdən əvvəl başlandıqda, onların sonradan görünməsi ehtimalı azdır və əgər antikor artıq mövcuddursa, titrin daha da artması gözlənilmir.

Widal testləri bir çox sağlam daşıyıcıda mənfi ola bilər və bəziləri Vi aglütinasiya testi ilə aşkar edilməlidir.

2. Digər seroloji testlər:

ELISA, Salmonellaların lipopolisaxaridinə qarşı anticisimləri ölçmək üçün həssas bir üsuldur, IgM antikorunun titri Widal O titrinə kifayət qədər uyğun gəlir. Şaquli axınlı membran formatında ELISA (Typhi-DOT) xəstəliyin erkən mərhələsində qanda/zərdabda Vi Ag aşkar edir.

Şigella növləri yalnız insan və digər primatların parazitləridir və insanlarda basil dizenteriyaya səbəb olur.

Şigellalar qram-mənfi qeyri-hərəkətli basillərdir. Antigenik olaraq şigellalar O antigeninin spesifikliyinə görə dörd qrupa (A, B, C, D) bölünür. Bu qruplar biokimyəvi reaksiyaların və antigenik quruluşun birləşməsi ilə fərqlənir. Mannitol fermentasiya reaksiyaları vacibdir, A qrupu mannitol mənfi, qalanları mannitol müsbətdir.

Şigella növləri basilli dizenteriyaya (şi&şigelloz) səbəb olur. İnfeksiya nəcis-oral yolla ötürülür. S. dysenteriae tip 1 (S. shiga) xəstəliyin ən ağır formasına səbəb olan ekzotoksinlər istehsal edir. S. flexneri və S. boydii daha az ağır dizenteriyaya səbəb olur və Hindistan da daxil olmaqla tropik ölkələrdə yayılmışdır. S. sonnei Britaniyada ən çox dizenteriyanın səbəbidir.

Orqanizmlər qalın bağırsağın distal hissələrinin epitel hüceyrələri tərəfindən tutularaq səthi epitel hüceyrələrinin nekrozu ilə lamina propria və sub-mukozada kəskin iltihaba səbəb olur. Nekrotik epiteliya selikli qişada qanaxmaya səbəb olan səthi xoralar əmələ gətirir.

Laboratoriya diaqnozu:

Diaqnozu təsdiqləmək üçün şigella adekvat nümunədən təmiz mədəniyyətdə təcrid olunmalıdır. Nümunələrə təzə nəcis, selikli qişalar və rektal tamponlar daxildir.

A. Nəcisin mikroskopik müayinəsi:

Şoran və yodda örtük slipinin hazırlanması, degenerasiya edilmiş nüvələri, qırmızı qan hüceyrələri və makrofaqları olan çoxlu sayda irin hüceyrələrini (neytrofillər) göstərir. Protozoa, kist və ya helmintik yumurtanın olması istisna edilir. Normal bakterial flora əhəmiyyətli dərəcədə azalır. Floresan anticisim texnikası bir işin sürətli diaqnostikasında bir qədər kömək edir, lakin adətən tətbiq edilmir.

B. Bakterioloji müayinə:

MacConkey's agar, DCA, S-S agar, Selenite F bulyon.

Bir ilgək materialı MacConkey's agar və ya SS agar mühiti kimi selektiv mühitə aşılanır.

Selenit-F bulyonu (0,4%) zənginləşdirici və nəqledici mühit kimi istifadə olunur, bu da bağırsaq patogenlərinin sürətli böyüməsinə imkan verir, eyni zamanda müvəqqəti (9-12 saat ərzində) E. coli-nin böyüməsini maneə törədir. Selenit-F bulyonundakı orqanizmlər 37°C-də 24 saat inkubasiyadan sonra MacConkey's agarda subkulturasiya edilir.

Rəngsiz koloniyalar 12-18 saatlıq inkubasiyadan sonra MacConkey's agar mühitində görünür, bu, yaxma müayinəsi, hərəkətliliyin hazırlanması və biokimyəvi reaksiyalar vasitəsilə daha sonra yoxlanılır. Şigellalar qram-mənfi qeyri-hərəkətli basillərdir.

II. Biokimyəvi reaksiyalar:

Ureaz, sitrat, H2S və KCN mənfi indol və M R müsbət Qram-mənfi qeyri-sporlu basil şigella ştammını göstərir (Şəkil 7.10). S. sonnei gec laktoza fermentatorudur.

III. Slayd aglütinasiya testi:

Üç qrup (A, B və C) şigellaların polivalent antiserumları və D qrupunun (S. sonnei) antiserumlarından bir-bir izolata qarşı istifadə etməklə həyata keçirilir. Polivalent antiserumlarla aglütinasiya baş vermiş qrup üçün monovalent antiserumlar istifadə olunur. Sonra A, B və ya C qrupuna aid suşlar üçün xüsusi antiserumlar aglütinasiya testi üçün istifadə olunur.

Bəzən bakterial suspenziyanı 100°C-də 60 dəqiqə qaynatmaqla aradan qaldırıla bilən K antigeni ilə O antigeninin maskalanması səbəbindən aglütinasiya baş verməz.

D qrupu suşları üçün edilir.

V. Şigellanın təcrid olunmuş suşunun invazivliyini təsdiqləmək üçün Sereny testi edilə bilər, baxmayaraq ki, bu, nadir hallarda tətbiq olunur.


İstinadlar

Palsson, B. Ø. Sistemlərin Biologiyası: Məhdudiyyətlərə əsaslanan Yenidənqurma və Təhlil (Cambridge University Press, Cambridge, 2015).

O'Brien, E. J., Monk, J. M. & Palsson, B. O. Bioloji imkanları proqnozlaşdırmaq üçün genom miqyaslı modellərdən istifadə. Hüceyrə 161, 971–987 (2015).

Becker, S. A. və başqaları. Məhdudiyyətə əsaslanan modellərlə hüceyrə mübadiləsinin kəmiyyət proqnozu: COBRA Toolbox. Nat. Protok. 2, 727–738 (2007).

Schellenberger, J. et al. Məhdudiyyətə əsaslanan modellərlə hüceyrə mübadiləsinin kəmiyyət proqnozu: COBRA Toolbox v2.0. Nat. Protok. 6, 1290–1307 (2011).

Lewis, N. E., Nagarajan, H. & amp Palsson, B. O. Siliko metodlarının filogeniyasından istifadə edərək metabolik genotip-fenotip əlaqəsini məhdudlaşdırmaq. Nat. Rev. Mikrobiol. 10, 291–305 (2012).

Thiele, I. & Palsson, B. Ø. Yüksək keyfiyyətli genom miqyaslı metabolik rekonstruksiya yaratmaq üçün protokol. Nat. Protok. 5, 93–121 (2010).

Kitano, H., Ghosh, S. & amp Matsuoka, Y. Sistem biologiyasında virtual "böyük elm" üçün sosial mühəndislik. Nat. Kimya. Biol. 7, 323–326 (2011).

Bordbar, A., Monk, J. M., King, Z. A. & Palsson, B. O. Məhdudiyyətə əsaslanan modellər metabolik və əlaqəli hüceyrə funksiyalarını proqnozlaşdırır. Nat. Rev Genet. 15, 107–120 (2014).

Maia, P., Rocha, M. & amp Rocha, I. Silisium məhdudiyyətinə əsaslanan gərginlik optimallaşdırma üsullarında: optimal hüceyrə fabrikləri üçün axtarış. Mikrobiol. Mol. Biol. Rev. 80, 45–67 (2016).

Hefzi, H. et al. Çin hamsterinin yumurtalıq hüceyrə metabolizmasının konsensus genom miqyaslı yenidən qurulması. Hüceyrə sistemi. 3, 434–443.e8 (2016).

Yusufi, F. N. K. və b. Məməli sistemlərinin biotexnologiyası rekombinant CHO hüceyrə xəttində qlobal hüceyrə uyğunlaşmalarını aşkar edir. Hüceyrə sistemi. 4, 530–542.e6 (2017).

Zhuang, K. et al. Arasındakı rəqabətin genom miqyaslı dinamik modelləşdirilməsi RodoferaxGeobakter anoksik yeraltı mühitlərdə. ISME J 5, 305–316 (2011).

Cəmşidi, N. & Palsson, B. Ø. İnsan qırmızı qan hüceyrəsinin sistem biologiyası. Qan Hüceyrələri Mol. Dis. 36, 239–247 (2006).

Yizhak, K., Gabay, O., Cohen, H. & Ruppin, E. pozulmuş maddələr mübadiləsini geri qaytaran dərman hədəflərinin model əsaslı müəyyən edilməsi və yaşlanmaya tətbiqi. Nat. Kommun. 4, 2632 (2013).

Shlomi, T., Cabili, M. N. & amp Ruppin, E. İnsanda maddələr mübadiləsinin anadangəlmə səhvlərinin metabolik biomarkerlərinin proqnozlaşdırılması. Mol. Sistem. Biol. 5, 263 (2009).

Sahoo, S., Franzson, L., Jonsson, J. J. & amp Thiele, I. İnsan metabolik şəbəkəsinə uyğunlaşdırılmış maddələr mübadiləsinin anadangəlmə səhvlərinin toplusu. Mol. Biosist. 8, 2545–2558 (2012).

Thiele, I. et al. İnsan metabolizminin icma tərəfindən idarə olunan qlobal yenidən qurulması. Nat. Biotexnol. 31, 419–425 (2013).

Pagliarini, R. & amp di Bernardo, D. Qaraciyər metabolizmasının anadangəlmə səhvlərini öyrənmək üçün genom miqyaslı modelləşdirmə yanaşması: siliko xəstəsinə doğru. J. Comput. Biol. 20, 383–397 (2013).

Shaked, I., Oberhardt, M. A., Atias, N., Sharan, R. & Ruppin, E. Dərmanların yan təsirlərinin metabolik şəbəkə proqnozu. Hüceyrə sistemi. 2, 209–213 (2016).

Chang, R. L., Xie, L., Xie, L., Bourne, P. E. & amp Palsson, B. Metabolik şəbəkə modeli kontekstində struktur analizindən istifadə edərək dərmanın hədəfdən kənar təsirləri proqnozlaşdırılır. PLoS Comput. Biol. 6, e1000938 (2010).

Kell, D. B. Dərman kəşfi və inkişafında sistem biologiyası, metabolik modelləşdirmə və metabolomika. Narkotik Discov. Bu gün 11, 1085–1092 (2006).

Duarte, N. C. və başqaları. Genomik və biblomik məlumatlara əsaslanan insan metabolik şəbəkəsinin qlobal yenidən qurulması. Proc. Natl. akad. Sci. ABŞ 104, 1777–1782 (2007).

Swainston, N. et al. Recon 2.2: yenidən qurulmasından insan metabolizminin modelinə qədər. Metabolomika 12, 109 (2016).

Pornputtapong, N., Nookaew, I. & Nielsen, J. İnsan metabolik atlası: insan metabolizmi üçün onlayn resurs. Verilənlər bazası 2015, bav068 (2015).

Zielinski, D. C. və başqaları. Xərçəng hüceyrələrinin metabolizmasının əsas əlamətlərini göstərən sürücülərin sistem biologiyası təhlili. Sci. Rep. 7, 41241 (2017).

Mardinoğlu, A. və b. Hepatositlərin genom miqyaslı metabolik modelləşdirilməsi alkoqolsuz yağlı qaraciyər xəstəliyi olan xəstələrdə serin çatışmazlığını aşkar edir. Nat. Kommun. 5, 3083 (2014).

Karlstädt, A. et al. CardioNet: kardiyomiyosit metabolizmasının öyrənilməsi üçün uyğun olan insan metabolik şəbəkəsi. BMC Sistemi. Biol. 6, 114 (2012).

Gille, C. et al. HepatoNet1: qaraciyər fiziologiyasının təhlili üçün insan hepatositinin hərtərəfli metabolik yenidən qurulması. Mol. Sistem. Biol. 6, 411 (2010).

Martins Conde Pdo, R., Sauter, T. & Pfau, T. Məhdudiyyətə əsaslanan modelləşdirmə çoxhüceyrəli gedir. Ön. Mol. Biosci. 3, 3 (2016).

Bordbar, A. et al. Bütün bədən sistemlərinin fiziologiyasının təhlili üçün çox toxuma tipli genom miqyaslı metabolik şəbəkə. BMC Sistemi. Biol. 5, 180 (2011).

Yizhak, K. et al. Fenotipə əsaslanan hüceyrəyə xas metabolik modelləşdirmə xərçəngin metabolik öhdəliklərini ortaya qoyur. Elife 3, e03641 (2014).

Mardinoğlu, A. və b. Klinik məlumatların insan adipositinin genom miqyaslı metabolik modeli ilə inteqrasiyası. Mol. Sistem. Biol. 9, 649 (2013).

Bordbar, A. et al. Genomika və farmakodinamikada kəşf üçün maddələr mübadiləsinin fərdiləşdirilmiş tam hüceyrə kinetik modelləri. Hüceyrə sistemi. 1, 283–292 (2015).

Shoaie, S. et al. İnsan bağırsaq mikrobiomunun pəhriz səbəb olduğu metabolik dəyişikliklərin miqdarının ölçülməsi. Hüceyrə Metab. 22, 320–331 (2015).

Nogiec, C. D. & Kasif, S. Əlavə etmək və ya əlavə etməmək: insan qida əlavələri üçün metabolik şəbəkə çərçivəsi. PLoS BİR 8, e68751 (2013).

Heinken, A., Sahoo, S., Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. Məməli bağırsağında ev sahibi-mikrob metabolik simbiozunun sistem səviyyəli xarakteristikası. Bağırsaq mikrobları 4, 28–40 (2013).

Heinken, A. et al. Funksional metabolik xəritəsi Faecalibacterium prausnitzii, faydalı insan bağırsaq mikrobu. J. Bakteriol. 196, 3289–3302 (2014).

Magnúsdóttir, S. et al. İnsan bağırsaq mikrobiotasının 773 üzvü üçün genom miqyaslı metabolik rekonstruksiyaların yaradılması. Nat. Biotexnol. 35, 81–89 (2017).

Lakshmanan, M., Koh, G., Chung, B. K. S. & Lee, D.-Y. Flux balansının təhlili üçün proqram proqramları. Qısa Bioinform. 15, 108–122 (2014).

Ebrahim, A., Lerman, J. A., Palsson, B. O. və Hyduke, D. R. COBRApy: Python üçün məhdudiyyətlərə əsaslanan yenidənqurma və təhlil. BMC Sistemi. Biol. 7, 74 (2013).

Arkin, A. P. et al. Amerika Birləşmiş Ştatlarının Enerji Sistemləri Biologiyası Departamenti. Nat. Biotexnol. 36, 566–569 (2018).

Heirendt, L., Thiele, I. & amp Fleming, R. M. T. DistributedFBA.jl: Julia-da yüksək səviyyəli, yüksək performanslı axın balansının təhlili. Bioinformatika 33, 1421–1423 (2017).

Latendresse, M., Krummenacker, M., Trupp, M. & Karp, P. D. Yol verilənlər bazalarından axın balansı modellərinin qurulması və tamamlanması. Bioinformatika 28, 388–396 (2012).

Karp, P. D. və başqaları. Pathway Tools versiyası 19.0 yeniləməsi: yol/genom informatikası və sistem biologiyası üçün proqram təminatı. Qısa Bioinform. 17, 877–890 (2016).

Sandve, G. K., Nekrutenko, A., Taylor, J. & Hovig, E. Təkrarlanan hesablama tədqiqatları üçün on sadə qayda. PLoS Comput. Biol. 9, e1003285 (2013).

İnce, D. C., Hatton, L. və Graham-Cumming, J. Açıq kompüter proqramları üçün iş. Təbiət 482, 485–488 (2012).

Gevorgyan, A., Bushell, M. E., Avignone-Rossa, C. & Kierzek, A. M. SurreyFBA: genom miqyaslı metabolik reaksiya şəbəkələrinin məhdudiyyətə əsaslanan modelləşdirilməsi üçün komanda xətti aləti və qrafik istifadəçi interfeysi. Bioinformatika 27, 433–434 (2011).

Thorleifsson, S. G. & Thiele, I. rBioNet: yüksək keyfiyyətli biokimyəvi şəbəkələrin yenidən qurulması üçün COBRA alətlər qutusunun genişləndirilməsi. Bioinformatika 27, 2009–2010 (2011).

Sauls, J. T. & amp Buescher, J. M. ModelBorgifier ilə genom miqyaslı metabolik rekonstruksiyaların mənimsənilməsi. Bioinformatika 30, 1036–1038 (2014).

Noronha, A. et al. ReconMap: insan metabolizminin interaktiv vizualizasiyası. Bioinformatika 33, 605–607 (2017).

Gawron, P. et al. MINERVA—molekulyar qarşılıqlı əlaqə şəbəkələrinin vizuallaşdırılması və kurasiyası üçün platformadır. npj sistemi. Biol. Tətbiq. 2, 16020 (2016).

Olivier, B. G., Rohwer, J. M. & Hofmeyr, J.-H. S. PySCeS ilə mobil sistemlərin modelləşdirilməsi. Bioinformatika 21, 560–561 (2005).

Gelius-Dietrich, G., Desouki, A. A., Fritzemeier, C. J. & Lercher, M. J. Sybil - R-də səmərəli məhdudiyyətə əsaslanan modelləşdirmə. BMC Sistemi. Biol. 7, 125 (2013).

Ma, D. et al. Maddələr mübadiləsinin və makromolekulyar ifadənin genom miqyaslı modellərinin etibarlı və səmərəli həlli. Sci. Rep. 7, 40863 (2017).

Klamt, S., Saez-Rodriguez, J. & Gilles, E. D. CellNetAnalyzer ilə mobil şəbəkələrin struktur və funksional təhlili. BMC Sistemi. Biol. 1, 2 (2007).

Klamt, S. & amp von Kamp, A. CellNetAnalyzer üçün proqram proqramlaşdırma interfeysi. Biosistemlər 105, 162–168 (2011).

Apaolaza, I. et al. Xərçəng metabolizmində sintetik ölümcülliyi proqnozlaşdırmaq və istismar etmək üçün bir in-silico yanaşma. Nat. Kommun. 8, 459 (2017).

Maranas, C. D. və Zomorrodi, A. R. Metabolik şəbəkələrdə optimallaşdırma üsulları (Wiley, New York, 2016).

Chowdhury, A., Zomorrodi, A. R. & Maranas, C. D. Hesablama gərginlik dizaynında Bilevel optimallaşdırma üsulları. Komp. Kimya. Eng. 72, 363–372 (2015).

Thiele, I. et al. Maddələr mübadiləsinin və makromolekulyar sintezin çoxölçülü modelləşdirilməsi E. coli və onun kodon istifadəsinin təkamülünə tətbiqi. PLoS BİR 7, e45635 (2012).

Feist, A. M. və başqaları. Üçün genom miqyaslı metabolik rekonstruksiya Escherichia coli 1260 ORF və termodinamik məlumatı əhatə edən K-12 MG1655. Mol. Sistem. Biol. 3, 121 (2007).

Thiele, I., Jamshidi, N., Fleming, R. M. T. & Palsson, B. Ø. Genom miqyaslı yenidən qurulması Escherichia colitranskripsiya və tərcümə mexanizmləri: bilik bazası, onun riyazi formalaşdırılması və funksional xarakteristikası. PLoS Comput. Biol. 5, e1000312 (2009).

Yang, L. et al. Metabolizmin və ifadənin əsas proteomunun sistem biologiyası tərifi yüksək məhsuldarlıq məlumatları ilə uyğundur. Proc. Natl. akad. Sci. ABŞ 112, 10810–10815 (2015).

Bornstein, B. J., Keating, S. M., Jouraku, A. & Hucka, M. LibSBML: SBML üçün API kitabxanası. Bioinformatika 24, 880–881 (2008).

Aurich, M. K., Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. MetaboTools: genom miqyaslı metabolik modellərin təhlili üçün hərtərəfli alətlər qutusu. Ön. Fiziol. 7, 327 (2016).

Brunk, E. et al. Recon 3D: insan metabolizmində gen dəyişikliyinin üçölçülü görünüşünü təmin edən resurs. Nat. Biotexnol. 36, 272–281 (2018).

Ma, D. & Saunders, M. A. Simpleks metodundan istifadə edərək çoxölçülü xətti proqramların dördqat dəqiqliklə həlli. in Rəqəmsal Təhlil və Optimallaşdırma, Cild. 134 (red. Al-Baali, M., Grandinetti, L. & Purnama, A.) 223–235 (Springer International Publishing, Cham, İsveçrə, 2015).

Fleming, R. M. T. & Thiele, I. Kütləvi qorunan elementar kinetika tarazlıqda olmayan sabit konsentrasiyanın mövcudluğu üçün kifayətdir. J. Teor. Biol. 314, 173–181 (2012).

Gevorgyan, A., Poolman, M. G. & Fell, D. A. Biomolekulyar modellərdə stoxiometrik uyğunsuzluqların aşkarlanması. Bioinformatika 24, 2245–2251 (2008).

Orth, J. D., Thiele, I. & amp Palsson, B. Ø. Flux balans analizi nədir? Nat. Biotexnol. 28, 245–248 (2010).

Feist, A. M. və Palsson, B. O. Biokütlənin məqsəd funksiyası. Curr. Rəy. Mikrobiol. 13, 344–349 (2010).

Meléndez-Hevia, E. & amp Isidoro, A. Pentoza fosfat dövrünün oyunu. J. Teor. Biol. 117, 251–263 (1985).

Orth, J. D. & amp Palsson, B. Ø. Çatışmayan metabolik biliklərin yaradılmasının sistemləşdirilməsi. Biotexnol. Bioeng. 107, 403–412 (2010).

Yamada, T. et al. Genomik və metagenomik qonşulardan istifadə edərək, yetim fermentləri kodlayan ardıcıllığın proqnozlaşdırılması və identifikasiyası. Mol. Sistem. Biol. 8, 581 (2012).

Liberal, R. & amp Pinney, J. W. Sadə topoloji xüsusiyyətlər metabolik şəbəkədə funksional yanlış şərhləri proqnozlaşdırır. Bioinformatika 29, i154–i161 (2013).

Reed, J. L. et al. Genom annotasiyasının dəqiqləşdirilməsinə sistem yanaşması. Proc. Natl. akad. Sci. ABŞ 103, 17480–17484 (2006).

Orth, J. D. & Palsson, B. iJO1366-nın boşluqların doldurulması təhlili Escherichia coli metabolik funksiyaların aşkarlanması üçün metabolik şəbəkənin yenidən qurulması. BMC Sistemi. Biol. 6, 30 (2012).

Chang, R. L. et al. Metabolik şəbəkənin yenidən qurulması Xlamidomonas işıqla idarə olunan yosun metabolizması haqqında fikir təqdim edir. Mol. Sistem. Biol. 7, 518 (2011).

Rolfsson, O., Palsson, B. Ø. & Thiele, I. İnsanın metabolik rekonstruksiyası Recon 1 yeni insan metabolik funksiyalarının fərziyyələrini istiqamətləndirir. BMC Sistemi. Biol. 5, 155 (2011).

Rolfsson, Ó., Paglia, G., Magnusdóttir, M., Palsson, B. Ø. & Thiele, I. İnsan yetim metabolitlərinin metabolizmasını onların metabolik şəbəkə kontekstindən çıxarmaq insan qlükonokinaz fəaliyyətini təsdiqləyir. Biokimya. J. 449, 427–435 (2013).

Satish Kumar, V., Dasika, M. S. və Maranas, C. D. Metabolik rekonstruksiyaların optimallaşdırılmasına əsaslanan avtomatlaşdırılmış kurasiya. BMC Bioinformatika 8, 212 (2007).

Thiele, I., Vlassis, N. & Fleming, R. M. T. fastGapFill: metabolik şəbəkələrdə səmərəli boşluqların doldurulması. Bioinformatika 30, 2529–2531 (2014).

Willemsen, A. M. və başqaları. MetDFBA: dinamik axın balansı analizinə zamanla həll olunan metabolomik ölçmələrin daxil edilməsi. Mol. Biosist. 11, 137–145 (2014).

Kleessen, S., Irgang, S., Klie, S., Giavalisco, P. & Nikoloski, Z. Transkriptomik və metabolomik məlumatların inteqrasiyası, metabolik reaksiyanı təyin edir. Xlamidomonas rapamisin müalicəsi üçün. Bitki J. 81, 822–835 (2015).

Bordbar, A. et al. Kəmiyyət vaxt kursu metabolomikasının şəbəkə inteqrasiyası vasitəsilə dinamik metabolik fiziologiyanın aydınlaşdırılması. Sci. Rep. 7, 46249 (2017).

Blazier, A. S. & amp Papin, J. A. İfadə məlumatlarının genom miqyaslı metabolik şəbəkə yenidən qurulmasında inteqrasiyası. Ön. Fiziol. 3, 299 (2012).

Opdam, S. et al. Genom miqyaslı metabolik modellərin uyğunlaşdırılması üsullarının sistematik qiymətləndirilməsi. Hüceyrə sistemi. 4, 318–329.e6 (2017).

Estévez, S. R. & amp Nikoloski, Z. Kontekstdə xüsusi metabolik model çıxarma üsulları üçün ümumiləşdirilmiş çərçivə. Ön. Bitki Elmi. 5, 491 (2014).

Vlassis, N., Pacheco, M. P. & Sauter, T. Kompakt kontekstdə xüsusi metabolik şəbəkə modellərinin sürətli yenidən qurulması. PLoS Comput. Biol. 10, e1003424 (2014).

Becker, S. A. & Palsson, B. O. Kontekstdə xüsusi metabolik şəbəkələr təcrübələrə uyğundur. PLoS Comput. Biol. 4, e1000082 (2008).

Zur, H., Ruppin, E. və Shlomi, T. iMAT: inteqrativ metabolik analiz vasitəsi. Bioinformatika 26, 3140–3142 (2010).

Aqren, R. və başqaları. INIT istifadə edərək 69 insan hüceyrə növü və 16 xərçəng növü üçün genom miqyaslı aktiv metabolik şəbəkələrin yenidən qurulması. PLoS Comp. Biol. 8, e1002518 (2012).

Jerby, L., Shlomi, T. & amp Ruppin, E. Dokuya xüsusi metabolik modellərin hesablama rekonstruksiyası: insan qaraciyər metabolizminə tətbiq. Mol. Sistem. Biol. 6, 401 (2010).

Wang, Y., Eddy, J. A. & Price, N. D. mCADRE istifadə edərək 126 insan toxuması üçün genom miqyaslı metabolik modellərin yenidən qurulması. BMC Sistemi. Biol. 6, 153 (2012).

Kuhar, M. J. Zülal dövriyyəsi və yarım ömrünün istifadəsi haqqında. Neyropsixofarmakologiya 34, 1172–1173 (2008).

Laytha, A. və Sylvester, V. Neyrokimya və Molekulyar Neyrobiologiya üzrə Təlimatlar (Springer, Boston, 2008).

Schuster, S. & Hilgetag, C. Sabit vəziyyətdə biokimyəvi reaksiya sistemlərində elementar axın rejimləri haqqında. J. Biol. Sistem. 02, 165–182 (1994).

Schilling, C. H., Letscher, D. & Palsson, B. Ø. Metabolik yolların sistemli tərifi üçün nəzəriyyə və onların metabolik funksiyanın yol yönümlü nöqteyi-nəzərdən şərhində istifadəsi. J. Teor. Biol. 203, 229–248 (2000).

Klamt, S. et al. Elementar axın rejimlərindən elementar axın vektorlarına: ixtiyari xətti axın məhdudiyyətləri ilə metabolik yolun təhlili. PLoS Comput. Biol. 13, e1005409 (2017).

Bordbar, A. et al. Minimal metabolik yolun strukturu əlaqəli biomolekulyar qarşılıqlı təsirlərə uyğundur. Mol. Sistem. Biol. 10, 737 (2014).

Gudmundsson, S. & amp Thiele, I. Hesablama baxımından səmərəli axını dəyişkənliyinin təhlili. BMC Bioinformatika 11, 489 (2010).

Haraldsdóttir, H. S., Cousins, B., Thiele, I., Fleming, R. M. T. & Vempala, S. CHRR: Məhdudiyyətə əsaslanan modellərin vahid seçilməsi üçün yuvarlaqlaşdırma ilə vur-qaç prosesini əlaqələndirin. Bioinformatika 33, 1741–1743 (2017).

Cousins, B. & Vempala, S. Gaussian soyutma və həcm və Gauss həcmi üçün alqoritmlər. SIAM J. Hesablama. 47, 1237–1273 (2018).

Cousins, B. & Vempala, S. Praktik həcm alqoritmi. Riyaziyyat. Prog. Komp. 8, 1–28 (2015).

Burgard, A. P., Pharkya, P. & amp Maranas, C. D. Optknock: mikrob gərginliyinin optimallaşdırılması üçün gen nokaut strategiyalarını müəyyən etmək üçün iki səviyyəli proqramlaşdırma çərçivəsi. Biotexnol. Bioeng. 84, 647–657 (2003).

Patil, K. R., Rocha, I., Förster, J. & Nielsen, J. Təkamül proqramlaşdırma silisium mübadiləsi mühəndisliyi üçün platforma kimi. BMC Bioinformatika 6, 308 (2005).

Lun, D. S. və başqaları. Yerli axtarışdan istifadə edərək genetik dizayn strategiyalarının geniş miqyaslı müəyyənləşdirilməsi. Mol. Sistem. Biol. 5, 296 (2009).

Ranganathan, S., Suthers, P. F. & amp Maranas, C. D. OptForce: hədəflənmiş həddindən artıq istehsala səbəb olan bütün genetik manipulyasiyaları müəyyən etmək üçün optimallaşdırma proseduru. PLoS Comput. Biol. 6, e1000744 (2010).

Antoniewicz, M. R. et al. Qeyri-stasionar sistemdə metabolik axının təhlili: yüksək məhsuldar ştammın qidalı partiya fermentasiyası E. coli 1,3-propandiol istehsal edir. Metab. Eng. 9, 277–292 (2007).

Haraldsdóttir, H. S., Thiele, I. & amp Fleming, R. M. T. Metabolik şəbəkənin yenidən qurulmasında metabolit identifikatorları arasında xəritəçəkmə üçün açıq mənbə proqram təminatının müqayisəli qiymətləndirilməsi: Recon 2-ə tətbiq. J. Cheminform. 6, 2 (2014).

Preciat Gonzalez, G. A. et al. Balanslaşdırılmış metabolik reaksiyalar üçün atom xəritələşdirmə alqoritmlərinin müqayisəli qiymətləndirilməsi: Recon 3D-ə tətbiq. J. Cheminform. 9, 39 (2017).

Kim, S. et al. PubChem maddə və mürəkkəb verilənlər bazaları. Nuklein turşuları Res. 44, D1202–D1213 (2016).

Kanehisa, M. & amp Goto, S. KEGG: Genlər və Genomların Kyoto Ensiklopediyası. Nuklein turşuları Res. 28, 27–30 (2000).

Hastings, J. et al. ChEBI istinad bazası və bioloji cəhətdən əlaqəli kimya üçün ontologiya: 2013-cü il üçün təkmilləşdirmələr. Nuklein turşuları Res. 41, D456–D463 (2013).

Sud, M. et al. LMSD: LIPID MAPS struktur verilənlər bazası. Nuklein turşuları Res. 35, D527–D532 (2007).

Forster, M., Pick, A., Raitner, M., Schreiber, F. & Brandenburg, F. J. BioPath sisteminin sistem arxitekturası. Silico Biol-da. 2, 415–426 (2002).

Williams, A. J., Tkachenko, V., Golotvin, S., Kidd, R. & McCann, G. ChemSpider - kimya üçün izdiham mənbəyinə malik verilənlər bazası platformasına ev sahibliyi etməklə semantik internet üçün təməl qurmaq. J. Cheminform. 2, O16 (2010).

Wishart, D. S. et al. HMDB: İnsan Metabolome verilənlər bazası. Nuklein turşuları Res. 35, D521–D526 (2007).

Rəhman, S. A. və başqaları. Reaksiya Dekoder Aləti (RDT): kimyəvi reaksiyalardan xüsusiyyətlərin çıxarılması. Bioinformatika 32, 2065–2066 (2016).

Kumar, A. və Maranas, C. D. CLCA: MetRxn verilənlər bazası daxilində maksimum ümumi molekulyar alt struktur sorğuları. J. Chem. İnf. Model. 54, 3417–3438 (2014).

Shimizu, Y., Hattori, M., Goto, S. & Kanehisa, M. Naməlum enzimatik reaksiyaların proqnozlaşdırılması üçün ümumiləşdirilmiş reaksiya nümunələri. Genom məlumatı. 20, 149–158 (2008).

Haraldsdóttir, H. S. & amp Fleming, R. M. T. Atom keçid şəbəkələrinin qrafik nəzəri analizi ilə metabolik şəbəkələrdə qorunan hissələrin müəyyən edilməsi. PLoS Comput. Biol. 12, e1004999 (2016).

Klamt, S., Haus, U.-U. & Theis, F. Hiperqraflar və mobil şəbəkələr. PLoS Comput. Biol. 5, e1000385 (2009).

Fleming, R. M. T. və Thiele, I. von Bertalanffy 1.0: metabolik modelləri termodinamik olaraq məhdudlaşdırmaq üçün COBRA alətlər qutusunun genişləndirilməsi. Bioinformatika 27, 142–143 (2011).

Fleming, R. M. T., Thiele, I. & amp Nasheuer, H. P. Məhdudiyyətə əsaslanan metabolizm modellərində reaksiya istiqamətinin kəmiyyət təyini: tətbiq Escherichia coli. Biofizika. Kimya. 145, 47–56 (2009).

Haraldsdóttir, H. S., Thiele, I. & Fleming, R. M. T. Çox bölməli insan metabolik rekonstruksiyasında reaksiya istiqamətinin kəmiyyət təyini. Biofizika. J. 102, 1703–1711 (2012).

Noor, E., Haraldsdóttir, H. S., Milo, R. & Fleming, R. M. T. Komponent töhfələrindən istifadə edərək Gibbs enerjisinin ardıcıl qiymətləndirilməsi. PLoS Comput. Biol. 9, e1003098 (2013).

Fleming, R. M. T., Maes, C. M., Saunders, M. A., Ye, Y. & Palsson, B. Ø. Genom miqyaslı biokimyəvi şəbəkələrdə qeyri-tarazlıq axınının və potensialın hesablanması üçün variasiya prinsipi. J. Teor. Biol. 292, 71–77 (2012).

Beard, D. A., Liang, S.-D. & Qian, H. Mürəkkəb metabolik şəbəkələrin təhlili üçün enerji balansı. Biofizika. J. 83, 79–86 (2002).

Qian, H. & amp Beard, D. A. Tarazlıqdan uzaq canlı sistemlərdə stoxiometrik biokimyəvi şəbəkələrin termodinamiği. Biofizika. Kimya. 114, 213–220 (2005).

Fleming, R. M. T., Thiele, I., Provan, G. & Nasheuer, H. P. Sabit vəziyyət metabolizmasının inteqrasiya olunmuş stoxiometrik, termodinamik və kinetik modelləşdirilməsi. J. Teor. Biol. 264, 683–692 (2010).

Schellenberger, J., Lewis, N. E. və Palsson, B. Ø. Stabil vəziyyətdə olan metabolik modellərdə termodinamik cəhətdən mümkün olmayan döngələrin aradan qaldırılması. Biofizika. J. 100, 544–553 (2011).

Soh, K. C. & Hatzimanikatis, V. Post-genomik dövrdə şəbəkə termodinamiği. Curr. Rəy. Mikrobiol. 13, 350–357 (2010).

Fleming, R. M. T., Vlassis, N., Thiele, I. & amp Saunders, M. A. Biokimyəvi şəbəkələrdə axınlar və konsentrasiyalar arasında ikililik şərtləri. J. Teor. Biol. 409, 1–10 (2016).

Aragón Artacho, F.J., Fleming, R. M. T. & Vuong, P. T. Hamar funksiyalar üçün DC alqoritminin sürətləndirilməsi. Riyaziyyat. Proqram. 169, 95–118 (2018).

Artacho, F. J. A. & Fleming, R. M. T. Duplomonoton xəritələrinin sıfırlarını tapmaq üçün qlobal konvergent alqoritmlər. Optim. Lett. 9, 1–16 (2014).

Ahookhosh, M., Aragón, F. J., Fleming, R. M. T. & Vuong, P. T. Hölder metrik subregularity altında Levenberg-Marquardt metodlarının yerli yaxınlaşması. Əvvəlcədən çap https://arxiv.org/abs/1703.07461 (2017).

Shannon, P. et al. Cytoscape: biomolekulyar qarşılıqlı əlaqə şəbəkələrinin inteqrasiya olunmuş modelləri üçün proqram mühiti. Genom Res. 13, 2498–2504 (2003).

King, Z. A. və b. Escher: bioloji yolların məlumatla zəngin vizualizasiyalarını qurmaq, paylaşmaq və daxil etmək üçün veb tətbiqi. PLoS Comput. Biol. 11, e1004321 (2015).

Kuperstein, I. et al. NaviCell: naviqasiya, kurasiya və böyük molekulyar qarşılıqlı əlaqə xəritələrinin saxlanması üçün veb-əsaslı mühit. BMC Sistemi. Biol. 7, 100 (2013).

Kostromins, A. və Stalidzans, E. Paint4net: Maddələr mübadiləsinin stokiometrik modellərinin vizuallaşdırılması üçün COBRA Toolbox genişləndirilməsi. Biosistemlər 109, 233–239 (2012).

Aurich, M. K. və başqaları.Hüceyrələrarası metabolik məlumatlardan hüceyrədaxili metabolik vəziyyətlərin proqnozlaşdırılması. Metabolomika 11, 603–619 (2014).

Guebila, M. B. & amp Thiele, I. Gec mərhələdə, levodopa ilə müalicə olunan, Parkinson xəstəliyi xəstələri üçün model əsaslı pəhriz optimallaşdırması. npj sistemi. Biol. Tətbiq. 2, 16013 (2016).

Sun, Y., Fleming, R. M. T., Thiele, I. & amp Saunders, M. A. Çoxmiqyaslı biokimyəvi reaksiya şəbəkələrinin güclü axını balansının təhlili. BMC Bioinformatika 14, 240 (2013).

Lewis, N. E. et al. İnkişaf etmiş Omic məlumatları E. coli genom miqyaslı modellərdən hesablanmış optimal artımla uyğundur. Mol. Sistem. Biol. 6, 390 (2010).

Thiele, I., Fleming, R. M. T., Bordbar, A., Schellenberger, J. & Palsson, B. Ø. Alternativ optimal həllərin funksional xarakteristikası Escherichia colitranskripsiya və tərcümə mexanizmləri. Biofizika. J. 98, 2072–2081 (2010).

Ballerstein, K., von Kamp, A., Klamt, S. & Haus, U.-U. Metabolik şəbəkədə minimal kəsilmiş dəstlər ikili şəbəkədə elementar rejimlərdir. Bioinformatika 28, 381–387 (2012).

von Kamp, A. & amp Klamt, S. Genom miqyaslı metabolik şəbəkələrdə ən kiçik müdaxilə strategiyalarının sayılması. PLoS Comput. Biol. 10, e1003378 (2014).

Fujita, K. A. və başqaları. Molekulyar qarşılıqlı əlaqə xəritəsində Parkinson xəstəliyinin yollarının inteqrasiyası. Mol. Neyrobiol. 49, 88–102 (2014).

Aqren, R. və başqaları. RAVEN Toolbox və onun genom miqyaslı metabolik model yaratmaq üçün istifadəsi Penicillium chrysogenum. PLoS Comput. Biol. 9, e1002980 (2013).

Grafahrend-Belau, E., Klukas, C., Junker, B. H. & Schreiber, F. FBA-SimVis: məhdudiyyətə əsaslanan metabolik modellərin interaktiv vizuallaşdırılması. Bioinformatika 25, 2755–2757 (2009).

Rocha, I. et al. OptFlux: silisium mübadiləsi mühəndisliyi üçün açıq mənbəli proqram platforması. BMC Sistemi. Biol. 4, 45 (2010).

Poolman, M. G. ScrumPy: Python ilə metabolik modelləşdirmə. Sistem. Biol. 153, 375–378 (2006).

Hoppe, A., Hoffmann, S., Gerasch, A., Gille, C. & Holzhütter, H.-G. FASIMU: böyük metabolik şəbəkələrdə flux-balans hesablama seriyası üçün çevik proqram. BMC Bioinformatika 12, 28 (2011).

Boele, J., Olivier, B. G. və Teusink, B. FAME, axının təhlili və modelləşdirmə mühiti. BMC Sistemi. Biol. 6, 8 (2012).


Tamamlanmış Test

Təsdiqedici testin müsbət nəticələrinin bəziləri yalan ola biləcəyi üçün, tamamlanmış testlərin aparılması arzu edilir. Bunun üçün təsdiqləyici testin hər bir müsbət borusundan EMB və ya Endo agar boşqabında zolaqlar çəkilir.

Bu prosesdə, hər bir müsbət BGLB borusundan bir ilgək nümunəsi seçici mühitə yapışdırılır. Eozin metilen mavisi agar və ya Endo mühiti. Hər bir boşqab 37°C-də, digəri isə 44.5±0.2°C-də 24 saat ərzində inkubasiya edilir.


Videoya baxın: 7Cİ SİNİF BİALOGİYA KSQ 1 CAVABLARLA (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Bentleah

    Thank you for your information, now I know.

  2. Garnett

    Moskva bir gündə tikilmədi.

  3. Simeon

    I'd better just keep silent

  4. Kaeleb

    Uzun müddət belə bir cavab axtardım

  5. Wegland

    Səhv edirlər. Mənə baş nazirlə yaz, müzakirə edin.

  6. Mabon

    Bağışlayın, qarışıram... Bu vəziyyət mənə tanışdır. Müzakirə etmək olar. Buraya və ya PM-ə yazın.



Mesaj yazmaq