Məlumat

E6. Linklər və İstinadlar - Biologiya

E6. Linklər və İstinadlar - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

  1. Teusink, B et al. Maya qlikolizini tərkib fermentlərinin in vitro kinetikası baxımından başa düşmək olarmı? Biokimya testi. Eur J Biochem 2000 Sentyabr;267(17):5313-29.
  2. Li C, Donizelli M, Rodriguez N, Dharuri H, Endler L, Chelliah V, Li L, He E, Henry A, Stefan MI, Snoep JL, Hucka M, Le Novère N, Laibe C (2010) BioModels Database: Təkmilləşdirilmiş , nəşr edilmiş kəmiyyət kinetik modelləri üçün seçilmiş və şərh edilmiş resurs. BMC Sistem Biol., 4:92.

Töhfəçilər

  • Prof. Henry Jakubowski (Müqəddəs Benedikt Kolleci/Sent Con Universiteti)

SARS-CoV-2 əsas proteazının antineoplastik dərman karmofur tərəfindən inhibə edilməsi üçün struktur əsas

Antineoplastik dərman karmofurun SARS-CoV-2 əsas proteazını (M pro) inhibə etdiyi göstərilir. Burada M pro-nun karmofurla kompleksdə olan rentgen kristal quruluşu göstərir ki, karmofurun karbonil reaktiv qrupu katalitik Cys145-ə kovalent şəkildə bağlıdır, halbuki onun yağ turşusu quyruğu hidrofob S2 alt hissəsini tutur. Karmofur hüceyrələrdə virus replikasiyasını maneə törədir (EC50 = 24.30 μM) və COVID-19 üçün yeni antiviral müalicə hazırlamaq üçün perspektivli aparıcı birləşmədir.

SARS-CoV-2 koronavirusunun yaratdığı yüksək yoluxucu viral xəstəlik olan COVID-19 2019-cu ilin dekabrında göründüyü vaxtdan bütün dünyaya yayılaraq görünməmiş pandemiyaya səbəb olub. Dünyada təsdiqlənmiş halların sayı sürətlə artmaqda davam edir, lakin hazırda bu xəstəliyin simptomlarına və ya yayılmasına nəzarət etmək üçün xüsusi dərmanlar və ya peyvəndlər mövcud deyil.

30.000 nt RNT genomu. Birinci açıq oxu çərçivəsi iki tərcümə məhsulunu, poliproteinlər 1a və 1ab (pp1a və pp1ab) 1,2 kodlaşdırır, bunlar əsas proteaz (M pro) və papaya bənzər proteaz 3 tərəfindən yetkin qeyri-struktur zülallara çevrilir. M pro, anti-koronavirus dərmanının inkişafı üçün terapevtik hədəf kimi təklif edilmişdir 4,5,6 . Biz əvvəllər 10.000-dən çox birləşməni yoxladıq və karmofuru M pro in vitro inhibə edə bilən birləşmə kimi müəyyən etdik, maksimum yarım maksimum inhibitor konsentrasiyası (IC)50) 1,82 μM (istinad 7).

Karmofur (1-heksilkarbamoil-5-fluorourasil) 5-fluorourasil (5-FU Şəkil 1a) törəməsi və təsdiqlənmiş antineoplastik agentdir. Carmofur 1980-ci illərdən bəri kolorektal xərçəngin müalicəsində istifadə edilmişdir 8 və döş, mədə və sidik kisəsi xərçəngləri üçün klinik faydalar göstərmişdir 9,10,11 . Karmofur üçün hədəfin timidilat sintaza 12,13 olduğuna inanılır, lakin onun katalitik sisteinin 15-in kovalent modifikasiyası vasitəsilə insan turşusu seramidazını (AC) 14-ü inhibə etdiyi də göstərilmişdir.

a, Karmofurun kimyəvi quruluşu. b, Karmofurun SARS-CoV-2 M pro ilə bağlanma rejimi. Qırmızı əyri Cys145 yan zənciri çıxıntılı olan SARS-CoV-2 M pro polipeptidini təmsil edir. c, Tək protomerin quruluşu. Üç domen üç fərqli rəngdə göstərilir. Katalitik mərkəz kəsikli kvadrat daxilində yerləşir. d, Katalitik mərkəzin böyüdülmüş görünüşü. Karmofurun bağlanmasında iştirak edən qalıqlar çubuq modelləri kimi göstərilir. Karmofur qırmızı rəngli karbonlarla top və çubuq modeli kimi göstərilir. Su molekulu qırmızı kürə şəklində təqdim olunur. e, Bağlama yerinin fırlanan görünüşü, lakin səthi çıxarılmaqla. Qırmızı kəsikli dairə C-S kovalent bağını vurğulayır.

Karmofurun M pro fəaliyyətini necə maneə törətdiyinə dair molekulyar təfərrüatlar həll edilməmiş qalır. Burada indi karmofur ilə kompleksdə SARS-CoV-2 M pro-nun 1,6 Å rentgen şüaları kristal quruluşunu təqdim edirik (Şəkil 1b,c və Əlavə Cədvəl 1). Əvvəlki tədqiqatlarla razılaşaraq 4,5,16,17,18, M pro kristalloqrafik simmetriya ilə əlaqəli homodimer (protomerlər A və B) əmələ gətirir (Genişləndirilmiş Məlumat Fig. 1a,b). Polipeptiddəki bütün qalıqları (1-306) elektron sıxlığı xəritəsində izləmək olar. Hər bir protomer üç domendən (Şəkil 1c) - I (qalıqlar 10-99), II (qalıqlar 100-184) və III (qalıqlar 201-303) və uzun bir döngə bölgəsindən (qalıqlar 185-200) ibarətdir. II və III domenləri birləşdirir. Substratı bağlayan cib I və II sahələr arasındakı yarıqda yerləşir və katalitik ikili Cys145 və His41 qalıqlarına malikdir (Şəkil 1c,d). Substratı bağlayan cib bir sıra alt hissələrə bölünür (o cümlədən S1, S2, S4 və S1′), hər biri substratda tək, lakin ardıcıl amin turşusu qalıqlarını yerləşdirir. Hər bir protomerdəki Ser1 digər protomerin Phe140 və Glu166 ilə qarşılıqlı əlaqədə olur və kataliz 7 üçün vacib olan struktur xüsusiyyət olan S1 alt sahəsini sabitləşdirir (Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 1c).

Elektron sıxlığı xəritəsi birmənalı şəkildə göstərir ki, yağ turşusu hissəsi (C7H14NO) karmofur Cys145-in Sγ atomu ilə 1,8 Å kovalent bağ vasitəsilə bağlanır, yağ turşusu quyruğu isə S2 alt sahəsinə daxil edilir (Şəkil 1d,e). Bu müşahidə göstərir ki, Cys145-in sulfhidril qrupu karmofurun elektrofilik karbonil qrupuna hücum edir, nəticədə Cys145-in kovalent modifikasiyası və 5-FU hissəsinin sərbəst buraxılması (Şəkil 1b və Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 2a). C-S kovalent bağına əlavə olaraq, inhibitor çoxsaylı hidrogen bağları və hidrofobik qarşılıqlı təsirlərlə sabitləşir (Şəkil 1e və Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 2b). Karmofurun karbonil oksigeni oksianion çuxurunu tutur və Gly143 və Cys145-in onurğa amidləri ilə hidrogen bağları (3.0 Å) əmələ gətirir, proteazın parçalanması zamanı əmələ gələn tetraedral oksianion ara məhsulunu təqlid edir (şəkil 1e). Genişləndirilmiş uyğunlaşmada görünən yağ turşusu quyruğu böyük həcmli hidrofobik S2 alt sahəsinə daxil olur (His41, Met49, Tyr54 və Met165 yan zəncirlərindən və Asp187 yan zəncirinin alkil hissəsindən ibarətdir Şəkil 1d,e). Hidrofobik qarşılıqlı təsirlərə əsasən His41, Met49 və Met165-in yan zəncirləri kömək edir, bunların hamısı inhibitorun yağ turşusu quyruğunun alkil hissəsinə paraleldir (Şəkil 1e və Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 2b).

Karmofur tərəfindən kovalent modifikasiya mexanizmi, vinil qrupunun Michael əlavəsi ilə Cys145-i kovalent olaraq dəyişdirən N3 7,19 inhibitorundan fərqlidir. M pro –carmofur və M pro –N3 strukturları ümumi olaraq oxşardır (bütün Ca atomları üçün r.m.s. sapması (r.m.s.d.) 0,286 Å). Ən böyük konformasiya fərqləri M pro –N3 kompleks strukturu ilə müqayisədə karmofu əhatə edən onurğa sümüyü ilə substrat bağlayan cibdə baş verir (Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 3a). Digər fərq ondan ibarətdir ki, karmofur yalnız S2 alt sahəsini tutur (Şəkil 1d), N3 isə dörd alt sahəni tutur (S1, S2, S4 və S1′ Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 3b,c). N3-ün laktam halqası M pro –karmofur strukturunda DMSO molekulu ilə doldurulmuş S1 alt hissəsində yerləşir (Genişləndirilmiş Məlumat Şəkil 3b,c). Bu müşahidələr karmofurun struktur işlənməsi potensialını nümayiş etdirir və SARS-CoV-2-nin M pro-ya qarşı daha güclü törəmələrin dizaynı üçün faydalı olacaq.

Biz əvvəllər göstərmişdik ki, 10 μM ebselen (yarım-maksimum effektiv konsentrasiya, EC) ilə müalicə50 = 4.67 μM) SARS-CoV-2 ilə Vero hüceyrələrinin infeksiyasını maneə törətdi, karmofur isə bu konsentrasiyada aşkar edilə bilən antiviral fəaliyyət göstərmədi 7 . Burada, daha əvvəl ref.-də təsvir olunduğu kimi, karmofurun SARS-CoV-2 infeksiyasına qarşı Vero E6 hüceyrələrinə inhibitor təsirini təyin etdik. 20 (Şəkil 2). Hüceyrə supernatantında viral RNT-ni ölçməklə biz EC-ni təyin etdik50 karmofurun dəyəri 24,30 μM (şəkil 2a). Bu nəticəni yoxlamaq üçün biz yoluxmuş hüceyrələri fiksasiya etdik və onları viral nukleokapsid zülalına (NP) qarşı anti-serumdan istifadə edərək, karmofur müalicəsindən sonra NP səviyyələrində azalma müşahidə etdik (Şəkil 2b). Biz həmçinin Vero E6 hüceyrələrində karmofur üçün sitotoksiklik analizlərini həyata keçirdik və yarı maksimum sitotoksik konsentrasiyanı (CC) təyin etdik.50) dəyəri 133,4 μM (şəkil 2c). Beləliklə, karmofur 5.36 əlverişli seçicilik indeksinə (SI) malikdir, lakin effektiv dərman hazırlamaq üçün əlavə optimallaşdırma tələb olunacaq.

0,05 infeksiya çoxluğunda (MOI) SARS-CoV-2 ilə yoluxmuş Vero E6 hüceyrələri müxtəlif konsentrasiyalarda karmofur ilə müalicə olundu. a, Hüceyrə supernatantında viral surət sayını ölçmək üçün əks transkripsiya (qRT-PCR) analizləri ilə kəmiyyət polimeraza zəncirvari reaksiya aparıldı. The y ox DMSO (avtomobil) ilə müalicə olunan nümunəyə nisbətən virusun faiz inhibəsini göstərir. Məlumatlar orta ± s.e.m kimi göstərilir, n = 6 bioloji təkrar. b, Hüceyrədaxili NP üçün immunofluoressensiya şəkilləri. İnfeksiyadan 24 saat sonra hüceyrələr sabitləndi və hüceyrədaxili NP səviyyələri immunofluoressensiya ilə izləndi. Xlorokin (CQ, 10 μM) müsbət nəzarət 20 kimi istifadə edilmişdir. Nəticələr üç bioloji təkrarı təmsil edir. Tərəzi çubuqları, 400 μm. c, Hüceyrə canlılığının təhlili. The y ox DMSO (avtomobil) ilə müalicə olunan nümunəyə nisbətən hüceyrə canlılığının faizini təmsil edir. Məlumatlar orta ± s.e.m kimi göstərilir, n = 3 bioloji təkrar. Qrafiklər üçün məlumatlar ac mənbə məlumatları kimi mövcuddur.

Yekun olaraq, M pro-nun karmofur ilə kompleksdə kristal quruluşu göstərir ki, birləşmə birbaşa SARS-CoV-2 M pro-nun katalitik Cys145-ni dəyişdirir. Tədqiqatımız həmçinin COVID-19-un müalicəsi üçün gücləndirilmiş inhibitor effektivliyi olan karmofur analoqlarının rasional dizaynı üçün əsas verir. M pro bütün koronaviruslar arasında yüksək dərəcədə qorunduğundan, karmofur və onun analoqları bu virusların daha geniş spektrinə qarşı təsirli ola bilər.


Giriş

İnsan papillomavirusları (HPV) xoşxassəli genital ziyillər və servikal intraepitelial neoplaziya da daxil olmaqla müxtəlif epitelial lezyonlarla əlaqələndirilir [1]. Bu günə qədər 250-dən çox HPV növü müəyyən edilmişdir və bu genotiplərin hər biri müəyyən anatomik yerlərdə infeksiya ilə əlaqələndirilir. HPV6 ən çox yayılmış aşağı riskli alfa-papillomavirus növü ola bilər və adətən genital ziyillərlə əlaqələndirilir [2]. Məsələn, anogenital ziyillər ilk növbədə HPV6 (ailə Papillomaviridae, cins Alfapapillomavirus, növ 10) [3], həm səhiyyə sistemi, həm də xəstələr üçün əhəmiyyətli bir yük gətirir. Eynilə, Hollandiya ibtidai məktəb uşaqlarının üçdə birində dəri ziyilləri var və onların təxminən 20%-i hər il tibbi müalicəyə müraciət edir [4]. Ümumiyyətlə, bu infeksiyalar “kanserogen olmayan” və ya “az riskli” kimi təsnif edilir, çox vaxt mənfi diqqəti cəlb edir və bununla da əhəmiyyətli psixoloji narahatlıq yaradır [5]. Bununla belə, bəzi HPV6 variantları “kanserogen” olaraq təsnif edilir, çünki onlar tonzillar və bədxassəli qırtlaq karsinoması və/və ya bədxassəli qırtlaq papillomaları kimi potensial ölümcül vəziyyətlərə səbəb olan infeksiyalara səbəb olurlar [6,7,8,9].

Bu günə qədər kanserogen HPV növləri arasında ardıcıl dəyişkənliyi araşdırmaq üçün geniş tədqiqat aparılmışdır, lakin HPV6 variantları insan sağlamlığına əhəmiyyətli təsir göstərməsinə baxmayaraq, yalnız məhdud məlumat mövcuddur. Struktur olaraq, HPV E1, E2, E4, E5, E6, E7, L1 və L2 zülallarını kodlayan ikiqat zəncirli, dairəvi DNT virusudur [10]. HPV təbəqəli epitelin bazal təbəqəsi vasitəsilə hüceyrələri yoluxdurur və viral gen ifadəsi ev sahibi hüceyrələrin endogen diferensiasiya proqramı ilə sıx bağlıdır [11]. HPV ilə kodlanmış zülallardan E6 və E7 ən mühüm patogen HPV zülalları olduğu göstərilmişdir. Əvvəllər onların HPV-nin törətdiyi şişin əmələ gəlməsini kritik şəkildə tənzimləyən onkoproteinlər kimi fəaliyyət göstərdiyi göstərilmişdir [12]. Bundan əlavə, onların HPV-nin differensiallaşmamış bazal hüceyrələrdə ekstraxromosomal formalarını saxlamaq üçün vacib olduğu nümayiş etdirilmişdir [13].

Genetik dəyişkənliyin təhlili papillomavirusun təkamülünü daha yaxşı başa düşmək üçün vacib olduğunu sübut etdi. Çinin cənub-qərbindəki populyasiyalardan təcrid olunmuş HPV variantlarında bir sıra kanserogen variantlar müəyyən edilmişdir, lakin aşağı riskli HPV variantlarını müəyyən etmək üçün yalnız məhdud tədqiqat aparılmışdır. Beləliklə, bu araşdırma təhlil etmək məqsədi daşıyırdı E6E7 Çinin cənub-qərbindəki xəstələrdən toplanmış servikal papilloma nümunələrindən təcrid olunmuş HPV6 arasında ardıcıllıq dəyişkənliyi. Müəyyən edilmiş nukleotid ardıcıllıqlarını əvvəllər digər etnik populyasiyalarda təsvir edilənlərlə müqayisə etmək üçün filogenetik analizlər aparılmışdır. Bundan əlavə, aşağı riskli variantların ümumi viral funksiyaya ehtimal təsirini qiymətləndirmək üçün müəyyən edilmiş ardıcıllığın ikincil strukturu proqnozlaşdırıldı. Tədqiqatın nəticələri Çinin cənub-qərbində HPV6-nın qarşısının alınması, diaqnostik, terapevtik və hətta E6 və E7 zülallarına əsaslanan terapevtik peyvəndlərin dizaynı ilə bağlı tədqiqatlar üçün mühüm məlumatlar verə bilər.


SOSİAL MƏNZƏTİ VƏQİQ ETMƏK ÜÇÜN BİOLOGİYA TARİXİNDƏN İSTİFADƏ ETMƏK

Tələbələrə bioloji tədqiqatlara elmi ictimaiyyətin daxilində və xaricində olan insanların təsir edə biləcəyini başa düşmək üçün müəllimlər əsas prinsiplərin, metodların və konsepsiyaların inkişafı üçün kontekst təmin etmək üçün biologiya tarixindən istifadə edə bilərlər. Zamanla kəşf addımlarını izləyərək, tələbələr bioloji biliklərin insan fəaliyyətinin nəticəsi olduğunu, hər bir tədqiqatçının ünsiyyət, rəqabət və əməkdaşlıq yolu ilə digərinin işi üzərində qurulduğunu görürlər. Tələbələr bioloji kəşfin uzun və qeyri-xətti yolunu qəbul etmək üçün mübarizə aparsalar da, hər bir kəşfin tək başına əldə edilməməsi onları təsəlli edə bilər. Biologiyanın tarixini tələbələrlə bölüşməklə, biz bioloji biliklərin qurulmasına daha real baxış təqdim edirik: Qarşılıqlı fərziyyələr və ya ziddiyyətli nəticələr ümumidir kəşf yolları texnoloji məhdudiyyətləri, eksperimental çətinlikləri, səhv addımları və yanlış dönüşləri, mədəniyyət və siyasətləri əhatə edə bilər. tədqiqatın istiqamətinə təsir göstərə bilər. Tarixi kəşf nağıllarını paylaşmaqla, biz tələbələrin öz səhv fikirlərini yayımlamaq, risk etmək və suallar vermək üçün rahat hiss etdikləri öyrənmə mühitinin yaradılması vasitəsilə tənqidi təfəkkürün inkişafına kömək edirik.

Təkamül nəzəriyyəsinin tarixi

Tarixi qeydlərdən mövzuların diqqətlə seçilməsi tələbələrin öyrənməsini artırmaq üçün istifadə edilə bilər, lakin kurslarımızda zaman və məkan məhdud olduğundan, seçimlərimizdə müdrik olmalıyıq. 2003-cü ildə bioloqlardan ibarət işçi qrupundan Lisans pilləsində STEM Təlimatından Artırılmış Öyrənmə üçün Meyarlar və Standartlar üzrə Rəhbər Komitə üçün hər bir bakalavr biologiya kursunda tədris edilməli olan dörd və ya beş mərkəzi bioloji anlayışı müəyyən etmək tələb olundu (NRC, 2003). Bir neçə saatlıq müzakirədən sonra qrup təkamülün bütün biologiya kursları üçün ümumi olan yeganə anlayış olduğunu və digər anlayışların (yəni, mikrob nəzəriyyəsi, hüceyrə nəzəriyyəsi, energetika, mərkəzi dogma) xüsusi olaraq bu bilikləri tələb edən kurslarda öyrədilməli olduğunu bildirdi. . Bu nəticəni nəzərə alsaq, görünür, təkamül nəzəriyyəsinin tarixi inkişafını öyrətmək düzgün olardı, çünki bu nəzəriyyə bütün biologiyanın əsasını təşkil edir.

Əksər biologiya müəllimlərinin biologiya tarixində heç bir rəsmi təhsili olmasa da, təkamül düşüncəsini formalaşdıran mühüm hadisələri və insanları vurğulayan bir çox resurs əldə etmək şansımız var. Alimlərin təkamül nəzəriyyəsinə verdiyi töhfələri tənqidi şəkildə qiymətləndirən əla mənbələrə PBS tərəfindən hazırlanan “Müəllimlər üçün Təkamül”, Berklidəki Kaliforniya Universitetinin (UC) ev sahibliyi etdiyi “Təkamülün Anlanması” layihəsi və Robert Yanqın onlayn kitabı daxildir. Darvinin metaforası: Viktoriya mədəniyyətində təbiətin yeri (Cədvəl 3). Bu mənbələr təkamül nəzəriyyəsinin inkişafı üçün digər fənlərdən gələn fikirlərin vacib olduğunu qəbul edir. UC Berkeley saytı, bizim cari təkamül anlayışımıza töhfə verən dörd intizam sahəsini nümayiş etdirən bir zaman çizelgesi üzərində qurulmuş bir konsepsiya xəritəsi təklif edir. Young kitabında, Darvinin kitabından çıxarışlar Növlərin mənşəyi, Charles Lyell's Geologiyanın Prinsiplərivə Tomas Maltus Əhali prinsipi haqqında esse ümumi cəhətləri üçün təhlil edilir. Bu çıxarışları bir mətndə birlikdə nəzərdən keçirməklə tələbələr öyrənirlər ki, Darvinin diqqəti heyvanların növləşməsi prosesinə yönəldilsə də, Maltusun iqtisadiyyat və sosial vəziyyətlə bağlı işi son nəticədə Darvini süni seleksiyadan təbii seçimə sıçrayış etməyə sövq edib. Sosial filosof Herbert Spenser daha sonra konsepsiyanı uyğunlaşdırdı və "ən uyğun olanın sağ qalması" ifadəsini işlətdi. Biologiyanın Prinsipləri 1864-cü ildə nəşr edilmişdir. Bu mənbələr təbii olaraq “sosial darvinizm” və ABŞ-da sosial yevgenika təcrübələrinin sonrakı inkişafı haqqında söhbətlərə səbəb olur. Bunu Dolan DNT Öyrənmə Mərkəzinin ev sahibliyi etdiyi “Yevgenika Şəkil Arxivi”ndən şəkillərlə göstərmək olar (Cədvəl). 3). Təkamül bütün biologiyanın tək rəhbər prinsipi olduğundan, tələbələrin bu nəzəriyyənin tarixi əsaslarından xəbərdar olması və bu gün də hansı bioloji hadisələrin növləşməyə daha çox töhfə verdiyinə dair mübahisələrin olduğunu dərk etmələri vacibdir. Sonuncu mövzu, üfüqi gen transferinin töhfələrinə diqqət yetirən son kitabda daha birbaşa nəzərdən keçirilir (Margulis və Saqan, 2003).

Cədvəl 3. Biologiya tarixi üçün resurslar

Hüceyrə Biologiyası, Embriologiyası və Genetikasının Tarixi

Hüceyrə biologiyası, inkişaf biologiyası və genetika tarixini izləyən mənbələr çox vaxt tənqidi təhlillə orijinal tarixi mətnlərdən çıxarışları qarşı-qarşıya qoyur, zaman qrafiklərindən istifadə etməklə tarixi ümumiləşdirir və ya bioqrafiyalar, şifahi tarix layihələri və müsahibələr vasitəsilə tarixi yenidən qurur. “Hüceyrənin kəşfi” (DoTC) layihəsi elm tarixçilərinin töhfələrini əks etdirir və tarixi mətnlərdən çıxarışları özündə əks etdirir, keçmişə gedən vebsaytda rəng kodlaşdırma sxemindən istifadə edərək “müəyyən bir kəşfin əhəmiyyəti və konseptual dəyərinə” xüsusi diqqət yetirir. 1500-cü illərə qədər (Cədvəl 3). GarlandScience, erkən hüceyrə bioloqlarının işini təsvir etmək üçün rəsm və mətndən istifadə edən tarixi bölməni ehtiva edən "Yaşayan hüceyrənin araşdırılması" adlı DVD nəşr etdi (Cədvəl 3). Başqa bir maraqlı layihə olan “The Embrion Project Encyclopedia” yer, şəxs və ya obyekt üzrə axtarışa verilir və bu obyektlərin tarixi və əlaqə əlaqələrini təsvir edən xəritə şəklində nəticələr verir (Arizona Dövlət Universiteti, Cədvəl 3). Kimin Həyata Baxışı Bu gün kök hüceyrə tədqiqatı üçün əsas kimi xidmət edən erkən kök hüceyrə biologiyasının zəngin və ətraflı tarixini ehtiva edir (Maienschein, Cədvəl 3). UC Berkeley eyni mövzu ətrafında şifahi tarix layihəsi yaratdı, Kaliforniyada Təklif 71-dən kök hüceyrə bioloqları və siyasətçilər ilə müsahibələr vasitəsilə elm və cəmiyyət arasındakı əlaqəni sənədləşdirmək üçün bir nümunə kimi istifadə etdi (Cədvəl 3). Berkeley layihəsi tarixi mətnlərdən istifadə etməsə də, onun tikintisi tarixin hazırkı mərhələsində qorunub saxlanmasının zəruriliyini göstərir - bu, bioloqların təcrübələrini, ehtiraslarını və münasibətlərini əks etdirən "Bioelm və Biotexnologiya Tədqiqatları Proqramı"ndan müsahibələrdə də müşahidə olunan bir şeydir. biotexnologiyanı yeni istiqamətə aparmağa hazır idilər. Bioloji tədqiqatlardakı oxşar dəyişikliklər “Dil və Elm” kitabında öz əksini tapıb. Həyatın yenidən qurulması (Cədvəl 3). Burada Keller biologiyanın yeni sahəsi kimi genetikanın meydana gəlməsini izləyir və onun əlaqəli dili vasitəsilə genetikanın embriologiyanın uzun müddət davam edən sahəsinin marjinallaşmasına səbəb olduğunu irəli sürür. Bu cür geri izləmə tələbələrə xatırladır ki, bioloqlar kəşflər etməyə davam etdikcə yeni sahələr inkişaf edəcək və köhnə ideyalar yalnız yeni kontekstdə yenidən ortaya çıxmaq üçün sönə bilər. Məsələn, bəzi Larmarkian miras formaları bu gün ətraf mühitə cavab verə bilən epigenetik proqramlaşdırma hadisələrinin nəticəsi kimi tanınır (Jablonka və b., 1998).

Kəşf etməyi öyrətmək üçün biologiya tarixindən istifadə edərkən ehtiyatlılıq sözü

“Necə yox Elm Tarixini öyrətmək” fənnindən pedaqoqlara xəbərdarlıq edir ki, tarixdən elmə “zəfər kəşfi” və ya “patoloji səhv” kimi baxmaq üçün bir vasitə kimi istifadə etsinlər (Allchin, 2000). Keçmişdə bəzi elm adamlarının daha geniş bir tədqiqat sahəsinə töhfə verməkdənsə, “uduzan” olduqlarını söyləmək üç mənfi nəticə ilə nəticələnir: Bu, “düzgün cavabın” olduğunu, müstəntiqi ona yaxınlaşdırmayan hər hansı bir nəticənin olduğunu göstərir. bu proqnozlaşdırılan və müəyyən edilmiş cavab faydasızdır və bu biologiya statikdir. Biologiya dərsliklərində təsvir olunan ən məşhur “uduzanlardan” biri Jan-Batist Lamarkdır. Lamarkın qərəzli təmsili Çarlz Darvinə qarşı çıxanda güclənir. Bununla belə, Lamark və Darvin təkamül nəzəriyyələrini bir-birini istisna edən kimi görmədilər və son zamanlarda ətraf mühit faktorlarının genomun epigenetik modifikasiyasına necə təsir göstərə biləcəyini daha yaxşı başa düşmək Lamarkın işi ilə yenidən canlandı. Təlimatçılar bu nəzəriyyələri ziddiyyətdə deyil, birlikdə istifadə etməklə kontekstin müəyyən edilməsində əhəmiyyətini vurğulaya bilərlər. nə vaxtvə bu nəzəriyyələr müxtəlif bioloji hadisələri necə izah edir. Eyni problemin həllində müxtəlif yanaşmalar faydalıdır, çünki bu, tələbələrə yeni ideyalar irəli sürməkdə daha cəsarətli olmağa imkan verir.

İnsan həm də bioloji tədqiqatları və ya kəşfləri tarixi kontekstlərdən kənarda təqdim edərək “yemək kitabı tarixini” öyrətməkdən çəkinmək istəyəcək (Allchin, 2000). Şagirdlər “tarixi” mətnləri oxuyanda bioloqun eksperimental yanaşmasını tənqid edə bilər, lakin bunu etmək üçün müasir biliklərdən istifadə edə bilərlər. Tələbələrə özlərini zamanda geri qaytarmağa kömək etmək üçün əla tarixi tərcümeyi-hallardan istifadə etmək olar Mikrob Ovçuları, ilk olaraq 1928-ci ildə nəşr edilmişdir (Cədvəl 3). Müəllif zaman üçün uyğun olan dildən istifadə edir və ora-bura bəzəyə bilsə də, müxtəlif hüceyrə bioloqlarının şəxsiyyətlərini, eləcə də siyasi və milli ittifaqlarını ələ keçirir (Summers, 1998). Bu rəvayətlərin mühüm bir xüsusiyyəti ondan ibarətdir ki, onlar “doğru” olmaq ehtiyacı ilə əlaqəli “patoloji səhvi” və planlaşdırıldığı kimi getməyən eksperimentləri müşayiət edən məyusluqları vurğulamaqdan çəkinmirlər (bax: Koch və Metchnikoff fəsilləri). Şagirdlərdən bu tarixi şəxsiyyətlərin eksperimental modellərini necə təkmilləşdirə bildiklərini düşünmələrini xahiş edərkən, onlara həmin anda mövcud olan texnologiyalara və biliyə sadiq qalmaları xatırlatılmalıdır. Bu hekayələr sosial konteksti daha dərindən araşdıran digər məqalələrdən istifadə etməklə daha da kontekstləşdirilə bilər. Louis Pasteur və Robert Koch vəziyyətində, nümunə araşdırmaları göstərir ki, müharibə siyasəti fərdlər və ictimai sağlamlıq təcrübələri ilə bağlı rəqabət edən düşüncə məktəbləri arasında düşmənçiliyi necə alovlandırdı (Ullmann, 2007). Kollektiv olaraq bu perspektivlər texnologiyanın mühüm alət olduğunu və bioloji kəşfdə sürücü və ya məhdudlaşdırıcı amil ola biləcəyini göstərir.

Nəhayət, bioloji kəşfləri təsadüf məhsulu kimi nümayiş etdirmək üçün tarixdən istifadə etməkdən uzaqlaşmağı tövsiyə edirik, çünki bu, tələbələri biologiyanın yaxşı təcrübə deyil, daha çox lal şans olduğuna inandıra bilər. Əgər biliklərin öz təcrübələrini əldə etmək üçün illər tələb edən çoxsaylı tədqiqatçılar tərəfindən zamanla qurulduğunu nümayiş etdirmək üçün şüurlu səy göstərsək, tələbələr problemlərə cavab tapmaq üçün tələsməyə və mənalı müşahidələrə və təhlillərə vaxt sərf etməyə daha az meylli ola bilərlər. DNT-nin irsiyyət molekulu olması kimi bir böyük kəşfə çoxsaylı fənlərin töhfələrini əks etdirən qrafiklər inteqrasiyanın gücünü və bu tapıntıya çatmaq üçün lazım olan böyük təcrübəni göstərir (Şəkil 1, sinif tərəfindən qurulmuş qrafik Şəkil 2, tələbə tərəfindən qurulmuş qrafik). Tarixi mənbələr və zaman qrafikləri bioloji kəşfin ən təsirli amillərindən birini vurğulayır, o, təsadüf deyil, fərasətdir - təcrübə vasitəsilə mənalı sapmaları eksperimental səs-küydən və ya insan səhvindən ayırmaq qabiliyyəti (Gest, 1997).

Şəkil 1. Sinif tərəfindən qurulmuş genetik qrafikin nümunəsi. Bu şəkil, tələbələrdən insanları, tarixi və DNT-nin dəyişdirici material kimi başa düşülməsinə səbəb olan təcrübələri inteqrasiya etmək istəndiyi bir giriş genetik kursunun bir sinif sessiyasında qurulmuşdur. Fizika, kimya və biologiyaya aid hadisələr və nəşrlər müxtəlif molekulyar proseslərdən keçən molekulları izləmək üçün radioaktivlikdən istifadə də daxil olmaqla, dövrün ümumi üsulları vurğulanır. “Bill və Doug” ifadəsi tələbələrə biokimyəvi və genetik yanaşmalar arasındakı fərqləri və problemlərin həllində hər ikisinin üstünlüklərini ayırd etməyə kömək edən bir məsəldir (Kellogg, 1994 Sullivan, 1993). Yoluxucu xəstəliklər (Griffiths, Hershey-Chase, Koch's Postulates) daxil olmaqla, kəşfə səbəb olan dövrün sosial xəstəliklərinə güclü vurğu verilir və Meischer, Franklin və Wallace kimi daha az tanınan fiqurlara diqqət yetirilir.

Şəkil 2. Tələbə tərəfindən qurulmuş metagenomikanın nümunəsi və piylənmə qrafiki. Tədqiqat və icmal məqalələrinin daxil olduğu oxunuşların yazılı xülasəsini təqdim etmək xahiş olunduqda, bu tələbə kortəbii olaraq əlavə vaxt qrafiki təqdim etdi. Bu təqdimat İnsan Genomu Layihəsi üzrə orta səviyyəli kursun ortasında gəldi və piylənmənin müasir fənlərarası probleminə genetik və ətraf mühitin töhfələrini anlamaq üçün çoxlu yanaşma və metodları təsvir edir.


Nəticələr

C33A hüceyrələrində HPV16 E6 və Daxx-ın qarşılıqlı təsiri

Müsbət nəzarət elementləri (anti-E6 antikoru olan E6 və ya anti-Daxx antikoru olan Daxx kompleksləri) ilə transfeksiya edilmiş C33A hüceyrələrinin litik supernatantından aşkar edilə bilər. pcDNA3.1(+)/HPV16 E6 və ya pcDNA3.1(+)/Daxx. Anti-E6 antikoru anti-Daxx antikoru və ya anti-E6 antikoru tərəfindən çökdürülmüş kompleksi aşkar edə bilər. Eynilə, anti-Daxx antikoru anti-Daxx antikoru və ya anti-E6 antikoru vasitəsilə çökdürülmüş kompleksi aşkar edə bilər (Şəkil 1A).

C33A hüceyrələrində HPV16 E6 və Daxx-ın qarşılıqlı təsiri. A HPV16 E6 və Daxx-ın bağlanması western blotting istifadə edərək qiymətləndirilib. Şəkildə aşağıdakılar üçün təmsil olunan ləkələr göstərilir: (a) anti-Daxx antikoru olan hüceyrə litik supernatant (Daxx üçün müsbət nəzarət) (b) anti-Daxx antikoru ilə anti-Daxx antikoru tərəfindən aşağı çəkilmiş Daxx kompleksi (c) kompleks Daxx anti-Daxx antikoru ilə anti-E6 antikoru tərəfindən aşağı salındı ​​(d) anti-Daxx antikoru ilə IgG antikoru tərəfindən çəkilən kompleks (Daxx-ın mənfi nəzarəti) (e) anti-E6 antikoru olan hüceyrə litik supernatantı (müsbət). HPV16 E6-ya nəzarət) (f) anti-E6 antikoru ilə anti-Daxx antikoru tərəfindən aşağı çəkilən kompleks (g) anti-E6 antikoru ilə aşağı çəkilən kompleks (h) anti-E6 antikoru ilə aşağı çəkilən kompleks Anti-E6 antikoru ilə IgG antikoru (HPV16 E6-ya mənfi nəzarət). B HPV16 E6 və Daxx-ın dolayı immunofluoressensiya vasitəsilə lokallaşdırılması. (a) TRITC ilə birləşdirilmiş keçi anti-siçan IgG (qırmızı) ilə vizuallaşdırılmış siçan anti-E6 antikorları olan C33A hüceyrələri (b) FITC ilə birləşdirilmiş keçi anti-dovşan IgG (yaşıl) ilə vizuallaşdırılmış dovşan anti-Daxx antikorları olan C33A hüceyrələri (c) ) C33A hüceyrələri DNT boyası (mavi) (d) a və c üst-üstə düşür (e) b və c üst-üstə düşür (f) a və b üst-üstə düşür, sarı flüoresan (h) a, b və c üst-üstə düşür

Nüvəyə mavi flüoresan təyin edildi. HPV16 E6-nın qırmızı flüoresansı nüvə və sitoplazmada paylanmışdır. Daxx-ın yaşıl flüoresansı əsasən nüvədə idi. Bununla belə, HPV16 E6-nı ifadə edən hüceyrələrdə yaşıl flüoresans nüvədə və sitoplazmada da paylanmışdır. Şəkillərin üst-üstə düşməsi sarı flüoresanlığı aşkar etdi (Şəkil 1B).

HPV16 E6-nın Daxx ifadəsinə təsiri

Şəkil 2A-da göstərildiyi kimi, Mənfi və Blank qrupları arasında Daxx RNT-nin nisbi kəmiyyət göstəricilərində çox da statistik fərq yox idi (səh > 0.05), lakin gözlənildiyi kimi Daxx və Neqativ qruplar arasında əhəmiyyətli fərq var idi (səh < 0,01). E6 və Mənfi qruplar arasında çox da statistik fərq yox idi (səh > 0,05). Bununla belə, tək Daxx transfeksiyasından birgə transfeksiya qrupuna aydın azalma müşahidə edildi və Daxx+E6 və Daxx qrupları arasındakı fərqlər statistik cəhətdən əhəmiyyətli idi (səh < 0,05). Bu, HPV16 E6-nın Daxx funksiyasına müəyyən təsir göstərə biləcəyini göstərir.

HPV16 E6-nın Daxx ifadəsinə təsiri. A Kəmiyyət PCR vasitəsilə Daxx RNT-nin nisbi ölçülməsi. Daxx-ın nisbi kəmiyyəti ikiqat delta Ct (ΔΔCt) metodu ilə qiymətləndirilmişdir. ★ , səh < 0,05. B Daxx protein ifadəsi western blotting vasitəsilə qiymətləndirilir. (a) transfeksiyası olmayan C33A hüceyrələri (b) boş vektor transfeksiyalı C33A hüceyrələri (c) Daxx transfeksiyalı C33A hüceyrələri (d) E6 ilə C33A hüceyrələri və Daxx ko-transfeksiyası (e) E6 transfeksiyalı C33A hüceyrələri. C western blotting nəticələrinə əsaslanan inteqrasiya olunmuş sıxlıq dəyərləri. IntDen TP/IR daxili istinadın inteqrasiya olunmuş sıxlığının hədəf zülalın sıxlığına nisbətini təsvir edir (IntDen IR/TP). ★ ★, səh < 0,01

Şəkil 2B və C-də göstərildiyi kimi, Mənfi və Blank qrupları arasında Daxx-ın zülal ifadəsindəki fərqlər (səh > 0.05) və Daxx və Negativ qrupları (səh < 0.01) Daxx RNT-nin nisbi kəmiyyəti üçün olanlara oxşar idi və göstərir ki, pCDNA3.1(+)/Daxx C33A hüceyrələrinə uğurla transfeksiya edildi.

HPV16 E6-nın C33A hüceyrələrinin yayılmasına təsiri

Hüceyrə sayının nəticələrindən (Şəkil 3a) göstərildiyi kimi, Daxx ilə transfeksiya edilmiş qrup və mənfi nəzarət arasında ümumi hüceyrə sayı, ölü hüceyrə sayı və ya canlı hüceyrə sayındakı fərqlər statistik cəhətdən əhəmiyyətli idi (səh < 0,05). Bununla belə, HPV16 E6 ilə transfeksiya edilmiş qrup və mənfi qrup arasındakı fərqlər statistik cəhətdən əhəmiyyətli deyildi (səh > 0,05). Bundan əlavə, Daxx ilə transfeksiya edilmiş qrup üçün canlı hüceyrə sayı fərqi HPV16 E6 və Daxx birgə transfeksiya edilmiş qrup üçünkindən aydın şəkildə aşağı idi (səh < 0,05).

HPV16 E6-nın hüceyrə proliferasiyasına təsiri. a Bütün qruplar üçün hüceyrə sayı nəticələri. Hüceyrə sayma vahidi 10 6, yəni E+ 06 idi. b Bütün qruplar üçün yayılma inhibə nisbətləri. Proliferasiyanın qarşısının alınması (PI) nisbəti hüceyrə proliferasiyasının inhibəsini təmsil edir. ★ , səh < 0,05 ★ ★, səh < 0,01

MTT testləri (Şəkil 3b) göstərdi ki, Daxx ilə transfeksiya edilmiş qrupda hüceyrə proliferasiyası mənfi nəzarət qrupuna nisbətən açıq şəkildə aşağıdır (səh < 0,01). Daxx ilə transfeksiya edilmiş qrup üçün PI nisbəti digər qruplara nisbətən daha yüksək idi və bu fərqlər də statistik cəhətdən əhəmiyyətli idi (səh < 0,01). HPV16 E6 ilə transfeksiya edilmiş və mənfi qruplar arasında fərq statistik cəhətdən əhəmiyyətli deyildi (səh > 0,05). Əhəmiyyətli olan odur ki, Daxx ilə transfeksiya edilmiş qrup ilə HPV16 E6 və Daxx birgə transfeksiya edilmiş qrup arasındakı fərq də statistik cəhətdən əhəmiyyətli deyildi (səh > 0.05), HPV16 E6-nın hüceyrə proliferasiyası üzərində Daxx-ın mənfi tənzimlənməsini maneə törətmək üçün kifayət olmaya biləcəyini göstərir.

HPV16 E6-nın C33A hüceyrələrinin apoptozuna təsiri

Apoptotik hüceyrələr flüoresan mikroskop altında intuitiv şəkildə müşahidə edilmişdir (Şəkil 4A). Daxx transfeksiyası olan qrupların digər qruplara nisbətən daha çox apoptotik hüceyrələrə malik olduğu aydın idi. Apoptozun xarakterik morfoloji dəyişiklikləri Daxx müalicəsindən keçmiş hüceyrələrdə müşahidə edilmişdir.

HPV16 E6-nın C33A hüceyrələrinin apoptozuna təsiri. A Təmsilçi apoptotik hüceyrələrin müşahidəsi. Daxx transfeksiyası olan qruplarda digər qruplara nisbətən daha çox apoptotik hüceyrələr var idi. (a) transfeksiyası olmayan C33A hüceyrələri (b) boş vektor transfeksiyalı C33A hüceyrələri (c) Daxx transfeksiyalı C33A hüceyrələri (d) E6 ilə C33A hüceyrələri və Daxx ko-transfeksiyası (e) E6 transfeksiyalı C33A hüceyrələri. B Nümayəndə axını sitometriya məlumatları. (a) C33A cells without transfection (b) C33A cells with empty vector transfection (c) C33A cells with Daxx transfection (d) C33A cells with E6 and Daxx co-transfection (e) C33A cells with E6 transfection. C Apoptosis rate. The mean apoptosis rate of each group came from the flow cytometry data. ★ ★ , səh < 0.01

As expected, the results of the FCM tests (Fig. 4B and C) showed that there was not much difference between the groups with empty plasmid transfection and non-transfection statistically (səh > 0.05). Similarly, the difference between the HPV16 E6-transfected group and the empty plasmid-transfected group was not statistically significant (səh > 0.05), indicating that HPV16 E6 had little effect on the apoptosis of C33A cells. There was considerable difference between the groups with Daxx transfection and with empty plasmid transfection (səh < 0.01), showing that Daxx transfection caused more apoptosis. However, it was found that there was a significant difference between the Daxx and HPV16 E6 co-transfected group and the Daxx-transfected group (səh < 0,01).

Summing up, there was no obvious decrease or increase in apoptosis of C33A cells after HPV16 E6 transfection (səh > 0.05). It was also evident that the apoptosis of C33A cells with Daxx and E6 co-transfection was low compared with that of cells with Daxx transfection alone. It is thus unknown whether HPV16 E6 can inhibit or promote cell apoptosis, but it can clearly affect the apoptosis caused by Daxx. This may be related to the interaction of HPV16 E6 and Daxx.

Impact of HPV16 E6 on caspase-8 activity in C33A cells

As shown in Fig. 5, the caspase-8 activity of the Daxx-transfected group was higher than that of the empty plasmid-transfected group, and this difference had statistical significance (səh < 0,01). However, there was no difference between the HPV16 E6-transfected group and the negative control group (səh > 0.05). Moreover, the caspase-8 activity of the co-transfected group was statistically significantly higher than that of the HPV16 E6-transfected group (səh < 0,01). However, the differences between the Daxx-transfected group and co-transfected group were not statistically significant (səh > 0.05).

Effects of HPV16 E6 on caspase-8 activity. The A405 value represents the relative activity of caspase-8. ★ ★ , səh < 0.01


E6(R2) Good Clinical Practice: Integrated Addendum to ICH E6(R1) March 2018

Good Clinical Practice (GCP) is an international ethical and scientific quality standard for designing, conducting, recording and reporting trials that involve the participation of human subjects. Compliance with this standard provides public assurance that the rights, safety, and well-being of trial subjects are protected, consistent with the principles that have their origin in the Declaration of Helsinki, and that the clinical trial data are credible.

The objective of this ICH GCP guidance is to provide a unified standard for the European Union, Japan, and the United States to facilitate the mutual acceptance of clinical data by the regulatory authorities in these jurisdictions.


Metodlar

Xəstə əhali

Eight adult patients (7 males and 1 female) ranging in age from 51 to 72 years were included in this study. The anatomical locations of their biopsy-proven squamous cell carcinomas included palatine tonsil in five and tongue base in three.

Data collection protocols

Data collection and molecular analyses were performed in accordance with the guidelines of the University of Texas McGovern Medical School Committee for the Protection of Human Subjects Institutional Review Board (IRB).

Molecular analyses

Molecular analyses included in-situ hybridization for the expression of HPV-HR18 E6/E7 mRNA using the RNAscope® technology from Advanced Cell Diagnostics (https://acdbio.com/). Morphoproteomic analysis and biomedical analytics were also performed as part of the molecular analysis in our CLIA and CAP certified Consultative Proteomics Laboratory in order to define the biology of the patients’ tumors, to provide correlative expressions, and to ascertain targeted therapeutic options designed to reduce the progression or recurrence of the HPV-associated oropharyngeal carcinomas.

In-situ hybridization

RNAscope® 2.5HD Red Assay was performed to evaluate expression in all 8 tissue specimens. The test assayed 18 high-risk HPV serotypes: HPV-HR18 HPV 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73 and 82, E6/E7 mRNA. Hs-PPIB was used as a positive control marker for sample quality control (QC) and to evaluate RNA quality in all the tissue samples. Bacterial gene dapB was used as a negative control. Standard pretreatment assay conditions were determined to be optimal for the samples in the study set. All the samples in the study passed QC with strong PPIB expression and no/negligible dapB background. A semi-quantitative scoring system of 0-4 was utilized.

Morphoproteomics

Morphoproteomic analysis applies bright field microscopy and immunohistochemistry directed against various protein analytes to define the biology of a neoplastic process. The analysis uncovers etiopathogenetic occurrences that might be responsible for the process development and the propensity for it to recur [5, 6]. Immunohistochemical probes were applied against the following protein analytes in unstained sections of the patients’ oropharyngeal carcinomas: Ki-67 (G1, S, G2 and M phases of the cell cycle DakoCytomation, Carpinteria, California, lot #20001030) and enhancer of zeste homolog 2 (EZH2 Cell Signaling Technology, Inc., lot #7). The level of expression of the analytes was graded on a 0 to 3+ scale based on signal intensity indicated by a 3,3′- tetrahydrochloride (DAB) chromogenic (brown) signal, the nuclear estimation of Ki-67 and EZH2 percentages, and mitotic index based on mitotic figures/10 high power fields. The details of the morphoproteomic staining procedure have been previously described [5, 6].

Biomedical analytics

To gain insights into HPV-associated oropharyngeal carcinoma, a standard IPA oropharyngeal pathway network (“ORO”) was constructed from key molecules associated with oropharyngeal carcinoma in the Ingenuity Knowledge Base (www.ingenuity.com). Since IPA does not include viral species, E6/E7 and their interactions associated with HPV (hsa05203) (“HPV” network) were extracted from the KEGG pathway database (http://www.genome.jp/kegg/pathway.html) and manually added to the ORO network. A “patient” pathway network was also constructed from the median patient scores and linked to ORO-HPV. From these graphs and additional data mining of the National Library of Medicine’s MEDLINE database, a single ORO-HPV network model was constructed using IPA Pathway Designer to represent the key modulation and adaptive responses in the signal transduction processes. Therapies were then linked to the ORO-HPV network model to assess potential benefits.

Nəticələr

The IHC workup had established the expression of p16INK4a protein in all cases (Fig. 1, Table 1).

Patient 8 biopsy specimen with non-keratinizing oropharyngeal carcinoma compared with concurrent non-neoplastic mucosa. H&E and p16INK4a stained sections of non-keratininzing squamous cell carcinoma versus non-neoplastic squamous epithelium (Frames acbd, respectively note strong DAB brown chromogenic signal for p16INK4a in oropharyngeal carcinoma [Frame c] versus absence of expression in non-neoplastic squamous mucosa [Frame d] original magnification ×200 Frames a-d)

In-situ hybridization

HPV-HR18 E6/E7 was detected at high levels across most samples (score 4) with the exception of patient specimens 5 and 6 that scored at 2 and 3, respectively (see Table 2 and Fig. 2).

Patient 8 biopsy specimen with non-keratinizing oropharyngeal carcinoma compared with adjacent non-neoplastic mucosa. Qırmızı RNAscope® 2.5 HD in-situ hybridization (ISH) assay for HPV-HR18 E6/E7 mRNA performed on the non-keratinizing squamous cell carcinoma revealed strong red chromogenic cytoplasmic expression (4+ semi-quantitative score, see Table 2) in the tumor (lower right and middle, Frame a) and no expression in the adjacent non-neoplastic (upper left, Frame a). Contrast with the dapβ negative control in Frame b. (original magnification ×200 for Frames a and b)

Morphoproteomics

Nuclear expressions of EZH2 (enhancer of zeste homolog 2) and Ki-67 (G1, S, G2 and M phases of the cell cycle) and mitotic indices (mitotic figures/10 high power fields) by visual estimation on each case revealed a median of 90% and 70% for EZH2 and Ki-67, respectively and a range of 16 to 105 for the mitotic indices (Table 1 and Fig. 3, frames a and b, c and d, and e and f, respectively for EZH2, Ki-67 expression, and mitotic progression).

Patient 8 biopsy specimen with non-keratinizing oropharyngeal carcinoma compared with concurrent non-neoplastic mucosa. Enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) and Ki-67 (G1, S, G2 and M phases of the cell cycle) show strong (3+ on a scale of 0-3+) nuclear expression in a majority of the non-keratinizing squamous cell carcinoma (NKSCC) versus similar expression primarily limited to the basal and suprabasal cells of the non-neoplastic squamous mucosa (Frames ac qarşı bdmüvafiq olaraq). Mitotic progression in the corresponding H&E coincides with the EZH2 and Ki-67 expression with multiple mitotic figures evident in the NKSCC (Frame e) with no mitotic figures in the adjacent non-neoplastic squamous mucosa (Frame f). (DAB brown chromogenic signal for frames a-d original magnifications ×200 for frames a-d and ×400 for Frames ef)

Biomedical analytics

In order to provide a visual comparison, biomedical analytics generated a normalized score by patient of the comparative analytes for Ki67, mitotic index, p16INK4a, EZH2 and E6/E7 mRNA. This is illustrated in the bar chart (Fig. 4).

Bar chart of normalized (median) score by patient of the comparative analytes for Ki67, mitotic index, p16INK4a,EZH2 and E6/E7 mRNA. Comparison of normalized scores. Note that patient #5 has the lowest E6/E7 score (assessed as moderate, 2+), and also the lowest mitotic index (see Tables 1 and 2)

ORO-HPV network model

There were extensive crossover interactions between the HPV pathway and the ORO pathway. Three molecules of interest - EZH2, MKI67 (Ki67) and CDKN2A (p16 INK4a) were present – and affected – in the combined pathway network (not shown.) This combined ORO-HPV network model contained 1086 molecular interactions, or links, in the 3 linked pathways of ORO, HPV, and median patient. Of the 1086 links, 513 bridged between the ORO network and the HPV network. For the patient, the level of CDKN2A affected more molecules associated with HPV than with ORO. In return, more molecules from HPV than ORO affected the patient network, with TP53 and RB1 being the major influencers. 174 molecules from ORO affected HPV and patients whereas 224 molecules from HPV affected ORO and patient.

Therapeutic interactions

The complex ORO-HPV network model was edited to focus on the key molecules: E6/E7 mRNA, EZH2, Ki-67 (MK167) plus related interactions from the National Library of Medicine’s MEDLINE Database. The potential efficacy of sulforaphane and the metformin and curcumin therapies – the latter in part through the upregulation of microRNAs – were graphically demonstrated (Fig. 5). EZH2 was identified as a possible therapeutic target. It can be seen from the networks that EZH2 (Fig. 5, upper left) is a key network point that is activated by E6/E7. Mir-26A can be seen in the upper right hand corner of Fig. 5 it needs to be upregulated to decrease EZH2.

Potential therapies for ORO-HPV combined pathway. Celecoxib, curcumin, metformin, sulforaphane (right, yellow). Scored molecules: CDKN2A, EZH2, MKI67 (left, light orange). E6, E7 (lower right, blue, viral †). microRNAs: miR-26a, MIR101, miR-101 (top, pink)


Create an external reference between cells in different workbooks

Open the workbook that will contain the external reference (the destination workbook, also called the formula workbook) and the workbook that contains the data that you want to link to (the source workbook, also called the data workbook).

In the source workbook, select the cell or cells you want to link.

basın Ctrl+C or go to Home > Clipboard > Copy.

Switch to the destination workbook, and then click the worksheet where you want the linked data to be placed.

Select the cell where you want to place the linked data, then go to Home > Clipboard > Paste > Paste Link.

Excel will return the data you copied from the source workbook. If you change it, it will automatically change in the destination workbook when you refresh your browser window.

To use the link in a formula, type = in front of the link, choose a function, type (, and then type ) after the link.


Human Papillomavirus Type 16 Variant Analysis of E6, E7, and L1 Genes and Long Control Region in Biopsy Samples from Cervical Cancer Patients in North India

ŞEK. 1 . Sequencing electropherogram showing frequently detected nucleotide variations in different genomic segments of HPV-16. (a) E6 T350G (b) E7 T789C (c) L1 A6695C and (d) LCR G7521A. The upper panel shows prototype sequences, while the lower panel shows variant sequences (indicated by arrows). ŞEK. 2 . Nucleotide sequence variations among the HPV-16 isolates. The nucleotide positions of E6, E7, the LCR, and L1 at which variations were observed are written across the top. The identification codes of the samples are indicated on the left. REF, the HPV-16 reference DNA sequence. For each variant sequence, positions that do not vary from those of the HPV reference sequence are marked with dashes.

bioRxiv provides free and unrestricted access to all articles posted on the server. We believe this should apply not only to human readers but also to machine analysis of the content. A growing variety of resources have been created to facilitate this access.

bioRxiv can save authors time in submitting papers to journals or peer review services by transmitting their manuscript files and metadata directly from bioRxiv. This means authors do not have to spend time re-loading manuscript files and re-entering author information at the journal or peer review service website. Partners currently participating in B2J are listed below (scroll to view full list).