Məlumat

RNT polimerazanı qorumaq nə deməkdir?

RNT polimerazanı qorumaq nə deməkdir?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bu kağızdan

Bununla belə, NusA və RNAP arasındakı güclü qarşılıqlı əlaqəyə əsaslanaraq, NusA-nın şaperon fəaliyyətinin stress altında RNAP üçün daha birbaşa və konsentrasiyalı qorunma təmin edə biləcəyini təklif edirik, yəni NusA eyni zamanda gizli rol oynaya bilər. qoruyucu transkripsiyanın uzadılması və sonlanması zamanı RNAP.


Müəlliflər "qorunma" dedikdə, NusA-nın iştirakı ilə bəzi zülalların istilik şokundan sonra birləşməyə daha az meylli olduğunu nəzərdə tuturlar. "Müdafiə", ümumiyyətlə, stabilləşməyə, yəni zülalın parçalanma sürətinin azalmasına da aid edilə bilər.

NusA-nın istidən qaynaqlanan aqreqasiyaya təsirini aşkar etmək üçün biz laktat dehidrogenazdan (LDH) istifadə etdik. LDH NusA olmadığı və ya mövcudluğu ilə 48°C-də inkubasiya edilmişdir. Şəkil 2b-də göstərildiyi kimi, LDH NusA-nın mühafizəsi olmadan 48°C-də yavaş-yavaş toplanır. Lakin bu təcrübə NusA-nın iştirakı ilə həyata keçirildikdə, aqreqasiya nəzərəçarpacaq dərəcədə azaldı. Bu nəticələr NusA-nın da olduğunu göstərir qoruyur termal stress zamanı geri dönməz aqreqasiyadan açılmış zülallar.



E. coli-də RNAP-nin əsas komponentləri olan RpoA və RpoB in vivo istilik stressi altında birləşməyə meyllidir. Onların əsasən GroEL və DnaK ilə qarşılıqlı əlaqədə olduqları bildirildi birləşmədən qorunma və ya qeyri-doğma vəziyyətə qayıdır48,49. Bununla belə, NusA və RNAP arasındakı güclü qarşılıqlı əlaqəyə əsaslanaraq, NusA-nın şaperon fəaliyyətinin stress altında RNAP üçün daha birbaşa və konsentratlı qorunma təmin edə biləcəyini təklif edirik, yəni NusA eyni zamanda transkripsiyanın uzanması və dayandırılması zamanı RNAP-nin gizli qoruyucusu kimi çıxış edə bilər.


Vasitələri sona çatdırmaq: RNT polimeraza II transkripsiyasının dayandırılması

RNT polimeraza II (Pol II) bütün eukaryotik zülal kodlayan genləri və kodlaşdırmayan RNT genlərinin əksəriyyətini transkripsiya edir. Transkripsiyanın son mərhələsi zəif müəyyən edilmiş mexanizm vasitəsilə DNT şablonundan Pol II və RNT-nin buraxılmasına səbəb olan xitamdır.

Transkripsiyanın dayandırılması hüceyrədə RNT polimerazanın qonşu DNT elementləri ilə müdaxiləsinin qarşısının alınması, RNT polimerazanın təkrar emal edilməsi, RNT-nin 3′-sonunun işlənməsini təşviq etmək və transkripsiyanın vaxtından əvvəl dayandırılması (yəni zəifləmə) vasitəsilə gen ifadəsini tənzimləmək kimi bir çox həyati funksiyalara xidmət edir.

Pol II karboksi-terminal domeninin (CTD) fosforlaşma statusundan və müxtəlif RNT siqnallarının və sonlanma faktorlarının mövcudluğundan asılı olaraq, xitam müxtəlif yollarla baş verə bilər. Ən yaxşı tədqiq edilmiş sonlanma yollarından ikisi müvafiq olaraq mRNA-lar və kodlaşdırmayan RNT-lər üçün RNT 3′-sonlu emal hadisələri ilə əlaqəli olan poli(A)-dan asılı yol və Sen1-dən asılı yoldur.

Pol II-nin dayandırılmasına səbəb olmaq üçün üç mexanizm təklif olunur: amillərin Pol II-yə bağlanması ilə ekzoribonukleazın Pol II ilə toqquşması və/yaxud Pol II aktiv sahəsinin hibridinin RNT-DNT helikazı ilə pozulması nəticəsində yaranan konformasiya dəyişiklikləri. Bununla belə, bu molekulyar modellər xitamın necə baş verdiyini tam izah etmək üçün indiyə qədər kifayət etməmişdir.

Pol II həm struktur, həm də biokimyəvi cəhətdən bakterial RNT polimeraza bənzəyir və bu, bütün hüceyrə RNT polimerazaları üçün ümumi olan bəzi ümumi sonlanma xüsusiyyətlərinin ola biləcəyini göstərir. Bakterial xitam üçün tələbləri araşdıran son tədqiqatlar Pol II-nin bir neçə bölgəsini, o cümlədən qapaq, tətik döngəsi, qısqac spiralləri, dok və flap kimi ehtimal olunan xitam effektor sahələri kimi əhatə edir.

Pol II CTD qalıqlarının fosforlaşma vəziyyəti Ser7, Ser5 və Ser2 genin uzunluğu boyunca dinamikdir. Genom miqyasında lokalizasiya tədqiqatları göstərir ki, Pol II-nin CTD-də promotor-proksimal mövqelərdə yüksək Ser7-P və Ser5-P və aşağı Ser2-P kombinasiyası Sen1-dən asılı xitamını tetiklemek üçün bir siqnal ola bilər.

CFI (Pcf11), Nrd1 və RNT alveri protein 1 (Rat1) zülal 1-nin genom miqyasında lokalizasiyası həm zülal kodlayan, həm də kodlaşdırmayan RNT genləri boyunca bu sonlanma faktorlarının geniş şəkildə üst-üstə düşdüyünü aşkar edir. Bu nümunə, Sen1-dən asılı sonlanma və poli(A)-dan asılı xitam üçün mexanizmlərin əksər genlərin transkripsiyası zamanı Pol II-ni hədəfləmək üçün geniş şəkildə əlçatan olması fikri ilə uyğundur və əslində uğursuzluğa qarşı təhlükəsiz dayandırmanı təmin etmək üçün bir yol təqdim edə bilər.


RNaz ilə çirklənmənin qarşısının alınması

Bakteriofaq SP6 RNT Polimerazı SP6 faq promotoru üçün yüksək spesifik olan DNT-dən asılı RNT polimerazadır. 98,5 KD polimeraza kataliz edir in vitro SP6 promotoru altında klonlanmış DNT şablonundan RNT sintezi. SP6 RNT Polimerase istifadə edərək sintez edilmiş RNT tədqiqat və biotexnologiyada bir çox tətbiqlər üçün uyğundur.

Reaksiya şərtləri:
1X RNAPol Reaksiya Buferi, hər biri 0,5 mM ATP, UTP, GTP, CTP və SP6 RNT Polimeraz promotorunu ehtiva edən DNT şablonu ilə əlavə edilmişdir. 37°C-də inkubasiya edin.

Məhsul mənbəyi

Təchiz olunan reagentlər

Bu məhsulla aşağıdakı reagentlər verilir:

SP6 RNT polimeraza M0207SVIAL -20 1 x 0,1 ml 20.000 ədəd/ml
RNAPol Reaksiya Buferi B9012SVIAL -20 1 x 1 ml 10 X

Tətbiq Xüsusiyyətləri

  • Radioaktiv etiketli RNT zondunun hazırlanması
  • Qeyri-izotop RNT etiketlənməsi
  • RNT vaksinlərinin hazırlanması
  • Gen hədəflənməsi üçün RNT bələdçisi
  • üçün mRNA in vitro tərcümə və mikro inyeksiya
  • RNT strukturu, emal və kataliz tədqiqatları
  • RNT gücləndirilməsi
  • Gen ifadəsi təcrübəsi üçün anti-sens RNT

Vahid Tərifi

Reaksiya şərtləri

1X RNAPol Reaksiya Buferi
0,5 mM ATP, 0,5 mM GTP, 0,5 mM UTP və 0,5 mM CTP ilə əlavə edin
37°C-də inkubasiya edin

1X RNAPol Reaksiya Buferi
40 mM Tris-HCl
6 mM MgCl2
1 mM DTT
2 mM spermidin
(pH 7,9 @ 25°C)

Saxlama Buferi

50 mM Tris-HCl
100 mM NaCl
20 mM β-ME
1 mM EDTA
50% qliserin
0,1% (ağırlıq/həc) Triton® X-100
pH 7.9 @ ​​25°C

Vahid Təhlil Şərtləri

Yoldaş Məhsullar

  • dsRNA nərdivanı
  • Ribonükleotid məhlulu qarışığı
  • ssRNA nərdivanı
  • T7 RNT polimeraza
  • pirofosfataza, qeyri-üzvi (E. coli)
  • RNT Yükləmə Boyası, (2X)
  • E. coli Poli(A) Polimeraza
  • RNaz inhibitoru, siçan
  • Termostabil qeyri-üzvi pirofosfataza
  • mRNA Qapağı 2 O Metiltransferaza
  • Vaccinia Qapaq Sistemi
  1. Radio ilə etiketlənmiş yüksək spesifik aktivlik RNT zondları üçün radioaktiv nukleotidin konsentrasiyası 6 &mM ilə məhdudlaşdırılmalıdır.
  2. RNT-ni ribonukleazdan qorumaq üçün RNaz inhibitoru (NEB #M0314 və ya #M0307) 1 U/&mul son konsentrasiyaya əlavə edilməlidir.
  3. SP6 RNT Polimeraz duzun inhibisyonuna son dərəcə həssasdır. Ümumi duz konsentrasiyası 50 mM-dən çox olmamalıdır.
  4. SP6 RNT Polimeraz 40°C-də 37°C-dən bir qədər daha aktivdir. Güclü ikincil strukturları olan RNT transkripti üçün 40°C-də inkubasiya nəzərdə tutula bilər.
  1. Şenborn, E.T. və Meirendorf, R.C. (1985). Nucl. Acids Res. 13, 6223-6236.
  2. Zinn, K. et al. (1983). Hüceyrə. 34, 865-879.
  3. Butler, E.T. və Chamberlin, J. (1982). J. Biol. Kimya. 257, 5772-5778.
  4. Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T. (1989). Molekulyar Klonlaşdırma: Laboratoriya Təlimatı . (2-ci nəşr), 10.27-10.37.
  5. Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T. (1989). Molekulyar Klonlaşdırma: Laboratoriya Təlimatı. (2-ci nəşr), 18.82-18.84.
  6. Melton, D.A., Krieg, P.A., Rebagliati, M.R., Maniatis, T., Zinn, K. və Green, M.R. (1984). Nucl. Acids Res. 12, 7057-7070.
  7. Kreig, P.A. və Melton, D.A. (1984). Nucl. Acids Res. 12, 7057-7070.
  8. Qrin, M.R., Maniatis, R. və Melton, D.A. (1983). Hüceyrə. 32, 681-694.
  9. Melton, D.A. (1985). Proc. Natl. akad. Sci. ABŞ. 82, 144-128.
  10. Milligan, J.F., Groebe, D.R., Witherell, G.W. və Uhlenbeck, O.C. (1987). Nucl. Acids Res. 15, 8783.

Tampon 6 aylıqdırsa, reaksiyaları təzə DTT ilə əlavə edin.

rNTP konsentrasiyalarını hər biri 4 mM və MgCl2-ni 20 mM-ə çatdırmaqla məhsuldarlığı artırın.

Məhsul Sitat Aləti

Spesifikasiyalar

  • M0207S_L_v1_0151802
  • M0207S_v1_10018458
  • M0207L_v1_10020002
  • M0207S_v1_10034633
  • M0207S_v1_10039728
  • M0207L_v1_10039730
  • M0207S_v1_10052055
  • M0207S_v1_10058293
  • M0207S_v1_10062864
  • M0207S_v1_10077617
  • M0207S_v1_10086517
  • M0207S_v1_10094846
  • M0207S_v1_10110024

Bu məhsul New England Biolabs, Inc (NEB) şirkətinə məxsus və ya nəzarət edilən bir və ya bir neçə patent, ticarət nişanı və/yaxud müəllif hüquqları ilə əhatə olunur.

NEB məhsullarını müxtəlif tətbiqlər üçün inkişaf etdirib təsdiqləyərkən, bu məhsulun istifadəsi alıcıdan müəyyən proqramlar üçün əlavə üçüncü tərəf əqli mülkiyyət hüquqlarını əldə etməyi tələb edə bilər.

Kommersiya hüquqları haqqında ətraflı məlumat üçün [email protected] ünvanında NEB-in Qlobal Biznes İnkişafı komandası ilə əlaqə saxlayın.

Bu məhsul yalnız tədqiqat məqsədləri üçün nəzərdə tutulub. Bu məhsul insanlarda və ya heyvanlarda terapevtik və ya diaqnostik məqsədlər üçün istifadə edilmək üçün nəzərdə tutulmayıb.

New England Biolabs (NEB) etik elmləri tətbiq etməyə sadiqdir və biz inanırıq ki, cavablandırıldıqda həyat keyfiyyətimizi və yaşadığımız dünyanı qorumağa kömək edəcək vacib suallar vermək tədqiqatçılar kimi bizim işimizdir. Bununla belə, bu tədqiqat həmişə aparılmalıdır. təhlükəsiz və etik qaydada həyata keçirilməlidir. Daha ətraflı.


İcra olunan gün(lər).

1. Koenig M, Dieude M, Senecal, J-L: Antinüvə antikorlarının proqnozlaşdırıcı dəyəri: Sistemik skleroz otoantikorlarının dərsləri. Autoimmun Rev 20087(8):588-593

2. Wollheim FA: Sistemli sklerozun təsnifatı. Görünüşlər və reallıq. Revmatologiya (Oxford) 2005 Oktyabr 44(10):1212-1216

3. Cavazzana I, Ceribelli A, Paolo A, et al: Anti-RNT polimeraza III antikorları: Sürətli başlanğıc və dərinin qalınlaşmasının inkişafı ilə sistemik sklerozun markeri. Autoimmun Rev 20098(7):580-584

4. Kuwana M, Kimura K, Kawakami Y: Sistemli skleroz seraları tərəfindən tanınan RNT polimeraza III üzərində immunodominant epitopun müəyyən edilməsi: fermentlə əlaqəli immunosorbent analizinə tətbiq. Artrit Rheum 2002 Oktyabr 46(10):2742-2747


Prokaryotik RNT Pol fermenti

Prokaryotlarda eyni ferment bütün növ RNT-nin sintezini katalizləyir: mRNT, rRNT və tRNT. Prokaryotik RNT polimeraza kiçik bir molekuldur.

RNT Polimeraz strukturu təxminən (410 Kilo-dalton) olan beş alt bölmədən ibarətdir. α2ββ’ω iki vahid α ilə eynidir, bu DNT-ni qeyri-spesifik olaraq bağlayır RNT sintezini kataliz edir.

E.coli polimerazasının tetrameri var Əsas ferment tərkibli α2ββ’ stoxiometriya ilə α-və β-tipli alt vahidlər. Bu, transkripsiyanın uzanması üçün kifayətdir.

Lakin başlanğıc adlandırılan daha bir alt bölmə tələb edir σamil iki funksiyaya malikdir: promotoru tanıyır və qapalı promotor kompleksini çevirir.

Transkripsiyaya başladıqdan sonra σamil holoenzimdən ayrılır. Əsas ferment yoxluğunda DNT-yə bağlana bilir σ, lakin aşağı səmərəlilik və spesifiklik yoxdur.

Xüsusi promotor bölgələrə qoşulmaq üçün holoenzim σ faktoru tələb edir ki, bu faktorun köməyi ilə qeyri-spesifik DNT bölgələrinin yaxınlığını əhəmiyyətli dərəcədə azaldır və holoenzimin beş alt bölməsini meydana gətirmək üçün spesifiklik promotor bölgələrini artırır. α2ββ’σω (

RNT polimerazanın quruluşu 55 Å uzunluğunda və 25 Å enində bir yivə malikdir.

Bu yuva 20 Å olan DNT cüt spiralının keçməsinə imkan verir. Uzunluq 55-18 nukleotid ardıcıllığını qəbul edə bilər.

Fermenti meydana gətirən bütün vahidlər transkripsiya reaksiyalarını həyata keçirmək üçün birlikdə işləyirlər.

β-alt bölməsi DNT-nin bağlanmasında iştirak edir, β alt bölməsi aktiv mərkəzin bir hissəsini ehtiva edir və σ alt bölməsi əsasən transkripsiyanın başlamasında iştirak edir və transkripsiyanın başlanmasından sonra fermentin qalan hissəsindən ayrılır.

Prokaryotik orqanizmlərin RNT polimerazaları oxşar fəaliyyət göstərir, baxmayaraq ki, bəzi zülal alt bölmələri tərkibində fərqlənir.

Bəs σ faktoru?

Siqma faktoru (σ faktoru) yalnız RNT sintezinin başlaması üçün lazım olan zülaldır.

Bu, RNT polunun spesifik bağlanmasına imkan verən bakterial transkripsiya başlanğıc faktorudur gen promotorları.

Müəyyən bir genin transkripsiyasını başlatmaq üçün istifadə edilən spesifik siqma faktoru, gendən və həmin genin transkripsiyasını başlatmaq üçün lazım olan ətraf mühit siqnallarından asılı olaraq dəyişəcəkdir.

Hər bir RNT molekulu pol holoenzim tam olaraq bir siqma faktoru alt vahidini ehtiva edir ki, bu da model bakteriya Escherichia coli aşağıda sadalananlardan biridir.

Siqma faktorlarının sayı bakteriya növləri arasında dəyişir. E. coli yeddi siqma faktoruna malikdir.

Siqma amilləri xarakterik molekulyar çəkiləri ilə fərqlənir. Məsələn, σ70 molekulyar çəkisi 70 kDa olan siqma faktoruna aiddir.

Xüsusi Sigma Faktorları:

  • σ70(RpoD) (və ya) σA:ev təsərrüfatı” siqma faktoru və ya əsas siqma faktoru olaraq da adlandırılır, böyüyən hüceyrələrdə genin çoxunu transkripsiya edir. Hər bir hüceyrədə əsas genlərin və yolların işləməsini təmin edən "təsərrüfat" siqma faktoru var. E. coli və digər qram-mənfi çubuqşəkilli bakteriyalar vəziyyətində “housekeeping” siqma faktoru σ70-dir. σ70 tərəfindən tanınan genlərin hamısı iki hissədən ibarət oxşar promotor konsensus ardıcıllığını ehtiva edir. RNT transkriptinin başlanğıcına uyğun gələn DNT bazasına nisbətən konsensus promotor ardıcıllığı transkripsiyanın başlamazdan əvvəl xarakterik olaraq 10 və 35 nukleotiddə mərkəzləşmişdir (–10 və –35).
  • σ19 ​​(FecI): ferrik sitrat siqma faktoru, dəmir nəqli üçün FEC genini tənzimləyir
  • σ24 (RpoE): ekstrasitoplazmik / həddindən artıq istilik stressi siqma faktoru
  • σ28 (RpoF): bayraqlı siqma faktoru
  • σ32 (RpoH): istilik şoku siqma faktoru, bakteriyalar istiliyə məruz qaldıqda işə salınır. Daha yüksək ifadəyə görə, amil polimeraza-nüvə-fermentin yüksək ehtimalı ilə bağlanacaqdır. Bunu edərkən, hüceyrənin daha yüksək temperaturda sağ qalmasına imkan verən digər istilik şoku zülalları ifadə edilir. σ32-nin aktivləşdirilməsi ilə ifadə olunan bəzi fermentlər şaperonlar, proteazlar və DNT-bərpa fermentləridir.
  • σ38 (RpoS): aclıq/stasionar faza siqma faktoru
  • σ54 (RpoN): azot məhdudlaşdıran siqma faktoru

DNT Polimerazlar: Əks Transkriptaza İnteqraza və Retrovirus Replikasiyası

Mücərrəd

RNT-dən asılı DNT polimeraza kimi də tanınan tərs transkriptaza (RT), tək zəncirli RNT-ni DNT-yə köçürən DNT polimeraza fermentidir. Bu ferment RNT ilk addımda tək zəncirli DNT-yə tərs transkripsiya edildikdən sonra ikiqat sarmal DNT sintez edə bilir. RNT virusları, məsələn, retroviruslar, öz RNT genomlarını DNT-yə tərs transkripsiya etmək üçün fermentdən istifadə edir, sonra bu, ev sahibinin genomuna inteqrasiya olunur və onunla birlikdə təkrarlanır. RT daşıyan hepadnaviruslar və ya pararetroviruslar kimi bəzi DNT viruslarının replikasiyası zamanı DNT genomu yeni viral DNT zəncirlərini yaratmaq üçün şablon kimi xidmət edən RNT-yə transkripsiya edilir.

RT retroviruslarda kəşf edilsə də və bu yoluxucu agentlərin paradiqması hesab edilsə də, hazırda məlumdur ki, RT telomeraza, retrotranspozonlar, retroonlar kimi bir çox digər eukaryotik və prokaryotik sistemlərdə olur və bitki və heyvanların genomlarında bolca tapılır. . Retrovirus RT onların replikasiyası üçün vacib olan ribonukleaza H (RNase H) aktivliyini daşıyan bir sahəyə malikdir. RNase H, DNT-RNT hibridləri ailəsinin RNT hissəsini parçalaya bilən endonükleazadır. Başqa bir virusla kodlanmış ferment, inteqraza ya RT-nin yetkin dimerik formasında, ya da sərbəst ferment kimi tapılır. İnteqraza RT ilə sintez edilmiş ikiqat zəncirli DNT-nin ev sahibi tərəfindən yoluxmuş hüceyrənin genomuna daxil edilməsi üçün çox vacibdir. Retroviral RT-nin DNT polimeraza fəaliyyətinin inhibitorları qazanılmış immun çatışmazlığı sindromunda olduğu kimi retrovirusların yaratdığı patologiyaların müalicəsində geniş istifadə olunur.


Malyariyaya qarşı dərmanlar

Malyariya əleyhinə məşhur dərman olan xlorokin də diqqət çəkib. Bir araşdırma onu geniş spektrli antibiotik azitromisin ilə birlikdə sınaqdan keçirdi. Bu kiçik tədqiqatda bəzi COVID-19 xəstələri sağalarkən, digər xəstələr (xlorokin ilə müalicəyə baxmayaraq) öldü və bəzi xəstələr müxtəlif səbəblərə görə müalicəni dayandırdılar, o cümlədən simptomlarının şiddəti.

Buna baxmayaraq, insanlar xlorokin və azitromisinin koronavirus üçün necə işlədiyi ilə maraqlanır. Xlorokin antiviral fəaliyyət göstərir və hazırda otoimmün xəstəliklərin müalicəsində istifadə olunur, çünki o, həm də antiinflamatuar xüsusiyyətlərə malikdir. Azitromisin bakterial infeksiyaları müalicə etmək üçün istifadə edilən bir antibiotikdir, lakin o, həm də soyuqdəyməyə səbəb olan rinovirusa qarşı da daxil olmaqla, antiviral fəaliyyət göstərir. Koronavirusa qarşı ən təsirli olması üçün xlorokinin infeksiyadan sonra erkən verilməsi lazım ola bilər.

Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı remdesivir, lopinavir/ritonavir, xlorokin və bəzi antiviral sitokinlər də daxil olmaqla mümkün COVID-19 müalicələrini sınaqdan keçirən qlobal klinik sınaq proqramını elan edib.

Dünyada koronavirus xəstələrinin sayının artması peyvəndin inkişafı ilə yanaşı, diqqətin SARS-CoV-2 infeksiyasından onsuz da ağır xəstələri müalicə edə biləcək effektiv antiviral dərmanların tapılmasına yönəlməsi deməkdir.


RNT növləri protein sintezində iştirak edir

Protein sintezində üç əsas RNT növü iştirak edir, bunlar:

1. Messenger RNT (mRNA)

  • DNT-nin RNT-yə transkripsiyası RNT polimeraza fermenti DNT-də promotor adlanan nukleotidlər ardıcıllığına bağlandıqda başlayır. Sonra DNT-nin iki zəncirindən ayrılır və bir zəncir RNT-nin tamamlayıcı zəncirinin əmələ gəlməsi üçün şablon kimi xidmət edir. RNT polimeraza DNT boyunca hərəkət edir və tamamlayıcı nukleotidləri tək-tək böyüyən RNT zəncirinə birləşdirir.
  • Ferment yalnız DNT şablonunun 3-dən 5-ə qədər istiqamətində işləyir, RNT-ni 5-3` istiqamətdə yığır. Bu proses bir mühüm fərqlə DNT-nin replikasiyasına bənzəyir: DNT replikasiyası bir dəfə başladıqdan sonra adətən hüceyrədəki bütün DNT-ni kopyalayır, RNT sintezi isə DNT-nin yalnız seçilmiş hissələrini transkripsiya edir.
  • DNT molekulları ikiqat zəncirli olduğundan, DNT-nin hər hansı bir hissəsi, prinsipcə, hər bir zəncir üçün bir tamamlayıcı olan müxtəlif RNT molekullarına transkripsiya edilə bilər. Praktikada DNT-nin hər hansı bir seqmentində zəncirlərdən yalnız biri transkripsiya edilir. Promotorun istiqaməti hansı ipin transkripsiya ediləcəyini göstərir.
  • Hər bir mRNT-nin başlanğıcında ribosomun bağlanma yeri var: birinci kodon (AUG) tərcümə üçün düzgün yerləşdiyi şəkildə bir ribosoma bağlanan nukleotidlər ardıcıllığı və sonuncu kodon (dayanma kodon) bir ola bilər. üç kodondan ibarətdir: UAA, UAG və UGA. mRNT molekulunun digər ucunda 200-ə qədər adenin qalığından ibarət poliadenin (ploy-A) quyruğu var. Belə görünür ki, bu quyruq mRNT-ni sitoplazmada olan fermentlər tərəfindən parçalanmaqdan qoruyur. 2. Ribosomal RNT (rRNT)
  • Zülal sintezinin orqanoidləri olan ribosomlar bir neçə növ rRNT və təxminən 70 növ polipeptiddən ibarətdir.
  • Eukariotlarda ribosomların istehsalı nüvənin nüvə adlanan hissəsində baş verir və burada saatda bir neçə yüz minlərlə ribosom istehsal olunur. Belə sürətli istehsal yalnız ona görə mümkündür ki, eukaryotik hüceyrənin DNT-sində rRNT-nin transkripsiya olunduğu ribosomal-RNT genlərinin 600-ə qədər nüsxəsi var.
  • Ribosom quruluşunda zülalla birlikdə iştirak edən dörd müxtəlif növ rRNT var.
  • Funksional ribosom biri böyük və biri kiçik iki alt hissədən ibarətdir. Zülal sintezi ilə məşğul olmadıqda, alt bölmələr ayrılır və müstəqil şəkildə hərəkət edir. Hər biri növbəti dəfə zülal sintezində iştirak edəndə əks tipli fərqli bir alt bölməyə qoşula bilər.
  • Eukariotlarda ribosomların polipeptidləri sitoplazmada hazırlanır və sonra nüvə zərfindən keçərək rRNT və polipeptidlərin ribosomal alt bölmələrə yığıldığı nüvə zərfinə daxil olur. Protein sintezi zamanı mRNT və rRNT arasında qarşılıqlı əlaqə yaranır.

3. Transfer RNT (tRNA)

  • Protein sintezində iştirak edən üçüncü növ RNT amin turşularını ribosomlara daşıyan transfer RNT-dir (tRNA). Hər bir amin turşusu növü üçün onu tanıyan və daşıyacaq xüsusi bir tRNT molekulu var. (Bir neçə fərqli kodonu olan amin turşuları birdən çox fərqli tRNT növünə malikdir).
  • Transfer RNT tRNA genlərindən transkripsiya edilir, çox vaxt DNT molekulunun eyni hissəsində yeddi və ya səkkiz tRNA geninin çoxluqlarında təşkil edilir. Bütün tRNT molekulları eyni ümumi formaya malikdir. Molekulun hissələri, molekulun müxtəlif sahələri arasında əsas cütləşməsi ilə şəklində saxlanılan xarakterik döngələrdə geri qatlanır.
  • Bir tRNT molekulunda zülal sintezində vacib olan iki sahə var. Birinci yer amin turşusunun molekula bağlandığı yerdir. Bu sahə molekulun 3` ucundakı üç əsasdan (CCA) ibarətdir. Digər yer mRNT ribosom kompleksində müvafiq mRNT kodonu ilə əsaslanan antikodon sahəsidir. Bu, tRNT-ni müvəqqəti olaraq mRNT-yə bağlayır, tRNT tərəfindən daşınan amin turşusunun lazımi yerdə polipeptidə daxil olmasına imkan verir.
  • Protein sintezi mRNT kiçik ribosomal alt bölməyə bağlandıqda və ilk kodon (AUG) başlanğıc üçün düzgün yerləşdirildikdə başlayır. AUG kodonu daha sonra metionini daşıyan tRNT-nin antikodonu ilə əsas cütləşir. Bu metionin nəticədə polipeptid zəncirində ilk amin turşusu olur.
  • Sonra böyük bir ribosomal subunit kompleksə bağlanır və protein sintezinin reaksiyası başlaya bilər.
  • Ribosomda tRNT-nin bağlana bildiyi iki yer var. Yuxarıda göstərilən hadisələr nəticəsində mRNT molekulunda başlanğıc kodonu (AUG) ribosomdakı bu yerlərdən birincisində yerləşir: Peptidil (P) yerində.
  • İkinci amin turşusu üçün mRNT kodonu ikinci sahə ilə düzülmüşdür: aminoasil sahəsi. Bu nöqtədən polipeptid zənciri üç addımlı bir dövrə ilə uzanır.
  • İlk addım növbəti tRNT-nin növbəti mRNT kodonu ilə tamamlayıcı antikodona bağlanmasıdır. Bu tRNT-nin daşıdığı amin turşusu polipeptid zəncirində növbəti amin turşusu olacaq.
  • İkinci addım peptid bağının meydana gəlməsi ilə nəticələnən peptidil transferaza reaksiyasıdır. Reaksiyanı kataliz edən peptidil transferaza fermenti böyük ribosom vahidinin tərkib hissəsidir. Bu ferment birinci amin turşusunu ikincisinə bir peptid bağı ilə birləşdirir ki, birinci tRNT indi boş, ikincisi isə hər iki amin turşusunu özündə saxlayır.
  • Dövrün üçüncü mərhələsi ribosomu mRNT boyunca hərəkət etdirir. Bu, növbəti kodonu ribosomun P sahəsinə gətirir və müvafiq tRNT-nin antikodonu kodonla birləşərək, üçüncü amin turşusunu A yerindəki vəziyyətə gətirərək dövr yenidən başlayır. Artan polipeptid zənciri bu üçüncü tRNT-də yeni gələn amin turşusuna bağlanır və ardıcıllıq təkrarlanır.
  • Ribosom mRNT-də dayanma kodonuna çatdıqda zülal sintezi dayanır. Relizinq faktoru adlanan xüsusi bir zülal dayanma kodonuna bağlanır və mRNT-nin ribosomu tərk etməsinə səbəb olur. Ribosomal alt bölmələr ayrılır, çünki mRNT-nin 5` ucu ribosomdan çıxır və o, yenidən zülal sintezini başlatan başqa bir kiçik ribosomal alt bölməyə bağlana bilər.
  • Hər bir mRNT molekulunda adətən 100-dən çox ribosom var və onlar hərəkət edərkən mesajını yazır. Bir çox ribosomu olan bir mRNT poliribosom və ya polisom adlanan bir çoxluq əmələ gətirir.

Antibakterial dərman fidaksomisinin (Dificid) hədəfi və mexanizmi aşkar edilmişdir

Rutgers Universiteti və beynəlxalq alimlər qrupu antibakterial dərman fidaksomisinin (ticarət adı Dificid) molekulyar hədəfini və mexanizmini müəyyən ediblər.

Fidaxomicin 2011-ci ildə CDC "təcili təhlükə" bakterial patogeninin müalicəsi üçün təsdiq edilmişdir. Clostridium difficile (C. fərq) və hazırda müalicəsi üçün iki ön sıra dərmanlarından biridir C. fərq.

Fidaksomisin həmçinin metisillinə davamlı da daxil olmaqla digər CDC "ciddi təhlükə" bakterial patogenlərinə qarşı güclü antibakterial fəaliyyət göstərir. Staphylococcus aureus (MRSA), vankomisinə davamlı Staphylococcus aureus (VRSA) və vərəm bakteriyası, Mycobacterium tuberculosis. Bununla belə, fidaksomisinin aşağı həllolma qabiliyyəti və aşağı sistemli bioavailliyi MRSA, VRSA və vərəmin müalicəsi üçün fidaksomisinin istifadəsini istisna etmişdir.

Qarşısında təkmilləşdirilmiş klinik fəaliyyətə malik yeni nəsil fidaksomisin törəmələrinin dizaynı C. fərq və MRSA, VRSA və vərəmə qarşı faydalı klinik fəaliyyət göstərmək üçün dərmanın molekulyar hədəfi olan bakterial RNT polimerazı, bakterial RNT sintezindən məsul olan fermentlə necə bağlandığını və inhibə etdiyini bilmək vacibdir.

nəşr olunan məqalədə Molekulyar hüceyrə Bu gün tədqiqatçılar fidaksomisinin bakterial RNT polimerazına necə bağlandığını və inhibə etdiyini göstərən krio-elektron mikroskopiya (kriyo-EM) və tək molekullu spektroskopiya analizlərinin nəticələrini bildirirlər.

Tədqiqatçılar 3,5 & Aring həllində Mycobacterium tuberculosis RNT polimerazına bağlı olan fidaksomisinin krio-EM strukturunu bildirirlər. Struktur göstərir ki, fidaksomisin RNT polimerazanın DNT-yə bağlanmasına imkan vermək üçün açılmalı və RNT polimerazanın DNT-də saxlanmasına imkan vermək üçün qapalı yellənməli olan RNT polimerazanın bir hissəsi olan RNT polimerazanın "qısqacının" əsasında bağlanır. Quruluş daha sonra göstərir ki, fidaksomisin açıq konformasiyada RNT polimeraza "qısqacını" tutur.

Tədqiqatçılar, həmçinin fidaksomisinin RNT polimeraza "qısqacını" açıq konformasiyada tutduğunu təsdiq edən və fidaksomisinin qısqacın açılması və bağlanması dinamikasına təsirini müəyyən edən tək molekullu flüoresan spektroskopiya təcrübələrinin nəticələrini də bildirirlər.

Tədqiqatçılar göstərirlər ki, fidaksomisin bakterial RNT polimerazanı hədəf alan antibakterial dərmanların başqa bir sinfi olan rifamisinlərdən fərqli olan bağlanma yeri və mexanizm vasitəsilə bakterial RNT polimerazanı inhibə edir. Fidaksomisinin fərqli, üst-üstə düşməyən bağlanma yeri və mexanizmi vasitəsilə bakterial RNT polimeraza funksiyalarını maneə törətməsinin tapılması fidaksomisinin nə üçün rifamisinə davamlı bakterial patogenləri öldürə bildiyini və nə üçün fidaksomisinin rifamisinlərlə birləşdirildikdə əlavə funksiyaya malik olduğunu izah edir.

Yeni nəticələr daha yüksək antibakterial potensiala, daha yüksək həll olunma qabiliyyətinə və daha yüksək sistemli bioavailliyə malik yeni, təkmilləşdirilmiş fidaksomisin törəmələrinin rasional, struktur əsaslı dizaynına imkan verir. Tədqiqatçılar fidaksomisinin hədəfə bağlı strukturuna əsaslanaraq, fidaksomisinin hədəfə bağlanması üçün vacib olmayan və beləliklə də hədəfə bağlanma qabiliyyətinə xələl gətirmədən dəyişdirilə bilən atomlarını müəyyən etdilər. Tədqiqatçılar daha sonra bu atomlarda yeni kimyəvi qrupların, o cümlədən potensialı, həllolma qabiliyyətini və ya sistemli bioavailliyi yaxşılaşdıra bilən yeni kimyəvi qrupların seçici şəkildə bağlanmasına imkan verən kimyəvi prosedurlar hazırladılar.

"Nəticələr təkmilləşdirilmiş fidaksomisin törəmələrinin, xüsusilə də MRSA və vərəm kimi sistem infeksiyalarının müalicəsi üçün lazım olan həll qabiliyyətinə və sistemli bioavailliyə malik təkmilləşdirilmiş fidaksomisin törəmələrinin inkişafı üçün zəmin yaradır", - İdarə Heyətinin Kimya və Kimya Biologiyası professoru Ebright bildirib. Tədqiqata rəhbərlik edən Rutgersdəki Waksman Mikrobiologiya İnstitutunun laboratoriya direktoru.

Riçard H. Ebraytdan başqa, tədqiqat qrupuna Wei Lin, David Degen, Abhishek Mazumder, Dongye Wang, Yon W. Ebright, Richard Y. Ebright, Elena Sineva, Matthew Gigliotti, Aashish Srivastava, Sukhendu Mandal, Yi Jiang, Ruiheng daxildir. Yin və Rutgers Universitetindən Dennis Tomas Kalyan Das KU Leuven Zhening Zhang və Edward Eng Avtomatlaşdırılmış Molekulyar Mikroskopiya Milli Resursundan və Simons Elektron Mikroskopiya Mərkəzindən Stefano Donadio NAICONS Srl. Çin Elmlər Akademiyasının Guangzhou-dan Haibo Zhang və Changsheng Zhang.

Tədqiqat Milli Sağlamlıq İnstitutu nəzdində Milli Ümumi Tibb Elmləri İnstitutunun R37-GM041376 qrantı və Milli Sağlamlıq İnstitutunun Milli Allergiya və Yoluxucu Xəstəliklər İnstitutundan R01-AI104660 və U19-AI109713-01 qrantları ilə dəstəklənib. Tədqiqat üçün Cryo-EM məlumatları Rutgers Universitetinin cryo-EM müəssisəsində və Milli Səhiyyə İnstitutunda Ümumi Tibb Elmləri Milli İnstitutu və Simons Fondu tərəfindən dəstəklənən Avtomatlaşdırılmış Molekulyar Mikroskopiya üçün Milli Resursda toplandı. Tədqiqat üçün rentgen şüalarının difraksiya məlumatları Enerji Departamenti və Milli Tədqiqat Resursları Mərkəzi və NIH-də Milli Ümumi Tibb Elmləri İnstitutu tərəfindən dəstəklənən Argonne Foton Mənbəsinin şüa xətti 19-ID-də toplanıb.


Biologiya

Graham F. Hatfull1*, Elm Təhsili Alyansı Phage Hunters Advancing Genomika və Təkamül Elmi (SEA-PHAGES) proqramı2, KwaZulu-Natal Vərəm və HİV Tədqiqat İnstitutu (K-RITH) Mikobakterial Genetika Kursu1,3,4, Tədqiqat və Təhsili İnteqrasiya edən Phage Ovçuları (PHIRE) proqramı1. 138 mikobakteriofaqların tam genom ardıcıllığı. 2012. Virusologiya jurnalı, 2012, 86(4):2382-2384.

King, R.A., Alice Wright*, Courtney Miles*, Christopher S. Pendleton*, Andrew Ebelhar* Stephanie Lane* və Prasanna Tamarapu Parthasarathy*. (2011). Bakteriofaqda yeni kəşf edilmiş antiterminator RNT. Bakteriologiya jurnalı 193: 5784&ndash5792. *WKU tələbə müəlliflərini ifadə edir

Hawtrey, S.*, Lovell, L.* və Kral, R.A. (2011) İzolyasiya, Xarakterizasiya və Annotasiya: Yeni bakteriofaq genomlarının axtarışı. The Eksperimental Orta Elm Jurnalı. *WKU tələbə müəlliflərini ifadə edir. Oktyabr 2011 sayı. http://www.jes2s.com/index.html. Üz qabığında Sammi və Lorinin məqaləsi yer alıb.

Natalia Komissarova, Tatyana Velikodvorskaya, Ranjan Sen, Rodney A. King, Sarbani Banik_Maiti və Robert A. Weisberg (2008). RNT polimerazına bağlanan RNT ilə Transkripsiya Fasiləsinin qarşısının alınması. Molekulyar hüceyrə 31:683-694. Hüceyrə Jurnalının Molekulyar Biologiya Seçimində təqdim edilmişdir: Cell 135, 3 oktyabr 2008-ci il.


Videoya baxın: Показания к полипэктомии, программа наблюдения за пациентами с полипами толстой. (BiləR 2022).