Məlumat

Virusun müalicəsi üçün nə üçün mənşə (xəstə sıfır) tələb olunur?

Virusun müalicəsi üçün nə üçün mənşə (xəstə sıfır) tələb olunur?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bunun sadəcə bir kino işi olub-olmadığından əmin deyiləm, amma həmişə qeyd edirəm ki, virusu müalicə etmək üçün virusun orijinal ştammı lazımdır, bu niyə belədir? bu da doğrudurmu?


Xeyr. Bu, tam bir film səhvidir/şişirtmədir.

Orijinal ştammı təcrid etməyin nə qədər məqsədəuyğun olacağı mübahisəlidir, lakin vaksinoloji məqsədlər üçün əlbəttə ki, lazım deyil.

Bir tərəfdən, ilkin ştamın əvvəllər heç vaxt insan xəstəliyinə səbəb olmayan etioloji agent olub-olmadığını öyrənmək maraqlı ola bilər. Bu, bəlkə də növ baryerini keçə bilən və ya bədən istiliyində sağ qalmaq, toxunulmazlığımızdan yayınmaq və s. üçün təkamülə malik olan orqanizmin/agentin genomikasının/transkriptomikasının ilk 'görüntüsü' olardı.

Bununla belə, infeksiya bir populyasiyada irəlilədikcə, yoluxucu qalması üçün, tərifinə görə, ilk növbədə ona icazə verən molekulyar nümunələri qoruyub saxlamalıdır, beləliklə, "sıfır", 10-cu və ya hətta 10.000-cinin təcrid edilməsi. infeksiya terapevtik baxımdan heç bir real fərq yaratmamalıdır. Hətta belə ola bilər ki, sonrakı infeksiya orqanizmdən keçdiyi üçün, sonrakı suşlar hətta ilkindən daha təhlükəli ola bilər.


Qəribədir ki, ötən gün çay fasiləsində bunu müzakirə edirdik (mən bir çox peyvənd hazırlayan tədqiqat institutunda işləyirəm).

Birincisi (digər cavabın qeyd etdiyi kimi) bu, tam bir səhvdir, lakin dramatik məqsədlər üçün faydalıdır. Bu, əsasən "MacGuffin" və ya "süjet kuponudur".

İkincisi, xəstəlik törədən agentlər yayıldıqca inkişaf edir. Bu, əslində olduqca tez baş verir, həm patogenlərin ümumiyyətlə qısa ömür sürməsi, həm də immun sistemlərimizin adaptiv olması və rastlaşdıqları patogenlərlə necə mübarizə aparmağı "öyrəndikləri" üçün onlar bu cavabdan yayınmaq üçün uyğunlaşmalıdırlar (daim). Bu, tez-tez birgə təkamül "silah yarışı" adlandırılan bir şeylə nəticələnir və buna görə də, məsələn, hər il qripə qarşı peyvənd etməlisiniz.

Mutasiyalar patogenin necə yayıldığı kimi digər əlamətlərə də təsir göstərə bilər - buna məşhur misal çikungunya virusunda E1-A226V mutasiyasının görünməsidir ki, bu da onun müxtəlif ağcaqanad növləri tərəfindən yayılmasına imkan verir.

Nəhayət, patogenin yayılma qabiliyyətinə və ya ev sahibinin immun sistemi ilə mübarizə aparmağa təsir etməyən dəyişikliklər ola bilər; məsələn, populyasiya hər dəfə "darboğazdan" keçəndə (məsələn, agent bir yoluxmuş hava səyahətçisi tərəfindən yeni qitəyə daxil olarsa) yeni bölgə yalnız həmin kiçik əhalinin nəsilləri tərəfindən məskunlaşır və onun genetik quruluşunu əks etdirəcəkdir. .

İndi yuxarıya qayıtsanız, burada problemi artıq görmüsünüz. Peyvəndlər immunitet sisteminizi daha az təhlükəli (kimyəvi cəhətdən təsirsizləşdirilmiş, termal olaraq təsirsizləşdirilmiş və ya başqa şəkildə zəiflədilmiş) bir patogen formasına və ya patogenin hissələrinə (məsələn, onun xarici örtüyü) məruz qoyur ki, immunitet sisteminizə aktiv şəkildə hücuma məruz qalmadan onu tanısın. . Peyvənd patogenin köhnə ştammından hazırlanırsa - tutaq ki, keçən ilki qrip - immunitet sisteminiz keçən ilki qriplə necə mübarizə aparmağı öyrənə bilər, lakin bu ilki ilə mübarizə aparmaq üçün təchiz olunmayacaq.

Digər cavabın qeyd etdiyi kimi, orijinal ştamın nümunəsinə sahib olmağın tədqiqat dəyəri ola bilər (məsələn, onun haradan gəldiyini sübut etmək daha asan ola bilər), lakin peyvəndin inkişafı üçün ən son versiyadan daha az faydalıdır.

(Biz həmçinin peyvəndlərin saniyələr ərzində təsirli olduğu və ya artıq bir xəstəliyiniz varsa işlədiyi ilə bağlı tez-tez səhvləri müzakirə etdik, lakin bunlar ayrı suallardır...)


Xəstə sıfırı haradan gəlir?

İfadə xəstə sıfır epidemiologiyadan və ya “xəstəliyin yayılmasının öyrənilməsindən irəli gəlir.”. 1980-ci illərdə tədqiqatçılar Los-Ancelesdə gey kişilərin niyə sonradan HİV/QİÇS kimi tanınan sirli bir xəstəlikdən öldüyünü müəyyən etməyə çalışdılar. Xəstəliklərə Nəzarət və Qarşısının Alınması Mərkəzlərində (CDC) davranış alimi William Darrow, yoluxmuş kişilərdən bəziləri ilə müsahibə verdi və bir çoxunun eyni kanadalı stüardessa Gaëtan Dugas ilə yatdığını qeyd etdi.

1984-cü ildə tapıntılarını dərc edərkən, Darrow şəhər xaricində bir mövzu olan Duqası etiketlədi. Xəstə O (məktub O) “Kaliforniyadan kənarda” və belə qənaətə gəldi ki, Duqas LA-da HİV/AİDS epidemiyasının mərkəzində idi. Tədqiqatçı, yəqin ki, səhv edib Xəstə O üçün Xəstə Sıfır (0). 1987-ci ildə müxbir Randy Shilts nüfuzlu kitabında QİÇS epidemiyasının hekayəsini danışdı: Və Qrup Oynadı, Duqasa istinad edərək xəstə sıfır həmin tədqiqatçının dediklərinə əsaslanıb. Bu, yayılmasına kömək etdi xəstə sıfır əsas cərəyana.

Sonradan müəyyən olundu ki, Duqas əslində həmin şəxs deyil xəstə sıfır- LA-da QİÇS-in yayılmasına kim başladı. 1970-ci illərdə Nyu-Yorkda başlamışdır. Amma ifadə xəstə sıfır ilişib, sinonimi əvəz edir indeks xəstə (və ya indeks işi), 1900-cü illərin əvvəllərində bir çox tibbi kontekstdə qeydə alınmışdır.

Xəstə sıfır tez bir zamanda məşhur leksikona daxil oldu. İlə 1990-cı illər, Bu, məsələn, zombi apokalipsisində ilk yoluxmuş şəxs kimi xəyali ssenariləri təsvir etmək üçün artıq istifadə olunurdu, daha ümumi şəkildə sürətlə yayılan bir epidemiyanın mənşəyini nəzərdə tuturdu.


COVID-19 Xəstə Sıfırı: Məlumat Təhlili Bütün SARS-CoV-2 Genomlarının “Anasını” Müəyyən edir

Molekulyar epidemiologiya sahəsində dünya elmi ictimaiyyəti SARS-CoV-2-nin erkən tarixinin tapmacasını həll etmək üçün səylə çalışır.

İlk SARS-CoV-2 virus infeksiyası 2019-cu ilin dekabrında aşkar edildikdən sonra, onun on minlərlə genomu bütün dünyada ardıcıllıqla sıralanıb və bu, koronavirusun yavaş-yavaş da olsa, ildə hər genomda 25 mutasiya nisbətində mutasiyaya uğradığını ortaya qoyub.

Lakin böyük səylərə baxmayaraq, bu günə qədər heç kim ilk insan yoluxma hadisəsini və ya COVID-19 pandemiyasında “xəstə sıfırını” müəyyən etməyib. Virusun insanlara yoluxmaq üçün ilk növbədə heyvan sahibindən necə sıçraya biləcəyini, həmçinin SARS-CoV-2 viral genomunun zamanla necə mutasiyaya uğradığını və qlobal miqyasda yayılmasının tarixini daha yaxşı başa düşmək üçün belə bir hadisənin tapılması lazımdır.

Temple Universitetinin Genomika və Təkamül Tibb İnstitutunun direktoru Sudhir Kumar, "SARS-CoV-2 virusu artıq dünyada 35 milyondan çox insana yoluxmuş RNT genomunu daşıyır" dedi. "Əcdad genomu dediyimiz bu ortaq əcdadı tapmalıyıq."

Bu progenitor genom bu gün insanlara yoluxan bütün SARS-CoV-2 koronaviruslarının anasıdır.

Xəstə sıfır olmadıqda, Kumar və onun Temple Universitetinin tədqiqat qrupu indi dünya miqyasında molekulyar epidemiologiya detektiv işinə kömək etmək üçün növbəti ən yaxşı şeyi tapmış ola bilər. Tədqiqatın baş müəllifi Sayaka Miura, "Biz yoluxmuş fərdlərdən əldə edilən böyük bir koronavirus genomu məlumat dəstindən istifadə edərək, əcdadın genomunu yenidən qurmağa başladıq" dedi.

Onlar bütün SARS-CoV-2 genomlarının “anasını” tapdılar və onun erkən nəsilləri sonradan mutasiyaya uğrayaraq dünya pandemiyasına hakim olmaq üçün yayıldı. "Biz indi progenitor genomu yenidən qurduq və ən erkən mutasiyaların harada və nə vaxt baş verdiyini xəritələşdirdik" dedi.

Bununla da, onların işi SARS-CoV-2-nin erkən mutasiya tarixinə dair yeni anlayışlar təmin etdi. Məsələn, onların araşdırması bildirir ki, SARS-CoV-2 sünbül zülalının (D416G) mutasiyası tez-tez artan yoluxuculuq və yayılma ilə əlaqəli bir çox başqa mutasiyadan sonra, COVID-19-un başlamasından həftələr sonra baş verib. Tədqiqatın baş həmmüəllifi Sergey Pond dedi: "O, demək olar ki, həmişə bir çox digər zülal mutasiyaları ilə yanaşı tapılır, ona görə də onun artan yoluxmada rolunu müəyyən etmək çətindir".
SARS-CoV-2-nin erkən tarixinə dair tapıntılarına əlavə olaraq, Kumar qrupu bir insana yoluxan və ya qlobal bir bölgəni müstəmləkə edən suşları və alt ştammları tez tanımaq üçün mutasiya barmaq izlərini inkişaf etdirdi.

Pandemiya üçün sifariş

Progenitor genomu müəyyən etmək üçün onlar mutant ştammların klonal analizinə və SARS-CoV-2 genomlarında cüt mutasiyaların birlikdə görünmə tezliyinə əsaslanan mutasiya sifarişi analizi texnikasından istifadə ediblər.

Əvvəlcə Kumarın komandası COVID-19-a səbəb olan virus olan SARS-CoV-2-nin təxminən 30.000 tam genomu haqqında məlumatları süzdü. Ümumilikdə, onlar hər birində ən azı 28.000 ardıcıllıq məlumatı olan 29.681 SARS-CoV-2 genomunu təhlil etdilər. Bu genomlar 24 dekabr 2019-cu il və 07 iyul 2020-ci il tarixləri arasında dünya üzrə 97 ölkə və bölgəni təmsil edən nümunələr götürüb.

Kumar deyir ki, “SARS-CoV-2-nin təkamül ağacının yaradılmasına diqqət yetirildiyi üçün” bu cür böyük məlumat dəstlərinin təhlili ilə bağlı bir çox əvvəlki cəhdlər uğurlu alınmadı. “Bu koronavirus çox yavaş inkişaf edir, təhlil ediləcək genomların sayı çox böyükdür və genomların məlumat keyfiyyəti çox dəyişkəndir. Koronavirusun bu genetik məlumatlarının xassələri ilə başqa bir mənfur xəstəliyin, xərçəngin klonal yayılmasının genetik məlumatları arasında paralellikləri dərhal gördüm.

Kumar qrupu xərçəng xəstələrində şişlərin genetik məlumatlarını təhlil etmək üçün bir çox üsul hazırlayıb və araşdırıb. Onlar bu üsulları uyğunlaşdırdılar və yeniləşdirdilər və avtomatik olaraq ataya qədər izləri olan mutasiya izi qurdular. Kumar, "Əsasən, ilk mutasiyadan əvvəl genom sələfi idi" dedi. “Mutasiya izləmə yanaşması gözəldir və SARS-CoV-2-nin “əsas suşlarının” filogeniyasını proqnozlaşdırır. Bu, bioloji məlumatlı məlumatların əldə edilməsi ilə birlikdə böyük verilənlərin mühüm nümunələri ortaya qoymasının gözəl nümunəsidir.”

Progenitor genom

Kumarın komandası bütün SARS-CoV-2 genomlarının (proCoV2) progenitor (ana) genomunun proqnozlaşdırılan ardıcıllığını aşkar etdi. ProCoV2 genomunda onlar Rhinolophus affinis yarasasında tapılan yaxından əlaqəli koronavirus RaTG13-ün genomu ilə müqayisədə 170 qeyri-sinonim (zülalda amin turşusu dəyişikliyinə səbəb olan mutasiyalar) və 958 sinonim əvəzetmə müəyyən ediblər. Yarasalardan insanlara vasitəçi heyvan hələ də məlum olmasa da, bu, proCoV2 və RaTG13 sekansları arasında 96,12% ardıcıl oxşarlıq təşkil edir.

Daha sonra onlar verilənlər bazasından 1%-dən çox variant tezliyi ilə baş verən 49 tək nukleotid variantını (SNV) müəyyən etdilər. Bunlar mutasiya modellərinə və qlobal yayılmasına baxmaq üçün daha da araşdırıldı.

"Mutasyonlar ağacı ştammlar ağacını proqnozlaşdırır" dedi Kumar. “Siz həmçinin əvvəlcə ştammlar ağacını edə və mutasiyaların sırasını proqnozlaşdıra bilərsiniz. Bununla belə, bu üsul ardıcıllığın keyfiyyətindən çox təsirlənir. Mutasiya nisbəti aşağı olduqda, keyfiyyətin aşağı olması səbəbindən səhvlə həqiqi mutasiyanı ayırd etmək çətinləşir. Qəbul etdiyimiz yanaşma ardıcıllıq səhvlərinə qarşı daha etibarlıdır, çünki genomlar arasında cüt mövqelərin təhlili daha informativdir."

Daha erkən bir zaman çizelgesi ortaya çıxır

Nəticə edilən proCoV2 ardıcıllığını onların kolleksiyasındakı genomlarla müqayisə edərkən, nukleotid səviyyəsində heç bir tam uyğunluq aşkar edilmədi, Kumarın tədqiqat qrupu pandemiyanın başlanğıcının orijinal vaxtının söndürüldüyünü bilirdi.

Kumar, "Bu genomun bəzi insanların istinad ardıcıllığı adlandırdığı ardıcıllıqdan fərqli bir ardıcıllığı var idi. Bu, Çində ilk dəfə müşahidə edilən və GISAID SARS-CoV-2 verilənlər bazasında saxlanılan şeydir" dedi.

Ən yaxın uyğunluq 24 dekabr 2019-cu ildə əlçatan olan ən erkən nümunə götürülmüş virusdan 12 gün sonra nümunə götürülən genomlarla idi. Çoxsaylı uyğunluq nümunə götürülən bütün qitələrdə tapıldı və Avropada 2020-ci ilin aprelində aşkar edildi. Ümumilikdə, Kumar qrupunun təhlil etdiyi 120 genomun hamısında proCoV2-dən yalnız sinonimik fərqlər var idi. Yəni onların bütün zülalları amin turşusu ardıcıllığında müvafiq proCoV2 zülalları ilə eyni idi. Bu zülal səviyyəli uyğunlaşmaların əksəriyyəti (80 genom) Çin və digər Asiya ölkələrində nümunə götürülmüş koronaviruslardan idi.

Bu məkan-zaman nümunələri proCoV2-nin artıq qlobal insan populyasiyasında yoluxdurmaq, yaymaq və davam etmək üçün lazım olan protein ardıcıllığının tam repertuarına malik olduğunu göstərirdi.

Onlar proCoV2 virusunu və onun ilk nəsillərinin proCoV2-nin ən erkən mutasiyalarına və onların yerləşdiyi yerlərə əsaslanaraq Çində yarandığını aşkar ediblər. Bundan əlavə, onlar Çində COVID-19 hallarının ilk aşkarlanması zamanı proCoV2-dən altıya qədər mutasiya fərqi olan ştamların populyasiyasının mövcud olduğunu nümayiş etdirdilər. SARS-CoV-2-nin ildə 25 dəfə mutasiyaya uğraması ilə bağlı təxminlərlə bu, virusun 2019-cu ilin dekabr hadisələrindən bir neçə həftə əvvəl insanlara yoluxması demək idi.

Mutasiya imzaları

İstinad genomunda tapılan mutasiyalardan əvvəl bir çox mutasiyaya dair güclü dəlillər olduğundan Kumar qrupu SARS-CoV-2-ni təsnif etmək üçün mutasiya imzalarının yeni nomenklaturası ilə çıxış etməli və bir sıra yunan hərfi simvollarını təqdim etməklə bunları hesablamalı idi. hər birini təmsil edir.

Məsələn, onlar aşkar ediblər ki, μ və α SARS-CoV-2 genom variantlarının ortaya çıxması COVID-19-un ilk hesabatlarından əvvəl baş verib. Bu, əcdad SARS-CoV-2 populyasiyalarında bəzi ardıcıllıq müxtəlifliyinin mövcudluğunu ciddi şəkildə nəzərdə tutur. 2019-cu ilin dekabrında Çindən nümunə götürülmüş 17 genomun hamısı, o cümlədən təyin olunmuş SARS-CoV-2 istinad genomu hər üç μ və üç α variantını daşıyır. Maraqlıdır ki, tərkibində μ variantı olan, lakin α variantı olmayan altı genom 2020-ci ilin yanvarında Çin və ABŞ-da nümunə götürülüb. Buna görə də, ən erkən nümunə götürülmüş genomlar (təyin edilmiş istinad daxil olmaqla) progenitor ştamlar deyildi.

O, həmçinin COVID-19-un ən erkən mərhələlərində dünyaya yayılan nəsillərin genomunun olduğunu proqnozlaşdırır. Əvvəldən yoluxmağa hazır idi.

"Əcdadın yayılmaq üçün lazım olan bütün qabiliyyəti var idi" dedi Sergey Pond. "Yarasalarda koronaviruslar üzərində güclü seçim olmasına baxmayaraq, yarasalar və insanlar arasında nəsillər arasında seçimə dair çox az dəlil var."

Avtostop mutasiyaları

Bundan əlavə, onlar D416G sünbül zülal mutasiyasını müşayiət edən başqa bir mutasiyanın həmişə olduğuna dair çaşdırıcı sübutlar tapdılar.

"Bir çox insan sünbül zülalının funksional xüsusiyyətlərinə görə mutasiyalarla maraqlanır" dedi Kumar. “Ancaq müşahidə etdiyimiz şey odur ki, sünbül zülalına əlavə olaraq, genomda sünbül zülalında (D416G) dəyişikliklərlə birlikdə həmişə aşkar olunan bir neçə əlavə dəyişiklik var. Biz bunları beta mutasiya qrupu adlandırırıq və sünbül mutasiyası da onlardan biridir. Sünbül mutasiyasının nə etdiyini düşündüyümüzdən asılı olmayaraq, başqa mutasiyaların da iştirak edə biləcəyini unutmamaq daha yaxşıdır. Alternativ olaraq, bu mutasiyalar sadəcə birlikdə avtostop ola bilər, biz hələ deyə bilmərik."

“Maraqlısı odur ki, sünbül zülal mutasiyasını ehtiva edən genom bir çox başqa mutasiyaya məruz qalmışdır. Epsilon mutasiyaları dediyimiz şey (bunlardan 3-ü var) sünbül mutasiyası fonunda baş verib və onlar çox vacib bir zülal olan nukleokapsid (N) zülalında arginin qalıqlarını dəyişdirirlər. Epsilon mutasiyaları Avropada geniş yayılmışdır və onlara həmişə sünbül zülal mutasiyası ilə rast gəlinir. Beləliklə, epsilon mutasiyaları həm Avropada, həm də Asiyada dominant bir qol yaratdı.

Qlobal yayılma

Ümumilikdə, pandemiya başlayandan sonra yaranan yeddi əsas təkamül nəslini müəyyən etdilər, bəziləri Avropa və Şimali Amerikada Çində əcdad nəsillərinin yaranmasından sonra yaranıb.

"Asiya ştammları bütün pandemiyanın əsasını qoydu" dedi Kumar. "Ancaq zaman keçdikcə, Çindən kənarda baş verə bilən (ilk dəfə Yaxın Şərqdə və Avropada müşahidə olunan) epsilon mutasiyasını ehtiva edən sub-ştamm Asiyanı daha çox yoluxdurur."

Onların mutasiya əsaslı təhlilləri, həmçinin Şimali Amerika koronaviruslarının Avropa və Asiyada yayılanlardan çox fərqli genom imzalarına sahib olduğunu müəyyən etdi.

"Bu dinamik bir prosesdir" dedi Kumar. “Aydındır ki, sünbül zülalının dəyişməsindən sonra meydana gəldiyini aşkar etdiyimiz yeni mutasiyaların, üç epsilon, qamma və deltanın ortaya çıxması ilə çəkilmiş çox fərqli yayılma şəkilləri var. Bu mutasiyaların hər hansı funksional xüsusiyyətlərinin pandemiyanı sürətləndirib-sürətləndirmədiyini öyrənməliyik”.

Növbəti addımlar

İrəliləyərək, yeni məlumatlar əldə olunduqca nəticələrini təkmilləşdirməyə davam edəcəklər.

Pond, "Hazırda ardıcıllıqla 100.000-dən çox SARS-CoV-2 genomu var" dedi. Kumar deyir ki, “bu yanaşmanın gücü ondan ibarətdir ki, nə qədər çox məlumatınız varsa, fərdi mutasiyaların və mutasiya cütlərinin dəqiq tezliyini bir o qədər asan deyə bilərsiniz. İstehsal olunan bu variantlar, tək nukleotid variantları və ya SNV-lər, onların tezliyi və tarixi daha çox məlumatla çox yaxşı izah edilə bilər. Buna görə də, təhlillərimiz SARS-CoV-2 filogeniyası üçün etibarlı bir kök əldə edir.

Yeni genomlar bildirildikcə onların nəticələri avtomatik olaraq onlayn olaraq yenilənir (indi 50.000 nümunəni keçib və http://igem.temple.edu/COVID-19 saytında tanış olmaq olar).

“Bu tapıntılar və SARS-CoV-2 ştammlarının intuitiv mutasiya barmaq izlərimiz COVID-19-un necə, nə vaxt və niyə ortaya çıxdığı və yayıldığına dair retrospektiv hazırlamaq üçün çətin çətinliklərin öhdəsindən gəldi. elm, texnologiya, dövlət siyasəti və tibbin səyləri" dedi Kumar.

İstinad: Sudhir Kumar, Qiqing Tao, Steven Weaver, Maxwell Sanderford, Marcos A. Caraballo-Ortiz, Sudip Sharma, Sergei tərəfindən "SARS-CoV-2 və onun COVID-19 pandemiyasındakı dominant qollarının təkamül portreti" LK Pond və Sayaka Miura, 29 sentyabr 2020-ci il, BioRxiv.
DOI: 10.1101/2020.09.24.311845


Koronavirus artıq pandemiyaya çevrilib və bütün dünya bununla mübarizə aparır. Bu, qlobal iqtisadiyyatı iflic vəziyyətinə salıb və bir çox ekspertlər iqtisadi yavaşlamanın olacağını proqnozlaşdırırlar. The Wall Street Journal indi COVID-19 infeksiyasının sıfır xəstəsini müəyyənləşdirdi.

Xəstə sıfır

Koronavirus infeksiyasının sıfır xəstəsi olaraq təyin olunan Wei Guixian, 57 yaşlı karides satıcısıdır. O, Wuhandandır. Guixian virusa yoluxmuş ilk xəstələrdən biri olduğu üçün ona ‘Xəstə sıfır’ deyilir. Qeyd etmək vacibdir ki, bir ay davam edən müalicədən sonra o, minlərlə insanın həyatına son qoyan virusdan tam sağalıb.

Onu da qeyd etmək lazımdır ki, o, ilk xəstə ola bilər, ya da olmaya bilər. O, sıfır xəstə kimi müəyyən edilsə də, eyni zamanda bəzi başqa insanların da virusa yoluxma ehtimalı var.

Wei Guixian dekabrın 10-da Huanan dəniz məhsulları bazarında krevet satarkən soyuqdəymə keçirdi. Hər kəsin edəcəyi kimi, o, adi qripə tutulduğunu güman edirdi. The Mirror, İngiltərənin xəbərinə görə, o, müalicə üçün yerli klinikaya getdi və orada həkim ona adi qripə qarşı iynə vurdu. Bu iynəni almasına baxmayaraq, özünü zəif hiss etməyə davam etdi. Buna görə o, bir gün sonra Wuhandakı On birinci xəstəxanaya baş çəkdi.

Xəstəxanaya baş çəkdikdən sonra da enerji çatışmazlığı və zəiflik davam etdi. Və özünü yaxşı hiss etməyəndə, dekabrın 16-da bölgənin ən böyük xəstəxanasına - Wuhan Union Xəstəxanasına baş çəkdi.

Birlik xəstəxanasında həkimlər Huanan bazarından daha bir neçə hadisə gördükləri üçün Guixian's xəstəliyini "amansız" adlandırdılar. Bu hallarda da oxşar simptomlar var idi. Dekabrın sonunda o, nəhayət, təcrid vəziyyətində idi. Həkimlər koronavirusun yaratdığı sağlamlıq vəziyyətini dəniz məhsulları bazarı ilə əlaqələndiriblər.

Çin xəbər orqanı, The Paper, bu yeni koronavirusun insanlarda beşinci endemik koronavirus ola biləcəyini söylədi. “Koronavirusların növ sərhədlərini keçmək və yeni ev sahiblərinə uyğunlaşma qabiliyyəti var ki, bu da bizə gələcəkdə daha çox koronavirusu daha birbaşa proqnozlaşdırmağa imkan verir.” Koronavirusun yayılmasından sonra Çin canlı bazarı qeyri-müəyyən müddətə bağladı.

Hökumət daha tez hərəkət etsəydi, ölənlərin sayı daha az ola bilərdi

Wei hesab edir ki, o, xəstəliyə bazarda bir neçə başqa satıcı ilə paylaşdığı tualetə görə yoluxmuşdur. Wuhan Bələdiyyə Səhiyyə Komissiyası verdiyi açıqlamada Wei-nin ilk 27 koronavirus xəstəsindən biri olduğunu təsdiqlədi. Bu 27 xəstədən 24-ü Wei də daxil olmaqla, eyni dəniz məhsulları bazarı ilə əlaqəsi var idi.

Dünyada indiyədək 752 830 hadisə qeydə alınıb, onlardan 36 230 nəfər həyatını itirib. Təkcə Hindistanda 1071 hadisə qeydə alınıb, onlardan 29 nəfər ölüb. İtaliya, Almaniya, İspaniya və ABŞ kimi ölkələrdə bu rəqəmlər daha pis olub. Bu rəqəmlər getdikcə artır. Virus ilk dəfə Çinin Wuhan adlı şəhərində qeydə alınıb. İndiyə qədər elm adamları bu virusu müalicə edə biləcək heç bir peyvənd və ya dərman tapmayıblar. Pandemiya başlayandan bəri elm adamları və tədqiqatçılar bu virusun mənşəyini axtarırlar.


'Rekombinasiya' nəzərə alınmaqla

Çinli elm adamları 2020-ci ilin yanvarında ilk SARS-CoV-2 genom ardıcıllığını buraxdıqdan sonra, Belçika, Şotlandiya, Çin, Texas və Pensilvaniyadan çalışan müxtəlif qrup tədqiqatçılar Viroloji adlı vebsaytda birləşdilər və burada öz analizlərini yerləşdirdilər. məlumat. Penn State Universitetinin biologiya üzrə dosenti, PhD Maciej F. Boni deyir: “Bu, üzərində işlədiyim ən sürətli beynəlxalq əməkdaşlıq idi”.

Pandemiyanın mənşəyini araşdırmaq üçün SARS-CoV-2-nin ardıcıllığını təhlil edərkən və onu digər oxşar viruslarla müqayisə edərkən, bu qrup koronavirusların rekombinasiyada xüsusilə mahir olduğunu, yəni virus genomunun parçalanaraq yenidən birləşdiyi faktını diqqətlə nəzərdən keçirdi. digər viruslar tamamilə yeni bir virus meydana gətirir.

"Koronaviruslar mahiyyətcə hər zaman yenidən birləşir" dedi, bu əməkdaşlıqdakı elm adamlarından biri və hesablama virusologiyası professoru və Qlazqo Virus Tədqiqatları Mərkəzinin MRC Universitetinin bioinformatika şöbəsinin rəhbəri David L. Robertson.

O, rekombinasiya prosesinin nəyə bənzədiyini izah edir: Məsələn, yarasalar müxtəlif viruslarla yoluxduqda, bu fərqli viruslar potensial olaraq eyni hüceyrədə təkrarlana bilər. Sonra viral genom bu müxtəlif virusların qarışıq bir versiyası kimi başa çatır. "Problem ondadır ki, bu, sizin virusun təkamül tarixinə baxmaq qabiliyyətinizi çaşdırır" dedi Robertson.

Virus genomunun hansı hissəsinin haradan gəldiyini ayırmaq asan iş deyil. Boni-nin sözlərinə görə, elm adamları SARS-CoV-2-nin eyni altcinsindəki, sarbecoviruslar adlanan müxtəlif viruslardan genom ardıcıllıqlarını götürdülər və virusların müxtəlif hissələrin qarışdığı və uyğunlaşdığı bütün mümkün təkamül tarixlərini yenidən yaratmağa çalışdılar. genomundan. "Bu, hesablama baxımından çox intensivdir və çoxlu hesablama fəndləri tələb edir" deyə Boni yekunlaşdırır. Onlar həmçinin virusun təkamül sürətini, yəni ildə baş verən mutasiyaların sayını hesablayırlar. Bu, onlara iki virusun ortaq əcdadı paylaşdığı məqamı müəyyən etməyə imkan verir.

Bu üsullardan istifadə edərək, Boni, Robertson və onların həmkarları yeni koronavirus və onun ən yaxın məlum qohumları arasındakı əlaqəni başa düşə bildilər: RaTG13 (yuxarıda 2013-cü ildə nümunə götürülmüş yarasa virusu) və 2017 və 2019-cu illərdə nümunə götürülmüş bir neçə panqolin virusu. reseptor bağlayan domeni SARS-CoV-2 ilə demək olar ki, eyni olanlar.

Təhlil göstərdi ki, genetik yaxınlığa baxmayaraq, RaTG13 və SARS-CoV-2 kifayət qədər uzun müddət əvvəl, ola bilsin ki, 1969-cu ildə ayrılıblar. O, eyni zamanda, oxşar panqolin virusu reseptorlarını bağlayan domen üçün izahatın bu xüsusiyyətin mövcud olması ilə bağlı olduğunu irəli sürdü. yarasalarda bütün bu əlaqəli virusların ortaq əcdadları, lakin rekombinasiya səbəbiylə RaTG13-ə aparan nəsildə itdi.

Bu araşdırmanın mühüm tapıntılarından biri virusun yarasalarda təkamül etməsidir, burada virus panqolin kimi digər heyvanlar kimi insanları da yoluxdurmaq qabiliyyətini inkişaf etdirib. “Virus xüsusi olaraq insana uyğunlaşdırılmayıb. Bu, bir az ümumidir, ona görə də digər növlərdən istifadə edə bilir," Robertson deyir.

Bu o deməkdir ki, SARS-CoV-2 indiki yoluxdurma qabiliyyətini əldə etmək üçün insanlarda uzun müddət təkamül etməli deyildi, bu da onun insanlara sıçrayışının Wuhandakı epidemiyadan çox az əvvəl baş verdiyini göstərir. "İnsanlarda daha uzun müddət olmadığına əmin ola bilmərik, amma bunun nə qədər uğurlu olduğunu nəzərə alsaq, düşünürəm ki, bu barədə məlumatımız olardı."

Digər bir qrup alim virusun rekombinasiyaya meylliliyini də nəzərə alaraq çox oxşar nəticələrə gəlib. Berkli Kaliforniya Universitetinin İnteqrativ Biologiya Departamentinin professoru, PhD Rasmus Nielsenin rəhbərlik etdiyi komanda yarasa koronavirusları RATG13 və RmYN02 (genetik olaraq SARS-CoV-2-yə yaxın olan başqa bir virus) parçalandığı qənaətinə gəlib. SARS-CoV-2-dən təxminən 52 və 37 il əvvəl. "Viruslar üçün bu, əslində olduqca uzun müddətdir, çünki bu zaman aralığında çox şey dəyişə bilər" dedi Nielsen.

O qeyd edir ki, bu viruslar SARS-CoV-2-dən ayrıldıqdan sonra 40-50 il ərzində nə baş verdiyini bilmir və yarasalarda tapılan əlaqəli koronaviruslar ilə insanlara yoluxduran yeni koronavirus arasında itkin əlaqə sirr olaraq qalır. Məlumatın ən sadə izahı virusun yarasalardan insanlara keçməsidir, lakin nə vaxt və nə vaxt olduğu bilinmir. Necə bu baş verdi. Oxşar virusların nümunələri Uhandan coğrafi olaraq uzaqda yerləşən mağaralarda tapılıb. Yarasalar tərəfindən yoluxmuş bir şəxs - ola bilsin ki, yarasanın bədən mayeləri, məsələn, tüpürcək, sidik və ya nəcis ilə təmas yolu ilə - Wuhana səyahət etdi? Yoluxmuş yarasa (yaxud yarasalardan virus almış başqa bir heyvan) həmin bölgədəki canlı heyvan bazarlarına gətirilibmi? Hələlik bunlar cavabsız suallardır.

İdeal bir dünyada elm adamları pandemiyaya səbəb olan virusları hələ ortaya çıxmamışdan əvvəl müəyyən edə bilərdilər.


Virusun müalicəsi üçün nə üçün mənşə (xəstə sıfır) tələb olunur? - Biologiya

Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatının Covid-in mənşəyi ilə bağlı təşkil etdiyi birgə beynəlxalq və Çin missiyası keçən həftə hesabatını açıqladı və demək olar ki, əhatə etdiyi hər mövzu üçün daha çox araşdırmaya ehtiyac olduğunu söylədi. Hansı araşdırma və kimin edəcəyi sualdır. Bir hesabatdan: Hesabatda koronavirusun yarasalardakı ehtimal mənşəyinə yönəlmiş çoxsaylı araşdırma xəttinin aparılması təklif edilirdi. Bu nəticəyə gəldi ki, insanlara ən çox ehtimal olunan yol ara heyvandan, bəlkə də vəhşi təbiət fermasındadır. Gələcək səylər arasında 2019-cu ilin dekabrından əvvəl ortaya çıxa biləcək halları axtarmaq və vəhşi təbiət təsərrüfatlarında virusun potensial heyvan mənbələrini izləmək üçün qan banklarının sorğuları ola bilər, komanda təklif etdi. Hesabatın tənqidçiləri Wuhandakı bir laboratoriya hadisəsinin ilk insan infeksiyasına səbəb ola biləcəyi ehtimalını daha çox nəzərdən keçirməyə çalışdılar. Laboratoriya sızması ehtimalını müzakirə etmək üçün virtual olaraq görüşən bir qrup alim və digərləri bu həftə hərtərəfli araşdırma aparmaq üçün bir neçə yoldan bəhs edən açıq məktub buraxdılar. O, "pandemiyanın mənşəyinə dair əsas anlayışları təmin edə biləcək kritik qeydlər və bioloji nümunələrin əlçatmaz qaldığını" iddia edərək, əlavə tədbirlər görməyə çağırdı.


Xəstəni sıfır tapmaq niyə bu qədər vacibdir?

Beləliklə, bu postu yaratmazdan əvvəl bir az axtarış etdim. İndi oxudum ki, xəstəni sıfır tapmaq çox faydalıdır, çünki bu, xəstəliyin mənşəyi və infeksiyanın necə başladığına dair ipuçları verir, amma bu belədir? Xəstə sıfır tapmaq üçün daha çox şey varmı?

Xəstə Sıfır nadir hallarda müəyyən edilir və tibbi istifadəsi olmadığı üçün heç kim maraqlanmır. Patient Zero elm adamlarının deyil, elmi olmayan medianın yaradılmasıdır.

Geri qayıtmaq üçün epidemiyaları və ya epidemiyaları izləmək bir qədər faydalı ola bilər erkən hallarda, lakin faktiki Xəstə Sıfırına ehtiyac yoxdur və ya faydalı deyil. Hətta bu, çox vaxt yalnız bir qədər maraqlıdır, çünki problemi müalicə etmək üçün mənbəni bilməyə ehtiyac yoxdur və mənbəni tapmaq üçün hər halda Xəstə Sıfıra ehtiyacınız yoxdur.

Biz hər hansı qeyri-trivial xəstəlik -- Lyme xəstəliyi, HİV, Ebola, Zika, SARS, COVID-19 və s. üçün heç bir Xəstə Sıfırını bilmirik və yenə də, həqiqətən də əhəmiyyət vermirik, çünki bu, heç bir əhəmiyyət kəsb etmir. hər şeyə təsir etmək. Xəstənin Sıfırını bildiyimiz yeganə vaxt, əgər xəstəlik insanlar arasında demək olar ki, yayılmırsa, odur ki, hər bir xəstə Xəstə Sıfırdır (quş qripi, MERS-CoV, Herpes B) və sonra bunun həqiqətən əhəmiyyəti yoxdur, çünki yaxşı, x27t yayıldı.

Bütün "Patient Zero" anlayışı bir yazıçının qeydi səhv başa düşməsi ilə başladı:

Kaliforniyadakı hadisələrin erkən CDC təhlili zamanı xəstə 057 (Dugas) xəstəyə "O" ləqəbini "bölgənin xaricində" lakin başqaları tərəfindən Xəstə Sıfır kimi şərh edildi.


ELI5: Epidemiyada "xəstə sıfır" tapmaq niyə bu qədər vacibdir?

Bu epidemiyadan asılıdır. Ebola kimi nadir xəstəliklər üçün bu vacib idi, çünki insanlar ebolanın haradan gəldiyini bilmək istəyirdilər. İllər heç bir məlum insan olmadan keçə bilərdi, buna görə də ətraf mühitdən, çox güman ki, bir növ heyvandan gəlirdi. Ebola epidemiyaları üçün "pasient sıfır" tapdıqdan sonra siz heyvan sahibləri üçün ehtimal namizədləri müəyyən etmək üçün onların harada yaşadıqlarına, nə etdiklərinə və s.-ə baxa və sonra vəhşi təbiətə keçib həmin heyvanları toplaya bilərsiniz ki, onlar həqiqətən virusa yoluxublar. Əgər bunu edərlərsə, indi hamını xəbərdar edə bilərsiniz ki, siz ebolaya belə yoluxursunuz, ona görə də ehtiyatlı olmağı bilirlər.

Növlərin maneələrini atlaya bilən xəstəliklərin öyrənilməsi, gələcəkdə hansı xəstəliklərin bunu edə biləcəyini də bizə öyrədə bilər, beləliklə, baş verə biləcəyi təqdirdə hazır ola bilərik.

Əgər çox Söz mövzusu xəstəlik haqqında çox az şey bilinir, ötürülmə yolunu izləmək xəstəliyin necə yayıldığını söyləyə bilər. Havadandır? Ətraf mühitdə yaşayır, yoxsa yalnız hostların içərisində? Ev sahibi xaricində nə qədər yaşaya bilər? Hətta insandan insana yayılırmı, yoxsa yoluxmuşların hamısı birindən digərinə keçməkdənsə, eyni mənbəyə məruz qalıb? Legioner xəstəliyi belədir, insandan insana keçmir, çirklənmiş su buxarını tənəffüs yolu ilə keçir. Beləliklə, bir qrup insan bunu əldə edərsə, onların hansı su mənbələrinin yaxınlığında olduqlarına baxa bilərik ki, daha çox insanın bu mənbədən yoluxmasının qarşısını ala bilək.

Redaktə edin: Daha ətraflı məlumat üçün, Mən bu kitabı epidemioloji üsulların ilk dəfə istifadə olunduğu Londonda vəba epidemiyası ilə bağlı tövsiyə edirəm. . . John Snow adlı bir oğlan tərəfindən. Yox, həqiqətən! Budur, eyni mövzuda bir Youtube seriyası.


Alimlər Covid Laboratoriyasının Mümkün Sızması ilə bağlı Aparıcı Tədqiqat aparan Peter Daszakdan qəzəbləndilər

Qəzəb və inamsızlıq ifadələri, EcoHealth Alliance-ın prezidenti Peter Daszakın, mənşəyinə dair araşdırmanın bir hissəsi olaraq, Covid-19-un laboratoriyadan çıxa biləcəyi ehtimalını araşdıracaq İşçi Qrupa rəhbərlik etmək üçün seçildiyi elanını qarşıladı. virusun.

Daszak istintaqı “açıq fikirlə” aparacağına söz verib. Lakin onun SARS-CoV-2-nin laboratoriyadan “ağılsız”, “əsassız”, “qırğın”, “sui-qəsd nəzəriyyələri” və “saf baloney” kimi sızdığına dair əvvəlki təkliflərini rədd etdiyini nəzərə alsaq, bunu təsəvvür etmək çətindir.

Misinformation super-spreader

Daszak’s investigation forms part of the work of the Lancet Covid-19 Commission – a body launched in July to look at the handling of the pandemic and “offer practical solutions”. In a statement, the Commission said it was “extremely important that the research into the origins of SARS-CoV-2 should proceed … in a scientific and objective way that is unhindered by geopolitical agendas and misinformation”.

But Daszak himself is considered a misinformation super-spreader by critics like Rutgers University microbiologist Richard Ebright, who has accused him of lying “on a Trumpian scale”, and the evolutionary theorist Bret Weinstein who has labelled him “Patient Zero for misinformation” on the origins of Covid-19.

A 100-million-dollar-plus conflict of interest

There is also the issue of conflicts of interest. Although Daszak declared in The Lancet that he has “no competing interests” on Covid-19, and likewise told the Washington Post he has “no conflicts of interest”, Alina Chan, a molecular biologist at the Broad Institute, points out that he is a “long-time friend, collaborator and funder of the Shi lab” – the Wuhan Institute of Virology (WIV) lab led by Shi Zhengli that is most often identified as the probable source of any lab leak.

In fact, Daszak’s EcoHealth Alliance has helped finance both the WIV’s bat coronavirus surveillance and its bat coronavirus gain-of-function research (research aimed at making a virus more infective), with the help of multi-million dollar grants from the US government. This, of course, means Daszak’s own activities are material to the subject he is investigating: the origins of a bat-derived coronavirus pandemic that broke out in the very city to which he helped lab workers bring bat coronaviruses for storage, analysis and experimentation.

As Richard Ebright has noted, “For persons who were directly involved in funding, promoting, and/or performing bat coronavirus research and bat coronavirus gain-of-function research at WIV, avoiding a possible finding of culpability for triggering a pandemic is a powerful motivator.” And Daszak would be at the very top of the list of those involved in funding, promoting and collaborating in that research.

More broadly, as Ebright also notes, Daszak's EcoHealth Alliance has received over $100 million in funding from US government agencies for a variety of virus surveillance and virus gain of function work – the kind of work that could be brought into serious question if Daszak found any evidence it contributed to causing the pandemic.

How did The Lancet manage to overlook such an enormous conflict of interest, Ebright wonders, while Dr Filippa Lentzos, an expert on biological threats at King’s College London, tweeted, “Goodness. I can't imagine a lead investigator with more vested interests!”

More misinformation

The Broad Institute’s Alina Chan drily suggests the Lancet Commission “could have also just asked the WIV to investigate themselves directly”, saving the Lancet time, money and effort. After all, Chan points out, if they thought that Daszak’s longstanding Wuhan connections – he has collaborated with Shi Zhengli’s team on coronaviruses for 15 years – meant he would be well placed to reveal what had been going on there, then they were clearly mistaken.

Chan’s comments relate to the publication by the Sunday Times of an Insight investigation into RaTG13 – the bat coronavirus said to be most closely related to SARS-COV-2. Because the Sunday Times’ journalists couldn’t get the WIV to answer any of their questions about RaTG13’s history or the lack of transparency surrounding it, they turned to Peter Daszak for answers.

They wanted to know why if RaTG13 had, as now appears, been collected in 2013 by the WIV from a mine where miners had died from an illness remarkably similar to Covid-19, it took Daszak’s long-time collaborator Shi Zhengli and her team until 2020 to publish a description of the virus. In other words, if they had known about it for 7 years, why was it suddenly produced like a rabbit out of a hat only after the SARS-CoV-2 outbreak was starting to develop into a global pandemic?

Daszak told the Sunday Times that RaTG13 had just been sitting in a WIV freezer for seven years with nobody taking any interest in it before the pandemic broke out. But Alina Chan has shown there’s evidence from an online database that RaTG13 was accessed at WIV repeatedly in 2017 and 2018, even though Daszak had told the Sunday Times that nobody at the WIV “went back to that sample” from 2013 until 2020, or maybe the end of 2019, when they “tried to get full genome sequencing”. It was that sequence that was then published in the journal Nature, showing it to be 96.2% identical to SARS-COV-2.

In fact, after the evidence emerged that RaTG13 was being accessed at the WIV in 2017 and 2018, Shi Zhengli admitted in a Q&A with Science magazine that her WIV team had fully sequenced the most closely related virus genome to SARS-COV-2 back in 2018, i.e. well before the start of the pandemic and not after it had begun, as Daszak had claimed. Such sequencing can, of course, lead on to experimentation.

Gaslighting the media and the public

At the very least, this shows Daszak to be, as Chan tactfully puts it, “misinformed” about a critical issue on which he has made definitive public statements. But some will inevitably suspect him of worse, given his record of gaslighting the media and the public with claims that can easily be shown to be untrue. To take two straightforward instances, he has claimed that “lab accidents are extremely rare”, when all the evidence shows they’re common, and that they “have never led to largescale [disease] outbreaks”, even though a lab leak is widely accepted to have caused a previous pandemic (H1N1 influenza).

In fact, Daszak’s claim has been exposed as a lie once again in the past few days, with news of a leak at a vaccine lab in China causing a brucellosis outbreak that has infected thousands.

Daszak’s appointment “ridiculous”, says Kristian Andersen

In the light of all this, the news of Daszak’s appointment attracted some scornful responses.

The biotech entrepreneur Yuri Deigin tweeted laughter emojis and commented, “No, that’s not The Onion. Truly, a case of ‘we investigated ourselves and found no wrongdoing’.”

Richard Ebright responded, “One could not possibly choose a less appropriate, more conflicted, person to lead the investigation. Unless one chose Zhengli Shi herself.”

Dan Sirotkin, co-author of the first peer-reviewed paper to suggest a possible lab origin for Covid-19, put it more colourfully: “Having Peter Daszak lead this is like having Goebbels chase war criminals.”

Even the Scripps Research Institute biologist Kristian Andersen, one of the most prominent rebutters of a possible lab origin, expressed dismay. “Not the right person for the job. That's ridiculous”, he tweeted.

So why on earth did the Lancet Covid-19 Commission put in charge of an “objective” investigation into the origins of the pandemic someone who:
1. has a $100-million-plus conflict of interest
2. is a long-term friend, collaborator and funder of those he will be investigating
3. has previously dismissed the possibility of a lab leak as “crackpot”
4. and has a track record of seriously inaccurate and misleading statements about the issues in question?

Two things stand out. One is that the chair of the wider Lancet Covid-19 Commission, the American economist Jeffery Sachs, appears to share Daszak’s viewpoint. Sachs is on record as saying that the idea of a WIV lab leak is “illogical”, arguing that “neither the biology nor chronology support the laboratory-release story”.

The other point, given that this is a Lancet Commission, is that while Daszak is viewed by his critics as one of the most conflicted and unreliable voices on this issue, that is not the view promoted by most of the mainstream media, let alone by the science media, of which the Lancet is part. Nor is it the view of the science establishment.

Science or censorship?

Every one of the scathing criticisms of Daszak quoted in this article, most of which come from well credentialed scientists, have been taken from social media. By contrast, the Telegraph, in breaking the news of his appointment, did not print a single word of concern from anybody, and neither did followup press reports.

Niyə də yox? A recent article by Rowan Jacobsen in the Boston Review, profiling Alina Chan, asked if the way the scientific community was responding to the lab leak hypothesis was “science or censorship”. Jacobsen noted how quickly after the start of the pandemic this hypothesis had been ruled out, with Peter Daszak very much to the fore in rubbishing it. Jacobsen says an “unhealthy absolutism set in”, but praises Alina Chan for bucking the trend and probing the issue in an open-minded fashion, and openly and fearlessly communicating her conclusions.

But no one should think that has been an easy path for Chan to follow. She told Jacobsen, “It is very difficult to do research when one hypothesis has been negatively cast as a conspiracy theory.” And researchers like Chan, who have explored the lab leak hypothesis, report experiencing serious difficulties in getting their evidence published in journals.

Even the journal Nature’s Twitter account has become notoriousfor blocking those who suggest a lab origin. And Chan thinks some social media sites are flagging Jacobsen’s Boston Review article as “misinformation” if readers posting links to it suggest SARS-CoV-2 was most likely engineered in a lab. If so, that’s pretty ironic, given that the article is about censorship. And certainly, those less cautious than Chan in expressing their views have had their social media accounts deleted.

So why would internet giants that have dragged their feet over taking down racist and other viciously inflammatory material, or combating rampant climate change disinformation, be so anxious to suppress material about a lab-origin for Covid-19?

The virologist Jonathan Latham, who even had a comment expressing polite disagreement with Daszak removed from the Guardian website, says, “The scientific community has made it very clear that they don’t want to hear about a lab origin. You can see that in the coverage of the pandemic. There was a letter in (the) Lancet calling the lab origin a ‘conspiracy,’ and what you gather from that is that the bigwigs of virology who signed the letter have set up the dynamic that anyone who comes up with reasonable theories is necessarily a conspiracist. Every scientist in the world knows what way the wind is blowing. We want to say that this is outrageous.”

Needless to say, Daszak was one of the bigwig signatories of that Lancet letter. And if more scientists fail to speak out against his appointment as the Lancet Commission’s lead investigator, it will reflect the success of a censorship strategy that has not just allowed Daszak to evade serious scrutiny but to be put in charge of investigating himself and his associates.


The link to Ebola and Zika

The rise of so-called zoonotic diseases over recent decades — from Ebola and HIV to SARS, Zika and more — is not just bad luck. It relates directly to the way we live now, Holmes argues.

An oral history of Ebola

West Africa's Ebola outbreak was ⟊tastrophic' — here's the story of how it was contained.

While humans have always existed alongside both wild, farmed and domesticated animals, with potential for virus transmission ever present, the difference now is profound, he believes.

"We live in these mega cities with globally connected populations, we expose ourselves to wildlife more by deforestation and the wildlife trade," he says. "All those things are fuelling these pandemics."

He argues a focus on finding Patient Zero is misplaced effort. The more important task is to find out what species gave rise to the virus.

"We must find out where it happened and then cut that route off. If it's the wildlife trade, we need to clamp down on that. If it's farming, we need to commit to cut down on those things. We need to find out so we can plug the holes."

National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH


What methods are used to trace the origin of a new virus?

What sort of methods of investigation/experimentation are used to determine/trace the origin of a newly discovered virus? That is to say, When a new virus is discovered, how do we find out where it first appeared?

To add to this, new bacteria pathogens are often identified through a microscope and a series of reaction tests, but viruses are so small and have barely anything to them that using these techniques are near impossible.

All viruses contain either DNA or RNA however, so those can be sequenced and if the sequence is different enough from all other sequences in a database then you have yourself a new virus.

But I think for families of viruses that infect different species, there are analyses/correlations of the virus' proteins coat with the species it is known to infect. When a mutation jumps species, they can look at the total set of proteins in novel virus and see how similar it is to known viruses that infect ducks or pigs or bats, etc.

Here's an article describing how the SARS virus was traced to chinese horseshoe bats https://evolution.berkeley.edu/evolibrary/news/060101_batsars

In my original comment I indicated the protein coats of the virus were analyzed. The paper above actually discusses analyzing the RNA payload of the virus and its variants and the species they infect. These are not exactly the same thing as the RNA payload does more than encode the proteins of the viral coat, but the proteins, the variations in the protein sequences, and how the variations allow the cross species jumping are a major part of the RNA analysis

Do they have a set of typically or likely changes that occur within viruses which make animal-human transference possible/probable/certain?

I know how far tools for molecular biology and computational biology have come over the last 20 years (60, actually), as well as the quantum leap pyrosequencing has brought to the field. I get all that. But damn, it is awesome that we can have a genome as quickly as we can and how fast we can build high confidence phylogenetic trees.

Paper on the kind of data structures that can back this type of analysis https://www.nature.com/articles/s41587-018-0010-1

How does one go about developing a mathematical model about where the virus hits next? What are the dependent variables considered there.

Check the patents? That’s one way to find out

You've gotten a lot of technical jargon about identifying strains and specific dna sequences of viruses but I think you were looking for more about epidemiology, which is the science used in tracking outbreaks, it's very similar to classic detective work and relies a lot on interviews and deductions.

Indeed. While genome comparisons are the gold standard, the traditional way is to much more boring: Ask every patient where they've been, when they were there, what they did there. Was anybody there showing symptoms? Do you remember their name?

Did you travel? Who did you travel with? What was the date on that trip? What train did you take? Do you remember which car? Was anyone on the platform coughing?

Have you been to a farm? Were there pigs there? Did you near them?

How can we get in touch with you if we have more questions?

Also, please spit in this test tube and put the stopper in it for me.

Then start cross-referencing things. For example if everybody who's sick ate at a particular restaurant, you have a pretty easy starting point right there.

I wish this was at the top.

Because it takes a literal tonne of work by way of interviews and tracking of peoples path of contract to track this all down.

Those people put themselves at great risk to understand where these people were, who they interacted with and where they went and then who they interacted with and then work out from there.

The other answer here is great, but would like to add if you are curious about that kind of thing, I recommend "The Hot Zone". It is a book that (at least a part of it) details the search of the origin of the Ebola virus. Reading level at least middle school. I read it in HS for a biology class. I have heard it is required reading in some curriculum.

I feel like it should be pointed out that we still aren’t sure of a lot of Ebola’s secrets. including where the reservoirs of virus are and who the normal host is (basically where it goes between human outbreaks and what animal is the typical host that it can survive in populations of for extended periods without just burning out by killing them all). Bats are a candidate but so are a bunch of monkey and ape species.

Where Coronaviruses Come From

EcoHealth Alliance President Peter Daszak speaks with The Scientist about how pathogens like 2019-nCoV jump species, and how to head off the next pandemic.

Thanks for the link! A really interesting read!

The book "The Coming Plague" by Laurie Garrett is a great resource that talks a lot about the fieldwork that is done to track down such viruses and their origin.

You might enjoy the book "Spillover" by David Quamenn. It covers diseases of animal origin, but follows different diseases from how a disorder in birds passes to humans, to how do you treat it and everything between. A good chunk of this is framed around your question.

A lot of these responses are talking genomics and DNA research. Whilst it is a part of it in understanding the type of disease, strain and how it came to be it's not necessarily what's used for finding out WHERE it came from interms of patient zero.

A comment earlier says it's similar to detective work. Which is correct. Epidemiology is the type of research and it is essentially stats and maths as well as person to person interviews.

Say you have , 8 people who are very sick. You interview all 8 and see that 4 of them happened to eat at the same restaurant a few days earlier, 2 of them had the same type of meal. They could then get ingredient information from restaurant and supplier details and test that.

Edit: Source, BSc Biochemist.

Are you asking about the geographic location where the outbreak started? Or the reservoir or other a-symptomatic place where the virus/bacteria was hanging out before leaping to a symptomatic human host?

The two are related, but not the same question.

Also I have a question, I heard about there being roughly 5 cases of the coronavirus in the US and that they quarantined patient 0 but how would the US government even go about finding someone who has a disease or virus at the airport? With so many people at an airport you’d think once someone who is infected with a contagious sickness got into the main terminals literally everyone would be in close proximity, how do they stop all hell from breaking loose?

You sequence the dna or rna. There are libraries that you can go and compare. The more similar, the closer it is related.

Usually the mutation occurs during replication. Since viruses replicate so fast and repeat that process so often, the mutation vs time seems faster than others organism.

Whole genome sequencing of representative samples (this is tricky because there is never enough, so the quality of your data depends directly on the amount of samples sequenced). If high diversity is observed in a region, meaning that high variation among samples from a certain region is observed compared to samples from other regions, then that’s a strong indicator that said region (the one with higher diversity) is where the virus originated. This applies to almost all microorganisms.

I believe I learned this in an intro epidemology class. They do extensive intakes of all patients in the outbreak that are not just their symptoms, but where they've been, what they have eaten, who they have associated with, etc. From these surveys, they can look to detect common themes or patterns that help them illustrate a common source. For example, we did a case study practice where a number of patients were getting terrible intestinal problems d/t Giaridia, I believe. We could see that there was a common well in the village, and that all the patients who had Giardia had drank water from the well that day (Giardia also happens to be a pathogen that commonly travels through water). In another example on TLC, they were investigating a food poisoning outbreak that was going on for months across several random cities in the United States. Couldn't understand it. Went through a diet intake and survey of the house. Found out all the patients, from different cities, all bought ice cream from a given manufacturer, from a specific LOT, that failed manufacturing standards and turned out to be contaminated.


Videoya baxın: المريض صفر. هل اكتشف فريق التحقيق أول شخص نقل فيروس كورونا (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Male

    Fikrinizi tamamilə bölüşürəm. Mənə elə gəlir ki, bu, əla ideyadır. Mən səninlə razıyam.

  2. Vut

    İçində bir şey var. Thanks for the tip, how can I thank you?

  3. Kazrahn

    Çox dəyərli fikir

  4. Hallwell

    Agree, this is remarkable information

  5. Alard

    Təsadüfi təsadüf mükəmməldir



Mesaj yazmaq