Məlumat

12.3B: Həddindən artıq məhsul yığımı - Biologiya

12.3B: Həddindən artıq məhsul yığımı - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Həddindən artıq məhsul yığımı ekosistemləri pozaraq və bitki, heyvan və digər orqanizm növlərini məhv etməklə biomüxtəlifliyi təhdid edir.

Öyrənmə Məqsədləri

  • Nə üçün həddindən artıq məhsul yığımının biomüxtəlifliyə təhlükə olduğunu izah edin

Əsas Nöqtələr

  • Son vaxtlara qədər insan əhalisi məhdud miqdarda resurslar yığırdı. Bu gün məhsul yığımın və ələ keçirməyin yeni üsulları məhsul yığımına və həddindən artıq istismara kömək edir.
  • Həddindən artıq məhsul yığımı insan əhalisinin eksponensial artımı, bazarların genişlənməsi, artan tələb və ələ keçirmək üçün təkmilləşdirilmiş giriş və üsullar da daxil olmaqla bir neçə amildən qaynaqlanır.
  • Təbii ehtiyatların uzun müddət ərzində həddən artıq yığılması bu resursları qısa müddət ərzində bərpa edə bilməyənə qədər tükəndirir; bəziləri heç vaxt bərpa oluna bilməz.
  • Həddindən artıq məhsul yığımı qlobal biomüxtəlifliyi təhdid edən beş əsas fəaliyyətdən biridir; digərlərinə çirklənmə, introduksiya edilmiş növlər, yaşayış yerlərinin parçalanması və yaşayış yerlərinin məhv edilməsi daxildir.
  • Suda yaşayan növlər, müştərək malların faciəsi kimi tanınan bir vəziyyətə görə, həddindən artıq məhsul yığımı ilə xüsusilə təhdid edilir.

Əsas Şərtlər

  • həddindən artıq istismar: Bitki və heyvanlar da daxil olmaqla təbii ehtiyatların həddindən artıq və zərərli istifadəsi.
  • trol gəmisi: Balıq tutmaq üçün tordan və ya “trol torundan” istifadə edən balıqçı qayığı.
  • zirvə yırtıcısı: Qida zəncirinin zirvəsində olan, digər növləri ovlayan, lakin özünü ovlamayan heyvan.

Həddindən artıq məhsul yığımı

Həddindən artıq məhsul yığımı, həmçinin həddindən artıq istismar adlanır, bərpa olunan resursun gəlirləri azalan nöqtəyə qədər yığılmasına aiddir. Ekoloqlar bu termini təbii ölüm nisbətlərini və çoxalma qabiliyyətini nəzərə alaraq qeyri-davamlı bir sürətlə yığılan populyasiyaları təsvir etmək üçün istifadə edirlər. Termin yabanı dərman bitkiləri, otlaq otlaqları, ov heyvanları, balıq ehtiyatları, meşələr və sulu qatlar kimi təbii ehtiyatlara aiddir. Davamlı həddən artıq məhsul yığımı resursun məhvinə səbəb ola bilər və bu gün qlobal biomüxtəlifliyi təhdid edən beş əsas fəaliyyətdən biridir – çirklənmə, introduksiya edilmiş növlər, yaşayış yerlərinin parçalanması və yaşayış yerlərinin məhv edilməsi ilə birlikdə.

Bütün canlı orqanizmlər yaşamaq üçün resurslara ehtiyac duyurlar. Bu ehtiyatların uzun müddət ərzində həddən artıq yığılması təbii ehtiyatları qısa müddət ərzində bərpa edə bilməyəcək qədər tükəndirə bilər. İnsanlar həmişə yaşamaq üçün lazım olan ərzaq və digər resursları yığıblar; lakin, insan populyasiyaları tarixən kiçik idi və toplama üsulları kiçik miqdarda məhdud idi. İnsan populyasiyasının eksponensial artması, bazarların genişlənməsi və artan tələb, təkmilləşdirilmiş giriş və ələ keçirmək üçün üsullarla birləşərək, bir çox növlərin davamlı səviyyədən kənarda istismarına səbəb olur.

Həddindən artıq məhsul yığımının təsiri

Yuxarıda qeyd edildiyi kimi, davamlı həddən artıq məhsul yığımı biomüxtəlifliyə qarşı əsas təhlükələrdən biridir. Həddindən artıq məhsul yığımı resursun məhvinə, o cümlədən populyasiya səviyyəsində nəsli kəsilməsinə və hətta bütün növlərin yox olmasına səbəb ola bilər. Müəyyən resursların sayının və ya miqdarının tükənməsi onların keyfiyyətini də dəyişə bilər; məsələn, ayaqaltı xurma (Cənub-Şərqi Asiyada rast gəlinən vəhşi xurma ağacı, yarpaqları saman və qida qablaşdırma üçün istifadə olunur) həddindən artıq yığılması onun yarpaq ölçüsünün kiçilməsi ilə nəticələndi.

Həddindən artıq məhsul yığımı təkcə yığılan resursu təhdid etmir, həm də insanlara birbaşa təsir göstərə bilər – məsələn, dərman resursları üçün zəruri olan biomüxtəlifliyi azaltmaqla. Dərman və dərman vasitələrinin əhəmiyyətli bir hissəsi birbaşa və ya dolayı yolla bioloji mənbələrdən əldə edilən təbii məhsullardır. Bununla belə, tənzimlənməmiş və uyğun olmayan məhsul yığımı potensial olaraq həddindən artıq istismara, ekosistemin deqradasiyasına və biomüxtəlifliyin itirilməsinə səbəb ola bilər; Bundan əlavə, bu, resursların alındığı icmaların və dövlətlərin hüquqlarına mənfi təsir göstərə bilər.

Ortaqların faciəsi

Həddindən artıq məhsul yığımı bir çox növlər, xüsusən də suda yaşayanlar üçün ciddi təhlükədir. Ümumi ehtiyatlar – və ya balıqçılıq kimi paylaşılan resurslar – “ümumi malların faciəsi” kimi tanınan iqtisadi təzyiqə məruz qalır, burada mahiyyətcə heç bir kombayn müəyyən bir ərazidən məhsul yığarkən təmkinli davranmaq motivasiyasına malik deyil, çünki həmin ərazi həmin kombayn sahibi deyil. Ümumi ehtiyatların yığılmasının təbii nəticəsi onların həddindən artıq istifadəsidir.

Məsələn, balıqçılıq ərazisi ölkənin ərazi suları daxilində olsa belə, əksər balıqçılıq ümumi resurs kimi idarə olunur; buna görə balıqçıların məhsullarını məhdudlaşdırmaq üçün çox az motivasiyası var və əslində texnologiya balıqçılara həddindən artıq balıq tutmaq imkanı verir. Bəzi balıqçılıq təsərrüfatlarında resursun bioloji artımı, o vaxt və pul başqa yerə yatırılıbsa, balıqçılıqdan əldə edilən mənfəətin potensial artımından azdır. Bu hallarda (məsələn, balinalar) iqtisadi qüvvələr həmişə əhalini balıq tutmağa yönəldəcəklər.

Kaskad effektləri

Növlərin həddən artıq istismarı, xüsusən də yaşayış mühiti zirvə yırtıcısını itirərsə, kaskad effektləri ilə də nəticələnə bilər. Üst yırtıcı itkisi səbəbindən onların yırtıcı növlərində dramatik artım baş verə bilər. Öz növbəsində, yoxlanılmamış ov, əhalinin sayı azalana, bəlkə də məhv olmaq həddinə çatana qədər öz qida ehtiyatlarından həddindən artıq istifadə edə bilər.


Balıq və digər su növləri: Balıqçılıq alətləri və qayıqlar təkmilləşdikcə, balıqçılıq sənayesi balıq və qabıqlı balıqların yığılmasında çox səmərəli olmuşdur. Balıqçılıq sənayesinin sənayeləşməsi və dəniz məhsullarına artan qlobal tələbat insanların okeanlardan, göllərdən və çaylardan davamlı olduğundan daha çox balıq götürməsinə səbəb olur. Qılınc balığı, treska və tuna kimi qiymətli balıqlar kəskin azalmalara məruz qalıb. Böyük Göllərdə həddən artıq balıq ovu ağ balıq, valeya və nərə balıqlarının populyasiyasının azalmasına səbəb olub. Qida təchizatındakı rolundan əlavə, şirin su və dəniz balıqları da akvarium ticarəti üçün tələyə salınır və idman üçün ovlanır.

Quşlar: Bəzi quş növləri idman, yemək və qəfəs-quş ev heyvanları ticarəti üçün toplanır və ya ovlanır (tutuquşular və nəğmə quşları ev heyvanları kimi qiymətləndirilir). Hər il milyonlarla quş beynəlxalq miqyasda ticarət edilir. Qlobal miqyasda təhlükə altında olan quşların 30 faizə yaxını həddindən artıq istismardan, xüsusilə tutuquşular, göyərçinlər və qırqovullardan təsirlənir. Karolina papağanı bir vaxtlar ABŞ-da yeganə tutuquşu növü idi, lakin o, keçən əsrin əvvəllərində qida, məhsulları qorumaq və lələkləri üçün (xanımların papaqlarını bəzəyirdi) nəsli kəsilmək üçün ovlanmışdı.

məməlilər: İnsanlar həmişə məməli növlərini xəz, yemək, idman və buynuzları və ya buynuzları üçün ovlamışlar. Məməlilər həmçinin ev heyvanları ticarəti, zooparklar və biotibbi araşdırmalar üçün tələyə düşürlər. Bu gün qeyri-qanuni ov hələ də bir çox növləri, xüsusən də bədən hissələri ənənəvi tibb üçün dünyanın bəzi yerlərində yüksək qiymətləndirilən pələnglər, kərgədanlar, ayılar və primatlar kimi iri məməliləri təhdid edir.

Amfibiyalar: Amfibiya sinfinin üzvləri ev heyvanları ticarəti, tibb, təhsil (qurbağalar bir çox biologiya dərslərində parçalanır), elmi araşdırmalar və yemək (qurbağanın ayaqları dünyanın bir çox yerində incəlikdir) üçün toplanır və dünyanın hər yerinə göndərilir. . Hazırda federal olaraq qorunan nəsli kəsilməkdə olan bir növ olan Kaliforniya qırmızı ayaqlı qurbağası yemək üçün çox ovlanmışdı və San Fransisko ətrafındakı ərazidə Qızıl Hücum zamanı onun sayı ciddi şəkildə tükənmişdir.

Sürünənlər: Dəriləri və ya qabıqları, yumurtaları, əti və ev heyvanları ticarəti üçün axtarılan sürünənlər bütün dünyada yığılır və satılır. Kemp rsquos ridley dəniz tısbağasının yumurtalarının həddən artıq yığılması onun nəslinin kəsilməsinə gətirib çıxardı və bu gün də nəsli kəsilməkdə olan növdür. ABŞ-da qutu tısbağaları xaricdəki ev heyvanları ticarəti üçün qeyri-davamlı səviyyədə toplanır. Bəzi sürünən dəriləri, məsələn, timsah, piton və monitor kərtənkələ və mdash ekzotik dərilər kimi yüksək qiymətləndirilir.

Onurğasızlar: Bütün məlum heyvan növlərinin ən azı 75 faizi onurğasızlardır. Böcəklər, istiridyələr, ahtapotlar, xərçəngkimilər, dəniz ulduzları, əqrəblər, xərçənglər və süngərlər bu heyvan sinfinin bütün növləridir. Bu gün bir çox onurğasızlar, xüsusən də dəniz onurğasızları və həddən artıq məhsul yığımı riski altındadır. Bir vaxtlar Bay iqtisadiyyatının mühüm bir hissəsi olan Chesapeake Bay istiridyələri indi tənəzzüldədir. Yumurtaları köçəri quşlar, balıqlar və digər orqanizmlər üçün qida olan at nalı xərçəngləri, ilanbalığı və çəmən balıqları üçün yem kimi yığılır. Ahtapotlar ağır balıqçılıq təzyiqi səbəbindən bütün dünyada azalır. Ornamentlər və zərgərlik üçün qabıqlar və mərcanlar toplanır.

Bitkilər: Yerdəki bitkilər yaşamağımız üçün həyati əhəmiyyət kəsb edir və əksər ekosistemlərin əsasını təşkil edir. İnsanlar qida, dərman, tikinti materialları və digər məhsullar hazırlamaq üçün xammal üçün bitkilər yığırlar. Amma biz vəhşi təbiətdən çoxlu bitki götürürük. Bəzi bitkilər, məsələn, səhləblər kolleksiyaçılar tərəfindən o qədər yüksək qiymətləndiriliblər ki, onlar indi nəsli kəsilmək təhlükəsi altındadır və beynəlxalq hüquqla qanuni olaraq brakonyerlikdən qorunur. Amerika jenşenqi kimi bəzi dərman bitkiləri də o qədər həvəslə toplanıb ki, indi onları vəhşi təbiətdə tapmaq çox çətindir. Ağacına görə qiymətləndirilən bir sıra ağac növləri, məsələn, mahogany, həddindən artıq məhsul yığımı səbəbindən təhlükə altındadır.

Mənbələr
Ətraf Mühitin Mühafizəsi Agentliyi
BirdLife International
Həyatın davam etdirilməsi: İnsan sağlamlığı biomüxtəliflikdən necə asılıdır. Chivian, Eric və Aaron Bernstein, Eds. Oxford University Press, New York: 2008.
Qiymətli İrs: ABŞ-da Biomüxtəlifliyin Vəziyyəti. Stein, Bruce A., Lynn S. Kutner və Jonathan S. Adams. Oxford University Press, Nyu-York: 2000.
Milli Elm Fondu
Amfibiya toru
UGA Araşdırması
Cənub-Şərqi Asiyada Vəhşi Təbiət Ticarəti, Dünya Vəhşi Təbiət Fondu
Kempin Ridley tısbağası, NOAA
Həddindən artıq ovlanma, Yaşayış Yerinin İtkisi, İqlim Dəyişikliyi, Worldwatch qarşısında məməli növlərinin azalması
Onurğasızlar: Səssiz Əksəriyyət, Smithsonian Milli Zooparkı və Mühafizə Biologiya İnstitutu


Həddindən artıq məhsul yığımı

Həddindən artıq məhsul yığımı bir çox növlər üçün, lakin xüsusilə suda yaşayan növlər üçün ciddi təhlükədir. Balıqçılıq alimləri tərəfindən nəzarət edilən tənzimlənən kommersiya balıq ovu ilə bağlı çoxlu nümunələr var ki, buna baxmayaraq çöküb. Qərbi Atlantik cod balıqçılığı son vaxtlar ən möhtəşəm çöküşdür. 400 il ərzində olduqca məhsuldar bir balıqçılıq olsa da, 1980-ci illərdə müasir fabrik trol gəmilərinin tətbiqi və balıq ovu üzərində təzyiq onun dayanıqsız olmasına səbəb oldu. Balıqçılığın dağılmasının səbəbləri həm iqtisadi, həm də siyasi xarakter daşıyır. Balıqçılıq ərazisi ölkənin ərazi suları daxilində olsa belə, əksər balıqçılıq ümumi (ortaq) resurs kimi idarə olunur.

Ümumi ehtiyatlar kimi tanınan iqtisadi təzyiqə məruz qalır ümumilərin faciəsi burada mahiyyət etibarı ilə heç bir balıqçının balıqçıya məxsus olmadığı halda məhsul yığımında təmkinli davranmaq motivi yoxdur. Ümumi ehtiyatların yığılmasının təbii nəticəsi onların həddindən artıq istifadəsidir. Böyük balıqçılıq bu təzyiqdən qaçmaq üçün tənzimlənsə də, hələ də arxa planda mövcuddur. Balıq ovuna giriş açıq və nizamsız olduqda və texnologiya balıqçılara həddindən artıq balıq tutmaq imkanı verəndə bu həddən artıq istismar daha da güclənir. Bəzi balıqçılıq təsərrüfatlarında resursun bioloji artımı, o vaxt və pul başqa yerə yatırılıbsa, balıqçılıqdan əldə edilən mənfəətin potensial artımından azdır. Bu hallarda - balinalar nümunədir - iqtisadi qüvvələr həmişə əhalini məhv olmaq üçün balıq tutmağa yönəldəcəklər.

Resurs:

ABŞ-da nəsli kəsilməkdə olan və nəsli kəsilməkdə olan növlər üçün kritik yaşayış mühitinin ABŞ Balıq və Vəhşi Təbiət Xidmətinin interaktiv xəritəsini araşdırın. Başlamaq üçün "Onlayn xəritəçini ziyarət et" seçin.

Əksər hallarda, balıqçılığın nəsli kəsilməsi bioloji nəsli kəsməyə bərabər deyil - bir növün sonuncu balığı nadir hallarda okeandan ovlanır. Eyni zamanda, balıqların məhv olması hələ də balıq növləri və onların ekosistemləri üçün zərərlidir. Həqiqi məhv olma ehtimalının olduğu bəzi hallar var. Balinaların populyasiyaları yavaş-yavaş böyüyür və ovla tamamilə yox olmaq riski altındadır. Nəsli kəsilmək təhlükəsi ilə üz-üzə qalan, məhdud paylanmalı bəzi köpək balığı növləri var. Qrupçular, Karib dənizində həddindən artıq balıq ovu nəticəsində nəsli kəsilmək təhlükəsi altında olan bir sıra növləri əhatə edən, ümumiyyətlə yavaş böyüyən balıqların başqa bir populyasiyasıdır.

Mərcan rifləri bir neçə prosesdən təhlükə ilə üzləşən son dərəcə müxtəlif dəniz ekosistemləridir. Riflər, dəniz yaşayış mühitinin yalnız 1 faizini təşkil etməsinə baxmayaraq, dünyanın dəniz balıq növlərinin 1/3-ə (təxminən 4000 növ) ev sahibliyi edir. Evdəki dəniz akvariumlarının əksəriyyəti mədəni orqanizmlərlə deyil, vəhşi olaraq tutulan orqanizmlərlə doludur. Dəniz növlərinin ev heyvanları ticarəti nəticəsində heç bir növün nəsli kəsildiyi bilinməsə də, bəzi növlərin populyasiyalarının məhsul yığımına cavab olaraq azaldığını göstərən tədqiqatlar var ki, bu da məhsulun bu səviyyələrdə davamlı olmadığını göstərir. Heyvan ticarətinin tısbağalar, amfibiyalar, quşlar, bitkilər və hətta oranqutan kimi bəzi yerüstü növlərə təsiri ilə bağlı narahatlıqlar var.

Resurs:

İnsan rifahının dəstəklənməsi və okean ekosistemlərinin tənəzzülündə dəniz ekosistemlərinin rolunu müzakirə edən qısa videoya baxın.

Kol əti yemək üçün öldürülən vəhşi heyvanlar üçün istifadə olunan ümumi termindir. Ovçuluq bütün dünyada tətbiq edilir, lakin xüsusilə ekvatorial Afrika və Asiyanın bəzi bölgələrində ovçuluq təcrübələrinin bir neçə növün nəsli kəsilmək təhlükəsi ilə üzləşdiyinə inanılır. Ənənəvi olaraq, Afrikada kol əti birbaşa ailələri qidalandırmaq üçün ovlanırdı, lakin bu təcrübənin son kommersiyalaşdırılması indi baqqal mağazalarında kol ətinə malikdir və bu, məhsul yığım nisbətlərini dayanıqsızlıq səviyyəsinə qaldırdı. Bundan əlavə, insan əhalisinin artması kənd təsərrüfatından təmin edilməyən protein qidalarına ehtiyacı artırdı. Kol əti ticarəti ilə təhdid edilən növlər əsasən məməlilərdir, o cümlədən Konqo hövzəsində yaşayan bir çox primatlar.


Mücərrəd

CV: Típicamente, la cacería en bosques tropicales es más intensa cerca de asentamientos humanos, y esto crea gradientes de densidades Animales decrecientes asentamientos. Ekvadorun indiki icmasının ən los terrenos de cacería de heyvanların xüsusi qiymətləndirilməsi üçün xüsusi patron kontekstində. Construimos un modelo epacialmente explícito de interacciones cazador-presa que imitaba la cacería en el poblado e incluía reglas reales de dispersión de Animales. 12 xüsusi kinoteatrlar üçün birləşmiş kosmos və ələ keçirmə modelləri ilə müqayisə edin. Seis especies eran sobre explotadas en parte de o toda el área, y probablemente dos especies más eran sobre explotadas, aunque tasas tasas de dispersión complicaron la interpretación. Previamente istifadə üsulları ilə müqayisə edin. Debido a que nuestro método proporciona información sobre la extensión espacial de la sobre explotación, sostenemos que puede ser specificmente útil para informar a tomadores de solutiones sobre donde establecer áreas sin captura y porjor de estables áreas sin captura y portjoral de labiascare.


Həddindən artıq məhsul yığımının kokos xərçənginin genetik müxtəlifliyinə və genetik populyasiya quruluşuna təsirinin qiymətləndirilməsi

Birgus latro (kokos xərçəngi) yeməli xərçəngkimilərdir və bütün yaşayış sahəsi boyunca ciddi həddən artıq məhsul yığımı yaşamışdır, lakin həddən artıq məhsul yığımının B. latro populyasiyalarında genetik müxtəlifliyə mənfi təsiri aydınlaşdırılmamışdır. Burada, B. latro-nun böyük kişiyə meylli həddən artıq yığımının davam etdiyi Ryukyu adalarında B. latro populyasiyalarında cins nisbəti, bədən ölçüsü və genetik müxtəliflik haqqında məlumat veririk. Tədqiqat populyasiyalarının 2-də cins nisbəti qadınlara nisbətən əhəmiyyətli dərəcədə əyilmişdi və bütün tədqiqat populyasiyalarında böyük kişilər nadir idi, biz bunu cinsiyyət və ölçüyə görə qərəzli məhsul yığımı ilə əlaqələndirdik. Kiçik və böyük fərdlər arasında genetik müxtəliflikdə heç bir fərq tapmadıq, beləliklə, genetik müxtəlifliyin, hətta böyük (yəni yaşlı) fərdlər arasında da artıq məhsul yığımından mənfi təsir göstərmiş ola biləcəyini irəli sürdük. Tədqiqat populyasiyalarının effektiv idarə olunması üçün cins nisbətinin, bədən ölçüsünün və genetik müxtəlifliyin davamlı monitorinqinə ehtiyac var.

Maraqların toqquşması bəyanatı

Müəlliflər heç bir rəqabətli maraqlar bəyan etmirlər.

Rəqəmlər

Nümunə götürmə yerlərini göstərən xəritə…

Nümunə götürmə yerlərini göstərən xəritə B. latro Ryukyu adalarında. ( a…

Sinə uzunluğunu göstərən qutu süjeti...

Dişinin döş uzunluğunu göstərən qutu süjeti ( a ) və kişi (...

Haplotip şəbəkəsi B. latro…

Haplotip şəbəkəsi B. latro hər birində mtDNA COI haplotiplərinin tezliyini göstərən…

Cüt populyasiya genetik arasında əlaqə...

MIG-seq SNP markerlərindən əldə edilən cüt populyasiya genetik məsafəsi ilə coğrafi ...

İstiqamətli nisbi miqrasiya şəbəkələri…

İstiqamətli nisbi miqrasiya şəbəkələri B. latro Nm istifadə edərək divMigrate ilə qurulmuş populyasiyalar.…

Bədən ölçüsünü və…

Bədən ölçüsünü və qadının orta müşahidə olunan fərdi heterozigotluğunu göstərən süjet ( a…


RITES Qısa Qısa Yay Kursları müəllimlərin məzmun üzrə biliklərini dərinləşdirmək və müəllimlər və onların tələbələri üçün sorğu imkanlarını modelləşdirmək üçün nəzərdə tutulmuşdur ki, onlar öz siniflərində texnologiya ilə təkmilləşdirilmiş araşdırmalarımızı həyata keçirirlər. Hər bir kurs ali təhsil tədqiqatçısı və orta təhsil üzrə magistr müəllim, çox vaxt araşdırmanı tərtib edən eyni komanda tərəfindən hazırlanır. Müəllimlərdən iki illik PD proqramının hər yayında iki, 2 ½ günlük qısa kurslar keçməsi tələb olunur. İlk illərində RITES müəllimləri də onları layihə, sorğu və RI elmi peşəkar öyrənmə icması ilə tanış edən oriyentasiya günündə iştirak edirlər.

Başlıq: Dağlardan Qum dənələrinə: Yer Planetinin Dəyişən Üzü

Təlimatçılar: Dr. Beth Laliberte (Rhode Island Universiteti) və Hilary Downes-Fortune (Compass School)

Kursun təsviri: Yerin səthini formalaşdıran daxili və xarici qüvvələr və Yer sistemləri arasında qarşılıqlı təsirlərin təsiri haqqında məlumat əldə edin. Biz praktiki fəaliyyətlər və çöl səfəri vasitəsilə dağların qurulmasından tutmuş hava şəraitinə, eroziyaya və çökməyə qədər geoloji prosesləri araşdıracağıq. Qısa kursun əsas diqqəti yeni NGSS Kəsişmə Konseptlərini və Elmi və Mühəndislik Təcrübələrini Yer Elmlərinin Əsas İdeyalarına necə tətbiq etmək olacaq.

Təklif olunan tarixlər: 7/31 – 8/2 (URI) və 8/5 – 8/7 (RIC)

Başlıq: İqlim Dəyişikliyini Anlamaq və Sinifdə Verilənlərdən İstifadə

Təlimatçılar: Dr. Dawn Cardace (Rhode Island Universiteti) və Amy O'Donnell (RITES) Kursun təsviri: Bu RITES qısa kursu İqlim Dəyişikliyi məsələsinə bioloji, kimyəvi və geoloji obyektiv baxacaq. Sinif tələbələrə müxtəlif məlumat növlərini təhlil etməklə məzmunun necə öyrədiləcəyini modelləşdirəcək. Bu model vahidi ilk qönçələrin partlaması hadisələri, buz nüvələri, dendroxronologiya (ağac halqaları), mineral yataqları, okean kimyası və temperaturdan istifadə edəcək. Dərslərdə qlobal istiləşməni elmdə mürəkkəb bir aktual problem kimi müzakirə edəcək və şagirdin analitik bacarıqlarını gücləndirmək üçün verilənlərdən istifadə edərək dərslərin necə qurulacağı müzakirə olunacaq. Bu sinif NGSS-ə necə cavab verməyi müzakirə edəcək və məlumatlardan istifadə edərək vahidin necə dizayn ediləcəyinə dair nümunə kimi istifadə edilə bilər. Müəllimlər bu kursdan öyrəndikləri strategiyaları öz bölmələrində tətbiq edəcək və bir-birlərinə təqdim edəcəklər. Ünvanlı GSE-lər: ESS1 (5-6) – 3a, ESS1 (Daxili) – 3, ESS1 (7-8) – 4a və 4b, LS2 (9-11) – 3bb Təklif olunan tarixlər: 7/24 – 7/26 (URI)

Fizika Elmləri Komandası Kursları

Başlıq: Kimyəvi və fiziki dəyişikliklər vasitəsilə enerji axını

Təlimatçılar: Dr. Cindy Graham Brittain (Rhode Island Universiteti) və Dr. Robyn Pothier (Koventri Liseyi) Kursun təsviri: Bu kurs iştirakçıları fiziki və kimyəvi dəyişikliklər (dövlətin dəyişməsi və tərkibin dəyişməsi) haqqında ümumi yanlış qavrayışlarını aradan qaldırmaq üçün nəzərdə tutulmuş təlim alətləri və təlim strategiyaları ilə iştirakçıları təchiz etmək niyyətindədir. Kompüter əsaslı modellərin, laboratoriyaya əsaslanan sorğu fəaliyyətlərinin və məqsədyönlü tədris nümayişlərinin/müzakirələrinin birləşməsi tələbələrə öz səhv qavrayışlarını aşkar etməyə imkan verəcək və sonra onları maddənin vəziyyətləri, kimyəvi reaksiyalar və kimyəvi reaksiyalar haqqında güclü, fundamental anlayışla əvəz edəcək. hər ikisinin enerji çevrilməsi. GSE-lərə müraciət edildi: PS1 (7-8)-4 a,b,c, PS2 (7-8)-7a, PS1 (9-11)-5 a,b, PS2 (9-11)-6 a,b Təklif olunan tarixlər: 7/24 – 7/26 (URI) və 8/7 – 8/9 (RIC)

Başlıq: Dövri Trendləri Kəşf edən Təlimatçılar: Dr. Chin Hin Leung (Rhode Island College) və Lenora Goodwin (Mərkəzi Lisey)

Kursun təsviri: Bu kurs iştirakçıları kimya tələbələrini atomların quruluşunu və bu quruluşun atom xassələri və dövri cədvəlin düzülüşünə təsirlərini aktiv şəkildə araşdırmağa cəlb etmək üçün hazırlanmış bir sıra fəaliyyətlərə cəlb edəcəkdir. Birlikdə biz atomların quruluşunun və atomaltı hissəciklər arasındakı qüvvələrin atom radiusu və ionlaşma enerjiləri kimi müəyyən atom xüsusiyyətlərində meyllərlə necə nəticələndiyini araşdıracağıq. Bu araşdırmada tələbələr bir sıra sorğuya əsaslanan fəaliyyətlər vasitəsilə tendensiyalar, dövrilik və effektiv nüvə yükü anlayışlarını inkişaf etdirəcəklər. Şagirdlər elementlərin xassələrini yalnız dövri cədvəldə yerləşmələrinə əsaslanaraq proqnozlaşdıracaqlar. Kurs həmçinin tələbələrin ümumi yanlış təsəvvürlərini üzə çıxaracaq və düzgün konseptual anlayışı yenidən öyrətməyə və möhkəmləndirməyə kömək edəcək strategiyaları özündə birləşdirəcək fəaliyyətlər təklif edəcək. Şagirdləriniz üçün iskele və zənginləşdirmə fəaliyyətləri üçün təkliflər də daxil ediləcək.

Ünvanlı GSE-lər: PS1 (9-11) – 3a, 3b Təklif olunan tarixlər: 7/29 – 7/31 (RIC)

Başlıq: Elektromaqnit Spektr Təlimçiləri: Dr. Ian Dell Antonio (Brown University) və Mary Kutcher (South Kingstown Liseyi) Kursun təsviri: Bu qısa kurs elektromaqnit spektrini araşdıracaq. Orta məktəb araşdırması görünən işığın spektrini hədəfləyir. Orta məktəb araşdırması dalğaların anlaşılmasını hədəfləyir. Şagirdlər elektromaqnit və mexaniki dalğaları fərqləndirəcək, elektromaqnit şüalanma növlərini araşdıracaq və tezlik və dalğa uzunluqları ilə əlaqəli işığın rənglərini araşdıracaqlar. Təklif olunan tarixlər: 7/31 – 8/2 (RIC)

Başlıq: Enerji Mühafizəsi Təlimatçıları: Dr. Ian Dell Antonio (Brown University), John Labriola (Chariho Middle School) və Mary Kutcher (South Kingstown Liseyi) Kursun təsviri: Bu kurs müxtəlif fəaliyyətlər, araşdırmalar, simulyasiyalar və müzakirələrdən istifadə edərək Enerjinin Saxlanılması Qanununa yönəldiləcəkdir. Cazibə və sürtünmə qüvvələrinin hərəkətə və enerjiyə təsiri ilə yanaşı sistemin kinetik və potensial enerjiləri müzakirə olunacaq. Təklif olunan tarixlər: 7/29 - 7/31 (URI) və 8/5 - 8/7 (RIC)

Həyat Elmləri Komandası Kursları

Başlıq: İnsanın Biomüxtəlifliyə Təsirləri: Elmi məqalələri və elmi xəbər məqalələrini sinifdəki təcrübələrlə necə əlaqələndirmək olar Təlimatçılar: Dr. Lucy Spelman (Rhode Island Design School) və Amy O'Donnell (RITES) Kursun təsviri: Bu RITES qısa kursu insan fəaliyyətinin biomüxtəlifliyə və insan sağlamlığına necə təsir etdiyinə dair mürəkkəb mövzunu araşdırmağa yönəldiləcəkdir. Mövzular tələbələrə gen, növ və ekosistem səviyyələrində biomüxtəlifliyin əhəmiyyəti haqqında mükəmməl anlayış əldə etməyə kömək edən model dərslərlə birləşdirilmiş cari əsas məqalələrdən istifadə edilməklə təqdim ediləcək. Sinif kurrikulumun real dünya nümunələri ilə əlaqələndirilməsi üzrə NGSS təcrübəsini necə qarşılamağı təsvir edəcək. Mövzular, əsas bitki toxumlarının patentləşdirilməsinə və genetik cəhətdən dəyişdirilməsinə imkan verən qida təhlükəsizliyinə təhdidlər, alov gecikdiricilər kimi pestisidlər və hormonları pozan kimyəvi maddələrin sağlamlığa necə təsir etdiyini, qida zəncirinə necə daxil olduğunu və davam etdiyini və heyvanların necə qaldığını əhatə edəcək, lakin bununla məhdudlaşmayacaq. qlobal istiləşmə və həddən artıq məhsul yığımının təzyiqlərinə uyğunlaşırlar. Bu sinif insan təsiri nəticəsində növlər və qida şəbəkələrində dəyişikliklərə diqqət yetirəcəkdir. Müəllimlər cari məqalədən istifadə edərək dərsi inkişaf etdirməklə əldə etdikləri bacarıqları ötürəcək və son dərs zamanı bir-birinə təqdim edəcəklər. Ünvanlı GSE-lər: LS2 (9-11) – 3b, LS1 (5-8) – 1a və 1b Təklif olunan tarixlər: 7/29 – 7/31 (RIC)

Başlıq: Biomlar və İqlim

Təlimatçılar: Dr. Erik Roberts (Rhode Island College) və Erin Escher (Portsmouth Orta Məktəbi) Kursun təsviri: Bu kurs bir ekosistemdəki biotik və abiotik amillər arasındakı əlaqəni və bu əlaqənin biomlar adlandırılan qlobal nümunələrlə necə əlaqəli olduğunu öyrənəcək. İllik yağıntıların və temperaturun dəyişməsinin biomlarla qlobal əlaqələri və daxilində yaşayan orqanizmlərin qarşılıqlı asılılığı ilə necə bağlı olduğunu nəzərdən keçirəcəyik. Həmçinin idarə olunan sorğu tapşırığı vasitəsilə iqlim dəyişikliyini və cari biomlarda dəyişiklikləri dəstəkləyən məlumatlarla real dünya əlaqələri yaradan RITES araşdırması da təqdim ediləcək. Bu araşdırma tələbələrə məzmun yaratmaq fəaliyyətləri ilə məşğul olmağa və müqayisə və qrafiklər yaratmaqla iqlim məlumatlarını təhlil etməyə imkan verir. Buraya həmçinin məlumatların toplanması və təhlili, şərhlər vermək və araşdırma zamanı tapılan daxil edilmiş göstərişlərə cavab verməklə öz nəticələrini çatdırmaq üzrə fəaliyyətinə əsaslanan qiymətləndirmə daxildir. GSE-lərə müraciət edildi: LS2 (7-8) – 5a, 5b, 5c və 5d, LS2 (7-8) – 4a və 4b Təklif olunan tarixlər: 7/31 – 8/2 (URI)

Başlıq: Şirin Su Ekosistemi Ekologiyası: Mənə Ev tapın! Təlimatçılar: Leanne Elder (Rhode Island Universiteti) və John Labriola (Chariho Orta Məktəbi) Kursun təsviri: Biz şirin su orqanizmini müşahidə etmək və onun yaşaması üçün ehtiyaclarını müəyyən etmək üçün elmi təcrübələrə əsaslanan sorğu yanaşmasından istifadə edəcəyik. Biz ekosistemin sabitliyinə təsir edən biotik (makroonurğasızlar) və abiotik amillər (su kimyası) haqqında anlayışı inkişaf etdirmək üçün tədqiqat aparan sahədə çalışacağıq. Bundan əlavə, tələbələr şirin su ekosisteminin keyfiyyətinə dair mövqeyi dəstəkləmək üçün məlumatları elektron şəkildə toplamaq və təşkil etmək, eləcə də elmi məlumatları tətbiq etmək bacarıqlarını nümayiş etdirəcəklər. Sinifdən kənar bir gün təcrübəyə hazır olun (islanacaqsınız və bəlkə də palçıqlı olacaqsınız!) Ünvanlı GSE-lər: LS1 (5-8) – INQ+ SAE- 1, LS1 (7-8) – 2, 2c, LS2 (7-8) –5, 5b və 5c Təklif olunan tarixlər: 7/31 – 8/2 (URI)

Başlıq: Hovuzda sürünmək: Sinif Təlimatçılarına Təkamül gətirmək: Ian Jaffe (Rhode Island Universiteti), Buddy Comet (İnduksiya Məşqçisi-RIDE) və David Upegui (Central Falls Liseyi) Kursun təsviri: Müvafiq olaraq "yer üzündəki ən böyük şou" adlandırılan bioloji prinsipləri araşdırarkən bizə qoşulun. Təkamül mövcud olduğu və bu gün bildiyimiz kimi bütün həyatın əsasını təşkil edir. Bu sinif təkamülün prinsiplərini və işini araşdıracaq, onun bütün müasir biologiyanı necə birləşdirdiyini yaxından nəzərdən keçirəcək və təkamülün sinifdə öyrədilməsinin nə üçün indiki kimi heç vaxt daha vacib və ya daha maraqlı olmadığını araşdıracaq. Təklif olunan tarixlər: 7/29 – 7/31 (URI) və 8/7 – 8/9 (RIC)

Fənlərarası Tədqiqatlar Komandası Kursları

Başlıq: Sistemlər, Qida Dövrləri və Biogeokimyəvi Əlaqələr Təlimatçıları: Dr. Dawn Cardace (Rhode Island Universiteti) və Jessica Donohue (RITES) Kursun təsviri: Qida maddələrinin biosfer, geosfer və hidrosferdə hərəkət etdiyi dövrlər və onların tədqiqata təsiri haqqında daha çox məlumat əldə edin. Müəllimlər bu fənlərarası qısa kursda kimya, biologiya və geologiyada ideyaların necə birləşdiyini öyrənəcəklər. URI-nin Yer Elmləri Departamentinin dosenti Dawn Cardace, digər planetlərdə həyatı dəstəkləyə biləcək mümkün mühitləri daha yaxşı başa düşmək üçün araşdırmalarını paylaşacaq. İştirakçılar biotik və abiotik amillərin ətraf mühitə necə təsir etdiyini daha yaxşı başa düşmək üçün Winogradski sütunlarından məlumatları tərtib edəcək və təhlil edəcəklər. GSE-lərə müraciət edildi: LS2 (5-8) – 5a Təklif olunan tarixlər: 7/22 – 7/24 (URI)

Başlıq: Elm sinifində mühəndislik müəllimləri: Josh Beagan (Middletown Orta Məktəbi) Kursun təsviri: Bugünkü elm adamları, astrofiziklərdən tutmuş vəhşi təbiət bioloqlarına qədər, mühəndislik təcrübələrini müxtəlif yollarla istifadə edirlər. İstər unikal tədqiqat alətlərinin layihələndirilməsi, istər məlumatların toplanması yollarının işlənməsi, istərsə də praktiki tətbiqlər hazırlamaqla öz biliklərinin tətbiqi, alimlər problem həlledici olmalıdırlar. Elm sinifinizdə mühəndislik problemlərini necə inkişaf etdirəcəyinizi nümunə ilə öyrənin və tələbələrinizə problemlərin həlli və həllərin dizaynı üçün imkanlar təqdim edin. Müəllimlər model kurrikulu sınayacaq və usta müəllimlərin rəhbərliyi ilə öz fəaliyyətlərini inkişaf etdirəcəklər. Təklif olunan tarixlər: 7/24 – 7/26 (URI)

Başlıq: Elmdə Yazı: Elmi Anlayış və Ünsiyyət Təlimatçılarının Gücləndirilməsi: Dr. Sarah Sweetman (GEMSNet), Caroline Stabile (GEMSNet), Adria Alfano (Nathan Bishop Middle School) və Kerri Krawczyk (Nathan Bishop Middle School) Kursun təsviri: Şagirdlərə elmi dərketmə və ünsiyyət bacarıqlarını inkişaf etdirmək üçün orijinal imkanlar təqdim etmək üçün praktiki çərçivədən necə istifadə edəcəyinizi öyrənin. Yanaşma haqqında anlayışınızı qurarkən praktiki dərslərlə məşğul olun. Bu seminar sizə bu yüksək effektiv strategiyaları cari təcrübənizə daxil etdiyiniz zaman planlaşdırma vaxtı və dəstək verəcəkdir. Təklif olunan tarixlər: 7/22 – 7/24 (URI) və 8/5 – 8/7 (RIC)


Öyrənməyə keçid

İnsan rifahının dəstəklənməsi və okean ekosistemlərinin tənəzzülündə dəniz ekosistemlərinin rolunu müzakirə edən qısa videoya baxın.

Kol əti yemək üçün öldürülən vəhşi heyvanlar üçün istifadə edilən ümumi termindir. Ovçuluq bütün dünyada tətbiq edilir, lakin xüsusilə ekvatorial Afrika və Asiyanın bəzi bölgələrində ovçuluq təcrübələrinin bir neçə növün nəsli kəsilmək təhlükəsi ilə üzləşdiyinə inanılır. Ənənəvi olaraq, Afrikada kol əti birbaşa ailələri qidalandırmaq üçün ovlanırdı, lakin bu təcrübənin son kommersiyalaşdırılması indi baqqal mağazalarında kol əti əldə edir ki, bu da məhsul yığım nisbətlərini dayanıqsızlıq səviyyəsinə qaldırdı. Bundan əlavə, insan əhalisinin artması kənd təsərrüfatından təmin edilməyən protein qidalarına ehtiyacı artırdı. Kol əti ticarəti ilə təhdid edilən növlər əsasən məməlilərdir, o cümlədən Konqo hövzəsində yaşayan bir çox primatlar.


Şəxsi elmi, tədqiqat və təhsil məqsədləriniz üçün bu məqaləni endirin və çap edin.

Tək bir buraxılış alın Elm cəmi 15 ABŞ dolları üçün.

Elm

Cild 314, Buraxılış 5800
03 noyabr 2006-cı il

Məqalə Alətləri

Bu məqalə üçün xəbərdarlıq əlavə etmək üçün daxil olun.

Müəllif: Boris Worm , Edward B. Barbier , Nicola Beaumont , J. Emmett Duffy , Carl Folke , Benjamin S. Halpern , Jeremy BC Jackson , Heike K. Lotze , Fiorenza Micheli , Stephen R. Palumbi , Enric Ala , Kime . John J. Stachowicz, Reg Watson

Elm 03 Noyabr 2006: 787-790

32 tədqiqatın məlumatlarının geniş meta-analizi göstərir ki, dəniz biomüxtəlifliyinin itirilməsi okeanların sağlamlığına getdikcə daha çox xələl gətirir, lakin bu tendensiyalar hələ də geri dönə bilər.


1. GİRİŞ

Yer kürəsinin ən böyük yaşayış yerlərindən biri olan dəniz mühiti qeyri-adi yüksək biomüxtəlifliyi təmsil edir, lakin son bir neçə onillikdə həddən artıq məhsul yığımı, sahillərin inkişafı, çirklənmə və iqlim dəyişikliyi səbəbindən təhlükə altındadır (Lukoschek, 2018). Növlərin diapazonunun tədqiq edilməsi zərurəti biomüxtəlifliyin dəqiq təxminlərindən tutmuş davamlı şəkildə yığılmış, qorunan və ya nəsli kəsilməkdə olan növlərin effektiv idarə olunmasına qədər bir çox bioloji səylərə kömək edəcəkdir (Puckridge et al., 2013). Kriptik müxtəliflik növlərin ən azı morfoloji cəhətdən bir-birindən fərqlənə bilməyəcəyi halları təmsil edir (Bickford et al., 2007), lakin o, biomüxtəlifliyin mürəkkəbliyini qiymətləndirməyə bilər. While the presence of cryptic species poses challenges for biodiversity assessment, approaches incorporating genetic information into evolutionary significant lineages identification, including cryptic species, as well as genetic diversity and divergence estimation have been proven to be essential and expanded to most metazoan taxa, including insects (Nunes et al., 2014 ), amphibians (Vacher et al., 2017 ), birds (Lohman et al., 2010 ), reptiles (Vasconcelos et al., 2016 ), molluscs (Liu et al., 2011 Taylor & Glover, 2005 ), and fishes (Hubert et al., 2012 Shen et al., 2011 ).

The Sillaginidae (Richardson, 1846 ), commonly known as sand whiting or sand borers, is a family of small demersal marine fishes that primarily inhabit inshore waters with sandy substrate or estuarine areas throughout the Indo-West Pacific (IWP) region (McKay, 1985 Nakabo, 2013 Nelson et al., 2016 ). Recently, Sillaginidae species play a significant role in the commercial and recreational fisheries of Pakistan, Australia, China, Japan, Malaysia, Thailand, and Philippines (McKay, 1992 Shao & Chang, 1978 ). Nowadays, these species are facing increasing anthropogenic pressures linked to predator release, overfishing, habitat degradation, and climate change (Brown et al., 2013 ). Drops in Sillaginidae catches have been reported and changes in the abundance are of major conservation concern (Yang et al., 2020 ). However, due to the lack of species-specific data, assessment of the stock status of different species and management of the key species to a fishery sustainability status is still limited and requires knowledge of its species status and distribution.

The taxonomy of Sillaginidae has had a long and convoluted history, and the main reason for the limitation of species-specific data is that species of this family are difficult to distinguish due to their similar external appearance, slight variation in appearance within species, and overlapping distributions (McKay, 1992 ). The description and identification of Sillaginidae species were fragmental until McKay ( 1985 ) classified this family into three genera with 25 species and subsequently increased to 31 species (McKay, 1992 ), whereas Kaga ( 2013 ), based on the morphological characteristics, further revised the Sillaginidae into five genera: Sillaginodes, Sillaginopsis, Sillaginops, SillaginopodysSillago. Moreover, in Sillaginidae, the swim bladder is important in classifying many forms which may be absent, poorly developed or highly complex with various extensions. For example, within this monophyletic group, three genera (Sillago, SillaginopsisSillaginodes) were diagnosed mainly based on morphology of the swim bladder (McKay, 1985 , 1992 ).

With the development of molecular techniques, several species have recently been described in this family. For example, Kaga et al. ( 2010 ) identified a new species, Sillago caudicula, based on the morphological evidence of specimens from Oman. Sonra, Sillago sinica, Sillago suezensis,Sillago shaoi have been described based on morphometrics and DNA barcoding (Gao et al., 2011 Golani et al., 2014 Xiao et al., 2016 ). Recently, Panhwar et al. ( 2018 ) described Sillago panhwari from the northern Arabian Sea. Notably, all these newly described species are morphologically similar to Sillago sihama, which has been thought to occupy large expanses of the IWP. The possibility of further cryptic speciation in this, and other apparently widely distributed Sillaginidaes, needs to be considered.

Such dramatic taxonomic disagreement in Sillaginidae has been due to the lack of understanding in its phylogenetic relationship. To settle these historical arguments relevant to the Sillaginidae phylogeny and diversification, in this study, we applied the analysis of mitochondrial (12S, 16S, Cyt b, and COI) and nucleic (RAG2) markers from a broad location of Sillaginidae species, including 23 valid and two unnamed Sillago species across the IWP. We aim to: (a) reveal the phylogenetic relationships and cryptic diversity of Sillaginidae species (b) reconstruct a comprehensive Sillaginidae phylogeny regarding to their swim bladder evolution and (c) operate a molecular clock analysis calibrated by putative geological events and available fossils. These results would allow us to further investigate the evolutionary history of this family and provide more comprehensive management and conservation implications for Sillaginidae across the IWP region.


Material və üsullar

Specimen collection and DNA extraction and sequencing

The single specimen of Hirudo medicinalis used in the present study- was collected in August 2016 from an unnamed pond close to the town of Kočevje in southeastern Slovenia. The leech was collected by wading into the water and netting swimming leeches. The specimen was identified in the field based on external morphology, following specialized literature 48,49 and later confirmed by dissections. The leech was relaxed by gradual addition of 95% ethanol to pond water and fixed in 95% ethanol it was kept at 4 °C until sequencing to avoid DNA degradation by freeze-thawing procedures.

DNA was extracted from full body tissue avoiding the integument- as this tissue has been shown to exacerbate library creation - and digestive tract. That is, the DNA isolate was derived from gonadal, nervous and muscular tissue in a single extract. The tissues were frozen with liquid nitrogen and macerated using a pestle in a RNase-free Eppendorf tube. DNA was extracted using proteinase K digestion overnight, followed by a standard phenol-chloroform extraction protocol. Genomic DNA fragments >30 Kb were size selected using the HighPass protocol on the BluePippin (Sage Science). Sample indexing and partition barcoded libraries were prepared using the Chromium Genome Library and Gel Bead Kit (10X Genomics) according to manufacturer’s protocols. The Chromium Controller was used to combine a library of 10X Genome Gel Beads with high molecular weight template genomic DNA (0.625 ng), a master mix of enzymes and buffer, and partitioning oil to create droplets containing single gel beads and DNA. During the process, genomic DNA was partitioned across approximately 1 million 10X GEMs. An emulsion containing the GEM partitioned reactions was isothermally incubated (for 3 h at 30 °C for 10 min at 65 °C held at 4 °C), and barcoded fragments ranging from a few to several hundred base pairs were generated. After amplification, half of the emulsion was collected, and GEMs were broken. Finally, the recovered barcoded DNA was size selected for library preparation. Illumina-specific sample indexing was added to the barcoded fragments to generate libraries according to the manufacturer’s instructions. The barcode sequencing libraries were then quantified by qPCR (KAPA Biosystems Library Quantification Kit for Illumina platforms). Sequencing was conducted across half a lane on the Illumina HiSeq X platform at the New York Genome Center (New York, NY, USA) with 2 × 150 paired-end reads based on the manufacturer’s protocols.

Genom montajı və annotasiya

The resulting reads were used as input for Supernova ver. 2.0.1 50 and a pseudo-haploid representation of the assembly was generated using the subcommand mkoutput. The assembly resulted in 21,765 scaffolds, which were then taxonomically assigned using PhymmBL v4.0 51 in order to remove contaminants. The database for taxonomic assignment consisted of representative reference genomes for Bacteria and Archaea from NCBI, as well as the human reference genome, Saccharomyces cerevisiae S288C, and the annelids Capitella teleta Blake, Grassle & Eckelbarger, 2009, Helobdella robusta, and a preliminary draft genome from the leech Macrobdella decora (Say, 1824) (reference genome in progress) the distribution of taxonomic assignments can be found in the Zenodo repository at https://doi.org/10.5281/zenodo.3555585. Two iterative rounds of taxonomic assignment were run, adding the scaffolds assigned to Annelida to the PhymmBL database after each round. A total of 1,836 scaffolds were removed from the H. medicinalis draft assembly.

The remaining 19,929 scaffolds underwent a two-step annotation in MAKER v2.31.10 27 using the transcriptomes of H. verbana (GGIQ00000000.1) and H. medicinalis (GBRF00000000.1) as EST sets and the predicted proteomes for Helobdella robustaCapitella teleta as proteins sets (available from the JGI genome portal [https://genome.jgi.doe.gov/portal/, last accessed January 20 th 2020]). Next, the resulting proteins were compared to the SWISS-PROT database (including splice variants) using BLASTp ver. 2.6.0 + 52 . Additionally, a similarity search was run using InterProScan ver. 5.28-67.0 53 . Gene models with an AED score of 1 were kept only if a significant hit was found. tRNAs were identified using tRNAscan-SE ver. 2.0.0 28 and ncRNAs and other RNA motifs were searched for using Infernal ver. 1.1.2 29 . Repeated content in the genome was identified using RepeatModeler ver. 1.0.11 30 .

BLAST and copy number

The full suite of predicted genes in the genome of H. medicinalis were BLASTed (using BLASTp) against a local database containing known leech-derived anticoagulants, as well as proteins derived from other bloodfeeding organisms. The top hit for each leech-derived anticoagulant was then reciprocally BLASTed against three separate databases: GenBank non-redundant protein database, SWISS-PROT and Pfam. This was done to ensure that the best hits against leech-derived anticoagulants did not find a better hit against another known protein in the global databases. The sequence was not considered an orthologue of the best hit in the leech-derived anticoagulant database if a better hit was found against a completely unrelated protein in either of the three databases. As well, hits against non-leech-derived proteins that have been shown to affect hemostasis were recovered and scrutinized through the same pipeline. SignalP ver. 5.0 54 was used to predict potential signal peptides. If not identified, Phobius ver. 1.01 55 was used as an alternative identifier of a potential signal peptide.

The copy numbers across the genome for each of the hits against well-characterized, leech-derived anticoagulants were estimated by BLASTing the top hit for each protein against the genome. Hits below the cutoff value of 1E −5 , with a query length of at least 50% of the target and with at least 70% sequence similarity were considered good hits and, therefore, a copy of the query sequence. Because several of the targeted anticoagulation factors share similar amino acid compositions, each of the hits were compared the remaining pool to ensure that hits were not counted twice as separate anticoagulation factors. As an initial check of the positioning of the anticoagulants across the genome, we also assessed whether or not hits are adjacent to each other on the same scaffold.


Videoya baxın: Top New Comedy Video 2020New Funny Video 2020Try To Not LaughEpisode-62By hahaidea (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Bendigeidfran

    Doğrudan da! Mən sizin fikrinizi tamamilə bölüşürəm.

  2. Vitaur

    Əlbətdə haqlısan. İçində bir şey və əla düşüncədir. Sizi dəstəkləməyə hazırdır.

  3. Leodegrance

    mesaj əla, təbrik edirəm)))))

  4. Amiram

    the phrase Remarkable and is timely

  5. Dayveon

    Siz səhv edirsiniz. Gəlin müzakirə edək. Mənə PM-ə yazın, danışarıq.

  6. Rald

    not! YOU CAN ONLY KNOW POSITIVE THINKING!

  7. Caellum

    Bravo, nə sözlər ..., əla fikir



Mesaj yazmaq