Məlumat

18.7: Polimorfizmlər - Biologiya

18.7: Polimorfizmlər - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Polimorfizm populyasiyanın ən azı 1% -ində görünən genetik bir variantdır. (məsələn, insan ABO qan qrupları, insan Rh faktoru və insanın əsas histouyğunluq kompleksi). Kəsməni 1% olaraq təyin etməklə, tək bir ailədə baş vermiş və onların nəsilləri arasında yayılmış spontan mutasiyaları istisna edir.

Protein polimorfizmləri

Yuxarıdakı bütün nümunələr allellərin protein məhsullarıdır. Bunlar serologiya ilə müəyyən edilə bilər - yəni zülalın müxtəlif versiyalarını aşkar etmək üçün antikorlardan istifadə etməklə. (Antikorlar bu testdə qırmızı qan hüceyrələrinin yığılmasına səbəb oldu) və elektroforez - zülaldakı amin turşusu dəyişiklikləri onun xalis elektrik yükünü dəyişdirərsə, o, elektrik sahəsində az və ya çox sürətlə miqrasiya edəcək. Fermentlər çox vaxt polimorf olurlar. Populyasiyada bir lokusla kodlanmış fermentin iki və ya daha çox variantı ola bilər. Variantlar amin turşusu ardıcıllığına görə bir qədər fərqlənir və çox vaxt bu, onların elektroforez altında fərqli şəkildə miqrasiya etməsinə səbəb olur. Geli ferment üçün substratla müalicə etməklə onun mövcudluğunu görmək olar.

15 müxtəlif yaşıl ağac qurbağasından toxuma ekstraktlarının elektroforezi (Hyla cinerea) fermentin 4 allel variantını aşkar edir akonitaz (limon turşusu dövrünün fermentlərindən biri). Nəticələr:

  • Səkkiz qurbağa (№2, 3, 4, 6, 7, 9, 12 və 14) allel üçün homozigot idi. M.
  • 8 nömrəli qurbağa allel üçün homozigot idi E.
  • Üç qurbağa (№1, 11, 15). heterozigot üçün MS allellər.
  • İki (№5, 13) heterozigot idi ME.
  • 10 nömrəli qurbağa heterozigot idi MF.

Populyasiyada baş verən fermentin elektroforetik variantları deyilir allozimlər.

Məhdudiyyət Fraqment Uzunluğu Polimorfizmləri (RFLPs)

Zülallar gen məhsullarıdır və buna görə də polimorfik versiyalar sadəcə olaraq gendəki allel fərqlərin əksidir; yəni DNT-dəki allel fərqləri. Çox vaxt bu dəyişikliklər DNT-ni kəsmək üçün məhdudlaşdırıcı fermentlər üçün yeni və ya köhnə yerləri ləğv edir. Fermentlə həzm daha sonra fərqli uzunluqda DNT fraqmentləri istehsal edir. Bunlar elektroforezlə aşkar edilə bilər. Əksər* RFLP-lər gendəki tək nukleotiddə dəyişiklik nəticəsində yaranır və buna görə də bunlar tək adlanır nukleotid polimorfizmləri (SNPs).

Tək Nukleotid Polimorfizmləri (SNP)

DNT ardıcıllığının inkişafı indi populyasiyanın müxtəlif üzvlərindən (yaxud heterozigot fərddən) götürülmüş gen nümunələrinin ardıcıllığı ilə genin allel versiyalarını axtarmağı asanlaşdırır. Ardıcıllığı yalnız bir dəyişmiş nukleotidi aşkar edən allellərə tək nukleotid polimorfizmləri və ya SNP-lər. SNP-lər genin kodlaşdırılmayan hissələrində baş verə bilər ki, onlar protein məhsulunda görünməsin. Onlar RFLP analizində görünməməsi üçün məlum məhdudlaşdırıcı fermentlər üçün kəsmə yerini dəyişdirə bilməzlər. 2005-ci ilin oktyabr ayından etibarən insan genomunda bir milyondan çox SNP müəyyən edilmişdir.

Nömrə Polimorfizmlərini Kopyalayın (CNPs)

Genetik analiz (DNT çipləri və FISH istifadə edərək) insan polimorfizmlərinin başqa bir sinfini aşkar etdi. Bunlar kopya sayı polimorfizmləri bəzi insanlarda rast gəlinən, digərlərində olmayan böyük (minlərlə əsas cüt) təkrarlamalar və ya silinmələrdir. Orta hesabla bir insan digərindən bunlardan 11-i ilə fərqlənir. Əksər xromosomlarda bir və ya daha çox tapılıb və bu siyahı, yəqin ki, natamamdır. Bu DNT-nin əksəriyyəti kodlaşdırılmasa da, bəzilərində funksional genlər yerləşdirilib. Misal: AMY1, tüpürcək amilazanı kodlayan gen, nişastanı həzm edən bir ferment. İnsanlar nüsxələrin sayına görə dəyişir AMY1 onların genomunda.

  • Pəhrizləri nişasta ilə zəngin olan populyasiyalarda (məsələn, bir çox amerikalılar, yaponlar) orta hesabla 7 nüsxə genin var.
  • Aşağı nişastalı qidalarla qidalanan əhali (məsələn, süd məhsulları və balıqların üstünlük təşkil etdiyi Sibirdəki köçəri qəbilələr) orta hesabla cəmi 5 nüsxə təşkil edir.

halda AMY1, nə qədər çox nüsxə varsa, o qədər çox ferment istehsal olunur. Bir insanın otosomal genlər üçün gen sayındakı dəyişikliyə necə uyğunlaşdığı bilinmir (insan dişilərinin iki X xromosomundaki genlərin aktivliyini tək X xromosomu ilə kişilərə uyğunlaşdırmaq üçün tənzimləmə üsulundan fərqli olaraq).

Polimorfizmlər necə faydalıdır?

Polimorfizm analizi geniş istifadə olunur. Doku tipləşdirməsində donor, məsələn, böyrək və alıcı arasında ən yaxşı uyğunluğu tapmaq üçün istifadə olunur. O, xəstəlik genlərini tapmaq üçün istifadə olunur (məsələn, Huntinqton xəstəliyinin geni, xəstəliyin mövcudluğunun xromosomdakı yeri məlum olan RFLP ilə əlaqəli olduğu aşkar edildikdə aşkar edilmişdir). Populyasiya tədqiqatlarında o, populyasiyada genetik müxtəlifliyin dərəcəsini qiymətləndirmək üçün istifadə olunur, o cümlədən:

  • Yuxarıdakı fotoşəkili hazırlayan McAlpine araşdırması, heterozigot qurbağaların homozigotlardan daha uğurlu yetişdiricilər olduğunu müəyyən etdi.
  • Fil suitilərində və çitalarda polimorfizmlərin axtarışı onların az olduğunu və ya heç olmadığını ortaya çıxarıb.
  • İki populyasiyanın ayrı-ayrı növləri və ya eyni növün irqlərini təmsil edib-etmədiyini müəyyən etmək. Bu, nəsli kəsilməkdə olan növlərin qorunması ilə bağlı qanunların tətbiqi üçün çox vaxt vacibdir.

Bir növün miqrasiya nümunələrini izləmək (məsələn, balinalar).

Polimorfizmlər necə yaranır və davam edir?

Onlar tərəfindən yaranır mutasiya. Bəs onları əhali arasında saxlayan nədir? Bir populyasiyada polimorfizmi bir neçə faktor saxlaya bilər.

  • Təsisçi effekti: Əgər populyasiya bir neçə fərddən başlayırsa - onlardan biri və ya bir neçəsi müəyyən bir alleli daşıyırdı - bu allel bir çox nəsildə təmsil oluna bilər. 1680-ci illərdə Ariaantje və Gerrit Jansz Hollandiyadan Cənubi Afrikaya mühacirət etdilər, onlardan biri yüngül metabolik xəstəlik üçün bir allel gətirdi. porfiriya. Bu gün 30000-dən çox Cənubi Afrikalı bu alleli daşıyır və araşdırılan hər bir halda onu bu cütlükdə izləyə bilər - bu, qurucu effektinin əlamətdar nümunəsidir.
  • Genetik sürüşmə: Bir allel təsadüfən tezliyi artıra və ya azala bilər. Əhalinin hər bir üzvü valideyn olmayacaq və hər bir valideyn dəsti eyni sayda nəsil verməyəcək. Təsadüfi genetik sürüşmə adlanan təsir kiçik populyasiyalarda (məsələn, 100 damazlıq cüt və ya daha az) və allel neytral olduqda xüsusilə güclüdür; yəni nə faydalıdır, nə də zərərlidir

Nəhayət, bütün populyasiya allel üçün homozigot ola bilər və ya - eyni dərəcədə ehtimal - allel yox ola bilər. Bu talelərdən hər hansı biri baş verməzdən əvvəl allel bir polimorfizmi təmsil edir.

İki misal azaldılmış genetik sürüşmə səbəbindən polimorfizm:

  • 1900-cü ilə qədər şimalın ovlanması fil suitisi Sakit okean sahillərində yaşayanlar əhalisini cəmi 20 sağ qalana qədər azaldıblar. Ovçuluq bitdikdən sonra əhali bundan geri qayıtdı əhalinin darboğazı bu gün təxminən 100.000 heyvana. Bununla belə, bu heyvanlar araşdırılan gen lokuslarının hər birində homozigotdur.
  • Çitalar, quru heyvanlarının ən sürətlisi, onu müşayiət edən genetik sürüşmə ilə oxşar kiçik populyasiyalı bir dövrdən keçmiş kimi görünür. 52 müxtəlif lokusun müayinəsi hər hansı bir polimorfizm aşkar etməyib; yəni bu heyvanlar 52 lokusun hamısında homozigotdur. Genetik dəyişkənliyin olmaması o qədər dərindir ki, çitalar eyni əkizlər (və doğma siçan suşları) kimi bir-birindən dəri transplantlarını qəbul edəcəklər. Bu qədər az genetik müxtəlifliyə malik olan bir populyasiyanın dəyişən mühitə uyğunlaşmağa davam edib-etməyəcəyi hələ də görülməkdədir.

Təbii seçmə

Nömrə Polimorfizmlərini Kopyalayın

Nüsxələrin müxtəlif sayı AMY1 müxtəlif insan populyasiyalarında olan gen, onların pəhrizindəki nişastanın tərkibindəki fərqlərin təkamül təzyiqindən yarandığı görünür.

Balanslı Polimorfizm

Malyariyanın səbəb olduğu dünyanın bölgələrində (məsələn, Afrikanın hissələri). Plasmodium falciparum ümumidir, oraq hüceyrəli hemoglobin üçün allel də ümumidir. Bunun səbəbi, hemoglobinin "normal" beta zənciri və bir oraq geni üçün bir geni miras alan uşaqların hər iki homozigotdan daha çox sağ qalmasıdır. Oraq alleli üçün homozigot olan uşaqlar oraq hüceyrə xəstəliyindən gənc yaşda ölürlər, lakin "normal" beta zəncirinə görə homozigot olan uşaqlar heterozigotlara nisbətən falciparum malyariyasından daha çox xəstəliyə və ölümə həssasdırlar. Beləliklə, malyariya bölgələrində allelin nisbətən yüksək tezliyi. Təbii seçim heterozigotları hər iki homozigotdan üstün tutduqda, nəticə belə olur balanslaşdırılmış polimorfizm. Homoziqot olduqda zərərli olsa da, bir allelin davamlılığını hesablayır.

Başqa bir misal: prion zülalları

Bütün insan populyasiyaları prion zülalı PrP üçün polimorfikdirC. Prion protein geni ilə kodlanır (PRNP). Allellərdən ikisi 129-cu mövqedə fərqli kodonlara malikdir - bir kodlaşdırma metionin; başqa valin. üçün homozigotluq ya allel prion xəstəliklərinə qarşı həssaslığı artırır. Heterozigot olan insanlar daha davamlıdır. 20-ci əsrin birinci yarısında quru epidemiyasından sağ çıxan (mərhumun toxumalarını yemək 1950-ci ildə qadağan edilmişdi) yaşlı qadınlar üzərində aparılan araşdırma onların 76,7%-nin heterozigot olduğunu göstərdi. Bu cədvəl bu populyasiyada, eləcə də heç vaxt meyitxana bayramı keçirməyən populyasiyada gen tezliklərini müqayisə edir.

Cədvəl 1: M metionini kodlayan alleldir; V valini kodlayan allel.
MMMVVV
Sağ qalanlar0.1330.7670.100
Açıqlanmamış0.2210.5140.264

Sürətli bir hesablama göstərəcək ki, məruz qalmış qadınların genofondu, populyasiya Hardy-Weinberg tarazlığında olsaydı, tapılanlardan çox fərqlidir. Bu vəziyyətdə güclü ölüm seçimi səbəb olur. Açıqlanmamış populyasiyanın genofondu Hardy-Weinberg tarazlığında olmağa yaxındır. Burada yenə təbii seçim heterozigotları hər iki homozigotdan üstün tutmuşdur (və adamyeyənliyin bəşər tarixində daha əvvəl yayılmış ola biləcəyi fərziyyələrinə səbəb olmuşdur).

Təbii və Cinsi Seçim: Soya qoyunlarında balanslaşdırılmış polimorfizm

Hirta Şimali Atlantikada, Şotlandiyanın şimal-qərb sahilindən 100 mil aralıda kiçik bir adadır. 1932-ci ildə ev qoyunlarının kiçik (107) əhalisiOvis qoç) adaya qonşu Soay adasından gətirildi. O vaxtdan bu qoyunların vəhşi olmasına icazə verilib və 1985-ci ildən intensiv şəkildə tədqiq edilib. Qoyunların buynuzları var və erkəklərdə bunlar dişilər üçün rəqabətdə mühüm rol oynayır. Buynuzların ölçüsü tək bir gen lokusundan güclü şəkildə təsirlənir, RXFP2, iki alleli ilə: Ho+HoP.

  • Homoziqot Ho+Ho+ erkəklərin ən böyük buynuzları və daha çox nəsli var, lakin sağ qalma müddəti azalıb.
  • Homoziqot HoPHoP erkəklərin daha kiçik buynuzları var (bəzən hətta qaşınma adlanan kövrək buynuzlar). Bu erkəklər cütləşmədə daha az uğur qazanırlar, lakin sağ qalma müddətini artırdılar.
  • Heterozigot Ho+HoP erkəklər cütləşmədə demək olar ki, uğur qazanırlar Ho+Ho+ kişilər və demək olar ki, eyni dərəcədə sağ qalırlar HoPHoP kişilər. Beləliklə, balansda heterozigotlar hər iki homozigotdan daha çox ümumi uyğunluğa malikdirlər - başqa bir nümunə balanslaşdırılmış polimorfizm. -nin əks təsirləri arasında bir mübadilə kimi yaranır təbii seleksiya (sağ qalma) və cinsi seçim (reproduktiv müvəffəqiyyət) tək gen lokusunda.

Bu tapıntılar haqqında Conston, Susan şəhərində oxuya bilərsiniz. E., və b., Təbiət 502, 93–95, 3 oktyabr 2013.


Trombosit reseptorları

Kenneth J. Clemetson, Jeannine M. Clemetson, Trombositlərdə (Üçüncü Nəşr), 2013

GPVI

GPVI trombositlər üzərində immunoqlobulin (Ig) super ailəsinin mühüm üzvlərindən biridir və α2β1-ə əlavə olaraq, kollagen üçün müəyyən edilmiş digər əsas trombosit reseptorudur. GPVI əvvəllər trombositlərdə tanınsa da, 12 onun funksiyası daha sonra qaranlıq idi. GPVI çatışmazlığı və ya çatışmazlığı olan xəstələrin aşkarlanması bu qlikoproteinin kritik kollagen reseptoru kimi müəyyən edilməsində mühüm addım idi. Müəyyən edilən ilk xəstədə xüsusi kollagenə cavab qüsuru olan trombositlər var idi. 118 GPVI 1999-cu ildə klonlaşdırılmışdır. 119 GPVI olmayan trombositlər hələ də kollagenə zəif cavab verir, lakin konvulksin deyil, bu da göstərir ki, α2β1-in çarpaz bağlanması trombositləri məhdud dərəcədə aktivləşdirmək üçün kifayətdir. 120 GPVI 11-ci Fəsildə ətraflı təsvir edilmişdir.


Polimorfizm növləri

Protein polimorfizmləri

Protein polimorfizmi populyasiyada birdən çox variasiya və ya allel həmin xüsusi genin lokusunu tutduqda baş verir. Beləliklə, bu gen növü qida zülalından anormal ifadələrə səbəb ola bilər və bu, bir çox xəstəliyə səbəb ola bilər.

RFLPs

Ümumiyyətlə, Məhdudiyyət fraqmentinin uzunluğu polimorfizmləri (RFLPs) DNT-nin (Dezoksiribonuklein turşusu) homoloji ardıcıllığında dəyişikliklərdən istifadə edən yeni texnika və ya üsuldur.

Müəyyən bir sıra və ya ardıcıllıqla genlərin yerini və əks-sədasını təyin etmək üçün təkləri və ya fərdləri, populyasiyaları və ya müxtəlif növləri fərqləndirməyə kömək edir.

Nömrə Polimorfizmlərini Kopyalayın (CNPs)

Bu, insanlarda polimorfizmin başqa bir təsnifatıdır. Bunlar bir populyasiyada bir neçə fərddə mövcud olan böyük təkrarlamalar və ya silinmələrdir. Hər bir insan orta hesabla digərindən on bir CNP ilə fərqlənir. Xromosomların əksəriyyətində bir və ya daha çox CNP mövcuddur.

Tək Nukleotid Polimorfizmləri (SNP)

SNP-lər fərdlər arasında ən çox müşahidə edilən genetik varyasyonlardır. Nukleotid bir DNT tikinti blokudur. Hər bir SNP tək nukleotid variantını ifadə edir. Nükleotid olan sitozinin nukleotid olan timin ilə əvəz edilməsi buna misaldır. tək nukleotid polimorfizmi.

Bir genin birdən çox alleli varsa, bu, SNP-nin həmin gendə meydana gəldiyini bildirir. SNP-lər amin turşusu ardıcıllığında dəyişikliklərə də cavabdeh ola bilər. Bununla belə, onların genlə əlaqəsi ilə yanaşı, DNT-nin kodlaşdırılmayan sahələrində tək nukleotid polimorfizmləri də baş verə bilər.

İnsanlarda genetik dəyişkənliyin təxminən 90%-i SNP-lərə görə yaranır. Variasiyaların əksəriyyətinin insanlarda hüceyrə funksiyasına təsir etmədiyi müşahidə olunur. Bununla belə, bəzi tədqiqatlar SNP-lərin xərçəng kimi müxtəlif xəstəliklərin inkişafına səbəb ola biləcəyini göstərdi. Onlar həmçinin dərmanlara fizioloji reaksiyalara təsir göstərə bilər.

DNT polimorfizmi

DNT ardıcıllığı müxtəlif fərdlər arasında əhəmiyyətli dərəcədə fərqlənə bilər. Biz bu dəyişiklikləri kollektiv olaraq adlandırdıq DNT variantları. Əksər DNT variantlarının yaratdığı funksional əhəmiyyət o qədər də aydın deyil. Belə hallarda bu variasiyalar deyilir DNT polimorfizmləri. Polimorfizm, əhalinin təxminən 1% -ində üstünlük təşkil edən DNT ardıcıllığında mövcud olan fərqdir.

Zülal kodlayan genlər insan genomunun yalnız 1%-2%-ni tutur. Buna görə də, daha çox sayda polimorf variasiya gen aktivliyinə birbaşa təsir göstərməyəcəkdir. Ancaq bir polimorfik variasiya düşərsə tənzimləmə bölgəsi bir gen, ciddi funksional təsirlərə səbəb ola bilər.

DNT zülalında amin turşularının dəyişməsi ilə nəticələnən DNT variantları da var. Lakin biz hələ də belə variasiyaları kimi təsnif edirik neytral, xüsusilə DNT zülalının funksiyası amin turşularının dəyişməsindən təsirlənmirsə.

DNT polimorfizmləri müxtəlif məqsədlər üçün faydalıdır. Məsələn, molekulyar təbabətdə istifadə olunur. DNT əlaqə analizi ailələr vasitəsilə xəstəlikləri aşkar etməyə kömək edən bir texnikadır. DNT polimorfizmi üçün də faydalıdır Məhkəmə DNT tiplənməsi.

Ferment və protein polimorfizmi

Fermentlər çoxlu polimorfizm göstərən maddələrdir. Bir növün populyasiyası adətən iki və ya ikidən çox ferment variantını ehtiva edir. Tək bir lokus onları kodlayır. Onların amin turşusu ardıcıllığında kiçik dəyişikliklər var. Bu incə variasiyalar adətən onların elektroforez altında fərqli şəkildə miqrasiya etməsinə səbəb olur.

İnsan populyasiyalarında yaxşı sənədləşdirilmiş bir fenomen kimi tanınır ferment polimorfizmi. Elektroforetik tədqiqatlar insan orqanizmindəki fermentlərin təxminən üçdə birinin təcrübədə olduğunu göstərən nəticələr göstərmişdir. genetik polimorfizm.

Genetik polimorfizm

Yuxarıda göstərilən növlərin hamısı genetik polimorfizmə düşə bilər. Bununla belə, əgər terminə xüsusi diqqət yetirsək, bu, konkret olaraq genlərdəki variasiyaya aiddir. Genetik polimorfizm eyni genetik yeri paylaşan çoxlu allelləri əhatə edən bir polimorfizm növüdür. Həmin populyasiyada ən azı 1% baş vermə tezliyinə malik variantlar nəzərə alınır polimorf.

Genetik polimorflar Onlar mövcud ola bilirlər, çünki populyasiya daxilindəki müxtəlif genotiplər müxtəlif nişlərdə uyğun və faydalı olduqlarını sübut ediblər. Nəticədə əhali onların hamısını saxladı. Beləliklə, müəyyən bir əlamətin variantları həmin populyasiyanın bir hissəsi oldu.

Misal: Pişiklər və itlər piqmentasiya üçün müxtəlif allel birləşmələrinə malikdirlər. Köpəklərdə E lokusunun beş variantı var və onların müxtəlif qarışıqları müxtəlif xəz piqmentasiya nümunələri ilə nəticələnir.

Yanlış təsəvvürlər: polimorfizmlə bağlı iki ümumi yanlış fikir var. Onlar aşağıdakılardır:

Boy kimi əlamətlər davamlı dəyişikliklərə malikdir və onlar da irsi ola bilər, lakin polimorfizm kateqoriyasına daxil deyillər.

Coğrafiyaya görə fərqlənən genin variantları polimorfizmə daxil edilmir, çünki bu termin eyni yaşayış mühitində eyni zamanda mövcud olan variantlara xasdır.


Nəticələr

Illumina HiSeq2000 sıralama maşınında 2 × 95 nukleotid və 2 × 100 nukleotidin və Illumina GAIIx alətində 2 × 150 nukleotidin genomik cütləşdirilmiş oxunuşlarını yaratdıq (Cədvəl 1). 2 × 95-nükleotid oxunuşlu üç HiSeq axını hüceyrəsi zolağı 46,8 milyard ardıcıllıq məlumat bazasına uyğun gələn 246 milyon oxuma cütü ilə nəticələndi. Bu məlumatlar genomik oxunuşların qarışığı idi B. vulgaris (Bv, 99%) və bakteriofaq PhiX174 (PhiX, 1%) standart keyfiyyətə nəzarət kimi daxil oldu. 99% genomik DNT ehtiva edən 2 × 100-nükleotid oxu cütlərindən ibarət bir HiSeq axını hüceyrə zolağı A. thaliana (At) və 1% PhiX, 14,3 milyard ardıcıl bazaya uyğun gələn 71 milyon oxuma cütü ilə nəticələndi. Yalnız PhiX ehtiva edən bir zolaq GAIIx-də ardıcıllıqla sıralandı və uzunluğu 2 × 150 nukleotid (2,7 milyard əsas) olan 9 milyon oxunan cüt əldə etdi.

Xam oxunuşların xüsusiyyətləri və filtrləmə meyarları

Birinci keyfiyyətin qiymətləndirilməsi kimi biz xam oxunma ardıcıllıqlarını və onların əsas zəng proqramı tərəfindən təyin edilmiş müvafiq keyfiyyət qiymətlərini təhlil etdik. Illumina bazasına zəng edən proqram, çağırılan bazanın səhv olması ehtimalını əks etdirən hər bir baza üçün keyfiyyət xalını hesablayır.Hesablama müvafiq baza üçün siqnalın qeyri-müəyyənliyini, eləcə də qonşu bazaların keyfiyyətini və bütün oxunuşun keyfiyyətini nəzərə alır. Keyfiyyət balı Q Q = -10 log ilə müəyyən edilir10(P) məsələn, Q = 30 ehtimala uyğundur P = 0.001 ki, bir baza səhv çağırılıb. Əsas zəng proqramı tərəfindən təyin edilmiş Q üçün mümkün olan ən yüksək dəyər 40-a uyğundur P = 0.0001.

HiSeq-də ardıcıllıqla tərtib edilmiş nümunələrdə bütün əsasların 80%-nin (Bv + PhiX, oxunma uzunluğu 95 nukleotid) və 74%-nin (At + Phix, 100 nukleotid) keyfiyyət göstəriciləri ən azı 30, PhiX məlumatları üçün isə (150 nukleotid) olmuşdur. ) GAIIx-də ardıcıllıqla bu fraksiya 64% təşkil etmişdir. Orta keyfiyyət balı HiSeq məlumatları üçün Q = 31.8 (Bv + PhiX) və Q = 30.2 (At + PhiX) və GAIIx məlumatları üçün Q = 27.2 olmuşdur. Hər iki platforma üçün oxunan cütün ilk oxunuşu ikinci oxunuşdan bir qədər yaxşı orta keyfiyyət ballarına malik idi. Hər iki oxunuş arasında Q fərqi müvafiq olaraq 0,3 (HiSeq) və 1,7 (GAIIx) diapazonunda idi.

Çağırılmamış əsaslar ardıcıllıqla "nöqtə" və keyfiyyət sətirində "B" ilə təmsil olunur (keyfiyyət qiymətləri Q = 2 keyfiyyət qiymətinə uyğun olaraq ASCII simvolları ilə təmsil olunur). Bütün HiSeq məlumat dəstində bütün əsasların 1,4%-i çağırılmamış, bütün oxunmaların 2,4%-nə təsir etmişdir və bütün oxunuşların 0,5%-i tamamilə çağırılmamış əsaslardan ibarət olmuşdur. GAIIx məlumat dəstində biz bütün əsasların 14%-nin çağırılmadığını, bütün oxunmaların 16%-nə təsir etdiyini və bütün oxunuşların 7%-nin tamamilə çağırılmadığını tapdıq (Cədvəl 1).

Ardıcıllıq oxunmasının 3' ucunun keyfiyyəti fazalı artefaktlar kimi səbəblərə görə aşağı ola bilər. Əgər oxunuşun 3' sonundakı bazaların əksəriyyəti Q ≤ 15 keyfiyyət qiymətlərinə malikdirsə, baza çağıran proqram bütün seqmenti etibarsız hesab edir və bu seqmentin əsaslarına Q = 2 qiymətləri təyin edir ("B" ilə təmsil olunur). keyfiyyət sətirində, çağırılmamış əsaslar kimi). Illumina oxunuşun bu hissəsini əlavə təhlildə istisna etməyi tövsiyə edir (CASAVA1.7 İstifadəçi Təlimatı). Aşağıda biz oxunun 3-cü sonundakı ardıcıl B-lər üçün “B-quyruğu” terminindən istifadə edirik, o cümlədən etibarsız adlandırılan əsaslar və çağırılmamış əsaslar. Ən ekstremal hallar - yəni tamamilə B-dən ibarət oxunmalar və ya 3' sonunda yalnız bir B olan oxunuşlar da B-quyruqlu oxunuşlar kimi qəbul edilir. B-quyruqlarında yerləşən əsasların payı HiSeq məlumatlarında 13,8% və GAIIx məlumatlarında 25,8% təşkil etmişdir. Bu B-quyruq bazaları arasında 10,3% (HiSeq) və 53,3% (GAIIx) çağırılmamışdır. B-quyruq uzunluğunun paylanması qısa B-quyruqlarına doğru cüzi artım və tamamilə B-dən ibarət oxunuşlara doğru kəskin artım göstərir. Üstün ölçü, hətta tamamilə çağırılmamış əsaslardan ibarət oxunuşların çıxarılmasından sonra belə tam uzunluqlu B-quyruqdur (Şəkil S3 Əlavə faylda 1). Hər iki HiSeq məlumat dəstində, orta hesabla, tədqiq etdiyimiz bütün oxunuşların 32,8%-nin B-quyruqları və bütün oxunan cütlərin 19,6%-nin hər iki oxunuşda B-quyruğu var idi. GAIIx məlumatlarında bütün oxunuşların 67,9%-nin B-quyruğu, bütün oxunan cütlərin 53%-nin hər iki oxunuşda B-quyruğu var idi. Tamamilə çağırılmamış əsaslardan ibarət oxunuşlar istisna olmaqla, B quyruğunun kəsilməsindən sonra orta oxunuş uzunluğu GAIIx oxunuşlarında 122 bazaya (orijinal oxunuş uzunluğu 150 nukleotid), HiSeq Bv + PhiX nümunəsindən oxunması üçün 85 bazaya (orijinal oxunuş uzunluğu) endirildi. 95 nukleotid) və HiSeq At + PhiX oxunması üçün 74 bazaya qədər (orijinal oxunuş uzunluğu 100 nukleotid).

B-quyruqlarının çıxarılması gözlənilən səhv dərəcəsinə güclü təsir göstərir (Illumina keyfiyyət dəyərlərinə uyğun olaraq hər bir bazanın səhv ehtimalının ortalaması ilə müəyyən edilir). HiSeq Bv + PhiX məlumatlarında B-quyruqlarının çıxarılması gözlənilən səhv dərəcəsini 7,09%-dən 0,16%-ə qədər azaldıb və məlumat çıxışını 11% azaldıb. GAIIx məlumatlarında gözlənilən səhv nisbəti məlumatların həcmini 25,8% azaltmaqla 16,43%-dən 0,23%-ə düşüb. B-quyruğunun çıxarılmasından başqa, Illumina-nın keyfiyyət ölçməsinə əsaslanaraq əlavə filtrlər tətbiq oluna bilər. Biz bir neçə filtrləmə meyarını ayrıca və kombinasiyada sınaqdan keçirdik və nəticədə gözlənilən səhv dərəcələrini qeyd etdik (Cədvəl 2). Illumina proqramı iffət filtrini təqdim etməklə oxu keyfiyyət reytinqini təmin edir. İffət hər ardıcıllıq dövründə dörd mümkün əsasın siqnal intensivliyinin nisbətindən müəyyən edilir. Oxumalar ilk 25 dövr ərzində müəyyən bir iffət kəsilməsindən keçərsə, iffət filtrindən keçmir (ətraflı məlumat üçün Materiallara və üsullara baxın). Aşağıdakı filtrləmə meyarlarının birləşməsi üçün gözlənilən ən aşağı səhv dərəcəsi əldə edilmişdir: B-quyruq kəsmə, keçmiş iffət filtri, çağırılmamış əsasları ehtiva edən oxunuşların çıxarılması, oxunuşların saxlanması yalnız oxunanların birinci yarısının əsaslarının ən azı üçdə ikisi olduqda. Q ≥ 30 keyfiyyət qiymətlərinə malik idi.

Filtrdən keçirilməmiş HiSeq oxunuşlarının GC məzmunu (%GC) gözləniləndən yüksək idi: Bv + PhiX məlumatları üçün 40% və At + PhiX üçün 45.5%. The B. vulgaris istinad ardıcıllığı 35% [8] və %GC-yə malikdir A. thaliana genomu 36% təşkil edir (TAIR10 [9]-dan hesablanır). PhiX oxunuşlarının bir hissəsi (44,7% GC) məlumatların yalnız 1-2% -ni təşkil edir. GAIIx-də sıralanmış PhiX nümunəsi üçün 45,7% olan %GC gözlənilən 44,7% dəyərinə çox yaxındır.

İstinad ardıcıllıqlarına qarşı xam oxunuşların xəritələşdirilməsi

Biz oxunuşları yüksək keyfiyyətli istinad ardıcıllığı ilə müqayisə etməklə ardıcıllığın oxunmasının faktiki keyfiyyətini qiymətləndirdik. Biz 5 kbp bakteriofaq PhiX ardıcıllığından, 110 kbp-lik bir bakteriofaq ardıcıllığından istifadə etdik. B. vulgaris BAC klonu və 30 Mbp xromosom 1 A. thaliana istinadlar kimi (bax: Materiallar və metodlar). Kiçik və gen sıxlığı olan PhiX genomu keyfiyyətə nəzarət kimi Illumina sıralamasında adətən istifadə olunur. Şəkər çuğundurunun çox təkrarlanan genomu var və dən Ərəbidopsis biz tədqiqatımıza müxtəlif uzunluq və xassələrə istinad etmək üçün bütöv bir xromosomun böyük ardıcıllığından istifadə etdik.

Biz bütün məlumat dəstini PhiX istinad genomuna (5,386 bp) qarşı tutduq və Illumina iffət filtrindən keçmiş, adapter ardıcıllığını ehtiva etməyən və düzgün oxunma oriyentasiyası və gözlənilən xəritələmə məsafəsi ilə genomla unikal şəkildə uyğun gələn bütün oxunan cütləri saxladıq. Bu, HiSeq-də ardıcıl olaraq 4,302,400 və 887,009 PhiX oxunuş cütləri (şəkər çuğunduru ilə birlikdə 2 × 95 nukleotid və ya 2 × 100 nukleotid ilə birlikdə) ilə nəticələndi. Ərəbidpozis, müvafiq olaraq) və GAIIx (2 × 150 nukleotid) üzərində ardıcıllıqla 6,405,298 PhiX oxumaq cütü. Aşağıdakı təhlildə bu üç PhiX məlumat dəstini ayırd etmək üçün biz PhiX-95nt, PhiX-100nt və PhiX-GAIIx terminlərindən istifadə edirik.

Şəkər çuğunduru nümunəsi üç HiSeq zolağında ardıcıllıqla tərtib edilmiş bütün genom ov tüfəngi kitabxanasından əldə edilmişdir. İstinad, burada 'ZR' adlanan, bitmiş keyfiyyətə ardıcıllıqla [8] və əvvəllər GA I sıralama alətində [2] istehsal edilən Illumina oxunuşlarının keyfiyyətinə dair tədqiqatda istifadə edilən BAC daxiletmə ZR-47B15 (109,563 bp)-dir. Şəkər çuğundurunun oxunuşları üçün süzgəcdən keçirmə mərhələlərini həyata keçirdik ki, ZR-ə uyğunlaşdırılan, lakin genomun fərqli bölgəsindən yaranan oxunuşları istisna etmək üçün (bax: Materiallar və metodlar). Bu cür yanlış təyin edilmiş oxunuşlar oxunma əhatə dairəsi və oxunma xətası dərəcələri ilə bağlı səhv nəticələrə gətirib çıxara bilər - məsələn, fərqli təkrarlanan bölgələr vəziyyətində. ZR-ni əhatə edən 53,101 oxu əldə etdik (26,495 cüt, 111 tək ton). Bu oxunmuş məlumat dəsti aşağıda Bv-95nt kimi istinad edilir.

The Ərəbidopsis bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı məlumatları bütövlükdə əks etdirildi Ərəbidopsis genom ardıcıllığı. Cütlüklər, əgər Illumina iffət filtrindən keçiblərsə və düzgün oxunma oriyentasiyası və gözlənilən xəritələşdirmə məsafəsi ilə unikal şəkildə xromosom 1-ə uyğun gəlsələr, saxlanılıb, nəticədə 5,815,990 cüt (At-100nt məlumat dəsti kimi istinad edilir).

İstinad ardıcıllığı üzrə paylanmanı oxuyun

Əksər ardıcıllıq tətbiqləri üçün istinad boyunca oxunuşların bərabər paylanması arzu edilir. Klaster yaratma və ardıcıllıq kimyasındakı təkmilləşdirmələr əvvəllər müşahidə edilən qərəzlərin azalmasına səbəb ola bilər [2, 3]. Bununla belə, biz hələ də ZR arayışı üzərində yüksək əhatəli variasiya müşahidə edirik və hətta dərin əhatə olunmuş PhiX genomunda biz 2 faktoru ilə variasiya müşahidə edirik. Şəkər çuğunduru nümunəsində ZR-nin əsas əhatə dairəsi 0-dan 159-a qədər dəyişirdi. qat, orta hesabla 49 qat (Şəkil 1a). PhiX genomu orta hesabla 159,300 dəfə (106,500-dən 224,000-ə qədər) PhiX-95nt məlumatları (Şəkil 1b), 34,710 qat (23,280-dən 49,560-ə qədər) PhiX- və PhiX-GAIIx məlumatları ilə 375,100 dəfə (162,100-dən 508,300-ə qədər). Əvvəlki hesabatlara oxşar olaraq, biz iki bitki nümunəsi üçün %GC və oxunuş əhatəsi arasında müsbət korrelyasiya tapdıq (Əlavə fayl 1-də Şəkillər S1, S4a, b və S6a). PhiX, əksinə, %GC və əhatə dairəsi arasında əhəmiyyətli korrelyasiya göstərməmişdir (Şəkillər S4c-e, S5f və S6b, c Əlavə fayl 1-də). PhiX genomu bitki istinad ardıcıllığından daha yüksək orta %GC (PhiX, 44.7% ZR, 34.8% At, 35.9%) və daha kiçik %GC variasiyası (PhiX-in 1-ci və 99-cu persentilləri, ZR-nin 41-49%-i) ilə fərqlənir. 24-dən 47% -ə qədər At, 20-dən 50% -ə qədər. %GC-nin 31% və 39% arasında olan ZR bölgələrinin seçilməsi açıq şəkildə korrelyasiya göstərdi, lakin 41% ilə 49% arasında olan %GC regionları göstərmədi (məlumatlar göstərilmir). Bu tapıntı onu göstərir ki, %GC-əhatə korrelyasiyasının dərəcəsi istinad ardıcıllığının %GC diapazonundan asılıdır.

(a) Bv-95nt oxunuşları və (b) Phix-95nt oxunuşları üçün oxunan əhatə dərinliyinin paylanması. Oxuma əhatə dairəsi hər bir baza üzrə hesablanmışdır. Üç ayrı hesablamada biz bütün mövqeləri (qara), aşağıdakı bölgələrdəki mövqeləri (qırmızı) və yuxarıdakı bölgələrdəki mövqeləri (mavi) istinadın orta GC məzmunundan (%GC) nəzərdən keçirdik. Regional %GC hər mövqedən yuxarıda 250 baza və aşağı axınında 250 bazadan ibarət bir pəncərə əsasında müəyyən edilmişdir. PhiX-dən fərqli olaraq (b) şəkər çuğunduru nümunəsindəki əhatə dəyişikliyi (a) %GC ilə bağlıdır.

Əhatə dairəsi və xəta dərəcəsi (Əlavə fayl 1-də Şəkil S7a) və ya əhatə dairəsi və orta keyfiyyət balı arasında heç bir korrelyasiya aşkar edilmədi (Əlavə fayl 1-də ZR Şəkil S7b üçün sınaqdan keçirilib).

B-quyruqları ilə oxunuşların yığılması

İntuitiv olaraq, aşağı keyfiyyətli 3' uclarla (keyfiyyət sətirində B quyruğu ilə işarələnmiş) oxuların istinad ardıcıllığı daxilində istənilən mövqedə baş verməsi gözlənilir. Bununla belə, biz B-quyruqlu oxunuşların təsadüfi paylanmadığını, lakin fərqli yerlərdə yığıldığını və bir neçə hallarda toplanmanın demək olar ki, yalnız bir ipdə tapıldığını gördük (Şəkil 2a, Əlavə fayl 1-də Şəkil S8). Gözlənildiyi kimi, orta Q-balları B-quyruqlarının yığıldığı yerə görə azaldı (Şəkil 2b), lakin B-quyruqlarının kəsilməsindən sonra belə, əvvəllər B-quyruqları ilə əhatə olunmuş bölgələr qalan bazalarda hələ də daha aşağı orta Q-balları nümayiş etdirirdi (Şəkil 2). 2c). Bu müşahidə PhiX-95nt məlumatlarında, eləcə də Bv-95nt məlumatlarında aparılıb və PhiX-100nt məlumatları ilə mükəmməl şəkildə təkrarlana bilər (Əlavə fayl 1-də Şəkil S9a-d). PhiX-GAIIx məlumatlarımızı iki HiSeq PhiX məlumat dəsti ilə müqayisə edərkən, bəzi aşağı keyfiyyətli zirvələrin hər iki ardıcıllıq platforması üçün ümumi olduğunu müşahidə etdik (Şəkil S9a, e Əlavə fayl 1-də).

PhiX istinad genomu boyunca aşağı keyfiyyətli əsasların paylanması. Təhlil Illumina PhiX kitabxanasından (PhiX-95nt məlumat dəsti) əldə edilən oxunuşlar üzərində aparılmışdır. (a) B-quyruqlardakı əsasların sayı (oxunun 3' sonunda Q-xalının ardıcıl əsasları = 2) mövqeyə görə. (b) İşlənməmiş oxunuşlarda əsasların orta Q-balı. (c) B-quyruq kəsilmiş oxunuşda əsasların orta Q-balı. (d) Müşahidə edilmiş hər bir baza əvəzetmə xətası dərəcəsi. (a-d) üçün hesablamalar irəli ip (yaşıl) və tərs ip (qırmızı) üçün ayrıca aparılmışdır. B-quyruqları çıxarıldıqdan sonra belə müəyyən bölgələrdə aşağı keyfiyyət dəyərləri yığılmışdır. Müşahidə olunan xəta dərəcələrinin zirvələri artan aşağı keyfiyyətli sayların aşkar edildiyi mövqelərdə baş verir və əksər hallarda pik yalnız bir ipdə müşahidə olunur.

Şəkil 3-dəki nümunə bölgə ZR arayışı daxilində B-quyruqlarının bölgəyə xas yığılmasının tapılmasını təsvir edir. B-quyruq kəsilməsindən əvvəl və sonra bu bölgənin müqayisəsi göstərir ki, istinad ardıcıllığının fərqli bölgəsində sıx şəkildə yığılmış əvəzetmə xətalarının yüksək sayı B-quyruqları çıxarılan kimi yox olur (Şəkil 3a, b). Sonrakı təhlillər göstərdi ki, bu bölgədəki B-quyruqlu oxunuşların 95%-i irəli iplə xəritələndi və bu, aşağı keyfiyyətli oxuların (daha doğrusu, aşağı keyfiyyətli 3' oxunuş hissəsinin) ardıcıl kontekstdə yığılmasını təklif etdi. Bu bölgədə B quyruğu olan bütün oxunan cütlərin yalnız iki oxunuşdan birində B quyruğu var idi. Aşağı keyfiyyətli əsasların yığılması və ardıcıllıq səhvləri, o cümlədən onların istiqamətləndirilməsi Nakamura tərəfindən də müşahidə edilmişdir. və b. [6] bakterial oxu məlumatlarında GAIIx-də ardıcıllıqla sıralanmış, lakin onların işində keyfiyyət dəyərləri oxunmaların səhv hissələrini süzgəcdən keçirmək üçün meyar kimi qəbul edilməmişdir. Onlar daha çox oxunuşları müəyyən sayda əsaslarla kəsdilər və ya müəyyən sayda uyğunsuzluqları ehtiva edən tam oxunuşları çıxardılar. Oxumanın yalnız B-quyruğunu çıxarmaqla biz səhv əsasların böyük əksəriyyətini aradan qaldırırıq və eyni zamanda əhatə itkisini minimuma endirmiş oluruq. B-quyruğunun kəsilməsi səbəbindən əhatə dairəsinin azalmasının təsiri B-quyruğunun yığıldığı bölgələr üçün açıqdır. Bv-95nt-nin B-quyruq kəsilmiş oxunuşlarını yenidən ZR-yə uyğunlaşdırarkən, bütün istinad bazalarının 46%-i əhatə dairəsinin azalmasından təsirləndi (Cədvəl 3), bəzi hallarda əhatə dairəsi tam oxunma ilə əhatə dairəsinin 5%-ə qədər azaldı (B ilə). -quyruq). PhiX oxunuşları üçün B-quyruğunun kəsilməsi genomdakı hər bir bazanın əhatə dairəsini azaldıb, lakin daha dar diapazonda (qalan əhatə dairəsi 68-99%). Bununla belə, median əhatə dairəsi həm ZR, həm də PhiX üçün yalnız 3% azalıb.

ZR istinadının seçilmiş bölgəsində (a) və (b) B-quyruq kəsilməsindən əvvəl oxunuşların uyğunlaşdırılması (63,633-63,662 mövqeləri). Bv-95nt məlumat dəstindən unikal şəkildə xəritələnmiş oxunuşlar Tablet brauzerindən istifadə etməklə vizuallaşdırılıb [17]. İrəli uyğun gələn oxunuşlar boz rəngdə, əks uyğun gələn oxunuşlar mavi rəngdə, uyğunsuzluq əsasları ağ rəngdə göstərilir. Uzun ağ uzanmalar çağırılmayan əsaslardır. Uyğunsuzluqlar bir bölgədə yığılır və demək olar ki, bütün uyğunsuzluqlar B quyruğu çıxarıldıqdan sonra aradan qaldırılır.

Aşağıdakı paraqraflarda ardıcıllıqla səhvlərin təhlili B-quyruq kəsilməsindən sonra həyata keçirilmişdir.

Əvəzetmə xətası dərəcələri və paylamalar

Əvəzetmə xətaları Illumina sıralama məlumatlarında əlavələr və ya silinmələrdən (indels) çox daha tez-tez olur (Cədvəl 4). B-quyruq kəsilmiş və adaptersiz PhiX-95nt oxunuşlarında, məsələn, əsas əvəzetmələr bütün aşkar edilmiş səhvlərin 99,5%-ni təşkil edir. Bv-95nt məlumatının xəritələşdirilməsi nəticəsində 6537 müxtəlif mövqedə 7615 əvəzetmə xətası (təsirlənmiş bütün ZR mövqelərinin 6%-i) və At-100nt məlumatında 1.523.614 müxtəlif mövqedə 1.792.190 əvəzetmə xətası (hamı Xromosom 1-də 5%) tapdıq. təsirlənmiş mövqelər). PhiX genomunun bütün mövqeləri HiSeq məlumatları üçün PhiX-GAIIx məlumatlarının xəritələşdirilməsindən sonra əvəzetmə xətalarından təsirləndi, dairəvi genoma istinad edərək xətti PhiX istinad ardıcıllığının terminal bölgələrində əhatə dairəsinin azalması 3 əsas (PhiX-95nt) və 28 ilə nəticələndi. bazalar (PhiX-100nt) səhvsiz qalır. Orta hesabla, biz hər istinad mövqeyində PhiX-95nt-də 154 əvəzetmə, PhiX-100nt-də 37 əvəzetmə və PhiX-GAIIx-də 916 əvəzetmə saydıq (üç PhiX nümunəsi arasındakı əhatə fərqini əks etdirir). Bu, iki HiSeq PhiX məlumat dəsti üçün 0,11% və PhiX-GAIIx məlumat dəsti üçün 0,28% qlobal orta əvəzetmə xəta dərəcəsinə uyğundur. HiSeq iki bitki nümunəsindən oxunan məlumat dəstlərinin hər ikisinin qlobal əvəzetmə xətası nisbəti 0,16% idi. Çağırılmamış əsaslar ardıcıllıq xətaları kimi nəzərə alınmadı. PhiX-95nt-in B-quyruqları daxilində biz 6,5% əvəzetmə xətası nisbətini çox artırdıq.

Oxunma daxilində səhv nisbətlərinin paylanmasını müəyyən etdik. Illumina ardıcıllıq dövründə, eyni zamanda bütün dörd nukleotidin iştirakı ilə hər bir klasterdə hər molekula tam olaraq bir əsasla uzanma baş verir. Müəyyən bir dövrədə əsas əvəzetmələrin sayını həmin dövrün bütün ardıcıl əsaslarının sayına bölmək yolu ilə dövr başına xəta dərəcəsini hesabladıq. Biz ümumiyyətlə oxunuşların birinci yarısında daha aşağı dövr başına xəta dərəcələrini müşahidə etdik və oxumaq 2 ilə müqayisədə 1-ci oxunuşda daha aşağı xəta dərəcələri. PhiX-95nt oxunuşlarında dövr başına xəta dərəcələri 0,04-0,3% və 0,08-0,29 arasında dəyişdi. Bv-95nt oxunuşunda %. 3' sonuna doğru səhv nisbəti PhiX-95nt oxunuşları üçün ikiqat artır (Şəkil 4a) və Bv-95nt oxunuşlarında artmır (Şəkil 4b). At-100nt və PhiX-100nt məlumat dəstləri üçün oxunmaların 3' sonuna doğru səhv dərəcəsi təxminən iki dəfə (1-i oxuyun) və ya üç dəfə (2-ni oxuyun) artırdı (Şəkil S10a, Əlavə fayl 1-də b) və Phix-GAIIx məlumatlar (uzunluq 150 nukleotid) səhv nisbətinin təxminən beş-on dəfə artması göstərdi (Əlavə fayl 1-də Şəkil S10c). Heç bir adapter kəsilməsi aparılmasa, HiSeq məlumatının 3' ucunda 1,78%-ə qədər (təxminən 16 dəfə) artan xəta dərəcələri müşahidə edilə bilər (Əlavə fayl 1-də Şəkil S10d). Oxunma uzunluğundan daha kiçik olan kitabxana əlavələrinin ardıcıllığı adapterin hissələrini ehtiva edən oxunuşlarla nəticələnir. Təhlildən əvvəl adapter ardıcıllığını ehtiva edən oxunuşları çıxardıq (bax: Materiallar və üsullar).

Müşahidə edilmiş xəta dərəcələri 2 × 95-nukleotid HiSeq dövrü üzrə oxunur (bütün axın hüceyrə plitələrində orta hesabla). Oxu 1 (solda) və oxumaq 2 (sağda) PhiX-95nt məlumatları üçün ayrıca təhlil edilmişdir (a) və Bv-95nt məlumatları (b). PhiX və şəkər çuğunduru DNT-si eyni zolaqda ardıcıllıqla tərtib edilib və oxunmalar müvafiq olaraq PhiX və ya ZR istinad ardıcıllığı ilə müqayisə edilib.

Ardıcıllıq məlumatlarında bəzi ardıcıllaşdırma dövrlərində artan xəta dərəcələri müşahidə edildi (Şəkil 4, Əlavə fayl 1-də Şəkil S10). Məlum oldu ki, oxunanların yalnız bir hissəsi bu zirvələrdən təsirlənib. Onların axın hücrəsi daxilində məkan yerləşdirməsini yoxlayarkən onların müəyyən bölgələrdə cəmləşdiyini gördük (Şəkil S11 və Əlavə fayl 1-də T1 mətn əlavəsi). Artan xəta dərəcələri ardıcıl olaraq HiSeq oxunuşları (Əlavə fayl 1-də S16 və S17 rəqəmləri), eləcə də GAIIx oxunması (məlumatlar göstərilmir) üçün xüsusi dövrlər və regionların orta keyfiyyət ballarında əks olunub. Beləliklə, keyfiyyət dəyərlərinin nəzərə alınması aşağı axın təhlili zamanı bu kənar göstəricilərin yaratdığı potensial müdaxilə təsirlərinin qarşısını təhlükəsiz şəkildə almalıdır.

PhiX istinad genomunda biz 0,36%-dən 8,83%-ə qədər (orta səhv nisbətindən daha yüksək və standart sapma) əhəmiyyətli dərəcədə artan xəta dərəcələrinin 161 mövqeyini tapdıq. 161 əsas PhiX genomunun 3,0%-ni təşkil edir, lakin bütün əvəzetmə xətalarının 24,7%-i bu mövqelərdə baş verir (PhiX-95nt məlumatları).Daha yaxından təftiş göstərdi ki, bu mövqelərdə xəta dərəcələri iki tel arasında fərqlənir və zəncirlərə xas xəta dərəcələrini təyin edərkən zirvə 18,7%-ə çatır (Əlavə fayl 1-də Şəkil 2d Cədvəl S1). Biz bir neçə digər PhiX məlumat dəstindən (Əlavə fayl 1-də həm GAIIx, həm də HiSeq alətlərinin əlavə üsullarında yaradılıb) və başqa xəritəçəkmə proqramından istifadə edərək təkrar istehsal qabiliyyətini sınaqdan keçirdik. Müxtəlif nümunələr və iki xəritəçəkmə proqramı arasında xətaya meylli mövqelər yüksək dərəcədə təkrarlana bilirdi (Əlavə fayl 1-də Şəkil S12 və S13). Bununla belə, tapıntı GA məlumatlarında (Əlavə fayl 1-də Şəkil S13d-f) HiSeq məlumatlarına nisbətən (Əlavə fayl 1-də Şəkil S13a-c) daha az aydındır. GA məlumatları arasında, 150 dövrəlik məlumat dəstinə nisbətən daha kiçik dövr nömrələrinin məlumat dəstlərində daha az aydın görünür (Əlavə fayl 1-də Şəkil S9h). 161 mövqenin özləri, həm də ətrafdakı mövqelər aşağı orta keyfiyyət dəyərlərini göstərir (Şəkil 2c) və keyfiyyət dəyərləri yalnız yanlış deyil, həm də düzgün adlandırılmış əsaslar üçün aşağıdır (Şəkil 5). Bu zirvələrin yığılmış B-quyruq bölgələrinə yaxın yerləşməsi (Şəkil 2a) bizi faktiki B-quyruqdan (B-quyruq uzunluğundan 5, 10 və 15 əsas) daha böyük hissəni kəsməyə sövq etdi, lakin uzadılmış budama. və hətta B-quyruqlu oxunuşların tamamilə çıxarılması səhv dərəcəsinin zirvələrini aradan qaldıra bilmədi (Əlavə fayl 1-də Şəkil S14). B-quyruq toplanması ilə təklif edildiyi kimi, biz istinad daxilində səhvlərin təsadüfi olmayan paylanmasını tapırıq, bu iki ip üçün fərqlidir.

Səhvlərə meylli mövqelərdə və PhiX arayışındakı bütün digər mövqelərdə ardıcıllıqla düzülmüş və yanlış əsasların orta keyfiyyət balları (PhiX-95nt məlumatı). PhiX arayışında əhəmiyyətli dərəcədə yüksəlmiş xəta dərəcələrinin (A, B) 161 mövqeyini əhatə edən əsaslar digər mövqeləri əhatə edən əsaslarla (C, D) müqayisədə daha aşağı orta keyfiyyət ballarını göstərir. Bu, düzgün adlandırılmış əsaslara (A, C), eləcə də yanlış adlandırılan əsaslara (B, D) aiddir.

Əvəzetmə xətalarının yanında konkret qonşu bazaların meydana çıxma ehtimalını müəyyən etmək üçün biz bütün əvəzetmə xətası mövqeləri üçün orta mövqedə yanlış baza çağırışını ehtiva edən üç əsaslı dəstlərin tezliklərini hesabladıq (Şəkil 6a). Yanlış baza çağırışını əhatə edən bazalar üçün potensial əlavə səhvləri istisna etmək üçün müvafiq istinad bazalarından istifadə etdik. Ümumi bir tendensiya olaraq biz əvəzetmə xətalarının A və ya T ilə müqayisədə daha çox G və ya C-dən əvvəl olmasını tapdıq ki, bu da əvvəlki hesabatlarla uyğun gəlir [2]. PhiX-95nt-də ən çox müşahidə edilən səhv kontekstində G-error-G A-error-T ilə müqayisədə 3,9 dəfə yüksəldi. Səhvdən sonrakı mövqe ümumiyyətlə xətadan əvvəlki mövqedən daha çox dəyişkəndir, lakin eyni baza ilə başlayan dəstlərdə xətadan sonrakı mövqe C və ya T-dən daha çox G və ya A idi. Səhvdən əvvəlki beş mövqeyə qədər bazaları yoxlayarkən , G və C bütün şablonlarda bir qədər daha tez-tez müşahidə edilmişdir (Əlavə fayl 1-də Şəkil S15). Biz yuxarıda qeyd olunan yüksək xəta dərəcələrinin mövqelərinə xüsusi diqqət yetirdik və bu mövqelərin ardıcıllıq kontekstində paylaşılan nümunəni axtardıq. K-mer analizini (K = 3, 4, 5), eləcə də dörd fərqli əsasın sadə hesabını həyata keçirərək, 136 xətanın yuxarı və aşağı axınında yaxın (5 bp) və uzaq (200 bp) yaxınlığını yoxladıq. meylli mövqelər (biz dairəvi genomun xətti istinadında əhatə itkisi göstərən terminal bölgələri istisna etdik). Yaxınlıqda biz səhv bazasının yuxarı hissəsində yüksək G faizini (47%) və bir az daha yüksək A və T faizini (59%) tapdıq (PhiX-in orta %GC = 44.7%). Müvafiq olaraq, G-ləri ehtiva edən yuxarı axın k-merləri həddindən artıq təmsil olundu, TGG və AGG yaxınlıqdakı ən yüksək rəqəmləri göstərdi və GGG və CGG genomun bütün k-merləri ilə əlaqəli ən çox görülən k-merlərdir (həmçinin 5-bp). 10-bp yaxınlığında sınaqdan keçirildiyi kimi). 200 bp-nin uzaq yaxınlığında əhəmiyyətli dərəcədə artıq təmsil olunan k-mer tapılmadı. Nakamura və b. [6] GGC-nin məlumatlarında səhvə meyilli regionların başlanğıc mövqelərinin əksəriyyətinin 10-bp yaxınlığında tapıldığını bildirdi. Bu motivi məlumatlarımızdakı 136 səhvə meylli mövqedən yalnız 31-nin 10-bp yaxınlığında tapdıq. Bununla belə, Nakamura tərəfindən aşkar edilən səhvə meyilli bölgələrin başlanğıc mövqeləri və b. burada bildirdiyimiz yüksək xəta dərəcələrinin tək əsaslı mövqeləri ilə mütləq uyğun gəlmir (Müzakirəyə baxın).

Müşahidə edilən xəta dərəcələri ilə müqayisədə ardıcıllıq xətalarının tezlikləri və konteksti və keyfiyyət balları. Şəkər çuğunduru nümunəsi (sarı) və Ərəbidopsis nümunə (mavi) hər biri HiSeq2000 sıralama alətində PhiX DNT (müvafiq olaraq qırmızı və yaşıl) ilə birlikdə ardıcıllaşdırıldı. Yalnız PhiX DNT (qara) GAIIx-də ardıcıllıqla sıralanıb. (a) Əvəzetmə xətalarının ardıcıl konteksti. Qonşu bazaların tezliyi xəta mövqeyinin yuxarı və aşağı axınında bir mövqe göstərilir. Ardıcıl üçlüklər mərkəzi mövqedə bütün növ baza əvəzetmələri üçün ümumiləşdirilmişdir ('e' ilə göstərilir). Biz üçlü mövqeləri əhatə edən oxunuşları saydıq və oxunmanın üçlü ardıcıllığı daxilində potensial əlavə əvəzetmə xətalarını nəzərə almadıq. Tezlik mərkəzi əvəzetmə xətası olan üçlüyün baş verməsini eyni marjinal əsaslara malik, lakin dəyişən mərkəzi bazaya malik bütün üçlüklərin meydana gəlməsinə bölmək yolu ilə müəyyən edilmişdir. Üçlüklərin göstərilməsi HiSeq məlumatlarında orta tezlikin artırılması ilə sıralanır. (b) Baza əvəzetmə xətalarının tezliyi. Hər bir nümunə üçün hər bir əvəzetmənin nisbəti göstərilir (HiSeq nümunələrində orta tezlikin artırılması ilə sıralanır). (c) Homopolimer uzunluğu ilə normallaşdırılan homopolimer traktlarına daxiletmə və ya silinmə nisbətləri. Yeddi əsasdan daha uzun olan homopolimerlər yalnız iki bitki nümunəsində mövcud olmuşdur. Bv-95nt məlumatında 16-dan 19-a qədər və At-100nt məlumatlarında 26-dan 29-a qədər olan homopolimerlərin hər biri 50-dən az oxunuşla əhatə olunub. (d) Gözlənilən və müşahidə edilən səhv nisbətləri. Keyfiyyət ballarına (Q) uyğun olaraq gözlənilən səhv dərəcələri Q = 2-dən Q = 40 (bərk diaqonal xətt) üçün hesablanmışdır. Hər bir nümunə üçün unikal uyğunlaşdırılmış əsaslar keyfiyyət balı ilə qruplaşdırılıb və müşahidə edilən xəta dərəcəsi hər bir Q üçün ayrıca müşahidə edilən əvəzetmə xətalarının sayından müəyyən edilib.

Səhv adlandırılan baza üçün üç fərqli əvəzetmə xətası mümkündür. Əvvəllər bildirilmişdi ki, GA I məlumat bazasında xüsusi konvertasiyalar digərlərinə nisbətən daha tez-tez müşahidə olunur [2]. HiSeq və GAIIx məlumatlarımızda bütün dönüşüm hadisələrini saydıq və yenidən müəyyən üstünlüklər tapdıq. Bütün HiSeq məlumatlarını ümumiləşdirərək, C-ni əvəz edən və ya əksinə (29.2%) və T-ni əvəz edən G və ya əksinə (26.8%) ən tez-tez baş verən əvəzləmələr olduğunu gördük. A və C bazalarına qoşulmuş flüorofor qrupları eyni lazerlə həyəcanlanır və yalnız müxtəlif dalğa uzunluqlarında emissiya ilə fərqlənir, eyni şey G və T əsaslarının flüoroforları üçün də keçərlidir. Bu əsas cütlərinin yüksək tezliklərdə mübadilə edilməsi faktı. Bu aşkarlama parametrlərinin təsirini təklif edir ki, eyni lazerlə həyəcanlanan əsasların emissiya spektrləri mükəmməl şəkildə ayrılmaya bilər.

Fərdi çevrilmələr müxtəlif HiSeq nümunələri arasında cüzi variasiya və HiSeq və GAIIx nümunələri arasında daha böyük variasiya göstərir (Şəkil 6b). GAIIx məlumatlarında (A-dan C-yə) ən tez-tez çevrilmə GA I məlumatları üçün bildirilənlərlə eynidir [2]. Dörd HiSeq nümunəsindən üçündə G ən çox yanlış çağırış kimi görünən baza idi (hər hansı digər bazanın G-yə çevrilməsi: PhiX-95nt, 38% PhiX-100nt, 32% At-100nt, 32%) Bv-95nt nümunəsi A (33%) ən çox ortaya çıxan baza kimi (Əlavə fayl 1-də Cədvəl S2). Ən çox yanlış adlandırılan düzgün baza At-100nt-də A, PhiX-100nt və PhiX-GAIIx, Bv-95nt-də C və PhiX-95nt-də T idi. Yuxarıda qeyd olunan əhəmiyyətli dərəcədə yüksəlmiş səhv dərəcələrinin mövqelərini ayrıca təhlil etdik. PhiX genomunda təhlil edilən 136 mövqenin hər biri üç mümkün əvəzetmə xətasının qarışığını göstərdi, lakin bütün hallarda onlardan biri açıq şəkildə üstünlük təşkil edirdi (42,5%-dən 99,1%-ə qədər olan fraksiyalarda görüldü). Bu, heterojen nümunələrdə müşahidə edildiyi kimi, aşağı bolluq polimorfizmləri ilə qarışıqlığa səbəb ola bilər. Dominant baza üçün fərdi səhv nisbəti bir çox hallarda iki tel arasında çox fərqləndiyindən (136 mövqedən 117-si üçün ən azı 10 dəfə, 125 mövqe üçün ən azı 5 dəfə) zəncir üçün spesifik analiz ayırd etməyə kömək edə bilər. Təxminən eyni sürətlə hər iki zəncirdə variasiyanın baş verməsini təsdiq etməklə bölgəyə xas əvəzetmə xətalarından real polimorfizmlər. Bundan əlavə, yuxarıda qeyd edildiyi kimi, yüksək səhv dərəcələrinin mövqeləri keyfiyyət dəyərlərində əks olunur və bu da nəzərə alınmalıdır. İstinad ardıcıllığında A və ya T-dən oxuma ardıcıllığında G və ya C-yə çevrilmə 136 mövqedən 118-də (87%) dominant baza əvəzetməsi kimi görüldü və bunlar arasında 102 halda (86%) mövqelər G[A/T] yüksək xəta dərəcələrinin mövqelərində ən çox rast gəlinən motiv olması ilə nəticələnir. Bununla belə, bu motiv PhiX genomunun həm irəli, həm də tərs zəncirində daha çox dəfə (992) baş verir.

Daxiletmələr və silinmələr

Daxiletmə və silinmə tezliyi (indels) çox aşağıdır və əlavələr silinmələrə nisbətən daha az baş verir (Cədvəl 5 Əlavə fayl 1-də Cədvəl S3). Əlavələrin və silinmələrin sayındakı fərq PhiX nümunələrində bitki nümunələrinə nisbətən daha böyük idi. Tək əsaslı indellər arasında A və ya T-nin daxil edilməsi və ya silinməsi C və ya G indellərinə nisbətən daha tez-tez müşahidə edilmişdir (bitki nümunələrində orta hesabla 7,5, PhiX nümunələrində isə 1,6 əmsalı yüksəlmişdir). Birdən çox bazanın İndel hadisələri tək əsaslı indellərə nisbətən daha aşağı sürətlə baş verdi (bitki nümunələrində bütün indel hadisələrinin 14,8%-i, PhiX nümunələrində 2,4%). Müxtəlif ölçülü homopolimerlərdə hər bir baza indeksinin xəta dərəcəsini hesabladıq. Illumina ardıcıllığı homopolimer xətalarına qarşı davamlı hesab olunur. Bununla belə, uzunluğu 2 ilə 15 nukleotid arasında artan homopolimerlər daxilində biz hər bir homopolimer bazasına görə indel xəta dərəcəsinin 1000 dəfə artması müşahidə etdik (Şəkil 6c).

ELANDv2, 20 bazaya qədər uzunluqda olan indelləri aşkar etməyə imkan verən çoxtoxumlu və boşluqlu hizalamaları həyata keçirir. ELANDv2 indel çağırışlarının şərtlərinin təsviri oxunuşların terminal bölgələrində heç bir indeksin bildirilmədiyini nəzərdə tutur. Həqiqətən, simulyasiyalar göstərdi ki, əgər onlar 95 nukleotidin oxunuşu daxilində 5-ci mövqedən əvvəl və ya 89-cu mövqedən sonra yerləşiblərsə, heç bir indel aşkar edilməyib. 21 və 76-cı mövqelər arasında olan bütün göstəricilər bildirilmiş və indekslərin bir hissəsi 5-dən 20-dək və 77-dən 89-a qədər mövqelər üçün bildirilmişdir. Nəticə etibarilə, Cədvəl 4-də göstərilən indeks xəta dərəcələri bir qədər aşağı qiymətləndirilmiş hesab edilə bilər.

Keyfiyyət dəyərlərinin qiymətləndirilməsi

Keyfiyyət balları SNP aşkarlanması və konsensus çağırışı üçün aktualdır və onlar həmçinin BWA [10] və Bowtie [11] kimi xəritəçəkmə proqramlarında istifadə olunur. Bütün ardıcıl HiSeq nümunələrində müşahidə edilən xəta dərəcələri Illumina əsas zəng proqramı tərəfindən təyin edilmiş keyfiyyət dəyərlərindən əldə edilən gözlənilən xəta dərəcələri ilə yaxşı uyğunlaşdı. Daha yeni proqram versiyası ilə adlanan At-100nt və PhiX-100nt məlumat bazası, əvvəlki versiya ilə işlənmiş Bv-95nt və PhiX-95nt məlumatlarına nisbətən gözlənilən xəta dərəcələrinə daha yaxın səpilir (Şəkil 6d). Düzgün adlandırılan əsaslar orta hesabla 35-dən 37-yə qədər yüksək keyfiyyət balı (At-100nt, Q = 37 Bv-95, Q = 36 PhiX-95nt, Q = 35) və səhv adlandırılan əsaslar orta hesabla aşağı qiymətə malikdir. 18-dən 28-ə qədər keyfiyyət balı (At-100nt, Q = 18 Bv-95nt, Q = 28 PhiX-95nt, Q = 18). Oxunan cütün 1 və 2-ci oxunuşlarını ayrı-ayrılıqda təhlil edərkən heç bir əsas fərq tapmadıq (məlumatlar göstərilmir).

Keyfiyyət filtrasiyası verilənlərin bir hissəsinin silinməsi hesabına ardıcıl əsasların orta Illumina keyfiyyət ballarını yaxşılaşdırır (yuxarıya bax). Biz gözlənilən xəta dərəcələrini (orta keyfiyyət balından hesablanmışdır) və xəritələşdirmədən sonra müşahidə edilən xəta dərəcələrini, həmçinin ayrı-ayrılıqda və kombinasiyada müxtəlif filtrləmə meyarları üçün çıxarılan əsasların hissəsini müəyyən etdik (Əlavə fayl 1-də Cədvəl 6 Cədvəl S4). B-quyruğunun kəsilməsi müşahidə edilən və gözlənilən səhv dərəcələrini ən kəskin şəkildə azaldır. Bu, Q = 2 əsaslarının ləğv edilməsinin nəticəsidir ki, bu da 63% olduqca yüksək xəta dərəcəsinə uyğun gələn aşağı keyfiyyətli oxu seqmentlərini qeyd etmək üçün ixtiyari dəyərdir. Çağırılmamış əsaslar ardıcıllıq xətaları kimi nəzərə alınmadı. Əgər onlar ardıcıllıq xətaları kimi hesablanıbsa, müşahidə edilən xəta dərəcələri 1,1 əmsala qədər bir qədər artır (Əlavə fayl 1-də Cədvəl S5).


BEŞ YAPONLU ƏHALİLƏRİNDƏ MİTOXONDRIAL DNT POLİMORFİZMİNİN FƏRQLƏNMƏSİ ABIES NÖVLƏR

Beş nəfərdən ibarət 40 populyasiyanın mitoxondrial DNT polimorfizmi Abies növlər PCR ilə gücləndirilmiş şəkildə tədqiq edilmişdir coxMən və coxIII gen zondları. Dörd prob və məhdudlaşdırıcı ferment birləşməsindən istifadə edərək, üç əsas haplotip və 15 ümumi haplotip aşkar etdik. Biz həmçinin müxtəlif növlər üçün müxtəlif səviyyələrdə gen müxtəlifliyi tapdıq: 0,741, 0,604, 0,039, 0,000 və 0,292 A. firma, A. homolepis, A. veitchii, A. mariesii, və A. sachalinensis, müvafiq olaraq. Marjinal və cənub əhalisi A. firmaA. homolepis unikal haplotiplərə, xüsusən də son buzlaq dövrünün ehtimal olunan qaçqınları ilə üst-üstə düşən ərazilərdə yaşayan və mtDNT genetik müxtəlifliyinə yüksək səviyyədə malik olan Kyuşu, Şikoku və Kii yarımadası populyasiyalarına malikdir. Bəzi populyasiyalardakı haplotiplər mtDNA tutulmasının introqressiya/hibridləşmə yolu ilə növlər arasında da baş verdiyini irəli sürdü. Güclü mtDNA populyasiya fərqi Abies çox güman ki, mitoxondriyanın ana tərəfindən irsiyyəti və toxumların yayılmasının məhdudlaşdırılması ilə bağlıdır. MtDNT-nin genetik oxşarlığına əsaslanan fenetik ağac bəzi növlərin polifiletik olduğunu göstərir. MtDNT variasiyasına əsaslanaraq, beş Abies növləri təxminən üç qrupa bölmək olar: (1) A. firmaA. homolepis, (2) A. veitchiiA. sachalinensis, və (3) A. mariesii. Ancaq bütün bunların olduğunu gördük Abies növlər istisna olmaqla A. mariesii, cpDNA ardıcıllığının təhlilinə görə genetik olaraq çox yaxından əlaqəlidir. Bu, xloroplastın olduğunu göstərdi rbcL gen dörd növ arasında yalnız bir əsas əvəzləmə ilə fərqlənirdi. İnanırıq ki, mtDNT variasiyası və cpDNA oxşarlığı bunlara təsir edən əlaqələri və yayılma proseslərini aydın şəkildə əks etdirir. Abies son buzlaq dövründən bəri növlər.


Müzakirə

Bu iş kaspaza-3, kaspaza-7 və polimorfizmlər arasındakı əlaqəni qiymətləndirmək üçün ilk cəhddir. kaspaz-8 genlər və endometrial xərçəngə qarşı həssaslıq. Biz tapdıq ki, bir nukleotidli polimorfizm (rs2705901). kaspaz-3 və beş tək nukleotid polimorfizmi (rs11196418, rs11593766, rs3124740, rs11196445 və rs10787498) kaspaz-7 endometrium xərçəngi riski ilə əlaqəli idi. Variantları üçün heç bir əhəmiyyətli assosiasiya müşahidə edilməmişdir kaspaz-8.

Soung və başqaları. (40) əvvəllər bütün kodlaşdırma bölgəsini və bütün birləşmə yerlərini araşdırdı kaspaz-7 mədə, kolon, baş/boyun, yemək borusu, sidik kisəsi və ağciyər karsinomaları üçün insanın bərk xərçəng toxumalarında və normal toxumalarında gen və şişdən qaynaqlanan kaspaz-7 293 T hüceyrəsində mutantlar. Onların məlumatları göstərirdi ki, kaspaz-7 geninin mutasiyalarının inaktivləşdirilməsi onun apoptotik funksiyasının itirilməsinə gətirib çıxarır və bəzi insan bərk xərçənglərinin patogenezinə kömək edir. Bununla belə, heç bir epidemioloji tədqiqat əlaqəsini qiymətləndirməmişdir kaspaz-7 xərçəng riski olan polimorfizmlər. Tədqiqatımızda beş tək nukleotidli polimorfizmin olduğunu aşkar etdik kaspaz-7 gen, promotorda bir variant (rs11196418), bir qeyri-sinonim mutasiya (rs11593766), iki intron mutasiya (rs3124740 və rs11196445) və 3' tərcümə olunmamış bölgədə bir variant (UTR rs10787498) endometrial xərçəng riski ilə əlaqələndirildi. Bu təknukleotidli polimorfizmlərdən dördü yaxınlıqda və yüksək əlaqə balanssızlığındadır. Endometrium xərçəngi riskinin azalması ilə əlaqəli olan tək nukleotid polimorfizmi rs11593766, ekzon 2-də yerləşir və zülalın N-terminal ucunda Glu-Asp dəyişikliyinə səbəb olur. Lakin bu dəyişikliyin funksional əhəmiyyəti məlum deyil. İntron 2-də yerləşən iki polimorfizm çox yaxın kontig mövqelərindədir. rs11196418 və rs10787498 promouterdə və 3' UTR-də yerləşir. kaspaz-7 gen və beləliklə, gen ifadəsinin tənzimlənməsində iştirak edə bilər. Tapıntılarımızı yoxlamaq və regionda bu tək nukleotidli polimorfizmlərin və digər tək nukleotidli polimorfizmlərin funksionallığını araşdırmaq üçün tədqiqatlara ehtiyac var.

Son tədqiqatlar gen-xəstəlik birliklərinin öyrənilməsində haplotip analizinin faydalı olduğunu göstərdi (41). Araşdırmamızda, blok 1-də Hap6 kaspaz-7 üç tək aşağı riskli alleli daxil edən gen [rs11593766 (G), rs3124740 (G) və rs11196445 (G) və bir tək yüksək riskli allel rs11196418 (G)], daha bir yüksək riskli alleli [rs11593766 () daxil edən blok1-də Hap1 ilə müqayisədə endometrial xərçəng riskinin azalması ilə güclü şəkildə əlaqələndirildi.T)], tək nukleotidli polimorfizm analizlərimizin tapıntılarını təsdiqləyir. Hap6-nın kaspaz-7 geninin 2-ci blokunda bir aşağı riskli alleli [rs10787498 (T)], xüsusilə premenopozal qadınlar arasında xərçəng riskinin azalması ilə əlaqələndirildi. Bununla belə, blok 2-də Hap6 və Hap1 arasındakı allellərdə yeganə fərq rs1127687-də idi, bu da endometrial xərçəng riski ilə əhəmiyyətli dərəcədə əlaqəli bir variant deyildi. Bundan əlavə, Hap6 ilə eyni alleli ehtiva edən 2-ci blokdakı Hap4 xərçəng riski ilə əlaqəli deyildi. Biz 2-ci blokda Hap1 ilə müqayisədə Hap2 ilə əlaqəli artan risk üçün oxşar vəziyyəti müşahidə etdik. Bu nəticələr polimorfizmlərin endometrial xərçəngin inkişafına müstəqil və ya interaktiv təsir göstərə biləcəyini göstərir.

Menarşın erkən yaşının, menopozun gec yaşının və ömür boyu menstruasiyanın uzun müddətinin estrogenlərə uzun müddət məruz qalması səbəbindən endometrium xərçəngi riskini artırdığına inanılır (42). Estrogenlərin kaspazların fəaliyyətinə və hüceyrələrin apoptozuna da təsir göstərdiyi bildirilir.Məsələn, Thiantanawat et al. (43) MCF-7Ca hüceyrələrindən estrogenin çıxarılmasının daha yüksək kaspaza-7 aktivliyi ilə nəticələndiyini aşkar etdi. Zhang və başqaları. (44) həmçinin 17-β-estradiolun neyron apoptozunun qarşısını ala biləcəyini və 17-β-estradiol ilə müalicə olunan neyron ekstraktlarının rekombinant fəaliyyətini birbaşa maneə törətdiyini bildirdi. kaspaz-3, kaspaz-6, kaspaz-7, və kaspaz-8. Buna görə də, estrogenə məruz qalma ilə qarşılıqlı əlaqədə ola biləcəyi inandırıcıdır kaspaz-7 endometrium xərçənginin etiologiyasında tək nukleotid polimorfizmləri. Nəticələrimiz göstərir ki, heç bir əhəmiyyətli qarşılıqlı əlaqə müşahidə edilməsə də, gen-xəstəlik assosiasiyaları premenopozal qadınlar arasında daha qabarıqdır. Bununla belə, tədqiqatımız orta səviyyəli qarşılıqlı təsirləri aşkar etmək üçün kifayət qədər gücə malik deyildi. Maraqlıdır ki, 2-ci blokda endometrial xərçəng riskinin Hap2 ilə əlaqəsi kaspaz-7 mürəkkəb gen-gen və gen-mühit qarşılıqlı təsirləri təklif edən menopoz vəziyyəti ilə əhəmiyyətli dərəcədə dəyişdirildiyi müşahidə edildi.

Əvvəlki araşdırmalardan biri bildirmişdir ki, C alleli kaspaz-3 Ex8+567T>C (rs1049216) ABŞ populyasiyasında qeyri-Hodgkin lenfoma riskinin azalması ilə əlaqələndirildi (45). Variant allellər -928A>G, 77G>A, və 17532A>C -də vəzifələr kaspaz-3 gen, eləcə də bu polimorfizmlərlə qurulan haplotiplər, ağciyər xərçəngi riskinin azalması ilə əlaqələndirildi (27). Tədqiqatımızda bir variant tapdıq kaspaz-3, rs2705901, sərhəd bölgəsində yerləşən təknukleotidli polimorfizm kaspaz-3 gen, endometrial xərçəng riski ilə əhəmiyyətli dərəcədə əlaqəli idi.

arasında assosiasiyalara dair araşdırmalar kaspaz-8 gen və xərçəng riski ziddiyyətli nəticələr yaratdı. Sun və başqaları. (46) məlumat verdi ki, -652 6N daxiletmə/silmə variantı kaspaz-8 Çin populyasiyasında ağciyər, özofagus, mədə, kolorektal, uşaqlıq boynu və döş xərçəngi də daxil olmaqla bir neçə növ şişlə əlaqəli idi. Böyük Britaniyada aparılan bir araşdırma (47) glioma riskinin 1,37 dəfə artdığını müşahidə etdi (95% CI, 1,10-1,70). P = 0,004) daşıyıcılarda kaspaz-8 D302H variantı alleli. Bununla belə, bu variantlardan heç biri İngiltərədəki başqa bir araşdırmada kolorektal xərçəng riski ilə əlaqəli deyildi (28). Bu yaxınlarda aparılan çoxmillətli araşdırmalar arasında əlaqə tapa bilmədi kaspaz-8 -652 6N ins/del polimorfizmi və döş, kolorektum və ya prostat xərçəngi (48). D302H polimorfizmi Asiya populyasiyalarında mövcud deyil və hazırkı tədqiqatda biz endometrial xərçəngin hər hansı etiketləmə və ya məlum olmayan sinonim tək nukleotid polimorfizmləri ilə əhəmiyyətli bir əlaqəsini tapmadıq. kaspaz-8 gen, o cümlədən rs6747918, rs3834129 (-652 6N ins/del variantı) ilə sıx əlaqədə tarazlıq pozğunluğunda tək nukleotid polimorfizmi.

Tədqiqatımızın bir sıra güclü tərəfləri var. Birincisi, biz polimorfizmləri tutmaq üçün funksional və etiketləmə təknukleotid polimorfizmi yanaşmalarının birləşməsindən istifadə etdik ki, bu da tədqiqata daxil edilən genlərdə genetik markerlərin ən əhatəli qiymətləndirilməsidir. İkincisi, bu tədqiqat nisbətən homojen etnik mənşəli (>98% Han Çinli) olan populyasiyadan böyük bir nümunə ölçüsünə malikdir. Nəhayət, nisbətən yüksək iştirak nisbəti (hallar üçün 82,8% və nəzarət üçün 74,4%), yüksək DNT nümunəsi ianə dərəcəsi (hallar üçün 86,5% və nəzarət üçün 84,2%) və histerektomiyanın aşağı tezliyi (5,1%) seçim qərəzliyi ilə bağlı narahatlığı azaldır. . Buna baxmayaraq, təsadüfi tapıntıları istisna etmək olmaz. Tapıntılarımızı təkrarlamaq və kaspaz genlərinin endometrial xərçəng riski ilə assosiasiyasının altında yatan mexanizmləri qiymətləndirmək üçün əlavə tədqiqatlara ehtiyac var.

Xülasə, 35 qeyri-sinonim və işarələyən təknukleotid polimorfizmindən kaspaz-3, kaspaz-7, və kaspaz-8 Bu tədqiqatda araşdırılan genlər, beş variantda (rs11593766, rs3124740, rs11196445, rs1196418 və rs10787498) kaspaz-7 və biri (rs2705901) in kaspaz-3 endometrial xərçəng riski ilə əlaqəli idi. Bu nəticələr digər tədqiqat populyasiyalarında təkrarlanmaya zəmanət verir.


Uyğurların əsas araşdırmaları

Chun-mei Shen, Bo-feng Zhu, Ya-jun Deng, Shi-hui Ye, Jiang-wei Yan, Guang Yang, Hong-dan Wang, Hai-xia Qin, Qi-zhao Huang və Jing-Jing Zhang. "Çin Uyğur Etnik Qrupu üçün Ardıcıllığa əsaslanan Yazmada HLA-A, -B və -DRB1 Lokuslarının Allel Polimorfizmi və Haplotip Müxtəlifliyi." PLoS BİR 5(11) (4 noyabr 2010-cu il): e13458.
Bu tədqiqatda iştirak edən bütün uyğurlar DNT testləri zamanı Çinin Sincan Uyğur Muxtar Bölgəsindəki Yinin şəhərində yaşayıblar. Xülasədən çıxarışlar:

Wei-Hong Ren, Xiao-Hui Li, Hai-Gang Zhang, Feng-Mei Deng, Wen-Qiang Liao, Yan Pang, Yan-Hua Liu, Meng-Jie Qiu, Guo-Yuan Zhang və Yi-Quan Zhang. "Çinli uyğur populyasiyasında mitoxondrial DNT haploqrupları və onların uzunömürlülüklə potensial əlaqəsi." Klinik və Eksperimental Farmakologiya və Fiziologiya 35:12 (dekabr 2008): səhifələr 1477-1481. İlk dəfə 26 avqust 2008-ci ildə elektron şəkildə nəşr edilmişdir. Annotasiya:

F. Qidi, L. Yan, Z. Ying, L. Dongsheng, Y. Yajun, G. Yaqun, L. Haiyi, Y. Kai, W. Yuchen, Y. Xiong, Z. Chao, S. Meng, T. Lei, W. Xiaoji, Z. Xi, L. Jing, K. Asifullah, T. Kun, W. Sijia və X. Shuhua. “Sincan uyğurlarının əhalisinin quruluşu və qarışığı”. 21 oktyabr 2016-cı il tarixdə Amerika İnsan Genetika Cəmiyyətinin (ASHG) illik toplantısında təqdim olunan poster.
Çinin Sincan əyalətindəki 13 bölgədən olan 951 uyğurun otosomal DNT qiymətləndirməsi onların əcdad komponentlərinin 29-47% Şərqi Asiya, 15-17% Sibir, 25-37% Qərbi Avrasiya və 12-20% Cənubi Asiyalı olduğunu müəyyən etdi. mücərrəd deyildiyi kimi, "fərdlər arasında çox fərqlilik olmadan". Şərqi Asiya və Sibir əcdadlarının nisbəti Şimal-Şərqi Sincandan olan uyğurlarda daha yüksəkdir, Orta Asiyadan gələn Qərbi Avrasiya və Cənubi Asiya əcdadları isə Sincan cənub-qərbində mütənasib olaraq daha qabarıqdır. Elementlər arasındakı qarışıqlar təxminən 3750 il əvvəl və təxminən 750 il əvvəl arasında bir neçə mərhələdə meydana gəldi. Xülasədən çıxarışlar:

Hui Li, Kelly Cho, Judith R. Kidd və Kenneth K. Kidd. “Avrasiyanın genetik mənzərəsi və uyğurlarda “qarışıq”. American Journal of Human Genetics 85:6 (11 dekabr 2009-cu il): səh. 934-937. Bu redaksiyaya məktubdur. Çıxarışlar:

30% qərb nisbətləri, təxminimizə daha yaxındır. [. ] Yekun olaraq, uyğurların genetik quruluşunun avropalılardan daha çox Şərqi Asiyalılara bənzədiyini iddia edirik[. ] Bu 34 populyasiya haqqında daha çox məlumat topladıqda, bu təxminləri dəqiqləşdirə bilməliyik."

Shuhua Xu, Huang Wei, Qian Ji və Jin Li. "Uyğur dilində Genomik Qarışığın Təhlili və Xəritəçəkmə Strategiyasında Təsiri". American Journal of Human Genetics 82 (2008): səh. 883-894.
Fərdi olaraq, bu araşdırmanın uyğurların “Avropalı” ata-baba komponenti bir adamda 48,7%-dən başqa bir şəxsdə 62,2%-ə qədər dəyişir. Xülasədən çıxarışlar:

Bəyazit Yunusbayev, Mait Metspalu, Ene Metspalu, Albert Valeev, Sergey Litvinov, Ruslan Vəliyev, Vita Axmetova, Elena Balanovska, Oleq Balanovski və Şahlo Turdikulova. “Türkdilli Köçərilərin Avrasiyada Genişlənməsinin Genetik İrsi”. PLoS Genetika 11:4 (21 aprel 2015-ci il): e1005068.
Bu autosomal DNT tədqiqatı üçün verilənlər bazasına 11 uyğurdan nümunələr daxildir. Uyğurlar tarixən ortaq türk soyunun qaynaqlandığı Cənubi Sibir və Monqolustan (SSM) bölgəsinə nisbətən yaxın olublar. Nəticədə, onların həmin bölgədən olan insanlarla paylaşılan eyni mənşəli (İBD) seqmentləri daha uzaqlara köçmüş türkdilli xalqlara nisbətən daha uzun olur. Şəkil 5-ə görə, onlar XIII-XIV əsrlərdə SSM bölgəsindən qarışığı almışlar.

Ruixia Zhou, L. An, X. Wang, W. Shao, G. Lin, W. Yu, L. Yi, S. Xu, J. Xu və X. Xie. "Çinin şimal-qərbindəki Liqian xalqının qədim Roma əsgəri mənşəli fərziyyəsinin sınaqdan keçirilməsi: Y-xromosom perspektivi." İnsan Genetikası Jurnalı 52:7 (2007): səh. 584-591. Həmçinin 20 iyun 2007-ci ildə elektron şəkildə dərc edilmişdir.
Bu araşdırmaya "Urumçi şəhərindən olan 49 Uyğur" daxil edilib və onların Y-DNT haploqrup tezlikləri aşağıdakı kimi olub: 6,1% C.
10,2% F(xJ, K)
18,4% J
12,2%-də K(xN1c, O, P) var idi.
4,1%-də N1c var idi
12,2%-də O3 var idi
8,2%-də P(xR1a1) var
28,6% R1a1 (bu nümunədə ən çox yayılmış haploqrup) var idi.

Ruixia Zhou, D. Yang, H. Zhang, W. Yu, L. An, X. Wang, H. Li, J. Xu və X. Xie. "Şimal-Qərbi Çində iki Yugur alt qəbiləsinin mənşəyi və təkamülü: ata genetik mənzərəsində bir nümunə araşdırması." İnsan Biologiyasının Salnamələri 35:2 (mart-aprel 2008): səh. 198-211.
2007-ci ildə Liqyan xalqı ilə bağlı apardıqları araşdırmadan eyni "Urumçi şəhərindən olan 49 uyğur" buraya daxil edilmişdir. Abstraktdan bir parçanı təqdim edirik:

Yali Xue, Tatyana Zerjal, Weidong Bao, Suling Zhu, Qunfang Shu, Jiujin Xu, Ruofu Du, Songbin Fu, Pu Li, Matthew E. Hurles, Huanming Yang və Chris Tyler-Smith. "Şərqi Asiyada kişi demoqrafiyası: insan əhalisinin genişlənməsi dövrlərində şimal-cənub təzadları." Genetika 172:4 (aprel 2006): səhifələr 2431-2439. İlk dəfə 19 fevral 2006-cı ildə elektron şəkildə dərc edilmişdir.
Çin, Monqolustan, Koreya və Yaponiyadan olan 27 populyasiyadan 988 kişi Y xromosomlarına əsasən genetik olaraq sınaqdan keçirilib. Şəkil 2 onların Sincandakı iki yerdən (Urumçi şəhəri və Yili bölgəsi) uyğurları sınaqdan keçirdiklərini göstərir. Sınaq edilən digər əhali arasında Sincandan olan Xibe, Sincandan və Çinin digər yerlərindən olan Han, Tibetlilər, Daxili Monqollar, Xarici Monqollar və başqaları var. Şəkil 2, həmçinin C(xC3c), C3c, J, N, O, O1*, O2, O2b*, O2b1, O3d, P*(xR1a) və Y-DNT haploqruplarının tezliklərini (əhali üzrə) göstərən xəritələri əhatə edir. R1a.
2434-cü səhifədəki 1-ci cədvəldə “Şərqi Asiya populyasiyalarında haploqrup tezlikləri” Urumçidə yaşayan uyğurlar üçün aşağıdakı Y-DNT haploqrup tezlikləri təqdim olunur:
3,2% Y*(xA, C, DE, J, K)
3,2%-də C*(xC1, C3) var
6,5% E
25,8% J (bu nümunələrdə ən çox rast gəlinən haploqrup, kişilərin 8-də tapıldı)
3,2%-də N1*-LLY22g(xN1a, N1b, N1c) var idi.
6,5% N1b idi
3,2%-də O1a var idi
3,2%-də O3a3c*-M134(xO3a3c1-M117) var idi
3,2%-də O3a3c1-M117 var idi
19,4%-də P*(xR1a) var
22,6% R1a-ya sahib idi
Yili uyğurları aşağıdakı Y-DNT haploqrup tezliklərinə malikdirlər:
20,5% Y*(xA, C, DE, J, K)
2,6% C*(xC1, C3) var
7,7%-də C3c var
2,6% DE(xE) var
12,8%-də K*(xNO, P) var idi.
2,6%-də N1*-LLY22g(xN1a, N1b, N1c) var idi.
5,1%-də N1c1 var idi
5,1% O3* var
5,1%-də O3a3c*-M134(xO3a3c1-M117) var
5,1%-də O3a3c1-M117 var idi
15,4%-də P*(xR1a) var
15,4%-də R1a var idi
Urumçi nümunələrində tez-tez rast gəlinən Haploqroup J, bu Yili nümunələrində tamamilə yox idi. Y*(xA, C, DE, J, K) Yili uyğurları arasında Urumçi ilə müqayisədə daha çox rast gəlinir.

Yong-Gang Yao, Qing-Peng Kong, Cheng-Ye Wang, Chun-Ling Zhu və Ya-Ping Zhang. "Çində İpək Yolu Bölgəsindəki Etnik Qrupların Genetik Quruluşuna Fərqli Matrilineal Töhfələr". Molekulyar Biologiya və Təkamül 21:12 (dekabr 2004): səhifələr 2265-2280. İlk dəfə 18 avqust 2004-cü ildə onlayn nəşr edilmişdir.
Bu araşdırma Sincan əyalətində yaşayan xalqların mtDNA-sına nəzər salıb. Onlar cəmi 252 nümunə toplayıblar. Abstraktdan bir parça:

Michael F. Hammer, Tatyana M. Karafet, Hwayong Park, Keiichi Omoto, Shinji Harihara, Mark Stoneking və Satoshi Horai. "Yaponların ikili mənşəyi: ovçu-yığıcı və fermer Y xromosomları üçün ümumi zəmin." İnsan Genetikası Jurnalı 51(1) (2006): səh. 47-58. İlk dəfə 18 noyabr 2005-ci ildə onlayn nəşr edilmişdir.
Burada 67 uyğur kişisinin genetikası bildirilir. Onların Y-DNT haploqrupları bu tezliklərdə tapıldı:
1,5% C-RPS4Y(xC1-M8, C2-M38, C3-M217)
4,5% C3-M217(xC3c-M86) idi
1,5%-də C3c-M86 var idi
4,5% D3a-P47 idi
4,5%-də G-M201 var
10,4% J-12f2 idi
4,5%-də L-M20 var idi
3,0%-də N1*-LLY22g(xN1a-M128, N1b-P43, N1c1-M178) var idi.
3,0%-də N1b-P43 var idi
1,5%-də O3-M122(xO3a3c-M134, O-LINE) var idi.
6,0%-də O3a3c-M134 var idi
3.0% O-LINE idi, əvvəllər O3-M122 alt sinifi hesab olunurdu, lakin yəqin ki, etibarlı SNP təyinatı deyildi.
3,0%-də O1a-M119(xO1a2-M110) var
3.0% Q1-P36 idi
46,3% R-M207 (bu nümunədə ən çox yayılmış haploqrup) var idi.

Tatyana Zerjal, R. Spenser Wells, Nadira Yuldasheva, Ruslan Ruzibakiyev və Chris Tyler-Smith. "Son hadisələrlə yenidən formalaşan genetik mənzərə: Mərkəzi Asiyaya Y-xromosom baxışları." American Journal of Human Genetics 71:3 (sentyabr 2002): səh. 466-482. İlk dəfə 17 iyul 2002-ci ildə elektron şəkildə nəşr edilmişdir.
Ümumi nümunə ölçüsü 15 Mərkəzi Asiya populyasiyasından 408 kişi idi. Qazaxıstanın Almatı şəhərində yaşayan 33 uyğur kişi bu araşdırmaya daxil edilib və onların Y-DNT haploqrupları bu tezliklərdə tapılıb:
15,2%-də C-RPS4Y(xC3c-M48) var
3,0%-də C3c-M48 var idi
9,1% Y*(xA, C, DE, H2-Apt, J, K)
27,3% J (onların ən çox yayılmış haploqrupu, 9-da tapıldı)
15,2%-də K-M9(xL, N, O1, O-LINE, P) var
9,1%-də P(xR1a) var
21,2% R1a1 (onların ikinci ən çox yayılmış haploqrupu) var idi.

R. Spenser Wells, Nadira Yuldasheva, Ruslan Ruzibakiev, Peter A. Underhill, Irina Evseeva, Jason Blue-Smith, Li Jin, Bing Su, Ramasamy Pitchappan, Sadaqopal Shanmugalakshmi, Karuppiah Balakrishnan, Mark Read, Nathaniel M. Pirsonal, Tati, Metyu T. Vebster, İrakli Joloşvili, Yelena Camarcaşvili, Spartak Qəmbərov, Behrouz Nikbin, Aşur Dostiyev, Oqonazar Aknazarov, Pierre Zalloua, İqor Tsoy, Mixail Kitayev, Mirsaid Mirrahimov, Aşir Chariev, and Walter F. "Avrasiya Heartland: Y-xromosom müxtəlifliyinə kontinental perspektiv." Milli Elmlər Akademiyasının Materialları 98:18 (2001): səh. 10244-10249.
Digərləri arasında Qazaxıstandan olan 41 uyğur kişisinin genetik nəticələri burada dərc olunub. Şəkil 2-nin qonşuluq ağacında VIII əhali klasterinə özbəklər, qaraqalpaqlar və tatarlarla birlikdə uyğurlar daxildir. Uyğurların Y-DNT haploqrupları bu tezliklərdə tapıldı:
14,6%-də C-M130(xC3c-M48) var
9,8%-də F-M89(xI-M170, J2-M172, H1-M52, K-M9) var idi.
2,4% I-M170 idi
19,5%-də J2-M172 var
2,4% H1-M52 idi
4,9%-də O-M175(xO3-M122, O1a-M119, O2a-M95) var idi.
12,2%-də O3-M122 var idi
2,4%-də L-M20 var idi
2,4%-də N1c-M46 var idi
7,3%-də P-M45(xQ1a1-M120, Q1a3a-M3, R1-M173, R2-M124) var idi.
22,0%-də R1a1-M17 var idi

F. X. Xiao, J. F. Yang, J. J. Cassiman və R. Decorte. "Çin populyasiyalarında səkkiz polimorfik Alu yerləşdirmə lokusunda müxtəliflik Çinin şimal-qərbindən olan etnik azlıq əhalisinin Avropa qarışığına dəlil göstərir." İnsan Biologiyası 74(4) (2002): səh 555-568.
“Avrasiyanın genetik mənzərəsi və uyğurlarda “qarışıq”” məqaləsinə əsasən, bu məqalədə uyğurların 30 faizə yaxınının qərb mənbələrindən gəldiyi təxmin edilir. Xülasədən çıxarışlar:

Yoshihiko Katsuyama, Hidetoshi Inoko, Tadashi Imanishi, Nobuhisa Mizuki, Takashi Gojobori və Masao Ota. "Dörd VNTR (D1S80, D4S43, COL2A1, D17S5) və bir STR (ACTBP2) Lokusunda Allelik Tezliklərə əsaslanan Yapon, Şimali Han, Hui, Uyğur, Qazax, Yunan, Səudiyyə Ərəbistanı və İtaliya Populyasiyaları arasında Genetik Əlaqələr." İnsan İrsiyyəti 48 (1998): səh. 126-137.
Genomik DNT-nin bir hissəsi uyğurların qan nümunələrindən əldə edilib.

R. Du. "Çində insan populyasiyasının genetikası öyrənilir." Biologiya bülleteni 32 (1997): səh. 9-12.
“Avrasiyanın genetik mənzərəsi və uyğurlarda “qarışıq”” məqaləsinə əsasən, bu məqalədə uyğurların 30 faizə yaxınının qərb mənbələrindən gəldiyi təxmin edilir.


Vitiliqoda katelisidin (LL-37) səviyyəsinin artması: D vitamini reseptor gen polimorfizmindən asılı olmayan mümkün yol

Fahimeh Abdollahimajd, Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Shohada-e Tacrish Xəstəxanası, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran.

Jouni Uitto, Dermatologiya və Dəri Biologiyası Departamenti, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ.

Dermatologiya və dəri biologiyası şöbəsi, Sidney Kimmel Tibb Kolleci, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Jefferson Molekulyar Tibb İnstitutu, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Fahimeh Abdollahimajd, Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Shohada-e Tacrish Xəstəxanası, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran.

Jouni Uitto, Dermatologiya və Dəri Biologiyası Departamenti, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ.

Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran

Şəhid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tibb Fakültəsi, Tibbi Genetika Bölməsi, Tehran, İran

Dermatologiya və dəri biologiyası şöbəsi, Sidney Kimmel Tibb Kolleci, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Jefferson Molekulyar Tibb İnstitutu, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran

Stomatologiya Elmi-Tədqiqat İnstitutu, Tehran Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran

Dermatologiya və dəri biologiyası şöbəsi, Sidney Kimmel Tibb Kolleci, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Jefferson Molekulyar Tibb İnstitutu, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran

Klinik Tədqiqatların İnkişafı Bölməsi, Shohada-e Tacrish Xəstəxanası, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran

Fahimeh Abdollahimajd, Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Shohada-e Tacrish Xəstəxanası, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran.

Jouni Uitto, Dermatologiya və Dəri Biologiyası Departamenti, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ.

Dermatologiya və dəri biologiyası şöbəsi, Sidney Kimmel Tibb Kolleci, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Jefferson Molekulyar Tibb İnstitutu, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ

Fahimeh Abdollahimajd, Dəri Araşdırmaları Mərkəzi, Shohada-e Tacrish Xəstəxanası, Şahid Beheşti Tibb Elmləri Universiteti, Tehran, İran.

Jouni Uitto, Dermatologiya və Dəri Biologiyası Departamenti, Tomas Cefferson Universiteti, Filadelfiya, PA, ABŞ.

Mücərrəd

Vitiliqo, patogenezində genetika və otoimmünitetin müəyyən edilmiş rolu olan multifaktorial dəri xəstəliyidir. Vitamin D reseptorunun (VDR) polimorfizmlərinin bəzi etnik populyasiyalarda vitiliqo riski ilə əlaqələndirilməsi təklif edilmişdir. Digər tərəfdən, fitri immun sisteminin komponentlərindən biri olan katelisidin bəzi xroniki dəri xəstəliklərinin inkişafında rol oynayır və VDR katelisidin ifadəsini tənzimləyir. Vitiliqolu xəstələrdə katelisidinin plazma səviyyəsini və onun VDR gen polimorfizmləri ilə əlaqəsini, həmçinin plazma D vitamini səviyyəsini müəyyən etmək məqsədi daşıyırdıq. Bu tədqiqatda 90 vitiliqo xəstəsi və 90 qeyri-vitiliqo nəzarətçisi iştirak etmişdir. Qanda 25(OH) vitamin D və katelisidin səviyyələri ELISA ilə təyin olundu. VDR polimorfizmləri üçün genotipləmə (ApaI, Təqİ, FokiBsmI) RFLP-PCR üsulu ilə aparılmışdır. Katelisidin orta qan səviyyəsi vitiliqolu xəstələrdə nəzarətlə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə yüksək olmuşdur (P < .0001). D vitamininin orta qan səviyyəsi xəstələrdə nəzarət qrupuna nisbətən əhəmiyyətli dərəcədə aşağı idi (P = .01). Həm genotip, həm də allel tezlikləri üçün statistik əhəmiyyətli fərqlər müşahidə edilməmişdir BsmI, ApaITəqİ polimorfizmlər. Həddindən artıq dominant modeldə vitiliqo riski sərhəddə artmışdır Foki OR = 1.8 və ilə polimorfizm P = .051. Bizim tapıntılarımız katelisidinin vitiliqonun patogenezində potensial rolunu göstərirdi, lakin onun dəqiq mexanizmini müəyyən etmək üçün gələcək qiymətləndirmələrə ehtiyac var. VDR gen polimorfizminin genetik tədqiqi vitiliqo riskinin artdığını göstərirdi. Foki İran əhalisinin polimorfizmi.


Materiallar və metodlar

Axtarış strategiyası və seçim meyarları

Pubmed, Embase, Medline, Cochrane, China National Knowledge Infrastructure (CNKI), VIP, Wanfang və China Biology Medicine diski (CBMdisc) kimi verilənlər bazalarının hərtərəfli axtarışı aparılıb. Axtarışlar verilənlər bazası mənşəyindən 2014-cü ilin sentyabrına qədər olan ədəbiyyatı əhatə etdi və aşağıdakı açar sözlərdən istifadə edildi: “IL-23” OR “interleykin-23”, “Ankilozan Spondilit” VEYA “AS” və “polimorfizm” və ya “polimorfizmlər”. CNKI, VIP, Wanfang və CBMdisc verilənlər bazalarında biz Çin simvollarında müvafiq sözləri axtardıq. Embase verilənlər bazası üçün tam axtarış strategiyası Cədvəl 1-də təqdim edilmişdir. Heç bir dil məhdudiyyətindən istifadə edilməmişdir. Yuxarıda qeyd olunan verilənlər bazalarından kənar istinadlar üçün əl axtarışı da həyata keçirilmişdir. Genetik paylanma məlumatlarını ətraflı təsvir etməyən tədqiqatlar üçün məlumatları tamamlamaq üçün əsas müəlliflərlə e-poçt yazışmalarından istifadə edilmişdir. Potensial əlaqəli tədqiqatları müəyyən etmək üçün başlıqlar və abstraktlar iki müəllif tərəfindən müstəqil olaraq yoxlanıldı. Uyğunluq meyarlarına cavab verənləri seçmək üçün müəyyən edilmiş tədqiqatların tam mətnli versiyaları nəzərdən keçirilmişdir. Müəyyən edilmiş tədqiqatlar meta-analizə daxil edilməzdən əvvəl yekun təsdiqə məruz qalmışdır.

#1 'interleykin'/exp VEYA interleykin VƏ 23
#2 il VƏ 23
#3 #1 VƏ YA #2
#4 ankilozan VƏ ('spondilit'/exp OR spondilit)
#5 ankilopoietik VƏ ('spondylarthritis'/exp OR spondylarthritis)
#6 ankilopoetik VƏ ('spondilit'/exp OR spondilit)
#7 ankilozan VƏ ('onurğa'/exp OR onurğa)
#8 ankilozan və spondilit
#9 Ankilozan VƏ ('spondylarthritis'/exp OR spondylarthritis)
#10 Ankilozan VƏ ('spondylartroz'/exp OR spondylarthrosis)
#11 'ankiloz'/exp OR ankiloz VƏ ('spondilit'/exp OR spondylitis)
#12 Ankilotik VƏ ('spondilit'/exp OR spondylit)
#13 Bechterew AND ('xəstəlik'/exp OR xəstəlik)
#14 Bekhterev AND ('xəstəlik'/exp OR xəstəlik)
#15 Morbus AND bechterew
#16 Onurğa AND ('ankiloz'/exp OR ankiloz)
#17 'onurğa'/exp OR onurğa VƏ ('ankiloz'/exp OR ankilosis)
#18 'spondylarthritis'/exp OR spondylarthritis VƏ ankilopoietika
#19 'spondylarthritis'/exp OR spondylarthritis VƏ ankilozanlar
#20 'spondylarthrosis'/exp OR spondylarthrosis və ankilopoietika
#21 'spondilit'/exp VEYA spondilit və ankilopoetika
#22 'spondilit'/exp OR spondilit və ankilopoietika
#23 Spondilit VƏ ankilozan
#24 'spondiloartrit'/exp OR spondiloartrit və ankilopoietika
#25 Vertebral və ('ankiloz'/exp OR ankiloz)
#26 #4 VƏ YA #5 VƏ YA #6 VƏ YA #7 VƏ YA #8 VƏ YA #9 VƏ YA #10 VƏ YA #11 VƏ YA #12 VƏ YA #13 VƏ YA #14 VƏ YA #15 VƏ YA #16 VƏ YA #17 VƏ YA #18 VƏ YA #19 VƏ YA #20 YA #21 VƏ YA #22 VƏ YA #23 VƏ YA #24 VƏ YA #25
#27 'tək nukleotid polimorfizmi'/exp
#28 Polimorfizm, VƏ tək VƏ ('nukleotid'/exp OR nukleotid)
#29 Tək VƏ (“nukleotid”/exp OR nukleotid) VƏ polimorfizm
#30 #27 VƏ YA #28 VƏ YA #29
#31 #3 VƏ #26 VƏ #30

Daxiletmə meyarları

Uyğunluq meyarlarına cavab verən araşdırmalar təhlilə daxil edildi və hər hansı fikir ayrılığı müəlliflər (Xu B və Ma JX) arasında müzakirə yolu ilə həll edildi. Konsensusun əldə edilmədiyi hallarda, yekun qərar qəbul etmək üçün üçüncü müəllif cəlb edilmişdir. Aşağıdakı meyarlara cavab verən tədqiqatlar meta-analizə daxil edilmişdir: (1) IL-23R rs7517847 və ya rs2201841 polimorfizmləri ilə AS həssaslığı arasındakı əlaqəni qiymətləndirən araşdırma (2) hal-nəzarət araşdırması və ya GWAS (3) kifayət qədər mövcud ictimai məlumat genotip paylanması, ehtimal nisbəti (OR) və 95% etimad intervalı (95% CI) və (4) Hardy-Weinberg tarazlığına (HWE) uyğun olaraq SNP paylanması kimi əlavə təhlil üçün çıxarılmalı, bu da yüksək keyfiyyət deməkdir. genetik assosiasiya tədqiqatlarının dizaynı və aparılması. İki tədqiqatın eyni və ya üst-üstə düşən populyasiyaları araşdırdığı hallarda, daha böyük nümunə ölçüsü olan tədqiqat təhlilə daxil edilmişdir.

Müvafiq məlumatlar haqqında məlumat vermək üçün əsas müəlliflə əlaqə saxlamaq mümkün olmayan tədqiqatlar istisna edilmişdir.

Məlumatların çıxarılması və keyfiyyətin qiymətləndirilməsi

Daxil edilmiş tədqiqatların müvafiq xüsusiyyətləri iki müəllif tərəfindən müəyyən edilmiş və qeydə alınmışdır, o cümlədən tədqiqatın birinci müəllifi, nəşr ili, ölkə, subyektlərin etnik mənsubiyyəti, müvafiq SNP-lər, xəstənin demoqrafik məlumatları, genotip üçün istifadə olunan test üsulu, genotip paylanmasının ölkədə olub-olmaması Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) və sınaqdan keçirilmiş nümunələrin mənbəyinə uyğundur. Cari tədqiqat üçün dəqiq nəticələr əldə etmək üçün, daxil edilmiş tədqiqatda ictimai məlumat yoxdursa, araşdırmanın əsas müəllifi ilə e-poçt əlaqəsi aparıldı. Meta-analizə daxil edilmiş tədqiqatların keyfiyyətinin qiymətləndirilməsi Nyukasl-Ottava Şkalasından (NOS) istifadə etməklə iki müəllif tərəfindən aparılmışdır (Cota et al., 2013). Ballar mövzu seçimi (yəni, işin tərifinin adekvatlığı, işlərin reprezentativliyi, nəzarət vasitələrinin seçilməsi və nəzarət vasitələrinin müəyyən edilməsi) və qrupların müqayisəliliyi (yəni, işlərin və nəzarətlərin dizayn əsasında müqayisəliliyi və ya təhlili), eləcə də məruz qalmanın ölçülməsi (yəni, məruz qalmanın müəyyən edilməsi, hallar və nəzarətlər üçün eyni təyinetmə metodu və cavab verməmə dərəcəsi). NOS balları 0-dan 9-a qədər idi. NOS balı ≥6 olan tədqiqatlar yüksək keyfiyyətli hesab olunurdu. Higgins I Tədqiqatların heterojenliyini qiymətləndirmək üçün 2 istifadə edilmişdir. Etnik mənsubiyyətə görə alt qrup təhlili, hər bir etnik qrupda araşdırmaların sayı iki və ya daha çox olduqda həyata keçirilirdi. Müvafiq məlumat olmadığı üçün gender alt qruplarının təhlili aparıla bilmədi. Həssaslıq təhlili, daxil edilən sınaqların sabitliyini aşkar etmək üçün hər bir tədqiqat çıxarıldıqda meta-analizin ümumi nəticələrinin qiymətləndirilməsi yolu ilə həyata keçirilmişdir.

Statistik təhlil

IL-23R rs7517847 və rs2201841 polimorfizmləri və AS həssaslığı arasındakı əlaqənin gücü Odds Ratio (OR) istifadə edərək qiymətləndirildi. Eyni zamanda, dəqiqlik 95% CI ilə ölçüldü. Hazırkı tədqiqatda təsadüfi təsir modelindən istifadə edilmişdir. rs7517847 və rs2201841 ilə əlaqədar olaraq, cari tədqiqatda AS-yə həssaslığı qiymətləndirmək üçün homozigot modeli, heterozigot modeli, resessiv model, dominant model və allel modeldən istifadə edilmişdir. Çıxarılan məlumatların statistik təhlili STATA 12.0 istifadə edərək həyata keçirilmişdir.


Əlavə Şəkil 1 PTP1B-knockdown (1B-KD). HER2 + döş xərçəngi (BC) hüceyrələri proliferasiyaya təsir etmir in vitro.

(a) PTP1B-KD effektivliyini və WT mPTP1B WT və katalitik cəhətdən zəifləmiş mutantın (RM) ifadəsini göstərən immunoblot HER2 + BC hüceyrələri. (b) Nəzarət və 1B-KD artım əyriləri HER2 + Normal mühitdə BC hüceyrələri (DMEM və ya RMPI + 10%FBS, göstərildiyi kimi Metodlara baxın). Məlumat nöqtələri müxtəlif günlərdə həyata keçirilən üç müstəqil təcrübənin orta dəyərlərini əks etdirir, xam məlumatlar üçün Əlavə Cədvəl 8-ə baxın. (c) Göstərilən hüceyrələrin böyümə əyriləri aşağı serumda (1% FBS), aşağı qlükozada (0,5 g l -1) və ya heç bir qlutamin şəraitində saxlanılır. Göstərilən üç (aşağı zərdab, aşağı qlükoza) və ya iki (aşağı qlutamin) müstəqil təcrübədən əldə edilən məlumatlar xam məlumatlar üçün Əlavə Cədvəl 8-ə baxın. (d) Control və BT474 1B-KD hüceyrələrində EGF-induksiya etdiyi siqnal hadisələrini göstərən immunoblot. PTP1B çatışmazlığının aşağı axın siqnal komponentlərinə oxşar təsirinin olmaması digər 1B-KD xətlərindən istifadə etməklə, eləcə də bir çox digər agonistlərə cavab olaraq görüldü. (e) Nəzarət və 1B-KD tərəfindən əmələ gələn yumşaq agar koloniyalarının təmsilçi təsvirləri (4× böyüdülməsi) və kəmiyyətinin müəyyən edilməsi HER2 + BC hüceyrələri. İki müstəqil təcrübənin məlumatları göstərilir. (f) Nəzarət və 1B-KD ilə əmələ gələn koloniyaların reprezentativ şəkilləri (10x böyüdülmə) HER2 + Matrigeldəki BC hüceyrələri. Ölçək çubuqları 250 μM-ni təmsil edir. Nəticələr orta ± s.e.m. Qeyd edək ki, PTP1B çatışmazlığının davamlı təsiri yoxdur HER2 + 2D və ya 3D mədəniyyətlərdə döş xərçəngi hüceyrələrinin yayılması.

Əlavə Şəkil 2 Ptpn1 −/− MMTV-Neu NT siçanlar daha çox hipoksik hiperplastik lezyonlar və gecikmiş şişlər nümayiş etdirir.

(a) Yüzdə sağ qalmağı göstərən Kaplan-Meier əyriləri Ptpn1 +/+ MMTV-Neu NT (30) və Ptpn1 −/− MMTV-Neu NT (20) qarışıq (129/B6/FVB) fonda siçanlar. b. Hər süd vəzisində hiperplastik lezyonların sayı Ptpn1 +/+ MMTV-Neu NT (n = 8) və Ptpn1 −/− MMTV-Neu NT 9 aylıq siçanlar (n = 10). (c) Hiperplastik lezyonların reprezentativ şəkilləri Ptpn1 +/+ MMTV-Neu NTPtpn1 −/− MMTV-Neu NT H&E, BrdU (çoxalma), EF5 (hipoksiya) və CD31 (angiogenez) üçün boyanmış siçanlar. 10 × böyütmədə miqyas çubuqları 20 × böyütmədə 250 μm miqyaslı çubuqlar 25 μm-i təmsil edir. Müsbət boyanma nümunələri qırmızı oxlarla göstərilir. (d) Hiperplastik lezyonlarda göstərilən ləkə üçün müsbət hüceyrələrin faizi Ptpn1 +/+ MMTV-Neu NT (n = 30 lezyon, əldə 4 siçanlar) və Ptpn1 −/− MMTV-Neu NT (n = 38 lezyonlar, əldə 5 siçan). Hər bir qrafikdə hər siçan (rəng kodu ilə göstərilir), həmçinin median, interquartile diapazon (IQR) və barmaqlıqlar (1,5× IQR) üzrə fərdi məlumat nöqtələri göstərilir. Əhəmiyyət çox səviyyəli istifadə edilərək müəyyən edilmişdir t- siçan səviyyəsinin məcmu ölçmələrini müqayisə etməzdən əvvəl hər bir siçanın lezyon ölçmələrini ayrıca nəzərdən keçirən test (a.k.a., qarışıq effekt/iyerarxik model) ( ∗ P < 0,05, rəqəmlərlə dəqiq dəyərlər). Qeyd edək ki, PTP1B çatışmazlığı hiperplastik lezyonların sayına təsir etmir, lakin hipoksiyanın artması ilə əlaqələndirilir.

Əlavə Şəkil 3 Nəzarət və 1B-KD döş xərçəngi ksenograftlarının xarakteristikası.

(a) PTP1B çatışmazlığının reseptor tirozin kinaz siqnalına heç bir aydın təsiri yoxdur. İmmunoblot ksenoqraft lizatlarında pAKT (T308 və S473), pMEK (S217/221), pERK (T202/Y204) və pS6 (S240/244 və ya S235/236) səviyyələrini göstərir, ümumi ERK2 səviyyələri yükləmə nəzarəti kimi xidmət edir. Hər bir zolaq ayrı bir şişdəndir. (b) Enjeksiyondan 11 həftə sonra BT474, BT474 1B-KD və BT474 1B-KD + m1B WT ksenoqraftlarından BrdU, Ki67 və CD31 boyanmasının reprezentativ şəkilləri. (c) JIMT1 və JIMT1 1B-KD ksenoqraftlarından H&E, BrdU, CD31 və Ki67-nin inyeksiyadan 8 həftə sonra təsviri. İçəridə əlavələr və əsas şəkillər bc müvafiq olaraq 0,4× və 10× böyütmələri təmsil edir. 0,4 × böyüdücü olan miqyas çubuqları 10 × böyüdücülərdən 1 mm miqyaslı çubuqlar 250 μm-i təmsil edir. (d) BT474-dən BrdU, CD31 və Ki67 boyanmasının miqdarının təyini (n = 6), BT474 1B-KD (n = 5), BT474 1B-KD + mPtpn1 WT (n = 6), JIMT1 (n = 6) və JIMT1 1B-KD (n = 6) şişlər (dən bc). Qrafiklər orta ± s.em-i təmsil edir və iki quyruqlu Tələbə tərəfindən müqayisə edilmişdir t-test (JIMT1) və ya birtərəfli ANOVA, ardınca Bonferroni post-hoc testi (BT474). (e,f) BT474, JIMT1, HCC1954 və BT474 ilə induksiya olunan şiş ölçüsünə qarşı EF5 boyanmasının səpələnmə qrafiki PTPN1-ksenoqraftların yıxılması (şəkil 1-dən). Qeyd edək ki, 1B-KD HER2 + şişlər, daha kiçik olsalar da, daha böyük valideyn həmkarları ilə müqayisədə EF5 boyanmasını çox və ya artır.

Əlavə Şəkil 4 PTP1B çatışmazlığı HER2 + BC hüceyrələri hipoksiyada apoptotik olmayan hüceyrə ölümünə məruz qalır (0,1% O2), lakin məlum hipoksiya cavab yollarını normal olaraq aktivləşdirin.

(a) Sytox mavi (DNT ləkəsi) və Nəzarət və 1B-KD-nin Annexin V boyanmasının təmsilçi axını sitometrik qrafikləri HER2 + BC hüceyrələri 0,1% O-ya məruz qalır2 göstərilən vaxtlar üçün. (b) Annexin V və Sytox Blue populyasiyalarının miqdarı a (n = 4 bioloji cəhətdən müstəqil nümunə də Əlavə Cədvəl 8-ə baxın). Qrafiklər hüceyrələrin orta faizini ± s.e.m. Statistik əhəmiyyət ikitərəfli ANOVA, ardınca Bonferroni post-hoc testi ilə qiymətləndirildi. (c) PTP1B çatışmazlığı olanda mTOR yoluna və ya autofagiyaya ardıcıl təsir yoxdur HER2 + BC hüceyrələri. İmmunoblotlar Control və 1B-KD-də autofagik axını (LC3 boyanması ilə) və mTOR-dan asılı siqnalı (pS6 S240/244 ilə) göstərir HER2 + BC hüceyrələri, 0,1% O-ya məruz qaldıqdan sonra2 göstərilən vaxtlar üçün. (d) Erkən HIF1α PTP1B çatışmazlığında stabilləşmə HER2 + BC hüceyrələri. İmmunoblotlar HIF1 göstərirα səviyyələri və Nəzarət və 1B-KD-də aşağı axın PDH fosforilasiyası HER2 + Hipoksiyaya məruz qaldıqdan sonra BC hüceyrələri (0,1% O2), qeyd edildiyi kimi, bu tapıntılar PTP1B çatışmazlığı olan hüceyrələrdə artan oksigen istehlakı ilə izah edilə bilər ki, bu da erkən HIF aktivləşməsi ilə nəticələnir. (e) Göstərilən Nəzarət və 1B-KD-də 84 hipoksiya geninin (qPCR massivi ilə qiymətləndirilir) ifadə səviyyəsini göstərən səpələnmə qrafiki HER2 + BC hüceyrələri 0,1% O-ya məruz qalır2 8 saat (SKBR3 və HCC1954) və ya 24 saat (BT474 və MDA-MB-361). Massiv hər bir hüceyrə xətti dəsti üçün bir dəfə qiymətləndirildi. f,Məlum HIF1α hədəf genlərinin ifadə səviyyələri VEGFA, GLUT1, CA9, PDK1REDD1 qədər normallaşdırıldı RPL13A Control və 1B-KD-dən HER2 + BC hüceyrələri 0,1% O-ya məruz qalır2 göstərildiyi kimi. BT474 üçün hər bir gen bioloji cəhətdən müstəqil üç təkrar təcrübədə ölçüldü. Digər sətirlər üçün tək sınaqdan alınan məlumatlar göstərilir. Xam dəyərlər üçün Əlavə Cədvəl 8-ə baxın. (g) PTP1B çatışmazlığı HER2 + hüceyrələr UPR-nin erkən aktivləşməsini göstərir. İmmunoblot eIF2 ilə qiymətləndirildiyi kimi PERK aktivasiyasını göstərirα Hipoksiya məruz qalmağa cavab olaraq Control və 1B-KD BC hüceyrələrində fosforlaşma (0,1% O2), göstərildiyi kimi. ERK2 və eIF2α yükləmə nəzarəti kimi xidmət edir.

Əlavə Şəkil 5 Mitoxondrial kütlə və qlutamat mübadiləsi fermentlərinin səviyyələri PTP1B çatışmazlığından təsirlənmir.

(a) İmmunoblotlar Control və 1B-KD-də göstərilən mitoxondrial zülalların səviyyələrini göstərir HER2 + Normoksiya altındakı BC hüceyrələri və ya 0,1% O2, göstərildiyi kimi. SOD1 yükləmə nəzarəti kimi xidmət edir. (b) Nəzarət və 1B-KD BT474 hüceyrələrində ümumi və aktiv mitoxondriyalar müvafiq olaraq Mitotracker yaşıl və ya CMXROS ilə rənglənərək və axın sitometrik analizi ilə ölçüldü. Qrafiklər həndəsi orta floresan intensivliyi ± s.e.m. Məlumat nöqtələri bioloji cəhətdən müstəqil dörd təcrübədəndir. Xam məlumat üçün Əlavə Şəkil 8-ə baxın. (c) Mitoxondrial DNT-nin (qPCR ilə) Nəzarətdə və 1B-KD SKBR3 hüceyrələrində normoksiyada və ya 0,1% O-da kəmiyyətinin təyini2 hipoksiya. Məlumatlar bir sınaqdan alınmış xam dəyərlərdir Əlavə Cədvəl 8-də. (d) İmmunoblotlar Nəzarət və 1B-KD-də α-KG səviyyələrinə təsir göstərə bilən qlutamat mübadiləsi fermentlərinin səviyyələrini göstərir. HER2 + BC hüceyrələri ERK2 yükləmə nəzarəti kimi xidmət edir.

Əlavə Şəkil 6 PTP1B çatışmazlığı BT474 və SKBR3 hüceyrələrində metabolit profilini dəyişdirir.

(a) İstilik xəritəsi və (c) Normoksiyada 24 saat sonra Control, 1B-KD və 1B-KD + m1B PTP1B WT BT474 hüceyrələrində ~ 139 metabolit (LC-MS/MS ilə müəyyən edilmiş Metodlara baxın) səviyyələrini göstərən əsas komponentlərin təhlili (PCA) (21% O2) və ya hipoksiya (0,1% O2). (b) İstilik xəritəsi və (d) Normoksiyada Nəzarət və 1B-KD SKBR3 hüceyrələrində ~139 metabolit səviyyələrini göstərən PCA (21% O2) və ya hipoksiya (0,1% O2) 18 saat. Hər iki hüceyrə xəttində (qırmızı ulduz) α-KG-də PTP1B-dən asılı azalmaya diqqət yetirin. (e) 0,1% O-ya məruz qalmış Control və 1B-KD BT474 və SKBR3 hüceyrələrində qlikolitik və TCA metabolitlərində ≥2 qat fərqi göstərən sxematik2 normoksida hipoksiya məlumatları Şəkil 4a-da göstərilmişdir. (f) IDH aktivliyi Nəzarət və ya Nəzarət və ya ilə transfeksiya edilmiş 1B-KD BT474 və HCC1954 hüceyrələrinin lizatlarında ölçüldü. IDH1 siRNA-lar. Məlumatlar hər zaman nöqtəsində üç təkrar ölçmə ilə tək bir təcrübədən əldə edilmişdir. Müstəqil təkrarların xam məlumatları Əlavə Cədvəl 8-də verilmişdir. Bundan sonra görülən fəaliyyət IDH1 yıxılma IDH2 fəaliyyətini ümumi və aktivlik arasındakı fərqi təmsil edir IDH1 yıxılan hüceyrələr IDH1 fəaliyyətini təmsil edir. ERK2 immunoblot yükləmə nəzarəti kimi xidmət edir.

Əlavə Şəkil 7 RNF213 ehtimal olunan PTP1B substratıdır və hipoksiyanın sağ qalmasını və qlobal miqyasda yayılmasını tənzimləyir.

(a) PTP1B substratı tutan mutant (CS/DA) BT474 hüceyrələrində məlum PTP1B substratını, EGFR-ni müəyyən edir. Hüceyrə xətləri 16 saat ac qaldı, sonra göstərildiyi kimi EGF (50 ng ml -1) ilə yenidən stimullaşdırıldı. Bayraq-mPTP1B WT- və CS/DA-ifadə edən hüceyrələr parçalandı və Bayraq əleyhinə immunopresipitasiyalara məruz qaldı. İmmun kompleksləri və ümumi hüceyrə lizatları anti-EGFR və ya anti-Flag antikorları ilə immunoblotasiya edildi. (b) Normoksiyada BT474 1B-KD BC hüceyrələrində ifadə olunan WT Flag-mPTP1B və ya Flag-mPTP1B CS/DA ilə əlaqəli zülallardan peptidlərin sayı (LC-MS/MS ilə müəyyən edilir) (21% O)2) və ya hipoksiya (0,1% O2). c,ARHGAP12 immunoblotu BT474 1B-KD, 1B-KD + Bayraq-mPTP1B WT- və ya CS/DA-ifadə edən hüceyrələrdən olan anti-Bayraq ko-immunoprecipitates. (d) təsiri ARHGAP12 24 saat normoksiyaya məruz qaldıqdan sonra Nəzarət və 1B-KD HCC1954 hüceyrə sağ qalmasının yıxılması və ya 0,1% O2. ilə transfeksiyadan 72 saat sonra ARHGAP12-nin tükənməsinə diqqət yetirin ARHGAP12 siRNA-lar. e,f, Nəzarətdə HIF1α P564 hidroksilasiyasını göstərən immunoblotlar və 1B-KD BT474 (n = 3 bioloji cəhətdən müstəqil nümunə) və HCC1954 (n = 6 bioloji cəhətdən müstəqil nümunə) hüceyrələr, olan və ya olmayan RNF213-KD, normoksiyada və ya 0,1% O2. Qrafiklər (orta ± s.e.m.) ikitərəfli ANOVA, ardınca Bonferroni post-hoc testi müqayisə edildi (Əlavə Cədvəl 8-ə baxın). (g) Nəzarət və ya 1B-KD HCC1954 hüceyrələrindən RNF213 immunoblotu RNF213 və ya shRNA-ları idarə edin. (h) HCC1954 ksenoqraftlarında RNF213-ü göstərən immunoblot (Şəkil 6g-dən). (i) HCC1954 ksenoqraftlarından EF5 boyanmasının şiş ölçüsünə qarşı səpələnmə qrafiki (Şəkil 6g-i-dən). 24 saat ərzində PTP1B inhibitoru ilə və ya onsuz müalicə olunan BT474 hüceyrələrindən HA-ubiquitin (HA-Ub) immunoblotu (j) və ya Nəzarət və 1B-KD BT474 hüceyrələri ilə transfeksiya edilmişdir siControl və ya siRNF213 və boş vektor və ya HA-Ub, 0,1% O-ya məruz qalır2 24 saat (k), və 3 saat ərzində proteasomal (MG132) və lizosomal (xlorokin) inhibitorları ilə və ya olmadan müalicə edildi (Şəkil 7c, d-dən). (l) 24 saat ərzində IOXI ilə müalicə olunan Control və PTP1B çatışmazlığı olan BT474 hüceyrələrindən HA-Ub immunoblotları. ERK2 və eIF2α yükləmə nəzarətləri kimi. (m) Venn diaqramı ≥1,5 dəfə artmış zülalların sayını göstərir. PTPN1-KD tək başına, ≤0,67 qat azalıb RNF213-KD tək başına ya da qarşılıqlı olaraq təsirlənir PTPN1-RNF213-KD, HA-Ub IP-MS və ya DiGly zənginləşdirilməsi ilə aşkar edildiyi kimi Əlavə Cədvəl 3-ə baxın.

Əlavə Şəkil 8 Əsas rəqəmlərin işlənməmiş ləkələri.

(a) RNF213-ün PTP1B substratı tutan mutant (CS/DA) ilə qarşılıqlı əlaqədə olduğunu göstərən Şəkil 6a-dan immunoblotlar. (b) Şəkil 6b-dən immunoblotlar RNF213-ün Flag-mPtp1B WT və ya zülal-tirozin fosfatazların ümumi rəqabətli inhibitoru olan vanadatın olmadığı və mövcudluğu ilə müxtəlif substrat tutma mutantları ilə birgə immunopresipitasyonunu göstərir. (c) Nəzarət və 1B-KD BT474, HCC1954 və MDA-MB-361 hüceyrələrindən RNF213 immunopresipitatlarının fosfo-tirozin səviyyələrini göstərən Şəkil 6c-dən immunoblotlar. (d) Control və 1B-KD-də RNF213 səviyyələrini göstərən immunoblotlar HER2 + ilə transfeksiya edilmiş BC hüceyrələri siControl və ya siRNF213 (Şəkil 6d-dan). e, Control və 1B-KD BT474 hüceyrələrindən Flag-RNF213 immunoprecipitates RNF213 autoubiquitylation fəaliyyəti göstərən immunoblot (Şəkil. 7g). Qırmızı qutular əsas rəqəmlərdə görünən kəsilmiş hissələri göstərir.



Şərhlər:

  1. Russ

    Hazırda müzakirəyə qoşula bilmirəm - çox məşğuldur. Amma osvobozhus - mütləq mən nə yazmaq.

  2. Gusho

    Nadir uğurlar! Nə xoşbəxtlik!

  3. Cy

    Bu sualla bağlı çoxlu məqalələrin olduğu bir sayta gəlməyi təklif edirəm.

  4. Ame

    What the right words ... super, brilliant idea

  5. Ald

    Bağışlayın, mən qarışıram... Bu sualı başa düşürəm. müzakirəyə dəvət edirəm.

  6. Taumuro

    Düşünürəm ki, səhv edirsən. Mən mövqeyi müdafiə edə bilərəm. PM-ə yazın, əlaqə saxlayaq.

  7. Varik

    Məncə, onlar yanılırlar. Mənə PM-də yazın, sizinlə danışır.



Mesaj yazmaq