Məlumat

8.5B: Prokariotların təsnifatı - Biologiya

8.5B: Prokariotların təsnifatı - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Prokaryotik orqanizmlər yer üzündə ilk canlılar idi və nə qədər ekstremal olsalar da, hələ də hər mühitdə yaşayırlar.

Öyrənmə Məqsədləri

  • Geoloji qrafiki baxımından prokaryotik orqanizmlərin mənşəyini müzakirə edin

Əsas Nöqtələr

  • Bütün canlıları domen adlanan üç əsas qrupa bölmək olar; bunlara Arxeya, Bakteriyalar və Eukaria daxildir.
  • Prokaryotlar 3,5-3,8 milyard il əvvəl Kembriyə qədərki dövrdə yaranmışdır.
  • Prokaryotik orqanizmlər Yer kürəsində çox istidən çox soyuqdan, super formadan çox turşuya qədər hər cür mühitdə yaşaya bilər.
  • Bakteriyalar və Arxeya domenləri prokaryotik orqanizmləri ehtiva edənlərdir.
  • Arxeylər vulkanların içi kimi ekstremal mühitlərdə məskunlaşan prokaryotlardır, bakteriyalar isə daha çox yayılmış orqanizmlərdir, məsələn E. coli.

Əsas Şərtlər

  • prokaryot: hüceyrəsi (və ya hüceyrələri) nüvənin və ya hər hansı digər membrana bağlı orqanoidlərin olmaması ilə xarakterizə olunan bir orqanizm
  • domen: üç domenli sistemdə, orqanizmlərin təsnifatında ən yüksək dərəcə, krallıqdan yuxarı: Bakteriyalar, Arxeya və Eukarya
  • arxeya: nüvəsi olmayan təkhüceyrəli orqanizmlərin taksonomik sahəsi, əvvəllər arxebakteriyalar adlanırdı, lakin indi bakteriyalardan əsaslı şəkildə fərqləndiyi bilinir.

Prokaryotların təkamülü

Yaxın keçmişdə elm adamları canlıları beş səltənət (heyvanlar, bitkilər, göbələklər, protistlər və prokaryotlar) kimi bir neçə meyar əsasında qruplaşdırdılar: nüvənin və digər membrana bağlı orqanoidlərin olmaması və ya olması, onların olmaması və ya olması. 20-ci ilin sonlarında hüceyrə divarları, çoxhüceyrəlilik və sci əsrdə, Carl Woese və başqalarının qabaqcıl işi yer üzündəki orqanizmləri qruplaşdırmaq üçün daha fundamental bir üsulla nəticələnən kiçik subunit ribosomal RNT (SSU rRNA) ardıcıllığını müqayisə etdi. Hüceyrə membranlarının strukturunda və rRNT-dəki fərqlərə əsaslanaraq, Woese və onun həmkarları yer üzündəki bütün həyatın domen adlanan üç nəsil boyunca təkamül etdiyini irəli sürdülər. Bakteriyalar sahəsi Bakteriyalar krallığındakı bütün orqanizmləri, Archaea sahəsi prokaryotların qalan hissəsini və Eukarya sahəsi bütün eukaryotları, o cümlədən Animalia, Plantae, Göbələklər və Protista krallıqlarındakı orqanizmləri əhatə edir.

Birinci canlı orqanizmlərin təkamülünün hazırkı modeli ondan ibarətdir ki, bunlar protobiontlardan təkamül yolu ilə əmələ gəlmiş prokaryotların hansısa formasıdır. Ümumiyyətlə, eukariotların həyat tarixində daha sonra inkişaf etdiyi düşünülür. Bununla belə, bəzi müəlliflər prokaryotik növlərin hazırkı dəstinin sadələşdirmə prosesi vasitəsilə daha mürəkkəb eukaryotik əcdadlardan təkamül keçirə biləcəyini iddia edərək, bu nəticəni şübhə altına aldılar. Digərləri həyatın üç sahəsinin eyni vaxtda, tək genofondunu meydana gətirən müxtəlif hüceyrələr dəstindən yarandığını iddia etdilər.

Üç domendən ikisi, Bakteriyalar və Arxeyalar prokaryotikdir. Fosil dəlillərinə əsaslanaraq, prokaryotlar Yer üzündə ilk sakinlər olub, 3,5-3,8 milyard il əvvəl Kembriyəqədər Dövrdə peyda olublar. Bu orqanizmlər bol və hər yerdə mövcuddur; yəni hər yerdə mövcuddurlar. Orta mühitlərdə yaşamaqdan əlavə, onlar ekstremal şəraitdə tapılır: qaynayan bulaqlardan Antarktidadakı daimi donmuş mühitlərə qədər; Ölü dəniz kimi duzlu mühitlərdən okeanın dərinlikləri kimi böyük təzyiq altında olan mühitlərə; və tullantıların idarə olunması zavodu kimi oksigensiz ərazilərdən Çernobıl kimi radioaktiv çirklənmiş bölgələrə. Prokaryotlar insanın həzm sistemində və dərisində yaşayır, müəyyən xəstəliklərdən məsuldurlar və bir çox qidaların hazırlanmasında mühüm rol oynayırlar.


Prokaryotlarda üfüqi gen transferi: kəmiyyət və təsnifat

mücərrədBakterial, arxeal və eukaryotik genomların müqayisəli təhlili göstərir ki, prokaryotik genomlardakı genlərin əhəmiyyətli bir hissəsi üfüqi köçürməyə məruz qalmışdır. Bəzi hallarda üfüqi gen transferinin miqdarı və mənbəyi orqanizmin həyat tərzi ilə əlaqələndirilə bilər. Məsələn, bakterial hipertermofillər digər bakteriyalara nisbətən daha çox arxeya ilə gen mübadiləsi aparıblar, halbuki eukaryotik genlərin müəyyən siniflərinin köçürülməsi parazit və simbiotik bakteriyalarda daha çox olur. Üfüqi köçürmə hadisələri yeni genlərin əldə edilməsi, mövcud genlərin paraloqlarının alınması və genin başqa nəsildən (ksenoloq) üfüqi olaraq köçürülmüş ortoloq tərəfindən yerdəyişməsi ilə ksenoloji gen yerdəyişməsinin fərqli kateqoriyalarına təsnif edilə bilər. Üfüqi gen transferinin bu növlərinin hər biri prokaryotlar arasında geniş yayılmışdır, lakin onların nisbi töhfələri müxtəlif nəsillərdə fərqlənir. Horizontal olaraq köçürülmüş genlərin fiksasiyası və uzunmüddətli davamlılığı onların alıcı orqanizmə seçici üstünlük verdiyini göstərir. Əksər hallarda bu üstünlüyün mahiyyəti qeyri-müəyyən olaraq qalır, lakin eukaryotik genlərin bakteriyalar tərəfindən alınmasının bir neçə halının ətraflı araşdırılması, görünür, təkamül qüvvələrini ortaya qoyur. Nümunələr arasında eukariotlardan bir neçə bakteriya tərəfindən alınması antibiotik müqaviməti ilə əlaqəli olan izolösil-tRNA sintetazaları, hüceyrədaxili parazit bakteriyaların, Chlamydia və Rickettsia tərəfindən alınmış ATP/ADP translokazları və xlamidial patogenə aid ola bilən proteazları göstərmək olar.


Arxeya: Sistematika

Arxeya bütün məlum həyatın bölünə biləcəyi üç sahədən birini təşkil edir. Həyatın daha iki sahəsi var. Bunlardan biri bitkiləri, heyvanları, göbələkləri və protistləri əhatə edən Eukaryotadır. Protistlər istisna olmaqla, bu orqanizmlər Aristotelin dövründən bəri tanınır və öyrənilir və çox güman ki, tanış olduğunuz orqanizmlərdir. Kəşf edilən ikinci sahə, ilk dəfə 17-ci əsrdə Hollandiyalı təbiətşünas Antoni van Leuvenhuk kimi insanlar tərəfindən mikroskop altında müşahidə edilən Bakteriyalar idi.

Bakteriyaların kiçik ölçüləri onların öyrənilməsini çətinləşdirirdi. Erkən təsnifatlar fərdlərin formasından, laboratoriya mədəniyyətlərində koloniyaların görünüşündən və digər fiziki xüsusiyyətlərdən asılı idi. Biokimya müasir bir elm olaraq çiçəklənəndə bakteriya növlərini təsnif etmək üçün kimyəvi xüsusiyyətlərdən də istifadə olunurdu, lakin hətta bu məlumat kiçik mikrobları etibarlı şəkildə müəyyən etmək və təsnif etmək üçün kifayət deyildi. Bakteriyaların etibarlı və təkrarlana bilən təsnifatı 20-ci əsrin sonlarına qədər mümkün deyildi ki, molekulyar biologiya onların DNT-ni ardıcıllıqla sıralamağa imkan verdi.

DNT molekulları bütün canlıların hüceyrələrində olur və zülalları və digər hüceyrə komponentlərini yaratmaq üçün lazım olan məlumatları saxlayır. Hüceyrələrin ən vacib komponentlərindən biri də hüceyrələrdir ribosom, DNT mesajını kimyəvi məhsula çevirən böyük və mürəkkəb molekul. Bir ribosomun kimyəvi tərkibinin çox hissəsidir RNT, DNT-yə çox bənzəyən və öz tikinti bloklarının ardıcıllığına malik olan bir molekul. Molekulyar bioloq ardıcıllıq üsulları ilə RNT-nin tikinti blokunu tək-tək ayırıb hər birini müəyyən edə bilər. Nəticə budur ardıcıllıq həmin tikinti bloklarından.

Ribosomlar canlıların fəaliyyəti üçün çox vacib olduğundan, sürətli təkamülə meylli deyillər. Ribosom ardıcıllığında böyük bir dəyişiklik ribosomu hüceyrə üçün yeni zülallar yaratmaq vəzifələrini yerinə yetirə bilməz. Buna görə ribosomlardakı ardıcıllığın olduğunu deyirik qorunur -- zaman keçdikcə çox dəyişmir. Molekulyar təkamülün bu yavaş sürəti ribosom ardıcıllığını bakteriya təkamülünün sirlərini açmaq üçün yaxşı seçim etdi. Geniş bakteriya müxtəlifliyi arasında ribosom ardıcıllığında cüzi fərqləri müqayisə etməklə, oxşar ardıcıllıq qruplarını tapmaq və əlaqəli qrup kimi tanımaq olar.

1970-ci illərdə Carl Woese və Urbana-Champaign-dəki İllinoys Universitetindəki həmkarları bakteriya əlaqələrinin daha yaxşı mənzərəsini inkişaf etdirmək məqsədi ilə bakteriyaların ardıcıllığını tədqiq etməyə başladılar. Onların tapıntıları 1977-ci ildə nəşr olundu və böyük bir sürpriz də daxil idi. Bütün kiçik mikroblar yaxından əlaqəli deyildi. Analizdə bakteriya və eukariot qruplarından başqa üçüncü qrup metan əmələ gətirən mikroblar da var idi. Bunlar metanogenlər oksigen tərəfindən öldürüldükləri, qeyri-adi fermentlər əmələ gətirdikləri və bütün məlum bakteriyalardan fərqli hüceyrə divarlarına malik olduqları üçün onların mikrob dünyasında kimyəvi qəribəliklər olduğu artıq məlum idi.

Woese işinin əhəmiyyəti ondan ibarət idi ki, o, bu qəribə mikrobların biologiyasının ən fundamental səviyyəsində fərqli olduğunu göstərdi. Onların RNT ardıcıllığı balıq və ya çiçəklərdən daha çox bakteriyalarınki kimi deyildi. Bu böyük fərqi tanımaq üçün o, onları "Eubakteriyalar"dan (əsl bakteriyalardan) fərqləndirmək üçün qrupu "Arxebakteriyalar" adlandırdı. Bu orqanizmlər arasındakı əsl ayrılıq səviyyəsi aydınlaşdıqca, Woese orijinal adını qısaltdı Arxeya arxelərin sadəcə bir bakteriya qrupu olduğunu düşünməsinin qarşısını almaq üçün.

Bunu kəşf edəndən bəri metanogenlər Bakteriyalara deyil, arxeyalara aiddir, bir sıra digər arxeal qruplar aşkar edilmişdir. Bunlara həddindən artıq duzlu suda inkişaf edən bəzi həqiqətən qəribə mikroblar, həmçinin qaynamağa yaxın temperaturda yaşayan mikroblar daxildir. Hətta bu yaxınlarda elm adamları okean səthi, dərin okean palçıqları, duzlu bataqlıqlar, heyvanların bağırsaqları və hətta Yer səthinin dərinliklərində olan neft ehtiyatları kimi artan yaşayış yerlərində arxeyləri tapmağa başladılar. Arxeya yalnız 25 il ərzində qaranlıqdan demək olar ki, hər yerdə mövcud olmağa başladı!

Arxeylər getdikcə daha çox elmi araşdırmaların öyrənilməsinə çevrildilər. Arxeal hüceyrələr bir çox cəhətdən bakteriyaların hüceyrələrinə bənzəyir, lakin bir sıra vacib cəhətlərə görə onlar daha çox eukariotların hüceyrələrinə bənzəyirlər. Sual yaranır ki, Arxeylər bakteriyaların, yoxsa bizim qrupumuz olan eukariotların daha yaxın qohumlarıdır? Bu cavab vermək çox çətin sualdır, çünki biz həyat ağacının özünün ən dərin budaqlarından bəhs edirik, müqayisə üçün bu gün ətrafımızda həyatın ilk əcdadları yoxdur. Sualın həllində istifadə olunan yeni yanaşmalardan biri də ardıcıllıqlara baxmaqdır dublikat genlər. Bəzi DNT ardıcıllığı hər bir hüceyrədə birdən çox nüsxədə meydana gəlir, ehtimal ki, keçmişdə bir nöqtədə əlavə bir nüsxə hazırlanmışdır. Bütün canlı hüceyrələrdə dublikat nüsxədə mövcud olduğu bilinən çox az sayda gen var ki, bu da dublikasiyanın həyatın üç sahəsinin ayrılmasından əvvəl baş verdiyini göstərir. İki ardıcıllığı müqayisə edən elm adamları, Arxeyanın bakteriyalardan daha çox bizimlə (və digər eukariotlarla) daha yaxından əlaqəli ola biləcəyini müəyyən etdilər.


Prokaryotik və Eukaryotik Yosunlar Haqqında Qısa Qeydlər

Yosunlarda hüceyrə quruluşunun iki əsas nümunəsi var. Onlar prokaryotik və eukaryotikdir.

1. Prokaryotik yosunlar:

Mavi-yaşıl yosunlar (Cyanophyceae və ya Cyanophycophyta) prokaryotik yosunlardır. Bu yosunlarda onların nüvə materialları, dezoksiribonuklein turşusu (DNT) protoplazmanın qalan hissəsindən nüvə membranı ilə ayrılmır, əksinə, müəyyən dərəcədə hüceyrə daxilində dağılır. Membranla məhdudlaşmış plastidlər yoxdur, fotosintetik lamellər sitoplazmada sərbəst şəkildə əmələ gəlir.

Şəkil nəzakət: planetforward.org/sites/default/files/pond-algae4.jpg

Endoplazmatik retikulum, mitoxondriya və Golgi aparatı da yoxdur. Bir çox yaşıl yosunlarda (Chlorophyceae və ya Chlorophycophyta) meydana gələnlər kimi böyük sulu vakuollar mavi-yaşıl yosunların hüceyrələrində yoxdur. Bundan əlavə, mavi-yaşıl yosunların hüceyrə divarları bakteriyalarınkinə bəzi kimyəvi oxşarlıqlar göstərir. Müəyyən mavi-yaşıl yosunlar bakteriofaqlara bənzəyən viruslarla yoluxa bilər, mavi-yaşıl yosunlar və bakteriyalar arasında daha çox oxşarlığı müdafiə edir və buna görə də onlara siyanobakteriyalar deyilir.

2. Eukaryotik yosunlar:

Digər tərəfdən, eukaryotik yosunların hüceyrələri öz DNT-lərini kiçik deşikli nüvə membranında lokallaşdırırlar, onların nüvələri mahiyyətcə ali bitkilərinkinə bənzəyir. Bu fotosintetik lamellər həm membranlar, həm də müəyyən xloroplastlar içərisindədir. Xloroplastlar kütləvi, parietal və ya ulduza bənzər strukturlar ola bilər, hər bir hüceyrənin içərisində tək-tək meydana gələ bilər və ya yosunsuz yaşıl bitkilərdə olduğu kimi lentşəkilli, çubuqşəkilli, torşəkilli və ya diskoid strukturlar şəklində ola bilər.

Bir çox yaşıl yosunlarda (Chlorophyceae), qızıl yosunlarda (Chrysophyceae), qəhvəyi yosunlarda (Phaeophyceae) və qırmızı yosunlarda (Rhodophyceae), xüsusi bölgələrdə, pirenoidlər plastidlərin içərisində mövcuddur. Yaşıl yosunlarda pirenoidlər adətən nişasta dənələri ilə əhatə olunur. Pirenoidlərin qlükozanın nişastaya fermentativ kondensasiyası üçün mərkəzlər olduğu düşünülür.

İndiyə qədər tədqiq edilmiş bütün eukaryotik yosunların hüceyrələrində endoplazmatik retikulum, mitoxondriya və Qolji cisimləri mövcuddur.

Yosunların hərəkətli hüceyrələri flagellat ola bilər. Hərəkətlilik ilə əlaqəli büzülmə vakuolları, flagella və stiqmalar kimi strukturlar var.


NEET Biologiya Fəsil Wise Sınaq Test – Bioloji Təsnifat

1. Bütün moneranlar
(a) DNT və RNT ehtiva edir
(b) nüvə membranında qapalı olmayan uzun dairəvi DNT zəncirini nümayiş etdirin 0
(c) bakteriyadır
(d) yuxarıda göstərilənlərin hamısı

2. Ən primitiv moneranlar
(a) Rickettsiae
(b) Aktinomisetlər
(c) Progenot
(d) Arxebakteriyalar

3. Şoranlarda və şoranlarda rast gəlinən arxebakteriyalardır
(a) metanogenlər
(b) termoasidofillər
(c) gövşəyən simbiontlar
(d) halofillər

4. Thermococcus, Methanococcus və Methanobacterium nümunəsidir
(a) eukaryotik nüvə histonlarına homoloji zülal ehtiva edən arxebakteriyalar
(b) eukariotlarda olanlara bənzəyən histonlara malik olmayan, lakin DNT-si mənfi qıvrılmış arxebakteriyalar
(c) DNT-si yuvarlaqlaşdırılmış və ya pozitiv şəkildə çox qıvrılmış, lakin sitoskeleti və mitoxondrisi olan bakteriyalar
(d) sitoskeleton və ribosomları olan bakteriyalar

5.E. coli-də əlavə nüvə DNT olaraq adlandırılır
(a) F+ faktoru
(b) cinsi faktor
(c) epizom
(d) Bütün bunlar

6.Bakteriyalar mövcudluğundan ötəri heyvanlardan daha çox bitki hesab edilirlər
(a) kiçik nüvə
(b) plazma membranı
(c) hüceyrə divarı
(d) sporun əmələ gəlməsi

7.Botulizmə səbəb olan bakteriya (Clostridium botulinum).
(a) fakultativ anaerob
(b) məcburi anaerob
(c) fakultativ aerob
(d) məcburi aerob

8.Bakteriofaq litik fazada bakteriyanın qismən həzm olunmuş xromosomunun bir hissəsini özü ilə başqa bir ana hüceyrəyə daşıdıqda, proses adlanır.
(a) transformasiya
(b) ümumi transduksiya
(c) məhdud transduksiya
(d) birləşmə

9. Bakterial transduksiya üçün hansı ifadə düzgündür?
(a) bəzi genlərin bir bakteriyadan digər bakteriyaya virus vasitəsilə ötürülməsi
(b) konjuqasiya yolu ilə genlərin bir bakteriyadan digər bakteriyaya ötürülməsi
(c) bakteriyalar birbaşa DNT-ni əldə etdilər
(d) bakteriya digər xarici mənbədən DNT əldə etmişdir

10. Konjuqasiyada rol oynayan məhsuldarlıq və ya F+ faktoru a
(a) retrovirus
(b) plazmid
(c) viroid
(d) lizogen faq

11. Çay yarpaqlarının sağalması onun fəaliyyəti ilə həyata keçirilir
(a) bakteriyalar
(b) mikoriza
(c) viruslar
(d) göbələklər

12. Nitrifikasiya edən bakteriyaları çevirir
(a) nitratları nitritlərə çevirir
(b) nitritlərin nitratlara çevrilməsi
(c) ammonium duzlarını nitratlara çevirir
(d) ammonium duzlarının amin turşusuna çevrilməsi

13. Kirpiklərlə bağlı aşağıdakı mülahizələrdən hansı düzgün deyil?
(a) Kirpiklərin mütəşəkkil döyülməsi membran boyunca Ca2+ axını ilə idarə olunur
(b) Kirpiklər tük kimi hüceyrə əlavələridir
(c) Kirpiklərin mikrotubulları tubulindən ibarətdir
(d) Kirpiklər iki tək mikroborucuqları əhatə edən doqquz cüt mikrotubuldan ibarət xarici halqadan ibarətdir.

14. Bakteriya genomu adlanır
(a) nüvə
(b) nüvəcik
(c) nukleoid
(d) Bunların heç biri

15. Bakterial flagella ATPaz aktivliyi və9 + 2 təşkili göstərmir. Bunlar kimyəvi cəhətdəndir
(a) flagellin
(b) pilin
(c) tubulin
(d) bakterinin

16. Torpaqda yaşayan, oksigeni zəif olan bəzi bakteriyalar nitratları nitritlərə qpd, sonra isə sərbəst azota çevirir və belə bakteriyalar adlanır.
(a) azot fiksasiya edən bakteriyalar
(b) denitrifikasiya edən bakteriyalar
(c) ammonifikasiya edən bakteriyalar
(d) saprofit bakteriyalar

17. Bazofil prokaryotlar
(a) yüksək hündürlükdə yüksək qələvi donmuş göllərdə yavaş-yavaş böyüyür
(b) yüksək konsentrasiyada barium hidroksid olan suda baş verir
(c) çox dərin dəniz çöküntülərində böyüyür və çoxalır
(d) bariumun istənilən həll olunan duzu ilə zənginləşdirilmiş dəniz suyunda asanlıqla böyüyür və bölünür

18. Frankia aktinomisetli filamentli torpaq bakteriyası ilə bağlı aşağıdakı ifadələrin hamısı doğrudur.
(a) bir çox bitki növlərində kök düyünləri yarada bilər
(b) azotu sərbəst yaşayan vəziyyətdə fiksasiya edə bilir
(c) Rhizobium kimi, o, adətən kök tüklərinin deformasiyası yolu ilə sahibi bitkini yoluxdurur və ev sahibinin qabığında hüceyrə proliferasiyasını stimullaşdırır.
(d) nitrogenazın triterpen hopanoidləri ehtiva edən kimyəvi maneə ilə oksigendən qorunduğu xüsusi veziküllər əmələ gətirir.

19. Aşağıdakı bakteriyalardan hansı qastrit və mədə xorası xəstəliyində əsas rol oynayır?
(a) Mikobakteriya vərəmi.
(b) Helicobacter pylori
(c) Thermophillus aquaticus
(d) Methylophylus methylotroph’us

20. Bakterial flagella ibarətdir
(a) zülallar
(b) aminlər
(c) lipidlər
(d) karbohidratlar

21. Pseudomonas bakteriyası qabiliyyətinə görə faydalıdır
(a) genləri bir bitkidən digərinə köçürmək
(b) müxtəlif üzvi birləşmələri parçalayır
(c) atmosfer azotunu torpaqda fiksasiya etmək
(d) geniş çeşiddə antibiotiklər istehsal edir

22. Bakteriya genomuna daxil edilmiş və inteqrasiya olunmuş virus genomu adlanır.
(a) peyğəmbərlər
(b) RNT
(c) DNT
(b) həm (a) və (c)

23. Dünya okeanlarında avtotrofların ən böyük biokütləsi
(a) bentik qəhvəyi yosunlar, sahil qırmızı yosunları və daphnidlər
(b) bentik diatomlar və dəniz virusları
(c) dəniz otları və lil qəlibləri
(d) sərbəst üzən mikro yosunlar, siyanobakteriyalar və nanoplankton

24. Siyanobakteriyaların və bakteriyaların hüceyrələri sahib olduqları oxşarlıq nümayiş etdirirlər
(a) plastidlər
(b) nüvələr
(c) sentrozom
(d) çılpaq DNT

25. Azot fiksasiya edən sərbəst yaşayan siyanobakteriya, həmçinin su qıjı Azolla ilə simbiotik əlaqə yarada bilər.
(a) Tolipotriks
(b) xlorella
(c) Nostoc
(d) Anabaena

26. Mikoplazmada (PPLO) plazmalemma zəngindir
(a) xolesterin
(b) qlikogen
(c) sellüloza
(d) miozin

27. Mikoplazma viruslardan həssas olması ilə fərqlənir
(a) penisilin
(b) tetrasiklinlər
(c) şəkərlər
(d) amin turşuları

28. Mikoplazmanın xarici məhdudlaşdırıcı təbəqəsi təbəqədir
(a) selikli təbəqə
(b) selikli təbəqə
(c) hüceyrə divarı
(d) hüceyrə membranı

29. Mikoplazma ilə bağlı aşağıdakı mülahizələrdən hansı yanlışdır?
(a) Onlara PPLO da deyilir
(b) Onlar pleomorfdur
(c) Penisillinə həssasdırlar
(d) Bitkilərdə xəstəlik törədirlər

30. Aşağıdakı mikroorqanizmlərdən hansı hüceyrə divarı olmayan ən kiçik canlı hüceyrədir?
(a) Virus
(b) Arxebakteriyalar
(c) Mikoplazma
(d) Eubakteriyalar

31. Dəli dana xəstəliyinin törədicisi a
(a) bakteriya
(b) prion
(c) qurd
(d) virus

32. Viruslarla bağlı aşağıdakılardan hansı düzgün deyil?
(a) Zülallara əlavə olaraq, viruslar DNT və ya RNT ola biləcək genetik materialı da ehtiva edir
(b) Heç bir virusda həm RNT, həm də DNT yoxdur
(c) Virus nukleoproteindir və genetik material yoluxucudur
(d) Kapsid adlanan zülal qabığı viroid adlanan kiçik alt hissələrdən ibarətdir

33. Bakteriyaları yoluxduran viruslar çoxalır və onların parçalanmasına səbəb olurlar
(a) lizozimlər
(b) lipolitik
(c) litik
(d) lizogen

34. 1971-ci ildə TO Diener viruslardan kiçik olan və viroid kimi tanınan yeni bir yoluxucu agent kəşf etdi. Aşağıdakı xəstəliklərdən hansı viroidlərdən qaynaqlanır?
(a) Bananın üstü
(b) Cadugər süpürgəsi
(c) Kartof milinin kök yumru xəstəliyi
(d) Yuxarıdakıların heç biri

35. Hüceyrə nəzəriyyəsi Schleiden və Schwann tərəfindən irəli sürülmüşdür.
Aşağıdakılardan hansı hüceyrə nəzəriyyəsi üçün istisnadır?
(a) Arxebakteriyalar
(b) Eubakteriyalar
(c) Viruslar
(d) Dinoflagellatlar

36. Düzgün ifadə belədir
(a) ümumiyyətlə bitkiləri yoluxduran viruslar tək zəncirli RNT-yə malikdir
(b) ümumiyyətlə Heyvanları yoluxduran viruslar tək və ya iki zəncirli RNT və ya iki zəncirli DNT-yə malikdirlər.
(c) bakteriofaqlar ikiqat zəncirli DNT viruslarıdır
(d) yuxarıda göstərilənlərin hamısı

37. Tək zəncirli DNT tapılır
(a) TMV (b) Mikobakteriya
(c) ∅ x 174 (d) bütün viruslar

38. İki zəncirli RNT-yə rast gəlinir
(a) Reoviruslar
(b) TMV
(c) T2-bakteriofaqlar
(d) T4-bakteriofaqlar

39. Contagium vivum liquidum tərəfindən təklif edilmişdir
(a) DJ İvanovski
(b) MW Beijerinck
(c) Stanley
(d) Robert Huk

40. Sianofaqlarda genetik materialdır
(a) DNT (b) RNT
(c) həm (a) və (b)
(d) Zülallar

41. Viral xəstəlik kimi simptomlara səbəb olan çılpaq RNT hissəciyi kimi tanınır
(a) viroid
(b) virion
(c) viral
(d) Bunların heç biri

42. Virusun xarici örtüyü zülaldan ibarətdir
(a) kapsid
(b) palto
(c) virion
(d) viroid

43. Rickettsiae aşağıdakı qrupa aiddir
(a) viruslar və bakteriyalar arasında müstəqil kateqoriya
(b) göbələklər
(c) viruslar
(d) bakteriyalar

44. Aşağıdakılardan hansı lil kifdir?
(a) Rhizopus
(b) Physarum
(c) Thiobacillus
(d) Anabaena

45. Lil kifinin (Myxomycetes) talloid bədəni kimi tanınır.
(a) protonema
(b) Plazmodium
(c) meyvəli bədən
(d) miselyum’

46. ​​Trypanosoma, Noctiluca, Monocystis və Giardia üçün ümumi olan nədir?
(a) Bunların hamısı birhüceyrəli protistlərdir
(b) Onların flagellaları var
(c) sporlar əmələ gətirirlər
(d) Bunların hamısı parazitlərdir

47. Auxospores və hormocysts fprmed, müvafiq olaraq
(a) bir neçə diatom və bir neçə siyanobakteriya
(b) bir neçə siyanobakteriya və bir neçə diatom
(c) bəzi diatomlar və bir neçə siyanobakteriyalar
(d) bəzi siyanobakteriyalar və çoxlu diatomlar

48. Myxomycota bölməsində lil qəlibləri (əsl lil qəlibləri) var.
(a) psevdoplazmodiya
(b) sərbəst yaşayan amöboid hüceyrələrə çevrilən sporlar
(c) bayraqlı gametlərə çevrilən sporlar
(d) tək ayrı hüceyrələrdən ibarət qidalanma mərhələləri

49. Aşağıdakılardan hansı qırmızı gelgitlərə cavabdeh olan dinoflagellatdır?
(a) Anabaena
(b) Gonyaulaux
(c) Mikoplazma
(d) Arxebakteriyalar

50. Lil qəlibləri və çoxhüceyrəli yosunlar hazırda Protista krallığına daxildir, çünki
(a) onlar birhüceyrəli eukariotlarla daha yaxından əlaqəli görünürlər
(b) göbələklərin və bitkilərin mühüm xüsusiyyətlərindən məhrumdurlar,
(c) Krallıq-Protista digər üç krallığa açıq şəkildə aid olmayan eukaryotik orqanizmləri əhatə edir
(d) yuxarıda göstərilənlərin AII

51. Aşağıdakılardan hansı düzgün uyğun gəlmir?
(a) Amoeboid protozoa - Amoeba
(b) Bayraqlı protozoa - Tripanosoma
(c) Sporozoan - Anofellər
(d) kirpikli protozoa - Paramecium

52. Aşağıdakı birhüceyrəli orqanizmlərdən hansının trofik funksiya üçün makronükleus və çoxalma üçün bir və ya bir neçə mikronukleus var?
(a) Euglena
(b) Amöba
(c) Paramesium
(d) Tripanosoma

53. İnsan, Plazmodiumun həyat dövründədir
(a) əsas host
(b) ikinci dərəcəli ev sahibi
(c) həm (a) və (b)
(d) Bunların heç biri

54. Aşağıdakılardan hansı protozoaların hərəkət orqanı deyil?
(a) kirpiklər
(b) Flagella
(c) parapodiya
(d) Psevdopodiya

55. Qızıl qəhvəyi protistlər aiddir
(a) xrizofitlər
(b) evqlenoidlər
(c) Dinoflagellatlar
(d) diatomlar

56. Tekada eninə və uzununa yivə malik protistlərdir
(a) foraminiferlər
(b) radiolaryanlar
(c) diatomlar
(d) dinoflagellatlar

57. Nüvə dimorfizmi qrup halında baş verir
(a) zooflagellata
(b) kirpiklər
(c) sporozoa
(d) sarkodina

58. Miksomisetlərdir
(a) miseliyaya malik saproblar və ya parazitlər, parçalanma yolu ilə aseksual çoxalma, gametlərin birləşməsi ilə cinsi çoxalma
(b) qidanı udmaq, parçalanma və ya zoosporlar vasitəsilə çoxalmaq üçün psevdopodiyaya bənzər strukturlara malik çoxnüvəli protoplazmanın selikli kütləsi
(c) prokaryotik orqanizmlər, hüceyrəli və ya hüceyrəsiz, saproblar və ya avtotroflar, ikili parçalanma ilə çoxalırlar
(d) eukaryotik, təkhüceyrəli və ya filan-entoz saproblar və ya avtotroflar, haploid fərdlərin bölünməsi ilə aseksual çoxalma, iki hüceyrənin və ya onların nüvələrinin birləşməsi ilə cinsi çoxalma

59. Aşağıdakı cədvəldə məhsulun düzgün uyğunluğunu, onun patogenini müəyyənləşdirin. xəstəlik və müvafiq
Bitki Xəstəliyinin Patogeni
(a) Sitrus Canker Pseudomonas rubrilineans
(b) Kartof gec zərərverici Fusarium udum
(c) Brinjal Kök-düyün Meloidogyne incognita
(d) Göyərçin noxud Toxum öd Phytophthora infestans

60. Göbələk cinsi dövrünə gəldikdə, hadisələrin düzgün ardıcıllığını seçin.
(a) Karioqamiya, plazmoqamiya və meioz
(b) Meioz, plazmoqamiya və karioqamiya
(c) Plazmoqamiya, karioqamiya və meioz
(d) Meioz, karioqamiya və plazmoqamiya

61. Dikaryon o zaman əmələ gəlir
(a) meioz dayandırılır
(b) iki haploid hüceyrə dərhal birləşmir
(c) sitoplazma birləşmir
(d) yuxarıda göstərilənlərin heç biri

62. Göbələklərin əksəriyyətində qida materialı şəklində saxlanılır
(a) nişasta
(b) qlükoza
(c) saxaroza
(d) qlikogen

İstiqamət (S. № 63-65) Aşağıdakı sualların hər birində Təsdiq ifadəsindən sonra müvafiq Səbəb ifadəsi verilir. İfadələrdən düzgün cavabı aşağıdakı kimi edin
(a) Həm Təsdiq, həm də Səbəb doğrudur və Səbəb Təsdiqin düzgün izahıdır
(b) Həm Təsdiq, həm də Səbəb doğrudur, lakin Səbəb Təsdiqin düzgün izahı deyil.
(c) İddia doğrudur, Səbəb isə yanlışdır
(d) Təsdiq yanlışdır, lakin Səbəb doğrudur

63. Təsdiq Monera bütün prokaryotları əhatə edir.
Səbəb Moneranların nüvələri nüvə membranı, nukleoplazma xromatik lifləri və nüvəcikləri ilə təşkil olunmur.

64. Təsdiq Bakteriyalarda xromosomlar qeyri-müntəzəm olaraq yığcam bir kütləyə, müəyyən formanın nukleoidinə və ya genoforuna qatlanır.
Səbəb Bakteriyalarda mütəşəkkil nüvə yoxdur

65. Təsdiq Eukaryotik hüceyrələrdə prokaryotik hüceyrələrdən daha çox DNT var.
Səbəb Eukaryotlar genetik olaraq prokaryotlardan daha mürəkkəbdir.

66. Mukorun bir tikə çörəyin üzərində optimal böyüməsi üçün aşağıdakı ekoloji şəraitdən hansı vacibdir?
I. Təxminən 25°C temperatur.
II. Təxminən 5 ° C temperatur.
III. Nisbi rütubət təxminən 5%.
IV. Nisbi rütubət təxminən 95%.
V. Kölgəli yer.
VI. Parlaq işıqlı yer.
Aşağıdakı variantdan cavabı seçin.
(a) I, IV və V (b) II, IV və V
(c) II, III və VI (d) I, III və V

67. Fikomisetlərin üzvlərinə rast gəlinir
I. su yaşayış yerləri
II. çürüyən ağac üzərində ‘
III. nəmli və rütubətli yerlər
IV. bitkilərdə məcburi parazitlər kimi
Aşağıdakı seçimdən seçin.
(a) I və IV
(b) II və III
(c) I, II, III və IV .
(d) yuxarıda göstərilənlərin heç biri

68. Aşağıdakı uyğunluqlardan hansı düzgündür?
1-ci sütun II sütun III
(a) Phytophthora Aseptate mycelium Basidiomycetes
(b) Alternaria Cinsi çoxalma yoxdur Deuteromycetes
(c) Ascomycetes konjuqasiyası ilə çoxalma
(d) Agaricus Parazitar göbələk Basidiomycetes

69. Aşağıdakılardan hansı heterotalizmi göstərir?
(a) Rhizopus
(b) Bakteriya
(c) Cycas
(d) Ricinus

70. Aşağıdakılardan hansı siyanofaqdır?
(a) S-13 (b) ∅x174 (c) SV – 40 (d) LPP-1

71. Leghemoglobin kömək edir
(a) azot fiksasiyası
(b) nitrogenazanı 02-dən qorumaq
(c) bakteriyaları məhv edir
(d) bitkilərdə qidanın daşınması

72. ‘Arxebakteriyalar eubakteriyalardan fərqlənir
(a) hüceyrə membranının quruluşu
(b) qidalanma rejimi
(c) hüceyrə forması
(d) çoxalma üsulu

73. Aşağıdakılardan hansının dərində mövcud olma ehtimalı var
dəniz suyu?
(a) Eubakteriyalar
(b) Göy-yaşıl yosunlar
(c) Saprofit
(d) Arxebakteriyalar

74. Bəzilərində membran uzantıları olan piqment
siyanobakteriyalardır
(a) Bazal cisimlər
(b) Pnevmoforlar
(c) Xromatoforlar
(d) Heterosistalar

75. Limon turşusunun yaxşı istehsalçısıdır
(a) Pseudomonas
(b) Clostridium
(c) Sakkaromislər
(d) Aspergillus

76. Protistlər yeməklərini belə alırlar
(a) fotosintezçilər
(b) kemosintezatorlar
(c) heterotroflar
(d) həm (a) və (c)

77. Fotosintetik bakteriyalar var
(a) piqment sistemi I
(b) piqment sistemi II
(c) həm (a) və (b)
(d) bəzi başqa növ piqmentlər, B890

78. Birhüceyrəli eukariotlar daxildir
(a) Protista
(b) Göbələklər
(c) Arxeya
(d) Monera
Cavablar:


MÜZAKİRƏ

SNARE zülallarının konservləşdirilmiş mexanizmi və strukturu çoxdan tanınıb (Hong, 2005-ci ildə Jahn və Scheller, 2006-da nəzərdən keçirilib), lakin bu günə qədər hərtərəfli təsnifat yoxdur. İerarxik klasterləşdirmə ilə birlikdə psi-BLAST istifadə edərək SNARE-ləri təsnif etmək üçün ilk cəhdimiz aydın şəkildə aşağı dəqiqliklə nəticələndi. Klaster yanaşmasından istifadə edən SNARE ailəsinin yaxınlarda dərc olunmuş sorğusu bu təəssürat yaratmağa kömək edir (Yoshizawa və b., 2006), çünki bir neçə tanınmış SNARE tapılmadı və ortoloq olmaya bilən ardıcıllıqlar bir araya toplandı.

Biz HMM profillərindən və filogenetik analizdən istifadə edərək SNARE-ləri sistematik olaraq müəyyən etdik və təsnif etdik. Ardıcıllıq orfologiyası funksiyanın etibarlı proqnozlaşdırıcısı olduğundan, bizim təsnifat sxemimiz katalizləşdirilmiş daşıma addımları haqqında dəyərli fikirlər təqdim edir. Bundan əlavə, bizim təsnifatımız yeni tapılmış SNARE ardıcıllığına fərqli bir sinif təyin etmək üçün çox əhəmiyyətli bir üsul kimi istifadə edilə bilər. Hüceyrə biologiyası üçün çox faydalı bir vasitə olaraq, nəticələrimizə daxil olmaq və təsnifatımıza uyğun olaraq yeni ardıcıllıqları sorğulamaq üçün Veb əsaslı interfeys tətbiq etdik.

Daha çox törəmə endomembran sistemləri olan protistlərdən olan tələlər Təsnifatımıza yaxşı uyğun gəlir

Tədqiqatımızdakı SNARE ardıcıllığının əksəriyyəti heyvanların, bitkilərin və göbələklərin genomlarından qaynaqlandığı üçün, mövcud təsnifat sxemi xüsusilə bu krallıqlardan SNARE-ləri təsnif etmək üçün uyğundur. Bir neçə ortoloji TƏLƏ üçün ağac bu krallıqlar daxilində növlərin filogenetik əlaqəsini də olduqca dəqiq əks etdirir. Bununla belə, insan alveri yollarının və orqanoidlərin, əsasən endosomal və ifrazat yollarının morfoloji və funksional uyğunlaşmaları da TƏLƏ ağacının modelinə təsir göstərmişdir. Təklif edilmişdir ki, ən dərin eukaryotik bölünmə bir tərəfdə bitkilərin əksəriyyəti protistlərlə, digər tərəfdə isə göbələklər, heyvanlar və bəzi amöbalarla birlikdə yerləşdirir (Filippe). və b., 2000 Stechmann and Cavalier-Smith, 2002 Richards and Cavalier-Smith, 2005). Əgər düzgündürsə, heyvanların, göbələklərin və bitkilərin SNARE dəstlərinin müqayisəsi bütün eukariotların ifrazat aparatının bauplanını göstərmək üçün kifayət edərdi. Buna baxmayaraq, 11 növün hamısını (Əlavə Material) ehtiva edən filogenetik ağacda bəzi protistlərdən olan SNARE-lər çox vaxt təcrid olunur. İnanırıq ki, bu dəyişəcək, çünki təsnifatımıza digər protistlərdən daha çox ardıcıllıq daxil ediləcək. Bu fenomen artıq bir neçə növün daxil olduğu apikompleksa üçün görünür (Plasmodium, Theilleria, və Kriptosporidium). Eynilə, kinetoplastid parazitlərin SNARE-ləri Trypanosoma brucei, T. cruzi, və Leishmania mayor adətən də toplaşır, onların yaxın münasibətini əks etdirir. Bütün genomları mövcud olan əksər protistlərdə biz indiyə qədər yaradılmış repertuarları tamamlayan SNARE zülallarının ağlabatan kolleksiyasını kəşf etdik (Dacks and Doolittle, 2002, 2004 Besteiro və b., 2006 Schilde və b., 2006 Yoshizawa və b., 2006 Ayong və b., 2007 Kissmehl və b., 2007). Məsələn, üçün Plasmodium falciparum demək olar ki, bütün müxtəlif alt qrupları təmsil edən 22 SNARE tapdıq. üçün L. mayor biz 28 SNARE ardıcıllığını kəşf etdik, lakin indiyə qədər ER-nəqliyyatında (I qrup) iştirak edən daha çox sapmış Q-SNARE-lərin yalnız bir növünü (Sec20, Qb.I) tapdıq. Nəticə çıxarmazdan əvvəl, nəzərə almaq lazımdır ki, bir neçə protist genomu tam ardıcıllıqla sıralansa da, mövcud məlumatlar hələ də bir qədər parçalanmış görünür.

Bir sıra müasir anaerob eukariotların son vaxtlara qədər primitiv olaraq mitoxondri olmadığı və daha primitiv daxili membran sisteminə malik olduğu düşünülürdü. Məsələn, parazit protist Giardia was thought to lack a morphologically identifiable Golgi apparatus. Formerly, Giardia was thought to have diverged before the acquisition of such organelles. Bununla belə, Giardia was found not only to contain rudimentary mitochondria (Embley and Martin, 2006), it also possess several key factors of membrane trafficking, among them SNARE proteins (Dacks and Doolittle, 2002, 2004 Marti və b., 2003a,b). In fact, with only 15 detected SNAREs, Giardia has a clearly smaller set as compared with most other unicellular eukaryotic organisms. Principally, the SNAREs of Giardia are compatible with our classification however, SNAREs belonging to group II, which is involved in Golgi transport, appear to lack. Çünki Giardia does not possess a conventional Golgi apparatus (Marti və b., 2003a,b), a possible explanation is that an entire SNARE unit, and hence the vesicular trafficking route mediated by these SNAREs, has been lost in this organism. Another possibility, however, is that the group II SNARE proteins in Giardia are too derived to be detected by our HMM profiles.

In contrast to the compact set in Giardia, we found 31 SNAREs in the genome of Entamoeba histolytica. Remarkably, in this organism the Q-SNAREs involved in ER transport (group I) appear to lack. As the sequences of this SNARE group are often more derived, we again cannot rule out that our current HMM profiles do not detect these sequences in this organism. Because we found at least one member of the group I SNAREs in all major groups of eukaryotes that are represented by the current data set, it is likely that this vesicular trafficking step was also present in the common ancestor.

Thus, although the SNAREs of several different protozoan parasites often form long branches in our trees, our analysis does not support the notion that their endomembrane system is more primitive but rather might be a degenerate feature of their parasitic lifestyle. Nevertheless, because of sparse biological data for these protist groups, our classification of protist SNAREs ought to be verified in the future.

Evolution of the SNARE Apparatus Is Linked to the Development of the Endomembrane System

Our analysis suggests that the 20 basic SNARE subgroups discriminated by our HMM profiles represent the repertoire of SNARE proteins of the eukaryotic ancestor. Almost certainly, in the eukaryotic ancestor these 20 SNARE types operated already in vesicular trafficking steps between the major intracellular compartments that are conserved in almost all contemporary eukaryotes. It has been proposed that the different intracellular compartments of a eukaryotic cell, along with the molecular machineries involved in vesicular trafficking, emerged by events of duplication and diversification of a simpler endomembrane system of a more primitive ancestor (Roger, 1999 Cavalier-Smith, 2002). Possibly, the development of the 20 basic SNARE types is closely intertwined with the development of different intracellular compartments. In fact, it had been discussed earlier that the machineries involved in vesicular trafficking appear not only to be conserved through phylogeny of species but also throughout the different compartments of the cell (Bock və b., 2001), although the species included in this study by far did not represent the entire eukaryotic diversity. In subsequent studies, the presence of different conserved syntaxin subfamilies (i.e., mostly Qa-SNAREs) in several diverse eukaryotes supported the notion that these SNAREs diverged early in eukaryotic evolution (Dacks and Doolittle, 2002, 2004). The early diversification of SNARE proteins is also corroborated by the fact that other, distantly related eukaryotes encompass relatively conserved SNARE sets (Besteiro və b., 2006 Schilde və b., 2006 Yoshizawa və b., 2006 Ayong və b., 2007 Kissmehl və b., 2007 and our analysis). Notably, our study substantiates the view that all SNARE proteins principally split into the four major phylogenetic classes: Qa, Qb, Qc, and R (Bock və b., 2001), suggesting that the prototypic unit was composed of four different SNARE proteins, able to assemble into a tight four-helix bundle between two fusing membranes. Thus, it is likely that during the early stages of eukaryotic evolution entire SNARE units rather than the single subunits were duplicated. These prototypic SNARE units diverged afterward. In fact, we detected some patterns of coevolution in the different SNARE units, in particular in the Q-SNAREs of group I, but promiscuous interactions between different SNARE subunits may have precluded further diversifications. The phylogenetic trees obtained from SNARE proteins of different eukaryotic species (Figure 3 and Supplementary Material), together with the relative simple domain architecture of the SNAREs (Figure 1), allow for some tentative speculations about the nature of a prototypic SNARE machinery: Because all ancestral R-SNARE types appear to contain an N-terminal domain with a profilin-like fold (Figure 1 Gonzalez və b., 2001 Tochio və b., 2001 Wen və b., 2006), they may have originated from a common ancestor that contained this N-terminal extension. Note that this domain has been lost in the secretory R.IV-SNAREs in fungi and animals. Similarly, all Qa-SNAREs exhibit a very similar domain architecture, carrying an N-terminal three-helix bundle structure (Fernandez və b., 1998 Lerman və b., 2000 Misura və b., 2000 Munson və b., 2000 Dulubova və b., 2001). Interestingly, several of the Qb- and the Qc-SNAREs possess an N-terminal three-helix bundle as well (Antonin və b., 2002a Misura və b., 2002 Fridmann-Sirkis və b., 2006). This hints at a common origin of all three main Q-SNARE groups from a prototypic Q-SNARE. Hence, a scenario can be envisioned in which originally a trimer of a prototypic Q-SNAREs on the target membrane interacted with a prototypic R-SNARE on the vesicular membrane. However, this partition between the two membranes is so far only established for the secretory SNAREs, whereas in other trafficking steps the distribution of the four SNARE subunits is still heavily debated. Therefore, it is challenging to bring our data into line with biological knowledge. For example, a different notion about the prototypic SNARE unit might be supported by the fact that in the species trees (e.g., Figure 3) the four basic SNARE groups partition into two elementary groups, one containing the R- and Qb-SNAREs and one containing the Qa- and Qc-SNAREs. These splitting can be observed in species trees of animals, protists, and plants. Interestingly, the two main branches each unite the two diagonally opposite helices of the four-helix bundle SNARE complex. Notably, these two main branches in general exhibit a comparable topology of the subgroup splits, possibly reflecting coevolution.

The two trees obtained from fungi species show a different splitting, but can be brought into line as can be seen from the tree containing all eleven species (data set in Supplementary Materials). In this tree the support of the inner splitting is somewhat decreased compared with a tree without the fungi species (data not shown). A more detailed phylogenetic analysis of the evolution of SNAREs within the different eukaryotic kingdoms seems to be of interest but is beyond the scope of this article.

Analogous themes of duplication and divergence for other important factors involved in intracellular membrane trafficking have been exposed and implicated in the evolution of the eukaryotic endomembrane system, for example, for the organelle-specific Rab GTPases (Pereira-Leal and Seabra, 2001 Jekely, 2003) and tethering factors involved in vesicular trafficking (Koumandou və b., 2007). Similarly, coat protein–based budding of transport vesicles is mediated by different but homologous protein machineries at different donor organelles: COPI, COPII, and clathrin (McMahon and Mills, 2004). Related protein machineries have been even implicated in the establishment of the nuclear envelope (Devos və b., 2004 Mans və b., 2004) and the eukaryotic cilium (Jekely and Arendt, 2006). Very likely these factors evolved from a prototypic unit that was able to generate areas of highly curved membranes. Together, the development of such prototypic protein machineries provided the raw material for the intricate evolution of the endomembrane system of the eukaryotic cell.


İstinadlar

Berney C, Fahrni J, Pawlowski J: How many novel eukaryotic "kingdoms"? Pitfalls and limitations of environmental DNA surveys. BMC Biol. 2004, 2: 13-10.1186/1741-7007-2-13.

Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, Brown MW, Burki F, Dunthorn M, Hampl V, Heiss A, Hoppenrath M, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, McManus H, Mitchell EA, Mozley-Stanridge SE, Parfrey LW, Pawlowski J, Rueckert S, Shadwick L, Schoch CL, Smirnov A, Spiegel FW: The revised classification of eukaryotes. J Eukaryot Microbiol. 2012, 59: 429-493. 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x.

Zhao S, Burki F, Bråte J, Keeling PJ, Klaveness D, Shalchian-Tabrizi K: Collodictyon--an ancient lineage in the tree of eukaryotes. Mol Biol Evol. 2012, 29: 1557-1568. 10.1093/molbev/mss001.

Bråte J, Klaveness D, Rygh T, Jakobsen KS, Shalchian-Tabrizi K: Telonemia-specific environmental 18S rDNA PCR reveals unknown diversity and multiple marine-freshwater colonizations. BMC Microbiol. 2010, 10: 168-10.1186/1471-2180-10-168.

Not F, Valentin K, Romari K, Lovejoy C, Massana R, Töbe K, Vaulot D, Medlin LK: Picobiliphytes: a marine picoplanktonic algal group with unknown affinities to other eukaryotes. Science. 2007, 315: 253-255. 10.1126/science.1136264.

Kim E, Harrison JW, Sudek S, Jones MD, Wilcox HM, Richards TA, Worden AZ, Archibald JM: Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. Proc Natl Acad Sci USA. 2011, 108: 1496-1500. 10.1073/pnas.1013337108.

Yoon HS, Price DC, Stepanauskas R, Rajah VD, Sieracki ME, Wilson WH, Yang EC, Duffy S, Bhattacharya D: Single-cell genomics reveals organismal interactions in uncultivated marine protists. Science. 2011, 332: 714-717. 10.1126/science.1203163.

Logares R, Audic S, Santini S, Pernice MC, de Vargas C, Massana R: Diversity patterns and activity of uncultured marine heterotrophic flagellates unveiled with pyrosequencing. ISME J. 2012, 6: 1823-1833. 10.1038/ismej.2012.36.

Liu H, Probert I, Uitz J, Claustre H, Aris-Brosou S, Frada M, Not F, de Vargas C: Extreme diversity in noncalcifying haptophytes explains a major pigment paradox in open oceans. Proc Natl Acad Sci USA. 2009, 106: 12803-12808. 10.1073/pnas.0905841106.

Okamoto N, Chantangsi C, Horák A, Leander BS, Keeling PJ: Molecular phylogeny and description of the novel katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and establishment of the Hacrobia taxon nov. PLoS One. 2009, 4: e7080-10.1371/journal.pone.0007080.

Burki F, Inagaki Y, Brate J, Archibald JM, Keeling PJ, Cavalier-Smith T, Horak A, Sakaguchi M, Hashimoto T, Klaveness D, Jakobsen KS, Pawlowski J, Shalchian-Tabrizi K: Early evolution of eukaryotes: two enigmatic heterotrophic groups are related to photosynthetic chromalveolates. Genome Biol Evol. 2009, 1: 231-238.

Burki F, Okamoto N, Pombert JF, Keeling PJ: The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. Proc Biol Sci. 2012, 279: 2246-2254. 10.1098/rspb.2011.2301.


List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature/Prokaryotic Nomenclature Up-to-date

Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date (PNU) was a compilation of all names of Bacteria and Archaea which have been validly published according to the Bacteriological Code since
1. Jan. 1980, and nomenclatural changes which have been validly published since. It was updated with the publication of each new issue of the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). In February 2020 PNU the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) was transferred to DSMZ. The new LPSN established at DSMZ superseded PNU.

How to access LPSN

The new LPSN page offers hierarchical and alphabetic browsing of prokaryotic names and has an advanced search facility. Alternatively, you may go to LPSN Downloads and select one of the lists in CSV or Excel format. Additionally, content can be retrieved in machine readable JSON format by the LPSN web service (API).

How to cite LPSN or PNU

For citing LPSN please see the LPSN page. PNU is not updated any longer. If you used the previous PNU Excel or PDF download or the previous PNU API, please cite it as: Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH, Germany, Prokaryotic Nomenclature Up-to-date [month and year of the last update].

The science of taxonomy

A more detailed overview of the mechanisms of valid publication of a name according to the Bacteriological Code can be found at LPSN, see also taxonomy & systematics and deposit of a proposed type strain.
The Approved Lists (Skerman və b., 1980) contain more than 2200 names at the genus level and below and 124 names of higher taxa. Validation Lists and taxon descriptions in the IJSB/IJSEM have been published regularly since. The total number of validly published names of prokaryotes increased considerably since then, see LPSN.

Skerman, V.B.D., McGowan, V. & Sneath, P.H.A. (1989). Approved Lists of Bacterial Names. Amended edition. American Society for Microbiology, Washington.

Helpful links regarding taxonomy

Below you will find several useful links concerning prokaryotic taxonomy:

  • List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
  • DSMZ Single-Gene Phylogenies and Gene Similarities Server
  • Key to Peptidoglycan Types
  • GGDC (Genome-To-Genome Distance Calculator) Web Server

Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date was established at the DSMZ by Norbert Weiss, Manfred Kracht and Dorothea Gleim. After transferring LPSN to DSMZ, LPSN replaced PNU and is now maintained by Privatdozent Dr. Markus Göker and a team of curators and computer scientists. For any issues regarding content or technical aspects contact us. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature and Prokaryotic Nomenclature up-to-date are published by the Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH. The DSMZ accepts no responsibility for any errors.


Classy Classification

Eukarya includes all plants, fungi, protists, and animals. False parasol is put into this category because it has a true nucleus and has membrane bound organelles. It is multi-cellular and reproduces. Orchids and monarch butterflies also belong to this domain.

Taken by Kenneth Dwain Harrelson

Super-group: Opisthokonta

Animals and fungi both fall under this super-group along with choanoflagellates which are the closest protists to the animals. The giraffe and the polar bear are animals that also fall into this grouping.

Kingdom: Fungi

All fungi are non-vascular which means they have no specialized tissues. Fungi also reproduce by means of spores either asexually or sexually. This kingdom also has alternation of generations which means it has different multi-cellular stages throughout its life. Another organism classified as a fungi is the black bread mold.


Photo by Juila Photo by Tom Volk


Phylum: Basidiomycota

This phylum includes fungi that have their spores borne externally on club-like shaped structures called basidia. Another mushroom that is in this family is the yellow chanterelle.

Class: Agaricomycetes

This class is very diverse with over 16,000 species. Typically these organisms have mushrooms (fruiting bodies) used for reproduction. A lot of edible mushrooms fall within this class but Chlorophyllum molybdites is not one of those. Chlorophyllum molybdites fall into this class because they do produce a mushroom. Another organism that falls within this class is the Pearl Oyster Mushroom.

Order: Agaricales

This order typically contains mushrooms that have gills. These gills are important for reproduction of spores that will be dispersed into the environment. Chlorophyllum molybdites has these gills on the underside placing it in the order agaricales. The Magic Mushroom and Schizophyllum commune are great examples of this order.

Family: Agaricaceae

The mushroom Chlorophyllum molybdites belongs to the Agaricaceae family because of its blade-shaped gills on the underside of the cap. These fungi also are all saprobic meaning they get their food from dead or dying organic material. The Lepiota americana and the wolf-fart puffball are other species within this family.

Genus: Chlorophyllum

Those organisms belonging to this genius have thick-walled spores and sturdy basidiocarps. They also have the ability to grow on lawns and are in a wide distribution area. Originally color was the deciding factor of classification however DNA analysis was done and now 16 species join this genus, including Macrolepiota procera: The Parasol Mushroom.

Species: Chlorophyllum molybdites

In Latin, chloro means green, phylum means gills and molybdites means lead colored. This makes sense because this mushroom typically has green spots in the mature stages. The mushroom Chlorophyllum molybdites is also called Green-spored Lepiota or false parasol.


This phylogenic tree is based on a cladistic approach or shared derived characteristics. Phylogenic trees can be determined by morphology (physical characteristics) and also by DNA sequencing. At the bottom the tree divides between prokaryotic and eukaryotic. Prokaryotic means "before nuclei" explaining that prokaryotic cells lack nuclei. Conversely, mushrooms have cells that contain nuclei so they fall into the domain Eukarya. Within Eukarya, it is believed that plants evolved from protists and that animals and fungi are more closely related. The Proceedings of the Nation Academy of Sciences of the United States of America examined different proteins such as actin, alpha-tubulin, beta-tubulin, and elongation factor 1 alpha. They concluded that animals and fungi have very similar proteins. Also the scientists stated that animals and fungi are a monophyletic group, meaning they share a common ancestor. They found no evidence to link animals and plants or fungi and plants as more closely related. This is interesting because for the longest time people assumed plants and fungi were more closely related. Before my biology classes, if I would have been asked if a daisy or a cheetah were more closely related to a mushroom I would have said a dasiy! Now I know better, I hope you do too. Anyway, there are 5 phylum of fungi mainly broken down by the way they reproduce. Basidiomycota is the monophyletic phylum that contains Chlorophyllum molybdites along with many others.


Basidiomycota is broken down into many different classes, orders, families, genus', and species. Scientists estimated that there are roughly 30,000 different types of fungi species in this phylum. More information on this research can be seen here. Within the Basidiomycota phylum it is broken down based off of rRNA sequencing. The tree to the right is showing a closer look at how the genus Chlorophyllum breaks down into species. This tree shows the relationships between the species based on ITS-sequences. These species were found from all around the world including, North America, Pacific Island, South America, Asia, Australia, Africa, and Europe. Else C. Vellinga has a nice journal that can be found online that goes in more depth.

From this tree we can determine that the closest relationship to Chlorophyllum molybdites is Chlorophyllum globosum. Chlorophyllum is also a monophyletic group with a common ancestor. The species within this genus are very widespread. Many of these species were not included in the genus because they were not green. After researching the DNA of these organisms they found more similarities and some species were moved into this group even though they lack the green coloring.


8.5B: Classification of Prokaryotes - Biology

What is a Prokaryote?

    There are two basic types of organisms based on cell type: Prokaryotic and Eukaryotic.

    Prokaryotic cells are divided into the domains Bacteria and Archaea.

    Most prokaryotes are tiny single cells, but some can form larger, multi-celled structures.

    Bacteria are a very diverse group that have several shapes, depending on the species.

    Extreme thermophiles live in hot places such as volcanic springs and hydrothermal vents.

Prokaryotic Cells: What Structures Are Present in All Cells?

    There all several essential structures that all cells must have to survive.

    The membrane has a lipid-protein structure.

    The chromosome of most prokaryotes is circular and packed within the nucleoid region.

Prokaryotic Cells: What Are Some Additional Features of These Cells?

    Almost all prokaryotes have a cell wall bacteria can be divided into two groups based on the structure of their cell wall and how it responds to Gram staining technique.



Şərhlər:

  1. Quent

    Bu mövzu sadəcə müqayisəolunmazdır :) Mənim üçün maraqlıdır.

  2. Halwn

    Google.com-da sualınıza cavab tapdım

  3. Talford

    Nə isə, xoşuma gəldi. Təşəkkürlər!

  4. R?

    Üzr istəyirəm, amma mənim fikrimcə, siz səhv edirsiniz. Mən bunu sübut edə bilərəm.



Mesaj yazmaq