Məlumat

PMON7124 plazmid ardıcıllığını haradan tapa bilərəm?

PMON7124 plazmid ardıcıllığını haradan tapa bilərəm?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mənə pMON7124 plazmidinin xəritəsi lazımdır. Bunu tapmaq asan olmadığı üçün hər hansı göstərişləri alqışlayıram.


Görünür, bu plazmidin yaxşı xəritəsi yoxdur. Həyat texnologiyası onu bəzi bakterial suşlarında istifadə edir, sitat:

E. coli həmçinin transposazanı kodlayan və tetrasiklinə müqavimət göstərən köməkçi plazmid pMON7124 (13,2 kb) ehtiva edir. Köməkçi plazmid transda Tn7 transpozisiya funksiyasını təmin edir.

Orijinal nəşrə keçid verirlər, lakin oradakı görüntü keyfiyyəti olduqca pisdir:

Mətndə bəzi məlumatlar verirlər, ona görə də kağızı oxumağı tövsiyə edərdim (əgər imkanınız yoxdursa, mənə bildirin, burada kömək edə bilərəm):

Bu kifayət deyilsə, siz hələ də müəllif Gerard F. Berry-dən daha yaxşı versiya əldə etməyə cəhd edə bilərsiniz (onun Monsanto e-poçt ünvanını axtarışda tapa bilərsiniz).


/> Klonlaşdırma və Genomik Alətlər Klonlaşdırma və genomik modifikasiya ilə əlaqəli plazmidlərə baxın, o cümlədən servis, inteqrasiya, reportyor və etiketləmə vektorları.
/> Metabolizm Metabolik yollar və köməkçi komponentlərlə əlaqəli plazmidlərə baxın.
/> Şəbəkələr və Gen Tənzimlənməsi Promotorlar, terminatorlar, repressorlar, aktivatorlar və s. daxil olmaqla həm təbii, həm də sintetik tənzimləyici elementləri ehtiva edən plazmidlərə baxın. Məntiq qapıları və daha yüksək səviyyəli gen şəbəkələri kimi əvvəlcədən yığılmış genetik sxemləri də ehtiva edir.
/> Algılama və Siqnallaşdırma Hüceyrələrarası siqnalizasiya və ətraf mühitin tədqiqi ilə əlaqəli plazmidlərə baxın.
/> Ştammlar Addgene-nin plazmid-ştamm funksional cütləri də daxil olmaqla hazırlanmış bakteriya ştammları kolleksiyasına baxın.
  • Alper Lab Y. Lipolytica Promouterləri
  • Anderson Laboratoriyasının Plazmidləri və Fagemidləri
  • Balazsi Lab Mənfi Avtotənzimləmə və Maya-Məməli Dövrəsinin Transferi
  • C. Collins Laboratoriyası Kvorum Sensing
  • Ellis Lab GeneGuard
  • Endy Lab Logic Gates, BIOFAB Promoter/BCD Kit və pOSIP Plasmid Kit
  • Boz laboratoriya qarğıdalı və düyü transkripsiya faktorları
  • Tələsik Laboratoriya Biopikselləri
  • Jaramillo Lab Riboregulation
  • Keasling Lab BglBrick Platforması, Terpenoid istehsalı və Propionat İnduksiyası
  • Lim Lab RNT Əlaqəsi
  • Lu Lab Multipleks/Proqramlaşdırıla bilən Gen Şəbəkələri
  • Mascher Lab Bacillus BioBrick Box
  • Mukhopadhyay Lab Efflux nasosları
  • Voigt Laboratoriyası Repressorları, Terminatorlar, İşıq Siqnalları, Siqma Faktorları, Resurs Ayırıcı və Ortoqonal Keçidlər

PLAZMİD KOLLEKSİYASI

Bütün plazmid qeydləri NCBI nukleotid verilənlər bazasından (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore) INSDC (buraya DDBJ, EMBL-EBI və GenBank daxildir) və RefSeq resurslarından EDirect (komanda xətti utilitləri) vasitəsilə toplanmışdır. 17) (versiya 9.80). Burada təsvir edilən məlumatlar 14 sentyabr 2018-ci ildə əldə edilmişdir.

Məlumatların axtarışı və emalı boru kəməri

Məlumatların toplanması

Plazmid qeydləri Orlek sorğusundan istifadə etməklə NCBI nukleotid verilənlər bazasında axtarıldı və b. (4) və bakterial orqanizmə təyin edilmiş və müəyyən edilmiş resursdan (INSDC və ya RefSeq) olmaq üçün yer etiketi kimi "plazmid" əldə etmək üçün nəticələrin süzülməsi. Hər bir hit üçün sənəd xülasəsi götürüldü və əgər varsa, aşağıdakı məlumat çıxarıldı: UID, başlıq (versiya nömrəsi olmadan giriş), başlıq (ardıcıllığın təsviri), yaradılma tarixi, topologiya (məsələn, dairəvi və ya xətti), tamlıq, takson ID, genom etiket və ardıcıllığın uzunluğu. Rekord takson identifikatorları üçün əlaqəli ad və rütbə, tam nəsil və sıra növləri, cins, ailə, sıra, sinif, filum və super krallıq üçün takson ID və ad əldə edilmişdir. Plazmid qeydi ilə əlaqəli hər bir BioSample ID üçün yer adı və koordinatları və izolyasiya mənbəyi çıxarıldı. Alınan yer koordinatları emal edildi və əgər bunlar mövcud deyilsə, yer adı OpenCageData API-dən (https://opencagedata.com/) istifadə edilərək sorğulandı. Sonuncu halda, gözlənilən yerdən (məsələn, yanlış qitə və ya ölkədən) əhəmiyyətli dərəcədə yayınan tapşırıqları düzəltmək üçün xəritələnmiş koordinatlar əl ilə yoxlanıldı. Plazmid qeydi ilə əlaqəli hər bir montaj identifikatoru üçün onun tamlıq statusu, buraxılış ardıcıllığı və təqdimetmə tarixi və onun ən son montaj versiyası olub-olmaması çıxarılıb. Plazmid qeydi çoxsaylı montaj identifikatorları ilə əlaqələndirilmişsə, bu qeydə yalnız 'ən son' etiketi olan montaj təyin edilmişdir. Əlaqədar məclislərin heç birində bu teq olmasaydı, ardıcıl buraxılış tarixinə əsasən ən yenisi seçildi.

Qeyd filtri

Daha sonra, natamam və ya səhv etiketlənmiş xromosom ardıcıllığını aradan qaldırmaq üçün toplanmış plazmid qeydləri bir neçə addımda süzüldü. Əvvəlcə plazmid qeydləri Orlek tərəfindən müəyyən edilmiş müntəzəm ifadədən istifadə edərək təsviri ilə süzüldü və b. (4), tamlığı və montaj tamlığı etiketləri və qeyri-bakterial ardıcıllıqları aradan qaldırmaq üçün taksonomiyası ilə. Qeyddə "tam" tamlıq etiketi və onun yığılmasında "Tam Genom" etiketi olması tələb olunurdu, əgər qeydlə heç bir montaj əlaqəsi yoxdursa, yalnız qeyd etiketi istifadə olunurdu və əksinə boş tamlıq etiketləri nəzərə alınmadı, yəni qeydləri silmək üçün yalnız boş olmayanlar istifadə edildi. İkinci addımda qeydlər təkmilləşdirildi: plazmid ardıcıllığının eskizlərini və onların cüt-müdrik məsafələrini hesablamaqla Mash (15) istifadə edərək, ehtimal olunan bərabər qeydlər cütləri yaradıldı. Məsafə sıfır olan cütlərin ardıcıllığı müqayisə edildi və eyni qeydlər birlikdə qruplaşdırıldı. Hər qrup üçün Orlekin təsvir etdiyi yanaşmaya bənzər bir qeyd seçildi və b. (4), INSDC qeydləri ilə müqayisədə RefSeq qeydlərinə üstünlük verməklə və əlavə məlumatı olan qeydlərə üstünlük verməklə (yer koordinatlarının xəritələşdirilməsi və əlaqəli montaja malik olması). Qeyri-müəyyən hallarda, köhnə yaradılma tarixi olan qeyd seçildi. Üçüncü filtrasiya mərhələsində, ehtimal olunan xromosom ardıcıllığı müəyyən edildi və çıxarıldı. Namizədlərin siyahısı həyata keçirilərək yaradılmışdır silisiumda rMLST analizi (18), yəni 53-ün axtarışı rps BLASTn (14) (versiya 2.7.1+) istifadə edərək plazmid qeydlərində PubMLST (19) (https://pubmlst.org/rmlst/, 14 sentyabr 2018-ci il) saytından endirilmiş genlər. Bu markerlərin ehtimal olunan xromosom ardıcıllığının aşkar edilməsi üçün üstünlüyü onların bütün bakteriyalarda olması, xromosom ətrafında yayılması və funksional konservasiyasıdır (18). BLAST hitləri üçün mövzu əhatəsi 100 · (hizalanma uzunluqümumi nömrə -nin boşluqlar)/mövzu uzunluq və yalnız 100% şəxsiyyət və mövzu əhatəsi ilə hitlər saxlanıldı. Bəzi hallarda olduğu kimi rps genlər plazmidlərdə də yerləşə bilər (20), yalnız 5-dən çox unikal plazmid qeydləri var. rps genlər (yəni 53 genin 10%-dən çoxu) xromosom olmayan subyekt ardıcıllıqlarını istisna etmək üçün Entrez sorğusundan istifadə edərək NCBI nr/nt verilənlər bazasında uzaqdan BLAST axtarışına (meqablast) məruz qalmışdır. Ən azı 99% identifikasiya və 80% sorğu əhatəsi ilə ən azı bir hiti olan hər hansı bir qeyd plazmid kolleksiyasından çıxarıldı.

Annotasiya qeyd edin

Ardıcıllıqlar ARG-ANNOT (9), CARD (10) və ResFinder (11)-dən müqavimət faktorları üçün minimum identifikasiya və əhatə dairəsi 95%, VFDB-dən (12) minimum identifikasiya və əhatə dairəsi ilə virulentlik faktorları üçün BLASTn axtarışı həyata keçirməklə şərh edilmişdir. 95% və PlasmidFinder-dən (13) istifadə edərək replikalar Enterobacteriaceae və minimal identifikasiyası 80% və minimum əhatə dairəsi 60% olan Qram-müsbət verilənlər topluları. PlasmidFinder üçün şəxsiyyət və əhatə dairəsi kəsimləri müəlliflərin tövsiyələrinə uyğun olaraq təyin edilmişdir (13). Seemann tərəfindən həyata keçirilən ABRicate aləti (https://github.com/tseemann/abricate, versiya 0.8.7) 17-də yenilənmiş VFDB istisna olmaqla, 14 sentyabr 2018-ci ildə edilmiş verilənlər bazalarını yükləmək və hazırlamaq üçün istifadə edilmişdir. Sentyabr 2018. Ardıcıllıqla axtarış üçün PlasmidFinder veb serveri (https://cge.cbs.dtu.dk/services/PlasmidFinder/) tərəfindən həyata keçirilən yanaşmaya oxşar yanaşma tətbiq edilib. Genomik Epidemiologiya Mərkəzinin əsas modulundan (https://bitbucket.org/genomicepidemiology/cge_core_module) skriptdən BLAST axtarışını həyata keçirmək və hitləri əvvəlcədən emal etmək üçün istifadə edilib və nəticədə hər mövzuda bir ən yaxşı hit əldə edilib. Xitlər daha sonra verilmiş kəsmə dəyərlərinə əsasən süzülürdü. Nəhayət, üst-üstə düşən hitlər silindi. Müvafiq pMLST sxeminə (IncA/C, IncF, IncHI1, IncHI2, IncI1 və ya IncN) malik replikonları olan plazmidlər silisiumda PubMLST-dən (19) sxem və profillərdən istifadə edərək pMLST təhlili (13) (https://pubmlst.org/plasmid/, 14 sentyabr 2018-ci il). Seemann tərəfindən həyata keçirilən mlst əmr xətti aləti (https://github.com/tseemann/mlst, versiya 2.10), Carattoli tərəfindən tövsiyə edildiyi kimi minimal 85% eynilik və 66% əhatə dairəsi istifadə edilməklə tətbiq edilmişdir. və b. (13). IncF plazmidləri üçün ardıcıllıq növü FAB düsturuna (21) uyğun olaraq təyin edilmişdir. Tapılan allel hitləri dəqiq deyilsə (lokusun uzunluğu və eyniliyi baxımından) və ya qeyri-müəyyən (birdən çox dəqiq vuruş) onda allel identifikatoru təyin edilməmişdir. Əgər FIC/FII replikonlarından birdən çoxunun ən azı bir dəqiq allel uyğunluğu varsa, o zaman ardıcıllıq növünün birinci hissəsi '−−' olaraq təyin edilir, yəni bu replikonların heç birində dəqiq allel vuruşu yoxdursa, qeyri-müəyyən FIC/FII replikon hitləri. sonra 'F-' istifadə edildi. Sonra, Mash (15) (versiya 2.0) -i -S 42 -p 20 -k 21 -s 1000 parametrlərindən istifadə edərək plazmid nukleotid ardıcıllığının eskizlərini yaratmaq üçün tətbiq edilmişdir. Plazmid ardıcıllığının 2D yerləşdirilməsi UMAP (22) (versiya 0.2.5) istifadə edərək hesablanmışdır. Əvvəlcə yaradılmış Mash eskizlərindən ardıcıllıqlar arasındakı cüt məsafələr hesablanmışdır. Daha sonra n_neighbors=50, n_components=2, init=‘təsadüfi’, metrik=‘əvvəlcədən hesablanmış’ parametrlərindən istifadə etməklə UMAP məsafə matrisinə tətbiq edilmişdir. Bənzər plazmidlərin unikal cütləri, 1000 paylaşılan heshdən ən azı 950-yə uyğun gələn 0,00123693 məsafə kəsimi ilə Mash ilə cüt məsafələrin hesablanması ilə müəyyən edilmişdir. Nəhayət, -input_type fasta -dbtype nucl parametrləri ilə çağırılan BLAST+ icraedici proqramlarından (14) (versiya 2.7.1+) makeblastdb istifadə edərək BLAST verilənlər bazası yaradıldı.

Toplanmış plazmidlərə ümumi baxış

Ümumilikdə, NCBI nukleotid bazasından 13 789 plazmid qeydi (INSDC-dən 2945 və RefSeq-dən 10 844) götürülüb. Rekordun yaradıldığı tarixə görə, 2015-ci ildən bəri hər il 1000-dən çox unikal ardıcıllıqla plazmidlərin sayı son illərdə kəskin şəkildə artmışdır (Şəkil 1). Üstəlik, 2015-ci ildən toplanmış qeydlər məlumat dəstinin 60%-dən çoxunu əhatə edir (9544 qeyd). Əldə edilmiş plazmid qeydlərinin ardıcıl uzunluğu 52 830 bp medianı ilə 655 ilə 2 580 084 bp arasında dəyişdi. Bundan əlavə, yaradılmış kolleksiya 1753 fərqli növ, 488 cins, 201 ailə, 98 dəstə, 42 sinif və 22 filanı əhatə edirdi. 6171 qeyd (44,8%) üçün yer koordinatları əldə edilə bilər. PlasmidFinder istifadə edərək 5452 qeyd (39,5%) xarakterizə edilə bilər, onlardan 2617-si silisiumda pMLST təhlili.

Kolleksiyaya daxil olan plazmid qeydlərinin sayı yaradıldığı il üzrə qruplaşdırılıb. The y-ox miqyası kvadrat kök çevrilmişdir.


Dəqiq plazmid ölçüsünü necə bilmək olar? - - supercoiled, nicked, linear (27 Mart 2009)

Mən indi tək başıma bəzi yeni təcrid olunmuş bakteriyalar üzərində işləyirəm və onların içərisində nə qədər plazmid olduğunu bilmirəm.
Mən plazmid DNT-ni çıxardım və gel qaçışı etdim.

və o, mənə bir neçə lentlə göstərir, bəli, onun konformasiyasına görə (süper qıvrılmış, nicked və xətti) plazmid DNT üçün ümumi olduğunu bilirəm, ona görə də mənə fərqli miqrasiya nümunəsi verir.

Çıxardığım plazmidin DƏqiq ölçüsünün hansı olduğunu necə müəyyən edə bilərəm? çünki eyni ölçüdə fərqli miqrasiya edir?


pls səhv edirəmsə məni düzəldin.
çox sağ ol.

DƏqiq ölçüsünü bilməyin yeganə yolu onu ardıcıllıqla sıralamaqdır. Onu məhdudlaşdırıcı fermentlə kəsib hansı ölçülü fraqmentlərin istehsal olunduğunu görərək təxmini ölçü əldə edə bilərsiniz. Yalnız bir neçə fraqmentə bölünən birini tapmaq üçün bir neçə fərqli fermentlə sınaqdan keçmək lazım ola bilər, beləliklə, cəmi əldə etmək üçün fraqmentlərin ölçülərini əlavə edə bilərsiniz.

bəli, HomeBrew-in dediyi kimi, xətti plazmid vermək üçün plazmidinizi kəsməlisiniz, sonra yenidən gel üzərində işləməlisiniz. lakin mənim sualım budur ki, əgər bakteriya ştammınız artıq məlumdursa, o zaman Genebank-da və ya bir yerdə RE-nin sizə yalnız 1 xətti lent verəcəyini anlamaq üçün həmin plazmid ardıcıllığını tapa bilməzsiniz?

Standart vektorları həzm etmədən işlədin və onların hərəkətliliyini müqayisə edin və il plazmidinin təxmini ölçüsünü təxmin edin.

lakin fərqli bakteriyalar fərqli plazmidə malik ola bilər, elə deyilmi? onda hansı plazmidin olduğuna necə əmin ola bilərdim?

TC ilə razıyam. Plazmidi məhdudlaşdırıcı fermentlə kəsin. Və DNT fraqmentlərini bir DNT nərdivanı ilə idarə edin.

Həzmdən bir neçə DNT fraqmenti əldə edə bilərsiniz. Sadəcə DNT fraqmentlərinin ölçülərini cəmləyin.

Bir fermentin çox tez-tez kəsilməməsi və ya kəsilməsi halında bunu bir neçə fərqli ferment üçün təkrarlayın.

Tamam. Hamınıza çox sağ olun!, mən məhdudiyyətlə davam edəcəyəm. =)


İçindəkilər

Bəzi hallarda vektorda MCS olmaya bilər. Əksinə, MCS vektora əlavə edilə bilər. [4] İlk addım həzm edildikdən sonra vektoru tamamlayan sonda əlavə əsaslarla birlikdə məhdudlaşdırıcı ferment sahələrini ehtiva edən tamamlayıcı oliqonukleotid ardıcıllıqlarının layihələndirilməsidir. Sonra oliqonukleotid ardıcıllığı həzm edilmiş və təmizlənmiş vektora bağlana və bağlana bilər. Həzm olunan vektor oliqonukleotid əlavələrinin kənarlarını tamamlayan məhdudlaşdırıcı fermentlə kəsilir. Bağlamadan sonra vektoru bakteriyalara çevirin və ardıcıllıqla daxiletməni yoxlayın. Bu üsul çoxlu klonlama saytına yeni məhdudiyyət saytları əlavə etmək üçün də istifadə edilə bilər.

Çoxlu klonlama saytları plazmidin qalan hissəsini pozmadan xarici DNT-nin daxil edilməsinə imkan verən xüsusiyyətdir ki, bu da onu biotexnologiya, biomühəndislik və molekulyar genetikada son dərəcə faydalı edir. [1] MCS, gen mühəndisliyindən istifadə edərək daha çox genetik cəhətdən dəyişdirilmiş orqanizm (GMO) kimi tanınan transgen orqanizmlərin yaradılmasına kömək edə bilər. Genetik mühəndislikdə MCS-dən faydalanmaq üçün istehsal zamanı MCS-in kəsilməsi zamanı vektora maraq geninin əlavə edilməsi lazımdır. [5] MCS hazırlandıqdan və bağlandıqdan sonra o, maraq doğuran geni ehtiva edəcək və bir bakteriya sahibinin gen surətinin sayını artırmaq üçün gücləndirilə bilər. Bakteriya təkrarlandıqdan sonra, maraq doğuran gen bakteriyadan çıxarıla bilər. Bəzi hallarda, bir protein məhsulu yaratmaq üçün bir ifadə vektoru istifadə edilə bilər. Məhsullar təcrid olunduqdan sonra insulin istehsalı, peyvəndlərin yaradılması, antibiotiklərin istehsalı və gen terapiyasının yaradılması kimi geniş istifadə sahələrinə malikdir.

Gen mühəndisliyində plazmid klonlama vektoru kimi istifadə olunan bir bakterial plazmid pUC18-dir. Onun polilinker bölgəsi tək klasterə (polilinker) çevrilmiş bir neçə məhdudlaşdırıcı fermentin tanınma yerindən ibarətdir. EcoRI, BamHI və PstI daxil olmaqla, müxtəlif məhdudlaşdırıcı fermentlər üçün məhdudlaşdırıcı sahələrə malikdir. Gen mühəndisliyində istifadə edilən başqa bir vektor pUC18-ə bənzəyən pUC19-dur, lakin onun polilinker bölgəsi əksinədir. E.coli mövcudluğu, sürətli böyümə sürəti və çox yönlü olması səbəbindən bakterial ev sahibi kimi də istifadə olunur. [6]

İnsulinin genetik mühəndisliyi üçün ilk addım istifadə olunan plazmiddə MCS-nin kəsilməsidir. [7] MCS kəsildikdən sonra insan insulini üçün gen əlavə olunaraq plazmidi genetik cəhətdən dəyişdirilə bilər. Bundan sonra, genetik cəhətdən dəyişdirilmiş plazmid bakteriya sahibinə yerləşdirilir və bölünməyə icazə verilir. Tələb olunan böyük tədarükü təmin etmək üçün ana hüceyrələr ev sahibi üçün optimal mühit olan böyük bir fermentasiya tankına qoyulur. Proses insulinin ev sahibinin süzülməsi ilə tamamlanır. Təmizləmə daha sonra həyata keçirilə bilər ki, insulin qablaşdırıla və diabetli şəxslərə paylana bilsin.


DNT ardıcıllığı

DNT ardıcıllığı rekombinant plazmid DNT-lərinin ən tam xarakteristikasını təmin edir. Plazmid onurğasını və/və ya daxiletmə ardıcıllığını hədəf alan primerlərdən istifadə edərək, hər hansı bir DNT üçün nukleotid əsaslarının şəxsiyyəti və sırası müəyyən edilə bilər. Klonlaşdırma kontekstində ardıcıllıq istifadəçilərə daxiletmənin DNT ardıcıllığını təsdiqləməyə, oriyentasiyanı daxil etməyə və plazmid və insert DNT arasındakı keçidləri yoxlamağa imkan verir. DNT əlavəsinin ölçüsü tam ardıcıllığı müəyyən etmək üçün neçə və hansı primerlərin lazım olduğunu diktə edəcək. Tam daxiletmə ardıcıllığının müəyyən edilməli olduğu hallarda, həm plazmid DNT-ni hədəf alan primerlərdən istifadə etmək tövsiyə olunur,

Daxiletmə yerinin xaricində 100-150 əsas və insert DNT. Astarlar etibarlı xarakteristika üçün bütün daxiletmə ardıcıllığını ən azı 2 dəfə əhatə edəcək şəkildə tərtib edilməlidir.

Bu gün Sanger sıralama texnikası rekombinant plazmidlərin DNT ardıcıllığını təyin etmək üçün ən çox istifadə edilən üsuldur. Sanger ardıcıllığı DNT polimerazanın, primerin, etiketlənməmiş deoksinukleotid trifosfatların (dNTPs) və flüoresan etiketli dideoksinukleotid trifosfatların (ddNTPs) istifadəsini əhatə edir, burada hər bir baza unikal flüorofor ilə etiketlənir. Yeni sintez edilmiş zəncirdə ddNTP-nin daxil edilməsi sonrakı nukleotidlərin əlavə edilməsinin qarşısını alır, DNT molekulunun daha da uzanmasını dayandırır və zəncir sonunda flüoresan işarəli ddNTP olan DNT məhsulu ilə nəticələnir. Nukleotidlərin ardıcıllığı daha sonra DNT məhsullarını ölçülərinə görə ayırmaqla müəyyən edilə bilər.

Sanger ardıcıllığı rekombinant DNT-lərin təhlili üçün standart olaraq qalmasına baxmayaraq, Illumina®, Ion Torrent ®, Pacific Biosciences ® və Oxford Nanopore Technologies® kimi yeni nəsil ardıcıllıq (NGS) texnologiyaları yüksək məhsuldarlıq, aşağı qiymətli ardıcıllıq analizi üçün platformalar təmin edir. NEBNext ® məhsullar dəsti iş axınlarını asanlaşdıran, girişləri minimuma endirən və tək hüceyrə və kiçik RNT daxil olmaqla DNT, ChIP DNT və RNT üçün kitabxana məhsuldarlığını və keyfiyyətini yaxşılaşdıran nümunə hazırlama vasitələri ilə növbəti nəsil ardıcıllığını dəstəkləyir.

Növü seçin:

Bu məhsul New England Biolabs, Inc (NEB) şirkətinə məxsus və ya nəzarət edilən bir və ya bir neçə patent, ticarət nişanı və/yaxud müəllif hüquqları ilə əhatə olunur.

NEB məhsullarını müxtəlif tətbiqlər üçün inkişaf etdirib təsdiqləyərkən, bu məhsulun istifadəsi alıcıdan müəyyən proqramlar üçün əlavə üçüncü tərəf əqli mülkiyyət hüquqlarını əldə etməyi tələb edə bilər.

Kommersiya hüquqları haqqında ətraflı məlumat üçün [email protected] ünvanında NEB-in Qlobal Biznes İnkişafı komandası ilə əlaqə saxlayın.

Bu məhsul yalnız tədqiqat məqsədləri üçün nəzərdə tutulub. Bu məhsul insanlarda və ya heyvanlarda terapevtik və ya diaqnostik məqsədlər üçün istifadə edilmək üçün nəzərdə tutulmayıb.


Digər Resurslar

PGLO Plasmid (PPT 9.06 MB) ilə Sinif otağınıza sorğu gətirin

NGSS çərçivəsində təsvir olunan elm və mühəndislik təcrübələrini göstərmək üçün pGLO Bakteriya Transformasiyasından istifadə edin.

YouTube pGLO Bakterial Transformasiya Pleylist

Bakteriyalar, bakteriya transformasiyası və yaşıl floresan zülal (GFP) haqqında dərsləri zənginləşdirmək üçün bu qısa təlimat videolarından istifadə edin.

Case Studies

AP imtahanına hazırlıq üçün də faydalı olan tələbələrlə üzbəüz genişlənmələr.

Case Study: Malyariyanın ötürülməsinə nəzarətdə bakteriya çevrilməsinin rolu (PDF 3.3 MB)

Case Study: Bağırsaq Mikrobiomunun Hacking (PDF 1.5 MB)


16.2 Biotexnologiya məhsulları

1. Genetik cəhətdən dəyişdirilmiş orqanizmlər biotexnologiya məhsulları istehsal edə bilər.
2. Onlara yad gen daxil edilmiş orqanizmlərdir transgenik.

A. Transgen bakteriyalar

1. Bakteriyalar insulin və insan böyümə hormonu və peyvənd kimi məhsullar hazırlaya biləcəkləri böyük çənlərdə yetişdirilir.
2. Transgen bakteriyalar bitkilərin sağlamlığını yaxşılaşdırmaq və yağ kimi maddələri parçalamaq üçün istehsal edilmişdir
3. Transgen bakteriyalar, fenilalanin (süni tatlandırıcılar) kimi kimyəvi məhsullar istehsal edə bilər.

B. Transgen Bitkilər
1. Xarici genlər artıq pambıq, qarğıdalı və kartof ştammlarına həşərat toksinləri istehsal etmək qabiliyyətini verir.
2. Bitkilər hormonlar, laxtalanma faktorları və antikorlar da daxil olmaqla insan zülalları istehsal etmək üçün hazırlanır.

C. Transgen Heyvanlar

Heyvan istifadəsi heyvanların yumurtalarına gen daxil etmək üsullarını tələb edir (erkən inkişafda). Bu texnikadan istifadə edərək, daha böyük balıqlar, inəklər, donuzlar, dovşanlar və qoyunlar yetişdirmək üçün bir çox növ heyvan yumurtasına iribuynuzlu böyümə hormonu (bGH) vurulmuşdur.

Gen əczaçılıq” dişi südündən əldə edilən dərman preparatlarının istehsalı üçün transgen kənd heyvanlarının istifadəsidir.

D. Transgen heyvanların klonlanması

1. 1997-ci ildə Dollinin klonlaşdırılması məməlilərin klonlaşdırıla biləcəyini göstərdi.
2. Məməlilərin klonlaşdırılması yetkin hüceyrənin nüvəsinin enükle edilmiş yumurtaya vurulmasını nəzərdə tutur.
3. Klonlanmış yumurtalar in vitro inkişafa başlayır və sonra klonlar doğulana qədər ana analara qaytarılır.

Ssenari 1: Barbero adlı çox sevilən at yarışda ayağını sındırır. Bir çox insan onun rifahı üçün dua edirdi və onun sağalması üçün minlərlə dollar xərcləndi. Barberonun yaşadığı heyvan xəstəxanasına və tövləyə poçt və çiçəklər töküldü. Təəssüf ki, bir il zəif sağaldıqdan sonra Barberonun evtanaziyasına qərar verildi. Sahibləri onun DNT nümunəsini saxlayırlar ki, Barberonun klonlanması mümkün olsun. Sizcə onu klonlamalıdırlar? Niyə və ya niyə olmasın.

Ssenari 2: Melissa ailəsi tərəfindən sevilən xoşbəxt 5 yaşlı uşaqdır. O, xəstələnir və uşaqlıq leykemiyası diaqnozu qoyulur. Tipi Melissa ilə eyni olan sümük iliyi donorunu tapmaq üçün ümidsiz axtarış aparılır. Bir illik axtarışdan sonra Melisanın dünyagörüşü acınacaqlıdır. Ailəsi Melisanı klonlamağa qərar verir ki, onun klonu sümük iliyi donoru ola bilsin. Sizcə bu tanrı fikridir? Niyə və ya niyə olmasın.

16.3 Genomika

21-ci əsrdə genetika narahatlıq doğurur genomika: insanların və digər orqanizmlərin genomlarının öyrənilməsi.

A. Bazaların ardıcıllığı

  • İnsan Genomu Layihəsi bütün xromosomlarımızdakı bütün əsas cütlərin iş layihəsini hazırladı.
  • Xromosomlarımızın uzunluğu boyunca üç milyard əsas cütün ardıcıllığını öyrənmək üçün tapşırıq 13 il çəkdi.
  • Digər orqanizmlər pozğunluqlardan məsul olan genləri və yerləşmiş genləri müqayisə etmək üçün ardıcıllıqla aparılır.

The HapMap Layihəsi -- Kataloqlar insanlarda haplotiplər adlanan ardıcıllıq fərqləri.

Genetik Profil

  1. DNT mikroarrayları insanın tam genotipini müəyyənləşdirir, buna deyilir genetik profil.
  2. DNT profilləri bir insanın müəyyən bir xəstəlik riskinin artdığını müəyyən edə bilər
  3. Genetik profil müəyyən bir dərman müalicəsinin xüsusi bir klinik vəziyyətdə uyğun olub olmadığını müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər.
  1. Proteomika hüceyrə zülallarının quruluşunu, funksiyasını və qarşılıqlı təsirini öyrənir.
  2. Proteomik tədqiqatlardan əldə edilən məlumatlar daha yaxşı dərmanların dizaynında və dərman müalicəsini fərdin xüsusi genomu ilə əlaqələndirmək üçün istifadə edilə bilər.

Bioinformatika

  1. Bioinformatika genomun öyrənilməsi üçün kompüter texnologiyalarının tətbiqidir.
  2. Genomun kompüter analizindən əldə edilən məlumat genetik profillər və genetik pozğunluqlar arasındakı əlaqəni göstərə bilər.

16.4 Gen terapiyası

1. Gen terapiyası səhv bir geni kompensasiya etmək üçün xəstələrə sağlam genlər vermək üçün prosedurları əhatə edir.
2. Gen terapiyası həmçinin genetik pozğunluqları və müxtəlif insan xəstəliklərini müalicə etmək üçün genlərdən istifadəni əhatə edir.
3. Var ex vivo (bədənin xaricində) və in vivo (bədən daxilində) gen terapiyası üsulları.

/>Bu iş Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 Beynəlxalq Lisenziyası əsasında lisenziyalaşdırılıb.


PMON7124 plazmid ardıcıllığını haradan tapa bilərəm? - Biologiya

Klonlaşdırma üsulları haqqında məlumat

Təsvir
Standart məhdudlaşdırıcı ferment (RE) klonlamasında DNT-ni xüsusi DNT ardıcıllığında parçalamaq üçün xüsusi fermentlərdən istifadə edilir və uyğun ucları olan fraqmentlər (və ya küt uclu fraqmentlər) çevrilə və yayıla bilən dairəvi plazmid yaratmaq üçün bir-birinə bağlanır. bakteriyalarda. Metod DNT ardıcıllığını əlavə etmək, silmək və ya başqa şəkildə manipulyasiya etmək üçün istifadə edilə bilər.

Daha ətraflı
Bu üsul haqqında daha çox öyrənmək üçün molekulyar biologiya dərsliyinə və ya protokol təlimatına müraciət edin.

Üstünlüklər
RE klonlamasının əhəmiyyətli üstünlüyü ondan ibarətdir ki, o, uzun illərdir istifadə olunduğu üçün reagentlər və protokollar əksər tədqiqatçılar üçün hazırdır.

PlasmID-də
Faktiki olaraq hər hansı bir plazmid məhdudlaşdırıcı ferment klonlama üsullarından istifadə etməklə manipulyasiya edilə bilər. Xüsusilə faydalı olan çoxlu klonlama yeri (MCS) ehtiva edən plazmidlərdir ki, bunlar da polilinker adlanır.

Təsvir
CpoI fermenti (Fermentas və digər satıcılardan əldə edilə bilər) cggtccg və ya cggaccg ardıcıllığını tanıyır. Ferment birinci cg-dən sonra kəsilir və üç əsas cüt üç əsas çıxıntı buraxır. Bu xüsusiyyətlər, xüsusi hazırlanmış PCR-gücləndirilmiş fraqmentləri çərçivədə və istiqamət üzrə CpoI-həzm olunmuş vektora klonlaşdırmaq üçün CpoI-dən istifadə etməyə imkan verir. CpoI yanaşması aCpoI klonlama saytı olan bir vektora əlavələr əlavə etmək üçün istifadə edilə bilər.

Daha ətraflı
Bu üsul haqqında daha çox öyrənmək üçün Petrucco et al kimi metoddan istifadə edən sənədlərə baxın. (2002) "A Nick-sensing 3' DNT Repair Enzyme from Arabidopsis" (PMID: 11948185), Izumiya et al. (2003) "Hüceyrə dövrünün tənzimlənməsi. " (PMID: 12915577 ) və ya Izumiya et al. (2005) "Kaposi sarkoması ilə əlaqəli . " (PMID: 16014952). Bundan əlavə, metodun necə işlədiyini görmək üçün vektor və PCR məhsulunun uçlarını çıxarmaq faydalıdır.

Üstünlüklər
CpoI əsaslı istiqamətli klonlaşdırma metodunun adi məhdudlaşdırma həzm metodlarından əhəmiyyətli üstünlükləri bunlardır: (1) həddindən artıq üç əsas cüt olduğundan, əşyaları çərçivədə saxlamaq asandır və (2) tək bir ferment istiqamətləndirici rejimdə istifadə edilə bilər. yanaşma (əksər istiqamətli yanaşmalar bir ucunun bir məhdudlaşdırıcı fermentlə, digər ucunun isə fərqli məhdudlaşdırıcı fermentlə kəsilməsini tələb edir).

PlasmID-də
N-terminal və C-terminal teqlərini (məsələn, 6xHis, T7 eptiop teqləri) əlavə etmək üçün faydalı olan bir neçə plazmid C. Kamil tərəfindən (Harvard Tibb Məktəbinin BCMP Departamenti, D. Coen laboratoriyası) anbarı ilə paylaşılmışdır. Müəllif kimi "Kamil" ilə "qabaqcıl axtarış" və ya "vektor üzrə axtarış" cəhd edin və klonlama üsulu kimi "CpoI əsaslı klonlaşdırma" seçin.

Təsvir
Clontech's Creator (TM) sistemi və digər LoxP saytı olan plazmidlər LoxP sahələrində sahəyə xas rekombinasiyanı kataliz edən Cre fermentindən istifadə edərək DNT-ni əlavə etmək, dəyişdirmək və ya başqa üsullarla manipulyasiya etmək üçün istifadə edilə bilər. Nəzərə alın ki, LoxP olan hər bir vektor Cre/Lox əsaslı klonlama yanaşmaları üçün uyğun deyil. Bəzən LoxP klonlama ilə əlaqəsi olmayan bəzi eksperimental yanaşmanı mümkün etmək üçün mövcuddur (məsələn, LoxP tərkibli konstruksiyalar vaxtaşırı hüceyrələrə daxil edilir və sonra dəyişikliklər etmək üçün Cre-nin in vivo ifadəsi istifadə olunur).

Daha ətraflı
Bu üsul haqqında daha çox məlumat əldə etmək üçün, lütfən, Clontech veb-saytına baxın www.clontech.com və Hoess et al. (1982) "P1 sahəyə xüsusi rekombinasiya: rekombinasiya sahələrinin nukleotid ardıcıllığı" (PubMed ID 6954485.).

Üstünlüklər
Sistemin əhəmiyyətli üstünlüyü ondan ibarətdir ki, əlavə bir "master" və ya "giriş" vektoruna klonlaşdırıla bilər və məhdudlaşdırıcı fermentlərlə həzm etmə, gel təmizləmə, bağlama və s. ehtiyac olmadan bir çox müxtəlif ifadə vektorlarına asanlıqla alt klonlaşdırıla bilər.

PlasmID-də
pDNR-Dual-da çoxlu ardıcıllıqla təsdiqlənmiş açıq oxu çərçivəsi (ORF) və ya cDNA klonları Harvard Tibb Məktəbində Harvard Proteomika İnstitutu (HIP) tərəfindən depo ilə paylaşılır. Bu klonların bəziləri "qapalı" formatıdır, belə ki, normal dayanma kodonu mövcuddur, digərləri isə C-terminal etiketinin əlavə oluna bilməsi üçün dayandırıcı kodonun leykodonu ilə əvəz olunduğu "füzyon" formatıdır.

Təsvir
Invitrogen's Gateway (TM) sistemi və digər lambda fag (att) rekombinasiya yeri olan plazmidlər, att tipli yerlərdə sahəyə xas rekombinasiyanı kataliz edən bir fermentdən istifadə edərək DNT-ni əlavə etmək, dəyişdirmək və ya başqa üsullarla manipulyasiya etmək üçün istifadə edilə bilər.

Daha ətraflı
Bu üsul haqqında daha çox məlumat əldə etmək üçün, lütfən, Invitrogen veb-saytına baxın www.invitrogen.com və müvafiq istinadlara, o cümlədən Landy (1989) "Lambda sahəsinə məxsus rekombinasiyanın dinamik, struktur və tənzimləyici aspektləri" (PubMed ID 2528323).

Üstünlüklər
Cre/Lox yanaşmasına bənzər olaraq, sistemin əhəmiyyətli üstünlüyü ondan ibarətdir ki, əlavə bir "master" və ya "giriş" vektoruna klonlaşdırıla bilər və məhdudlaşdırıcı fermentlərlə həzm edilmədən asanlıqla bir çox müxtəlif ifadə vektorlarına subklonlaşdırıla bilər. , gel təmizləmək, bağlamaq və s.

PlasmID-də
Nümunələr arasında Harvard Tibb Məktəbində Harvard Proteomika İnstitutu (HIP) tərəfindən depo ilə paylaşılan pDONR201 və ya pDONR221-də çoxlu ardıcıllıqla təsdiqlənmiş açıq oxu çərçivəsi (ORF) və ya cDNA klonları daxildir. Bu klonların bəziləri "qapalı" formatıdır, belə ki, normal dayanma kodonu mövcuddur, digərləri isə C-terminal etiketinin əlavə oluna bilməsi üçün dayandırıcı kodonun leykodonu ilə əvəz olunduğu "füzyon" formatıdır.

Təsvir
"Çiftləşməyə Yardımlı Genetik İnteqrasiya Klonlama" və ya MAGIC Li & Elledge (HHMI/Harvard Tibb Məktəbi) tərəfindən işlənib hazırlanmışdır və xüsusi hazırlanmış 'donor' və 'resipient' plazmidləri birləşdirmək üçün bakterial cütləşmə zamanı baş verən in vivo DNT parçalanmasına və homoloji rekombinasiya hadisələrinə əsaslanır. məsələn, insert tərkibli donorlar və spesifik alıcı ifadə vektorları).

Daha ətraflı
Bu üsul haqqında daha çox məlumat əldə etmək üçün Li & Elledge (2005) "MAGIC, rekombinant DNT molekullarının sürətli qurulması üçün in vivo genetik metod" (PubMed ID 15731760)-a baxın.

Üstünlüklər
Metodun əhəmiyyətli üstünlüyü ondan ibarətdir ki, bakteriya əlavələri və vektorları birləşdirmək işini görür və beləliklə, konstruksiyalar məhdudlaşdırıcı ferment həzminə, gel təmizləməsinə və s. və ya rekombinasiyanı təşviq edən fermentlərdən istifadə etmədən yaradıla bilər.

PlasmID-də
Nümunələrə Elledge laboratoriyası (HHMI/Harvard Tibb Məktəbi) tərəfindən depo ilə paylaşılan shRNA əsaslı yanaşmalar üçün pPRIME-(marker)-resipient klonlar dəsti daxildir.

Şərtlər və Qaydalar
2004-2018 Harvard Tibb Məktəbi
PlasmID Harvard Tibb Məktəbində DF/HCC DNT Resurs Core tərəfindən yaradılmış və saxlanılır.


Müzakirə

The məsələn gen ilk dəfə AcMNPV-də müəyyən edilmişdir və virusun təkrarlanmasından əvvəl ev sahibi ekdisteroid səviyyələrini dəyişdirdiyi təsdiq edilmişdir [14]. Silinməsi məsələn AcMNPV-dən olan gen vəhşi tip virusla müqayisədə ev sahibinin ölümə qədər irəliləməsini sürətləndirir [15]. The məsələn gen HearNPV-də müəyyən edilmiş və xarakterizə edilmişdir [33]. Təkmilləşdirilmiş xassələri olan HearNPV ştammını yaratmaq üçün biz onu əvəz etdik məsələn neyrotoksin geni olan gen və onun bioloji fəaliyyətini təhlil etdi.

Rekombinant bakulovirus konstruksiyasında, o cümlədən xarici genləri ifadə etmək üçün bir çox promotorlardan istifadə edilmişdir yəni-1 təşviqatçı, p10 təşviqatçı, polihedrin promouter, eləcə də səh6.9 promouter [19, 20, 34�]. Müxtəlif promotorların müxtəlif insektisid təsirlərə səbəb olduğu bildirilmişdir [32, 38]. Polihedrin güclü, gec promotor kimi promotor pFast Bac plazmidləri (Invitrogen) və pIZ/V5-His plazmidləri (Invitrogen) kimi bir çox kommersiya vektorlarında yad genin ifadəsi üçün istifadə edilmişdir. yüksək səviyyədə ifadəsini təmin etmək üçün Ar1b neyrotoksin geni ilə HearNPV seçdik polihedrin tədqiqatımızda promouter.

Təkmilləşdirmək üçün bu rekombinant virusa ehtiyacımız olan ən vacib xüsusiyyətlərdən biri virulentlik idi. Əksər rekombinant viruslar orta ölümcül dozaların və ya orta öldürücü vaxtların qənaətbəxş azalması göstərir [18, 21, 23, 24, 39 �]. Bu işdə rekombinant virus da LT-də böyük azalma nümayiş etdirdi50 vəhşi tip virusla müqayisədə dəyər (32% azalma). Ar1b-HearNPV-nin yüksək dozaları ilə yoluxmuş sürfələr WT-HearNPV-dən daha çox ölümə səbəb olur. At low dosage treatments, the Ar1b-HearNPV-infection showed a lower mortality than WT-HearNPV in the fourth instar larvae ( Fig 8 ). A similar lower mortality was shown in Trichoplusia ni larvae infected with a lower dosage of a scorpion toxin (LqhIT2) recombinant AcMNPV compared with wild type AcMNPV [38]. This may be due to the egt deletion mutants not have enough time to produce enough viruses to kill the older host larvae.

Our Ar1b-expressing recombinant HearNPV provoked symptoms of paralysis and flaccidity in infected larvae, especially one to two days prior to larva death ( Fig 7A ). A similar paralysis phenomenon was induced in AaIT-AcMNPV-infected Heliothis virescens larvae and they usually fell off the plant [39]. As we have described above, one of our aims was to construct a new virus mutant which could reduce larva consumption of the host plant. It was reported that the juvenile hormone esterase (JHE) gene recombinant AcMNPV would lead to 40�% reduction on diet consumption in the inoculated neonate Manduca sexta larvae compared to wild type AcMNPV-infected larvae [44]. However, the feeding inhibition ability of JHE recombinant AcMNPV in older instar larvae is still unknown [44]. While, considerable feeding inhibition ability was shown in Ar1b-HearNPV, even in the fourth instar larvae ( Fig 9 ). On the other hand, the larvae infected by Ar1b-HearNPV had a significant reduction in weight gain compared with HZ8-HearNPV infected larvae ( Fig 10 ). In agreement with our results, S. frugiperda larvae infected with an egt gene deletion AcMNPV strain [15], and Lymantria dispar larvae infected with an egt deleted LdMNPV [17] gained less weight than larvae infected with wild-type virus. All of these improved properties suggest that application of this Ar1b-expressing HearNPV has potential to provide more effective protection of the cotton than the wild-type HearNPV. In addition, we suggest ar1b can be a candidate for the engineering of other baculovirus recombinant species.

The Asian cotton bollworm (H. armigera), which causes considerable economic loss to cotton and many vegetables, is an important polyphagous pest in many countries [45, 46]. The HearNPV has been registered extensively for use on cotton fields as a bioinsecticide in China [47�]. In an effort to develop NPV insecticides for H. armigera control, scientists have isolated NPV in USA, Kenya, Australia, and China from diseased H. armigera larvae to select a candidate isolate for controlling cotton bollworm [49�]. Several engineering methods that could improve the efficacy of HearNPV have been reported [25]. There also is the potential for recombinant HearNPV to improve the pesticidal efficiency substantially by using new neurotoxin genes from different arthropod species. Our bioassay results implied that ar1b insertion into the HearNPV genome could improve the insecticidal activity of HearNPV and ar1b could be a probable candidate for other recombinant virus species construction.


Videoya baxın: Organlarımızı Tanıyor Muyuz? (Iyul 2022).


Şərhlər:

  1. Holden

    Excuse, that I interrupt you, but it is necessary for me little bit more information.

  2. Fineen

    Bu, belə bir istehzadır, elə deyilmi?

  3. Farlan

    Sən düzgün deyilsən. Giriş edəcəyik. PM-də mənə yazın, biz onu idarə edəcəyik.

  4. Dosne

    Çox dəyərli məlumat

  5. Martinez

    It doesn't matter!

  6. Panagiotis

    Çox faydalı ifadə



Mesaj yazmaq