Məlumat

Ayaqların müqayisəli ölçüləri

Ayaqların müqayisəli ölçüləri



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mən uşaq olanda atam mənə J. B. S. Haldane adlı klassik "Doğru ölçüdə olmaq haqqında" essesini göstərdi. Bu, (digər şeylər arasında) böyük heyvanların çəkilərini dəstəkləmək üçün daha qalın ayaqlara ehtiyacı olduğundan danışır. 350 lb maral kimi hər ayağımın çəkisi təxminən eynidir, lakin ayaqlarımın diametri 1500 lb atınkına yaxındır. Niyə?


Heyvanların bud sümüyünün uzunluğu, qalınlığı və qalınlığının kütləsi arasında maraqlı bir əlaqə var. Nəzərə alınmalı olan bir məqam odur ki, sümüklər müxtəlif sıxlıqlarda ola bilər və buna görə də müxtəlif miqdarları dəstəkləyə bilər. Ayağındakı əzələ də çəkinizi dəstəkləmək üçün heç bir şey etmir, o (əsasən) hamısı sümükdədir. Həqiqətən, sırf ayağa baxmaq sizə toxumanı geri soymaq və birbaşa bundan ölçü götürmək lazım olduğunu söyləməyəcək. Müxtəlif heyvanların fərqli qapı strategiyalarını nəzərə alsaq, bu, ayağı əhatə edən fərqli əzələ səviyyələrinə səbəb ola bilər və cavabınızı çaşdıra bilər.

MIT-nin fizika professoru Walter Lewin ilk mühazirədə heyvanların bud sümüyünün nisbi ölçüləri və qalınlığı haqqında bir mühazirə silsiləsi oxudu və bu, həqiqətən də maraqlıdır (http://www.youtube.com/watch?v =PmJV8CHIqFc - 11 dəqiqə ilə 22 dəqiqə arasında). Qısa cavab, qalınlıq və uzunluq arasındakı nisbətin uzunluğa nisbətən eyni qalması idi.


Helikon kəpənəklərində protorakal ayağın müqayisəli morfologiyası: İzləmə ölçüsü allometriyası, podit birləşmələri və ontogenez və filogenezdə itkilər

Helikon kəpənəklərinin (Nymphalidae, Heliconiinae, Heliconiini) prothoracic ayaqları mezotorakal və metatorakal ayaqları ilə müqayisədə ölçülərinə görə kiçilir. Kişilərdə onların heç bir aşkar funksiyası yoxdur, lakin qadınlar tərəfindən ev sahibi bitkilərdə nağara çalmaq üçün istifadə olunur, bu, yumurtlama yerinin seçilməsi ilə əlaqədar bir davranışdır. Burada, helikon kəpənəklərinin bütün tanınmış nəsillərini nəzərə alaraq, optik və skan edən elektron mikroskopiyadan istifadə edərək onların tarsini təsvir etdik və podit birləşmələri və itkiləri axtardıq və statik, ontogenetik və filogenetik səviyyələrdə allometriyanı təhlil etdik. Dişi tarsilər oxşar, gürzşəkilli idi, dörddən beşə qədər tarsomer göstərir, hər biri sensilla chaetica və trichodea daşıyırdı. Kişi tarsi silindrik idi, beşdən (erkən ayrılan nəsillər) birinə (nəsil nəsilləri) qismən və ya tamamilə birləşmiş tarsomerlərdən ibarət idi, hamısı sensilladan məhrum idi. Pretarsi hər iki cinsdə azaldı, bəzi növlərdə ya kövrək, ya da yox idi. Tarsal uzunluğu demək olar ki, bütün növlərdə erkəklər üçün daha kiçik idi. Həm histoloji, həm də morfometrik səviyyədə son sürfə instarasına qədər ərimə zamanı protorakal ayaqların ölçüsündə kəskin azalma aşkar edilmişdir. Hər iki cinsdə protorakal ayaqlar üçün populyasiya səviyyəsində tapılan əksər allometrik əmsallar mezotorakal ayaq və həmçinin qanadlarla müqayisədə mənfi olmuşdur. Protorasik tarsi təkamül zamanı proporsional olaraq ölçüdə azaldı, ən böyük və ən kiçik dəyərlər müvafiq olaraq ən qədim və ən gənc nəsillərin düyünləri üçün tapıldı. Nəticələrimiz göstərir ki, helikon kəpənəklərində protorakal ayağın təkamülü statik, ontogenetik və filogenetik səviyyələrdə mənfi ölçülü allometriya ilə birlikdə poditlərin itkiləri və birləşmələrinə əsaslanır. Bu proseslər kişilərdə daha qabarıq şəkildə özünü göstərir. Tədqiqatımız, yumurtlama yerinin seçilməsi zamanı onların istifadəsini gəzintidən nağara çalmağa dəyişdirərək, bu ayaq strukturlarının təkamülünün qadınlar tərəfindən idarə olunduğu fərziyyəsinə əlavə dəstək verdi. Kişilərdə ayaq funksiyanın olmaması səbəbindən seçilə bilər və beləliklə, poditlərin birləşmələri ilə birlikdə ölçüləri tədricən azalır və itirilirdi.

Açar sözlər: Allometrik artım Nağara çalma davranışı Təkamül itkiləri Helikon kəpənəkləri Ev sahibi bitki seçimi Həşərat ayaqları.


Bədən ölçüsünə görə funksiyaların miqyası: nəzəriyyələr və faktlar

FIG1`Niyə kiçik heyvanlar daha sürətli və daha qısa yaşayırlar?' `Həyatın sürətini nə müəyyənləşdirir?' Bunlar 150 ildən artıqdır ki, bioloqları maraqlandıran suallardır və nəzəriyyəçilər və eksperimentalistlər arasında bu gün də davam edən mübahisələrə səbəb olur. Hələ 1839-cu ildə Sarrus və Rameaux (1839) metabolik gücün xətti ölçünün və ya bədən kütləsinin üçüncü gücü ilə arta bilməyəcəyini, ancaq orqanizmlərin enerji balansında, maddələr mübadiləsində qalması üçün istilikdən xilas olmaq qabiliyyəti ilə məhdudlaşdığını başa düşdülər. yalnız onların səth sahəsinə mütənasib olaraq dəyişə bilər. Rubner (1883) əslində itlərdə metabolik sürətin bədən səthinin sahəsinə mütənasib olduğunu tapdı və bədən kütləsinin 2/3 gücünə yüksəldilməsini təklif etdi. Kleiber (1932) çoxlu sayda kiçik və böyük növlər üzrə bazal metabolizm sürətinin (BMR) təxminlərini əldə edərək, eksperimental olaraq 2/3 eksponentdən çox, BMR və bədən kütləsi arasındakı əlaqəni təsvir etmək üçün (yaxın) 3/4 eksponent tapdı. Rubner qanunundan proqnozlaşdırılır. Kleiberin 'qanunu' mübahisələrə davam etsə də, o vaxtdan bəri (Schmidt-Nielsen, 1984) bir çox tədqiqatlarla təsdiq edilmişdir.

Knut Schmidt-Nielsen 1977-ci ildə Harvard Universitetindən C. Richard Taylor və Bern Universitetindən Ewald R. Weibel və onların Afrika məməlilərində metabolik sürətin miqyası üzərində işləyən əməkdaşları ilə Keniyadakı Masai Mara çöl səfərində.

Bu xüsusi buraxılış Knut Schmidt-Nielsen-ə həsr olunub - pioner, mentor, dost

Knut Schmidt-Nielsen 1977-ci ildə Harvard Universitetindən C. Richard Taylor və Bern Universitetindən Ewald R. Weibel və onların Afrika məməlilərində metabolik sürətin miqyası üzərində işləyən əməkdaşları ilə Keniyadakı Masai Mara çöl səfərində.

Bu xüsusi buraxılış Knut Schmidt-Nielsen-ə həsr olunub - pioner, mentor, dost

Rubnerin səth qanunundan fərqli olaraq, Kleiberin 3/4 eksponenti müəmmalıdır, bədən dizaynı ilə heç bir açıq əlaqəsi yoxdur. Belə mühüm allometrik əlaqəni izah etmək axtarışı yeni nəzəriyyələrə təkan verdi. McMahon (1975) elastik oxşarlıq konsepsiyasını inkişaf etdirərək, dayaq strukturlarının elastik qırılma ehtimalının bütün ölçülü heyvanlarda oxşar saxlanması lazım olduğunu ifadə etdi. Bu analizin nəticəsi göstərir ki, kiçik heyvanların ayaqları böyük heyvanların ayaqlarından daha incə ola bilər. Elastik oxşarlığı və əzələ işinin güc xərclərinin əzələ kəsik sahəsinə mütənasib olduğunu nəzərə alaraq, MR-nin 3/4 miqyası əldə edilir və beləliklə, miqyaslama nəzəriyyəsi və eksperimental sübutlar uyğunlaşdırıla bilər. Tamamilə fərqli bir intellektual yanaşmadan istifadə edərək, West et al. (1997) ilk prinsiplərdən 3/4 miqyaslı eksponentə çatmaq üçün heyvanlarda (enerji) paylayıcı damar şəbəkəsinin fraktal təbiətinə istinad etmişlər. Bənzər bir yanaşma, həmçinin 3/4 miqyaslı eksponent verən, lakin daha az fərziyyədən istifadə etməklə Banvar və digərləri (1999) tərəfindən təklif edilmişdir. Bejanın 'konstruktiv nəzəriyyəsi' (Bejan, 2000, və s. 1677) axın arxitekturalarının cərəyanlara girişin maksimallaşdırılmasının vahid qanunu ilə çıxarıla biləcəyini nəzərə alaraq 3/4 miqyaslı eksponenti də izah edir.

Bəs biz bu gün harada dayanırıq? Bu icmal həcmi müxtəlif sahələrdən olan alimlərin öz nəzəriyyələrini və ya eksperimental məlumatlarını təqdim etməsi ilə bu suala cavab verməyə çalışır. Nəzəriyyələri məlumatlarla ziddiyyət təşkil etməklə debat şəffaflaşır və oxucu öz seçimini etməlidir - bu cilddən əvvəl keçirilən görüş, şübhəsiz ki, çoxsaylı və qızğın müzakirələrlə, münaqişələrin həlli ilə nəticələnmirdi. İştirak edənlərin hamısının əldə edə biləcəyi yeganə konsensus var idi: `miqyaslama var' - amma 'necə' və 'niyə'?

Prinsiplər məsələsində burada təqdim olunan sənədlərin əsaslandığı iki əsaslı fərqli yanaşma mövcuddur. (1) Eksperimentalistlər təbiətdə baş verən heyrətamiz variasiya diapazonunu araşdırırlar, onlardan biri məməlilərdə 2 q-dan 5 tona qədər müxtəlif ölçülü bədənlərdə eyni funksiyaları yerləşdirmək üçün heyvanların əsas planının modulyasiyasıdır, halbuki (2) nəzəriyyəçilər empirik şəkildə qurulmuş əlaqələr üçün ilk prinsiplərdən izahat axtarırlar, məsələn, maddələr mübadiləsi sürətinin bədən ölçüsü ilə miqyası. İdeal olaraq, nəzəriyyənin proqnozları sübutlarla dəstəklənməlidir, lakin burada əsas odur ki, həyat şəraiti həmişə sadə deyil. Məsələn, bir heyvanın metabolik sürətinin bir çox amillərdən asılı olacağını və fəaliyyət səviyyəsindən asılı olaraq 10 və ya daha çox faktorla asanlıqla dəyişə biləcəyini başa düşmək vacibdir. Baxmayaraq ki, 3/4 güc qanunu 20 q ağırlığında bir siçanın kütlə-spesifik bazal metabolizm sürətinin 500 kq-lıq bir yarış atından beş dəfə çox olduğunu təxmin etsə də, bu iki heyvan bacardıqca maksimum metabolik sürətə çatdıqda qram bədən kütləsi demək olar ki, eynidir. Buna görə ölçmələrin aparıldığı şərtlər aydın şəkildə müəyyən edilməlidir və nəzəriyyələr metabolik miqyasda bu dəyişikliyi nəzərə almalıdır. Nəzəriyyə və təcrübələr sonda birləşməlidir.

Bədən ölçüsü ilə funksiyanın miqyasını nəhayət nə müəyyənləşdirir? Bunun cavabını yalnız əsas funksional prinsiplər və proseslərin başa düşülməsinə əsaslanan mexaniki nəzəriyyələr inkişaf etdirməklə tapmaq olar. Maddələr mübadiləsi sürəti ilə bağlı bu nəşrdə iki güclü “model” və ya “nəzəriyyə” təqdim olunur (West et al., s. 1575 və Bejan, s. 1677), hər ikisi də maddələr mübadiləsinin 3/4 ilə miqyas alacağını proqnozlaşdırır. bədən kütləsinin gücü Mb damar sisteminin konstruktiv xüsusiyyətləri əsasında. Bioloq üçün bunu qəbul etmək çətin görünür a priori heyvanların enerjidən istifadə sürətinin onun 'yanacaq tədarükü' sistemi ilə diktə edilməli olduğunu söylədi: o, heyvanları enerji təchizatı ilə deyil, tələblə idarə olunan sistemlər kimi düşünərdi. Damar sistemi çox elastikdir və toxumaların tələbatını tənzimləyə bilən molekulyar mexanizmlər kəşf edilmişdir. Ancaq bəlkə də bu, o qədər də sadə deyil. Təchizat probleminin mümkün həlli vs maddələr mübadiləsinə tələb nəzarəti Suarez və Darveau tərəfindən "metabolik miqyaslılığın çoxsəviyyəli tənzimlənməsi" təklifi ilə təklif olunur (səh. 1627). Onlar hesab edirlər ki, tələb və təklif sistemləri birgə inkişaf edib və müşahidə olunan metabolik miqyas heyvanlarda enerjidən istifadə dərəcəsinin təyin edilməsində müvafiq tələb və təklif proseslərinə nəzarət edən müxtəlif mərhələlərin (allometrik kaskad modelində) töhfəsinin nəticəsidir (Darveau et al., 2002). Ancaq burada problem ondan ibarətdir ki, belə bir modeli ilk prinsiplərə endirmək çətindir və güc qanununun miqyası birbaşa nəzəriyyədən irəli gəlmir. Bundan əlavə, ardıcıl addımların hamısı inteqral performans səviyyəsinə uyğunlaşdırılarsa, əsas və ikincil təsirləri ayırmaq çətin və ya qeyri-mümkün olacaq.

BMR-nin 3/4 gücünə modelləşdirilməsi ilə bağlı ikinci xəbərdarlıq ondan ibarətdir ki, BMR bir heyvan üçün yalnız bir və olduqca süni bir yaşayış vəziyyətidir, çünki o, mütləq minimum enerji ehtiyacını əks etdirir. Lakin enerji təchizatı müxtəlif funksional və ya metabolik vəziyyətlərin geniş diapazonunu yerləşdirməyi bacarmalıdır. Bunlardan hansının ən güclü təkamül təsiri var? Bəlkə də sahə metabolizm sürətinin (FMR) miqyasını nəzərdən keçirmək daha yaxşı olardı - heyvanlar tərəfindən daha uzun müddət ərzində gündəlik həyatda qalmaq üçün sərf olunan orta metabolik sürət (bax. Nagy, 1999 və s. 1621). Maksimal aerob enerji axını şəraitində qaçan heyvanlar tərəfindən əldə edilən metabolik əhatə dairəsinin yuxarı yaxşı müəyyən edilmiş son nöqtəsi, maksimal metabolik sürət (MMR) (Weibel et al., 2004Weibel və Hoppeler, s. 1635) də bu vəzifəyə namizəd olmağa namizəddir. “miqyaslı qanunlar” baxımından nəzərdən keçirilir və təhlil edilir, çünki bu, sağ qalmaq və buna görə də təkamüldə seçim üçün çox uyğun ola biləcək bir vəziyyətdir. JEB-in bu buraxılışında BMR, FMR və MMR ilə məşğul olan üç töhfəyə baxsaq, bu şərtlərin hər hansı birində metabolik sürətin ümumi 3/4 güc miqyası üçün heç bir inandırıcı dəlil tapa bilmərik. White və Seymour (2000, və s. 1611) iddia edirlər ki, BMR-nin müşahidə olunan 3/4 güc miqyası nəşr edilmiş BMR məlumat dəstlərinə böyük ot yeyənlərin daxil edilməsinin artefaktıdır, çünki bu heyvanların postabsorbsiyaya çevrilməsi çox uzun müddət tələb edir. qida maddələrinin mayalanması səbəbindən və buna görə də miqyaslı eksponent şişirilir. BMR üçün 'həqiqi' eksponentin Rubner tərəfindən təklif olunan 2/3 gücə yaxın olan 0,686 olduğunu bildirirlər. FMR üçün Nagy (səh. 1621) məməlilərin, quşların və sürünənlərin 229 növündə <0,6 ilə >0,9 arasında dəyişən eksponentlərin miqyasını bildirir. Çəkisi 7 q-dan 500 kq-a qədər olan məməlilər üçün MMR üçün miqyaslı eksponentin 0,872 olduğu müəyyən edilmişdir ki, bu da bu heyvanların əzələ sistemindəki mitoxondrial həcmin miqyası ilə eynidir (Weibel və Hoppeler, səh. 1635). Bütün bu şərtləri nəzərə alaraq, eksperimental məlumatlar tərəfindən dəstəklənən və ya ən azı təkzib edilməyən maddələr mübadiləsi sürəti üçün sadə universal miqyas qanununu tapmaq mümkündürmü?

Bütün bunlarda nəzərə almalıyıq ki, müşahidə olunan ümumi maddələr mübadiləsi sürəti hüceyrə fəaliyyətindən tutmuş dayaq-hərəkət fəaliyyətinə, qan dövranından həzm, tənəffüs və ya çoxalmaya qədər bütün orqanizmin çoxsaylı funksiyalarının əks olunmasıdır. Buna görə də biz bu cilddə maddələr mübadiləsindən kənara çıxan bir sıra töhfələri daxil etdik ki, görkəmli müqayisəli bioloqların gördüyü kimi miqyaslaşdırma ilə bağlı cari problemlərə daha geniş baxış vermək üçün onların qısa rezyumeləri “Inside JEB”də əhatə olunub. Bütün bu funksiyalar yaxşı inteqrasiya olunmuş sistemdə baş verir, burada bəzi funksiyalar paralel, digərləri isə ardıcıl olaraq işləyir. Belə bir sistem sadə və ilk prinsiplərə endirilə bilərmi? Yoxsa mürəkkəblik nəzəriyyəsi mürəkkəb sistemi sadələşdirə bilərmi? Bu suallar daha çox düşünmək üçün qida təmin edir ki, ümid edirik ki, burada toplanmış sənədlər dəsti onlara kömək edəcəkdir.


&ldquo Ölçü Məsələləri haqqında 2 fikir &rdquo

Maraqlı! Ancaq Tusko fil üçün çox kədərlidir. Nə faciəli hekayədir.

JBS Haldane-nin bu mövzu haqqında dediklərini çox bəyənirəm:
“Fərqli heyvanlar arasındakı ən bariz fərqlər ölçü fərqləridir, lakin nədənsə zooloqlar onlara çox az diqqət yetirmişlər. Məndən əvvəl çıxan böyük zoologiya dərsliyində qartalın sərçədən və ya begemotun dovşandan böyük olduğuna dair heç bir əlamət tapmadım, baxmayaraq ki, siçan və balina haqqında bəzi incikliklər var. Ancaq yenə də göstərmək asandır ki, dovşan begemot qədər, balina isə siyənək balığı qədər kiçik ola bilməz. Hər bir heyvan növü üçün ən əlverişli ölçü var və ölçüdə böyük dəyişiklik istər-istəməz forma dəyişikliyi ilə müşayiət olunur.”


Müzakirə

Genom montajı

Dörd xromosom irqinin genomları viatika Burada topladığımız növlər qrupu 2,94-3,27 Gb montaj ölçüləri ilə indiyə qədər yığılmış üçüncü ən böyük həşərat genomlarıdır, ən böyüyü isə iki çəyirtkə çəyirtkəsidir. L. migratoriaSchistocerca gregaria müvafiq olaraq 6,5 və 8,6 Gb montaj ölçüləri ilə [55, 56]. Biz inanırıq ki, k-mer analizinə əsaslanan genom ölçüsü təxminləri bu çəyirtkələrin genom ölçüsünü genom yığım ölçülərindən daha yaxşı əks etdirir, çünki çox təkrarlanan ardıcıllıqlar (məsələn, sentromerlər, telomerlər, satDNA-lar, cinsi xromosomların rekombinasiya olunmayan hissəsi) çox güman ki, proses zamanı çökür. montaj prosesi [66, 67, 78, 79]. Bununla belə, iki fərqli k-mer yanaşması xromosom irqləri (Supernova tərəfindən 3,30-3,82 Gb və findGSE tərəfindən 5,42-6,32 Gb) arasında tamamilə fərqli qiymətləndirmələr verdi, bunun səbəbləri hələ də bəlli deyil. Birləşdirilmiş genomların kontig ölçüsündə (contig N50 29,11-35,69 kb) böyük fərqlər viatika növlər qrupu, L. migratoria (contig N50 10.78 kb) [55] və S. Qreqariya (contig N50 12.03 kb) [56] yəqin ki, DNT kitabxanasının hazırlanması və ardıcıllıq üsullarının fərqinə görədir. The L. migratoria genom Illumina qısa oxunuşlarına (2 × 45-150 bp qoşalaşmış son) çoxlu əlavə ölçülü kitabxanalara (yəni, 170 ilə 800 bp arasında dəyişən dörd cütləşdirilmiş kitabxana və 2 ilə 40 kb arasında dəyişən beş cüt-cüt kitabxana) əsaslanır. ) biz əlaqəli oxunuşlardan istifadə edərkən (uzun giriş DNT molekullarından ştrix kod məlumatı ilə 150 ​​bp cütləşdirilmiş Illumina qısa oxuyur) və S. Qreqariya montaj qoşalaşmış son və mate-cüt Illumina qısa oxuyur və PacBio uzun oxuyur. İskele N50 (158 kb). S. Qreqariya genom montajı (8,6 Gb) N50 (326 kb) skafolddan kiçikdir. L. migratoria və P24X0 yarışında əldə etdiyimiz iskele N50 (317 kb). Bundan əlavə, S. Qreqariya genom birləşməsindən daha da parçalanmışdır L. migratoria BUSCO ballarının göstərdiyi kimi (bax [56]), bu belə böyük çəyirtkə genomlarının yığılmasının hətta yuxarıdakı texnologiyaların birləşməsindən istifadə etməklə çətin olduğunu göstərir. Baxmayaraq ki, daha kiçik genom yığıncaqları vitika növlər qrupuna nisbətən daha bitişik idi L. migratoria, onlarda hələ də itkin və parçalanmış genlər var idi. Bunun səbəbi 1) çox sayda təkrarlanan kodlaşdırılmayan DNT-lərin olması, 2) intron nəhəngliyi, 3) montaj prosesi zamanı səhvlər, 4) əsl itkin genlər, 5) hər hansı əhəmiyyətli uyğunluğu müəyyən etməkdə uğursuzluq və/və ya 6) uğursuzluq ola bilər. parçalanmış BUSCO uyğunluğu kimi tanınan hətta qismən gen modelini istehsal etmək üçün gen proqnozlaşdırma addımında [65]. Bunların arasında intron nəhəngliyi və təkrarlanan elementlərin montajın parçalanmasının əsas səbəbi ola biləcəyindən şübhələnirik, çünki çəyirtkələrdə intronların, genlərarası bölgələrin və təkrarlanan elementlərin uzunluğu çəyirtkələrin uzunluğundan xeyli böyükdür. D. melanoqaster [55, 56], məsələn.

TE dinamikası və genomun təkamülü

Genom məclisinin təxminən 66-72%-ni təşkil edir viatika növ qrupu TE-lərə uyğundur. Bunlar, genom birləşmələri üçün bildirilən 60-62%-dən daha böyükdür L. migratoria [55] və S. Qreqariya [56] müvafiq olaraq, çox güman ki, istifadə etdiyimiz TE-lərə şərh vermək üçün metodoloji yanaşmaların birləşməsi sayəsində. Eumastacoidea və Acridoidea arasında dərin fərq nəzərə alınmaqla (

197 milyon il əvvəl [38]) olan iki Ortopteran superfamili vitika növlər qrupuna və çəyirtkə çəyirtkələrinə aid olduqlarından, bu tapıntılar çəyirtkələrdə iri repetitorların geniş yayıldığını göstərir. The S. Qreqariya genom məclisində 18.815 şərhli gen var və L. migratoria genom birləşməsinin genom yığım ölçüləri 1,6 Gb (TE məzmunu 40% [80]) olan iki kriket növündə yaxınlarda bildirilənlərlə oxşar sayda annotasiya edilmiş genlərə (17,307) malikdir və bu, bu ortopteranlarda qismən və ya tam genom təkrarlanması hadisələrinin olmadığını göstərir. nəsillər. Bundan əlavə, bu cür geniş miqyaslı genom təkrarlanması hadisələri üçün heç bir dəlil yox idi viatika növlər qrupu, çünki BUSCO genlərinin yalnız 3-5%-i təkrarlanırdı. Buna görə də, bu çəyirtkələrdəki böyük genom ölçüləri, çox güman ki, Həyat Ağacı boyunca genom ölçüsünün təkamülü ilə əlaqəli olan TE-nin genişlənməsi ilə əlaqədardır [2, 81]. Həqiqətən də, biz genom yığıncağı başına TE qruplarının yüzlərlə Mb (314 ilə 464 Mb arasında) həcmində bu yaxınlarda kütləvi gücləndirmə tapdıq ki, bu da bir çox digər həşəratların təxmin edilən genom ölçüsündən əhəmiyyətli dərəcədə böyükdür [54, 81].Son gücləndirmə əsasən səkkiz TE super ailəsində (DNT/DNT, DNT/P, DNT/Sola, DNT/hAT, DNT/TcMar, Helitron, LINE/L2, LTR/LTR, LTR/Gypsy və SINE/tRNA) baş verib. LTR/Gypsy və DNT/TcMar üçün variasiya, TE super ailələrinin son gücləndirilməsinin xromosom irqlərinin genomlarında TE mənzərəsini geniş şəkildə formalaşdırdığını göstərir.. Beləliklə, biz təklif edirik ki, TE-lərin kütləvi yayılması və yavaş silinmə sürəti digər böyük eukaryotik genomlar üçün təklif edildiyi kimi çəyirtkələrdə genomik nəhəngliyə kömək edə bilər [81]. Bununla əlaqədar olaraq qeyd etmək lazımdır ki, TE-lərin son zamanlarda kütləvi yayılması ilə bağlı qiymətləndirməmiz (hər bir montaj üçün 314-464 Mb) ehtimal ki, az qiymətləndirilmişdir, çünki aşağı divergensiyalı TE-lər ümumiyyətlə genom birləşmələrində az təmsil olunur [66, 67].

Bu yaxınlarda aktiv TE-lər cinsiyyət vəzilərində icazəli şəkildə transkripsiya edilir

Biz təhlilimizi son TE-lərdən yaranan transkriptlərlə məhdudlaşdırdıq (yəni, K2P < 5%), çünki bunlar transkripsiya və transpozisiya fəaliyyətinin müvafiq mənbəyi ola bilər. Nəticələrimiz göstərdi ki, bütün beş əsas TE qrupundan (LINE/SINE/DNT/Helitron/LTR) son vaxtlar aktiv TE super ailələri transkripsiya edilib və bu, transkripsiya edilmiş TE-lərin ən azı bəzilərinin (retro)transpozisiya qabiliyyətinə malik olduğunu göstərir. Son TE ifadəsi, məməlilərin nəsillərində bildirilənə bənzər, somatik toxumalarla müqayisədə cinsi vəzilərdə diferensial şəkildə ifadə olunmağa meyllidir [82]. Bu, TE-lərin çox güman ki, transkripsiya edildiyini və yeni TE əlavələrini növbəti nəslə ötürərək cinsi vəzilərdə daha tez-tez yerləşə biləcəyini göstərir. Çəyirtkə yumurtalıqları və testisləri son TE-lərin qeyri-bərabər ifadəsini göstərdi ki, bu da cinslər arasında əhəmiyyətli TE transkripsiya variasiyasının mövcud olduğunu göstərir. Reproduktiv və somatik toxumalar arasında son TE-lərin ifadə dəyişikliyi xüsusilə təəccüblüdür, çünki biz bir neçə növ somatik toxuma ehtiva edən somatik bədən hissələrini istifadə etdik və onurğalılar üzərində aparılan tədqiqatlar somatik toxumalarda TE ifadə səviyyələrində böyük dəyişkənliyin olduğunu göstərdi [83]. TE transkripsiyası da heyvanlarda bütövlükdə cinsi vəzilərin transkriptom mürəkkəbliyini izah edən gonad inkişafı ilə müvəqqəti olaraq dəyişir [82, 84]. Biz təxmin edirik ki, ifadə dəyişikliyi ya gametogenez zamanı qlobal epigenetik yenidən proqramlaşdırma, ya da bu çəyirtkələrin fərdi somatik toxumalarına nisbətən cinsiyyət vəzilərində mövcud olan daha çox hüceyrə tipləri/mərhələləri ilə nəticələnə bilər. Alternativ olaraq, TE nəzarəti somatik toxumalarda daha sərt ola bilər, belə ki, TE-lərin sıx repressiyası ev sahibi üçün vacibdir və somatik toxumalarda daha məqsədəuyğundur (qlobal epigenetik yenidən proqramlaşdırma yoxdur). Bütün beş əsas TE qrupunun, xüsusən də reproduktiv toxumalarda daha yüksək transkripsiya fəaliyyətinin TE-nin potensial zərərli təsirlərinin qarşısını almaq üçün daha yüksək TE repressiv mexanizmin aktivləşdirilməsi (piwi/piRNA yolu [85,86,87]) ilə əlaqəli olub olmadığı araşdırılmalıdır. Qlobal epigenetik yenidən proqramlaşdırma zamanı hostda (retro) transpozisiya [85,86,87,88]. Bunu daha da həll etmək üçün kiçik RNT ardıcıllığı məlumatları ilə birlikdə piwi/piRNA yolunda iştirak edən genlərin ifadə analizlərinə ehtiyac olacaq.

Xromosom irqləri V. viatica növlər qrupu təkamül zamanı əsasən kəmiyyət dəyişiklikləri yaşayan ümumi satDNA kolleksiyasını paylaşır

Təkrarların yüksək keyfiyyətli annotasiyasını yerinə yetirməklə biz çəyirtkə genomları üçün indiyədək bildirilmiş ən böyük satDNT ailələrinin kolleksiyasını (129) aşkar etdik. Biz təklif edirik ki, bütün dörd xromosom irqi arasında paylaşılan 102 satDNT ailəsi (Əlavə fayl 1: Cədvəl S6 və S8) mövcud "kitabxananı" təmsil edir. viatika əcdad. Dörd irq arasında bölüşdürülməyən 27 satDNT ailəsi də irqlərin ayrılmasından sonra ortaya çıxdı. viatika əcdadı və ya bir və ya bir neçə yarışda itirildi. Bu o deməkdir ki, satDNT ailəsinin təkamülündə əsas addım ya bioloji funksiyaların əldə edilməsi, ya da uzun təkamül dövrləri ərzində “kitabxanada” saxlanılacaq kifayət qədər çoxlu nüsxələrin toplanması ola bilər. Roman satDNA ailələrinin necə ortaya çıxdığı hələ də aydın deyil viatika növlər qrupu, qeyri-bərabər keçid olsa da, zəncirdaxili homoloji rekombinasiya, gen çevrilməsi, yuvarlanan dairəvi replikasiya və transpozisiya mümkün mexanizmlərdir [11, 14,15,16, 18, 20, 22]. SatDNA meydana çıxdıqdan sonra satDNA ailələrinin stoxastik olaraq genişləndiyini və ya yox olduğunu və yalnız sentromerlərdə və ya heterokromatin əmələ gəlməsi kimi bir funksiya əldə etdikdə uzun müddətdə saxlanılacağını güman etmək məntiqlidir. SatDNA funksionallığını yoxlamaq və satDNA-ların müstəqil şəkildə əldə edilib-edilmədiyini müəyyən etmək üçün digər morabin çəyirtkələrinin irqləri/növləri və möhkəm filogenetik fərziyyələr də daxil olmaqla əlavə məlumat (məsələn, xromosom in situ hibridləşməsi və ChIP-seq) lazımdır.

SatDNA kitabxanası fərziyyəsinə uyğun olaraq [28, 29], dörd xromosom irqi arasında paylaşılan 102 satDNA ailəsindən 50-də nüsxə sayında kəmiyyət dəyişiklikləri yaşandı və bunlar müxtəlif K2P divergensiya qutularında baş verdi (bax. Şəkil 6b-d), bəzi irqlərdə satDNA-ların paralel gücləndirilməsini və ya digərlərində daralma / pisləşməni təklif edir. Nüsxə sayındakı dəyişikliklər, ehtimal ki, qeyri-bərabər keçid nəticəsində baş vermişdir ki, bu mexanizm TR bolluğunda ya qazanc (gücləndirmə) və ya itki (daralma) kimi dəyişikliklərə səbəb ola bilər [89]. Bu xromosom irqlərində çoxlu sayda satDNT ailəsi çaşdırıcıdır. Kodlaşdırılmayan satDNA-lar ənənəvi olaraq əsasən heterokromatində [11,12,13, 32, 34] toplanmağa qadir olan, əsasən yararsız material kimi baxılır, onlar ev sahibi genomu üçün çox ağır yükə çevrilir ([50]-də nəzərdən keçirilir). SatDNA-ların diferensial gücləndirilməsinin heteroxromatinin miqdarı ilə əlaqələndirilib və ya euxromatik xromosomun heteroxromatik birinə çevrilməsində iştirak edib-etmədiyini yoxlamaq maraqlı olacaq, xüsusən də satDNA-lar üçün tələ olduğu nümayiş etdirilən neo-Y xromosomlarında. çəyirtkə və kriketlər (bax [33, 34, 90]). Digər tərəfdən, satRNA-ların satRNA kimi diferensial ifadəsinin hibridlərdə genomik uyğunsuzluqlara səbəb ola biləcəyi təklif edilmişdir, çünki satRNA-lar kinetokor birləşməsində kritik rol oynayır (yəni, CENP-A və CENP-C kimi spesifik sentromerik zülallara bağlanaraq) [30] , 31, 50, 51], heterokromatin əmələ gəlməsi [49, 52, 53] və siRNA-lar və piRNA yolları vasitəsilə hüceyrə bölünməsi zamanı fəaliyyət göstərir. Schizosaccharomyces pombe, Drosophila, nematodlar, insanlar [49,50,51,52,53, 91]. Beləliklə, burada müəyyən edilmiş satDNA ailələri satDNA-ların sentromerlərdə yerləşdiyi və çəyirtkələrin heterokromatin formalaşmasında iştirak edən gələcək tədqiqatlar üçün bir sıra namizədlərdir.


Materiallar və metodlar

Bu məqalənin dərc olunmaq üçün təqdim edildiyi vaxt 127 tam ardıcıllaşdırılmış eubakterial genomun zülal ardıcıllığı Milli Biotexnologiya Məlumat Mərkəzinin (NCBI [39]) Genom bölməsindən, Entrez axtarış sistemindən götürülüb. Cədvəl 1 istifadə edilən bütün genomların siyahısını, onların genom ölçüsü və qoşulma nömrələrini göstərir. Potensial homoloji genləri aşkar etmək üçün biz bütün digər genomlardakı hər zülal ardıcıllığına qarşı bir genomdakı hər bir zülal ardıcıllığının tamamilə əleyhinə olan BLASTP [40] axtarışını həyata keçirərək başladıq. Daha sonra E-dəyəri 10-5-dən aşağı olan və uzunluğun 60%-dən çoxunda 50%-dən yüksək ardıcıllıqla eyniliyi olan hər bir protein ardıcıllığı üçün ən yaxşı qarşılıqlı vuruşu qeyd etdik. Nəticələri təsdiqləmək üçün bit hesabının maksimal bit xalına nisbətinin paylanmasını öyrənməklə bəzi təmsilçi müqayisələr apardıq [41]. Bu üsul ehtimal olunan homologiyanı təsadüfi oxşarlıqdan ayıracaq. Demək olar ki, eyni nəticələr əldə etdik, yalnız iki siyahıda müvafiq homoloji genlərin azaldılmış dəsti fərqlidir. Məsələn, 3026 homolog cütündən E. coli K12 və S. typhimurium Qarşılıqlı vuruş üsulu ilə aşkar edilən yalnız bir cütün bit hesab üsulu ilə fərqləndiyi aşkar edilmişdir. Bundan əlavə, bit hesab metodundan istifadə edərək homolog kimi seçilməyən (0,4 kəsmə dəyərindən istifadə etməklə) qarşılıqlı ən yaxşı vuruş metodu ilə yalnız üç gen aşkar edilmişdir. Nəhayət, bit-xal nisbəti metodu uzunluq və/yaxud ardıcıllıq identifikasiyası tələblərinə cavab vermədiyi üçün qarşılıqlı ən yaxşı hitlərdən istifadə edilməklə seçilməyən 165 əlavə homolog müəyyən etdi. Buna görə də, bütün analizlər üçün qarşılıqlı ən yaxşı hitlərlə əldə edilən homoloji genlərin siyahısı istifadə edilmişdir.

Potensial paraloq genləri aşkar etmək üçün biz genomdakı hər zülal ardıcıllığının eyni genomdakı hər zülal ardıcıllığına qarşı tamamilə BLASTP [40] axtarışını həyata keçirdik. Biz paraloqları BLASTP [40] axtarışında 10 -5 E-dəyər həddinə cavab verən və uzunluqlarının 60%-dən çoxunda ən azı 30% ardıcıllıq eyniliyinə malik olan zülal ardıcıllıqları kimi müəyyən edirik [3].

İki növ arasında paraloqları müqayisə edərkən, hər iki genomda aşkar edilən hər bir homoloji gen üçün bir gen ailəsi yaradılmışdır. Bu, bəzi lazımsız ailələrə səbəb oldu, lakin növlər arasında müqayisənin ekvivalent gen ailələri arasında aparılmasını təmin etdi. Paraloq genlərin funksional təyinatını təsvir etmək üçün geniş gen ailələri yaradıldı [3] ki, onların üzvlərindən hər hansı biri arasında hitlərlə əlaqəli olan bütün genləri ehtiva edir. Bu, ardıcıllıq homologiyasının keçid xarakterinə əsaslanır [34] və nisbətən yaxşı öyrənilmiş metabolizmə malik növlərin yaxşı öyrənilmiş genomlarına dair tapıntılar tərəfindən dəstəklənir. Bu hallarda, geniş gen ailələrinin oxşar funksiyalarda iştirak edən genlər tərəfindən formalaşdığı görünür [4]. Çoxdomenli zülalların əlaqəli olmayan üzvlərlə birlikdə ailəyə daxil olmasını minimuma endirmək üçün [2] uzunluq kəsimləri 60% səviyyəsində saxlanıldı. Bir genə funksiyanın təyin edilməsi Orthologous Groups Clusters (COGs) təsnifatına əsaslanırdı [42].


Məlumatın mövcudluğu

Bu tədqiqatda istifadə edilən xam ardıcıllıq məlumatları NCBI verilənlər bazasında aşağıdakı Bioproject qoşulma nömrələri altında tapıla bilər: PRJNA603155 (Harukei-3 qovununun genom ardıcıllığı verilənlər toplusu), PRJNA624817 (yeddi qovun birləşməsinin genom ardıcıllığı verilənlər toplusu), PRJNAONT cna6 seq), PRJNA603129 (ONT birbaşa RNT-seq), PRJNA603204 (Harukei-3 qovun toxuma geniş RNT-seq) və ya PRJNA603202 (istixanada yarpaq RNT-seq). Harukei-3 qovununun genom yığılması və annotasiyası (ver. 1.41 genom arayışı) Melonet-DB-də (https://melonet-db.dna.affrc.go.jp/ap/dnl) mövcuddur.


Müəllimlər istənilən kontekstdə bu dərsdən istifadə edə bilər. Bu, homoloji strukturların araşdırılması üçün nəzərdə tutulub. Dərs orta məktəbə qədər orta məktəb üçün nəzərdə tutulub, lakin daha kiçik yaş səviyyələri üçün də asanlıqla uyğunlaşdırıla bilər. Bu dərs istənilən sinif ölçüsü üçün işləyə bilər. Bir sinifdə (50 dəqiqə) tamamlanması nəzərdə tutulur. Lazım olan yeganə materiallar rəngli karandaşlar/markerlər/yaxud karandaşlar və quşun və insanın sümük quruluşunun surətləri ola bilər. Bu fəaliyyət çox müxtəlif parametrlərə və çətinlik səviyyələrinə asanlıqla uyğunlaşdırıla bilər.

Bu dərs təkamül və/yaxud uyğunlaşma üzrə dərslərdən əvvəl, dərs zamanı və ya sonra təqdim edilə bilər. Materiallar sadədir - quşun və insanın etiketli sümük quruluşunun surətləri və rəngləmə materialları. Nümunələr üçün məktəbinizin anatomiya müəllimi və ya internet və ya hətta öz dərsliyinizlə məsləhətləşin. Şagirdlərə etiketli sümük strukturlarının nüsxələri veriləcək və hər bir oxşar sümük növünü eyni rəngə (məsələn, hər iki orqanizmin bud sümüyü narıncı) rəngləndirmələri xahiş olunacaq. Hər bir orqanizmdəki strukturlar eyni rəngdə olduğu müddətcə rəngin əhəmiyyəti yoxdur. İstənilən müxtəlif strukturlar boş qala bilər (məsələn, pəncələr). Bu, sonradan fərqləri qeyd etməyə kömək edəcək. Rəngləndikdən sonra şagirdlər hər bir orqanizmin sümük strukturlarında oxşarlıq və fərqlərin siyahısını tərtib edə bilərlər. Venn diaqramı müqayisə üçün yaxşı bələdçi olardı. Onları, xüsusən də "ayağa qalxan" quşun ayaq və ayaq biləyi nahiyəsinə istiqamətləndirin. Tələbələrə ayaq sümüklərini hiss etmələri üçün ayaqqabılarını çıxarmağa və bu yerləşdirmənin quşun "təkinə" və ya dayanmasına necə bənzədiyini müşahidə etmək üçün kresloda oturarkən ayaq biləklərini yerdən qaldırmalarını təmin edin. Şagirdlər oxşarlıqları və fərqləri qeyd etdikdən sonra onları hər birinin "kalçası" "diz,""ankle,""ayaq" və "toes" kimi hər birinin üzərindəki "ümumi" hissəsini dairə edib etiketləməyə istiqamətləndirin. Onlar hər birinin uzunluğundakı fərqləri qeyd etməlidirlər, lakin onların necə əyildiklərinin oxşarlıqlarını qeyd etməlidirlər (quşlar "dizlər" arxaya əyilmirlər - çox vaxt onların "ankle" insanlardır. düşün dizdir). Şagirdlərə öz patellalarını hiss etmələrini və onları quşun patellasına yönəltmələrini təmin edin. Bağlanmaq üçün tələbələrə quş kimi "walk" çağırmaq olar. Bunun üçün onlar ayaq biləyini yerdən qaldırıb, ayaq topları və əyilmiş barmaqları üzərində yeriyə bilərlər. Müəllim quşun ayaq barmaqlarının insanlardan necə fərqləndiyini soruşa bilər (daha uzun) və bunun nə üçün ola biləcəyini soruşa bilər (məsələn, ağac budağı və ya yeməyi tutmaq üçün). Bu fəaliyyət asanlıqla anatomiya və fiziologiya (forma və funksiya), dinozavrlar kimi tarixdən əvvəlki heyvanların təkamül izləri və hətta sadəcə quşların identifikasiyası ilə bağlı müzakirələrə qədər genişləndirilə bilər. Dinozavrlarla müqayisə və təzad qoyulması zamanı onların sümük quruluşlarının təsvirləri də olmalıdır. Bu, digər heyvanlara da şamil edilə bilər.


Nəticələr

Performans ölçüləri

Təsvir edilən bütün alətlər onların yığılma vaxtı, yaddaş və CPU istifadəsi ilə bağlı sınaqdan keçirilmişdir.

Zaman tələbləri

Montaj üçün işləmə müddəti baxımından müxtəlif alətlər arasında böyük fərqlər müşahidə edildi. Alətə xas fərqlərdən başqa, giriş məlumatları və istifadə olunan iplərin sayı vaxt tələbinə böyük təsir göstərmişdir. Müşahidə olunan iş vaxtları bir neçə dəqiqədən bir neçə saata qədər dəyişirdi (şək. 1).

Mövzuların sayından və daxil edilən məlumatların ölçüsündən asılı olaraq hesablama vaxtı. Qutular yeddi fərqli montajçı üçün müxtəlif sayda ipliklər və giriş məlumatlarının ölçüsü üçün CPU vaxtına tələbat fərqlərini göstərir.

Bəzi məclislər 48 saat limitimizdə bitə bilmədi. Orta hesabla, montaj yaratmaq üçün ən uzun müddət IOGA və Fast-Plast tərəfindən, ardınca ORG.Asm və GetOrganelle tərəfindən alındı. Ən çox vaxt sərf edən vasitə NOVOPlasty və Chloroplast montaj protokolundan bir qədər sürətli olan chloroExtractor idi.

Bütün sınaqdan keçirilmiş alətlər birdən çox mövzuya giriş əldə etməkdən faydalana bilmədi. Həm NOVOPlasty, həm də ORG.Asm 1, 2, 4 və ya 8 ipdən istifadə etməyə icazə verilməsindən asılı olmayaraq demək olar ki, eyni vaxt tələb edirdi. Bunun əksinə olaraq, Chloroplast montaj protokolu , chloroExtractor , GetOrganelle və Fast-Plast hamısı çox yivli parametrlərdən qazanc əldə etdi (Şəkil 1 və 2 və Əlavə fayl 1: Cədvəllər S4 - S6).

Performans göstəriciləri. Assemblerdən, giriş məlumatının ölçüsündən və iplərin sayından asılı olaraq CPU və RAM tələbatını və lazım olan disk sahəsini təsvir edən qutular

Yaddaş və CPU istifadəsi

Ən yüksək və orta CPU istifadəsi, eləcə də pik yaddaş və disk istifadəsi eyni giriş məlumat dəstinə və iplərin sayına əsaslanaraq bütün montajçılar üçün qeydə alınıb (Şəkil 2 və Əlavə fayl 1: Cədvəllər S4 - S6). Ümumiyyətlə, chloroExtractor və IOGA istisna olmaqla, giriş məlumatlarının ölçüsü yaddaşın maksimum istifadəsinə təsir etdi. Bu iki montajçı məlumatların ölçüsündən daha az təsirlənən yaddaşdan istifadə nümunəsi göstərdi. İcazə verilən mövzuların sayı pik yaddaş istifadəsinə yalnız məhdud təsir göstərmişdir. Bütün proqramlar, giriş məlumatlarının ölçüsü onların yaddaşı və CPU istifadə izi ilə bağlı artırılsa, daha çox mövzudan qazanc əldə edirdi. Bunun əksinə olaraq, diskdən istifadə giriş məlumatlarının ölçüsündən və bütün montajçılar üçün iplərin sayından asılı deyildi.

Keyfiyyətli

Orta hesabla, quraşdırma və təhlillərin aparılması baxımından istifadəçi təcrübəsi bütün alətlər üçün YAXŞI kimi qiymətləndirilib (Cədvəl 1).

Bununla belə, biz aşağıdakı kiçik problemləri aşkar etdik:

GetOrganelle quraşdırma təlimatlarında iki kiçik asılılıq yox idi və sınaq məlumatları mövcud deyildi [36]. Əlavə olaraq, onu konkret birində işlədərkən problem yarandı A. thaliana məlumat dəsti. Bu, GitHub [37] vasitəsilə müəlliflərlə əlaqə saxladıqdan sonra həll edildi.

Fast-Plast quraşdırma təlimatlarında bəzi asılılıqlar yox idi [38]. GetOrganelle kimi, Fast-Plast da bəzi nümunə əmrləri istisna olmaqla, test məlumat dəsti və ya təlimat təklif etmir [36].

ORG.Asm quraşdırma təlimatları işləmədi. Biz yəqin ki, Python 3.7 [39] tələbi ilə bağlı bəzi məsələlər tapdıq. Nümunə məlumatları daxil olmaqla bir dərslik mövcud idi, lakin təlimatlara əməl olunmaqla seqmentasiya xətası yarandı (Cədvəl 2). Biz bu səhvin həllini tapdıq və müəlliflərlə əlaqə saxladıq [40].

NOVOPlasty-nin əsas tənqid nöqtəsi test məlumatlarının və təlimatların olmaması idi. Bu, müəlliflərlə əlaqə saxladıqdan sonra düzəldilib [41]. Əlavə olaraq, NOVOPlasty xüsusi lisenziyadan istifadə edir, burada OSI tərəfindən təsdiq edilmiş lisenziyaya üstünlük verilir.

ChloroExtractor test məlumatları və qısa təlimatla birlikdə gəlir. Bununla belə, gözlənilən nəticələr mövcud olmadığından sınaq işinin nəticələrini qiymətləndirmək hazırda mümkün deyil [42].

IOGA quraşdırma təlimatlarında bir çox asılılıqlar yox idi [43]. Həmçinin heç bir test məlumatları və ya dərs vəsaiti mövcud deyildi və ona təyin edilmiş lisenziya da yox idi [44]. Müəlliflərlə əlaqə saxladıqdan sonra AGPL-3.0 lisenziyası [45], həmçinin təsvirdə IOGA-nın artıq saxlanılmadığını izah edən qeyd əlavə edildi.

Xloroplast montaj protokolu üçün quraşdırma təlimatlarında da bəzi asılılıqlar yox idi. Müəlliflərlə əlaqə saxladıqdan sonra siyahı yeniləndi [46]. Bu alət geniş təlimat və test məlumatları ilə gəlir, lakin gözlənilən nəticə təmin edilmir.

Kəmiyyət

Kəmiyyət qiymətləndirməsi üçün biz müxtəlif giriş məlumatlarına əsaslanaraq xloroplastları yığmaq üçün bütün proqramların imkanlarını sınaqdan keçirdik. Daxiletmə məlumatları ya mövcud xloroplast genomlarından yaradılıb, ya da sıralama anbarlarından endirilib.

Simulyasiya edilmiş məlumatlar

Müxtəlif simulyasiya edilmiş məlumatların hamısı əsaslanmışdır A. thaliana xloroplast və əsas genom ardıcıllığı. Bəzi ümumi tendensiyalar müşahidə edilə bilər: 1:10 genomun xloroplast oxunuşlarına nisbəti əksər alətlər üçün (Fast-Plast və GetOrganelle istisna olmaqla) çox az xloroplastik oxu ehtiva edir. Bütün alətlər üçün yaxşı performans 1:100 nisbətində müşahidə edildi. Təmiz xloroplast oxunuşlarından istifadə olunsa belə, nisbətin daha da artırılmasının heç bir əlavə faydası olmadı (Şəkil 3). 150 bp cütləşdirilmiş oxu ilə müqayisədə 250 bp qoşalaşmış oxunuşdan istifadə təkmilləşdirilmiş nəticələr vermədi (Şəkil 3). Fast-Plast vəziyyətində, xloroplast genomunun birdən çox nüsxəsi geri qaytarıldığı üçün daha uzun oxunma uzunluğu ilə performans daha da pis idi.

Simulyasiya edilmiş məlumatlar üzrə yığımların hesabı. Simulyasiya edilmiş məlumat dəstlərindən yığılmaların nəticələri. Plitələrin rəng miqyası hesabı təmsil edir

Ümumilikdə, GetOrganelle və Fast-Plast simulyasiya edilmiş məlumatlarda ən uğurlu alətlər idi, Chloroplast montaj protokolu və IOGA isə 16 müxtəlif məlumat dəstindən heç bir xloroplastı uğurla yığa bilmədi.

Real məlumat dəstləri

Həqiqi məlumatların performansını qiymətləndirmək üçün biz NCBI-nin SRA-dan mövcud istinad xloroplastları ilə ictimaiyyətə açıq olan qısa oxunuş məlumatlarından istifadə etdik. Yaranan düzülmələri istinad xloroplastları ilə müqayisə etsək, sınaqdan keçirilmiş montajçılar üçün əhəmiyyətli fərqlər müşahidə etdik (Şəkil 4). Ən yüksək ballar GetOrganelle tərəfindən 99,8 medianı və nəticə ilə nəticələnən cəmi 360 məclisdən 210 dairəvi montajla əldə edilib (Cədvəl 3). GetOrganelle performansını Fast-Plast, NOVOPlasty, IOGA və ORG.Asm izlədi. Fast-Plast, xal baxımından NOVOPlasty və ORG.Asm-dan iki dəfə çox 113 mükəmməl yığılmış xloroplast genomu istehsal edərək üstələyib (NOVOPlasty 58 və ORG.Asm 46 dairəvi genom istehsal etdi). IOGA və Chloroplast montaj protokolunun hər ikisi dairəvi, tək kontiq genomu birləşdirə bilmədi (Cədvəl 3, Şəkil 5).

Yeddi montajçının hesablanmasının nəticələri. Boxplots və swarplots istifadə etdiyimiz qiymətləndirmə alqoritminin nəticələrini təsvir edir. Müxtəlif montajçılar üçün. Qutu plotlarının bığları 1,5 x kvartil aralığını göstərir

Montajçıların real məlumat dəstlərindəki uğurlarını müqayisə edən pərişan süjet [47]. Süjet uğurun kəsişməsini göstərir (score>99) montajçılar arasında. 69 məlumat dəsti üçün yalnız GetOrganelle tam xloroplast əldə edə bildi. Qırx üçü həm GetOrganelle, həm də Fast-Plast ilə uğur qazandı və s

Ardıcıllıq

Ardıcıllıq real məlumatlardan və iki məclisin müqayisəsindən istifadə edərək montajların təkrar icrası ilə yoxlanılıb (Şəkil 6). chloroExtractor bütün qaçışlarda eyni xalları təkrarlaya bilən yeganə alət idi (Şəkil 6). GetOrganelle , ORG.Asm , Chloroplast montaj protokolu və IOGA bir qaçışda uğursuz olan, lakin digər cəhddə nəticə çıxaran bəzi montajlar yaratdı. Bu montajçılar üçün hər iki qaçış uğurlu olarsa, xallar praktiki olaraq eyni idi (Cədvəl 4). Həm Fast-Plast, həm də NOVOPlasty uğurlu montajlar üçün yalnız kiçik dəyişiklikləri göstərir, bu da ox şəkilli səpələnmə sahələrinə gətirib çıxarır (Şəkil 6). chloroExtractor, iki qaçış arasında heç bir sapma göstərməyən ən güclü montajçı kimi görünür.

Ardıcıllıq testi üçün iki təkrar qaçış arasında xallar. Dağılma planları 1. qaçışların xallarını təsvir edir x-ox 2-nin xallarına qarşı. qaçış y-yenidən qiymətləndirmə üçün seçilmiş məlumat dəstlərinin oxu

Roman

Nəhayət, nəşr edilmiş xloroplastı olmayan növlər üçün xloroplastların yığılması müxtəlif alətlərlə həyata keçirildi (Şəkil 7). Ümumilikdə, CpBase-də istinad ardıcıllığı olmayan 105 xloroplastdan 49-u (46,7%) uğurla yığılmışdır (şək. 8).

Xloroplastların yığılması üçün uğur heç bir taksonomik meyl göstərmir. NCBI taksonomiyasından əldə edilən ağac üzrə real məlumat dəstləri üzərində montajçıların uğuru [51]. Süjet [52] istifadə edərək hazırlanmışdır.

Yeni məlumat dəstlərində montajçıların uğurlarını müqayisə edən pərişan süjet [47]. Süjet uğurun kəsişməsini göstərir (tək kontig, length≥130kbsəh,ir≥17kbsəh) montajçılar arasında. 15 məlumat dəsti üçün yalnız GetOrganelle tam xloroplast əldə edə bildi. On nəfər GetOrganelle , Fast-Plast , NOVOPlasty , ORG.Asm və s. ilə uğur qazandı

Uğurlu yığılmış xloroplastların demək olar ki, yarısı (44,9%) üç və ya daha çox müxtəlif alətlə yığılıb, qalanları isə yalnız bir və ya iki müxtəlif montajçı tərəfindən uğurla yaradılıb. Burada GetOrganelle ən yaxşı performans göstərdi və 15 fərqli xloroplast genomu istehsal etdi. Çoxlu montajçılardan əldə edilən montajlar üçün AliTV [48] istifadə edərək bütün montajları vizual olaraq yoxladıqdan sonra GetOrganelle birləşmələrini saxladıq.

GetOrganelle tərəfindən deyil, müxtəlif montajçılar tərəfindən əldə edilən üç montaj üçün biz NOVOPlasty tərəfindən əldə edilmiş bir montajı və Fast-Plast-dan ikisini saxladıq. Bütün əldə edilən 49 ardıcıllıq GeSeq [49] ilə şərh edilmişdir. Şərh edilmiş fərqli genlərin orta sayı kodlaşdırma ardıcıllığı üçün 80, rRNT üçün 4 və tRNT üçün 27 idi (Cədvəl 5, Şəkil 10). Bütün ardıcıllıqlar anbarımızda saxlanılırdı [50]. Genbank-a eyni ardıcıllığın çoxsaylı təqdimatlarının qarşısını almaq üçün bütün 49 ardıcıllıq BLAST vasitəsilə Genbank verilənlər bazasına qarşı yoxlanılıb. Nəhayət, 20 ardıcıllıq yeni xloroplast genomları kimi NCBI TPA:inferential (Əlavə fayl 1: Cədvəl S1)-ə yükləndi. Üstəlik, növ adının axtarışı 20 ardıcıllığın 7-nin bəzək bitkisi, xalq təbabətində və ya əkin bitkisi kimi istifadə edildiyini ortaya qoydu.


Biologiya (BIOL)

Bu, 2021-2022 VCU Bülleteninin ilkin (və ya buraxılış) versiyasıdır. Bu nəşrə nəşrin son tarixi ilə təsdiq edilmiş bütün proqramlar və kurslar daxildir, lakin biz işə salındıqdan sonra əlavə proqram təsdiqləri haqqında bildiriş ala bilərik. Yekun nəşr və tam PDF versiyası bu yeniləmələri əhatə edəcək və payız semestrinin başlamazdan əvvəl avqust ayında əlçatan olacaq.

BIOL 101. Bioloji anlayışlar. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Əsas bioloji prinsiplərə aktual yanaşma. Mövzulara hüceyrələrin molekulyar aspektləri, bioenergetika, fotosintez, hüceyrə tənəffüsü, hüceyrə və orqanizmlərin çoxalması, genetika və təkamül və ekologiya daxildir. Biologiya ixtisası üzrə kredit üçün tətbiq edilmir.

BIOL 103. Qlobal Ətraf Biologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 2 laboratoriya saatı (əsasən onlayn şəkildə verilir). 4 kredit. Onlayn təqdimatlar, tapşırıqlar, debatlar və imtahanlar tələbələrdən Yer kürəsinin ətraf mühiti ilə əlaqəli elmi, sosial və iqtisadi anlayışları əhatə edən vəziyyətləri və fikirləri başa düşməyi tələb edir. Laboratoriya məşqləri əsas kurs anlayışlarını möhkəmləndirir. Biologiya, kimya, geologiya, fizika və sosiologiyanın aspektlərini birləşdirir. Mövzulara ekologiya, təkamül, təbii ehtiyatlar, hava və su ehtiyatları, enerji və təkrar emal, əhali biologiyası və davamlı qlobal cəmiyyətlər daxildir. 200 və ya yuxarı səviyyədə hər hansı biologiya kursu üçün ilkin şərt kimi, nə də B.S. Biologiya üzrə.

BIOL 151. Biologiya elmlərinə giriş I. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: MATH 141, MATH 151, MATH 200, MATH 201 və ya riyaziyyatdan yerləşdirmə imtahanında qənaətbəxş bal və minimum B qiyməti ilə CHEM 100, minimum C qiyməti ilə CHEM 101 və ya kimya fənni üzrə yerləşdirmə imtahanında qənaətbəxş bal. Hüceyrə quruluşu, hüceyrə mübadiləsi, hüceyrə bölünməsi, DNT replikasiyası, gen ifadəsi və genetika daxil olmaqla əsas bioloji anlayışlara giriş. Biologiya ixtisasları üçün nəzərdə tutulmuşdur.

BIOL 152. Biologiya elmlərinə giriş II. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və CHEM 101, hər ikisi minimum C qiymətinə malikdir. Əsas diqqət təkamül prinsiplərinə, həyat formalarının təkamülündə təbii seçmənin roluna, taksonomiya və filogeniyalara, orqanizmlərin forma və funksiyası kontekstində bioloji müxtəlifliyə və və ekologiyanın əsas prinsipləri. Biologiya ixtisasları üçün nəzərdə tutulmuşdur.

BIOL 200. Kəmiyyət biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı (onlayn və ya hibrid təqdim olunur). 3 kredit. Tələblər: Minimum C qiymətləri və MATH 151, MATH 200, MATH 201, STAT 210 və ya kursun başlanmasından dərhal əvvəl bir illik müddət ərzində VCU Riyaziyyat üzrə Yerləşdirmə Testində qənaətbəxş balı olan BIOL 151 və BIOZ 151. Qeydiyyat yalnız biologiya ixtisasları və biologiya üzrə kiçiklər üçün nəzərdə tutulub. Elmi metodun tətbiqi, eksperimental dizayn və biologiyanın kəmiyyət aspektlərinə giriş.

BIOL 201. İnsan Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: BIOL 101, 151 və ya 152 və ya BIOL/ENVS 103. İnsan orqanizmi sistemlərinin quruluşu, funksiyası və pozğunluqları, insan genetikası və irsiyyət prinsipləri, insanın təkamülü və insanların insan orqanizmi ilə qarşılıqlı əlaqəsi daxil olmaqla, insan biologiyasının əsasları. mühit. B.S.-yə verilən kredit üçün tətbiq edilmir. Biologiya üzrə.

BIOL 205. Əsas İnsan Anatomiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı (plus onlayn komponent). 4 kredit. Tələblər: BIOL 101 və BIOZ 101, BIOL 151 və BIOZ 151 və ya hər biri minimum C qiymətinə malik BIOL 152 və BIOZ 152. Qeydiyyat yalnız ünsiyyət sənəti, sağlamlıq və bədən tərbiyəsi, sağlamlıq, bədən tərbiyəsi və idman ixtisasları üzrə təhsil alan tələbələrlə məhdudlaşır. klinik laboratoriya elmləri, klinik radiasiya elmləri, diş gigiyenası və tibb bacısı ixtisasları üzrə elmlər sağlamlıq elmləri sertifikat proqramına daxil olan tələbələr və əmək öncəsi terapiya, həkiməqədər köməkçi, əczaçılıqdan əvvəl və fiziki hazırlıq üzrə məsləhətçi kurslarında olan tələbələr terapiya. Bundan əlavə, stomatologiya və tibb bacısı öncəsi sürətləndirilmiş məsləhət yollarında olan tələbələr sinifə yazılmazdan əvvəl peşəkar sağlamlıq məsləhətçisi ilə danışmalıdırlar. İnsan bədən quruluşlarını öyrənmək üçün insan nümunələri, modelləri və interaktiv proqram təminatı istifadə olunur, skelet-əzələ aspektlərinə diqqət yetirilir. B.S.-yə verilən kredit üçün tətbiq edilmir. Biologiya üzrə.

BIOL 209. Tibbi Mikrobiologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 101 və BIOZ 101, BIOL 151 və BIOZ 151, yaxud hər biri minimum C dərəcəsi olan BIOL 152 və BIOZ 152. Xəstəlikdə ana-mikrob əlaqəsini hərtərəfli başa düşmək üçün mikrobiologiya və immunologiyanın ümumi prinsipləri. B.S.-yə verilən kredit üçün tətbiq edilmir. Biologiya üzrə.

BIOL 217. Qidalanma prinsipləri. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 101, 151 və ya 152 və ya minimum C dərəcəsi ilə BIOL/ENVS 103. Qidalanmanın əsas prinsiplərinə giriş və onların böyümənin təşviqində və həyat dövrü boyu sağlamlığın qorunmasında tətbiqi. B.S.-yə verilən kredit üçün tətbiq edilmir. Biologiya üzrə.

BIOL 284. Laborant iş təcrübəsi. 0 Saat.

Semestr kursu 0 saat. 0 kredit. Qeydiyyat kafedra müdirinin icazəsi ilə və laboratoriya rəhbərinin onların laborant kimi mentorluq etməyə razı olduğu tələbələrlə məhdudlaşır. Biologiya departamenti daxilindəki tədqiqat laboratoriyalarında tələbələrin iştirakını asanlaşdırmağa kömək edir. Tələbələr laboratoriyanın işinin tərkib hissələrinə kömək edəcək və laboratoriya şəraitində işləmək təcrübəsi qazanacaqlar. Tələbələr işə qəbul olunduqları laboratoriya əsasında xüsusi tədqiqat sahələri ilə bağlı tapşırıqların yerinə yetirilməsi üzrə praktiki təcrübə qazanacaqlar. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 291. Biologiyadan mövzular. 1-4 saat.

Semestr kursunun dəyişən saatları. Dəyişən kredit. Tələblər: BIOL 151, 152 və BIOZ 151, 152, minimum C qiymətləri ilə. Biologiya üzrə seçilmiş mövzunun öyrənilməsi. Hər semestr təklif ediləcək xüsusi mövzular və ilkin şərtlər üçün Dərslər Cədvəlinə baxın.

BIOL 300. Hüceyrə və Molekulyar Biologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və 152 BIOZ 151 və ya LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 və ya LFSC/BNFO 252 CHEM 101 və CHEZ 101, hamısı minimum C BIOL 200, MATH 200, ST112AT, ST112AT, MATH dərəcəsi ilə Biologiya ixtisasları BIOL 200-ü tamamlamalıdır. Ön və ya əsas şərtlər: CHEM 102 və CHEZ 102. Gen ifadəsi, hüceyrə siqnalı, hüceyrə böyüməsi və differensasiyası ilə əlaqəli hüceyrənin molekulyar biologiyasının tədqiqi.

BIOL 303. Mikrobiologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Mikroorqanizmlərin morfoloji, biokimyəvi, taksonomik, genetik və təkamül xüsusiyyətlərinə əsas diqqət bakteriyalara yönəldilir. Mikroorqanizmlərin ev sahibi hüceyrələr və substratlarla qarşılıqlı təsirində istifadə etdiyi struktur, mexaniki və biokimyəvi uyğunlaşmalara diqqət yetirir.

BIOL 304. Biologiya bacarıqları. 2 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı (onlayn təqdim olunur) və 3 laboratoriya saatı. 2 kredit. Tələblər: BIOL 151 və BIOZ 151 və təlimatçının icazəsi. Bu kurs laboratoriya texnikaları üzrə praktiki təcrübə təqdim edir, kitabxana və informasiya səlisliyi bacarıqlarının inkişafını vurğulayır və tənqidi düşünmə və problem həll etmə bacarıqlarının inkişafına kömək etmək üçün cari bioloji və/və ya biotibbi tədqiqat mövzularından istifadə edir.

BIOL 307. Su ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 317, CHEM 102 və CHEZ 102, minimum C qiymətləri. Şirin su ekosistemlərinin fiziki, kimyəvi və xüsusilə bioloji aspektləri.

BIOL 308. Onurğalıların Histologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Onurğalıların hüceyrələrinin, toxumalarının və orqanlarının mikroanatomiyası və strukturun funksiya ilə əlaqəsi. Laboratoriya işi işıq mikroskopu səviyyəsində onurğalıların mikroanatomiyasının dərindən öyrənilməsini, eləcə də histoloji tədqiqat üçün materialların hazırlanmasında istifadə olunan üsullara girişi əhatə edir.

BIOL 309. Entomologiya. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 151, 152 və BIOZ 151, 152, minimum C qiymətləri ilə. Həşəratların şaxələndirilməsi, identifikasiyası, təbiət tarixi və əsas biologiyaya yönəlmiş sahə əsaslı kurs.

BIOL 310. Genetika. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və 152 BIOZ 151 və ya LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 və ya LFSC/BNFO 252 BIOL 300 CHEM 101 və CHEZ 101, hər biri minimum C və BIOL 2000, MATH200, MATH12, MATH12, və ya STAT 314. Biologiya ixtisasları BIOL 200-ü bitirmiş olmalıdır. Ön və ya əsas şərtlər: CHEM 102 və CHEZ 102. Bitkilərin, heyvanların və mikroorqanizmlərin molekulyar və tətbiqi genetikasının əsas prinsipləri.

BIOL 312. Onurğasızlar Zoologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151, 152 və BIOZ 151, 152, minimum C qiymətləri ilə. Ətraf mühitin qarşılıqlı təsirinə diqqət yetirməklə onurğasız heyvanların tədqiqi. Dəniz mühitinə həftə sonu səfəri tələb olunur.

BIOL 313. Onurğalıların Təbiət Tarixi. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151, 152 və BIOZ 151, 152, minimum C qiymətləri ilə. Virciniyadan olan növlərə vurğu ilə onurğalıların təbii tarixi.

BIOL 314. Heyvanların çoxalması. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərtlər: BIOL və BIOZ 151, BIOL və BIOZ 152 və BIOL 300, hər biri minimum C qiymətinə malikdir. Əsas reproduktiv anatomiya və fiziologiyaya giriş. Reproduktiv fəaliyyətə təsir edən əsas amillərin və bu amillərin ev heyvanlarının və insanların reproduktiv proseslərini tənzimləmək üçün necə istifadə edildiyinin araşdırılması.

BIOL 317. Ekologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və 152 BIOZ 151 və ya LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 və ya LFSC/BNFO 252 CHEM 101 və CHEZ 101, hamısı minimum C BIOL 200, MATH 200, ST112AT, ST112AT, MATH dərəcəsi ilə Biologiya ixtisasları BIOL 200-ü tamamlamalıdır. Ekologiyanın əsas prinsiplərinə, o cümlədən orqanizmlər arasında qarşılıqlı əlaqə və fiziki mühitin təsirlərinə giriş.

BIOL 318. Təkamül. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və 152 BIOZ 151 və ya LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 və ya LFSC/BNFO 252 CHEM 101 və CHEZ 101, hamısı minimum C BIOL 200, MATH 200, ST112AT, ST112AT, MATH dərəcəsi ilə Biologiya ixtisasları BIOL 200 proqramını tamamlamalıdır. Bütün həyat boyu təkamül dəyişikliyinə səbəb olan proseslərə diqqət yetirməklə təkamül biologiyasının nəzəri və empirik əsaslarının tədqiqi.

BIOL 320. Toxum bitkisinin biologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. İlkin şərtlər: BIOL və BIOZ 151 və BIOL və BIOZ 152, hər biri minimum C qiymətinə malikdir. Toxum bitkilərinin fiziologiyası, quruluşu və uyğunlaşması.

BIOL 321. Bitki inkişafı. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 300 və 310, hər biri minimum C dərəcəsi ilə. Aşağı və daha yüksək bitkilərin həyat dövrü ərzində baş verən inkişaf dəyişikliklərinin tədqiqi. İnkişaf zamanı baş verən sifarişli dəyişikliklərin tənzimlənməsində iştirak edən nəzarət amillərinə diqqət yetirilir.

BIOL 322. İqtisadi botanika. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və 152 və BIOZ 151 və 152 və ya ekvivalentləri, minimum C qiymətləri ilə. Bu sinif bitkilərin morfologiyası, anatomiyası, fitokimyası, böyüməsi və çoxalmasına diqqət yetirir, bitkilər də daxil olmaqla iqtisadi və mədəni əhəmiyyətli bitkilərin biologiyasını araşdırır. qida və içkilər, dərmanlar və dərmanlar, liflər və taxta üçün istifadə olunur.

BIOL 324. Dərman bitkiləri. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və BIOZ 151 BIOL 152 və BIOZ 152 və BIOL 300, hamısı minimum C dərəcəsi ilə. Mövzulara bitki anatomiyası, morfologiyası və reproduksiyası, Ayurveda və ənənəvi Çin təbabəti kimi ənənəvi bitki təbabəti və ikinci dərəcəli metabolitlər və bitki daxildir. -xərçəng, artrit, depressiya və diabet də daxil olmaqla müxtəlif xəstəliklər/xəstəliklər üçün alınan dərmanlar.

BIOL 325. Göbələk biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Göbələklərin əsas biologiyası, o cümlədən böyüməsi, quruluşu, genetikası, müxtəlifliyi, göbələklərin kommersiya məqsədləri və model orqanizmlər kimi əhəmiyyəti. Göbələklər və bitkilər, göbələklər və insanlar arasındakı qarşılıqlı əlaqəni də müzakirə edir.

BIOL 332. Ətraf mühitin çirklənməsi. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: biologiyadan səkkiz kredit. Aşkarlanması və azaldılması prosedurlarına diqqət yetirməklə ətraf mühitin çirklənməsinin öyrənilməsi. Çarpaz siyahı: ENVS 330.

BIOL 333. Angiospermlərin təkamülü. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 151,152 və BIOZ 151, 152, hamısı minimum C dərəcəsi ilə. Çiçəkli bitkilərə təkamül konsepsiyalarının tətbiqi. Mövzulara spesifikasiya anlayışları, vegetativ və cinsi xüsusiyyətlərin təkamülü və ailə səviyyəsinə angiosperm müxtəlifliyinin icmalı daxildir.

BIOL 335. Qlobal Dəyişiklik Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151 və BIOZ 152, hamısı minimum C dərəcəsi ilə. İnsanların bioloji sistemlərə necə təsir etdiyini araşdırır və antropogen iqlim dəyişikliyini vurğulayaraq gələcək qlobal dəyişikliklərə uyğunlaşmaq və ya onları azaltmaq üçün nə edilə biləcəyini araşdırır.

BIOL 340. İnkişaf və Kök Hüceyrələr. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 300 və CHEM 102, hər biri minimum C dərəcəsi ilə. Onurğalıların inkişaf biologiyasının və kök hüceyrələrinin əsas prinsipləri, inkişafı və kök hüceyrə biologiyasını istiqamətləndirən əsas hüceyrə və molekulyar mexanizmləri təyin edir. İnsanın anadangəlmə qüsurları, klonlaşdırma, kök hüceyrələrin xüsusiyyətləri və onların tibbi istifadələri, inkişaf və kök hüceyrə biologiyasında karyera kimi inkişafın tibbi aspektlərinə əhəmiyyətli vurğu.

BIOL 341. İnsanın təkamülü. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 2 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə UNIV 200 və ya HONR 200. İnsan müxtəlifliyi diapazonunu, həmçinin təkamül və təkamül biologiyası haqqında geniş anlayışı təqdim edir, xüsusən də hominid təkamülünə aiddir.Xüsusi mövzulara əsas genetika, primatologiya, paleontologiya və hominin fosil qeydləri daxildir. Çarpaz siyahı: ANTH 301.

BIOL 351. Bioinformatikaya giriş. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərtlər: BNFO 201 və BNFO 300 və ya təlimatçının icazəsi. Kurs genomla əlaqəli müxtəlif məlumat növlərini əldə etmək və şərh etmək üçün lazım olan alətlər və üsullara praktiki və nəzəri giriş təqdim edəcəkdir. Kursda nukleotidlərin və zülalların ardıcıllığının uyğunlaşdırılmasının əsasını təşkil edən bir neçə bioinformatika metodu, R-də məlumatların vizuallaşdırılması üçün statistik üsullar, bioinformatika məlumatlarının təhlilində tez-tez rast gəlinən eksperimental nəticələrin növləri və bu məlumatların əldə oluna biləcəyi ictimai verilənlər bazaları daxildir. Çarpaz siyahı: BNFO 301.

BIOL 391. Biologiyada mövzular. 1-4 saat.

Semestr kursu 1-4 mühazirə saatı. 1-4 kredit. Tələblər: BIOL 152 və BIOZ 152 və BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 və ya BIOL 318, hər birinin minimum C qiyməti. Biologiya üzrə seçilmiş mövzunun öyrənilməsi. Hər semestr təklif ediləcək xüsusi mövzular və ilkin şərtlər üçün Dərslər Cədvəlinə baxın.

BIOL 392. Tədqiqata giriş. 2 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə və 1 nümayiş saatı. 2 kredit. Tələb: Minimum C qiyməti ilə BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 və ya BIOL 318. Problemin müəyyənləşdirilməsi mexanikası, məlumatların toplanması və eksperimental dizayn daxil olmaqla elmi prosesə giriş. Eksperiment məlumatların toplanması və təhlili üsulları ilə kontekstdə müzakirə edilir. Məqsədlər tələbəni gələcək tədqiqat təcrübələrinə hazırlamaq və tələbənin ətraflı tədqiqat təklifləri yazmasını təmin etməkdir.

BIOL 395. İstiqamətli Tədqiqat. 1-2 saat.

Semestr kursu 1-2 müstəqil iş saatı. 1-2 kredit. Tələblər: Minimum C qiymətləri ilə BIOZ 151 və BIOZ 152, Biologiya Departamentinin icazəsi və tədqiqat mentoru. Bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün BIOL 395 və BIOZ 395 arasında maksimum iki kredit əldə edilə bilər (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) ixtisas üzrə tələb olunan 40 biologiya kreditinə tətbiq edilməlidir. Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Mentorlar Biologiya Departamentinin professor-müəllim heyəti ilə məhdudlaşmır, lakin tədqiqat işinin konteksti kafedra tərəfindən müəyyən edilən biologiya elmlərinə tətbiq edilməlidir. Tədqiqatlara istiqamətləndirilmiş oxunuşlar, istiqamətləndirilmiş eksperimentlər və ya qabaqcıl istiqamətləndirilmiş sorğu daxil edilməlidir - bunların hamısı fakültə üzvünün birbaşa nəzarəti altındadır. Kredit saatı üçün həftədə ən azı üç saat nəzarət olunan fəaliyyət tələb olunur. Bu kurs laboratoriya təcrübəsi kimi tətbiq olunmaya bilər. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 401. Tətbiqi və Ətraf Mühitin Mikrobiologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərtlər: 300 və 317, hər biri minimum C dərəcəsi ilə. Sənaye, əczaçılıq və kənd təsərrüfatı əhəmiyyətli mikroorqanizmlərin (bakteriyalar, yosunlar, viruslar və göbələklər) biologiyası və kimyəvi fəaliyyəti.

BIOL 402. Müqayisəli Onurğalı Anatomiyası. 5 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 4 laboratoriya saatı. 5 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 300 və BIOL 318, hər biri minimum C qiymətinə malikdir. Seçilmiş onurğalı növlərinin anatomik tədqiqatları ilə nümayiş etdirilən onurğalı formalarının təkamülü.

BIOL 403. Primatologiya. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 2 laboratoriya saatı. 4 kredit. İlkin şərt: ANTH 210 və ya ANTH 301/BIOL 341. Primatologiya müqayisəli anatomiya, müqayisəli davranış və müqayisəli biokimya vasitəsilə primatlar arasında taksonomik əlaqələri araşdırır. Primatların təkamülü, demoqrafiyası, yaşayışı, çoxalması, sosial quruluşu, kommunikasiya sistemləri və ekologiyanın öyrənilməsi. Çarpaz siyahı: ANTH 403.

BIOL 411. Fiziologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: Hər biri minimum C qiymətinə malik BIOL 300 və CHEM 301. Əsas fizioloji sistemlərin funksiyası və mexanizmlərinin səciyyələndirilməsinə və anlaşılmasına diqqət yetirir, ilk növbədə insan fiziologiyasından model kimi istifadə edir. Homeostazı qorumaq üçün müxtəlif fizioloji sistemlərin necə birlikdə işlədiyini başa düşmək və xəstəliklər və xəsarətlər zamanı baş verə biləcək sistem komponentlərinin zədələnməsi və ya silinməsinin nəticələrinin proqnozlaşdırılmasına diqqət yetirilir.

BIOL 413. Parazitologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Eukariotik parazitlərin epidemiologiyası və patoloji təsiri, o cümlədən parazitlərin həyat dövrləri və ev sahibi-parazit əlaqələri.

BIOL 415. Mangrove Quş Tarlası Ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu iki həftə xaricdə Panamada (yaxud manqrov meşələri olan digər tropik məkanda), yaz semestrinin çox hissəsində həftədə iki gün sinif iclasları. 4 kredit. Tələb: BIOL 317. Ciddi elm və ictimaiyyətin cəlb edilməsinin unikal qarışığı vasitəsilə quş ekologiyasına və manqrov ekosistemlərinin mühafizəsinə diqqət yetirməklə tropik ekologiyanın immersiv tədqiqi. İki həftəlik xaricdə təhsil, o cümlədən yerli təbiəti mühafizə təşkilatları ilə əlaqə və yerli məktəblərlə təhsilə yardımda iştirak, ardınca müzakirələr, məlumatların təhlili və kampusda ictimai simpoziumda irəliləyiş və tədqiqatların təqdimatı.

BIOL 416. Ornitologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 317. Quşların təkamülü və müxtəlifliyi, ümumi anatomiya və fiziologiya, davranış və ekologiya daxil olmaqla quşların inteqrativ tədqiqini təmin edir.

BIOL 417. Mammalogiya. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələblər: minimum C qiymətləri ilə BIOL 218 və 317. Şimali Amerika formalarına diqqət yetirməklə məməlilərin xüsusiyyətlərinin, adaptiv şüalanmasının və paylanmasının öyrənilməsi.

BIOL 420. Maya və fermentasiya. 3 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Əsas şərtlər: BIOL 303 və BIOL 310. Pivə istehsalında və qısaca şərab istehsalında istifadə olunan mayaların əsas biologiyasını əhatə edir. Mövzulara böyümə, quruluş, genetika, biomüxtəliflik və təbii yaşayış yerləri kimi maya xüsusiyyətləri daxildir. Şərab və pivə istehsalı prosesi müzakirə olunacaq. Laboratoriya sessiyalarına əsas mikrobiologiya üsulları, maya təcridləri və DNT və biokimyəvi üsullardan istifadə edərək xarakteristikalar, həmçinin fermentasiyaya təsir edən amillərin öyrənilməsi daxildir. Kursun sonunda tələbələr sirkə, çörək və s. kimi onları maraqlandıran digər fermentasiya məhsulları haqqında təqdimat verəcək və bu mühüm prosesin genişləndirilmiş variantını təqdim edəcəklər.

BIOL 422. Meşə ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 317. Virciniyanın müxtəlif meşə ekosistemlərinə xüsusi diqqət yetirməklə, meşə ekologiyasının əsaslarını əhatə edir. Şagirdlər meşə quruluşu, böyüməsi və yayılması ilə bağlı əsas nəzarətləri başa düşür və bu prinsipləri davamlı meşə idarəçiliyi ilə əlaqələndirirlər.

BIOL 423. Bitki fiziologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151 və BIOZ 151 BIOL 152 və BIOZ 152 və BIOL 300 və ya ekvivalentləri, hamısı minimum C qiymətləri ilə. Molekulyar, hüceyrə və orqanizm səviyyəsində ali bitkilərin fiziologiyası. Mövzulara nəqliyyat prosesləri, maddələr mübadiləsi, böyümə, stress reaksiyaları və bitki-torpaq qarşılıqlı təsirləri daxildir.

BIOL 425. Çöl botanikası. 3 saat. Sahə Botanikası üçün kurs videosu oynayın

Semestr kursu 2 mühazirə və 3 laboratoriya saatı.(60 faiz onlayn, 40 faiz sahə/laboratoriya) 3 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 310 və BIOL 317, hər ikisi minimum C qiymətləri ilə. Sahə təcrübəsi ilə birlikdə onlayn mühazirələr, müzakirələr, mülahizələr və qiymətləndirmələr. Bitki anatomiyası, fiziologiyası və ekologiyasına diqqət yetirməklə, ətraf mühit şəraitinin bitki morfologiyasına və uyğunlaşmalarına təsirini araşdırır.

BIOL 430. İnvaziya Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151, BIOZ 152 və BIOL 317, hamısı minimum C dərəcəsi ilə. İnvaziv növlərin ekologiyası və təsirlərinin hərtərəfli görünüşü. Tarixi insan demoqrafiyasının, ekoloji pozğunluğun, təbiət tarixinin, növ qarşılıqlı əlaqəsinin, işğala maneələrin, invaziv növlərin idarə edilməsinin və təbii icmalara və ekosistemlərə təsirlərin təsirlərini birləşdirir.

BIOL 431. Dəniz biologiyasına giriş. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 317, CHEM 102 və CHEZ 102, minimum C qiymətləri ilə. Fiziki, kimyəvi və geoloji okeanoqrafiyaya giriş və dünya okeanlarının və estualarının pelagik və bentik mühitlərində iştirak edən orqanizmlərin və ekoloji proseslərin daha ətraflı müalicəsi .

BIOL 435. Herpetologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: minimum C dərəcəsi ilə BIOL 317. Sürünənlərin və suda-quruda yaşayanların təkamülü, ekologiyası, strukturu, taksonomiyası və davranışı.

BIOL 438. Məhkəmə Molekulyar Biologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 310. Məhkəmə ekspertizası nümunələrinin təhlilinə tətbiq edilən molekulyar biologiya test metodologiyaları haqqında anlayışı təmin edir. Məhkəmə DNT analizinin aktual mövzularına keyfiyyət təminatı, DNT məlumat bankı, müasir tədqiqatlar və populyasiya genetikası daxildir. Crosslisted: FRSC 438.

BIOL 440. İnkişaf biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 300 və 310, hər biri minimum C dərəcəsi ilə. İnkişaf biologiyasının əsas prinsipləri, inkişafı istiqamətləndirən əsas hüceyrə və molekulyar mexanizmlərə vurğu ilə onurğalı model orqanizmlərə yönəlmişdir.

BIOL 445. Neyrobiologiya və Davranış. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 317. Ekoloji, təkamül və neyrobioloji yanaşmaları vurğulayan heyvan davranışının öyrənilməsi.

BIOL 448. Neyrologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: BIOL 300 minimum C qiyməti ilə. İlkin və ya əsas şərt: BIOL 310. Sinir sisteminin əsas quruluşunun, sinir sisteminin hüceyrə və molekulyar səviyyədə fəaliyyətinin və inkişaf zamanı sinir sisteminin formalaşmasının tədqiqi.

BIOL 450. Xərçəngin biologiyası I. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300 və ya PHIS 309. Xərçəngin inkişafı, inkişafı və müalicəsinin hüceyrə, molekulyar və klinik aspektlərinin müayinəsi.

BIOL 451. Xərçəngin biologiyası II. 4 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə və 12 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələblər: BIOL 450 və təlimatçının icazəsi. Bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün maksimum altı kredit (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) əsas ixtisas üzrə tələb olunan 40 biologiya kreditinə tətbiq oluna bilər. . Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Xərçəngin inkişafı, inkişafı və müalicəsinin hüceyrə, molekulyar və klinik aspektlərinin müayinəsi.

BIOL 452. Dərman vasitələrinin biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300. Dərmanların orqanizmləri öyrənmək, müalicə etmək, gücləndirmək və sərxoş etmək üçün bioloji siqnal yollarını necə modulyasiya etdiyini araşdırır. Əsasən insan yollarına və xəstəliklərə diqqət yetirən əsas farmakologiyaya giriş. Mövzulara əsas dərman sinifləri (ürək-damar, mədə-bağırsaq sistemi və s.) və sui-istifadə edən dərmanlar (spirt, marixuana və s.) daxildir.

BIOL 453. Xərçəng biologiyası tezisi. 4 saat.

Semestr kursu 1 qiraət və 12 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: BIOL 451. Bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün maksimum altı kredit (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) 40 kreditə tətbiq oluna bilər. ixtisas üçün tələb olunan biologiya. Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Qeydiyyat yalnız müəllimin və tədqiqat mentorunun icazəsi ilə tələbələrlə məhdudlaşır. Tələbələr praktiki öyrənmə, VCU müəllimindən birbaşa mentorluq, elmi yazı bacarıqları, vaxt və tədqiqat layihəsinin idarə edilməsi, müxtəlif laboratoriya texnikalarına məruz qalma və təlim daxil olmaqla, xərçəng tədqiqatında əvəzsiz öyrənmə imkanlarından faydalanacaqlar. Bundan əlavə, tələbələr xərçənglə bağlı tədqiqat təklifi və tezisinin hazırlanmasında təcrübə qazanacaqlar.

BIOL 455. İmmunologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 300 və ya PHIS 309. Antikorlarla müalicə olunan toxunulmazlığın molekulyar və hüceyrə əsasını vurğulayan ali heyvanların immun sisteminə hərtərəfli giriş.

BIOL 459. Yoluxucu Xəstəliklərin Ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151, BIOZ 152 və BIOL 317, hamısı minimum C dərəcəsi ilə. Ayrı-ayrı orqanizmlərdən qlobal miqyasda infeksion xəstəliyin səbəbləri və nəticələrinin hərtərəfli və müasir icmalı. İnsan və qeyri-insan populyasiyalarında yoluxucu xəstəliklərin ekologiyasının tarixini araşdırır. Şagirdlər yoluxucu xəstəliklərin ekologiyasında ötürülmə və birgə təkamülün rolları və epidemiyaların və yeni yaranan yoluxucu xəstəliklərin idarə edilməsində məlumat vermək üçün populyasiya modellərindən necə istifadə edildiyini öyrənirlər.

BIOL 460. İnsanın Təkamül Genetikası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C dərəcəsi ilə BIOL 318 və ya BIOL 341. Müasir insanların mənşəyi və genetik tarixi, tarixi kolonizasiyamız və miqrasiyamız, İnsan Genomu Layihəsinin faydası, digər primatlardan fərqlərimiz, ətraf mühitimizə və xəstəliklərimizə uyğunlaşma, və cəmiyyətimizdə genetik tədqiqatların etik nəticələri.

BIOL 475. Biologiya Capstone Seminarı: ____. 1-3 saat.

Semestr kursu 1-3 seminar saatı. 1-3 kredit. İlkin tələblər: BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 və BIOL 318, hər biri minimum C qiymətinə malikdir. Qeydiyyat yalnız yüksək səviyyəli biologiya ixtisasları ilə məhdudlaşır. Tələbələr dərsdən əvvəl təyin olunmuş aktual məqalələri oxuyur, tənqidi təhlillər hazırlayır, seçilmiş mövqeləri müzakirə edir və müzakirə edirlər. Xüsusi mövzular üçün Dərs Cədvəlinə baxın.

BIOL 477. Biologiya Capstone Təcrübəsi. 0 Saat.

Semestr kursunun dəyişən saatları. 0 kredit. Prerekvizitlər: BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 və BIOL 318, hər biri minimum C qiyməti və 90 saat bakalavr kursu işi. Aşağıdakı kurslar bu kursla eyni vaxtda qəbul edilərsə, baş daşı təcrübəsi kimi uyğun gəlir: BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495, BIOL 497 və ya digər kurslar, o cümlədən baş daşı təcrübəsi üçün tələb olunan əsas səriştələri ehtiva edən və kafedra tərəfindən təsdiqlənən mövzu kursları biologiya kafedrasının. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 480. Heyvan-bitki qarşılıqlı əlaqəsi. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: Minimum C qiyməti ilə BIOL 317 və ya BIOL 318 və ya təlimatçının icazəsi. Heyvanlar və bitkilər arasında qarşılıqlı əlaqənin ekoloji və təkamül nəticələri.

BIOL 482. Preceptor təcrübəsi. 0 Saat.

Semestr kursu 0 saat. 0 kredit. Qeydiyyat minimum B qiymətinə malik müəllim köməkçisi olacağı müvafiq kursu bitirmiş və minimum ümumi GPA 3.0 olan tələbələrlə məhdudlaşdırılır. Qeydiyyatdan əvvəl təlimatçı və şöbə müdirinin icazəsi də tələb olunur. Müəllim köməkçiləri kursun məzmunu ilə bağlı biliklərini artıracaq və tədris rolu üçün təbii olan bacarıqları, intizam daxilində təlim prosesini başa düşməyi və yeni başlayan auditoriyaya kurs məzmununun əhəmiyyətini və dəyərini izah etmək bacarığını inkişaf etdirəcəklər. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 484. Tədqiqat köməkçisi təcrübəsi. 0 Saat.

Semestr kursu 0 saat. 0 kredit. Qeydiyyat kafedra müdirinin icazəsi ilə və elmi rəhbərin mentor olmağa razılaşdığı tələbələrlə məhdudlaşır. Biologiya departamenti daxilindəki tədqiqat laboratoriyalarında tələbələrin iştirakını asanlaşdırmağa kömək edir. Tələbələr fakültə üzvünün birbaşa nəzarəti altında məlumatların toplanması və təhlili, sahə və/və ya laboratoriya texnikalarının öyrənilməsi və/və ya eksperimental prosedurların mənimsənilməsi daxil olmaqla praktiki təcrübə əldə edəcəklər. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 489. Əlaqəli Tədqiqatlar. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Tələb: Biocore proqramını minimum C qiymətləri ilə bitirmək. Əsas şərt: BIOL 495, yüksək səviyyəli. Tələbələrə tədqiqatlarının yazılı şəkildə effektiv şəkildə çatdırılması üçün lazım olan bacarıqları inkişaf etdirmək imkanı. Rəqəmlərin nəşrə hazırlanması və ilkin ədəbiyyatdan düzgün istifadə etməklə tədqiqat işinin hazırlanması da daxil olmaqla müxtəlif seminar müzakirələri və fəaliyyətləri daxildir. Tələbələr bundan BIOL 495 üçün tezislərini yazmağa kömək etmək üçün bir fürsət kimi istifadə edəcəklər.

BIOL 490. Tədqiqatın təqdim edilməsi. 1 saat.

Semestr kursu 1 kredit. Tələb: Biocore proqramının minimum C qiymətləri ilə tamamlanması. Ön və ya əsas şərtlər: BIOL 492 və ya 495 və yüksək səviyyəli. Tələbələrin tədqiqat işlərinin effektiv şifahi təqdimatı üçün lazım olan bacarıqları inkişaf etdirmək imkanı. Vizual materialların hazırlanması və məlumatların statistik təhlili kimi müxtəlif seminar müzakirələri və fəaliyyətləri daxildir. Tələbələr birbaşa BIOL 492 və ya 495 layihələri ilə bağlı bir neçə şifahi təqdimat edəcəklər.

BIOL 491. Biologiyada mövzular. 1-4 saat.

Semestr kursunun dəyişən saatları. Dəyişən kredit. Ön şərt: BIOL 300. Biologiyada seçilmiş mövzunun öyrənilməsi. Hər semestr təklif ediləcək xüsusi mövzular və ilkin şərtlər üçün Dərslər Cədvəlinə baxın.

BIOL 492. Müstəqil təhsil. 1-4 saat.

Semestr kursu 1-4 müstəqil iş saatı. 1-4 kredit. Tələblər: BIOZ 151 və BIOZ 152, hər biri minimum C qiymətinə və Biologiya kafedrasının müdirinin icazəsinə malikdir. Kredit üçün təkrarlana bilər. Bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün maksimum altı kredit (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) ixtisas üzrə tələb olunan 40 biologiya kreditinə tətbiq oluna bilər. Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Kursun laboratoriya təcrübəsi kimi qəbul edilməsi üçün minimum iki kredit tələb olunur. Layihələrə məlumatların toplanması və təhlili, sahə və/yaxud laboratoriya texnikalarının öyrənilməsi və/və ya eksperimental prosedurların mənimsənilməsi daxil edilməlidir, bunların hamısı fakültə üzvünün birbaşa nəzarəti altındadır. Kredit saatı üçün həftədə ən azı üç saat nəzarət olunan fəaliyyət tələb olunur. Layihənin sonunda yekun hesabat təqdim edilməlidir.

BIOL 493. Biologiya üzrə təcrübə. 1-3 saat.

Semestr kursu 1-3 sahə təcrübəsi saatı. 1-3 kredit. Tələblər: Minimum C qiymətləri ilə BIOL 310 və ya 317, Biologiya Departamentinin sədrinin və stajın keçəcəyi agentliyin, şirkət və ya təşkilatın icazəsi. Kredit üçün təkrarlana bilər.Tələbələr bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün bir semestrdə maksimum üç kredit ala bilərlər (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün maksimum altı kredit götürə bilərlər. İxtisas üçün biologiyadan 40 kredit tələb olunur. Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Peşəkar biologiya şəraitində hər 100 saatlıq iş təcrübəsi üçün bir kredit verilir. Kampusdan kənar peşəkar biologiya şəraitində laboratoriya və ya sahə təcrübəsi təmin etmək üçün nəzərdə tutulmuş təcrübə. Təcrübə başa çatdıqdan sonra yekun hesabat təqdim edilməlidir. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 495. Tədqiqat və tezis. 1-4 saat.

Semestr kursu 1-4 tədqiqat saatı. 1-4 kredit. Tələblər: BIOL 392, rəhbərlik edən professor-müəllim heyətinin icazəsi və kafedra müdiri tərəfindən qəbul edilən tədqiqat təklifi. Əsas şərt: BIOL 489 və ya BIOL 490. Maksimum səkkiz kredit üçün təkrarlana bilər. Tələbələr hər semestrdə maksimum dörd kredit ala bilərlər. Bütün tədqiqat və təcrübə kursları üçün maksimum altı kredit (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 və/və ya BIOZ 395) tətbiq oluna bilər. İxtisas üçün biologiyadan 40 kredit tələb olunur. Bu kurslardan əlavə kreditlər yuxarı səviyyə və açıq seçmə kreditlərə tətbiq oluna bilər. Kursun laboratoriya təcrübəsi kimi qəbul edilməsi üçün minimum iki kredit tələb olunur. Biologiya üzrə fərqlənmə diplomu üçün minimum dörd kredit tələb olunur. Fəaliyyətlərə fakültə mentorunun birbaşa nəzarəti altında sahə və/və ya laboratoriya tədqiqatları daxildir. Kredit saatı üçün həftədə ən azı üç saat nəzarət olunan fəaliyyət tələb olunur. Tədqiqat layihələrinə eksperimental dizayn və məlumatların təhlili daxil edilməlidir. Bu kurs payızdan başlayaraq ardıcıl iki semestr üçün keçməlidir. Tədqiqat başa çatdıqdan sonra əhəmiyyətli keyfiyyətli yazılı tezis tələb olunur.

BIOL 496. Biologiya müəllimliyi: ____. 2 saat.

Semestr kursu 2 praktikum saatı. 2 kredit. Kredit üçün fərqli kurs ilə təkrarlana bilər. Müvafiq kursu minimum B qiyməti ilə bitirmiş və minimum ümumi GPA 3.0 olan tələbələrə qeydiyyat məhduddur. Qeydiyyatdan əvvəl təlimatçının icazəsi tələb olunur. Təlimçilər mühazirə (BIOL) və ya laboratoriya (BIOZ) kurslarında müəllimlərə kömək edirlər. Məsuliyyətlər dəyişir və bunlarla məhdudlaşmır, dərsdə iştirak etmək, nəzərdən keçirmə sessiyaları keçirmək və kursun öyrənilməsi/nəzarət materiallarının hazırlanması daxildir. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib. Dərəcə tələblərinə BIOL 496 və BIOL 499-dan maksimum dörd birləşdirilmiş kredit tətbiq oluna bilər.

BIOL 497. Ekoloji xidmətin öyrənilməsi. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Tələb: Minimum C qiyməti ilə BIOL 317. BIOL 317-də tədris olunan kurs məzmunu və materialı ilə birləşdirilən xidmət-təlim kursu. Tələbələr akademik zənginləşməni artırmaq üçün təcrübə təqdim edəcək yerli, əyalət və federal icma tərəfdaşları ilə ekoloji cəhətdən uyğun imkanlar axtaracaqlar. və şəxsi inkişafa kömək edəcək və vətəndaş məsuliyyəti hissinin formalaşmasına kömək edəcək. Tələbələr icma partnyor(lar)ı ilə minimum 20 xidmət öyrənmə saatını tamamlamalıdırlar.

BIOL 498. Insects and Plants Service-learning. 2 saat.

Semestr kursu 2 sahə təcrübəsi saatı. 2 kredit. Tələblər: Minimum C qiymətli BIOL 317 və ya BIOL 318 və təlimatçının icazəsi. Həşərat-bitki qarşılıqlı əlaqəsi ilə bağlı xidmət-tədris kursu. İctimai parklar, botanika bağları və üzvi fermalar da daxil olmaqla, icma tərəfdaşları ilə sahə təcrübəsi. Akademik tədrisi genişləndirmək, şəxsi inkişafı artırmaq və vətəndaş məsuliyyəti hissini inkişaf etdirmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. Tələbələr icma tərəfdaşı ilə minimum 40 xidmət-öyrənmə saatını tamamlamalıdırlar.

BIOL 499. Biologiya aparıcı preceptorship. 2 saat.

Semestr kursu 2 praktikum saatı. 2 kredit. Ön şərt: Keçid qiyməti ilə eyni kursda BIOL 496. Qeydiyyat müvafiq kursu minimum B qiyməti ilə bitirmiş və minimum ümumi GPA 3.0 olan tələbələrlə məhdudlaşdırılır. Qeydiyyatdan əvvəl təlimatçının icazəsi tələb olunur. Aparıcı təlimatçılar mühazirə (BIOL) və ya laboratoriya (BIOZ) kurslarında müəllimlərə kömək edir. Məsuliyyətlər ilkin kursda tələb olunanlardan kənara yığılır. Məsuliyyətlər müxtəlifdir və bunlarla məhdudlaşmır, böyük qeydiyyat kursları üçün təlimatçı qruplarının təşkili, preseptor mentorluğu, kurs materiallarının məlumatların daxil edilməsi, qrup işinin icrası və s. Uğursuz/uğursuz kimi qiymətləndirilib. Dərəcə tələblərinə BIOL 496 və BIOL 499-dan maksimum dörd birləşdirilmiş kredit tətbiq oluna bilər.

BIOL 502. Mikrob biotexnologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin tələblər: MICR/BIOC 503 və ya BIOC 530, 531, 532 və 533 və ya ekvivalenti və MICR/BIOC 504 və ya ekvivalenti. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Kommersiya problemlərinin həllində əsas prinsiplərin tətbiqinin müzakirəsi. Kurs ilkin və ikincili metabolizmlə bağlı biotransformasiyaların tarixi prinsiplərini, həmçinin rekombinant DNT texnologiyasını və monoklonal anticisimləri və rekombinant DNT texnologiyasının tətbiqi nəticəsində yaranan məhsulları əhatə edəcəkdir.

BIOL 503. Balıq biologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Balıqların təsnifatı, davranışı, fiziologiyası və ekologiyası. Laboratoriyalar balıqların tarlada toplanmasına və nümunələrin identifikasiyasına diqqət yetirəcək.

BIOL 507. Su mikrobiologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə və 4 laboratoriya saatı. 4 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 303 və 307 və ya ekvivalentləri. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Bu kurs su sistemlərində elementlərin dövriyyəsinə təsir edən və suyun keyfiyyətinə təsir edən və ya göstərən mikroorqanizmlərin becərilməsi, müəyyən edilməsi və sadalanması üçün istifadə olunan üsullara praktiki yanaşmanı əhatə edəcəkdir.

BIOL 508. Baryer adalarının ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti və ya təlimatçının icazəsi. Baryer adalarının əmələ gəlməsinə təsir edən fiziki amillərin, bitki və heyvanların müstəmləkəçilik üçün uyğunlaşmasının və bu sərt mühitlərdə davamlılığının və sahilyanı ekoloji proseslərin ümumi ekoloji nəzəriyyəyə uyğunluğunun öyrənilməsi. Virciniya və ABŞ-ın cənub-şərqinə aid nümunələr və problemlər vurğulanır.

BIOL 509. Mikrob ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya C və ya daha yaxşı qiymətə ekvivalent. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Mikroorqanizmlərin və onların ətraf mühitinin qarşılıqlı əlaqəsini, o cümlədən mikrob müxtəlifliyinin, qidalanma dövriyyəsinin, simbiozun və tətbiqi mikrobiologiyanın seçilmiş aspektlərinin müzakirəsini araşdırır.

BIOL 510. Qoruma Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Artan insan populyasiyası təzyiqi və biomüxtəlifliyin qorunması ilə bağlı bioloji, sosial və hüquqi proseslər nəticəsində növlərin sürətlənmiş itkisini araşdırır.

BIOL 512. Bitki Müxtəlifliyi və Təkamülü. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 4 laboratoriya saatı. 4 kredit. İlkin şərtlər: BIOL 300 və 310 və ya ekvivalentləri və ya təlimatçının icazəsi. Damar bitkilərinin taksonomiyası, müxtəlifliyi və təkamül tarixi (o cümlədən qıjılar, gimnospermlər və çiçəkli bitkilər). Mühazirə vurğusu təkamül əlaqələri laboratoriyasında bitkilərin tanınması və identifikasiyası, xüsusən də Virciniya florası, o cümlədən yerli botanika maraq dairələrinə bəzi sahə səfərləri.

BIOL 514. Axın ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Tələb: BIOL 317. Yalnız yüksək ixtisaslı tələbələr və magistr tələbələri üçün açıqdır. Çayların və çayların ekologiyasının tədqiqi. Laboratoriya diqqəti dağdan sahilə qədər olan çaylarda su icmalarının quruluşu və fəaliyyətinə yönəldilir.

BIOL 516. Əhali genetikası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: STAT/BIOS 543. Demoqrafik və təkamül proseslərinin populyasiyalar daxilində neytral və adaptiv genetik variasiyaya necə təsir etdiyinə dair nəzəri və empirik təhlillər.

BIOL 518. Bitki ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 2 laboratoriya saatı. Bir üç günlük sahə səfəri tələb olunur. 4 kredit. Tələb: BIOL 317. Yalnız yüksək ixtisaslı tələbələr və magistr tələbələri üçün açıqdır. Bitki icmalarının inkişafı, ardıcıllığı və dinamikası və onların iqlim, torpaq, biotik və tarixi faktorlarla qarşılıqlı əlaqəsi ilə bağlı mühazirə, sahə və laboratoriya kursu.

BIOL 519. Meşə ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti. Qeydiyyat yalnız magistr tələbələri və yuxarı səviyyəli bakalavrlar üçün nəzərdə tutulub. Virciniyanın müxtəlif meşə ekosistemlərinə xüsusi diqqət yetirməklə, meşə ekologiyasında qabaqcıl mövzuları əhatə edir. Tələbələr meşə quruluşu, böyüməsi və yayılması üzrə əsas nəzarətləri başa düşür və bu prinsipləri məzun səviyyəsində sahə tədqiqatı layihəsinin hazırlanması və icrasına tətbiq edir.

BIOL 520. Əhali ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 310 və BIOL 317 və ya təlimatçının icazəsi. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Təbii populyasiyalar daxilində baş verən proseslərin nəzəri və empirik təhlili, o cümlədən populyasiya genetikası, əhalinin artımı və dəyişməsi, demoqrafiya, həyat tarixi strategiyalarının təkamülü və növlərarası qarşılıqlı əlaqə. Ekoloji anlayışları araşdırmaq üçün kəmiyyət modellərindən geniş şəkildə istifadə olunacaq.

BIOL 521. İcma ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 317 və ya ekvivalenti. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Təbii icmaların, ekosistemlərin və landşaftların strukturunun və funksiyasının nəzəri və empirik təhlili.

BIOL 522. Təkamül və spesifikasiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 310 və ya ekvivalenti. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Bitki və heyvanların böyük və kiçik populyasiyalarında dəyişikliklərə səbəb olan genetik və ətraf mühit faktorlarına diqqət yetirməklə təkamül prinsipləri və növləşməyə cavabdeh olan mexanizmlər.

BIOL 524. Endokrinologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin tələblər: BIOL 300 və CHEM 301-302 və CHEZ 301L, 302L və ya ekvivalenti. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Orqan, toxuma və hüceyrə səviyyəsində hormonal nəzarət sistemləri. Əsas diqqət onurğalıların endokrin sistemlərinə verilsə də, onurğasızlar və bitki nəzarət sistemləri haqqında bəzi müzakirələr əhatə olunacaq.

BIOL 530. İnsan Genetikasına Giriş. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Qeydiyyat yalnız yüksək ixtisaslı tələbələr və magistr tələbələri ilə məhdudlaşır. Genetika üzrə əsas biliklər tövsiyə olunur. İnsan genetikasının əsaslarının hərtərəfli araşdırılmasını təmin edir. Mendel və qeyri-Mendel irsiyyəti, damazlıq analizi, sitogenetika, aneuploid sindromlar, xərçəng, gen quruluşu və funksiyası, epigenetika, gen ifadəsi, biokimyəvi genetika və maddələr mübadiləsinin anadangəlmə səhvləri daxil olmaqla mövzuları araşdırır.

BIOL 535. Bataqlıqların ekologiyası. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti və ya təlimatçının icazəsi. Şirin su və sahil bataqlıqlarının ekologiyasının, o cümlədən bu sistemlərin fiziki və bioloji aspektlərinin, yerli, landşaft və qlobal miqyasda bataqlıq funksiyalarının, bataqlıqların tənzimlənməsi və bərpasının öyrənilməsi. Tələbələr bataqlıq ekosistemlərini müəyyən etmək və təsvir etmək üçün laboratoriya şəraitlərində və sahə əsaslı tətbiqlərdə istifadə olunan analitik üsullarla bacarıqlar əldə edəcəklər.

BIOL 540. Molekulyar Genetikanın Əsasları. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 310 və ya təlimatçının razılığı. Molekulyar biologiya və genetikanın əsas prinsipləri və metodologiyaları genomun təşkili, replikasiyası, ifadəsi, tənzimlənməsi, mutasiya və yenidən təşkilinə tətbiq edilir. Prokaryotik və eukaryotik sistemlərdə mühüm mövzulara geniş giriş və inteqrasiyaya diqqət yetiriləcək. Çarpaz siyahı: BNFO 540.

BIOL 541. Molekulyar Genetika Laboratoriyası. 2 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə və 4 laboratoriya saatı. 2 kredit. Ön və ya əsas şərt: BIOL 540 və ya ekvivalenti. Eksperimentlər prokaryotik və eukaryotik sistemlərdən istifadə edərək molekulyar biologiya və genetikanın qabaqcıl texnika və konsepsiyalarını tətbiq etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. Əsas diqqət eksperimental dizayna, semestr boyu nəticələrin inteqrasiyasına, müvafiq nəşr olunmuş ədəbiyyatdan, elmi yazılardan istifadə edilməsinə və qabaqcıl avadanlıq və metodologiyalarla praktiki təcrübənin təmin edilməsinə yönəldiləcək. Çarpaz siyahı: BNFO 541.

BIOL 545. Bioloji mürəkkəblik. 3 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə və 2 laboratoriya saatı. 3 kredit. Tələblər: fizika və hesablama və ya təlimatçının icazəsi. Yalnız magistr tələbələri və ixtisaslı yaşlılar üçün açıqdır. Mürəkkəblik nəzəriyyəsinin əsaslarına və inteqrativ həyat elmləri kontekstində yaranan xassələrin prinsiplərinə giriş. Molekulyar səviyyədən ekosistem səviyyəsinə qədər sistemlərin bioloji, fiziki və sosial komponentləri arasında dinamik qarşılıqlı əlaqə vurğulanır. Bioloji mürəkkəbliyin tədqiqi üçün modelləşdirmə və simulyasiya üsulları təsvir edilmişdir. Çarpaz siyahı: LFSC 510.

BIOL 548. Bioinformatika texnologiyaları. 2 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə saatı. 2 kredit. Ön şərt: BIOL 545/LFSC 510 və ya təlimatçının icazəsi. Həyat elmlərində hesablama biologiyası, proteomika, genomika, ekoinformatika və digər məlumatların təhlili sahələrində istifadə olunan aparat və proqram təminatına giriş. Kurs həmçinin tələbələri məlumatların işlənməsi, verilənlər bazalarından istifadə, meta-məlumatların təhlili və məlumat əldə etmək üsulları ilə tanış edəcək. Çarpaz siyahı: LFSC 520.

BIOL 550. Ekoloji genetika. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Yalnız ixtisaslı yaşlılar və magistr tələbələri üçün açıqdır. Xüsusilə populyasiya və kəmiyyət genetikasında əsasları olan ekoloji genetikanın prinsiplərini təqdim edir və genetik prinsipləri tətbiq etmək istəyən resurs idarəçilərinin qarşılaşdığı konseptual çətinlikləri təsvir edir. Mühafizə genetikləri tərəfindən istifadə edilən müxtəlif növ bioloji texnologiyaları araşdırır və tələbələrə ekoloji genetik məlumatların təhlili və şərhində təcrübə qazanmaq üçün vasitələr təqdim edir.

BIOL 560. Qoruyucu tibb. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələbələri vəhşi təbiət xəstəliklərinin əsas elementləri, zoonozlar, vəhşi təbiət və insanlarla əlaqəli yeni yaranan yoluxucu xəstəliklər və bu mövzuların həm qorunma, həm də sağlamlığa təsirləri ilə tanış edir. Ətraf mühitin keyfiyyəti və vəhşi təbiət və insan xəstəlikləri və sağlamlığı arasında qarşılıqlı əlaqənin müzakirələri daxildir. Mövzulara balıqların, suda-quruda yaşayanların, sürünənlərin, quşların və məməlilərin xəstəlikləri, ətraf mühitin çirkləndiriciləri və iqlimin bu xəstəliklərə təsiri və onların insan sağlamlığı ilə qarşılıqlı əlaqəsi daxildir.

BIOL 565. Hüceyrə siqnalizasiyasında irəliləyişlər. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 300 və ya ekvivalenti. Sitokinlər, hormonlar və neyrotransmitterlər tərəfindən mobil rabitədə irəliləyişlərə yönəlmiş aktual kurs. Hər semestrdə kurs fərqli bir mövzuya diqqət yetirir. Keçmiş mövzulara xərçəng biologiyası, allergiya və astma və otoimmünite daxildir.

BIOL 580. Eukaryotik Biotexnologiya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələblər: BIOL 300 və BIOL 310, hər ikisi minimum C dərəcəsi ilə və ya biologiya və ya əlaqəli sahədə məzun. Qeydiyyat yalnız aspirantlar və yuxarı kurs tələbələri üçün nəzərdə tutulub. Heyvan və bitki hüceyrələri üçün biotexnologiyanın hüceyrə və molekulyar biologiya aspektlərində prinsiplərin, konsepsiyaların, texnikaların, tətbiqlərin və cari nailiyyətlərin müzakirəsi. Kurs xarici genlərin molekulyar quruluşunu əhatə edəcək DNT, RNT və zülal analizləri üçün DNT klonlama texnologiyaları, transgenik hüceyrələrdə hüceyrə və toxuma mədəniyyətinin hüceyrə birləşməsində vektor olmayan və vektor vasitəçiliyi ilə genetik transformasiya geninin tənzimlənməsi, kənd təsərrüfatı, tibbi və digər sənaye tətbiqləri.

BIOL 591. Biologiyada xüsusi mövzular. 1-4 saat.

Semestr kursu 1-4 kredit. Biologiyada seçilmiş mövzunun dərindən öyrənilməsi. Hər semestr təklif ediləcək xüsusi mövzular və ilkin şərtlər üçün Dərslər Cədvəlinə baxın. Bir neçə mövzu təklif olunarsa, tələbələr birdən çox mövzu seçə bilərlər.

BIOL 601. İnteqrasiya edilmiş bioinformatika. 4 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə və 3 laboratoriya saatı. 4 kredit. Qeydiyyat üçün müəllimin icazəsi tələb olunur. Tələbələr tərəfindən həll edilməli olan bir sıra real həyat problemləri vasitəsilə bioinformatikada əsas anlayışları təqdim edir. Həll olunan problemlər genomik analiz, statistik analiz və mürəkkəb bioloji hadisələrin modelləşdirilməsi məsələlərini əhatə edəcək, lakin bununla məhdudlaşmayacaq. Əsas diqqət bioinformatikanın bir neçə geniş istifadə olunan alətlərinin dərindən dərk edilməsinə yönəldiləcəkdir. Çarpaz siyahı: BNFO 601.

BIOL 602. Biologiyada Peşəkar və Karyera İnkişafı. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kurs tələbələri magistratura təcrübəsinin əvvəlində magistr dərəcəsi üçün tələbləri sürətlə və uğurla yerinə yetirmək üçün bilik, resurslar və bacarıqlarla təchiz edəcəkdir. Biologiyada bir neçə kritik formatda və sahədə ünsiyyət və planlaşdırma bacarıqlarını artırır, həmçinin şəxsi məqsəd və dəyərlərinə əsaslanan alternativ karyera yollarını araşdırır.

BIOL 603. Elmi liderliyin əsasları. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Məzun statusu olan tələbələr üçün qeydiyyat məhduddur. Bu kursun məqsədi tələbələri aspirantura təhsili zamanı və bir çox elmi karyera yollarında müxtəlif elmi qrupların üzvləri və liderləri kimi uğurla işləməyə hazırlamaqdır. Tələbələr komandaların və aparıcı komandaların əsas anlayışları, o cümlədən dəyərlərə əsaslanan missiyalar və məqsədlər, effektiv ünsiyyət və əks əlaqə, komandanın inkişafı və liderlik mərhələləri, müxtəliflik və inklüzivlik, mentorluq və kouçinq, münaqişələrin həlli, layihənin idarə edilməsi, aparıcı dəyişiklik, miras qoyan və qiymətləndirmə.

BIOL 604. Tədqiqatın Dürüstlüyü. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kurs tədqiqatın dürüstlüyünə müzakirəyə əsaslanan yanaşma təmin etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. Kursun sonunda tələbələr elmin cəmiyyətlə necə qarşılıqlı əlaqədə olduğunu və cəmiyyəti necə məlumatlandırdığını başa düşəcəklər. Onlar tədqiqatın məsuliyyətli aparılması ilə bağlı bir sıra aktual məsələləri həzm edəcək və ortaya çıxan problemlərin etik və hüquqi həll yollarını aydın şəkildə ifadə edə biləcəklər. Bu kurs laboratoriya və sahə tədqiqatları da daxil olmaqla geniş bioelmlər fonunda olan məsələləri həll edir. Bu kurs magistratura və giriş səviyyəsində Ph.D. tələbələr. Keçmiş/uğursuz kimi qiymətləndirilib.

BIOL 605. Elmdə Müxtəliflik və İnklüzivlik. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit.Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kurs tələbələri təqdimatlar, müxtəlif qonaq məruzəçiləri, sinif müzakirələri və tələbə tapşırıqları vasitəsilə elmdə müxtəlifliyin müxtəlif formaları ilə tanış edəcək və cəlb edəcək, onları elmi karyeraları və həyatları boyu inklüzivlikdən istifadə etməklə bu müxtəlifliyi tanımağa və istifadə etməyə hazırlayacaq.

BIOL 606. Kəmiyyət Ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İcma səviyyəsində riyazi ekologiyanın prinsipləri və tətbiqləri, o cümlədən eksperimental dizayn seçmə üsulları, fərziyyələr və məhdudiyyətlər və klaster analizinin istifadəsi, qradient təhlili və böyük məlumat dəstlərini qiymətləndirmək, ümumiləşdirmək və müqayisə etmək üçün təyinat.

BIOL 607. Elm kommunikasiyası: Əsaslar. 2 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə saatı. 2 kredit. Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kursun məqsədi elmi və qeyri-elmi mənşəli və müxtəlif karyera yolları üzrə müxtəlif auditoriyalara elmi ünsiyyət üzrə təlim verməkdir. Kurs yazının əsas qaydalarını, yazı prosesini, texniki yazı, vizual təqdimat, şifahi təqdimat, auditoriyanı cəlb etmək və ictimaiyyətlə ünsiyyəti əhatə edir. Tələbələr onları aspiranturaya və ondan sonrakı təhsilə hazırlamaq üçün yazı məşqləri, videoyazılı şifahi məşqlər və həmyaşıdların rəyi vasitəsilə elmi ünsiyyət bacarıqları əldə edəcəklər.

BIOL 608. Elm Kommunikasiyası: Tədqiqat Təklifləri. 2 saat.

Semestr kursu 2 mühazirə saatı. 2 kredit. Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kursun məqsədi rəqabətqabiliyyətli tədqiqat təkliflərinin yazılması üzrə təlim verməkdir. Tələbələr elmi tədqiqata hazırlıq mərhələsinin təklif-yazı mərhələsi, o cümlədən istinad menecerləri, annotasiya edilmiş biblioqrafiyalar, ideyanın satışı, sınaq panelləri, qısa formada təkliflər, uzun formalı təkliflər və tezis/dissertasiya təklifləri üçün zəruri bacarıqları öyrənəcəklər. Tələbələr müxtəlif maliyyə mənbələri üçün müraciətlərdə üstünlük təmin edəcək təklif yazma bacarıqlarını öyrənəcəklər.

BIOL 609. Elmi Ünsiyyət: İctimai Söhbət. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Tələb: BIOL 607. Qeydiyyat yalnız məzun olan tələbələrlə məhdudlaşır. Bu kursun missiyası dissertasiya/dissertasiyanı tamamlamaq üzrə olan tələbələrə öz dissertasiya/dissertasiya tədqiqatlarını və onun biologiyanın qlobal problemlərinə aidiyyatını qeyri-elmi auditoriyaya effektiv şəkildə çatdırmaq üçün ilkin kursda öyrəndikləri bacarıqları tətbiq etmək üçün öyrətməkdir. Bu kursu müvəffəqiyyətlə bitirən tələbələr öz tədqiqatlarının elmi və aktuallığını şifahi və yazılı formatda ictimai, hökumət və qeyri-hökumət institutlarında və mediada qeyri-alimlərlə effektiv şəkildə əlaqələndirə biləcəklər. Qənaətbəxş/qeyri-qənaətbəxş kimi qiymətləndirilib.

BIOL 610. Qoruma Tətbiqləri. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Monitorinq, planlaşdırma, təhsil, yaşayış mühitinin idarə edilməsi və mühafizənin insan inkişafı strategiyaları ilə birləşdirilməsi daxil olmaqla mühafizə üsullarının həyata keçirilməsini əhatə edir. Biomüxtəliflik və insanların dolanışıq vasitələrinin uzlaşdırılmalı olduğu yerlərdə mühafizənin necə işlənməsinə diqqət yetirir. Tələbələr idarəetmə strategiyalarını təhlil etmək və şərh etmək üçün bir sıra kompüter proqramlarından istifadə edəcəklər.

BIOL 618. Ekosistemlər Ekologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti və ya təlimatçı tərəfindən icazə. Su və quru ekosistemlərinin quruluşu və fəaliyyəti ilə tanışlıq. Kurs, daha yüksək təşkilat sifarişlərində və abiotik amillər kontekstində ekoloji prosesləri nəzərə alaraq magistr proqramındakı digər təklifləri tamamlayır. Tələbələr kəmiyyət və tənqidi təfəkkür inkişaf etdirərkən mühazirələr və mütaliələr vasitəsilə intizamla bağlı xüsusi biliklər əldə edəcəklər.

BIOL 620. Biogeokimya. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Qeydiyyat yalnız magistr tələbələri üçün nəzərdə tutulub. Bu kurs Yerdəki karbon, azot, fosfor, kükürd və dəmirin biogeokimyəvi dövrlərini həm tarixi perspektivdən, həm də qlobal ətraf mühit dəyişikliyi kontekstində, dövrləri ayrı-ayrılıqda nəzərdən keçirərək, eyni zamanda bu dövrlər arasında əhəmiyyətli qarşılıqlı əlaqənin olduğunu qəbul edəcək. Biogeokimyəvi proseslərin nümunələri yerüstü torpaqlardan tutmuş dərin okeana qədər bir çox ekosistemlərdən götürüləcək.

BIOL 626. Fizioloji ekologiya. 4 saat.

Semestr kursu 4 mühazirə saatı. 4 kredit. Ön şərt: BIOL 317 və ya ekvivalenti. Bu kurs orqanizmlərin ətraf mühitə cavab olaraq etdiyi fizioloji düzəlişləri və uyğunlaşmaları araşdırır.

BIOL 630. Məməlilərin çoxalmasının nümunələri. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Məməlilərin reproduktiv anatomiyasında ixtisaslaşmaların və adaptiv şüalanmanın hərtərəfli ekoloji və təkamül tədqiqi, reproduktiv dövr, çoxalmanın mövsümiliyi və yeni doğulmuş uşaqların zibil ölçüsünə və inkişaf vəziyyətinə təsir edən amillər. Müvafiq olduqda insan reproduktiv biologiyası daxil edilir.

BIOL 640. Təkamül və Molekulyar Markerlər. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Sistematika, spesifikasiya və biocoğrafiyaya diqqət yetirməklə, təkamülün öyrənilməsinə aid olan molekulyar biologiyanın metodologiyaları və tətbiqləri. Kurs, cari metodlara və son ədəbiyyata xüsusi diqqət yetirməklə, təkamül tədqiqatları üçün uyğun molekulyar markerlərin başa düşülməsi, təfsiri və seçilməsi üzrə bacarıqları təmin edir. Təbiət tarixi (ekoloqlar, sistematiklər, təkamül bioloqları) və molekulyar biologiya tələbələri üçün nəzərdə tutulmuşdur.

BIOL 650. Mühafizə Genetikası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Bioloji müxtəlifliyin qorunmasında molekulyar genetikanın tətbiqini əhatə edir. Əsas mövzulara genetik müxtəlifliyin molekulyar ölçüləri, kiçik populyasiyalarda genetik müxtəlifliyin itirilməsinin təxmin edilməsi, inbredinqin aşkarlanması, taksonomik qeyri-müəyyənliklərin həlli, T&E növlərinin genetik idarə edilməsi, əsir yetişdirmə və reintroduksiya daxildir. Şagirdlər molekulyar genetik məlumatları təhlil etmək və şərh etmək üçün bir sıra kompüter proqramlarından istifadə edəcəklər.

BIOL 654. Ətraf Mühitin Uzaqdan Zondlanması. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. İlkin şərt: ENVS 602 və ya təlimatçının icazəsi. Bu kurs yer resurslarını aşkar etmək, müəyyən etmək və xarakterizə etmək üçün rəqəmsal uzaqdan sensor məlumatlarının istifadəsi üzrə əsas və tətbiqi anlayışı təmin edir. Şagirdlərdən həm təsvirə, həm də təsvirə əsaslanmayan optik spektral məlumatları əhatə edən müxtəlif laboratoriyalar vasitəsilə torpaqların, bitki örtüyünün və su ehtiyatlarının spektral atributları haqqında anlayış nümayiş etdirmələri tələb olunur. Çarpaz siyahı: ENVS 654/URSP 654.

BIOL 660. İnkişaf Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Ön şərt: biokimya və ya hüceyrə biologiyası və ya onların ekvivalenti. Milçəklər, qurdlar, balıqlar və məməlilər də daxil olmaqla model sistemlərdə inkişaf biologiyasının molekulyar və hüceyrə prinsipləri. Morfogen qradiyenti, transkripsiya, hüceyrə hərəkətləri və inkişafda siqnalın anlaşılması. Tələbələrə ilkin ədəbiyyatdan əldə edilən nəticələri şərh etmək və təqdim etmək imkanı verən qabaqcıl metodlar öyrədilir.

BIOL 676. Bitki və Heyvan Hüceyrələri Biologiyası. 3 saat.

Semestr kursu 3 mühazirə saatı. 3 kredit. Tələb: biokimya və ya hüceyrə biologiyası və ya təlimatçının icazəsi. Bitki və heyvan hüceyrələrində hüceyrə davranışının və funksiyasının molekulyar və hüceyrə prinsipləri. Mövzulara hüceyrədaxili nəqliyyat, hüceyrə dövrünə nəzarət, siqnal və hüceyrə hərəkətliliyi daxildir. Tələbələrə bu sahədə ilkin ədəbiyyatdan əldə edilən nəticələri şərh etmək və təqdim etmək imkanı verən qabaqcıl metodlar öyrədilir.

BIOL 690. Biologiya seminarı. 1 saat.

Semestr kursu 1 kredit. Kredit üçün təkrarlana bilər. Fakültə və qonaq mühazirəçilərin təqdimatları, biologiya və əlaqəli sahələrdə tədqiqat və inkişafların müzakirələri. S/U/F kimi qiymətləndirilib.

BIOL 691. Biologiyada xüsusi mövzular. 1-4 saat.

Semestr kursunun dəyişən saatları. 1-4 kredit. Biologiyada seçilmiş mövzunun təkmil öyrənilməsi. Hər semestr təklif ediləcək xüsusi mövzular və ilkin şərtlər üçün Dərslər Cədvəlinə baxın. Bir neçə mövzu təklif olunarsa, tələbələr birdən çox mövzu seçə bilərlər.

BIOL 692. Müstəqil təhsil. 1-4 saat.

Semestr kurs saatları təşkil ediləcək. Təşkil olunacaq kreditlər. Bu kursa qeydiyyatdan əvvəl kreditin məbləğinin müəyyən edilməsi və təlimatçı, məsləhətçi və kafedra müdirinin icazəsi alınmalıdır. Lisansüstü tələbə dissertasiyası sahəsindən kənarda biologiyanın hər hansı bir sahəsində müstəqil tədqiqat imkanı təmin etmək üçün nəzərdə tutulmuş kurs.

BIOL 693. Biologiyada aktual mövzular. 1 saat.

Semestr kursu 1 mühazirə saatı. 1 kredit. Kredit üçün təkrarlana bilər. Biologiyada aktual mövzunun dərindən öyrənilməsi ilə birlikdə şifahi təqdimatların hazırlanması və çatdırılması bacarıqlarını inkişaf etdirmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. Şagirdlər seçilmiş mövzu üzrə çıxışlar edir və müzakirələr aparırlar.

BIOL 698. Tezis. 1-16 saat.

Semestr kurs saatları təşkil ediləcək. Təşkil olunacaq kreditlər. Sistematika, ətraf mühit, inkişaf, davranış, hüceyrə və molekulyar biologiya və müqayisəli fiziologiya sahələrində tələbələrin müstəqil tədqiqatları.